dualité originelle

Si les biologistes ont négligé l'auto-organisation, ce n'est pas parce que celle-ci n'est pas omniprésente et profonde. C'est parce que nous, biologistes, n'avons pas encore compris comment penser à des systèmes régis simultanément par deux sources de commande. Pourtant, quand on observe un flocon de neige, on peut voir de simples molécules lipidiques à la dérive dans l'eau se transformer en vésicules lipidiques creuses semblables à des cellules. Qui observe le potentiel de cristallisation de la vie dans des essaims de molécules en réaction, qui voit l'ordre stupéfiant et spontané dans des réseaux reliant des dizaines et des dizaines de milliers de variables, ne peut pas ne pas entretenir une pensée centrale : si nous devons un jour parvenir à une théorie complète en biologie, nous devrons sans aucun doute  comprendre ce mélange d'auto-organisation et de sélection. Nous devrons constater que nous sommes les expressions naturelles d'un ordre plus profond. En fin de compte nous découvrirons peut-être que nous sommes attendus, après tout, dans le grand mythe de la création.

Auteur: Kauffman Stuart Alan

Info:

[ autopoïèse ] [ émergence ] [ science ] [ biologie systémique ] [ prédétermination ]

similitudes

Prélever du sang n'est pas plus abstrait, plus rationnel, plus rigoureux, plus idéal, que traire une vache. En passant de la ferme au laboratoire, on ne va pas du social au scientifique ou du matériel à l'intellectuel. La différence va venir de ce que le monde de la pipette, du bouillon de culture et des cobayes, est un monde-pour-élever-le microbe, comme celui de la ferme est un monde-pour-élever-des-vaches. D'ailleurs, le laboratoire lui-même ne se fait que par déplacement et décalage d'autres lieux et savoir-faire. Le bouillon de culture par exemple est presque du bouillon de cuisine :

"On obtient un bouillon d'infusion en laissant pendant 24 heures, en contact avec deux fois son poids d'eau, de la viande de veau aussi maigre que possible et finement hachée. On décante, on presse le résidu, on cuit une heure le liquide décanté et exprimé, et on filtre. On ajoute alors 1% de peptone et 0.5% de sel marin et assez de solution de soude pour ramener à la neutralité le liquide qui en général est un peu acide." (Duclaux, 1899, T.I, p.105)



 

Auteur: Latour Bruno

Info: in "Les microbes, guerre et paix", éd. Métailié, p. 90-91 - Emile Duclaux : biologiste, disciple de Pasteur (1840-1904)

[ praxis ] [ biologie ] [ recettes ] [ modèles opératoires ]

nombre d'or

Ramassez une pomme de pin et comptez les rangées de spirales des écailles. Vous trouverez peut-être huit spirales s'enroulant vers la gauche et 13 spirales s'enroulant vers la droite, ou 13 spirales à gauche et 21 spirales à droite, ou d'autres paires de chiffres. Le fait marquant est que ces paires constituent des nombres contigus de la célèbre série de Fibonacci : 1, 1, 2, 3, 5, 8, 13, 21... Ici, chaque terme est la somme des deux termes précédents. Le phénomène est bien connu et appelé phyllotaxie. Les biologistes n'ont pas ménagé leurs efforts pour comprendre pourquoi les pommes de pin, les tournesols et bien d'autres plantes présentent ce schéma remarquable. Les organismes font les choses les plus étranges, mais toutes ces bizarreries ne reflètent pas forcément une sélection ou un accident historique. Certains des travaux les plus intéressants pour comprendre la phyllotaxie font appel à une forme d'auto-organisation. Paul Green, de Stanford, a soutenu de manière convaincante que la série de Fibonacci est exactement ce que l'on attendrait comme modèle d'auto-répétition le plus simple pouvant être généré par les processus de croissance particuliers aux extrémités des tissus que générent les tournesols, les pommes de pin et ainsi de suite. Tout comme un flocon de neige et sa symétrie sextuple, la pomme de pin et sa phyllotaxie sont éligibles au sein d'un ordre naturel.

Auteur: Kauffman Stuart Alan

Info: At Home in the Universe: The Search for the Laws of Self-Organization and Complexity

[ émergence ] [ systèmes ] [ pré-mémétique ] [ divine proportion ] [ mécanisme ]

savoirs

La science. Et voilà le labarum* des imbéciles. La science ! Avant le vingtième siècle, la médecine pour ne parler que de cette gueuse, n'avait aucun besoin de la science et daignait à peine s'en recommander. Depuis fort longtemps, elle croupissait dans les déjections de ses malades. Maintenant elle piaffe dans sa propre ordure. La putréfaction se plaignait de n'avoir pas son prophète. Alors Pasteur est venu, Pasteur au nom doux et mélibéen, et le Microbe, en retard de soixante siècles sur la création, est enfin sorti du néant. Quelle révolution ! À partir de lui, tout change. La recherche de la petite bête remplace l'ancien esprit des Croisades. On ne connaît plus que la science, et chaque matassin revendique son animalcule. Tous les sérums, toutes les pestes liquides, tous les écoulements des morts, tout ce qui se passait naguère au fond des sépulcres, est aujourd'hui restitué à la lumière, préconisé, mobilisé, injecté, avalé. La rage, la tuberculose et le choléra sont devenus des apéritifs ou des pousse-café. Le moujick** de la bande vient de découvrir même un jus contre la vieillesse. Il ne tient qu'aux parents d'avantager leurs enfants de quarante ferments d'infection, dès le berceau, et de faire de leurs corps des vases de purulence. Ils sont à l'Institut Pasteur tout un lot de citoyens utiles exclusivement voués à la recherche des moyens de pourrir.

Auteur: Bloy Léon

Info: Exégèse des lieux communs/Mercure de France 1968 <p.135> * labarum : Étendard romain, qui consistait en une longue lance, surmontée d'un bâton qui la traversait à angles droits, d'où pendait une riche pièce d'étoffe couleur de pourpre et quelquefois enrichie de pierres précieuses ; jusqu'au temps de Constantin le Grand, elle portait la figure d'une aigle ; mais ce prince fit mettre à la place une croix avec un chiffre qui exprimait le nom de Jésus, à la suite, dit-on, d'une apparition dans les nues qui lui montrait ce signe et lui annonçait la victoire s'il l'adoptait (Littré) ** Le moujick de la bande : allusion à Élie Metchnikov (1845-1916), biologiste russe, père de l'immunologie moderne. En 1888 Pasteur l'invite à poursuivre ses recherches à l'institut qu'il venait de créer ; il y passera le reste de sa carrière. Il participe à l'élaboration du sérum anticholérique et du vaccin antityphoïdique. En 1908 il reçoit le prix Nobel de médecine pour ses travaux sur l'immunologie

[ ironisés ]

homme-machine

C'est un biologiste - Ludwig von Bertalanffy - qui, il y a longtemps, a perçu l'unité essentielle des concepts et des techniques de systèmes dans les divers domaines de la science et qui, dans ses écrits et ses conférences, a cherché à faire reconnaître la "théorie générale des systèmes" comme une discipline scientifique distincte. Il est toutefois pertinent de noter que les travaux de Bertalannfy et de son école, motivés principalement par les problèmes posés par l'étude des systèmes biologiques, sont beaucoup plus empiriques et qualitatifs dans leur esprit que ceux des théoriciens des systèmes qui ont reçu leur formation dans les sciences exactes. En fait, il y a encore un fossé assez large entre ceux qu'on nommera théoriciens des systèmes "animés" et les théoriciens des systèmes "inanimés", et il n'est pas du tout certain que ce fossé soit réduit, et encore moins comblé, dans un avenir proche. Certains pensent que ce fossé reflète l'inadéquation fondamentale des mathématiques conventionnelles -  celles de points précisément définis comme les fonctions, d'ensembles, les mesures de probabilité, etc. pour l'analyse des systèmes biologiques, et que pour traiter efficacement ces systèmes, nous avons besoin d'un type de mathématiques radicalement différent, les mathématiques des quantités floues ou nébuleuses qui ne sont pas descriptibles en termes de distributions de probabilité. En fait, le besoin de telles mathématiques devient de plus en plus évident, même dans le domaine des systèmes inanimés. 

Auteur: Zadeh Lotfi Aliasker

Info: "From circuit theory to system theory", Proceedings I.R.E., 1962, 50, 856-865. cité dans : Brian R. Gaines (1979) " General systems research : quo vadis ?

[ mobile-immobile ] [ entropie-néguentropie ]

décoratif aliénant

Pensez à la cocaïne. Sous sa forme naturelle, comme les feuilles de coca, elle est sympathique, mais pas au point de devenir un problème plus général. Mais affinez-la, purifiez-la et vous obtenez un composé qui frappe vos récepteurs de plaisir avec une intensité non naturelle. C'est là qu'advient une dépendance.

La beauté a subi un processus similaire, à cause des publicitaires. L'évolution nous a donné un circuit qui réagit à la beauté - appelez-le récepteur de plaisir de notre cortex visuel - et dans notre environnement naturel, il était utile d'en avoir un. Mais prenez une personne avec telle qualité de peau et de structure osseuse comme on en voit une sur un million, ajoutez un maquillage professionnel et des retouches, et vous ne regardez plus la beauté sous sa forme naturelle. Vous voilà avec une beauté de qualité pharmaceutique, la coke de la beauté.

Les biologistes nomment ceci "stimulus surnormal" [...] Nos récepteurs de beauté reçoivent plus de stimuli que ce pourquoi ils ont été conçus, il y a surcharge ; nous voyons plus de beauté en un jour que nos ancêtres n'en voyaient en une vie. Résultat : la beauté ruine lentement nos vies.

Comment ? De la même manière que toute drogue devient un problème : en interférant dans nos relations avec les autres. Nous devenons insatisfaits de l'apparence des gens ordinaires parce qu'ils ne supportent pas la comparaisons avec les mannequins.  

Auteur: Chiang Ted

Info: Stories of Your Life and Others

[ infobésité esthétique ] [ monde photoshop ] [ standards irréalistes ]

signes acoustiques

Il s’est d’abord agi d’un merle. La fenêtre de ma chambre était restée ouverte pour la première fois depuis des mois, comme un signe de victoire sur l’hiver. Son chant m’a réveillée à l’aube. Il chantait de tout son cœur, de toutes ses forces, de tout son talent de merle. Un autre lui a répondu un peu plus loin, sans doute d’une cheminée des environs. Je n’ai pu me rendormir. Ce merle chantait, dirait le philosophe Étienne Souriau, avec l’enthousiasme de son corps, comme peuvent le faire les animaux totalement pris par le jeu et par les simulations du faire semblant. Mais ce n’est pas cet enthousiasme qui m’a tenue éveillée, ni ce qu’un biologiste grognon aurait pu appeler une bruyante réussite de l’évolution. C’est l’attention soutenue de ce merle à faire varier chaque série de notes. J’ai été capturée, dès le second ou le troisième appel, par ce qui devint un roman audiophonique dont j’appelais chaque épisode mélodique avec un “et encore ?” muet. Chaque séquence différait de la précédente, chacune s’inventait sous la forme d’un contrepoint inédit.

Ma fenêtre est restée, à partir de ce jour, chaque nuit ouverte. À chacune des insomnies qui ont suivi ce premier matin, j’ai renoué avec la même joie, la même surprise, la même attente qui m’empêchait de retrouver (ou même de souhaiter retrouver) le sommeil. L’oiseau chantait. Mais jamais chant, en même temps, ne m’a semblé si proche de la parole.

Auteur: Despret Vinciane

Info: Habiter en oiseau

[ turdus merula ] [ communication sonore ] [ homme-animal ]

homme-animal

Il s’est d’abord agi d’un merle. La fenêtre de ma chambre était restée ouverte pour la première fois depuis des mois, comme un signe de victoire sur l’hiver. Son chant m’a réveillée à l’aube. Il chantait de tout son cœur, de toutes ses forces, de tout son talent de merle. Un autre lui a répondu un peu plus loin, sans doute d’une cheminée des environs. Je n’ai pu me rendormir. Ce merle chantait, dirait le philosophe Étienne Souriau, avec l’enthousiasme de son corps, comme peuvent le faire les animaux totalement pris par le jeu et par les simulations du faire semblant. Mais ce n’est pas cet enthousiasme qui m’a tenue éveillée, ni ce qu’un biologiste grognon aurait pu appeler une bruyante réussite de l’évolution. C’est l’attention soutenue de ce merle à faire varier chaque série de notes. J’ai été capturée, dès le second ou le troisième appel, par ce qui devint un roman audiophonique dont j’appelais chaque épisode mélodique avec un “et encore ?” muet. Chaque séquence différait de la précédente, chacune s’inventait sous la forme d’un contrepoint inédit.

Ma fenêtre est restée, à partir de ce jour, chaque nuit ouverte. À chacune des insomnies qui ont suivi ce premier matin, j’ai renoué avec la même joie, la même surprise, la même attente qui m’empêchait de retrouver (ou même de souhaiter retrouver) le sommeil. L’oiseau chantait. Mais jamais chant, en même temps, ne m’a semblé si proche de la parole. 

Auteur: Despret Vinciane

Info: Habiter en oiseau

[ richesse vocale ]

génotypage

Le big data génétique aurait comblé Galton, le cousin eugéniste de Darwin. Obsédé par la mesure mathématique — des mensurations, comportements et caractères transmis — il est le créateur de la biométrie et de la "psychométrie". C’est en étudiant les statistiques sur les lignées qu’il veut perfectionner la sélection artificielle, préfigurant ainsi la génétique des populations. Avec l’eugénisme, il élabore une théorie biologique, mais aussi une méthode de gestion centralisée du cheptel humain par l’exploitation des données. Après lui en 1904, le biologiste américain Davenport, financé par la Carnegie Institution, poursuit la recherche sur l’eugénisme en dépouillant des millions de fiches sur les Américains stockées dans le laboratoire de Cold Spring Harbor.

Un siècle plus tard, les données sont numérisées, elles incluent des millions de génomes séquencés et leur traitement s’opère avec les moyens de l’intelligence artificielle.

Un outil performant, assurent les fondateurs de Genomic Prediction, pour la sélection d’embryons selon la taille, le poids, la couleur de peau, la prédisposition à certaines pathologies, voire le QI. D’après la revue du Massachusetts Institute of Technology, cette start up américaine est financée par des magnats transhumanistes de la Silicon Valley et son patron, le bio-informaticien danois Laurent Tellier, s’inspire du film Bienvenue à Gattaca. Son associé, Stephen Hsu, compte sur les "milliardaires et les types de la Silicon Valley" pour utiliser sa technologie et "faire des FIV même quand ils n’ont pas besoin de FIV". Ensuite, dit-il, le reste de la société suivra. Ceux qui en auront les moyens.

Auteur: PMO Pièces et main-d'oeuvre

Info: Dans "Alertez les bébés ! ", éditions Service compris, 2020, pages 39-40

[ séquençage ] [ création de la demande ]

biologiste

- Et qu'est-ce qui a provoqué la rencontre, demandai-je, entre la mouche domestique et vous?
Extrayant quelques arêtes de poisson de sa barbe, Orlik me raconta qu'il avait consacré trente ans de sa vie à étudier certains aspects du mammouth laineux, ce travail l'ayant conduit jusqu'aux toundras de Sibérie où l'on trouve parfois des mammouths congelés dans le permafrost. Ses recherches - bien que généralement sa modestie l'empêchât de le mentionner - avaient vu leur aboutissement dans son article magistral : "Le mammouth et ses parasites." Mais à peine l'avait-il publié qu'il ressentit le besoin d'orienter ses travaux vers quelque créature inférieure.
"J'ai décidé, dit-il, à étudier Musca domestica dans la zone urbaine de Prague."
Tout comme son ami M. Utz pouvait dire au premier coup d'oeil si une pièce de porcelaine de Saxe avait été fabriquée à partir de l'argile blanche de Colditz ou de celle des Erzgebirge, les monts Métallifères, lui, Orlik, après avoir examiné sous un microscope la membrane irisée d'une aile de mouche, affirmait savoir si l'insecte venait de Mala Strana, de Zidovské Mesto ou de l'une des décharges qui entouraient la nouvelle cité-jardin.
Il avoua être ravi de la vitalité de la mouche. Il était de bon ton chez ses collègues entomologistes - tout particulièrement chez les membres du parti - de s'émerveiller devant le comportement des insectes sociaux, les fourmis, les abeilles, les guêpes et les autres espèces d'hyménoptères qui s'organisaient en communautés enrégimentées.
"Mais la mouche, dit Orlik, est une anarchiste.
- Chut! dit Utz. Ne prononcez pas ce mot!

Auteur: Chatwin Bruce

Info: Utz

[ insectes ]