Il y a cependant, on l’a suggéré, une différence importante entre Peirce et Whewell : ce dernier fait jouer un rôle premier aux controverses dans l’éclaircissement des notions scientifiques, et son intérêt se porte avant tout sur les documents qui attestent de ces controverses. Il y a là pour Peirce un danger et peut-être une lacune : le danger serait celui d’encourager l’esprit de "disputaillerie", qui est pour lui responsable en large part de la stérilité des scolastiques. La lacune est que Whewell n’entreprend pas de montrer, du point de vue du chercheur, comment une notion qui était auparavant obscure, devient claire dans l’esprit du chercheur, d’un terme à l’autre de la controverse. Si ce passage n’est pas un pur effet mécanique de l’affrontement d’opinions contraires, il y a ici une tâche descriptive pour la méthodologie, qui n’a pas été menée à bien par Whewell :

Cela attire à nouveau notre attention sur le fait que la théorie de Whewell est tirée de l’histoire publique de la science. Il est, je n’ai aucun doute là-dessus, vrai que les conceptions scientifiques se sont toujours éclaircies à travers des débats. Et cela est une vérité importante. Mais quel fut le processus mental, quels furent le changement et la loi de changement dans l’esprit individuel par lequel une idée obscure s’est éclaircie ? À ce sujet, Whewell ne nous dit rien, et en vérité il ne semble avoir aucune idée de la question. Un esprit de métaphysicien aurait été entièrement captivé (engrossed) par cette question à l’exclusion entière de celle qui concerne le processus public de controverse.*

Est-ce que Peirce annonce ici son intérêt pour ce qui se passe dans les croyances de l’individu, tout membre d’une communauté qu’il soit ? On est tenté de le penser. Précisons ce qui nous fait adopter cette hypothèse : si le progrès scientifique ne résultait finalement que de "petites variations" et d’un équivalent de la "sélection naturelle" au travers de controverses, sans contrepartie du côté de l’esprit individuel de l’enquêteur, on se demande bien pour qui les conceptions seraient finalement rendues plus claires et plus appropriées. Sans tomber dans le travers qui consisterait à psychologiser la logique de la science, il y a là une tâche descriptive qui est imposée à la philosophie fondée sur l’histoire des sciences : or l’indication des usages des nouvelles conceptions permettrait, par leur double aspect, à la fois public et privé, de mener à bien cette mission.