Autrement dit, tout le système du savoir tel que Descartes l’a décrit est tiré, par une opération purement intellectuelle, d’un petit nombre de principes a priori estimés évidents. Cette affirmation est capitale, car elle implique la méconnaissance de la vraie révolution intellectuelle du XVIIe siècle, c’est-à-dire de la méthode consistant à aller des faits aux causes et non plus à supposer des principes universels dans la nature pour en déduire les phénomènes et leurs explications. L’usage cartésien de la notion de causalité tourne le dos à la science de son temps, dont sa philosophie ne peut donc nullement être considérée comme la "totalisation" ni même comme le début d’une prise de conscience moyennement lucide. Inconscient des concepts neufs qui naissaient sous ses yeux, Descartes recommande "de commencer par la recherche des premières causes, c’est-à-dire des principes", ce qui est préconiser le retour aux physiques et aux biologies déductives de l’Antiquité, dans ce que l’Antiquité offrait de plus stérile, et non pas dans ce qu’elle offrait de points d’appui pour lutter contre la scolastique. […]

Aussi ne faut-il pas se méprendre sur les applications pratiques et les expériences dont Descartes annonce le programme à la fin du Discours de la méthode. Il ne se propose pas d’expérimenter au sens où Galilée le faisait. A l’inverse, comme Platon, il a confiance dans la validité absolue de ses principes a priori, aperçus par la seule lumière du raisonnement, et donc, par avance, il est sûr de leur efficacité dans la pratique.