déclic

Un jour j'ai lu un livre de ce type, c'est probablement cela qui m'a incité à écrire.

Auteur: Fante John

Info: A propos de Dostoïevski

[ inspiration ] [ éloge ] [ passion catalysée ]

mémoire

Le souvenir, ce n'est pas une réminiscence du passé, c'est le moment où le présent trébuche sur une aspérité de l'histoire et libère un message laissé là longtemps auparavant, qui se déploie et prend son sens.

Auteur: Powers Richard

Info: interview dans Les Inrockuptibles avril 2004

[ intelligence ] [ déclic ] [ synchronicité ] [ catalysée ]

nostalgie

...dispersés dans l'air frais, fantômes de son, s'attardant à la périphérie de la lumière et de l'ombre. Le soleil s'était couché. Des ombres se glissaient dans la pièce. Mais Adrienne regardait droit devant elle, perdue dans la transe du souvenir. La musique l'avait emportée en un autre temps, un autre lieu, quand elle était jeune et amoureuse et que l'avenir scintillait encore de possibilités.

Auteur: Hall Elizabeth

Info: Miramont's Ghost

[ mémoire auditive ] [ catalysée ]

réminiscence

Nous croyons parfois avoir tout oublié, que la rouille et la poussière des ans ont désormais complètement détruit ce que nous avons un jour confié à leur voracité. Mais il suffit d'un son, d'une odeur, d'un contact furtif et inopiné pour que soudain, les alluvions du temps tombent sur nous sans compassion et que la mémoire s'illumine avec la brillance et la fureur de l'éclair.

Auteur: Llamazares Julio

Info: La pluie jaune

[ souvenir ] [ déclic ] [ catalysée ]

mémoire

Le téléphone se met à sonner et je vais à l'intérieur pour décrocher avant qu'il ne réveille Sam. "Jack ?" C'est une voix familière, comme quand on allume la radio et qu'on tombe sur une chanson qu'on n'a pas entendue depuis vingt ans mais qu'on connaît par coeur. Notre esprit se brouille et on se retrouve à l'époque où on l'a entendue pour la dernière fois. Que le souvenir soit bon ou mauvais, on retourne dans le passé, et tout est là, les odeurs, les sons, l'ambiance.

Auteur: Cleave Paul

Info: Un père idéal

[ auditive ] [ catalysée ]

réminiscence

Le temps ! Le passé ! Soudain quelque part - un chant, un parfum senti par hasard - soulève en mon âme le bâillon qui étouffait mes souvenirs... Tout ce que j'ai été et ne serai jamais plus ! Tout ce que j'ai eu, et n'aurai plus jamais ! Et les morts ! Ces morts qui m'ont aimé tout enfant ! Quand je les évoque, toute mon âme se glace et je me sens banni des coeurs humains, seul dans la nuit de moi-même, et pleurant, tel un mendiant, le silence clos de toutes les portes.

Auteur: Pessoa Fernando (Alv. de Campos)

Info: Le livre de l'intranquillité

[ son ] [ odeur ] [ mémoire ] [ catalysée ]

biochimie

L'IA prédit la fonction des enzymes mieux que les principaux outils

Un nouvel outil d'intelligence artificielle peut prédire les fonctions des enzymes sur la base de leurs séquences d'acides aminés, même lorsque ces enzymes sont peu étudiées ou mal comprises. Selon les chercheurs, l'outil d'intelligence artificielle, baptisé CLEAN, surpasse les principaux outils de pointe en termes de précision, de fiabilité et de sensibilité. Une meilleure compréhension des enzymes et de leurs fonctions serait une aubaine pour la recherche en génomique, en chimie, en matériaux industriels, en médecine, en produits pharmaceutiques, etc.

"Tout comme ChatGPT utilise les données du langage écrit pour créer un texte prédictif, nous tirons parti du langage des protéines pour prédire leur activité", a déclaré Huimin Zhao, responsable de l'étude et professeur d'ingénierie chimique et biomoléculaire à l'université de l'Illinois Urbana-Champaign. "Presque tous les chercheurs, lorsqu'ils travaillent avec une nouvelle séquence de protéine, veulent savoir immédiatement ce que fait la protéine. En outre, lors de la fabrication de produits chimiques pour n'importe quelle application - biologie, médecine, industrie - cet outil aidera les chercheurs à identifier rapidement les enzymes appropriées nécessaires à la synthèse de produits chimiques et de matériaux".

Les chercheurs publieront leurs résultats dans la revue Science et rendront CLEAN accessible en ligne le 31 mars.

Grâce aux progrès de la génomique, de nombreuses enzymes ont été identifiées et séquencées, mais les scientifiques n'ont que peu ou pas d'informations sur le rôle de ces enzymes, a déclaré Zhao, membre de l'Institut Carl R. Woese de biologie génomique de l'Illinois.

D'autres outils informatiques tentent de prédire les fonctions des enzymes. En général, ils tentent d'attribuer un numéro de commission enzymatique - un code d'identification qui indique le type de réaction catalysée par une enzyme - en comparant une séquence interrogée avec un catalogue d'enzymes connues et en trouvant des séquences similaires. Toutefois, ces outils ne fonctionnent pas aussi bien avec les enzymes moins étudiées ou non caractérisées, ou avec les enzymes qui effectuent des tâches multiples, a déclaré Zhao.

"Nous ne sommes pas les premiers à utiliser des outils d'IA pour prédire les numéros de commission des enzymes, mais nous sommes les premiers à utiliser ce nouvel algorithme d'apprentissage profond appelé apprentissage contrastif pour prédire la fonction des enzymes. Nous avons constaté que cet algorithme fonctionne beaucoup mieux que les outils d'IA utilisés par d'autres", a déclaré M. Zhao. "Nous ne pouvons pas garantir que le produit de chacun sera correctement prédit, mais nous pouvons obtenir une plus grande précision que les deux ou trois autres méthodes."

Les chercheurs ont vérifié leur outil de manière expérimentale à l'aide d'expériences informatiques et in vitro. Ils ont constaté que non seulement l'outil pouvait prédire la fonction d'enzymes non caractérisées auparavant, mais qu'il corrigeait également les enzymes mal étiquetées par les principaux logiciels et qu'il identifiait correctement les enzymes ayant deux fonctions ou plus.

Le groupe de Zhao rend CLEAN accessible en ligne pour d'autres chercheurs cherchant à caractériser une enzyme ou à déterminer si une enzyme peut catalyser une réaction souhaitée.

"Nous espérons que cet outil sera largement utilisé par l'ensemble de la communauté des chercheurs", a déclaré M. Zhao. "Avec l'interface web, les chercheurs peuvent simplement entrer la séquence dans une boîte de recherche, comme dans un moteur de recherche, et voir les résultats.

M. Zhao a indiqué que son groupe prévoyait d'étendre l'intelligence artificielle de CLEAN à la caractérisation d'autres protéines, telles que les protéines de liaison. L'équipe espère également développer davantage les algorithmes d'apprentissage automatique afin qu'un utilisateur puisse rechercher une réaction souhaitée et que l'IA lui indique l'enzyme appropriée.

"Il existe de nombreuses protéines de liaison non caractérisées, telles que les récepteurs et les facteurs de transcription. Nous voulons également prédire leurs fonctions", a déclaré Zhao. "Nous voulons prédire les fonctions de toutes les protéines afin de connaître toutes les protéines d'une cellule et de mieux étudier ou concevoir la cellule entière pour des applications biotechnologiques ou biomédicales.

Zhao est également professeur de bio-ingénierie, de chimie et de sciences biomédicales et translationnelles au Carle Illinois College of Medicine. 

Auteur: Internet

Info: "Enzyme function prediction using contrastive learning, "30 mars 2023. Université de l'Illinois à Urbana-Champaign

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