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linguistique prison

Bohm fit remarquer que la fragmentation conceptuelle est renforcée par la structure de notre langage qui accentue les divisions en fonction de : sujet, verbe, objet. Il posa donc les fondements d’un langage nouveau : le rhéomode. Celui-ci ne vise pas à la discussion de faits observés en termes d’ "objets" existant séparément et d’une nature essentiellement statique, mais décrit le monde dans un état de flux tel un processus dynamique.

Auteur: Grof Stanislav

Info: Psychologie transpersonnelle

[ syntagmes ] [ citation s'appliquant à ce logiciel ]

 

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linguistique

Selon cette conception traditionnelle, l’esprit produit un système de propositions exprimant le sens d’une phrase lorsque la phrase se réalise sous forme de signal physique, le système et le signal étant reliés par certaines opérations formelles que nous pouvons appeler, selon la terminologie actuelle, des transformations grammaticales. Pour continuer avec la terminologie, nous pouvons ainsi distinguer la structure superficielle (surface structure) de la phrase, organisation en catégories et en syntagmes qui est directement associée au signal physique, de la structure profonde (deep structure) sous-jacente, également organisation de catégories et de syntagmes, mais d’un caractère plus abstrait.

Auteur: Chomsky Noam

Info: Le Langage et la Pensée

[ subconscient ] [ deux niveaux ]

 
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analogie

Si on compare musique et écriture, les axes moteurs sont clairement la dominante pour la première et le verbe pour la seconde.

Si vous stoppez un mouvement harmonique musical sur l'accord de dominante, sans le résoudre, c'est à peu près comme si vous stoppez une phrase comme : "hier j'ai pris..." sans la préciser plus avant. Où comme si en maths on annonçait : bonjour, je vais vous dire mon âge, il est de de 10 X...   Dans les trois cas on reste comme suspendus dans le vide. 

Tels sont certaines des appréciations apportées par nos éducations communautaires. Programmations des habitudes. L'être a besoin de "reconnaître" des schémas dans les langages, de se rassurer, de les partager avec ses semblables. 

Rapidement certains s'ennuient, recherchent du piments, des saillances... contrastes, dépaysements... Voilà peut-être bien une des motivations dans notre quête enfantine d'extraterrestres.

D'un autre côté, structurés par ces éducations-vies-cultures qui codent "objectivement" la majeure partie des imprégnations multiples qui couches après couches nous ont constitués dès l'origine, nous voilà incapables de les voir, de les discriminer du reste...

Seulement capables de discerner ce que nous avons appris à voir, à écouter... et à utiliser.

Auteur: MG

Info: 8 mars 2015

[ limitation ] [ syntagmes ] [ langage ] [ mobile ] [ immobile ] [ fonction motrice ] [ cultures oeillères ] [ tension résolution repos ]

 

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classification difficile

Leur bibliothèque était imposante, elle mangeait une bonne partie des murs de leurs quarante-sept mètres carrés, Étienne avait toujours chiné beaucoup de livres d'occasion, doublés d'un fonds déjà imposant qu'il avait hérité de sa mère Dahlia en même temps que l'appartement, Vive y avait ajouté sa collection de livres d'art et de photographie.

Étienne avait alors développé la manie de classer sa bibliothèque par ordre alphabétique des titres des ouvrages. Vive soutenait que personne ne faisait cela, que ça n'avait aucun sens. Les ouvrages d'un même auteur se trouvaient dispersés aux quatre vents, les gens, les genres et les siècles se mélangeaient, pour elle un classement devait apporter de l'aide, de la clarté, une lecture d'ensemble.

Mais Etienne aimait cette lecture poétique où les Confessions de Rousseau se trouvaient accolées aux Confessions d'Augustin d'Hippone, où L'Œil le plus bleu de Toni Morrison rencontrait L'Œil qui écoute de Paul Claudel. Un réseau invraisemblable d'intertextualité jaillissait pour Étienne de ce méticuleux classement, sa bibliothèque ne ressemblerait jamais à aucune autre, elle était vivante comme un animal rebelle.

Comment veux-tu retrouver un bouquin là-dedans ? se plaignait Vive. Critique qu'il n'entendait pas, puisqu'elle n'avait qu'à chercher à la bonne lettre du titre. Mais où fais-tu commencer le titre ? Au premier nom, ou au déterminant ? renchérissait-elle. Au nom, à l'évidence, ou à l'adjectif, mais il y avait bien sûr des cas particuliers, c'était la beauté de son rangement vivant et organique. Et si je cherche un livre, mettons, de John Le Carré, dont je ne me souviens plus du titre, qu'est-ce que je fais ? demandait-elle. Tu n'as qu'à chercher au mot " Espion ", il y a des chances pour que tu tombes dessus, lui répondait-il en riant ; car au début, tout cela, ça les faisait rire ensemble.

Auteur: Berest Claire

Info: L'épaisseur d'un cheveu

[ syntagmes ] [ rayonnages ] [ biblio-reflet ]

 

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syntaxe diachronique

Le premier département de la logique, la grammaire spéculative, est une analyse de la structure des signes : avant même qu’un argument soit analysé en termes de validité et d’utilité, il est nécessaire qu’il soit soumis à une analyse grammaticale. Un argument consiste dans la représentation du fait qu’une proposition découle d’autres propositions, et cette représentation peut être représentée dans une proposition ("si les prémisses, alors la conclusion"). L’analyse de la nature de la proposition est donc préliminaire à l’analyse de la nature, de la validité et de l’utilité de l’argument. La première branche de la logique devra donc avant tout consister en une analyse de la proposition. L’essai "L’essence du raisonnement", chapitre VI du traité sur la logique "How to Reason", qui fut projeté mais jamais achevé, contient la présentation la plus complète de la section grammaticale de la logique que Peirce a écrite avant le Syllabus de 1903. Il existe deux versions de ce chapitre (MS 408 et MS 409). Le point de départ est l’enquête sur la nature de la proposition : 

"§ 62. Examinons maintenant en quoi consiste l’élément assertorique d’un jugement. Qu’y a-t-il dans une affirmation qui en fait plus qu’une simple complication d’idées ? Quelle est la différence entre émettre le mot "singe parlant", soutenir que les singes parlent, et s’informer si les singes parlent ou non ? C’est une question difficile. (MS 409, p. 94)"

La différence à laquelle Peirce fait allusion est évidemment celle, traditionnelle, entre termes, propositions et arguments. Traditionnellement, une proposition est conçue comme une combinaison de termes, et un argument comme une combinaison de propositions. Toutefois, selon Peirce, ce n’est pas la compositionnalité qui distingue ces trois formes ; le terme "singe parlant" n’est pas moins composé que la proposition selon laquelle les singes parlent. La différence entre un terme et une proposition, écrira Peirce dans les "Prolégomènes à une apologie du pragmatisme" de 1906, se trouve dans la fonction logique accomplie.

Selon l’analyse traditionnelle, une proposition est une connexion de termes au moyen d’une copule. Selon Peirce, cette analyse est viciée par l’hypothèse de l’universalité de la structure syntaxique des langues indo-européennes. Sur la base des Principes généraux de la structure des langues de James Byrne mentionnés à plusieurs reprises dans "L’essence du raisonnement", Peirce traite de la structure syntaxique du signe propositionnel dans différentes langues naturelles, dans le but de montrer que l’analyse traditionnelle non seulement ne reflète qu’un petit pourcentage des langues existantes (celles indo-européennes), mais en outre ne reflète pas la structure logique fondamentale du signe propositionnel. Par exemple, dans de nombreuses langues non indo-européennes, la fonction de la copule est accomplie par d’autres éléments linguistiques, parfois par la simple juxtaposition des éléments.

Dans l’ancienne langue égyptienne, qui semble être à portée d’oreille de l’origine de la parole, l’expression la plus explicite d’une copule se fait au moyen d’un mot qui est réellement le pronom relatif, [qui]. Or, à celui qui considère une phrase du point de vue indo-européen, c’est un casse-tête de comprendre comment "que" peut remplir cet office à la place du "est". Pourtant rien n’est plus naturel. Le fait que les hiéroglyphes viennent si facilement aux Égyptiens montre combien leur pensée est picturale. Quand l’Égyptien dessine une image hiéroglyphique comme celle-ci (fig 1) l’Aryen peut être perplexe pour savoir ce qu’il veut dire, mais à l’Égyptien il indique clairement "Ce à propos de quoi nous écrivons est un soldat", et quand il fait l’image (fig 2) le sens est "Ce à propos de quoi nous écrivons est abattu". Écrivez cela avec [pu] (fig 3) "que" entre eux, et mettez un nom propre, disons Aahmes, devant eux, et nous avons "Aahmes sur quoi nous écrivons est un soldat dont ce que nous écrivons à propos est abattu", c’est-à-dire Aahmes le soldat est renversé. Êtes-vous tout compte fait absolument sûr que ce n’est pas le moyen le plus efficace d’analyser le sens d’une proposition ? (MS 409, p. 139)

Le hiéroglyphe (fig1) ne correspond pas au nom commun "soldat", mais à ce que Peirce appelle un rhème "est un soldat" ; de même, le hiéroglyphe (fig 2) correspond non pas au prédicat "abattu" mais au rhème "est abattu". Mais qu’est-ce qu’un rhème ? Un rhème, explique Peirce, est ce qui reste quand tous les éléments d’une proposition qui peuvent jouer le rôle de sujet ont été soustraits. La structure d’un rhème est constituée du nombre de places sujets qu’il manifeste : si on soustrait le sujet Aahmes de la proposition "Aahmes est un soldat", ce qui reste ("est un soldat") est un rhème.

La similitude étroite entre la notion peircienne de rhème et ce que Frege a appelé un concept (fonction insaturée) et Russell une fonction propositionnelle a été remarquée depuis longtemps, et il n’est pas besoin d’y insister ici . Peirce rappelle que les grammaires insistent à tort sur le sujet nominatif, alors que du point de vue d’une grammaire universelle ou spéculative le sujet nominatif n’a pas plus de droit à être considéré comme sujet à part entière de la proposition que les objets directs ou indirects. Tant et si bien que, comme Peirce le rappelle toujours sur la base des Principes de Byrne, dans les langues inuites et samoyèdes le sujet d’un verbe transitif se met au cas possessif, tandis que dans les langues malaises et dans la langue basque on utilise l’ablatif. L’accent mis sur le sujet nominatif est, encore une fois, un préjugé grammatical indo-européen, et la logique doit être en mesure de faire sans lui.

Il est important de souligner que le concept de rhème montre que la copule est un élément dont on peut se dispenser dans la syntaxe. Dans l’ancienne langue égyptienne que Peirce utilise à titre d’exemple, le pronom [pu] peut servir de copule. C’est possible, selon Peirce, parce que dans cette langue les éléments dont une proposition se compose sont des rhemata, c’est-à-dire des prédicats insaturés (incomplets) qui sont saturés grâce à l’identification des positions-sujet que chacun d’eux manifeste dans sa propre structure. Si nous pensons au terme comme à un élément saturé ("soldat", "abattu"), le seul moyen de parvenir à une proposition à partir de ces termes se fait au moyen d’une copule ; mais si nous pensons au terme comme à un élément insaturé ("est un soldat", "est abattu"), le seul moyen d’obtenir une proposition est par la saturation, autrement dit en identifiant les positions-sujet indéterminées : "quelque chose est un soldat, lequel est abattu".

Le "nom commun" des grammairiens est un élément inessentiel de l’analyse logique. Dans de nombreuses langues historico-naturelles, il n’y a pas de noms communs, mais seulement des verbes :

Il semble que, en un sens large, les mots ordinaires dans la majeure partie des langues sont assertoriques. Ils affirment dès qu’ils sont de quelque façon liés à un objet. Si vous écrivez VERRE sur une boîte, on comprendra que vous voulez dire que la boîte contient du verre. Cela semble certainement la déclaration la plus vraie pour la plupart des langues de dire qu’un symbole* est un signe conventionnel qui, étant attaché à un objet, signifie que cet objet a certains caractères (MS 409, p. 95).

Auteur: Bellucci Francesco

Info: In "Peirce, philosophe du langage" Dans Cahiers philosophiques 2017/3 (N° 150), pp 91 à 110

[ fonction motrice ] [ syntagmes ] [ rationalisme onomasiologique ] [ méta-sémantique ] [ vocables ] [ mots-objets ] [ idéogrammes ] [ pictogrammes ]

 

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bio-évolution

La "tectonique" des chromosomes révèle les secrets de l'évolution des premiers animaux

De grands blocs de gènes conservés au cours de centaines de millions d'années d'évolution permettent de comprendre comment les premiers chromosomes animaux sont apparus.

De nouvelles recherches ont montré que des blocs de gènes liés peuvent conserver leur intégrité et être suivis au cours de l'évolution. Cette découverte est à la base de ce que l'on appelle la tectonique des génomes (photo).

Les chromosomes, ces faisceaux d'ADN qui se mettent en scène dans le ballet mitotique de la division cellulaire, jouent un rôle de premier plan dans la vie complexe. Mais la question de savoir comment les chromosomes sont apparus et ont évolué a longtemps été d'une difficulté décourageante. C'est dû en partie au manque d'informations génomiques au niveau des chromosomes et en partie au fait que l'on soupçonne que des siècles de changements évolutifs ont fait disparaître tout indice sur cette histoire ancienne.

Dans un article paru dans Science Advances, une équipe internationale de chercheurs dirigée par Daniel Rokhsar, professeur de sciences biologiques à l'université de Californie à Berkeley, a suivi les changements survenus dans les chromosomes il y a 800 millions d'années.  Ils ont identifié 29 grands blocs de gènes qui sont restés identifiables lors de leur passage dans trois des plus anciennes subdivisions de la vie animale multicellulaire. En utilisant ces blocs comme marqueurs, les scientifiques ont pu déterminer comment les chromosomes se sont fusionnés et recombinés au fur et à mesure que ces premiers groupes d'animaux devenaient distincts.

Les chercheurs appellent cette approche "tectonique du génome". De la même manière que les géologues utilisent leur compréhension de la tectonique des plaques pour comprendre l'apparition et le mouvement des continents, ces biologistes reconstituent comment diverses duplications, fusions et translocations génomiques ont créé les chromosomes que nous voyons aujourd'hui.

Ces travaux annoncent une nouvelle ère de la génomique comparative : Auparavant, les chercheurs étudiaient des collections de gènes de différentes lignées et décrivaient les changements une paire de bases à la fois. Aujourd'hui, grâce à la multiplication des assemblages de chromosomes, les chercheurs peuvent retracer l'évolution de chromosomes entiers jusqu'à leur origine. Ils peuvent ensuite utiliser ces informations pour faire des prédictions statistiques et tester rigoureusement des hypothèses sur la façon dont les groupes d'organismes sont liés.

Il y a deux ans, à l'aide de méthodes novatrices similaires, M. Rokhsar et ses collègues ont résolu un mystère de longue date concernant la chronologie des duplications du génome qui ont accompagné l'apparition des vertébrés à mâchoires. Mais l'importance de cette approche n'est pas purement rétrospective. En faisant ces découvertes, les chercheurs apprennent les règles algébriques simples qui régissent ce qui se passe lorsque les chromosomes échangent des parties d'eux-mêmes. Ces informations peuvent orienter les futures études génomiques et aider les biologistes à prédire ce qu'ils trouveront dans les génomes des espèces qui n'ont pas encore été séquencées.

"Nous commençons à avoir une vision plus large de l'évolution des chromosomes dans l'arbre de la vie", a déclaré Paulyn Cartwright, professeur d'écologie et de biologie évolutive à l'université du Kansas. Selon elle, les scientifiques peuvent désormais tirer des conclusions sur le contenu des chromosomes des tout premiers animaux. Ils peuvent également examiner comment les différents contenus des chromosomes ont changé ou sont restés les mêmes - et pourquoi - à mesure que les animaux se sont diversifiés. "Nous ne pouvions vraiment pas faire cela avant de disposer de ces génomes de haute qualité". 

Ce que partagent les anciens génomes

Dans l'étude publiée aujourd'hui, Rokhsar et une grande équipe internationale de collaborateurs ont produit le premier assemblage de haute qualité, au niveau des chromosomes, du génome de l'hydre, qu'ils décrivent comme un modèle de "vénérable cnidaire". En le comparant à d'autres génomes animaux disponibles, ils ont découvert des groupes de gènes liés hautement conservés. Bien que l'ordre des gènes au sein d'un bloc soit souvent modifié, les blocs eux-mêmes sont restés stables sur de longues périodes d'évolution.

Lorsque les scientifiques ont commencé à séquencer les génomes animaux il y a une vingtaine d'années, beaucoup d'entre eux n'étaient pas convaincus que des groupes de gènes liés entre eux sur les chromosomes pouvaient rester stables et reconnaissables au cours des éons, et encore moins qu'il serait possible de suivre le passage de ces blocs de gènes à travers pratiquement toutes les lignées animales.

Les animaux ont divergé de leurs parents unicellulaires il y a 600 ou 700 millions d'années, et "être capable de reconnaître les morceaux de chromosomes qui sont encore conservés après cette période de temps est étonnant", a déclaré Jordi Paps, un biologiste de l'évolution à l'Université de Bristol au Royaume-Uni.

"Avant de disposer de ces données sur les chromosomes entiers, nous examinions de petits fragments de chromosomes et nous observions de nombreux réarrangements", a déclaré M. Cartwright. "Nous supposions donc qu'il n'y avait pas de conservation, car les gènes eux-mêmes dans une région du chromosome changent de position assez fréquemment."

Pourtant, bien que l'ordre des gènes soit fréquemment remanié le long des chromosomes, Rokhsar a eu l'intuition, grâce à ses études antérieures sur les génomes animaux, qu'il y avait une relative stabilité dans les gènes apparaissant ensemble. "Si vous comparez une anémone de mer ou une éponge à un être humain, le fait que les gènes se trouvent sur le même morceau d'ADN semble être conservé", explique Rokhsar. "Et le modèle suggérait que des chromosomes entiers étaient également conservés". Mais cette notion n'a pu être testée que récemment, lorsque suffisamment d'informations génomiques à l'échelle du chromosome sur divers groupes d'animaux sont devenues disponibles.

Inertie génomique

Mais pourquoi des blocs de gènes restent-ils liés entre eux ? Selon Harris Lewin, professeur d'évolution et d'écologie à l'université de Californie à Davis, qui étudie l'évolution des génomes de mammifères, une des explications de ce phénomène, appelé synténie, est liée à la fonction des gènes. Il peut être plus efficace pour les gènes qui fonctionnent ensemble d'être physiquement situés ensemble ; ainsi, lorsqu'une cellule a besoin de transcrire des gènes, elle n'a pas à coordonner la transcription à partir de plusieurs endroits sur différents chromosomes. 

Ceci explique probablement la conservation de certains ensembles de gènes dont l'agencement est crucial : les gènes Hox qui établissent les plans corporels des animaux, par exemple, doivent être placés dans un ordre spécifique pour établir correctement le schéma corporel. Mais ces gènes étroitement liés se trouvent dans un morceau d'ADN relativement court. M. Rokhsar dit qu'il ne connaît aucune corrélation fonctionnelle s'étendant sur un chromosome entier qui pourrait expliquer leurs résultats.

(Ici une image décrit les différents types de fusion de chromosomes et l'effet de chacun sur l'ordre des gènes qu'ils contiennent.)

C'est pourquoi Rokhsar est sceptique quant à une explication fonctionnelle. Elle est séduisante ("Ce serait le résultat le plus cool, d'une certaine manière", dit-il) mais peut-être aussi inutile car, à moins qu'un réarrangement chromosomique ne présente un avantage fonctionnel important, il est intrinsèquement difficile pour ce réarrangement de se propager. Et les réarrangements ne sont généralement pas avantageux : Au cours de la méiose et de la formation des gamètes, tous les chromosomes doivent s'apparier avec un partenaire correspondant. Sans partenaire, un chromosome de taille inhabituelle ne pourra pas faire partie d'un gamète viable, et il a donc peu de chances de se retrouver dans la génération suivante. De petites mutations qui remanient l'ordre des gènes à l'intérieur des chromosomes peuvent encore se produire ("Il y a probablement une petite marge d'erreur en termes de réarrangements mineurs, de sorte qu'ils peuvent encore se reconnaître", a déclaré Cartwright). Mais les chromosomes brisés ou fusionnés ont tendance à être des impasses.

Peut-être que dans des groupes comme les mammifères, qui ont des populations de petite taille, un réarrangement pourrait se propager de façon aléatoire par ce qu'on appelle la dérive génétique, suggère Rokhsar. Mais dans les grandes populations qui se mélangent librement, comme celles des invertébrés marins qui pondent des centaines ou des milliers d'œufs, "il est vraiment difficile pour l'un des nouveaux réarrangements de s'imposer", a-t-il déclaré. "Ce n'est pas qu'ils ne sont pas tentés. C'est juste qu'ils ne parviennent jamais à s'imposer dans l'évolution."

Par conséquent, les gènes ont tendance à rester bloqués sur un seul chromosome. "Les processus par lesquels ils se déplacent sont tout simplement lents, sur une échelle de 500 millions d'années", déclare Rokhsar. "Même s'il s'est écoulé énormément de temps, ce n'est toujours pas assez long pour qu'ils puissent se développer".

( une image avec affichage de données montre comment des blocs de gènes ont eu tendance à rester ensemble même lorsqu'ils se déplaçaient vers différents chromosomes dans l'évolution de cinq premières espèces animales.)

L'équipe de Rokhsar a toutefois constaté que lorsque ces rares fusions de chromosomes se produisaient, elles laissaient une signature claire : Après une fusion, les gènes des deux blocs s'entremêlent et sont réorganisés car des "mutations d'inversion" s'y sont accumulées au fil du temps. En conséquence, les gènes des deux blocs se sont mélangés comme du lait versé dans une tasse de thé, pour ne plus jamais être séparés. "Il y a un mouvement entropique vers le mélange qui ne peut être annulé", affirme Rokhsar.

Et parce que les processus de fusion, de mélange et de duplication de blocs génétiques sont si rares, irréversibles et spécifiques, ils sont traçables : Il est très improbable qu'un chromosome se fracture deux fois au même endroit, puis fusionne et se mélange avec un autre bloc génétique de la même manière.

Les signatures de ces événements dans les chromosomes représentent donc un nouvel ensemble de caractéristiques dérivées que les biologistes peuvent utiliser pour tester des hypothèses sur la façon dont les espèces sont liées. Si deux lignées partagent un mélange de deux blocs de gènes, le mélange s'est très probablement produit chez leur ancêtre commun. Si des lignées ont deux ensembles de mêmes blocs de gènes, une duplication du génome a probablement eu lieu chez leur ancêtre commun. Cela fait des syntéries un "outil très, très puissant", a déclaré Oleg Simakov, génomiste à l'université de Vienne et premier auteur des articles. 

Empreintes digitales d'événements évolutifs

"L'un des aspects que je préfère dans notre étude est que nous faisons des prédictions sur ce à quoi il faut s'attendre au sein des génomes qui n'ont pas encore été séquencés", a écrit Rokhsar dans un courriel adressé à Quanta. Par exemple, son équipe a découvert que divers invertébrés classés comme spiraliens partagent tous quatre schémas spécifiques de fusion avec mélange, ce qui implique que les événements de fusion se sont produits chez leur ancêtre commun. "Il s'ensuit que tous les spiraliens devraient présenter ces schémas de fusion avec mélange de modèles", écrit Rokhsar. "Si l'on trouve ne serait-ce qu'un seul spiralien dépourvu de ces motifs, alors l'hypothèse peut être rejetée !".

Et d'ajouter : "On n'a pas souvent l'occasion de faire ce genre de grandes déclarations sur l'histoire de l'évolution."

Dans leur nouvel article Science Advances, Simakov, Rokhsar et leurs collègues ont utilisé l'approche tectonique pour en savoir plus sur l'émergence de certains des premiers groupes d'animaux il y a environ 800 millions d'années. En examinant le large éventail de vie animale représenté par les éponges, les cnidaires (tels que les hydres, les méduses et les coraux) et les bilatériens (animaux à symétrie bilatérale), les chercheurs ont trouvé 27 blocs de gènes hautement conservés parmi leurs chromosomes.

Ensuite, en utilisant les règles de fusion chromosomique et génétique qu'ils avaient identifiées, les chercheurs ont reconstitué les événements de mélange au niveau des chromosomes qui ont accompagné l'évolution de ces trois lignées à partir d'un ancêtre commun. Ils ont montré que les chromosomes des éponges, des cnidaires et des bilatériens représentent tous des manières distinctes de combiner des éléments du génome ancestral.

(Pour expliquer les 2 paragraphes précédents une image avec 3 schémas montre la fusion des chromosomes au début de l'évolution pou arriver au 27 blocs de gènes)

Une découverte stimulante qui a été faite est que certains des blocs de gènes liés semblent également présents dans les génomes de certaines créatures unicellulaires comme les choanoflagellés, les plus proches parents des animaux multicellulaires. Chez les animaux multicellulaires, l'un de ces blocs contient un ensemble diversifié de gènes homéobox qui guident le développement de la structure générale de leur corps. Cela suggère que l'un des tout premiers événements de l'émergence des animaux multicellulaires a été l'expansion et la diversification de ces gènes importants. "Ces anciennes unités de liaison fournissent un cadre pour comprendre l'évolution des gènes et des génomes chez les animaux", notent les scientifiques dans leur article.

Leur approche permet de distinguer de subtiles et importantes différences au niveau des événements chromosomiques. Par exemple, dans leur article de 2020, les chercheurs ont déduit que le génome des vertébrés avait subi une duplication au cours de la période cambrienne, avant que l'évolution ne sépare les poissons sans mâchoire des poissons avec mâchoire. Ils ont ensuite trouvé des preuves que deux poissons à mâchoires se sont hybridés plus tard et ont subi une deuxième duplication de leur génome ; cet hybride est devenu l'ancêtre de tous les poissons osseux.

John Postlethwait, génomicien à l'université de l'Oregon, souligne l'importance de la méthode d'analyse de l'équipe. "Ils ont adopté une approche statistique, et ne se sont pas contentés de dire : "Eh bien, il me semble que telle et telle chose s'est produite", a-t-il déclaré. "C'est une partie vraiment importante de leur méthodologie, non seulement parce qu'ils avaient accès à des génomes de meilleure qualité, mais aussi parce qu'ils ont adopté cette approche quantitative et qu'ils ont réellement testé ces hypothèses."

Ces études ne marquent que le début de ce que la tectonique des génomes et  ce que les syntagmes génétiques peuvent nous apprendre. Dans des prépublications récentes partagées sur biorxiv.org, l'équipe de Rokhsar a reconstitué l'évolution des chromosomes de grenouilles, et une équipe européenne s'est penchée sur l'évolution des chromosomes des poissons téléostéens. Une étude parue dans Current Biology a révélé une "inversion massive du génome" à l'origine de la coexistence de formes divergentes chez la caille commune, ce qui laisse entrevoir certaines des conséquences fonctionnelles du réarrangement des chromosomes.

L'hypothèse selon laquelle le mélange de ces groupes de liaisons génétiques pourrait être lié à la diversification des lignées et à l'innovation évolutive au cours des 500 derniers millions d'années est alléchante. Les réarrangements chromosomiques peuvent conduire à des incompatibilités d'accouplement qui pourraient provoquer la scission en deux d'une lignée. Il est également possible qu'un gène atterrissant dans un nouveau voisinage ait conduit à des innovations dans la régulation des gènes. "Peut-être que ce fut l'une des forces motrices de la diversification des animaux", a déclaré Simakov.

"C'est la grande question", a déclaré Lewin. "Il s'agit de véritables bouleversements tectoniques dans le génome, et il est peu probable qu'ils soient sans conséquence".

Auteur: Internet

Info: https://www.quantamagazine.org/secrets-of-early-animal-evolution-revealed-by-chromosome-tectonics-20220202.Viviane Callier 2 février 2022

[ méta-moteurs ] [ néo-phylogénie ]

 

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