Le mot "théologie", qui apparaît pour la première fois chez Platon (République, II, 379a), signifie d’abord "parole sur le divin" (les poètes de la mythologie grecque sont appelés des "théologiens"). Aristote connaît cet emploi, mais inaugure un nouveau sens, celui de "science de Dieu", qui finira tardivement par s’imposer : au XIIe siècle, Abélard est le premier à l’employer en ce sens ; au XIIIe siècle, saint Thomas parle encore préférablement de "doctrine sacrée". Le mot "ontologie" est beaucoup plus récent. Il semble qu’il apparaisse pour la première fois en 1647, dans un ouvrage du philosophe allemand Johann Clauberg (1622-1665), en concurrence d’ailleurs avec le terme d’ "ontosophie" [comme science qui considère l’être en général] […]. Clauberg est un jésuite, disciple de Descartes, et qui, à travers lui, reçoit l’influence de Suarez. C’est en effet le jésuite espagnol Francisco Suarez (1548-1617) qui, "à la fin du XVIe siècle, sera le premier à redécouvrir cette assimilation prématurée de la science de l’universel et de la science du premier" [Aubenque, La question de Dieu chez Aristote et chez Hegel, 1991, page 265]. […] Avant Suarez, il y aurait eu, chez les médiévaux, une assimilation implicite entre la métaphysique, étude de l’être en tant qu’être, c’est-à-dire de l’être en général, et la théologie, étude de l’Être premier, c’est-à-dire de l’Être par excellence. C’est pourquoi, réduisant l’ontologie à la théologie, les médiévaux n’avaient pas besoin d’un terme particulier (en l’occurrence selon d’ontologie) pour désigner la science de l’être, puisque l’Etre premier est le principe de l’être en général […]. Au contraire, pour Suarez, saisir théologiquement l’Être premier n’est possible que sur la base de la notion commune d’être en général (Disputationes metaphysicae, I, 5, 15) – ce que nous accordons à condition de reconnaître que cette notion n’est elle-même possible que sur la base d’une intuition fontale de l’Etre en tant que tel, ou, si l’on préfère, du sens inné de l’être, qui est le "souvenir" ou la trace subconsciente que l’acte créateur de Dieu a laissé dans notre âme.

Il s’ensuit de la position de Suarez que la science de Dieu, la théologie (philosophique) n’est pas première, mais qu’elle est précédée par la science de l’être en général, Dieu n’étant plus que le premier des êtres particuliers, si l’on ose dire. C’est la conscience explicite de cette distinction entre l’être en général et l’Etre premier que signale l’apparition du mot ontologie. […] Désormais, les traités de philosophie (scolastiques ou non), surtout à partir du leibnizien Christian Wolf (1679-1754), qui imposera l’usage du terme d’ontologie, auront tendance à diviser la métaphysique en deux parties : la "métaphysique générale" ou "ontologie" et la "métaphysique spéciale" qui, sous l’appellation de "théologie rationnelle" ou "théodicée", s’occupera de cet Être spécial qu’est l’Être divin.