gènes

Une mauvaise herbe bizarre viole les règles
Au moins une plante désobéit aux lois fondamentales de la génétique : Une petite mauvaise herbe qui hérite ses gènes de ses grands-parents plutôt que de ses parents déroute des scientifiques, annoncent des chercheurs US.
Robert Pruitt, Professeur d'associé et une équipe de l'université de Purdue dans l'Indiana rapportent leur recherche dans le journal " Nature" d'aujourd'hui. Les résultats pourraient avoir des implications sur la façon dont les scientifiques comprennent les maladies génétique.
Ces scientifiques ont étudié un cresson, (Thaliana Arabidopsis), une mauvaise herbe qui prolifère entre autre dans les fissures des parcs de stationnement mais dont le modèle génétique est un des plus étroitement surveillé et connu.
Ils ont constaté qu'une fois croisée pour produire des caractéristiques particulières, la plante avait acquis, d'une façon ou d'une autre, des données génétiques d'une autre source que par ses parents.
Bien que d'autres organismes tels que la levure soient également connus pour obtenir leurs gènes d'une manière différente que celle, traditionnelle, des parents, les chercheurs disent que c'est la première description générale de ce mécanisme pour un organisme obtenant de l'information ADN d'ailleurs.
Pruitt indique qu'il est possible que les gènes aient été acquis pas par l'ADN mais par une molécule étroitement semblable appelé RNA, un intermédiaire cellulaire qui lit les instructions de l'ADN pour les transcrire en protéines
Les chercheurs ont multiplié plusieurs générations de cette mauvaise herbe. Multipliant d'abord des générations avec un gène doublé "hothead," se concentrant en particulier sur une version défectueuse de ce gène (qui fait en sorte que les pétales et des feuilles restent ensemble).
Dans les générations de plantes qu'ils ont étudiées, le cresson eut un gène fêlé de "hothead" une fois sur deux.
Ces plantes ont alors été croisées, et comme prévu, un quart de leur progéniture se retrouva avec deux gènes mutant, alors que trois quarts en avaient aucun, ou seulement un. Ceux avec les deux gènes mutant ont tous eu cette anomalie de pétales et de feuilles. Mais quand les plantes avec les deux gènes fêlés ont alors été croisées, quelque chose d'étrange s'est produit.
Selon les règles, toutes plantes de cette troisième génération auraient dû être anormales, puisque les seuls gènes qu'ils avaient en commun venaient de parents défectueux. Pourtant plus de 10% étaient normales.
Les scientifiques recherchent des gènes
Au début, Pruitt s'est demandé si des graines ou du pollen souillaient ses plantes. Mais les expériences répétées ont montré que ce n'était pas le cas, écartant tout autant la possibilité que, se cachant sur le génome de Thaliana Arabidopsis, il pourrait y avoir un autre gène qui duplique le gène de "hothead" en s'occupe de réparer avec ruse la défectuosité.
Exaspéré Pruitt a proposé l'idée que la progéniture normale avait acquis des données génétiques d'une autre source que celle de ses parents. L'idée de Pruitt est que cette information héréditaire pourrait être stockée sur l'ARN comme calibre moléculaire, et ainsi employée pour réparer certaines déviations dangereuses.
Si c'est vrai, la conclusion remarquable est que nos modèles génétiques ont une trousse à outils cachée, léguée par nos grands-parents et probablement au-delà, prévue pour guérir certaines mutations d'ADN qui causent de la maladie.
Dans un commentaire paru aussi dans "Nature" les biologistes moléculaires allemands Detlef Weigel de l'institut Max Planck et le professeur Gerd Jürgens de l'université de Tübingen, rendent hommages à "une découverte spectaculaire" en incitant aussi à la prudence. " Beaucoup d'expériences viennent à l'esprit pour explorer ce mécanisme de transmission peu orthodoxe qui peut sauter plusieurs générations " indiquent-ils.
Il est encore peu clair quant à savoir si cette qualité de self-guérison est unique à ce gène particulier, ( ou au cresson plus précisément ), ou si certaines des conditions régnant dans le laboratoire sont suspectes.
En France, Ian Small, sous-directeur des sciences à l'unité de recherches Génomique des plantes à Evry, près de Paris, dit que l'étude a des implications époustouflantes.
"Si ceci avait été publié le 1 avril, j'aurais immédiatement dit que c'est une plaisanterie d'imbécile" a-t-il dit au journal libération.

Auteur: Ingham Richard

Info: Agençe France-Presse Jeudi, 24 Mars 2005 avec ABC Science Online

contrepouvoir

L'HÉGÉMONIE CULTURELLE SELON GRAMSCI

Constatant que les révolutions communistes promises par la théorie de Marx n’avaient pas eu lieu dans les sociétés industrielles de son époque, Gramsci formule une hypothèse. Si le pouvoir bourgeois tient, ce n’est pas uniquement par la main de fer par laquelle il tient le prolétariat, mais essentiellement grâce à son emprise sur les représentations culturelles de la masse des travailleurs. Cette hégémonie culturelle amenant même les dominés à adopter la vision du monde des dominants et à l’accepter comme "allant de soi".

Cette domination se constitue et se maintient à travers la diffusion de valeurs au sein de l'École, l'Église, les partis, les organisations de travailleurs, l'institution scientifique, universitaire, artistique, les moyens de communication de masse... Autant de foyers culturels propageant des représentations qui conquièrent peu à peu les esprits et permettent d’obtenir le consentement du plus grand nombre.

Pour renverser la vapeur, toute conquête du pouvoir doit d’abord passer par un long travail idéologique, une lente préparation du terrain au sein de la société civile. Il faut, peu à peu, subvertir les esprits, installer les valeurs que l’on défend dans le domaine public afin de s’assurer d’une hégémonie culturelle avant et dans le but de prendre le pouvoir.

Exemple récent, l’idéologie néolibérale qui s’est auto-instituée comme seul système d’organisation économique possible. Il est le fruit d’un long travail sous-terrain de conquête des esprits depuis les cercles de réflexion d’économistes américains et européens (think-tanks) des années 50 aux journalistes, hauts fonctionnaires, leaders d’opinion, lobbys et artistes qui imposent peu à peu ses principales idées dans la sphère culturelle : "La compétition généralisée est saine", "Le marché s’auto-régule", "Il faut limiter les dépenses publiques et baisser les impôts", "L’État est un mauvais gestionnaire", etc.) avant de connaître une traduction politique dans la prise de pouvoir par Ronald Reagan aux États-Unis, Margaret Thatcher en Angleterre jusqu’à Deng Xiaoping en Chine.

CONQUERIR LA SOCIETE CIVILE

Pour Gramsci, l'État ne se résume pas au seul gouvernement. Même si ces sphères se recoupent souvent, on peut distinguer deux lieux de son pouvoir :

— D’une part, la "société politique2 qui regroupe les institutions politiques, la police, l’armée et la justice. Elle est régie par la force.

— D’autre part la "société civile" qui regroupe des institutions culturelles (université, intellectuels, médias, artistes) et qui diffuse de manière ouverte ou masquée l'idéologie de l'État afin d'obtenir l'adhésion de la majorité de la population. Elle est régie par le consentement.

Si dans les régimes dictatoriaux, c’est surtout la société politique qui règne (par l’oppression), dans les sociétés occidentales démocratiques, c’est principalement la société civile qui organise la domination. C’est donc dans son cadre que le combat (culturel) doit être mené et non par une confrontation frontale avec la société politique.

Si l’on suit Gramsci, il faut d’abord distiller les idées progressistes, travailler aux marges et dans les interstices, réaliser un travail de "termite" pour ronger progressivement toutes les bases de la société capitaliste traditionnelle. L’objectif est celui de combattre les intellectuels de la classe dominante. Une tâche que Gramsci confiait aux intellectuels au sens large (ceux qui manipulent des idées), du moins ceux qui sont organiquement lié aux travailleurs. Il faut pour ce faire percer dans les médias de masse, envahir le langage courant, ou encore imposer ses thèmes et ses concepts dans le débat universitaire et public. À gauche, cela pourrait être d’une part de remettre en cause préceptes et mots du néolibéralisme pour les disqualifier et d’autre part d’imposer des thèmes et des termes comme "catastrophe écologique", "salaire maximum", "relocalisation", "gratuité", "coopérative", "paix économique", "services collectifs", "peuple", "écroissance", "précariat", "égalité réelle", "recherche du bien-être", etc.

À ce titre, si internet permet de nos jours une accélération de ce travail de sape et de diffusion de messages contraire à l’ordre du discours, la lutte contre l’hégémonie de la classe dominante doit aussi être menée en profondeur dans les réseaux sociaux humains. C’est notamment le rôle de l’éducation populaire.

Auteur: Berthier Aurélien

Info: 4 avril 2011, www.agirparlaculture.be

[ sociologie ] [ subversion sémantique ]

captage de l'attention

Sur le plan linguistique, précisons aussi, à la suite de C. Schnedecker (2011 : 23-45) faisant un état de la question, que la saillance peut se manifester de façon formelle ou "ontologique" (par le biais de la disposition typographique ou de la prosodie, par exemple), mais aussi de façon cognitive, faisant alors appel à la sémantique lexicale ou à des facteurs discursifs (ces derniers étant hétérogènes).

Cette linguiste distingue en outre une saillance perspectivale, reposant sur un principe d’iconicité puisque l’ordre des unités grammaticales (et donc l’agencement syntaxique) est supposé refléter ce qui est au premier plan, ou encore à l’arrière-plan, dans la perspective du locuteur. Notons que la notion de saillance ontologique est associée à des acceptions différentes selon les auteurs : parfois relative au statut conféré aux mots eux-mêmes (comme le rappelle C. Schnedecker), elle est par ailleurs considérée comme liée aux éléments extralinguistiques ou, du moins, aux concepts qui leur sont associés, et tel est notamment le cas chez H.-J. Schmid (2007 : 120).

Concernant la saillance liée aux paramètres syntaxiques, on rappellera l’importance des travaux de R. W. Langacker (1991 : 301). L’auteur mentionne l’importance des rôles syntaxiques, soulignant que le sujet, tout d’abord, puis l’objet, sont perçus comme les éléments les plus saillants (focal participants) d’une proposition. Ils sont en outre à relier à l’opposition trajector/ landmark (1987 : 217) traduisant le fait qu’un élément est mis davantage en avant (rôle de trajector) que les autres. Ces notion de trajector et landmark peuvent en outre être perçues comme des manifestations spécifiques de ce que L. Talmy (2000 : 311-44) appelle figure et ground, sachant que le premier terme réfère à l’élément le plus saillant, qui se détache sur un fond (désigné par ground). Selon cet auteur également, ce sont les structures grammaticales qui contrôlent la distribution de l’attention portée aux différentes entités présentes.

En lien avec son rôle syntaxique, le rôle sémantique d’une entité est également déterminant, comme l’avait déjà montré C. Fillmore (1968 ; 1977 : 78). Dans la lignée de la grammaire générative et transformationnelle, Fillmore applique la notion de cas aux structures profondes qui se voient réalisées syntaxiquement en structure de surface. Il propose ainsi une base sémantique et universelle des rôles thématiques. Selon l’auteur, il existe une hiérarchie de pertinence en ce qui concerne la sélection des rôles, concernant celui de sujet notamment. Cette hiérarchie peut être représentée ainsi : agent > instrument > patient.

Si l’événement met en scène un agent, celui-ci sera réalisé en position de sujet. S’il n’y a pas d’agent, ce sera l’instrument, ou encore le patient si l’instrument n’est pas réalisé. La grammaire des cas prévoit donc une correspondance relative entre les rôles sémantiques (profonds) et les réalisations syntaxiques (de surface). Notons par ailleurs que la relation entre cette hiérarchie liée aux cas et la notion de saillance est établie par l’auteur, qui évoque une hiérarchie en termes de saillance (salience hierachy, Fillmore 1977 : 78).

Ainsi, les agents jouent clairement les rôles les plus saillants, du moins lorsque les processus sont dynamiques. Sur le plan lexical, par ailleurs, D. Geeraerts (2000 : 90) fournit plus récemment une étude très détaillée de la saillance liée à la sélection du lexique, au cours de laquelle il distingue plusieurs sous-catégories : les formes de saillance perspectivale, sémasiologique, onomasiologique et structurelle.

La première, à savoir la saillance perspectivale, est relative à des paires terminologiques (ex : hand / arm) qui traduisent une hiérarchie pouvant se dessiner dans l’extralinguistique entre le premier plan et le fond. La saillance sémasiologique concerne les relations entre les différentes possibilités sémantiques d’un item lexical donné, certaines valeurs étant plus centrales et prototypiques que d’autres. Si l’on considère maintenant la saillance onomasiologique liée à une certaine catégorie lexicale, elle correspond à la fréquence de l’élément lexical nommant cette catégorie, par contraste avec les autres valeurs sémantiques éventuellement associées à cet item lexical. Enfin, la saillance structurelle est relative à des traits sémantiques récurrents dans la structure du lexique (et pouvant donner lieu à la formation de termes par affixation). L’objectif de l’étude de Geeraerts est, en somme, de déterminer les paramètres responsables des choix lexicaux préférentiels des locuteurs.

Auteur: Pennec Blandine

Info: https://journals.openedition.org/anglophonia/258

[ marketing ] [ linguistique informatisée ] [ secondéité ] [ tiercité ]

théologie

Préambule pour la chaîne "Considérations sur le Temps".

Je pensais jusque là que te temps n'existe pas en dehors de la race. Et qu'il n'a aucune importance puisque sa durée est illimitée... Même si dans l'absolu c'est une contre vérité. Les requins ont 400 millions d'années au compteur, il semble que leur univers soit immédiat, inchangé... Ils ont atteint une certaine forme de perfection par rapport à leur milieu, plutôt stable lui aussi : l'océan. Belle homéostasie ma foi. Mais pour faire quoi ?

L'humain a lui émergé il a quelques centaines de milliers d'années. Autant dire que son parcours en tant qu'espèce est étonnamment rapide. Ou dérisoire ? Cousin du requin parce qu'issu lui aussi de l'extraordinaire machine Gaïa, l'homme est un parent instable, jamais adapté ni satisfait... On le dirait perdu dans sa croissance, dans l'accélération de son avidité même. Il est curieux, il veut savoir... Il veut plus. Et la culture consumériste le pousse de plusieurs crans dans cette direction. Moustique qui se rue dans la flamme de la bougie.

Parallèlement, au bénéfice d'une mémoire externalisée donc collective, l'humain ne cesse d'agrandir sa conscience, l'idée de sa place dans le cosmos, parmi les autres vivants, son Moi, etc. Sans parler de son efficacité létale (et peut-être très éphémère) par rapport au reste de la vie bactérielle. Le temps n'existe pas hors notre espèce pour l'unique raison que, n'ayant jamais trouvé moyen de communiquer sur le sujet avec une autre entité vivante, nous n'avons pas d'autre point de vue sur la question. Il est de fait anthropomorphique. Et cette toute petite focale (la notre), qui constate sans cesse ce non "partage du présent" avec les autres entités de cette réalité, isolés les uns des autres en tant qu'espèces, nous ramène aux monades de Leibniz.

Il se trouve cependant que notre monade de primates dépoilés eut un jour ce coup de génie (folie?), qui consista à associer des signes écrits avec des éléments de sa réalité. Signes qui firent - et font désormais - consensus général quant à leurs définitions communes. Notre monde de sapiens transposé dans le langage. Transmutation qui, de par l'ouverture qu'elle apporte et la paresse physique qu'elle permet, a rapidement correspondu à une sorte de drogue. Plus grands accros à cette came, les ci-nommés intellos, philosophes... et autres grandes lectrices.

L'univers de l'animal, plus immédiat parce que non transcodé et différé par le langage, ressemble à un cosmos vierge et pur, qui vit l'instant, sans tous ces paramètres passés mémorisés, distractions, envies d'être ailleurs... pour le polluer. Que se racontent les oiseaux d'ailleurs ? L'homme vit dans les commentaires de ce qu'il vit. Dans un monde conceptuel, notionnel. Est-ce suicidaire ? Peut-être... Qui sait ?... On verra... On s'en fout.

Disons que non.

Tout ceci laisse à penser que si des arbres du vivant se sont développés sur d'autres planètes - et que l'humanité perdure pour se retrouver en position de les explorer - il faudra évidemment rechercher des races qui ont développé langage et mémoire externes. Histoire de rester à notre niveau... et surtout d'avancer en essayant de tirer leçon de ces échanges. Alors un patient travail de traduction pourra être entamé. On aimerait tous en être j'en suis sûr.

Le temps a immense importance. Sans lui tout se passerait simultanément (ah ah ah...). Il est apparemment inépuisable, donc aucunement stressé par quelque survie immédiate, ou autre "objectif à atteindre", à l'instar de notre monde incarné, empli de compétition marchande et avide. Il laisse place aux innombrables développements d'infinies variantes qui, pour le grand bonheur du contemplatif, ne cesseront jamais de le désennuyer.

Il existe certainement quelque part une théorie qui démontre que le Dieu (ou ce que certains tentent d'imaginer sous ce symbole) ne peut qu'être dans cette position paradoxale. Un Créateur impuissant. S'il ne l'était pas il enlèverait sa liberté au vivant, donc à l'homme.

Terminons ce petit essai en soulignant les deux pensées opposées qui débutent cette chaîne de citations. Éternel débat entre créationnistes et non créationnistes.

Auteur: Mg

Info: juillet 2019

[ interrogations ] [ xénolinguistique ]

spiritualité

Le contexte des Dialogues avec l'ange est le suivant : en 1943, en Hongrie, quatre amis (Hanna, Joseph, Lili et Gitta) se réunissent régulièrement pour des discussions sur le sens de leurs vies. Au cours d'une de ces discussions, Hanna déclare soudainement : "Attention ! Ce n'est plus moi qui parle." Hanna deviendra le relais des paroles d'une entité mystérieuse qu'ils appelleront l'Ange. Gitta fera la transcription de ces dialogues. Seule survivante des tueries nazies de cette époque, c'est aussi elle qui fera le travail de diffusion de ces entretiens avec l'Ange qui dureront jusqu'à la fin de l'année 1944. Plus rien après la mort de Hanna, le "petit serviteur".

La beauté et l'horreur se répondent en arrière-plan de ces dialogues. Leur intensification suit le déploiement et l'extension de la fureur nazie. Dans les premiers dialogues, l'Ange prend le temps de s'adresser individuellement à ses interlocuteurs à qui il attribue un symbole comme une mission de vie à laquelle il faut se vouer et comme une voie parmi tant d'autres permettant de rejoindre Dieu. L'Ange des premiers dialogues peut sembler tempétueux, lunatique et direct, comme le Yahvé de l'Ancien testament. Un Ange qui, d'inconscient, deviendra de plus en plus conscient ?

Mais les conditions politiques à l'extérieur deviennent de plus en plus menaçantes. "Les juifs sont entassés dans un quartier de Budapest transformé en ghetto, et dont les entrées sont surveillées. Nous ne savons pas à quel moment Joseph et Hanna seront touchés aussi." Les dialogues avec l'Ange permettent de nourrir un espace mental hors du temps même si les paroles de l'Ange semblent répondre indirectement - symboliquement - aux périls du moment. "Grâce au dernier entretien, nous sommes capables d'affronter cette menace avec un calme relatif. La situation extérieure ne s'est pas améliorée, bien au contraire, mais nous, nous avons changé. C'est pourquoi le message d'aujourd'hui est un chant de joie." le ton change. L'Ange ne s'adresse plus individuellement à chacun. Au-delà des singularités et des voies apparemment dissemblables, l'expression devient poétique mais occulte et se lit comme un texte dont il nous faut acquérir la clé de compréhension. Dans l'urgence des derniers mois de l'année 1944, alors que les nazis hongrois menacent l'atelier de couture que dirige Gitta et dans lequel se cachent et travaillent une quasi centaine de femmes juives, l'Ange se manifeste brutalement, en-dehors du cadre régulateur des séances du vendredi, affirmant avec une volonté constante de précision quelle est la place de l'homme dans l'univers.

L'Ange est-il réellement ange ? "Tout le monde peut parler avec son ange", affirmait Gitta Mallasz dans une de ses dernières interviews dans les années 90 – même si cela n'arrive pas à beaucoup d'entre nous.

L'Ange est-il l'inconscient personnel de Hanna ? L'évolution du discours semble trop complexe pour pouvoir n'être qu'une émanation immédiate d'un arrière-plan psychique individuel. Tout au long des deux années d'entretiens, le discours (sur la souffrance, sur l'individualisme, sur le nouveau) évolue et s'adapte à la capacité de compréhension de ses interlocuteurs pour s'offrir en fracas dans le dernier dialogue. On ne peut que penser à une offrande verbale soigneusement préparée, mais peut-être s'agit-il aussi du mouvement naturel de la croissance des pensées.

L'Ange est-il transcription de pensées sauvages attendant leur propriétaire dans le vaste espace de l'univers ? Hanna aurait alors développé une fonction médiumnique permettant de penser des pensées encore non accessibles à la plupart d'entre nous. Que ne pouvons-nous encore penser, ne disposant pas de la capacité mentale nécessaire à métaboliser des aliments psychiques encore trop riches pour nous ? Ces dialogues avec l'Ange pourraient-ils nous en donner un aperçu ?

Toutes ces hypothèses ne sont bien sûr que pure spéculation et manière de m'aider à rêver les Dialogues avec l'ange. Car, comme le dit l'Ange :

"Faites attention ! Si l'adulte grandit encore,

c'est la tumeur ou la graisse et ce n'est pas beau.

Vous êtes devenus adultes.

Vous avez à mettre au monde le Nouveau, l'Enfant.

Déjà, ce n'est plus vous-même

que vous avez à faire grandir."

Auteur: Arcé Alexandra

Info: Sur Babelio, 21 nov. 2019

[ critique littéraire ] [ questions ]

biochimie

L'IA prédit la fonction des enzymes mieux que les principaux outils

Un nouvel outil d'intelligence artificielle peut prédire les fonctions des enzymes sur la base de leurs séquences d'acides aminés, même lorsque ces enzymes sont peu étudiées ou mal comprises. Selon les chercheurs, l'outil d'intelligence artificielle, baptisé CLEAN, surpasse les principaux outils de pointe en termes de précision, de fiabilité et de sensibilité. Une meilleure compréhension des enzymes et de leurs fonctions serait une aubaine pour la recherche en génomique, en chimie, en matériaux industriels, en médecine, en produits pharmaceutiques, etc.

"Tout comme ChatGPT utilise les données du langage écrit pour créer un texte prédictif, nous tirons parti du langage des protéines pour prédire leur activité", a déclaré Huimin Zhao, responsable de l'étude et professeur d'ingénierie chimique et biomoléculaire à l'université de l'Illinois Urbana-Champaign. "Presque tous les chercheurs, lorsqu'ils travaillent avec une nouvelle séquence de protéine, veulent savoir immédiatement ce que fait la protéine. En outre, lors de la fabrication de produits chimiques pour n'importe quelle application - biologie, médecine, industrie - cet outil aidera les chercheurs à identifier rapidement les enzymes appropriées nécessaires à la synthèse de produits chimiques et de matériaux".

Les chercheurs publieront leurs résultats dans la revue Science et rendront CLEAN accessible en ligne le 31 mars.

Grâce aux progrès de la génomique, de nombreuses enzymes ont été identifiées et séquencées, mais les scientifiques n'ont que peu ou pas d'informations sur le rôle de ces enzymes, a déclaré Zhao, membre de l'Institut Carl R. Woese de biologie génomique de l'Illinois.

D'autres outils informatiques tentent de prédire les fonctions des enzymes. En général, ils tentent d'attribuer un numéro de commission enzymatique - un code d'identification qui indique le type de réaction catalysée par une enzyme - en comparant une séquence interrogée avec un catalogue d'enzymes connues et en trouvant des séquences similaires. Toutefois, ces outils ne fonctionnent pas aussi bien avec les enzymes moins étudiées ou non caractérisées, ou avec les enzymes qui effectuent des tâches multiples, a déclaré Zhao.

"Nous ne sommes pas les premiers à utiliser des outils d'IA pour prédire les numéros de commission des enzymes, mais nous sommes les premiers à utiliser ce nouvel algorithme d'apprentissage profond appelé apprentissage contrastif pour prédire la fonction des enzymes. Nous avons constaté que cet algorithme fonctionne beaucoup mieux que les outils d'IA utilisés par d'autres", a déclaré M. Zhao. "Nous ne pouvons pas garantir que le produit de chacun sera correctement prédit, mais nous pouvons obtenir une plus grande précision que les deux ou trois autres méthodes."

Les chercheurs ont vérifié leur outil de manière expérimentale à l'aide d'expériences informatiques et in vitro. Ils ont constaté que non seulement l'outil pouvait prédire la fonction d'enzymes non caractérisées auparavant, mais qu'il corrigeait également les enzymes mal étiquetées par les principaux logiciels et qu'il identifiait correctement les enzymes ayant deux fonctions ou plus.

Le groupe de Zhao rend CLEAN accessible en ligne pour d'autres chercheurs cherchant à caractériser une enzyme ou à déterminer si une enzyme peut catalyser une réaction souhaitée.

"Nous espérons que cet outil sera largement utilisé par l'ensemble de la communauté des chercheurs", a déclaré M. Zhao. "Avec l'interface web, les chercheurs peuvent simplement entrer la séquence dans une boîte de recherche, comme dans un moteur de recherche, et voir les résultats.

M. Zhao a indiqué que son groupe prévoyait d'étendre l'intelligence artificielle de CLEAN à la caractérisation d'autres protéines, telles que les protéines de liaison. L'équipe espère également développer davantage les algorithmes d'apprentissage automatique afin qu'un utilisateur puisse rechercher une réaction souhaitée et que l'IA lui indique l'enzyme appropriée.

"Il existe de nombreuses protéines de liaison non caractérisées, telles que les récepteurs et les facteurs de transcription. Nous voulons également prédire leurs fonctions", a déclaré Zhao. "Nous voulons prédire les fonctions de toutes les protéines afin de connaître toutes les protéines d'une cellule et de mieux étudier ou concevoir la cellule entière pour des applications biotechnologiques ou biomédicales.

Zhao est également professeur de bio-ingénierie, de chimie et de sciences biomédicales et translationnelles au Carle Illinois College of Medicine. 

Auteur: Internet

Info: "Enzyme function prediction using contrastive learning, "30 mars 2023. Université de l'Illinois à Urbana-Champaign

[ cofacteurs ]

théologie

Penser, réfléchir... Le raisonnement d'origine et sa maîtrise, très simples, ont suffi à l'expansion des humains en tant que race grégaire "à mémoire externe". Un très léger recul de la raison, multiplié par la solidarité des hommes, a été suffisant pour assurer sa domination sur les autres espèces évoluées.

Tout comme la sémiotique de Peirce, ou la théorie de la communication, cette réflexion simple, à faible continuité, s'articule sur l'inamovible triade "réalité" "interaction" "réaction". Ainsi, de ce qu'on pourrait aussi nommer "signifiant", "interprétant", signifié" est issue la logique formelle. Elle s'est développée subséquemment sur trois axes de savoirs accumulés, le langage, les maths et l'histoire.

Résultants de ces 3 outils, mais rarement en concordance sur les trois plans, sont apparus des modèles, référents, exemples, etc. Desquels on a pu montrer des différences, analogie, oppositions, alliances, etc... Le principe du tiers exclus et sa maîtrise était bien suffisant, puissant et efficace pour assurer la suprématie humaine.

On dirait bien que le vingtième siècle, (époque de l'apparition de mon infime moi), a fait prendre conscience de trois éléments supplémentaires, dérivés, mais toujours logiques, pour effectuer de meilleurs calculs/réflexions. Ils sont de récente apparition mais seront visiblement toujours plus utilisés de par le développement de la technologie et parce que, une fois encore, nos connaissance sont grégaires. Je veux parler de l'itération, de la singularité et des statistiques.

Le premier montre qu'il y a un tâtonnement incessant, qu'on pourrait nommer "exploration des possibilités de solutions", comme le scan répété d'une situation depuis un point de vue unique et relativement stable. Le deuxième fut de réaliser que chaque "émergence du vivant" possède une singularité, quasi absolue, mais néanmoins combinable avec une infinité d'autres singularités, un peu comme une pièce de puzzle adaptable (pensons à la reproduction pour faire simple). Et le troisième, c'est qu'il y a (qu'il faut ?) en même temps une variété extraordinaire et innombrable de toute les singularités d'une branche (espèce, taxon), ce qui semble nécessaire pour conserver les meilleures chances de survie dans des milieux qui ne sont jamais stables par définition. En ce sens on pourrait penser que plus une espèce dure plus elle est miroirs de son adaptation à un milieu.

Mais c'est beaucoup plus compliqué que cela. Ce 3e point souligne donc la nécessité d'une "variété de l'innombrable", autrement la vie présente sans cesse la plus grande ouverture possible en multipliant les singularités et les variétés d'espèces (ou végétaux ou autres, eux-même interdépendants et donc indissociables de Gaïa) qui réussissent. C'est ici, en fonction de l'évolution des mathématiques, et l'étude affinée des grands nombres d'individus (on pourra penser ici aux statistiques médicales humaines) que nous basculons nécessairement dans ce qui devient la sciences post-dénombrement : les probabilités.

Et là, l'arrivée de l'indéterminisme d'Heisenberg aidant, les spécialistes de la mécanique quantique seront bien contents de pouvoir utiliser ces outils statistiques probabilistes pour s'attaquer à mieux comprendre la réalité qui s'offre à eux. En ce sens, partant de ce nouveau concept, cette qualité mélangée onde-corpuscule incompréhensible à nos sens (parce qu'orthogonale ?), et au regard des derniers constats de l'épigénétique, on peut en venir à imaginer une "source" avec des potentialités de calculs très au-delà des plus incroyables computers quantiques imaginables.

En effet, cette "origine", ou "principe-démiurge", "Dieu", "Extraterrestres" ou autre... serait capable, en fonctionnant par - et avec - les résonances d'un "réel projeté par Elle-même", de s'adapter en continu avec les impondérables au-delà de sa préhension. Avec diverses vitesses de réaction/adaptation en fonction du niveau de taille/développement de la vie.

Nous sommes bien sûr au niveau local avec cet exemple (orthogenèse Gaïa). Ce qui, et c'est bien amusant, conforte l'idée de "divinités régionales", planétaires par exemple, qui pourraient dès lors laisser supposer, ou imaginer, tout un système d'"entités de ce genre", avec des interactions, tensions entre elles... hiérarchies, etc.. Elargissant et complexifiant les horizons, ce qui pourra éventuellement rejoindre des notions de niveaux vibratoires et autres univers parallèles.

Bref, de quoi concocter de bien belles épopées fantastiques et autres space opera métaphysiques..

Auteur: Mg

Info: 21 février 2020

[ biophysique ] [ projectionniste ] [ yotta-physique ] [ prospectives ]

races monades

"Pour nous qui travaillons dans un contexte zoösémiotique, il n'y a qu'une seule manière pour se frayer une issue dans ce maquis" (Sebeok, 2001, pp. 78 & 193n6).

Le réalisme ne suffit pas. Cette voie des choses a été essayée et s'est avérée insuffisante, même si elle ne l'est pas autant que la voie des idées.  Car le long de la Voie des signes, nous constatons que le "réalisme scolaire", comme l'a souligné Peirce ("ou une approximation proche de cela"), bien qu'insuffisant, fait partie de l'essence de l'entreprise. La seule façon d'atteindre au minimum ce réalisme (au sens du "réalisme scolastique" , c'est-à-dire tel que Peirce l'a correctement défini) c'est de garantir, au sein de l'expérience, une distinction non seulement entre signes et objets (les premiers étant considérés comme des "signes"), mais aussi entre les idées et les objets (les seconds étant considérés comme des "idées"). La seule façon d'atteindre le réalisme dans le sens minimaliste requis (au sens du "réalisme scolastique", tel que Peirce l'a défini) est de garantir, au sein de l'expérience, une distinction non seulement entre les signes et les objets (les premiers étant présupposés à la possibilité des seconds), mais aussi entre les objets et les choses. Le terme "choses" faisant ici référence à une dimension de l'expérience du monde objectif qui  ne se réduit pas seulement à l'expérience que nous en avons, mais qui est en outre connaissable en tant que telle au sein d'une objectivité via une discrimination, dans des cas particuliers, pour identifier ce qui marque la différence entre ens reale et ens rationis dans la nature des objets expérimentés. De cette façon (et pour cette raison), le "module minimal mais suffisant de traits distinctifs du  +,  -  ou 0, diversement multipliés dans des systèmes zoösémiotiques avancés, qui restent pourtant entièrement perceptifs par nature, est bien loin des modèles cosmiques extrêmement complexes que Newton ou Einstein ont, a des époques données, offert à l'humanité." (Sebeok, 1995, p. 87, ou 2001, p. 68).

Et la seule façon d'établir une différence entre les choses expérimentées en tant qu'objets à travers leur relation avec nous et les choses comprises, réellement ou prospectivement, en tant que choses en elles-mêmes, ou indépendamment d'une telle relation cognitive, c'est à travers un système de modélisation capable de discerner, grâce à des processus expérimentaux, une différence entre les aspects de l'objet donnés dans l'expérience et ces mêmes aspects donnés en dehors de l'expérience particulière.

Tels sont les termes tranchants de Sebeok, pour dire  que la distinction entre les objets et les choses dépend d'un système de modélisation, un Innenwelt, qui a parmi ses composants biologiquement déterminés un composant biologiquement sous-déterminé, composant que Sebeok nomme "langage". Grâce à ce dernier nous pouvons modéliser la différence entre les "apparences" au sens objectif et la "réalité" au sens scolaire, et proposer des expériences pour tester le modèle, conduisant à son extension, son raffinement ou son abandon, selon les particularités du cas. Il n'est pas nécessaire qu'il y ait un genre d'Umwelt - spécifiquement humain - pour que l'esprit soit en contact avec la réalité dans ce sens scolastique*. Car la réalité au sens scolastique n'a pas besoin d'être envisagée pour être rencontrée objectivement.

L'idée de réalité, nous le verrons bientôt, n'est rien d'autre qu'un composant représentatif d'une sorte d'Umwelt, ici spécifiquement humain. Mais le contenu objectif de cette idée (non pas formellement prescrite comme tel, mais "matériellement" au sens scolastique) fait partie de l'Umwelt de tout animal.

Sebeok aimait citer Jacob sur ce point : "Quelle que soit la manière dont un organisme étudie son environnement, la perception qu'il en a doit nécessairement refléter ce qu'on appelle la réalité et, plus précisément, les aspects de la réalité qui sont directement liés à son propre comportement. Si l'image qu'un oiseau obtient des insectes dont il a besoin pour nourrir sa progéniture ne reflète pas au moins certains aspects de la réalité, alors il n'y a plus de progéniture. Si la représentation qu'un singe construit de la branche sur laquelle il veut sauter n'a rien à voir avec la réalité, il n'y a plus de singe.  Et si ce point ne s'appliquait pas à nous-mêmes, nous ne serions pas ici pour en discuter." (Jacob, 1982, p. 56)

Auteur: Deely John

Info: The Quasi-Error of the External World an essay for Thomas A. Sebeok, in memoriam. *Ce que Peirce nomme " réalisme scolastique ", au vu de sa provenance médiévale dans la reconnaissance explicite du contraste entre l'ens reale et l'ens rationis (Le mental et le réel dans le formalisme scotiste du XVIe siècle), je l'appelle "réalisme hardcore", en raison de la continuité de la notion médiévale de l'ens reale avec le ον dont parlait Aristote en tant que grand-père de la scolastique. Ainsi, le réalisme pur et dur signifie qu'il existe une dimension de l'univers de l'être qui est indifférente à la pensée, à la croyance et au désir humains, de sorte que, si par exemple je crois que l'âme survit à la destruction de mon corps et que j'ai tort, quand mon corps disparaît mon âme aussi - ou, à l'inverse, si je crois que la mort du corps est aussi la fin de mon esprit ou de mon âme et que j'ai tort, lorsque mon corps se désintègre, mon âme continue à vivre, et je devrai faire le point en conséquence. Ou bien, pour donner un exemple plus historique, depuis l'époque d'Aristote jusqu'à au moins celle de Copernic, les meilleures preuves, arguments, et opinions de toutes sortes soutenaient que le soleil se déplace par rapport à la terre, alors qu'en réalité, depuis le début. c'était la terre qui bougeait par rapport au soleil, et si le soleil bougeait aussi, ce n'était pas par rapport à la terre

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mémoire

Mettez vos données sur disque dur et elles seront peut être sûres pendant une décennie si rien ne casse. Mais que faire pour garder l'info des millions d'années ?
La puissance de l'ADN comme dispositif de stockage a été identifiée la première fois seulement six ans après la découverte de la molécule. Dans une conférence de 1959 au California Institute of Technology, Richard Feynman, un des physiciens les plus admiré du 20 ème siècle, prévoyait que la miniaturisation de la technologie changerait probablement le monde - essentiellement en prévoyant la révolution numérique. Il précisa alors que la nature avait déjà fait un chip bien meilleur sous forme d'acide désoxyribonucléique.
Dans un petit paquet d'atomes au centre de chaque cellule, Feynman remarqua que toute l'information requise pour créer un humain, une amibe ou une tomate y sont codés. En beaucoup de domaines Feynman était en avance sur son temps. Les scientifiques ont calculé que l'ADN pourrait être le support de stockage idéal. Une seule livre d'ADN pouvant contenir toutes les données de tous les ordinateur.
Mais gérer cette puissance informatique s'est avérée difficile. Le premier ordinateur fonctionnant entièrement comme l'ADN fut créé en 1994 par Leonard Adleman, informaticien à l'université de Californie. Dans une cuillère à café d'eau, il utilisa une série de réactions biochimiques pour résoudre le problème célèbre "du représentant de commerce" (en bref de combien de manières peut-on aller de New York à Cleveland en s'arrêtant dans 7 autres villes dans l'intervalle ?). La promesse de l'approche était due au fait que chaque morceau d'ADN peut fonctionner essentiellement comme ordinateur indépendant, il devrait lui être possible de faire près d'un quadrillion de calculs immédiatement. Plus facile à dire qu'a faire !. Et si Adleman est lui-même est parvenu à résoudre un problème à 20 variables avec son ordinateur ADN beaucoup de chercheurs depuis, dans ce champ de l'ADN, travaillant après ce papier initial d'Adleman, se sont maintenant déplacés vers la confection de machines minuscules au lieu d'utiliser des molécules d'ADN. Le problème : Accéder à toute l'information d’une molécule de l'ADN.
"Ma propre conclusion est que le paradigme du calcul de l'ADN ne fournira pas une plate-forme de calcul puissante pour résoudre des problèmes" dit Lloyd Smith, scientifique à l'université de Wisconsin-Madison qui a effectué ce travail de calcul ADN, mais il ne prévoit pas de remplacer ses applications liées à la matière. "c'est mignon, mais je ne sais pas si c'est un concept si important." Quelques chercheurs qui sont resté avec cette idée de stocker l'information par ADN s'éloignent actuellement de l'idée que la molécule puisse sauvegarder des quantités d'information massives. Au lieu de cela, ils se concentrent sur de plus petits messages correcteurs pendant de très longues périodes - peut-être destinés à survivre à tous les livres et disques durs que la civilisation a produits.
L'ADN des organismes évolue constamment, mais les messages correcteurs d'erreurs destinés à protéger les organismes - restent très longtemps. Pak Chung Wong, chercheur aux Pacific National Laboratories, précise que quelques unes de ces contraintes de bactéries ont maintenu leur ADN quasi intact pendant des millions d'années. Lui et ses collègues ont développé une technique pour implanter au moins 100 mots dans le génome d'un organisme de sorte que le message soit protégé contre des erreurs. Wong et ses collègues ont prouvé qu'ils pourraient implanter un message (ils ont employé "c'est un petit monde après tout") dans le génome de bactérie. Une famille entière de bactéries avec le message put être créée, et même après des centaines de générations, le message était encore intact. Wong note qu'il devrait être possible d'envoyer un message au futur dans un organisme particulièrement robuste - tel que les bactéries ou autres cancrelats, qui survivraient à une guerre nucléaire. Plus pratiquement, les compagnies qui créent des organismes génétiquement modifiés pourraient employer cette technologie pour créer un genre de filigrane ADN pour protéger leur propriété intellectuelle. Au delà de fournir de la manière pour Genentech ou Monsanto afin d’empêcher d'autres compagnies de voler leurs organismes génétiquement modifiés, une telle technologie pourrait être la meilleure manière que nous ayons d'envoyer un message au futur éloigné. Oublions les gravures sur le satellites Voyager. Ce message pourrait durer aussi longtemps que n'importe quelle vie sur terre. La seule question : qu’y mettrons nous ?

Auteur: Internet

Info: Fortean Times, Message dans une bouteille d'ADN, 10.24.05

[ conservation ]

serial killer

Les tueries de masse, dernier avatar de la société hypermoderne
Les "mass shootings" sont surtout le symptôme de sociétés hypermodernes et hyper individualisées. Puisque le collectif semble incapable de rendre le présent et surtout l'avenir plus juste que le passé et de rassurer les peurs individuelles, de nouvelles radicalités occupent l'espace laissé vacant.
Dallas, jeudi 7 juillet 2016, un homme seul muni d'un fusil d'assaut tire sur plusieurs policiers, en tue 5 et en blesse 7 ainsi que 2 civils. Le motif invoqué : il voulait se venger des "blancs et plus particulièrement des policiers blancs". Il s'agit du 8e mass shooting aux Etats-Unis en 2016.
Aujourd'hui, les mass shootings ou tueries de masse sont devenus malheureusement une problématique connue du grand public. Par mass shooting, les universitaires entendent le plus souvent le fait qu'une personne puisse tuer au moins trois personnes en un laps de temps assez court (moins de vingt-quatre heures).
Ce phénomène n'est certes pas inédit puisque des tueries de masse ont été identifiées aux Etats-Unis et en Europe dès le XIXe siècle, mais l'originalité de la situation actuelle provient de l'accélération et l'extension du nombre de telles tueries dans tout l'Occident. Il y a trente ans, le nombre de mass shootings se limitait à un par an et le phénomène était particulièrement concentré sur le territoire américain. Depuis le début des années 2000, le nombre de mass shootings a été multiplié par 10 par rapport aux années 80, et même si le phénomène se concentre encore aux Etats-Unis, de nombreux cas se sont produits en dehors du sol américain : Canada, France, Suisse, Norvège.
De nos travaux récents, il ressort clairement que la circulation d'armes sur un territoire donné accroît la probabilité de réalisation d'un mass shooting mais ne constitue pas un facteur suffisant pour expliquer l'extension de ce phénomène. De même, le chômage, l'intervention militaire extérieure ou encore les inégalités peuvent avoir une incidence, mais cette incidence reste limitée et toute corrélation directe reste difficile à établir.
Selon nous - et c'est la thèse que nous défendons depuis plusieurs années -, l'accroissement du nombre de mass shootings résulte plus structurellement de l'avènement d'une société hypermoderne en Occident. Reprenons la définition du sociologue François Ascher qui considère que nos sociétés sont entrées dans une nouvelle phase de la modernité, une phase qui allie un processus d'approfondissement de l'individualisation et un renforcement de chaque individu à faire société, c'est-à-dire à vouloir participer à la communauté globale notamment du fait de la multiplication des sources d'informations à la disposition de chacun.
Dans la société hypermoderne, l'individu cherche à avoir une maîtrise sur les événements, à combattre de manière réflexive ce qui lui paraît injuste, et à choisir ce qui peut lui paraître éthique. C'est un contexte où la personnalité du tueur de masse peut se développer. De manière radicale, il considère avec sa rationalité propre (rares sont les tueurs de masse diagnostiqués fous), régler des problèmes sociétaux et se faire justice, se venger de catégories d'individus qui semblent se liguer contre lui ou contre une communauté dont il se sent proche. En ce sens, le cas de Micah Johnson, le tueur de Dallas, est symptomatique de notre époque. Noir américain, réserviste de l'armée de terre déployé en Afghanistan, vivant dans la banlieue de Dallas, il a certainement vécu le meurtre d'un jeune noir par la police le 5 juillet à Bâton-Rouge (Louisiane) comme le meurtre de trop, un meurtre qui vient s'ajouter à la longue liste des hommes noirs tués par des policiers blancs lors d'une arrestation.
Les radicalités actuelles sont certainement le résultat de l'incapacité du collectif à rendre le présent et surtout l'avenir plus juste que le passé et à rassurer et calmer les anxiétés et les peurs individuelles. En fermant la porte à toute échappée utopique par rapport au présent, la conscience de l'absence d'un ailleurs pousse certains individus à prendre leur avenir en main ici et maintenant. Poussés par des bouffées narcissiques incontrôlées, des hommes, surtout des hommes, prennent alors les armes et deviennent des bombes humaines.
Sans cette capacité à fédérer autour de nouveaux projets sociétaux, certains chercheront individuellement ou collectivement à se venger de notre société actuelle. Ces actes aussi atroces qu'odieux continueront à perdurer tant que nous n'arriverons pas collectivement à redonner sens à notre avenir.

Auteur: Hassid Olivier

Info: co-auteur de Tueurs de masse, un nouveau type de tueur est né, aux Editions de l'Organisation

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