mémoire

Mettez vos données sur disque dur et elles seront peut être sûres pendant une décennie si rien ne casse. Mais que faire pour garder l'info des millions d'années ?
La puissance de l'ADN comme dispositif de stockage a été identifiée la première fois seulement six ans après la découverte de la molécule. Dans une conférence de 1959 au California Institute of Technology, Richard Feynman, un des physiciens les plus admiré du 20 ème siècle, prévoyait que la miniaturisation de la technologie changerait probablement le monde - essentiellement en prévoyant la révolution numérique. Il précisa alors que la nature avait déjà fait un chip bien meilleur sous forme d'acide désoxyribonucléique.
Dans un petit paquet d'atomes au centre de chaque cellule, Feynman remarqua que toute l'information requise pour créer un humain, une amibe ou une tomate y sont codés. En beaucoup de domaines Feynman était en avance sur son temps. Les scientifiques ont calculé que l'ADN pourrait être le support de stockage idéal. Une seule livre d'ADN pouvant contenir toutes les données de tous les ordinateur.
Mais gérer cette puissance informatique s'est avérée difficile. Le premier ordinateur fonctionnant entièrement comme l'ADN fut créé en 1994 par Leonard Adleman, informaticien à l'université de Californie. Dans une cuillère à café d'eau, il utilisa une série de réactions biochimiques pour résoudre le problème célèbre "du représentant de commerce" (en bref de combien de manières peut-on aller de New York à Cleveland en s'arrêtant dans 7 autres villes dans l'intervalle ?). La promesse de l'approche était due au fait que chaque morceau d'ADN peut fonctionner essentiellement comme ordinateur indépendant, il devrait lui être possible de faire près d'un quadrillion de calculs immédiatement. Plus facile à dire qu'a faire !. Et si Adleman est lui-même est parvenu à résoudre un problème à 20 variables avec son ordinateur ADN beaucoup de chercheurs depuis, dans ce champ de l'ADN, travaillant après ce papier initial d'Adleman, se sont maintenant déplacés vers la confection de machines minuscules au lieu d'utiliser des molécules d'ADN. Le problème : Accéder à toute l'information d’une molécule de l'ADN.
"Ma propre conclusion est que le paradigme du calcul de l'ADN ne fournira pas une plate-forme de calcul puissante pour résoudre des problèmes" dit Lloyd Smith, scientifique à l'université de Wisconsin-Madison qui a effectué ce travail de calcul ADN, mais il ne prévoit pas de remplacer ses applications liées à la matière. "c'est mignon, mais je ne sais pas si c'est un concept si important." Quelques chercheurs qui sont resté avec cette idée de stocker l'information par ADN s'éloignent actuellement de l'idée que la molécule puisse sauvegarder des quantités d'information massives. Au lieu de cela, ils se concentrent sur de plus petits messages correcteurs pendant de très longues périodes - peut-être destinés à survivre à tous les livres et disques durs que la civilisation a produits.
L'ADN des organismes évolue constamment, mais les messages correcteurs d'erreurs destinés à protéger les organismes - restent très longtemps. Pak Chung Wong, chercheur aux Pacific National Laboratories, précise que quelques unes de ces contraintes de bactéries ont maintenu leur ADN quasi intact pendant des millions d'années. Lui et ses collègues ont développé une technique pour implanter au moins 100 mots dans le génome d'un organisme de sorte que le message soit protégé contre des erreurs. Wong et ses collègues ont prouvé qu'ils pourraient implanter un message (ils ont employé "c'est un petit monde après tout") dans le génome de bactérie. Une famille entière de bactéries avec le message put être créée, et même après des centaines de générations, le message était encore intact. Wong note qu'il devrait être possible d'envoyer un message au futur dans un organisme particulièrement robuste - tel que les bactéries ou autres cancrelats, qui survivraient à une guerre nucléaire. Plus pratiquement, les compagnies qui créent des organismes génétiquement modifiés pourraient employer cette technologie pour créer un genre de filigrane ADN pour protéger leur propriété intellectuelle. Au delà de fournir de la manière pour Genentech ou Monsanto afin d’empêcher d'autres compagnies de voler leurs organismes génétiquement modifiés, une telle technologie pourrait être la meilleure manière que nous ayons d'envoyer un message au futur éloigné. Oublions les gravures sur le satellites Voyager. Ce message pourrait durer aussi longtemps que n'importe quelle vie sur terre. La seule question : qu’y mettrons nous ?

Auteur: Internet

Info: Fortean Times, Message dans une bouteille d'ADN, 10.24.05

[ conservation ]

mutation héritée

Les graines héritent des souvenirs de leur mère Des chercheurs de l'UNIGE démontrent que le contrôle maternel et environnemental de la dormance des graines s'effectue via des mécanismes épigénétiques inédits. Les graines restent dans un état de dormance - un blocage temporaire de leur croissance - tant que les conditions environnementales ne sont pas idéales pour germer. La profondeur de ce sommeil, qui est influencée par différents facteurs, est héritée de leur mère, comme l'avaient montré des chercheurs de l'Université de Genève (UNIGE). Ils révèlent aujourd'hui dans la revue eLife comment cette empreinte maternelle est transmise grâce à de petits fragments d'ARN dits 'interférents', qui inactivent certains gènes. Les biologistes dévoilent également qu'un mécanisme similaire permet de transmettre une autre empreinte, celle des températures présentes au cours du développement de la graine. Plus cette température était basse, plus le niveau de dormance de la graine sera élevé. Ce mécanisme permet à la graine d'optimiser le moment de sa germination. L'information est ensuite effacée dans l'embryon germé, pour que la génération suivante puisse stocker de nouvelles données sur son environnement. La dormance est mise en oeuvre pendant le développement des graines dans la plante mère. Cette propriété permet aux graines de germer pendant la bonne saison, d'éviter que tous les rejetons d'une plante se développent au même endroit et entrent en compétition pour des ressources limitées, et favorise la dispersion des plantes. Les graines perdent également leur dormance à des échéances variables. "Des sous-espèces d'une même plante peuvent avoir différents niveaux de dormance selon les latitudes sous lesquelles elles sont produites, et nous voulions comprendre pourquoi", explique Luis Lopez-Molina, professeur au Département de botanique et biologie végétale de la Faculté des sciences de l'UNIGE. Le gène paternel est réduit au silence Comme tous les organismes ayant une reproduction sexuée, la graine reçoit deux versions de chaque gène, un allèle maternel et un allèle paternel, qui peuvent avoir des niveaux d'expressions différents. Les biologistes de l'UNIGE avaient montré en 2016 que les niveaux de dormance d'Arabidopsis thaliana (l'Arabette des Dames), un organisme-modèle utilisé en laboratoire, sont hérités de la mère. En effet, chez la graine, le niveau d'expression d'un gène régulateur de dormance appelé allantoinase (ALN) est le même que celui de l'allèle maternel. Ceci implique que c'est l'allèle maternel d'ALN qui est principalement exprimé, au détriment de l'allèle paternel. Dans l'étude actuelle, les chercheurs montrent que cette empreinte maternelle est transmise par un mécanisme épigénétique, qui influence l'expression de certains gènes sans en modifier la séquence. L'allèle paternel d'ALN est 'réduit au silence' par des modifications biochimiques appelées méthylations, qui sont effectuées dans la région promotrice du gène afin de l'inactiver. "Ces méthylations sont elles-mêmes le résultat d'un processus dans lequel sont impliqués différents complexes d'enzymes et de facteurs, ainsi que de petits fragments d'ARN dits 'interférents'. Il s'agit d'un exemple inédit d'empreinte génomique, car elle se fait en l'absence de l'enzyme habituellement responsable de la méthylation", détaille Mayumi Iwasaki, chercheuse au sein du groupe genevois et première auteure de l'article. L'empreinte du froid passé empêche l'éveil de la graine Les conditions environnementales présentes pendant la formation de la graine laissent aussi leur empreinte, car son niveau de dormance augmente avec une baisse des températures. "Nous avons découvert que, dans ce cas, les deux allèles du gène ALN sont fortement réprimés dans la graine. Ceci est dû à un mécanisme épigénétique semblable, mais dont les acteurs ne sont pas tous identiques à ceux qui opèrent pour réduire l'allèle paternel au silence", expose Luis Lopez-Molina. Cette empreinte du froid permet à la graine de conserver des informations sur les températures passées pour les inclure dans le choix du moment optimal de germination. Après la germination, le gène ALN est à nouveau réactivé dans l'embryon. La mémoire du froid sera ainsi effacée, ce qui permet de remettre les compteurs à zéro pour la génération suivante. "Etudier comment les facteurs maternels et environnementaux provoquent l'éveil des graines dormantes est d'une importance cruciale pour l'agriculture, notamment pour prévenir une germination précoce dans un environnement soumis aux changements climatiques", conclut Mayumi Iwasaki. L'enjeu au niveau écologique est, lui aussi, majeur, car l'augmentation des températures pourrait diminuer la dormance de la banque de semences et modifier ainsi la répartition des espèces végétales sous une latitude donnée. Ceci entraînerait de multiples conséquences, directe et indirectes, pour les espèces animales et végétales indigènes. Internet,

Auteur: Internet

Info: https://www.techno-science.net. Publié par Adrien le 27/03/2019, source: Université de Genève

[ biophysique ] [ mitochondrial ? ]

végétalo-ésotérisme

Ethnobiologiste et baroudeur en Amazonie, Romuald goûta de l'amer breuvage de l'ayahuasca (aujourd'hui courue par les avant-gardistes de la défonce chic) sous la tutelle du chant Icaros d'un chaman. "Son goût était extrêmement amer, et je sentis le liquide descendre dans mon estomac, occasionnant hauts de coeur et nausées. J'espérais ne pas être aussi malade que les autres fois où j'avais cru me vider littéralement de mes organes". Mais bientôt, la douleur s'atténue, laissant place aux visions. Des serpents se dessinent dans le ciel et la conscience éjacule du corps, vaquant au-dessus d'une forêt aux arbres souples comme des flagelles.

Plusieurs questions animent ce livre : les plantes psychotropes trouvent-elles un quelconque intérêt à offrir le plaisir hallucinatoire aux hommes ? Les visions qu'elles procurent ont-elles un sens, et si oui, lequel ? Ces questions étranges se sont imposées à Romuald lorsqu'il remarqua que les hallucinations suscitées par la consommation de DMT végétale sont constituées surtout par des motifs naturels alors que la consommation de DMT synthétique laisse plutôt voir des motifs abstraits. 

Les molécules psychotropes de ces plantes permettent-elles d'accéder à ce qui serait une "mémoire collective de l'espèce" ? On devinera sans mal que cette question est influencée par une lecture quelque peu distraite des hypothèses de l'inconscient collectif de Jung. Mais ne nous arrêtons pas à cette réticence théorique.

Romuald part de l'hypothèse pas inintéressante que les alcaloïdes des plantes psychotropes pourraient être considérés comme des exophéromones* qui annulent la barrière entre les espèces. Un peu comme l'orchidée qui ressemble à s'y méprendre à une abeille et qui dégage des phéromones sexuelles d'abeille pour se faire polliniser par le mâle (il ne suffit donc pas d'être bourré pour baiser n'importe quoi). 

De la même façon, nous dit Romuald, "les esprits des plantes que l'on nomme mères des végétaux sont, pour moi, la résultante de processus mimétiques biochimiques". Il se pourrait même qu'une plante condense en elle l'esprit de plusieurs autres plantes, comme l'ayahuasca que les indigènes considèrent comme l'esprit encyclopédique de la forêt vierge. Si vous avez lu cet incroyable illuminé qu'est Rupert Sheldrake, on peut avancer la notion de champ morphogénétique pour se faire une idée de ce que ça pourrait être, enfin c'est pas sûr non plus. 

Viennent ensuite les arguments proprement biochimiques. L'intentionnalité exophéromonale des plantes psychotropes à destination de l'esprit humain a pu être favorisée, ce qu'expliquent les bien pratiques lois de l'évolution darwinienne : "sous la forme des alcaloïdes messagers, qui lorsqu'ils se connectent à l'ADN neuronal se synchronisent avec un savoir homogène situé dans l'ADN non codant (ADN camelote). Cette mémoire et ce savoir s'expriment à la conscience par une mise en résonance de la stimulation de l'ADN des milliards de neurones de notre cerveau. Ce qui a pour effet de rendre conscient ce savoir sous forme d'images mentales et d'enseignements linguistiques conjoints avec notre cognition".

On en vient à une vision délirante de la réalité. Délirante, mais ô combien réjouissante, ne vous égarez pas ! Ce livre a connu un beau succès dans son milieu et on comprend aisément pourquoi. Les plantes auraient quelque chose à nous dire. Elles auraient traversé des temps immémoriaux pour nous transmettre leur secret – qui est aussi le secret de la vie, car quel citadin ne s'imagine pas aujourd'hui que la nature est la seule chose qui soit vraie ? Grâce à ces plantes, quelque chose comme le savoir universel et absolu deviendrait accessible. Rendez-vous compte ! Une perspective se dessine, la fin d'un égarement apparaît. Plus besoin de perdre du temps et de se fatiguer des vies entières pour creuser, chercher et comprendre dans des voies bien incertaines. le savoir est là et il ne demande, pour se laisser percer, rien d'autre que des investigations en biochimie et en psychologie jungienne, que l'on aura entre-temps redéfinie comme outil de traduction archétypale pour la communication transspéciste, qui succède bien logiquement aux joies asexuées de la réunion transsexiste. 

Les plantes psychotropes tenteraient-elles de réaliser ce que l'homme n'a jamais eu, ne serait-ce que l'idée, de réaliser : comprendre et s'unir à l'esprit des autres espèces vivantes de ce monde, réalisant ce vaste mensonge qu'est l'Unus Mundus ? Ce n'est pas parce que nous préférons ne pas manger de ce pain-là qu'il ne faut pas se poser sérieusement la question, ne serait-ce que pour rire aux larmes des espoirs touchants que nourrit parfois l'humanité.

Auteur: Arcé Alexandra

Info: Critique de l'ouvrage de R.Leterrier : Les plantes psychotropes et la conscience : L'enseignement de l'Ayahuasca. *langage des plantes, inventé par T. McKenna

[ résonances biophysiques ] [ épigénétique ]

machine-homme

- (Q) Comment définir et expliquer les mot "vie" ?

- (R) La vie est un phénomène complexe et multiforme qui englobe les caractéristiques, les processus et les activités associés aux organismes vivants. Bien qu'il n'existe pas de définition universellement acceptée de la vie, celle-ci peut être comprise de manière générale comme l'état d'être vivant, présentant certaines propriétés et certains comportements fondamentaux.

Les principales caractéristiques de la vie sont les suivantes

L'organisation : Les organismes vivants sont hautement organisés, constitués de cellules ou de structures cellulaires qui remplissent des fonctions spécifiques. Ils ont une structure hiérarchique, des cellules aux tissus, aux organes et aux systèmes d'organes.

Métabolisme : La vie implique la capacité d'acquérir et d'utiliser de l'énergie par le biais de divers processus métaboliques, tels que la respiration, la photosynthèse ou d'autres réactions biochimiques. Les organismes utilisent l'énergie pour maintenir leur environnement interne, croître, se reproduire et répondre aux stimuli.

Croissance et développement : Les organismes vivants ont la capacité de croître et de se développer, augmentant leur taille et leur complexité au fil du temps. Ils subissent des processus tels que la division cellulaire, la différenciation et la maturation.

Reproduction : La vie implique la capacité de se reproduire et de transmettre l'information génétique d'une génération à l'autre. La reproduction peut se faire par voie sexuée ou asexuée et assure la pérennité d'une espèce.

Réponse aux stimuli : les organismes vivants peuvent percevoir les changements dans leur environnement et y répondre, en adoptant des comportements qui leur permettent de survivre, de trouver des ressources, d'éviter les menaces et de s'adapter à des conditions changeantes.

Homéostasie : La vie implique le maintien d'une stabilité et d'un équilibre internes par le biais de divers mécanismes de régulation. Les organismes peuvent réguler leurs conditions internes, telles que la température, le pH et les niveaux de nutriments, afin de garantir un fonctionnement optimal.

Bien que ces caractéristiques fournissent un cadre général, il est important de reconnaître que la vie présente une diversité et une complexité considérables au sein des différentes espèces et écosystèmes. La vie peut exister sous différentes formes, des micro-organismes aux plantes, en passant par les animaux et les êtres humains, chacun ayant ses propres adaptations et caractéristiques.

L'étude de la vie est un vaste domaine appelé biologie, qui explore les mécanismes, les processus et la diversité des organismes vivants. Les scientifiques continuent d'étudier et d'approfondir leur compréhension de la nature fondamentale de la vie et de ses origines, cherchant à démêler les complexités de ce phénomène remarquable.

- (Q) D'accord, merci. Donc pour préciser un peu la question, où est la frontière entre minéral et  végétal. ou entre organique et inorganique ?

- (R) La frontière entre les domaines minéral (inorganique) et végétal (organique), ou entre la matière organique et inorganique, n'est pas toujours évidente, car il peut y avoir des chevauchements et des ambiguïtés. La distinction réside principalement dans la composition, la structure et les propriétés caractéristiques des substances concernées.

Dans le contexte de la géologie et de la chimie, les minéraux sont des substances inorganiques naturelles dont la composition chimique et la structure cristalline sont définies. Le quartz, le feldspath et la calcite sont des exemples de minéraux. Les minéraux sont généralement formés par des processus géologiques et n'ont pas les structures moléculaires complexes que l'on trouve dans les organismes vivants.

D'autre part, le terme "végétal" fait généralement référence à la matière organique associée aux plantes ou à la vie végétale. Les plantes sont des organismes vivants qui possèdent des structures cellulaires complexes et réalisent divers processus physiologiques. Elles sont classées dans le règne des Plantae et présentent des caractéristiques telles que la photosynthèse, la croissance, la reproduction et les réponses aux stimuli.

La matière organique désigne généralement les substances qui contiennent du carbone et qui proviennent d'organismes vivants ou de leurs restes. Les composés organiques, tels que les glucides, les protéines, les lipides et les acides nucléiques, sont les éléments constitutifs de la vie et sont présents dans les organismes vivants.

La frontière entre le minéral et le végétal ou entre la matière organique et la matière inorganique peut s'estomper dans certains cas. Par exemple, certains composés organiques, comme certains carbonates, peuvent se trouver à la fois dans les organismes vivants et dans les minéraux. En outre, les minéraux peuvent interagir avec la matière organique, par exemple lors de la formation de fossiles ou de l'absorption de minéraux par les plantes.

Il est important de noter que la classification et la compréhension de ces frontières sont principalement basées sur des catégorisations scientifiques et peuvent varier en fonction du contexte et de la perspective. Différents domaines scientifiques, tels que la géologie, la chimie et la biologie, peuvent aborder ces frontières différemment en fonction de leurs cadres respectifs et de leurs intérêts de recherche.

Auteur: chatGPT4

Info: 18 mai 2023. Ici l'I.A. qui donne les réponses peut être considérée comme un promptuaire, un résumé

[ question-réponse ] [ compendium ]

univers inversé

Les possibilités métagénomiques

Une infime fraction - la plupart des scientifiques estiment <1% - des espèces microbiennes sur Terre peut être cultivée et étudiée à l'aide de techniques classiques de microbiologie et de génomique. Mais en utilisant des outils de métagénomique récemment développés, les chercheurs appliquent l'analyse génomique à des communautés microbiennes entières à la fois, sans avoir à isoler et à cultiver des espèces individuelles. Les études de métagénomique commencent par obtenir un échantillon d'un environnement particulier tel que l'eau de mer, le sol ou l'intestin humain, en extrayant le matériel génétique de tous les organismes de l'échantillon, puis en analysant l'ADN de ce mélange pour mieux comprendre comment les membres de la communauté interagir, changer et exécuter des fonctions complexes.

Processus : la métagénomique consiste à obtenir l'ADN de tous les micro-organismes d'une communauté, sans nécessairement identifier toutes les espèces impliquées. Une fois les gènes séquencés et comparés aux séquences identifiées, les fonctions de ces gènes peuvent être déterminées.

Parce qu'elle ne dépend pas de l'établissement de cultures pures, la métagénomique offre l'accès à des millions d'espèces microbiennes qui auparavant ne pouvaient pas être étudiées. Il permet également aux chercheurs d'examiner les micro-organismes dans le contexte des environnements dans lesquels ils existent naturellement, en étudiant des communautés entières en même temps.

Applications de la métagénomique

Pratiquement tous les biologistes, quel que soit leur domaine, découvriront qu'une meilleure compréhension des communautés microbiennes et de la métagénomique peut contribuer à leurs propres recherches. L'étude des communautés microbiennes par la métagénomique peut aider les biologistes à s'attaquer à des questions scientifiques fondamentales et à résoudre les problèmes sociaux, environnementaux et économiques connexes. Voici quelques-unes des applications potentielles de la métagénomique :

Avancées des sciences de la vie.

Décrypter le fonctionnement et l'interaction des espèces au sein des communautés microbiennes peut répondre en partie à des questions fondamentales sur de nombreux aspects de la biologie microbienne, végétale et animale et améliorer considérablement la compréhension de l'écologie et de l'évolution. La métagénomique pourrait aider à répondre à des questions telles que : Qu'est-ce qui constitue un génome ? Qu'est-ce qu'une espèce ? Quelle est la diversité de la vie ?

Sciences de la Terre.

L'exploration de la manière dont les communautés microbiennes du sol et des océans affectent les équilibres atmosphériques et les conditions environnementales peut aider les scientifiques à mieux comprendre, prévoir et potentiellement faire face aux changements mondiaux.

Médicament.

Des centaines de médicaments disponibles aujourd'hui sont dérivés de produits chimiques trouvés pour la première fois dans des microbes ; l'accès aux génomes d'espèces microbiennes supplémentaires est très prometteur pour en découvrir des milliers d'autres. L'étude du "microbiome" humain – les milliers de milliards de bactéries vivant dans et sur le corps humain – peut conduire à de nouvelles façons de diagnostiquer, de traiter et de prévenir les maladies.

Énergie alternative.

De nouvelles sources d'énergie pourraient être développées en exploitant le pouvoir des communautés microbiennes pour produire des sous-produits tels que l'hydrogène, le méthane, le butanol et même le courant électrique.

Assainissement de l'environnement.

Comprendre les microbes qui dégradent les produits chimiques environnementaux peut aider à nettoyer des polluants tels que les fuites d'essence, les déversements de pétrole, les eaux usées, les rejets industriels et les déchets nucléaires.

Biotechnologie.

L'identification et l'exploitation des capacités biosynthétiques polyvalentes et diverses des communautés microbiennes peuvent conduire au développement de nouveaux produits industriels, alimentaires et de santé bénéfiques.

Agriculture.

Mieux comprendre les microbes bénéfiques vivant dans, sur, sous et autour des plantes et des animaux domestiques peut contribuer à améliorer les méthodes de détection des agents pathogènes dans les cultures, le bétail et les produits alimentaires et peut faciliter le développement de pratiques agricoles qui tirent parti des les alliances naturelles entre les microbes, les plantes et les animaux.

Biodéfense et médecine légale microbienne.

L'étude de l'ADN et des empreintes biochimiques des communautés microbiennes aide les spécialistes à surveiller les agents pathogènes connus et potentiels, à créer des vaccins et des traitements plus efficaces contre les agents bioterroristes potentiels et à reconstruire les événements dans lesquels les microbes ont joué un rôle.

Valeur de la métagénomique pour l'enseignement de la biologie

La citation de Muir a également une pertinence importante pour l'enseignement des sciences. Qu'est-ce qui sépare la chimie, la génétique, la biologie moléculaire, l'évolution, l'écologie et d'autres disciplines ? Où se croisent-elles et comment se construisent-elles les unes sur les autres ?

La métagénomique aide à combler le fossé entre la génétique et l'écologie, démontrant que les gènes d'un seul organisme sont connectés aux gènes des autres et à l'ensemble de la communauté. En fait, les processus de la métagénomique démontrent qu'il est important d'étudier les gènes et les organismes en contexte et d'apprécier toute la diversité de la vie, même dans un seul cadre. Ces messages ont une pertinence importante dans l'ensemble de la biologie et seraient des ajouts précieux à n'importe quel cours de biologie, peut-être en particulier ceux du niveau d'introduction.

Parce que la métagénomique s'inspire d'un large éventail de domaines et les affecte, c'est un outil précieux pour enseigner des thèmes et des concepts qui sont tissés tout au long de l'enseignement de la biologie. En effet, l'enseignement et l'apprentissage de la métagénomique pourraient clairement intégrer les types de changements dans l'enseignement des sciences de la maternelle à la 12e année et du premier cycle que de nombreux rapports ont demandé au cours de la dernière décennie.

Certains professeurs estiment qu'ils doivent utiliser des cours d'introduction pour fournir aux étudiants pratiquement toutes les connaissances qu'ils utiliseront pour comprendre les concepts de base d'une discipline. Certains considèrent également les cours d'introduction comme un moyen d'aider les étudiants à apprendre à interpréter les nouvelles et autres informations sur la science afin qu'ils puissent prendre des décisions plus éclairées à la maison, chez le médecin et dans l'isoloir. Trop souvent, cependant, de tels cours ne parviennent pas à transmettre la beauté complexe du monde vivant et les innombrables façons dont la biologie a un impact sur la "vraie vie". L'apprentissage de la métagénomique au niveau introductif - en mettant l'accent sur ses applications potentielles dans le monde réel - pourrait servir à éclairer les principes de base d'une grande variété de domaines, les liens entre eux et la pertinence plus large des avancées scientifiques pour les problèmes du monde réel. Si les étudiants peuvent voir qu'il y a vraiment des questions non résolues intéressantes auxquelles ils peuvent jouer un rôle pour répondre, le recrutement de jeunes talentueux pour les carrières scientifiques peut être facilité. De cette façon, les élèves rencontreront une science dynamique plutôt que statique.

LES BÉNÉFICES DE L'INTÉGRATION DE L'ÉDUCATION ET DE LA RECHERCHE

Les avantages de l'intégration précoce de la métagénomique et d'autres sciences nouvelles dans l'enseignement de la biologie profiteraient non seulement aux étudiants en biologie, mais aussi aux scientifiques et à leurs projets de recherche. L'expérience montre que lorsque les chercheurs enseignent, leur propre compréhension s'approfondit, menant à de nouvelles questions et pistes de recherche souvent inattendues qui sont posées par les étudiants, ainsi qu'à contribuer au développement d'approches créatives des problèmes. Si la communauté de la biologie peut intégrer l'enseignement de la métagénomique aux progrès de la recherche dès le départ, les étudiants pourraient devenir des participants actifs au développement du domaine.

Enseigner un domaine nouveau ou émergent est un moyen idéal d'engager profondément les étudiants dans l'exploration de questions fondamentales qui sont au cœur de la poursuite scientifique et de les encourager à poser leurs propres questions. En effet, dans le cas du domaine émergent de la métagénomique, les questions les plus fondamentales peuvent être les plus profondes. Répondre à ces questions inspire à son tour les jeunes esprits et les chercheurs actifs, et la science est bénéfique. 

D'autres ont vu l'intérêt d'intégrer la science émergente à l'éducation. Un certain nombre d'efforts sont actuellement en cours pour intégrer la recherche et l'enseignement en génomique.

Auteur: Internet

Info: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ Metagenomics: A Call for Bringing a New Science into the Classroom (While It's Still New) Anne Jurkowski,* Ann H. Reid,† and Jay B. Labovcorresponding author

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symbiose

Les cellules du corps se parlent du vieillissement

Les biologistes ont découvert que les mitochondries de différents tissus communiquent entre elles pour réparer les cellules blessées. Lorsque leur signal échoue, l’horloge biologique commence à ralentir.

Le vieillissement peut apparaitre comme un processus non régulé : au fil du temps, nos cellules et notre corps accumulent inévitablement des bosses et des bosses qui provoquent des dysfonctionnements, des échecs et finalement la mort. Cependant, en 1993, une découverte a bouleversé cette interprétation des événements. Les chercheurs ont trouvé une mutation dans un seul gène qui doublait la durée de vie d'un ver ; des travaux ultérieurs ont montré que des gènes apparentés, tous impliqués dans la réponse à l'insuline, sont des régulateurs clés du vieillissement chez une multitude d'animaux, depuis les vers et les mouches jusqu'aux humains. La découverte suggère que le vieillissement n’est pas un processus aléatoire – en fait, des gènes spécifiques le régulent – ​​ce qui ouvre la porte à des recherches plus approfondies sur la manière dont le vieillissement se déroule au niveau moléculaire.

Récemment, une série d’articles ont documenté une nouvelle voie biochimique qui régule le vieillissement, basée sur les signaux transmis entre les mitochondries, les organelles les plus connues comme la centrale électrique de la cellule. En travaillant avec des vers, les chercheurs ont découvert que les dommages causés aux mitochondries dans les cellules cérébrales déclenchaient une réponse de réparation qui était ensuite amplifiée, déclenchant des réactions similaires dans les mitochondries de tout le corps du ver. L'effet de cette activité de réparation prolonge la durée de vie de l'organisme : les vers dont les dommages mitochondriaux étaient rainsi éparés vivaient 50 % plus longtemps.

De plus, les cellules de la lignée germinale – les cellules qui produisent les ovules et les spermatozoïdes – étaient au cœur de ce système de communication anti-âge. C’est une découverte qui ajoute de nouvelles dimensions aux préoccupations en matière de fertilité impliquées lorsque les gens parlent du vieillissement et de leur " horloge biologique ". Certaines des découvertes ont été rapportées dans Science Advances et d’autres ont été publiées sur le serveur de prépublication scientifique biorxiv.org à l’automne.

La recherche s'appuie sur un ensemble de travaux récents suggérant que les mitochondries sont des organites sociaux qui peuvent communiquer entre elles même lorsqu'elles se trouvent dans des tissus différents. Essentiellement, les mitochondries fonctionnent comme des talkies-walkies cellulaires, envoyant des messages dans tout le corps qui influencent la survie et la durée de vie de l’organisme tout entier.

"Ce qui est important ici, c'est qu'en plus des programmes génétiques, il existe également un facteur très important pour réguler le vieillissement, à savoir la communication entre les tissus", a déclaré David Vilchez, qui étudie le vieillissement à l'Université de Cologne et n'a pas participé à l'étude. 

Le biologiste cellulaire Andrew Dillin a découvert il y a environ dix ans les premiers indices de cette nouvelle voie qui régule la durée de vie. Il était à la recherche de gènes prolongeant la vie des vers Caenorhabditis elegans lorsqu'il a découvert que les dommages génétiques aux mitochondries prolongeaient la vie des vers de 50 %.

C'était inattendu. Dillin avait supposé que des mitochondries défectueuses accéléreraient la mort plutôt que de prolonger la vie – après tout, les mitochondries sont essentielles au fonctionnement cellulaire. Pourtant, pour une raison ou une autre, le fait de perturber le bon fonctionnement des mitochondries obligeait les vers à vivre plus longtemps.

Plus intrigant était le fait que les mitochondries endommagées dans le système nerveux des vers semblaient être à l'origine de cet effet. "Cela montre vraiment que certaines mitochondries sont plus importantes que d'autres", a déclaré Dillin, qui est maintenant professeur à l'Université de Californie à Berkeley. "Les neurones dictent cela au reste de l'organisme, et c'était vraiment surprenant."

Au cours de la dernière décennie, le biologiste cellulaire Andrew Dillin a découvert les détails biochimiques d'une nouvelle voie qui régule le vieillissement, dans laquelle les mitochondries des cellules du corps communiquent sur la santé cellulaire.

Aujourd'hui, Dillin et son équipe ont élargi ces découvertes en découvrant de nouveaux détails sur la façon dont les mitochondries du cerveau communiquent avec les cellules du corps du ver pour prolonger la vie.

Tout d'abord, il fallait comprendre pourquoi des dommages causés aux mitochondries du cerveau pouvaient avoir un effet bénéfique sur l'organisme. Le processus de production d'énergie d'une mitochondrie nécessite une machinerie moléculaire extrêmement complexe comprenant des dizaines de parties protéiques différentes. Lorsque les choses tournent mal, par exemple lorsque certains composants sont manquants ou mal repliés, les mitochondries activent une réponse au stress, connue sous le nom de réponse protéique dépliée, qui délivre des enzymes de réparation pour aider les complexes à s'assembler correctement et à restaurer la fonction mitochondriale. De cette façon, la réponse protéique déployée maintient les cellules en bonne santé.

Dillin s’attendait à ce que ce processus se déroule uniquement à l’intérieur des neurones dont les mitochondries sont endommagées. Pourtant, il a observé que les cellules d’autres tissus du corps du ver activaient également des réponses de réparation même si leurs mitochondries étaient intactes.

C'est cette activité de réparation qui a permis aux vers de vivre plus longtemps. Comme si on emmenait régulièrement une voiture chez un mécanicien, la réponse protéique déployée semblait maintenir les cellules en bon état de fonctionnement et fonctionner comme un élément anti-âge. Ce qui restait mystérieux était la façon dont cette réponse protéique déployée était communiquée au reste de l’organisme.

Après quelques recherches, l'équipe de Dillin a découvert que les mitochondries des neurones stressés utilisaient des vésicules – des conteneurs en forme de bulles qui déplacent les matériaux autour de la cellule ou entre les cellules – pour transmettre un signal appelé Wnt au-delà des cellules nerveuses vers d'autres cellules du corps. Les biologistes savaient déjà que Wnt joue un rôle dans la configuration du corps au cours du développement embryonnaire précoce, au cours duquel il déclenche également des processus de réparation tels que la réponse protéique déployée. Pourtant, comment la signalisation Wnt, lorsqu’elle est activée chez un adulte, pourrait-elle éviter d’activer le programme embryonnaire ?

Dillin soupçonnait qu'il devait y avoir un autre signal avec lequel Wnt interagissait. Après d'autres travaux, les chercheurs ont découvert qu'un gène exprimé dans les mitochondries de la lignée germinale – et dans aucune autre mitochondrie – peut interrompre les processus de développement de Wnt. Ce résultat lui suggère que les cellules germinales jouent un rôle essentiel dans le relais du signal Wnt entre le système nerveux et les tissus du reste du corps.

"La lignée germinale est absolument essentielle pour cela", a déclaré Dillin. Il n’est cependant pas clair si les mitochondries germinales agissent comme des amplificateurs, recevant le signal des mitochondries du cerveau et le transmettant à d’autres tissus, ou si les tissus récepteurs " écoutent " les signaux provenant des deux sources.

Quoi qu’il en soit, la force du signal germinal régule la durée de vie de l’organisme, a déclaré Dillin. À mesure qu’un ver vieillit, la qualité de ses œufs ou de son sperme diminue – ce que nous appelons le tic-tac d’une horloge biologique. Ce déclin se reflète également dans la capacité changeante des cellules germinales à transmettre les signaux des mitochondries du cerveau, a-t-il suggéré. À mesure que le ver vieillit, sa lignée germinale transmet le signal de réparation moins efficacement et son corps décline également.

Les scientifiques ne savent pas encore si ces découvertes s’appliquent aux humains et à notre façon de vieillir. Pourtant, l’hypothèse a du sens d’un point de vue évolutif plus large, a déclaré Dillin. Tant que les cellules germinales sont saines, elles envoient des signaux favorables à la survie pour garantir que leur organisme hôte survit et se reproduit. Mais à mesure que la qualité des cellules germinales diminue, il n’y a aucune raison évolutive de continuer à prolonger la durée de vie ; du point de vue de l'évolution, la vie existe pour se reproduire.

Le fait que les mitochondries puissent communiquer entre elles peut sembler quelque peu alarmant, mais il existe une explication. Il y a longtemps, les mitochondries étaient des bactéries libres qui s’associaient à un autre type de cellules primitives pour travailler ensemble dans ce qui est devenu nos cellules complexes modernes. Ainsi, leur capacité à communiquer est probablement une relique de l’ancêtre bactérien libre des mitochondries.

"Cette petite chose qui existe à l'intérieur des cellules depuis des milliards d'années conserve toujours ses origines bactériennes", a déclaré Dillin. Et si ses recherches sur les vers se confirment dans des organismes plus complexes comme les humains, il est possible que vos mitochondries parlent en ce moment de votre âge. 

Auteur: Internet

Info: https://www.quantamagazine.org/, Viviane Callier, 8 janvier 2024

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indéterminisme

L'essor des thérapies quantiques
Basée sur les découvertes de la physique quantique, une nouvelle façon de se soigner fait de plus en plus parler d'elle. Son postulat : nos cellules émettent des informations, qui déterminent notre état de santé et sur lesquelles il est possible d'agir. Explications.
"Il y a dix ans, on m'a diagnostiqué un lupus érythémateux, une maladie auto-immune chronique, raconte Lucia, une artiste de 50 ans. Depuis, suivie à l'hôpital, j'en étais arrivée à prendre onze médicaments par jour... Il y a six mois, un ami est venu me voir bouleversé après avoir essayé une nouvelle technique de soin qui, disait-il, n'avait rien à voir ni avec la médecine conventionnelle, ni avec les médecines naturelles. Une "machine" donnait des résultats dont l'exactitude l'avait dérouté. Je suis cartésienne et je n'ai pas peur des expériences nouvelles. J'ai donc consulté un thérapeute qui utilise cet appareil de biofeedback. En quelques minutes, l'écran a affiché clairement tout mon parcours médical ! Puis cette machine a effectué un traitement très étrange, consistant à envoyer des "informations" dans le corps. Après quelques séances, la plupart de mes symptômes ont disparu et, aujourd'hui, avec l'accord de mon médecin, je ne prends plus qu'un médicament par jour."
Un diagnostic global
Un appareil capable d'effectuer un diagnostic précis et de traiter aussi rapidement une maladie auto-immune ? Si un cas ne vaut pas pour tous, les résultats sont étonnants. Et ce n'est qu'un des aspects de cette approche de la santé physique et psychique, qui se répand au point que certains médecins et chercheurs n'hésitent plus à dire qu'un changement de paradigme est en train de s'opérer. Le premier congrès sur les thérapies quantiques d'Aix-en- Provence, en novembre 2010, a réuni des scientifiques du monde entier, parmi lesquels l'équipe du professeur Luc Montagnier, prix Nobel de médecine 2008. Depuis, les livres sur le sujet, les congrès affichant complets, les appareils de biofeedback ou les méthodes quantiques se multiplient...
Les "thérapies quantiques", ou la "médecine quantique", nous demandent de voir la vie, la santé et la maladie d'une tout autre façon : notre corps n'est plus un assemblage d'organes à traiter séparément, comme le fait la médecine conventionnelle, c'est un champ vibratoire et énergétique constitué de milliards de particules de lumière - des photons - qui échangent en permanence des informations, un univers lumineux dans lequel l'esprit et la matière ne font qu'un. Avec une idée clé : ce ne sont pas les échanges biochimiques de nos cellules qui déterminent notre état de santé, mais les informations qu'elles se communiquent entre elles. Ici, l'origine de la maladie n'est donc pas un problème purement biologique, mais un défaut d'information ; le symptôme n'est qu'une réaction à ce dernier.
Pour celui qui ne connaît pas le monde scientifique, l'idée peut sembler délirante. Pourtant, elle repose sur des dizaines d'années de recherches, commencées il y a un siècle avec Albert Einstein et ses travaux sur la nature de la lumière. Au fil des décennies, la physique quantique - qui décrit le comportement des atomes et des particules subatomiques - s'est développée en marge de la physique classique, car elle ne répond pas aux mêmes règles. La plus importante, pour comprendre le fondement de la médecine quantique : les ondes électromagnétiques sont en même temps des photons. Ces photons du corps humain sont loin d'être des vues de l'esprit : au cours des années 1970, Fritz-Albert Popp, un biophysicien allemand, a découvert l'existence de ce qu'il a appelé les " bi photons ", des particules de lumière émises par nos cellules, qu'il a réussi à filmer. Ces minuscules courants lumineux, invisibles à l'oeil nu, portent les informations et contrôlent notre organisme. Mais pas n'importe comment.
Des capacités d'auto guérison stimulées
L'une des découvertes les plus importantes de la physique quantique, reprise et développée dans la thérapie quantique, est, en effet, la théorie des "champs énergétiques" : ce sont eux qui organisent et contrôlent notre corps. Ils forment un tout. En somme, le corps humain est une structure organisée d'informations. Ce que les Chinois ont compris depuis longtemps avec l'acupuncture, qui traite les flux d'énergie du corps ; ou les Indiens, avec leur médecine ayurvédique qui traite le "corps de lumière" et ses chakras...
Les appareils de biofeedback quantiques sont conçus pour détecter les ondes électromagnétiques, les " fréquences " émises par chacune des cellules de notre corps. Lorsque certaines sont brouillées ou " fausses ", l'appareil renvoie des fréquences " justes " afin de corriger le problème. Imaginez que vous ayez un coup de déprime. Vous appelez votre meilleur ami. Ses paroles rassurantes vous remontent le moral et vous retrouvez assez d'énergie pour reprendre le cours normal de votre vie. L'aide reçue n'est pas " physique ", mais vient des mots réconfortants. Or ce flot d'informations vous a été transmis par les fréquences du téléphone. Voilà, de manière imagée, comment fonctionnent les appareils de médecine quantique : ils envoient des ondes extrêmement fines qui " parlent " à nos cellules et leur transmettent des informations, elles-mêmes portées par les photons. Pour reprendre la métaphore, on pourrait dire que les fréquences sont les phrases réconfortantes de votre ami ; et les photons, les mots, avec leur sens.
Si la thérapie quantique fait usage d'appareils électroniques de plus en plus sophistiqués, comme le Scio, le Korotkov, le Mora ou le Life, cette approche de la médecine n'est pour autant pas mécaniste : les machines ne fonctionnent pas seules. " En "dialoguant" avec notre champ d'informations, ces appareils stimulent nos capacités d'auto guérison, explique la journaliste et conférencière Lynn McTaggart, auteure du Lien quantique (Macro 2012). Mais rien ne peut se faire sans la présence d'un médecin ou d'un thérapeute. " Une interaction d'autant plus importante que cette nouvelle vision de la santé, donc de la vie, implique non seulement une relation entre le corps et l'esprit, mais l'union fondamentale de l'esprit et de la matière.
J'ai testé un appareil de biofeedback
Des électrodes, un écran d'ordinateur, des graphiques... Notre journaliste, Odile Chabrillac, a confié son corps au Scio, une machine destinée à diagnostiquer les défaillances de l'organisme et à rééquilibrer ce dernier.
" Sitôt arrivée dans le cabinet du praticien en biofeedback qui utilise le Scio, l'un des appareils de médecine quantique dont on parle le plus en ce moment, me voilà assise confortablement et harnachée d'électrodes aux chevilles, aux poignets et sur le front. Face à moi, un mur blanc sur lequel est projeté un écran d'ordinateur rempli d'informations et de graphiques. Adrian M., le thérapeute, me soumet d'abord à un questionnaire sur mon âge, mes habitudes d'hygiène de vie, les maladies et opérations passées, mon niveau de stress... Puis, pendant trois minutes, je suis priée de rester la plus détendue possible, car cette machine va envoyer des milliers d'infirmes fréquences dans mon organisme - plus de dix mille !-, comme autant de questions auxquelles chacune de mes cellules et chacun de mes organes devront répondre. Je ne sens rien, juste de légers picotements...
Le Scio fait un bilan très complet, physiologique et émotionnel. Il affiche d'abord des chiffres sur l'énergie, la pression sanguine, l'hydratation, l'oxygénation, le pH, la vitalité et les échanges cellulaires, la capacité de régénération de mon organisme... L'ensemble est plutôt bon, voire très bon. Ouf ! En revanche, il relève que je suis légèrement intoxiquée par certains produits, le chlore en particulier, et que mon niveau de stress est bien trop important. Le thérapeute me montre les graphiques et m'explique que le stress peut avoir un impact sur ma thyroïde, mon système endocrinien, et sur certains lobes cérébraux, avec un risque de maladie d'Alzheimer. Car cette machine évalue aussi les problèmes potentiels de chaque individu.
Adrian M. me rassure : les appareils quantiques sont fondés sur les probabilités, non sur des certitudes absolues : " C'est comme la météo, m'explique-t-il, si l'on nous annonce de la pluie, mieux vaut prendre un parapluie, mais cela ne veut pas dire qu'il pleuvra ! " Pendant près d'une heure, la machine va procéder au traitement, en renvoyant des fréquences justes pour corriger celles qui sont faussées. En somme, elle donne au corps les bonnes réponses aux questions qu'elle a posées. Là encore, je ne sens rien. La séance dure une heure et demie. (Compter 60 € la séance - prix donné à titre indicatif).
Bilan : si mon mode de vie est plutôt sain, je suis capable de m'empoisonner l'existence, au sens littéral du terme, avec mes " prises de tête ". Voilà ce qui est étonnant ici : cet appareil tient autant compte des facteurs physiologiques et biologiques que de mes émotions, de mon état d'esprit mental et moral, de certains problèmes psychologiques. La fin de la séance se conclut par quelques conseils supplémentaires : boire davantage, bouger, pratiquer le yoga si je peux, rythmer mon mode de vie en fonction de la saison. Le Scio suggère quelques remèdes homéopathiques pour optimiser mon état corporel, mon mental et mon énergie. Sortie de la séance enthousiaste et détendue, je me suis sentie épuisée tout l'après-midi et me réveillerai le lendemain matin légèrement courbaturée. Rendez-vous a été pris pour vérifier si mes efforts auront déjà eu un véritable impact sur mon corps et mon esprit.

Auteur: Pigani Erik

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[ psychothérapie ]

chimiosynthèse

Les cellules souterraines produisent de l'« oxygène sombre » sans lumière

Dans certaines profondes nappes souterraines, les cellules disposent d’une astuce chimique pour produire de l’oxygène qui pourrait alimenter des écosystèmes souterrains entiers.

(Photo - Dans un monde ensoleillé, la photosynthèse fournit l’oxygène indispensable à la vie. Au fond des profondeurs, la vie trouve un autre chemin.)

Les scientifiques se sont rendu compte que le sol et les roches sous nos pieds abritent une vaste biosphère dont le volume global est près de deux fois supérieur à celui de tous les océans de la planète. On sait peu de choses sur ces organismes souterrains, qui représentent l’essentiel de la masse microbienne de la planète et dont la diversité pourrait dépasser celle des formes de vie vivant en surface. Leur existence s’accompagne d’une grande énigme : les chercheurs ont souvent supposé que bon nombre de ces royaumes souterrains étaient des zones mortes pauvres en oxygène, habitées uniquement par des microbes primitifs qui maintiennent leur métabolisme au ralenti et se débrouillent grâce aux traces de nutriments. À mesure que ces ressources s’épuisent, pensait-on, l’environnement souterrain devient sans vie à mesure que l’on s’enfonce.

Dans une nouvelle recherche publiée le mois dernier dans Nature Communications , les chercheurs ont présenté des preuves qui remettent en question ces hypothèses. Dans des réservoirs d'eau souterraine situés à 200 mètres sous les champs de combustibles fossiles de l'Alberta, au Canada, ils ont découvert des microbes abondants qui produisent des quantités étonnamment importantes d'oxygène, même en l'absence de lumière. Les microbes génèrent et libèrent tellement de ce que les chercheurs appellent " l'oxygène noir " que c'est comme découvrir " le même quantité d'oxygène que celle  issue de la photosynthèse dans la forêt amazonienne ", a déclaré Karen Lloyd , microbiologiste souterrain à l'Université du Tennessee qui n'était pas partie de l’étude. La quantité de gaz diffusé hors des cellules est si grande qu’elle semble créer des conditions favorables à une vie dépendante de l’oxygène dans les eaux souterraines et les strates environnantes.

"Il s'agit d'une étude historique", a déclaré Barbara Sherwood Lollar , géochimiste à l'Université de Toronto qui n'a pas participé aux travaux. Les recherches antérieures ont souvent porté sur les mécanismes susceptibles de produire de l'hydrogène et d'autres molécules vitales pour la vie souterraine, mais cette création de molécules contenant de l'oxygène a été largement négligée car ces molécules sont très rapidement consommées dans l'environnement souterrain. Jusqu’à présent, " aucune étude n’a rassemblé tout cela comme celle-ci ", a-t-elle déclaré.

La nouvelle étude a porté sur les aquifères profonds de la province canadienne de l’Alberta, qui possède des gisements souterrains si riches en goudron, en sables bitumineux et en hydrocarbures qu’elle a été surnommée " le Texas du Canada ". Parce que ses énormes industries d'élevage de bétail et d'agriculture dépendent fortement des eaux souterraines, le gouvernement provincial surveille activement l'acidité et la composition chimique de l'eau. Pourtant, personne n’avait étudié systématiquement la microbiologie des eaux souterraines.

Pour Emil Ruff , mener une telle enquête semblait être " une solution facile " en 2015 lorsqu'il a commencé son stage postdoctoral en microbiologie à l'Université de Calgary. Il ne savait pas que cette étude apparemment simple le mettrait à rude épreuve pendant les six prochaines années.

Profondeurs encombrées

Après avoir collecté l'eau souterraine de 95 puits à travers l'Alberta, Ruff et ses collègues ont commencé à faire de la microscopie de base : ils ont coloré des cellules microbiennes dans des échantillons d'eau souterraine avec un colorant à base d'acide nucléique et ont utilisé un microscope à fluorescence pour les compter. En radiodatant la matière organique présente dans les échantillons et en vérifiant les profondeurs auxquelles ils avaient été collectés, les chercheurs ont pu identifier l'âge des aquifères souterrains qu'ils exploitaient.

Une tendance dans les chiffres les intriguait. Habituellement, lors d'études sur les sédiments sous le fond marin, par exemple, les scientifiques constatent que le nombre de cellules microbiennes diminue avec la profondeur : les échantillons plus anciens et plus profonds ne peuvent pas abriter autant de vie car ils sont davantage privés des nutriments produits par les plantes photosynthétiques. et des algues près de la surface. Mais à la surprise de l'équipe de Ruff, les eaux souterraines plus anciennes et plus profondes contenaient plus de cellules que les eaux plus douces.

Les chercheurs ont ensuite commencé à identifier les microbes présents dans les échantillons, à l’aide d’outils moléculaires pour repérer leurs gènes marqueurs révélateurs. Beaucoup d’entre eux étaient des archées méthanogènes – des microbes simples et unicellulaires qui produisent du méthane après avoir consommé de l’hydrogène et du carbone suintant des roches ou de la matière organique en décomposition. De nombreuses bactéries se nourrissant du méthane ou des minéraux présents dans l’eau étaient également présentes.

Ce qui n'avait aucun sens, cependant, c'est que bon nombre de bactéries étaient des aérobies, des microbes qui ont besoin d'oxygène pour digérer le méthane et d'autres composés. Comment les aérobies pourraient-ils prospérer dans des eaux souterraines qui ne devraient pas contenir d’oxygène, puisque la photosynthèse est impossible ? Mais les analyses chimiques ont également révélé une grande quantité d’oxygène dissous dans les échantillons d’eau souterraine de 200 mètres de profondeur.

C'était du jamais vu. "On a sûrement foiré l'échantillon", fut la première réaction de Ruff.

Il a d’abord tenté de montrer que l’oxygène dissous dans les échantillons était le résultat d’une mauvaise manipulation. "C'est comme être Sherlock Holmes", a déclaré Ruff. " Vous essayez de trouver des preuves et des indications " pour réfuter vos hypothèses. Cependant, la teneur en oxygène dissous semblait constante sur des centaines d’échantillons. Une mauvaise manipulation ne pouvait pas l'expliquer.

Si l’oxygène dissous ne provenait pas d’une contamination, d’où venait-il ? Ruff s'est rendu compte qu'il près de quelque chose de grand, même si faire des affirmations controversées va à l'encontre de sa nature. Beaucoup de ses co-auteurs avaient également des doutes : cette découverte menaçait de briser les fondements de notre compréhension des écosystèmes souterrains.

Produire de l'oxygène pour tout le monde

En théorie, l’oxygène dissous dans les eaux souterraines pourrait provenir de plantes, de microbes ou de processus géologiques. Pour trouver la réponse, les chercheurs se sont tournés vers la spectrométrie de masse, une technique permettant de mesurer la masse des isotopes atomiques. En règle générale, les atomes d’oxygène provenant de sources géologiques sont plus lourds que l’oxygène provenant de sources biologiques. L’oxygène présent dans les eaux souterraines était léger, ce qui impliquait qu’il devait provenir d’une entité vivante. Les candidats les plus plausibles étaient les microbes.

Les chercheurs ont séquencé les génomes de l’ensemble de la communauté microbienne présente dans les eaux souterraines et ont repéré les voies et réactions biochimiques les plus susceptibles de produire de l’oxygène. Les réponses pointaient sans cesse vers une découverte faite il y a plus de dix ans par Marc Strous de l'Université de Calgary, auteur principal de la nouvelle étude et chef du laboratoire où travaillait Ruff.

Alors qu'il travaillait dans un laboratoire aux Pays-Bas à la fin des années 2000, Strous avait remarqué qu'un type de bactérie se nourrissant de méthane, souvent présente dans les sédiments des lacs et les boues d'épuration, avait un mode de vie étrange. Au lieu d'absorber l'oxygène de son environnement comme les autres aérobies, ces bactéries créent leur propre oxygène en utilisant des enzymes pour décomposer les composés solubles appelés nitrites (qui contiennent un groupe chimique composé d'azote et de deux atomes d'oxygène). Les bactéries utilisent l’oxygène auto-généré pour transformer le méthane en énergie.

Lorsque les microbes décomposent les composés de cette façon, on parle de dismutation. Jusqu’à présent, on pensait que cette méthode de production d’oxygène était rare dans la nature. Des expériences récentes en laboratoire impliquant des communautés microbiennes artificielles ont cependant révélé que l'oxygène produit par la dismutation peut s'échapper des cellules et se répandre dans le milieu environnant au profit d'autres organismes dépendants de l'oxygène, dans une sorte de processus symbiotique. Ruff pense que cela pourrait permettre à des communautés entières de microbes aérobies de prospérer dans les eaux souterraines, et potentiellement également dans les sols environnants.

Chimie pour la vie ailleurs

Cette découverte comble une lacune cruciale dans notre compréhension de l’évolution de l’immense biosphère souterraine et de la manière dont la dismutation contribue au cycle des composés se déplaçant dans l’environnement mondial. La simple possibilité que de l'oxygène soit présent dans les eaux souterraines " change notre compréhension du passé, du présent et de l'avenir du sous-sol ", a déclaré Ruff, qui est maintenant scientifique adjoint au Laboratoire de biologie marine de Woods Hole, Massachusetts.

Comprendre ce qui vit dans le sous-sol de notre planète est également " crucial pour transposer ces connaissances ailleurs ", a déclaré Sherwood Lollar. Le sol de Mars, par exemple, contient des composés perchlorates que certains microbes terrestres peuvent transformer en chlorure et en oxygène. Europe, la lune de Jupiter, possède un océan profond et gelé ; la lumière du soleil ne peut pas y pénétrer, mais l'oxygène pourrait potentiellement y être produit par dismutation microbienne au lieu de la photosynthèse. Les scientifiques ont observé des panaches de vapeur d’eau jaillissant de la surface d’Encelade, l’une des lunes de Saturne. Les panaches proviennent probablement d’un océan souterrain d’eau liquide. Si un jour nous trouvons de la vie sur d’autres mondes comme ceux-là, elle pourrait emprunter des voies de dismutation pour survivre.

Quelle que soit l'importance de la dismutation ailleurs dans l'univers, Lloyd est étonné de voir à quel point les nouvelles découvertes défient les idées préconçues sur les besoins de la vie et par l'ignorance scientifique qu'elles révèlent sur l'une des plus grandes biosphères de la planète. " C'est comme si nous avions toujours eu un œuf sur le visage ", a-t-elle déclaré.

Auteur: Internet

Info: https://www.quantamagazine.org/, Saugat Bolakhé, juillet 2023

[ perspectives extraterrestres ]

legos protéiques

De nouveaux outils d’IA prédisent comment les blocs de construction de la vie s’assemblent

AlphaFold3 de Google DeepMind et d'autres algorithmes d'apprentissage profond peuvent désormais prédire la forme des complexes en interaction de protéines, d'ADN, d'ARN et d'autres molécules, capturant ainsi mieux les paysages biologiques des cellules.

Les protéines sont les machines moléculaires qui soutiennent chaque cellule et chaque organisme, et savoir à quoi elles ressemblent sera essentiel pour comprendre comment elles fonctionnent normalement et fonctionnent mal en cas de maladie. Aujourd’hui, les chercheurs ont fait un grand pas en avant vers cet objectif grâce au développement de nouveaux algorithmes d’apprentissage automatique capables de prédire les formes rdéployées et repliées non seulement des protéines mais aussi d’autres biomolécules avec une précision sans précédent.

Dans un article publié aujourd'hui dans Nature , Google DeepMind et sa société dérivée Isomorphic Labs ont annoncé la dernière itération de leur programme AlphaFold, AlphaFold3, capable de prédire les structures des protéines, de l'ADN, de l'ARN, des ligands et d'autres biomolécules, seuls ou liés ensemble dans différentes configurations. Les résultats font suite à une mise à jour similaire d'un autre algorithme de prédiction de structure d'apprentissage profond, appelé RoseTTAFold All-Atom, publié en mars dans Science .

Même si les versions précédentes de ces algorithmes pouvaient prédire la structure des protéines – une réussite remarquable en soi – elles ne sont pas allées assez loin pour dissiper les mystères des processus biologiques, car les protéines agissent rarement seules. "Chaque fois que je donnais une conférence AlphaFold2, je pouvais presque deviner quelles seraient les questions", a déclaré John Jumper, qui dirige l'équipe AlphaFold chez Google DeepMind. "Quelqu'un allait lever la main et dire : 'Oui, mais ma protéine interagit avec l'ADN.' Pouvez-vous me dire comment ?' " Jumper devrait bien admettre qu'AlphaFold2 ne connaissait pas la réponse.

Mais AlphaFold3 pourrait le faire. Avec d’autres algorithmes d’apprentissage profond émergents, il va au-delà des protéines et s’étend sur un paysage biologique plus complexe et plus pertinent qui comprend une bien plus grande diversité de molécules interagissant dans les cellules.

" On découvre désormais toutes les interactions complexes qui comptent en biologie ", a déclaré Brenda Rubenstein , professeure agrégée de chimie et de physique à l'Université Brown, qui n'a participé à aucune des deux études. " On commence à avoir une vision plus large."

Comprendre ces interactions est " fondamental pour la fonction biologique ", a déclaré Paul Adams , biophysicien moléculaire au Lawrence Berkeley National Laboratory qui n’a également participé à aucune des deux études. " Les deux groupes ont fait des progrès significatifs pour résoudre ce problème. "

Les deux algorithmes ont leurs limites, mais ils ont le potentiel d’évoluer vers des outils de prédiction encore plus puissants. Dans les mois à venir, les scientifiques commenceront à les tester et, ce faisant, ils révéleront à quel point ces algorithmes pourraient être utiles.

Progrès de l’IA en biologie

L’apprentissage profond est une variante de l’apprentissage automatique vaguement inspirée du cerveau humain. Ces algorithmes informatiques sont construits à l’aide de réseaux complexes de nœuds d’information (appelés neurones) qui forment des connexions en couches les unes avec les autres. Les chercheurs fournissent au réseau d’apprentissage profond des données d’entraînement, que l’algorithme utilise pour ajuster les forces relatives des connexions entre les neurones afin de produire des résultats toujours plus proches des exemples d’entraînement. Dans le cas des systèmes d'intelligence artificielle protéique, ce processus amène le réseau à produire de meilleures prédictions des formes des protéines sur la base de leurs données de séquence d'acides aminés.

AlphaFold2, sorti en 2021, a constitué une avancée majeure dans l’apprentissage profond en biologie. Il a ouvert la voie à un monde immense de structures protéiques jusque-là inconnues et est déjà devenu un outil utile pour les chercheurs qui cherchent à tout comprendre, depuis les structures cellulaires jusqu'à la tuberculose. Cela a également inspiré le développement d’outils supplémentaires d’apprentissage biologique profond. Plus particulièrement, le biochimiste David Baker et son équipe de l’Université de Washington ont développé en 2021 un algorithme concurrent appelé RoseTTAFold , qui, comme AlphaFold2, prédit les structures protéiques à partir de séquences de données.

Depuis, les deux algorithmes ont été mis à jour avec de nouvelles fonctionnalités. RoseTTAFold Diffusion pourrait être utilisé pour concevoir de nouvelles protéines qui n’existent pas dans la nature. AlphaFold Multimer pourrait étudier l’interaction de plusieurs protéines. " Mais ce que nous avons laissé sans réponse ", a déclaré Jumper, " était : comment les protéines communiquent-elles avec le reste de la cellule ? "

Le succès des premières itérations d'algorithmes d'apprentissage profond de prédiction des protéines reposait sur la disponibilité de bonnes données d'entraînement : environ 140 000 structures protéiques validées qui avaient été déposées pendant 50 ans dans la banque de données sur les protéines. De plus en plus, les biologistes ont également déposé les structures de petites molécules, d'ADN, d'ARN et leurs combinaisons. Dans cette expansion de l'algorithme d'AlphaFold pour inclure davantage de biomolécules, " la plus grande inconnue ", a déclaré Jumper, "est de savoir s'il y aurait suffisamment de données pour permettre à l'algorithme de prédire avec précision les complexes de protéines avec ces autres molécules."

Apparemment oui. Fin 2023, Baker puis Jumper ont publié les versions préliminaires de leurs nouveaux outils d’IA, et depuis, ils soumettent leurs algorithmes à un examen par les pairs.

Les deux systèmes d'IA répondent à la même question, mais les architectures sous-jacentes de leurs méthodes d'apprentissage profond diffèrent, a déclaré Mohammed AlQuraishi , biologiste des systèmes à l'Université de Columbia qui n'est impliqué dans aucun des deux systèmes. L'équipe de Jumper a utilisé un processus appelé diffusion – technologie qui alimente la plupart des systèmes d'IA génératifs non basés sur du texte, tels que Midjourney et DALL·E, qui génèrent des œuvres d'art basées sur des invites textuelles, a expliqué AlQuraishi. Au lieu de prédire directement la structure moléculaire puis de l’améliorer, ce type de modèle produit d’abord une image floue et l’affine de manière itérative.

D'un point de vue technique, il n'y a pas de grand saut entre RoseTTAFold et RoseTTAFold All-Atom, a déclaré AlQuraishi. Baker n'a pas modifié massivement l'architecture sous-jacente de RoseTTAFold, mais l'a mise à jour pour inclure les règles connues des interactions biochimiques. L'algorithme n'utilise pas la diffusion pour prédire les structures biomoléculaires. Cependant, l'IA de Baker pour la conception de protéines le fait. La dernière itération de ce programme, connue sous le nom de RoseTTAFold Diffusion All-Atom, permet de concevoir de nouvelles biomolécules en plus des protéines.

" Le type de dividendes qui pourraient découler de la possibilité d'appliquer les technologies d'IA générative aux biomolécules n'est que partiellement réalisé grâce à la conception de protéines", a déclaré AlQuraishi. "Si nous pouvions faire aussi bien avec de petites molécules, ce serait incroyable." 

Évaluer la concurrence

Côte à côte, AlphaFold3 semble être plus précis que RoseTTAFold All-Atom. Par exemple, dans leur analyse dans Nature , l'équipe de Google a constaté que leur outil est précis à environ 76 % pour prédire les structures des protéines interagissant avec de petites molécules appelées ligands, contre une précision d'environ 42 % pour RoseTTAFold All-Atom et 52 % pour le meilleur. outils alternatifs disponibles.

Les performances de prédiction de structure d'AlphaFold3 sont " très impressionnantes ", a déclaré Baker, " et meilleures que celles de RoseTTAFold All-Atom ".

Toutefois, ces chiffres sont basés sur un ensemble de données limité qui n'est pas très performant, a expliqué AlQuraishi. Il ne s’attend pas à ce que toutes les prédictions concernant les complexes protéiques obtiennent un score aussi élevé. Et il est certain que les nouveaux outils d’IA ne sont pas encore assez puissants pour soutenir à eux seuls un programme robuste de découverte de médicaments, car cela nécessite que les chercheurs comprennent des interactions biomoléculaires complexes. Pourtant, " c'est vraiment prometteur ", a-t-il déclaré, et nettement meilleur que ce qui existait auparavant.

Adams est d'accord. "Si quelqu'un prétend pouvoir utiliser cela demain pour développer des médicaments avec précision, je n'y crois pas", a-t-il déclaré. " Les deux méthodes sont encore limitées dans leur précision, [mais] les deux constituent des améliorations spectaculaires par rapport à ce qui était possible. "

(Image gif, tournante, en 3D : AlphaFold3 peut prédire la forme de complexes biomoléculaires, comme cette protéine de pointe provenant d'un virus du rhume. Les structures prédites de deux protéines sont visualisées en bleu et vert, tandis que les petites molécules (ligands) liées aux protéines sont représentées en jaune. La structure expérimentale connue de la protéine est encadrée en gris.)

Ils seront particulièrement utiles pour créer des prédictions approximatives qui pourront ensuite être testées informatiquement ou expérimentalement. Le biochimiste Frank Uhlmann a eu l'occasion de pré-tester AlphaFold3 après avoir croisé un employé de Google dans un couloir du Francis Crick Institute de Londres, où il travaille. Il a décidé de rechercher une interaction protéine-ADN qui était " vraiment déroutante pour nous ", a-t-il déclaré. AlphaFold3 a craché une prédiction qu'ils testent actuellement expérimentalement en laboratoire. "Nous avons déjà de nouvelles idées qui pourraient vraiment fonctionner", a déclaré Uhlmann. " C'est un formidable outil de découverte. "

Il reste néanmoins beaucoup à améliorer. Lorsque RoseTTAFold All-Atom prédit les structures de complexes de protéines et de petites molécules, il place parfois les molécules dans la bonne poche d'une protéine mais pas dans la bonne orientation. AlphaFold3 prédit parfois de manière incorrecte la chiralité d'une molécule – l'orientation géométrique distincte " gauche " ou " droite " de sa structure. Parfois, il hallucine ou crée des structures inexactes.

Et les deux algorithmes produisent toujours des images statiques des protéines et de leurs complexes. Dans une cellule, les protéines sont dynamiques et peuvent changer en fonction de leur environnement : elles se déplacent, tournent et passent par différentes conformations. Il sera difficile de résoudre ce problème, a déclaré Adams, principalement en raison du manque de données de formation. " Ce serait formidable de déployer des efforts concertés pour collecter des données expérimentales conçues pour éclairer ces défis ", a-t-il déclaré.

Un changement majeur dans le nouveau produit de Google est qu'il ne sera pas open source. Lorsque l’équipe a publié AlphaFold2, elle a publié le code sous-jacent, qui a permis aux biologistes de reproduire et de jouer avec l’algorithme dans leurs propres laboratoires. Mais le code d'AlphaFold3 ne sera pas accessible au public.

 " Ils semblent décrire la méthode en détail. Mais pour le moment, au moins, personne ne peut l’exécuter et l’utiliser comme il l’a fait avec [AlphaFold2] ", a déclaré AlQuraishi. C’est " un grand pas en arrière. Nous essaierons bien sûr de le reproduire."

Google a cependant annoncé qu'il prenait des mesures pour rendre le produit accessible en proposant un nouveau serveur AlphaFold aux biologistes exécutant AlphaFold3. Prédire les structures biomoléculaires nécessite une tonne de puissance de calcul : même dans un laboratoire comme Francis Crick, qui héberge des clusters informatiques hautes performances, il faut environ une semaine pour produire un résultat, a déclaré Uhlmann. En comparaison, les serveurs plus puissants de Google peuvent faire une prédiction en 10 minutes, a-t-il déclaré, et les scientifiques du monde entier pourront les utiliser. "Cela va démocratiser complètement la recherche sur la prédiction des protéines", a déclaré Uhlmann.

Le véritable impact de ces outils ne sera pas connu avant des mois ou des années, alors que les biologistes commenceront à les tester et à les utiliser dans la recherche. Et ils continueront à évoluer. La prochaine étape de l'apprentissage profond en biologie moléculaire consiste à " gravir l'échelle de la complexité biologique ", a déclaré Baker, au-delà même des complexes biomoléculaires prédits par AlphaFold3 et RoseTTAFold All-Atom. Mais si l’histoire de l’IA en matière de structure protéique peut prédire l’avenir, alors ces modèles d’apprentissage profond de nouvelle génération continueront d’aider les scientifiques à révéler les interactions complexes qui font que la vie se réalise.

" Il y a tellement plus à comprendre ", a déclaré Jumper. "C'est juste le début."

Auteur: Internet

Info: https://www.quantamagazine.org/new-ai-tools-predict-how-lifes-building-blocks-assemble-20240508/ - Yasemin Saplakoglu, 8 mai 2024

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parapsychologie

Le pays des aveugles de Koestler (II) (première partie ici)

La section précédente a peut-être donné au lecteur un sentiment de déjà-vu, parce que tout à l'heure j'ai mentionné un autre type de "théorie du filtre" liée à l'évolution. Je me réfère à la théorie néo-darwinienne selon laquelle la substance héréditaire dans les cellules germinales est protégée par une barrière quasi inviolable contre les influences en provenance de l'extérieur. Le "presque" se réfère à l'exception des rayons cosmiques, de la chaleur et des produits chimiques nocifs, qui pourraient pénétrer la barrière et causer des mutations dans les gènes. La plupart d'entre elles sont nuisibles, mais de temps en temps il y a des coups de chance, et cela, grâce à la sélection naturelle, permet à la roue de l'évolution de continuer sa marche. Hors cela, toute possibilité qu'une caractéristique acquise devienne héréditaire est empêchée par cette barrière. Le lamarckisme qui postulait que des améliorations bénéfiques pour les corps ou les compétences acquises par les parents pourraient être transmises à la descendance, doit être écarté comme superstition scientifique. Telle est la doctrine néo-darwinienne. Et pourtant, certains phénomènes évolutifs, cités à maintes reprises dans la littérature, semblent indiquer obstinément un facteur d'évolution lamarckienne.

Un exemple simple en est la peau sur la plante de nos pieds, qui est beaucoup plus épaisse que partout ailleurs. Si l'épaississement s'était produit pendant que le bébé a appris à marcher, il n'y aurait pas de problème. Mais l'épaississement est hérité, le bébé est né avec. Également curieuses sont les callosités innées sur le genou du chameau, et les épaississements bulbeux sur le cul de l'autruche, un à l'avant et un à l'arrière. Ils sont aussi, comme la peau de nos semelles, déjà présents dans l'embryon et sont incontestablement des caractéristiques héritées. Pourtant, en conformité avec le dogme dominant, on nous demande de croire que l'avènement de ces callosités à l'endroit exact où l'animal en a besoin est dû au hasard pur - comme le scarabée apparaissant à la fenêtre de Jung. On pourrait presque remplacer l'ESP par l'IAC (hérédité des caractères acquis) et voir émerger le même schéma d'arguments, et les mêmes passions quasi théologiques qui les accompagnent. Les lamarckiens se sont retrouvés dans une situation similaire à celle des parapsychologues : ils ont été incapables de produire une expérience reproductible. Les cas de IAC apparents dans le règne animal étaient rares, les phénomènes étaient capricieux, chaque cas apparemment net permettait des interprétations différentes et en dernier recours, à des accusations de fraude. En outre, bien que les lamarckiens étaient convaincus que IAC avait lieu, ils furent incapables d'en fournir une explication physiologique - comme les parapsychologues sont incapables de fournir une explication physique de l'ESP.

Ce curieux parallèle semble avoir échappé à l'attention des lamarckiens et des parapsychologues - Je n'ai pas vu mentionné dans la littérature. Peut-être qu'une hérésie c'est assez pour un seul homme. Paul Kammerer partageait les deux à la fois, et pourtant, lui aussi, semble n'avoir pas été au courant de la connexion entre eux. Portons l'analogie un peu plus loin. Dans "The Ghost in the Machine" et "The Case of the Midwife Toad", j'ai examiné les raisons d'un mécontentement croissant avec la théorie néo-darwinienne chez les biologistes contemporains, qui croient que la théorie reflète une partie de l'image, mais pas l'ensemble du tableau, et qui maintiennent que l'évolution des espèces est le résultat combiné d'un éventail de facteurs étiologiques connus, la plupart d'entre eux restant inconnus.

L'héritage de Darwin, et une forme modifiée de l'héritage de Lamarck, peuvent-être deux de ces facteurs à des extrémités opposées du spectre, avec un champ limité d'application à la fois. La IAC Lamarckienne serait un évènement relativement rare - pour la même raison que les phénomènes ESP sont rares: le fonctionnement des filtres de protection. Ceux-ci ne constitueraient pas la barrière absolue prévue par la théorie orthodoxe, mais un des mécanismes sélectifs, pour protéger le matériel héréditaire contre la "floraison et la confusion bourdonnante" des incursions biochimiques qui, autrement, feraient des ravages mettant en cause la continuité et la stabilité de l'espèce. Car si toutes les expériences des ancêtres laissaient des traces héréditaires à leur descendance, le résultat serait inévitablement un chaos de formes et un bordel des instincts. Mais cela ne signifie pas que nous devions exclure la possibilité que certaines modifications bien définies, adaptations intentionnelles - comme les callosités de l'autruche - qui ont été acquises génération après génération, finissent par passer à travers le filtre pour conduire à des changements dans la chimie des gènes en les rendant héréditaires. Il semble très peu probable que le filogenia ne doive posséder aucun souvenir.

La biochimie n'exclut pas la possibilité ci-dessus, et l'insistance presque fanatique de son rejet n'est qu'un exemple de plus de l'intolérance dogmatique de l'orthodoxie scientifique. (Mais : un membre éminent de l'établissement, le professeur Waddington, a effectivement proposé il y a quelques années un modèle provisoire pour l'IAC, ce qui indique que, au stade actuel de la biochimie un tel processus est envisageable.) Il nous faut faire ici une dernière excursion en physique - mais cette fois d'un genre très élémentaire.

Sur l'ombre du bureau en face de moi il y a l'ombre d'un cendrier. De manière ordinaire, il est tout à fait un objet sensible, solide, un tout en soi, sans "non-sens quantique" à son sujet. Mais quand je le soulève, je sens son poids, ce qui signifie qu'il est soumis à une influence assez mystérieuse que nous appelons le champ gravitationnel de la Terre. Et quand je le pousse, il résiste. Ceci est en partie dû au frottement contre le bureau, mais en partie aussi à l'inertie du cendrier massif. Maintenant, l'inertie est définie, selon la première loi du mouvement de Newton, comme la tendance d'un corps à préserver son état de repos ou de mouvement uniforme dans une direction donnée. Mais, si je devais suspendre ce cendrier par un fil au plafond, et en faire une réplique du pendule de Foucault aux Invalides à Paris, le plan de ses oscillations ne resterait pas figé dans la direction donnée, selon le principe que l'inertie nécessite, mais il tournerait lentement, complétant un tour en vingt-quatre heures.

Nous expliquons que c'est causé par la rotation de la terre, et que le pendule cendrier ne fait que préserver sa direction par rapport aux étoiles fixes, donc tout va bien. Toutefois, étant donné que tout mouvement est relatif, nous sommes en droit de considérer la terre comme au repos, avec des étoiles fixes tournant autour d'elle - comme l'imaginaient les anciens, et si c'est le cas, pourquoi les mouvements de mon cendrier doivent-ils être régis par les étoiles, et pas par la terre au-dessous ?

Le même argument s'applique à l'aplatissement des pôles de la terre, ainsi qu'à la force de Coriolis qui soi-disant dévie les missiles, les avions à réaction et les alizés de leur droite inertielle. Tous ces exemples semblent démontrer que la rotation de la terre est absolue et non relative. Ce paradoxe fut souligné par Bishop Berkeley, puis par le physicien allemand Ernst Mach (qui donna nom aux unités de vitesse supersonique). La réponse de Mach c'est que nous sommes en effet en droit de considérer la terre comme au repos, et d'expliquer les phénomènes que nous attribuons à sa rotation, comme causés en quelque sorte par les étoiles fixes et les galaxies - donc, par la masse de l'univers qui nous entoure.

Selon cette théorie, connue comme principe de Mach, c'est l'univers qui nous entoure qui détermine la direction du pendule de Foucault, et régit ainsi les forces d'inertie de la planète responsables de l'aplatissement des pôles. Einstein a repris le principe de Mach et a postulé que l'inertie des corps terrestres n'est qu'une autre manifestation de la gravité, non causé par les étoiles en tant que telles, mais plutôt de leur rotations. C'est la théorie qui prévaut aujourd'hui.

Donc comment la rotation des étoiles donne de l'inertie à mon cendrier reste une pure conjecture. L'inertie est le plus tangible, terre-à-terre, des phénomènes de notre vie quotidienne: vous l'éprouvez chaque fois que vous poussez un meuble. Et pourtant, il a maintenant été démontré que sa résistance aux déplacements est due au fait que nous sommes entouré par la masse en rotation de l'univers.

En 1927, Bertrand Russell, qui souscrivait néanmoins à la relativité einsteinienne, s'est senti poussé à protester ainsi : - On fait valoir que "rotation absolue" peut être remplacée par une "rotation par rapport aux étoiles fixes". Ce qui est formellement correct, mais dire que cette influence vient des étoiles de l'astronomie est scientifiquement incroyable. Whitehead écrit dans la même veine: Il est difficile de prendre au sérieux l'idée que ces phénomènes internes sur terre soient dus à l'influence d'étoiles dans le ciel. Je ne puis me résoudre à croire qu'une petite étoile scintillant dans sa tournée dirige le pendule de Foucault lors de l'exposition de Paris de 1851.

Ainsi, même mon cendrier est un holon, après tout. Ce n'est pas seulement un cendrier ombre sur un bureau ombre Eddington, mais d'une certaine façon, à laquelle ni Einstein ni Mach ne se hasardèrent à donner une explication causale, ses propriétés d'inertie sont reliées à la masse entière de l'univers qui l'entoure. On pourrait aussi bien l'appeler cendrier Mirandole, en se rappelant le passage cité plus tôt: premièrement, il y a l'unité dans les choses où chaque objet est en harmonie avec lui-même, se compose de lui-même, et est cohérent avec lui-même. Deuxièmement, il y a l'unité selon lequel une créature est unie avec les autres, et toutes les parties du monde constituent un tout. C'est le principe même du holon.

Nous avons entendu un choeur entier de lauréats du Nobel de physique nous informer que la matière était morte, de même pour la causalité et le déterminisme. Si c'est le cas, laissez-nous leur donner une sépulture décente, avec un requiem de musique électronique. Il est temps pour nous de tirer les leçons d'un XXe siècle de sciences post-mécanistes et de sortir du carcan que le XIXe siècle matérialiste a imposé à notre perspective philosophique. Paradoxalement, si cette perspective était restée aux côtés de la science moderne elle-même, au lieu de trainer avec un siècle de retard, nous aurions été libérés de cette camisole de force il y a bien longtemps. Il a été dit que la science sait de plus en plus sur de moins en moins. Mais cela s'applique uniquement au processus de spécialisation. On serait tout aussi fondés à dire que nous savons de moins en moins sur de plus en plus.

Cela vaut tout autant pour la procédure de l'unification de la matière et de l'énergie que pour les particules et les ondes, tout ceci dans le delta conceptuel d'une rivière qui se déplace majestueusement dans un océan d'abstractions. Plus la science acquiert des connaissances précises, plus les symboles qu'elle utilise deviennent insaisissables. La chasse au quark commence à ressembler à une quête mystique dans un nuage d'inconnaissance. La science se révèle être la réalisation la plus glorieuse de l'esprit humain - et sa défaite la plus alléchante. Nous sommes devenus bien plus malins depuis Pic de la Mirandole, mais pas beaucoup plus sages quand il s'agit de savoir ce que tout cela signifie. Une fois ceci reconnu, nous pourrions devenir plus réceptifs aux phénomènes qui nous entourent et que de manière unilatérale la science physique nous fait ignorer, pour sentir le courant qui souffle au travers des fentes de l'édifice de la causalité; et accorder plus d'attention aux évènements confluentiels, comprendre les phénomènes paranormaux dans notre concept de normalité, et se rendre compte que nous vivons dans le "royaume des aveugles".

Les conséquences d'un tel changement de conscience ne sont pas prévisibles, et on ne peut s'empêcher de sympathiser avec la déclaration du professeur H. H. Price comme quoi la "recherche psychique est l'une des branches les plus importantes d'enquête que l'esprit humain ait entrepris"; il semble important "de mettre en lumière toute nouvelle sur la nature de la personnalité humaine et sa position dans l'univers", et en même le temps "cela transformera les perspectives et fondations intellectuelles dont dépend toute notre civilisation actuelle".

Ce sont des mots forts d'un professeur d'Oxford en philosophie, mais je ne pense pas qu'il exagère. Ce qu'ils impliquent c'est un plaidoyer pour faire de la parapsychologie, et plus généralement de l'étude de ce que j'ai appelé les "évènements confluentiels" avec un substrat académique respectable et attrayant pour les étudiants, tant professionnels qu'en matières facultatives. Une fois qu'il y aura autant de chercheurs brillants engagés dans ce domaine comme cela existe maintenant pour l'étude de comportements de rats, une percée pourra être en vue. Dans la science-fiction, il est tenu pour acquis que la communication télépathique et la manipulation de la matière psychokinétique seront monnaie courante dans un avenir pas trop lointain, et la science-fiction s'est avéré être une prophétesse étonnamment fiable. Une autre de ses hypothèses courantes est que des êtres intelligents d'autres planètes de l'univers ont une maîtrise avancée de ces méthodes. Il est également possible, cependant, que dans ce domaine particulier, nous soyons une espèce sous-privilégiée - avec nos handicaps propres.

Le grand dessein de l'évolution vers des formes supérieures de l'unité dans la diversité n'exclut pas monstres et autres ratés biologiques, ni leurs évolutions pathologiques. Je ne pense pas que l'univers soit une institution charitable, mais nous devons vivre en lui et en tirer le meilleur parti. Les limites de notre matériel biologique nous condamnent peut-être au simple rôle de spectateurs devant la serrure de l'éternité. Mais au moins, retirons ce qui, devant ou dans la serrure, limite encore notre point de vue. [Note : Dans la vaste littérature sur la parapsychologie contemporaine, j'ai été particulièrement impressionné par les écrits de deux femmes - Rosalind Heywood, à qui ce livre est dédié, et Renee Haynes, auteur de The Hidden Springs et le roi philosophe, et rédactrice en cheffe du Journal de la Society for Psychical Research.

En écrivant cet essai sur un champ où même les anges craignent de marcher, j'ai avancé avec grande prudence, essayant surtout m'en tenir aux résultats expérimentaux de recherche en laboratoire, omettant toutes les soi-disant "preuves anecdotiques" - c'est-à-dire les manifestations spontanées de phénomènes parapsychologiques de la vie courante qui ne constituent pas des preuves au sens strict. En relisant ces pages avant impression, je sentais que ces limites self-imposées donnent lieu à une certaine partialité, et j'ai demandé à Renee Haynes de rétablir l'équilibre sous la forme d'un post-scriptum. Je lui suis donc reconnaissant d'avoir ajouté ainsi une saveur Yin Yang à mon austère travail.

(Post-scriptum par Renee Haynes)

M. Koestler nous a donné un exposé lucide de données modernes comme l'espace, le temps, la matière, la causalité, la neurophysiologie et la recherche psychique. Une remarquable synthèse en émerge. Son concept de "Janus-faced holons" pourrait bien se révéler comme un vrai stimulant pour notre génération comme le fut l'Elan Vital de Bergson pour les penseurs de la première partie du 20ème siècle. Il est à la fois gratifiant et grandiose être mandé pour écrire l'épilogue d'un tel travail, surtout afin qu'il suscite une discussion ultérieure. Si cet épilogue touche parfois à l'argumentaire, j'espère qu'on me le pardonnera.

J'ai été impressionné par la description de M. Koestler de la physique contemporaine. Avec ses termes infiniment abstraits, ses interactions mathématiques vérifiables, son univers visible, la danse de l'énergie, les choses prévisible et les folies imprévisibles, tantôt ici, tantôt là, maintenant nulle part et ensuite de retour, explosant tout le réseau propre à la pensée de Newton. C'est par ailleurs un exemple fascinant de synchronicité que deux physiciens et parapsychologues en viennent à utiliser le terme psi pour indiquer ce qui est encore inconnu; un curieux flash verbal qui pourrait servir à indiquer un terrain d'entente entre les deux disciplines. Pour moi, cependant, comme pour beaucoup d'autres, l'imagerie mathématique qui vient naturellement au calculateur est beaucoup plus difficile à comprendre, à rapporter à l'expérience de vie, que celle donnée par l'impact immédiat des sens.

Il est plus facile pour des gens comme nous de penser dans l'idiome d'une perception "ordinaire", ce processus monnaie courante, que dans le langage de formules algébriques, quelle que soit leur vérité et leur élégance. C'est par l'imagerie de la vue, l'ouïe, le toucher, l'odorat, la température, que la connaissance paranormale, comme la mémoire, apparait souvent dans l'esprit conscient (souvent, mais pas toujours. Ce peut être une impression soudaine que quelque chose s'est passé, ou pas plus qu'une impulsion inexplicable pour agir, courir hors d'une maison qui sera bientôt bombardé, ou entreprendre une tâche fastidieuse de voyage en cross-country pour voir un enfant à l'école, qui se révèle être tout à coup, dangereusement malade. (Cf. Cf. Arm Bridge, Moments of Knowing. London, 1970)

Pour cette raison, je tiens à souligner la valeur des phénomènes spontanés à la recherche psychique. Aussi déroutants, irremplaçables, uniques et personnels que de tels évènements puissent être, fait est qu'ils ne se produisent, que des hallucinations, certaines impressions de veille ou des rêves d'apparence réelle peuvent être mis en corrélation avec des évènements objectifs inconnus à la personne concernée, très éloignée ou il y a longtemps ou pas encore adoptée, a été maintes fois dit clairement, à la fois avant et après l'enquête systématique qui a débuté dans les années 1880. Même maintenant, bien sûr, de tels évènements sont souvent rejetés au mieux comme "anecdotiques", ou comme racontars de vieilles femmes, voire comme absurdités superstitieuses. De même, ce rapport tout à fait exact que les habitants de St. Kilda attrapèrent un rhume que quand un navire vint, fait rapporté par le Dr Johnson comme étant contraire à tout bon sens, ne fut accepté comme un état de fait que quand la théorie des germes de la maladie furent mis en place. Beaucoup de cas spontanés du paranormal - prise de conscience télépathique, "apparitions" perçues alors que la personne "vue" se trouvait en danger ou en train de mourir, apparition soudaine d'une douleur inexplicable au moment où est vécue de façon inattendue par une personne aimée au loin - ont été vérifié et selon des normes de preuve acceptables par une cour de justice. Tout cela donne du poids à un nombre toujours plus grand d'autres cas qui, bien que le narrateur ne le sache pas, tombent dans le même schéma, comme le Dr Louisa Rhine et d'autres l'ont fait remarquer. (Cf. Louisa Rhine, Hidden Channels of the Mind. London, 1962, and G. W. Lambert's Foreword to Andrew MacKenzie, Ghosts and Apparitions. London, 1971.)

La perception extra-sensorielle Spontanée se produit très certainement non seulement chez les humains, qui ont des mots pour décrire leurs expériences, mais chez les animaux, dont les sentiments ne peuvent être évalués que par leur apparence et leur comportement. Ce n'est pas toujours facile à interpréter parce que beaucoup d'entre eux ont des pouvoirs sensoriels qui nous manquent. Des rats adultes, par exemple, peuvent "sentir" les rayons X. Des bébés rongeurs d'une autre race ont été montré comme pouvant communiquer par ultrasons avec leurs mères, comme les dauphins de tous âges le font parfois les uns avec les autres. Ainsi comme il aurait été facile et faux - de produire une explication paranormale à cet épisode observé dans "la maison de l'attaché militaire américain d'une capitale étrangère non identifié". Le chien de la famille, hurlant et gémissant et "de toute évidence en souffrance, semblait être dans un vrai combat contre un ennemi dans le coin de la pièce". Les planchers furent enlevés et on trouva "un dispositif de transmission radio pour toutes les conversations dans la chambre". Lorsqu'il était allumé, il produisait un son trop aigu pour que l'oreille humaine l'entende, mais qui tourmentait le chien.

Mais il y a tout de même, bien authentifiés, des cas de comportement animaux qui semblent seulement donner sens qu'en termes de paranormal. Comme le chien ou le chat domestique qui, pris dans un panier fermé en voiture ou en train sur de longues distances, revient par le plus direct des cross-countries à la maison. Il y a ce récent rapport de la presse française d'un chien appartenant à un ouvrier qui l'avait quitté avec sa famille alors qu'il avait été envoyé dans une autre partie du pays pour une affectation temporaire. Le chien disparut de la maison et plus tard, mince et épuisé, il retrouvait son maître dans un endroit où il n'avait jamais été auparavant. Il y a aussi ces épisodes fréquents dans lesquels chiens ou les chats semblent être au courant de ce qui se passe à distance et deviennent surexcités dans leurs chenils au moment précis où leurs propriétaires commencent leur voyage de retour de vacances. Quelle que soit la distance. Il y a encore cet autre parallèle à faire entre les humains et les autres êtres vivants.

Comme JD Carthy l'a dit: "les animaux ne réagissent pas automatiquement à un signal, mais seulement si leur motivation est grande. Un animal repu ne réagit pas à un appel alimentaire. "M. Koestler a noté un angle différent (p.128 et suivantes) Que cela s'applique à l'homme ainsi que les animaux, dans la vie ordinaire que dans des conditions expérimentales. Ainsi, dans une rue animée d'un petit garçon d'un tour mécanique remarquerez marques de voitures, spécialiste de l'urbanisme de la circulation, une femme anxieuse de se croiser avec un enfant fatigué le mépris collectif impersonnel des pilotes pour ceux pied sur. En est de même de la perception extrasensorielle. En cela aussi, les gens deviennent très conscients de ce qui concerne eux-mêmes et leurs sentiments personnels. Pour évoquer une réponse instantanée forte de toute créature vivante un signal, sensorielle ou extra-sensorielle, doit être pertinente, pertinents aux besoins biologiques, à un stress émotionnel, à ce que Gerard Manley Hopkins appelé paysage intérieur.

C'est bien sûr pourquoi les expériences reproductibles dans la recherche psychique sont si difficiles à atteindre. L'intérêt qui pousse les gens à y participer est érodé par la répétition mécanique ennuyeuse, et l'effet de déclin qui se manifeste, tôt ou tard, en conformité avec les tempéraments, les humeurs et les relations personnelles des personnes concernées. Mis à part l'ennui cumulatif qu'elles engendrent par ailleurs, les expériences avec les cartes, les dés, des lumières et ainsi de suite ne tiennent pas compte de l'ambiance au sein de laquelle fonctionne l'esprit humain. Comme on l'a fait remarquer, "la cognition Paranormale est symbolique d'une manière associative; ainsi, M. Jones pourrait être impliqué dans un rêve ou la cognition paranormale parle d'un lion parce qu'il vit près du zoo, a un tempérament de lion ou une relation appelée Leo.

Pour des cartes à deviner avec un pack ordinaire le percipient pour marquer un coup direct dois dire littéralement "le dix de pique". La remarque "Dix hommes honnêtes" [qui appellent un chat un chat] serait considérée comme totalement hors de propos. Le premier groupe d'expériences au Laboratoire de rêve du Centre Maimonides Medical, * 1 résumée aux pages 37-8, allait dans le sens en vue de corriger cette difficulté, mais leurs résultats, bien que suggestifs, étaient difficiles à évaluer. C'est en partie parce que le pouvoir de visualiser varie donc considérablement d'une personne à une autre. Certaines personnes ont une mémoire photographique, un certain sélective, certains peuvent se rappeler le nom, mais pas les apparences des choses. En plus de tout ça tout le monde perçoit et exprime ses sentiments à travers un réseau d'associations, d'images et de symboles uniques à sa propre personne, d'autres découlent de son modèle de culture, la plupart des événements de sa vie individuelle. Une série d'expériences plus tard * en utilisant des cibles moins spécifiques - et pas seulement des images mais des sujets généraux tels que les religions d'Extrême-Orient, les productions artistiques des schizophrènes, la naissance d'un bébé, toutes illustrées pour l'agent par des vues et des bruits - semble avoir contourné certains des problèmes précédents. Il semble que cette méthode ait vraiment été couronnée de succès dans la communication télépathique sur l'humeur et la qualité d'une expérience. 

Cette question de la qualité par opposition à la mesure dans la recherche psychique comme dans de nombreux autres sujets me semble émerger avec de plus en plus d'urgence. On ne peut pas l'ignorer simplement parce qu'il est mal à l'aise et que c'est difficile à traiter. C'est pertinent pour la science, la philosophie, et tout le concept de synchronicité. Mais (parce que c'est tellement plus facile d'accumuler et de quantifier des données que de réfléchir sur leur signification) les notions de qualité et de sens qui comptent le plus pour les hommes ont tendance à être balayés. C'est une des raisons pourquoi ce livre est si précieux. Il se bat avec sens, intègre des faits.

Pourtant, je tiens à souligner le thème encore plus. La mesurable et le calculable peuvent servir la qualité, mais en diffèrent en nature. "Le son du cor le soir au fond des bois", "L'écume des mers périlleuses dans les terres désolées féeriques", "une profonde et troublante noirceur" - ces phrases peuvent être comprises et expérimentées instantanément en ce sens, mais elles ne sont pas susceptibles d'une analyse scientifique ou de quantification.

De même, vous ne pouvez pas avoir une tonne d'amour (en dépit de la façon dont les filles l'utilisent pour signer leurs lettres), soit un mètre de haine ou un gallon de pétrole de crainte, mais l'amour, la haine et la crainte sont tout aussi réels qu'une tonne de farine, une aune de toile ou d'un gallon d'essence, plus réel en effet, parce qu'ils ont une signification immédiate, ce ne sont pas de simples actions comme faire du pain cas ou remplir un oreiller. C'est une qualité, signifiant, qui clignote comme une étoile filante via la synchronicité, de même que, curieusement, à l'autre bout du spectre psychophysique, ça s'enflamme à travers des phénomènes de poltergeist "maisons hantées" *** maintenant considérés comme un effet de chaos profond ou la misère humaine s'exprime via un mode psychokinétique pas encore compris. Ainsi, grotesque, effrayant maintenant, les bruits, les pluies de pierres, les bouteilles brisées, les ampoules qui explosent, la modification violente inexplicable d'un équipement électrique symbolisent et exprimer plus directement que les mots ou la musique ou la peinture le conflit intérieur et l'agitation de la personne autour de laquelle tout ceci se produit.

Jung interprète ces phénoménal - comme les détonations chez Freud - comme des cas extrêmes de liens "transpsychiques" de causalité. Dans la vie quotidienne, ils se manifestent bien sûr de façon moins spectaculaire. Je décide d'écrire une phrase et le fonctionnement électrique de mon cerveau, le fonctionnement moteur de mes muscles exécutent cette décision via une chaîne traçable de causes physiques, mais c'était ma décision qui a établi le processus en cours. Il est en outre possible que de telles décisions puissent avoir des effets directs sur des processus biologiques qui ne sont pas en contact physique avec le corps du décideur, comme suggéré dans un article récent de John L. Randall sur "les phénomènes psi et théorie biologique" ****, qui fait référence à des travaux expérimentaux testant les effets psychokinétiques sur l'activité enzymatique, sur les paramécies, sur la croissance des plantes, et sur la cicatrisation des lésions chez la souris. Il fournit par ailleurs la jolie définition suivante générale: "Un phénomène psi est dite avoir eu lieu lorsque des informations sont transmises vers un système physique sans utilisation d'aucune forme connue d'énergie physique."

n peut ainsi distinguer entre différents niveaux: conscience de décision; phénomènes de type poltergeist engendré dans les couches subconscientes de la psyché, et enfin la synchronicité et les coïncidences significatives produites par l'esprit opérant à un autre niveau, inconcevable. Dans ce contexte, je pense qu'il me faut exprimer mon désaccord avec M. Koestler sur ce "sentiment océanique" et son " concept dominant" que "tout est un et un est tout" qui "fait écho à travers des écrits des mystiques chrétiens" (p.108).

Je suis sûre que cela arrive, et que, comme il l'écrit, il s'agit d'un passage vers le haut de la spirale de la conscience symbiotique de l'enfant, l'époque dorée du "temps du rêve" du primitif. Mais je ne pense pas que tous les mystiques, chrétiens ou non, partagent cette conception dominante, et le sentiment d'unité avec l'anima mundi que cela sous tende. Ils sont enflammés par une joie presque intolérable, mais ne sont pas engloutis en elle. Il ne peut y avoir de perception sans percepteur, et le contemplatif se perçoit lui-même suffisamment bien pour savoir s'il se réjouit. C'est comme si le coucher du soleil, ou la chaine de montagnes ou la nuit des étoiles qui les avaient mis en admiration se manifestaient comme étant en vie et les regardaient en retour. Il y a cette mémoire d'une remarque sobre de Francis Bacon, avocat, homme politique, essayiste et chercheur, qui évoqua pour la première fois des méthodes expérimentales pour tester en Angleterre la cognition paranormale. "J'aimerai plutôt croire toutes les fables du Talmud et du Coran que penser toute cette trame universelle sans esprit", un esprit qui est plus qu'un ordinateur mathématique et plus qu'un vaste système nerveux automatique, qui animerait tout ce qui est, aussi efficace et aussi inconscient de lui-même qu'une saine digestion.

Auteur: Koestler Arthur

Info: Internet et Roots of coïncidence. *M. Ullman et S. Krippner, études de rêves et de télépathie. Parapsychology Foundation, New York, 1970. **Stanley Krippner et autres, "bombardement sensoriel à longue distance, une étude de l'ESP dans les rêves." JASPR, vol. 65, n ° 4, Octobre 1971. *** Cf. ARG Owen, peut-on expliquer le Poltergeist? New York, 1964. ** "L'affaire Poltergeist Rosenheim", une communication lue par le Dr Hans Bender, le 11e Congrès annuel de l'Association de parapsychologie de Freiburg, Septembre 1968. Voir aussi JSPR., Vol. 46, n ° 750, Décembre 1970. **** SPR, vol. 46, n ° 749, Septembre 1971.

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