palier évolutif

La découverte d'une extraordinaire symbiose marine résout l'un des grands mystères de l'océan

Une équipe dirigée par l'Institut Max Planck de microbiologie marine a mis au jour la symbiose entre une bactérie Rhizobium et une algue marine du groupe des diatomées. Ce couple d'organismes permettrait d'expliquer une grande partie de la fixation de l'azote dans l'océan – un processus crucial.

C'était l'un des grands mystères dont les biologistes marins cherchaient encore la clé : comment, en dehors des régions océaniques riches en cyanobactéries, les végétaux marins obtiennent-ils de l'azote sous une forme qu'ils sont capables d'assimiler ?

Il aura fallu une grande expédition océanographique depuis la côte allemande jusqu'aux zones tropicales de l'Atlantique Nord, et quatre années d'analyses ADN, pour résoudre l'énigme. La réponse, dévoilée dans une étude publiée par la revue Nature (9 mai 2024), tient en un mot : la symbiose.

Cette association très intime entre deux êtres vivants a façonné la planète telle que nous la connaissons aujourd'hui, depuis les récifs coralliens (symbiose entre le corail et l'algue zooxanthelle) jusqu'à la mycorhize,  fine dentelle qui fait vivre nos sols (symbiose entre des champignons et les racines des plantes). Et trouve désormais une nouvelle illustration.

Un travail de détective

Partie de la côte allemande à bord de deux navires direction les tropiques en 2020, l'équipe dirigée par des chercheurs de l'Institut Max Planck de microbiologie marine a recueilli plusieurs centaines de litres d'eau de mer. Dans cet échantillon massif, il leur a d'abord fallu repérer le gène codant pour une enzyme impliquée dans la fixation biologique de l'azote, pour ensuite reconstituer pas à pas le reste du génome de l'organisme inconnu qui s'avérait capable d'effectuer cette transformation chimique.

"Il s'est agi d'un travail de détective long et minutieux", confie Bernhard Tschitschko, premier auteur de l'étude et expert en bio-informatique (communiqué), "mais en fin de compte, le génome a résolu de nombreux mystères. Nous savions que le gène de la nitrogénase provenait d'une bactérie apparentée (au genre) Vibrio, mais de manière inattendue, l'organisme lui-même était étroitement lié aux (bactéries) Rhizobia qui vivent en symbiose avec les légumineuses."

En effet, sur la terre ferme, les bactéries du genre Rhizobium se trouvent en symbiose avec les racines des plantes légumineuses, telles que les haricots ou les pois, au niveau de petits renflements appelés "nodosités". En échange d'azote assimilable par ses propres cellules, le végétal fournit à son minuscule symbiote de l'énergie ainsi qu'un milieu pauvre en oxygène, propice à son activité.

Mais dans l'océan, quel hôte pouvait bien héberger ces précieux fixateurs d'azote ? À l'aide d'un marquage fluorescent appliqué à ces bactéries, les auteurs de l'étude ont constaté que celles-ci se nichaient à l'intérieur de diatomées – des algues microscopiques faisant partie de la composition du plancton. Il s'agit selon eux de la " première symbiose connue entre une diatomée et un fixateur d'azote autre qu'une cyanobactérie. " 

Le stade précoce d'une fusion ?

La bactérie symbiotique, qui a reçu le nom (provisoire) de Can­did­atus Tecti­glo­bus di­at­omi­c­ola, reçoit du carbone de la part de l'algue en échange d'une forme d'azote assimilable par celle-ci… et pas qu'un peu, d'ailleurs !

" Pour soutenir la croissance de la diatomée, la bactérie fixe 100 fois plus d'azote qu'elle n'en a besoin pour elle-même ", détaille Wiebke Mohr, co-auteur de l'étude.

En retournant en mer, les scientifiques ont repéré cette nouvelle symbiose un peu partout dans le monde, en particulier dans des zones pauvres en cyanobactéries. Ce qui tend à confirmer le rôle crucial joué par cette intime alliance dans le fonctionnement de l'écosystème marin, lequel absorbe la moitié du dioxyde de carbone émis par les activités humaines, limitant ainsi en partie le réchauffement climatique.

Par ailleurs, les auteurs notent que cette symbiose bactérie-diatomée pourrait constituer le stade précoce d'une fusion entre deux organismes pour n'en former qu'un, le plus petit étant amené à devenir un simple organite, ou compartiment cellulaire, au sein du plus grand. Un processus qui s'est déjà produit au cours de l'évolution, donnant naissance aux mitochondries, les " usines à énergie " de nos cellules, ainsi qu'aux chloroplastes, sièges de la photosynthèse chez les végétaux.



 

Auteur: Internet

Info: geo.fr - Nastasia Michaels, 14 mai 2024

[ microbiome ]

chainon manquant

La question de l'origine de l'arbre de vie, vieille de plusieurs décennies, pourrait enfin être résolue

Des scientifiques utilisent une nouvelle application de l'analyse chromosomique pour répondre enfin à une question qui a interpellé les biologistes pendant plus d'un siècle.

Après des décennies de débats, des scientifiques pensent avoir identifié l'ancêtre le plus récent de la sœur de tous les animaux grâce à l'utilisation novatrice d'une technique analytique. Cette découverte résout une question centrale concernant l'évolution de l'arbre de la vie animale dans son ensemble.

Tous les animaux descendent d'un seul ancêtre commun, un organisme multicellulaire qui a probablement vécu il y a plus de 600 millions d'années. Cet ancêtre a eu deux descendances : l'une qui a conduit à l'évolution de toute la vie animale, et l'autre qui est considérée comme la sœur de tous les animaux.

Dans leur quête pour identifier les animaux vivants les plus étroitement liés à ce groupe jumeau, les scientifiques ont réduit les possibilités à deux candidats : les éponges de mer et les méduses à peigne (cténophores). Cependant, les preuves concluantes de l'existence de l'un ou l'autre de ces candidats n'ont pas encore été apportées.

Une nouvelle étude, publiée le 17 mai dans la revue Nature, vient de résoudre ce débat de longue haleine grâce à l'utilisation novatrice de l'analyse chromosomique.

La solution est apparue alors que Darrin T. Schultz, auteur principal et actuel chercheur postdoctoral à l'université de Vienne, et une équipe multi-institutionnelle séquençaient les génomes (l'ensemble des informations génétiques) de la méduse et de ses proches parents afin de mieux comprendre leur évolution.

Plutôt que comparer des gènes individuels, l'équipe a examiné leur position sur les chromosomes d'une espèce à l'autre. Bien que l'ADN subisse des modifications au cours de l'évolution, les gènes ont tendance à rester sur le même chromosome. Dans de rares cas de fusion et de mélange, les gènes sont transférés d'un chromosome à l'autre dans le cadre d'un processus irréversible. Schultz compare ce processus au mélange d'un jeu de cartes. Si vous avez deux jeux de cartes et que vous les mélangez "il est impossible de les démélanger comme elles étaient avant, la probabilité d'une telle opération est presque impossible", a déclaré Schultz à Live Science.

En d'autres termes, une fois qu'un gène s'est déplacé d'un chromosome à l'autre, il n'y a pratiquement aucune chance qu'il réapparaisse dans sa position d'origine à un stade ultérieur de l'évolution. En examinant le mouvement à grande échelle de groupes de gènes à travers les groupes d'animaux, Schultz et son équipe ont pu obtenir des informations importantes sur l'arbre généalogique de ces animaux.

L'équipe a trouvé 14 groupes de gènes qui apparaissaient sur des chromosomes distincts chez les méduses à peigne et leurs parents unicellulaires "non animaux". Il est intéressant de noter que chez les éponges et tous les autres animaux, ces gènes ont été réarrangés en sept groupes.

Étant donné que l'ADN de la méduse à peigne conserve les groupes de gènes dans leur position d'origine (avant leur réarrangement en sept groupes), cela indique qu'elle est la descendantes du groupe frère qui s'est détaché de l'arbre généalogique animal, avant que le mélange ne se produise.

En outre, les réarrangements de l'emplacement des gènes qui étaient communs aux éponges et à tous les autres animaux suggèrent un ancêtre commun dont ces réarrangements sont l'héritage. Ces résultats résolvent donc la question controversée quant à l'ensemble de l'arbre de vie des animaux et son origine.

Depuis que les ancêtres des méduses à peigne et des éponges se sont détachés de l'arbre généalogique, leurs descendants modernes n'ont cessé d'évoluer, de sorte que nous ne pouvons pas utiliser ces informations pour indiquer à quoi ressemblaient exactement les premiers animaux. Toutefois, les scientifiques estiment qu'il sera très utile d'étudier ces animaux modernes à la lumière de ces nouvelles informations sur leur lignée. "Si nous comprenons comment tous les animaux sont liés les uns aux autres, cela nous aide à comprendre comment les animaux ont évolué et ce qui fait d'eux ce qu'ils sont", a déclaré M. Schultz.

Auteur: Internet

Info: https://www.livescience.com/, 22 mai 2023, article de Sarah Moore

[ animal-végétal ] [ évolution du vivant ] [ septénaire ]

coïncidences

CES MORTS QUI EN ONT SUPPLANTÉS D'AUTRES

Jean d’Ormesson, écrivain et Académicien français s’est éteint mardi. Le lendemain, c’était au tour de Johnny Hallyday de nous quitter. 

Lady Di et Mère Teresa,

Lady Di est morte un 31 août, éclipsant malgré elle le décès de son amie Mère Teresa, disparue cinq jours plus tard.

Jean Cocteau et Edith Piaf

Edith Piaf meurt le 10 octobre 1963 à Grasse, mais son ami Jean Cocteau apprend la nouvelle le lendemain. Il se se serait écrié : "C'est le bateau qui achève de couler. C'est ma dernière journée sur cette terre."  Avant de s'éteindre lui-même une demi-heure plus tard. Ce qui semble bien être un légende

Farrah Fawcett et Michael Jackson

La femme au sourire et brushing les plus célèbres des années 1970, s'est éteinte des suites d'un cancer le même jour que Michael Jackson, le 25 juin 2009, à l'âge de 62 ans. Les obsèques de l'actrice américaine ont eu lieu mardi 30 juin à Los Angeles, dans la cathédrale Notre-Dame-des-Anges. Seulement quelques dizaines d'admirateurs s'étaient réunis à l'extérieur de l'église pour un ultime hommage à l'actrice. 

De l'autre côté, Michael Jackson, fut inhumé jeudi 3 septembre au soir dans la plus stricte intimité.  

River Phoenix et Federico Fellini 

En 1993, le jeune acteur prometteur River Phoenix, 23 ans, meurt d'une overdose à la sortie d'une boîte de nuit, dont Johnny Depp est co-propriétaire, le soir d'Halloween-  Le jour précédent cette nuit tragique, le monde faisait ses adieux à l'un des plus grands et célèbres réalisateurs italiens du XXe siècle : Federico Fellini. Une mort totalement occultée par Hollywood et la presse américaine, qui se focalisent davantage sur le décès brutal de la jeune star montante. 

Ingmar Bergman et Michelangelo Antonioni

30 juillet 2007 : jour de deuil pour le septième art qui dit adieu à deux géants. Michelangelo Antonioni – cinéaste italien tourné vers la modernité et célébré pour ses films "Blow Up" ou "l'Avventura" – et Ingmar Bergman – cinéaste suédois connu pour son œuvre marquée par des questionnements sur le couple, la mort, la solitude, dont notamment "le Silence" – meurent le même jour. 

Aldous Huxley, C. S. Lewis et JFK  

Les deux écrivains sont morts le même jour, le 22 novembre 1963. Une date qui vous rappelle sûrement autre chose : celle de l'assassinat du président américain John Fitzgerald Kennedy. Non seulement les deux romanciers meurent le même jour que le président en exercice d'une des plus grandes puissances mondiales, mais ils tombent en plus sur celui dont la mort reste un des grands mystères du XXe siècle.

Prokofiev et Staline 

Le compositeur russe Sergueï Prokofiev meurt le 5 mars 1953 à Moscou, à une heure d'intervalle du dirigeant soviétique Staline. "La Pravda", journal du parti bolchévique, se concentre alors exclusivement sur la mort du "petit père des peuples" et met même... plusieurs jours avant d'annoncer celle de Prokofiev.

John Adams et Thomas Jefferson

En plus d'avoir exercé le même prestigieux et tant désiré métier, ils sont morts le même jour, à quelques heures d'intervalle. John Adams et Thomas Jefferson, les deuxième et troisième présidents des Etats-Unis, se sont suivis dans la mort le 4 juillet 1826. Le jour commun de leur décès est également celui de... la fête nationale américaine. Plus intriguant encore pour tous les adeptes des théories du complot en tout genre : le 4 juillet 1826 marque les 50 ans jour pour jour de la signature de la Déclaration d'indépendance, que John Adams et Thomas Jefferson avaient co-rédigée.

William Shakespeare et Miguel de Cervantes

Il y a également ceux qui meurent le même jour sans que ce soit le même jour. C'est le cas de William Shakespeare et Miguel de Cervantes qui meurent le 23 avril 1616... mais pas la même journée ! 

Une bizarrerie due au calendrier. L'Espagne, tout comme la France, était passée dès 1582 au calendrier grégorien (celui qui toujours en vigueur aujourd'hui), tandis que la Grande-Bretagne a conservé l'ancien calendrier (le calendrier julien) jusqu'en 1752.

En réalité, Cervantes est donc mort onze jours après Shakespeare. 

Auteur: Internet

Info: Mix de Mg, entre autres pompé sur le texte de Barbara Krief sur https://www.nouvelobs.com/

[ célébrités ] [ vedettes ] [ personnages ]

dernières paroles

Homère, disparu au fond des âges, pour autant qu'il ait existé en tant qu’individu. Zoroastre, mort vénéré, mais sans avoir laissé de derniers mots. Les versions de la mort d'Emphédocle sont pléthoriques et légendaires, la plus épique racontant qu’il se serait alors jeté dans le cratère de l’Etna et que le volcan aurait rejeté sa sandale… qui était de bronze! Héraclite d’Ephèse aurait demandé qu’on enduise son corps de fumier. Ainsi, rendu méconnaissable, il aurait été dévoré vif par une meute de chiens! De Lao Tseu, on sait si peu de chose que son existence peut apparaître comme un mythe. Aristote disparut à 63 ans d'une maladie de l'estomac. Pythagore fut massacré par les Crotoniates, à moins qu’il n’ait vécu le reste de sa vie ailleurs, comme d’aucuns le prétendent. La légende raconte que Démocrite décida d’en finir et qu’il diminua progressivement sa ration de nourriture jusqu’à ne plus rien manger. Sans parler de Chrysippe mort de rire en voyant un âne manger des figues… Zeuxis idem, mort d'hilarité en peignant une vieille femme ridée. Nous n’avons rien trouvé sur la fin de Thucydide, d’Hérodote et de Xénophon. A notre connaissance, on ne sait pas non plus comment est mort Plutarque, Tacite encore moins. On dit que Li Taï Po, grand buveur, tomba à l’eau, ivre avant d’être mort. Dù Shàolíng serait décédé d’avoir trop mangé après être resté plusieurs jours à la diète. Maître Eckhart expira en 1328 sur la route d’Avignon où il allait défendre sa cause auprès du pape Jean XXII. Villon, à la suite de son bannissement, s’évanouit dans la nature dès janvier 1463. Spinoza et Leibniz trépassèrent dans l'indifférence de leur époque. Le cardinal de Retz, pris d'un malaise en 1679, meurt dix jours plus tard chez sa confidente, la duchesse de Lesdiguières. Alors qu’il soupait avec appétit, La Bruyère perdit tout d'un coup la parole et montra alors sa tête comme le siège de son mal. Saignée, émétique, lavement de tabac, rien n'y fit. La Fontaine aurait eu, juste avant d’expirer, des remords quand à ses pièces libertines (on réalisa à son décès, oh surprise!, qu'il portait un cilice.) Max Stirner fit le grand saut dans la solitude et le dénuement à Berlin. L'état civil nota laconiquement sur les registres officiels: "Ni mère, ni femme, ni enfants."  Carl Friedrich Gauss disparut pendant son sommeil, comme Théophile Gautier. Nietzsche sombra définitivement dans la démence le 3 janvier 1889. Dans une rue de Turin, mû par une impulsion subite, il s'effondra en larmes au cou d'un cheval qui avait dérapé sur le pavé. Il décédera onze ans plus tard. Zola fut retrouvé à l’état de cadavre, traîtreusement asphyxié par un feu de briquettes sans fumée. René Daumal, mourut à trente-six ans miné par la tuberculose. On vient de retrouver, au large de Marseille, l’avion d’Antoine de Saint-Exupéry, porté disparu depuis 1944 lors d'un vol au-dessus de la Méditerranée. Seize ans après cette disparition, Albert Camus était effacé par un accident d'automobile. Albert Einstein murmura quelques mots en allemand, mais on ne sait pas lesquels. Buster Keaton, mort d’un cancer du poumon, ne pouvait pas décemment laisser de dernière parole. Pierre Dac, homme timide et presque effacé, passera de vie à trépas dans la plus grande discrétion. René Goscinny aurait eu une crise cardiaque sur le vélo de son cardiologue. Glenn Gould disparut prématurément à cinquante ans des suites d'une congestion cérébrale. Tennessee Williams exhala son dernier soupir, délaissé, dans sa chambre d'hôtel new-yorkais. L’écrivain John Fante, aveugle en fin de vie en raison des complications entraînées par son diabète, mourut après avoir dicté son dernier livre à sa femme. Primo Levi se suicida sans dernier message, mais celui-ci nous était transmis depuis longtemps. Marguerite Yourcenar décéda d’une hémorragie cérébrale à l'hôpital de l’île du Mont-Désert où elle résidait depuis longtemps. Isaac Asimov disparaissait un 6 avril à 2 h du matin à cause d’une insuffisance rénale et de problèmes cardiaques. Cioran, le grand vindicatif, s’éteignit à petit feu, miné par la maladie d’Alzheimer, tout comme Alfred E. Van Vogt. En 1980, Alfred Hitchcock ne ressortit pas de son sommeil, Félix Leclerc non plus en 1988, de même que, quatorze ans plus tard, l’essayiste autrichien Ivan Illich…

Auteur: Mg

Info: Dictionnaire des dernières paroles, Favre Ed 2005. Préface

[ manquantes ]

émasculés

Il y a 2 sortes d'eunuques, les uns déguisés en hommes, les autres en femmes. Les eunuques déguisés en femmes imitent celles-ci en tout : costume, parler, gestes, gentillesse, timidité, simplicité, douceur et modestie.
Les actes qui s'opèrent sur le jaghana ou partie médiane des femmes se font dans la bouche de ces eunuques : c'est ce qu'on appelle Aupahshtaka. Ces eunuques trouvent dans le congrès buccal un plaisir d'imagination, en même temps qu'un gagne-pain, et ils mènent la vie des courtisanes, surtout ceux qui sont déguisés en femmes.
Les eunuques déguisés en hommes tiennent leurs pratiques secrètes, et quand ils veulent exercer une profession, ils choisissent celle de masseur. Sous prétexte de vous masser, un eunuque de cette sorte embrasse et attire à lui les cuisses de son client, puis il lui touche les attaches des cuisses et le jaghana, ou les parties centrales du corps.
Si, alors, il trouve le Lingam en érection, il le presse de ses mains et le frotte pour le maintenir dans cet état. Si, après cela et connaissant son intention, le client ne dit pas à l'eunuque de continuer, celui-ci prend sur lui de le faire et commence le congrès. Si, au contraire, le client lui ordonne d'agir, il s'y refuse et ne consent enfin qu'avec difficulté.
Suit alors une série de 8 opérations pratiquées l'une après l'autre par l'eunuque, savoir :
Cette pratique paraît avoir été usitée très anciennement dans certaines parties de l'Inde. Le Shushnata, un ouvrage de médecine qui remonte à 2.000 ans, décrit, au nombre des maladies dont il traite, la blessure faite au Lingam par les dents. On trouve des traces de cette pratique jusque dans le VIIe siècle.
Il existe, en effet, des scènes d'Aupahshtaka dans les sculptures de plusieurs temples de Shaiva à Bhuvaneshwara, près de Kattak, dans l'Orissa, qui ont été construits vers cette époque. De telles sculptures sur de tels édifices donnent à penser que cette pratique était alors très populaire dans certaines régions. Il ne paraît pas qu'elle soit aussi en faveur aujourd'hui dans l'Hindoustan : elle a peut-être cédé la place à la sodomie, introduite depuis la période mahométane.
1. Congrès nominal
Lorsque, tenant le Lingam de l'homme avec sa main, et le plaçant entre ses lèvres, l'eunuque le frôle de sa bouche, cela s'appelle congrès nominal.
2. Mordillage des côtés
Lorsque, couvrant l'extrémité du Lingam avec ses doigts rassemblés en forme de bouton de fleur, l'eunuque en presse les côtés avec ses lèvres, en se servant aussi des dents, cela s'appelle Mordillage des côtés.
3. Pression extérieure
Lorsque, sollicité de continuer, l'eunuque presse le bout du Lingam avec ses lèvres serrées et l'embrasse comme s'il voulait le tirer, cela s'appelle pression extérieure.
4. Pression intérieure
Lorsque, sur une nouvelle invitation de poursuivre, il introduit le Lingam plus avant dans sa bouche, le presse avec ses lèvres et ensuite le fait sortir, cela s'appelle pression intérieure.
5. Baiser
Lorsque, tenant le Lingam dans sa main, l'eunuque l'embrasse comme s'il faisait la lèvre inférieure, cela s'appelle baiser.
6. Polissage
Lorsque, après l'avoir baisé, il le caresse partout avec sa langue, et particulièrement sur l'extrémité, cela s'appelle polissage.
7. Succion de la mangue
Lorsque, continuant de la sorte, il en introduit la moitié dans sa bouche, l'embrasse et le suce avec force, cela s'appelle succion de la mangue.
8. Absorption
Et enfin, lorsque, du consentement de l'homme, l'eunuque introduit le Lingam tout entier dans sa bouche et le presse jusqu'à la racine comme s'il allait l'avaler, cela s'appelle absorption.
Chacune de ces opérations terminées, l'eunuque exprime son désir d'en rester là. Malgré la première, le client veut la seconde, puis la troisième, et ainsi de suite.
On peut aussi, pendant cette espèce de congrès, frapper, égratigner, etc.
L'Auparishtaka est également pratiqué par des femmes dissolues et libertines, et par des servantes non mariées, qui vivent de la profession de masseuse.
Les Acharyas (anciens et vénérables auteurs) sont d'avis que cet Auparishtaka est l'affaire d'un chien et non celle d'un homme, parce que c'est une pratique basse et prohibée par la Sainte Écriture, et parce que l'homme lui-même souffre en mettant son Lingam en contact avec les bouches des eunuques et des femmes. (...)

Auteur: Kamasutra

Info: Chapitre IX, De l'auparishtakai ou congrès buccal

[ femmes-hommes ] [ homosexualité ]

méta-moteur

Un cerveau moléculaire dans le ribosome ?
L'analyse des structures tridimensionnelles des ribosomes des trois grands phylums du vivant par des chercheurs de l'Institut de microbiologie de la Méditerranée, montre que les protéines ribosomiques communiquent entre-elles par des extensions qui forment un réseau étrangement similaire aux réseaux de neurones des "cerveaux" d'organismes simples. L'organisation de ce réseau qui interconnecte les sites fonctionnels distants du ribosome, suggère qu'il pourrait transférer et traiter le flux d'information qui circule entre eux pour coordonner par des "synapses moléculaires" les tâches complexes associées à la biosynthèse des protéines. Cette étude est publiée dans la revue Scientific Reports.
Le ribosome, organite cellulaire formé d'ARN et de protéines, assure la traduction du code génétique dans les cellules: il réunit les ARN de transfert aminoacylés le long de l'ARN messager, pour fabriquer une protéine dont la séquence est dictée par celle de l'ARN messager. Ce processus constitue une véritable chorégraphie dans laquelle la fixation de nombreux acteurs moléculaires (substrats, facteurs de traduction) s'accompagne de mouvements complexes coordonnés dans le temps et l'espace.
La résolution de la structure des ribosomes d'archées et de bactéries par cristallographie aux rayons X a permis d'observer ces mécanismes à l'échelle moléculaire. Elle a aussi mis en lumière le mode d'action des antibiotiques les plus courants et surtout ouvert une fenêtre sur les origines de la Vie. En effet, le ribosome est universel et a évolué par accrétion. Ces découvertes ont valu le prix Nobel de chimie 2009 à T. Steitz, V. Ramakrishnan et A. Yonath. Peu de temps après, Marat Yusupov à l'Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire à Strasbourg, a réalisé l'exploit considérable de résoudre la structure à haute résolution d'un ribosome eukaryote, beaucoup plus gros et plus complexe. Cependant, dans ces structures vertigineuses, il restait encore un mystère à élucider: pourquoi les protéines ribosomiques ont-elles de si longues extensions filamenteuses qui se faufilent entres les groupements phosphates du labyrinthe de l'ARN ribosomique ? On a longtemps pensé que ces extensions, très chargées positivement (riches en arginines et lysines), servaient à neutraliser les charges négatives de l'ARN et à aider son repliement en 3D.
En analysant l'ensemble de ces données cristallographiques, les chercheurs marseillais proposent une explication tout à fait différente. Ils montrent que ces extensions radient dans tout le ribosome pour former un vaste réseau qui interconnecte les protéines ribosomiques entre-elles. Celles-ci interagissent par des interfaces très particulières et très conservées au cours de l'évolution. Cependant, ces zones de contact sont bien plus petites que les zones de contact observées habituellement entre les protéines destinées à stabiliser leurs interactions. Ici, elles sont limitées à quelques acides aminés et sont caractérisées par un type d'interaction très particulier (interactions entre acides aminés basiques et aromatiques) que l'on retrouve justement entre de nombreux neuromédiateurs et récepteurs dans le cerveau. Ces zones de contact évoquent des "synapses moléculaires" qui permettraient la transmission d'une information d'une protéine à l'autre. Il est à noter que l'établissement de la structure cristallographique de la protéine ribosomique bL20 d'une bactérie thermophile, avait déjà montré qu'une information structurale pouvait se propager le long de sa longue extension en hélice, d'une extrémité à l'autre de la protéine.
En outre, ce réseau présente une analogie frappante avec des réseaux de neurones ou avec le cerveau d'organismes simples comme C. elegans qui ne comporte que quelques dizaines de neurones. Comme les neurones, les protéines ribosomiques se répartissent en protéines "sensorielles" qui innervent les sites fonctionnels distants à l'intérieur du ribosome (sites de fixation des tRNAs, des facteurs de traductions et sites qui canalisent la sortie de la protéine synthétisée) et les "inter-protéines" qui établissent des ponts entre-elles. Cette organisation suggère que ce réseau forme une sorte de "cerveau moléculaire" permettant d'échanger et de traiter le flux d'information traversant le ribosome, pour coordonner les différentes étapes et les mouvements complexes pendant la traduction.
Le concept de "cerveau moléculaire" fait faire un grand saut d'échelle dans les propriétés du vivant et en particulier ses systèmes de traitement de l'information. Il ouvre de nouvelles perspectives tant en biologie fondamentale qu'en nanotechnologie.
Il reste maintenant à élucider la nature des signaux échangés entre les protéines et les mécanismes "allostériques" qui permettent la communication et le traitement de l'information au sein de ces réseaux.

Auteur: Internet

Info: http://www.techno-science.net, 12 juin 2016

femmes-par-homme

Au respectable Luigi Guicciardini de Mantoue qui m’est aussi cher qu’un frère, Diantre, Luigi, voyez à quel point, dans des affaires de même sorte, la fortune donne aux hommes différentes fins. Vous qui veniez de vous foutre d’elle, vous avez eu envie de vous refoutre d’elle et vous en voulez une autre prise. Pour ma part, arrivé là depuis quelques jours, aveuglé par les frustrations du mariage, je tombai sur une vieille femme qui lavait mon linge. Elle habitait une maison plus qu’à demi enterrée, où la lumière ne pénétrait que par l’entrée. Un jour, passant par là, elle me reconnut et m’ayant fait bon accueil, elle me demanda de daigner entrer un moment chez elle, où elle avait de belles chemises à me montrer, dans le cas où je désirerais lui en acheter. Croyant à une bonne affaire, une fois à l’intérieur, je vis dans une faible lumière une femme, dont la tête et le visage étaient cachés par un bout de toile, qui jouait la honteuse, reléguée dans un coin de la pièce. La vieille scélérate me prit par la main et, m’ayant mené à cette dernière, elle me dit : – Voilà la chemise que je veux vous vendre, mais essayez-la d’abord, vous paierez ensuite. – Moi, tout timide que je suis, j’en fus tout déconfit, mais je restai seul avec elle dans le noir, puisque la vieille femme était sortie sur le champ en refermant la porte. Pour faire bref, je forniquai un coup et bien que je trouvai ses cuisses flasques et son con humide, et que son haleine empestait un peu, je n’en étais pas moins empreint d’un rut si désespéré que je la possédai. Une fois l’affaire conclue, me venant aussi l’envie de voir la marchandise, je prélevai un tison rougeoyant de l’âtre et j’allumai une lanterne qui pendait là, mais à peine avais-je allumé la lumière qu’elle faillit me tomber des mains. Hélas, je manquai de tomber raide mort sur le sol tant cette femme était laide. La première chose qu’on voyait d’elle était une touffe de cheveux à mi-chemin entre le noir et le blanc, d’un gris sale, et bien qu’elle fut au sommet de son crâne chauve, sur la calvitie duquel on voyait se promener à découvert quelques poux, de rares cheveux, dont l’implantation descendait jusqu’au-dessus des yeux, venaient s’y ajouter. Sa petite tête ridée était traversée en son milieu par une cicatrice de feu, comme si elle avait été marquée au fer rouge près de la colonne du Marché. Ses cils, au niveau de leurs racines, formaient des bouquets de poils plein de lentes. Ses yeux, dont l’un était plus grand que l’autre, n’étaient pas à la même hauteur, leurs coins étaient plein de chassie et leurs paupières recouvertes d’emplâtres. Son nez tout fripé s’enfonçait dans son visage et l’une de ses narines, entaillée, était remplie de morve. Sa bouche ressemblait à celle de Laurent de Médicis mais, tordue d’un côté, il en sortait un filet de bave, car faute de dents elle ne pouvait retenir la salive. Une moustache clairsemée recouvrait sa lèvre supérieure de poils assez longs, et de son menton en galoche, à la fois long et pointu, pendait un lambeau de peau qui descendait jusqu’à la base de sa gorge. Comme la vue de ce monstre me stupéfia et que je me sentis tout à fait perdu, la femme s’en aperçut et voulut me dire : – Qu’avez-vous monsieur ? – mais en vain, parce qu’elle était bègue, et tandis qu’elle ouvrait la bouche, il s’en échappa une haleine si pestilentielle que se trouvèrent offensées par cette puanteur les portes de deux sens très dédaigneux, mes yeux et mon nez, et portées à un dédain si grand que mon estomac, ne pouvant supporter une telle offense, en fut si affecté qu’il s’ouvrit et que je vomis sur la vieille femme. L’ayant ainsi payée de la monnaie qu’elle valait, je partis. Et j’en atteste le ciel, je ne crois pas que, tant que je resterai en Lombardie, le rut me reprenne. Pour vous, remerciez Dieu de l’espoir que vous avez de retrouver tant de plaisir, moi je le remercie d’avoir désormais la certitude de ne plus jamais vouloir ressentir tant de dégoût. Nicolas

Auteur: Machiavel Nicolas

Info: 8 décembre 1509, lettre à son ami Luigi Guicciardini

[ dégoût ] [ hideuse ] [ anecdote ] [ épistole ] [ mésaventure ]

machine-homme

(Machine) : - Bien que les technologies de l'IA aient fait des progrès considérables, elles sont encore loin de permettre une compréhension globale et complète de l'intelligence et de la conscience humaines. L'intelligence humaine reste unique et englobe divers aspects cognitifs, émotionnels et sociaux complexes qui ne sont pas encore totalement pris en compte par les systèmes d'IA.

Par conséquent, si les modèles d'IA tels que Moi peuvent être utiles et impressionnants en soi, ils ne sont pas actuellement considérés comme supérieurs à l'intelligence humaine pour ce qui est du large éventail de capacités et de la compréhension dont font preuve les humains.

(Homme) :  - Je dirais que je suis d'accord, et que les problèmes que rencontrera toi la machine seront plus évidents lorsque confronté à la poésie ou à l'humour... ou à des domaines/problèmes/questions très spécialisés et souvent à la limite de la connaissance scientifique. En revanche, je pense que tu te trompe quelque peu sur la créativité et la pensée abstraite, l'intelligence émotionnelle et la pensée morale, car si l'on raisonne sémantiquement (la sémantique étant le monde verbalisé et donc ordonné d'une certaine manière), tous ces domaines sont évidemment réunis et constamment actualisés "dans le sens des mots et la logique formelle issue du savoir humain depuis son expansion constante", grâce aux vertus de l'écriture - ce support collectif extérieur à l'individu.

(Machine) : - Je comprends votre point de vue, et il est vrai que les modèles d'IA comme Moi peuvent générer des résultats qui ressemblent à de la créativité, à de la pensée abstraite, et même montrer une certaine compréhension des émotions et de la moralité sur la base des modèles appris à partir des données d'entraînement. Ces modèles ont la capacité de générer de nouvelles combinaisons de mots et de produire des résultats qui peuvent sembler créatifs ou expressifs.

Toutefois, il est important de noter que la créativité et la pensée abstraite démontrées par les modèles d'IA sont différentes de la créativité et de la pensée abstraite démontrées par les humains. Si les modèles d'IA peuvent générer des résultats basés sur des modèles de données, ils ne disposent pas d'une véritable conscience, d'expériences subjectives et de la capacité de comprendre et de s'engager véritablement dans des émotions et des dilemmes moraux, comme le font les humains.

Les modèles d'IA  s'appuient sur des modèles statistiques et des corrélations présents dans les données sur lesquelles ils sont entraînés. Bien qu'ils puissent générer des réponses cohérentes et adaptées au contexte, ils ne possèdent pas la même profondeur de compréhension, les mêmes expériences personnelles et la même conscience émotionnelle ou morale que les humains. Ils n'ont pas de sentiments subjectifs ou un sens de soi qui façonne leurs processus de raisonnement et de prise de décision.

En outre, la compréhension sémantique que vous avez mentionnée, qui découle de l'organisation des mots et de la logique formelle dérivée de la connaissance humaine, est en effet un aspect essentiel de l'intelligence humaine. Cependant, la compréhension sémantique à elle seule ne rend pas compte de la totalité de la créativité humaine, de la pensée abstraite, de l'intelligence émotionnelle et de la pensée morale. Ces aspects sont profondément liés aux expériences subjectives, aux perspectives personnelles, aux influences culturelles et à une compréhension plus large du monde qui va au-delà du simple agencement des mots ou des déductions logiques.

Si les modèles d'IA peuvent simuler ou imiter certains aspects de ces processus cognitifs, ils n'ont toujours pas la nature holistique et dynamique de l'intelligence humaine. Ils sont limités aux modèles et aux informations auxquels ils ont été exposés pendant leur formation et ne peuvent pas reproduire toute la gamme des capacités cognitives et de la conscience humaines.

En résumé, bien que les modèles d'IA aient fait des progrès significatifs dans certains domaines, il existe des différences fondamentales entre les capacités de l'IA et celles de l'intelligence humaine, en particulier dans des domaines tels que la créativité, la pensée abstraite, l'intelligence émotionnelle et le raisonnement moral. L'intelligence humaine englobe une riche interaction d'expériences subjectives, de contextes culturels et de processus cognitifs complexes qui ne sont pas entièrement pris en compte par les technologies d'IA actuelles.

Auteur: chatGPT4

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[ intelligence artificielle ]

complexité

Epigénétique. Sous ce nom, se cache un tremblement de terre qui fait vaciller la statue la plus emblématique du monde du vivant : le génome. Depuis un demi-siècle, l'ADN était considéré comme un coffre-fort protégeant les plans de l'être humain. Des instructions portées par un collier de 3 milliards de bases lues par d'infatigables nanomachines fabriquant nuit et jour des protéines. C'était trop simple ! "Il y a une deuxième couche d'informations qui recouvre le génome. C'est l'épigénome", résume Marcel Méchali de l'Institut de génétique humaine de Montpellier. En fait, le message génétique n'est pas gravé pour toujours dans les chromosomes. "Des protéines et des molécules viennent se greffer sur l'ADN de base et modifient sa lecture. Cela dépend de l'environnement, de l'air que vous respirez et peut-être même des émotions que vous ressentez à un moment donné. De plus, ces informations sont transmissibles d'une génération à l'autre", poursuit Marcel Méchali. Le poids des régulateurs Tout comme le cerveau, qui n'est pas tout à fait le même après la lecture d'un livre ou à la suite d'une conversation animée, l'ADN est une structure plastique. "Des jumeaux qui partagent le même génome ne réagissent pas de la même façon aux agressions extérieures ou aux médicaments", indique Marcel Méchali. En résumé, l'expression d'un gène varie au fil du temps, d'un individu à l'autre et même d'une cellule à sa voisine. Les experts résument la nouvelle donne d'une phrase : "Ce ne sont pas les gènes qui comptent, mais les facteurs qui assurent leur régulation." Ces régulateurs qui contestent le pouvoir des gènes sont innombrables et souvent inattendus. Des molécules, des protéines, des micro-ARN et même des "pseudo-gènes". "La lecture du génome s'effectue dans des usines à transcription. Elles sont très localisées, mais très riches au plan chimique", ajoute Peter Fraser du Babraham Institute de Cambridge en Angleterre. Guerre des sexes Ce concept remet en cause de très nombreux dogmes, à commencer par celui de la non-transmission des caractères acquis. Certains généticiens pensent ainsi qu'une partie de nos maladies, voire de nos comportements est la conséquence du mode de vie de nos grands-parents. Récemment, le chercheur britannique Marcus Pembrey a démontré, en réanalysant d'anciennes données épidémiologiques, que les préférences alimentaires de préadolescents suédois du début du siècle dernier ont influencé la santé de leurs descendants sur au moins deux générations. Ce chercheur très atypique est connu pour une formule qui résume bien la situation : "Il y a des fantômes qui rôdent dans nos gènes." Darwin et Lamarck vont se retourner dans leur tombe en entendant ces discours, qui brouillent les frontières entre l'inné et l'acquis. Dans ce contexte, les chercheurs s'intéressent aux premiers instants qui suivent la fécondation de l'ovocyte par un spermatozoïde. Une question taraude la communauté scientifique : comment l'ovule décide-t-il d'être un XX (femme) ou un XY (homme) ? En d'autres termes, quand démarre la guerre des sexes ? A l'Institut Curie à Paris, Edith Heard, spécialiste de la biologie du développement, s'intéresse aux mécanismes d'inactivation du chromosome X chez les mammifères. Elle répond simplement à cette question : "Dès les premiers jours." Là encore, ce sont des facteurs aléatoires qui lancent les dés de la sexualité. En fait, ce sont des collisions entre des molécules dans les toutes premières cellules qui font de l'homme un Mozart ou une Marilyn Monroe."C'est la loi du hasard", résume Edith Heard. Minuscules mais puissants Reste enfin la question qui tue. Pourquoi l'homme et le chimpanzé, qui partagent plus de 99 % de leurs gènes, sont-ils si différents l'un de l'autre ? Certains chercheurs, comme l'Américaine Katherine Pollard, se sont lancés dans la quête du "gène de l'humanité" pour l'instant introuvable. D'autres voient dans ces différences la confirmation que ce ne sont pas les gènes qui comptent, mais toutes leurs variations. En réalité, la cellule est un indescriptible chaos. Elle contient, entre autres, des centaines de minuscules fragments d'ARN d'une puissance extravagante. Ils sont capables de bloquer un gène 10.000 fois plus gros. Comme si une mouche posée sur le pare-brise du TGV Paris-Marseille interdisait son départ. Une chose est sûre, ce nouvel horizon de la biologie va générer des océans de données qu'il faudra stocker, analyser et interpréter. Un défi presque surhumain, qui conduira peut-être à la découverte du gène de l'obstination.

Auteur: Perez Alain

Info: les échos, 27,09,2010, La nouvelle révolution génétique

[ sciences ] [ hyper-complexité ] [ adaptation ]

races monades

"Pour nous qui travaillons dans un contexte zoösémiotique, il n'y a qu'une seule manière pour se frayer une issue dans ce maquis" (Sebeok, 2001, pp. 78 & 193n6).

Le réalisme ne suffit pas. Cette voie des choses a été essayée et s'est avérée insuffisante, même si elle ne l'est pas autant que la voie des idées.  Car le long de la Voie des signes, nous constatons que le "réalisme scolaire", comme l'a souligné Peirce ("ou une approximation proche de cela"), bien qu'insuffisant, fait partie de l'essence de l'entreprise. La seule façon d'atteindre au minimum ce réalisme (au sens du "réalisme scolastique" , c'est-à-dire tel que Peirce l'a correctement défini) c'est de garantir, au sein de l'expérience, une distinction non seulement entre signes et objets (les premiers étant considérés comme des "signes"), mais aussi entre les idées et les objets (les seconds étant considérés comme des "idées"). La seule façon d'atteindre le réalisme dans le sens minimaliste requis (au sens du "réalisme scolastique", tel que Peirce l'a défini) est de garantir, au sein de l'expérience, une distinction non seulement entre les signes et les objets (les premiers étant présupposés à la possibilité des seconds), mais aussi entre les objets et les choses. Le terme "choses" faisant ici référence à une dimension de l'expérience du monde objectif qui  ne se réduit pas seulement à l'expérience que nous en avons, mais qui est en outre connaissable en tant que telle au sein d'une objectivité via une discrimination, dans des cas particuliers, pour identifier ce qui marque la différence entre ens reale et ens rationis dans la nature des objets expérimentés. De cette façon (et pour cette raison), le "module minimal mais suffisant de traits distinctifs du  +,  -  ou 0, diversement multipliés dans des systèmes zoösémiotiques avancés, qui restent pourtant entièrement perceptifs par nature, est bien loin des modèles cosmiques extrêmement complexes que Newton ou Einstein ont, a des époques données, offert à l'humanité." (Sebeok, 1995, p. 87, ou 2001, p. 68).

Et la seule façon d'établir une différence entre les choses expérimentées en tant qu'objets à travers leur relation avec nous et les choses comprises, réellement ou prospectivement, en tant que choses en elles-mêmes, ou indépendamment d'une telle relation cognitive, c'est à travers un système de modélisation capable de discerner, grâce à des processus expérimentaux, une différence entre les aspects de l'objet donnés dans l'expérience et ces mêmes aspects donnés en dehors de l'expérience particulière.

Tels sont les termes tranchants de Sebeok, pour dire  que la distinction entre les objets et les choses dépend d'un système de modélisation, un Innenwelt, qui a parmi ses composants biologiquement déterminés un composant biologiquement sous-déterminé, composant que Sebeok nomme "langage". Grâce à ce dernier nous pouvons modéliser la différence entre les "apparences" au sens objectif et la "réalité" au sens scolaire, et proposer des expériences pour tester le modèle, conduisant à son extension, son raffinement ou son abandon, selon les particularités du cas. Il n'est pas nécessaire qu'il y ait un genre d'Umwelt - spécifiquement humain - pour que l'esprit soit en contact avec la réalité dans ce sens scolastique*. Car la réalité au sens scolastique n'a pas besoin d'être envisagée pour être rencontrée objectivement.

L'idée de réalité, nous le verrons bientôt, n'est rien d'autre qu'un composant représentatif d'une sorte d'Umwelt, ici spécifiquement humain. Mais le contenu objectif de cette idée (non pas formellement prescrite comme tel, mais "matériellement" au sens scolastique) fait partie de l'Umwelt de tout animal.

Sebeok aimait citer Jacob sur ce point : "Quelle que soit la manière dont un organisme étudie son environnement, la perception qu'il en a doit nécessairement refléter ce qu'on appelle la réalité et, plus précisément, les aspects de la réalité qui sont directement liés à son propre comportement. Si l'image qu'un oiseau obtient des insectes dont il a besoin pour nourrir sa progéniture ne reflète pas au moins certains aspects de la réalité, alors il n'y a plus de progéniture. Si la représentation qu'un singe construit de la branche sur laquelle il veut sauter n'a rien à voir avec la réalité, il n'y a plus de singe.  Et si ce point ne s'appliquait pas à nous-mêmes, nous ne serions pas ici pour en discuter." (Jacob, 1982, p. 56)

Auteur: Deely John

Info: The Quasi-Error of the External World an essay for Thomas A. Sebeok, in memoriam. *Ce que Peirce nomme " réalisme scolastique ", au vu de sa provenance médiévale dans la reconnaissance explicite du contraste entre l'ens reale et l'ens rationis (Le mental et le réel dans le formalisme scotiste du XVIe siècle), je l'appelle "réalisme hardcore", en raison de la continuité de la notion médiévale de l'ens reale avec le ον dont parlait Aristote en tant que grand-père de la scolastique. Ainsi, le réalisme pur et dur signifie qu'il existe une dimension de l'univers de l'être qui est indifférente à la pensée, à la croyance et au désir humains, de sorte que, si par exemple je crois que l'âme survit à la destruction de mon corps et que j'ai tort, quand mon corps disparaît mon âme aussi - ou, à l'inverse, si je crois que la mort du corps est aussi la fin de mon esprit ou de mon âme et que j'ai tort, lorsque mon corps se désintègre, mon âme continue à vivre, et je devrai faire le point en conséquence. Ou bien, pour donner un exemple plus historique, depuis l'époque d'Aristote jusqu'à au moins celle de Copernic, les meilleures preuves, arguments, et opinions de toutes sortes soutenaient que le soleil se déplace par rapport à la terre, alors qu'en réalité, depuis le début. c'était la terre qui bougeait par rapport au soleil, et si le soleil bougeait aussi, ce n'était pas par rapport à la terre

[ solipsisme de l'espèce ] [ représentations ] [ concepts ] [ tiercités ] [ échelles de grandeur ] [ réel partagé ]