Les sciences ont commencé à se développer. Leur fondement philosophique n'a jamais été très solide. Débutant comme de modestes opérations de sondage pour démêler les œuvres de Dieu dans ce monde, suivant ses traces dans la nature, elles ont graduellement été amenées à des généralisations de plus en plus gigantesques. Comme les pièces du puzzle géant ne semblaient jamais s'emboîter parfaitement, il a fallu construire des sous-ensembles de puzzles plus petits et plus homogènes, pour chacun desquels l'ajustement était meilleur.

La cladistique consiste en une méthode de classification des individus et des taxons en fonction de leur parenté, et non simplement du nombre de caractères partagés, comme dans la vision phénétique, considérant que certaines ressemblances sont surtout dues à un effet de convergence évolutive plutôt que d'un lien étroit entre espèces. L'objectif consiste à obtenir une classification reflétant la phylogénie des espèces. Les principes théoriques ont été définis au milieu du XXe siècle par l'entomologiste allemand Willi Hennig.

Dans cette section, j'ai essayé de démontrer que la pensée darwinienne est à la hauteur de sa réputation d'acide universel : elle bouleverse tout le monde traditionnel, remettant en question cette image du haut vers le bas de conceptions émanant du génie des génies, le Concepteur Intelligent, et en les remplaçant par l'image du haut vers le bas de processus cycliques sans esprit, sans motif, qui produisent des combinaisons de plus en plus robustes jusqu'à ce qu'elles commencent à se répliquer d'elles-mêmes, accélérant le processus de conception en réutilisant les meilleurs éléments encore et encore. Certains de ces premiers descendants finissant par unir leurs forces (composante majeure, la symbiose), ce qui conduit à la multicellularité (autre caractéristique majeure), qui conduit à des véhicules d'exploration plus efficaces rendus possibles par la reproduction sexuelle (pareillement aspect majeur), qui conduit finalement, à une espèce, avec langage et évolution culturelle (encore un truc majeur), qui fournissent le support de la littérature, de la science et de l'ingénierie. Dernier arrivé des ces composants, ce qui nous permet à notre tour d'être "méta", comme aucune autre forme de vie ne peut l'être, apte à réfléchir d'infinies façons à ce que nous sommes et comment nous sommes arrivés là, modélisant ces processus via des pièces et des romans, des théories et des simulations informatiques, et en ajoutant toujours plus d'instruments de réflexion à notre impressionnante boîte à outils. Cette perspective est si unificatrice et en même temps si généreuse en idées détaillées qu'on pourrait dire qu'il y a là un dispositif puissant en lui-même. Ceux qui sont encore étrangement rebutés par la pensée darwinienne doivent considérer la probabilité que s'ils essaient de faire cavalier seul avec les seuls outils de la tradition, ils se retrouveront à travailler bien loin de la pointe de la recherche sur des phénomènes importants aussi divers que les épidémies et l'épistémologie, les biocarburants et l'architecture du cerveau, la génétique moléculaire, la musique et la moralité.