biophysique

Comment les végétaux gèrent le trop-plein d’énergie solaire

La photosynthèse, c’est-à-dire la conversion d’énergie lumineuse en énergie chimique par les plantes, est essentielle à la vie sur terre. Un excès de lumière s’avère toutefois néfaste pour les complexes de protéines responsables de ce processus. Des chercheurs de l’Université de Genève (UNIGE) ont découvert comment Chlamydomonas reinhardtii, une algue unicellulaire mobile, active la protection de sa machinerie photosynthétique. Leur étude, publiée dans la revue PNAS, indique que les récepteurs (UVR8) qui détectent les rayons ultraviolets provoquent l’activation d’une valve de sécurité qui permet de dissiper sous forme de chaleur l’excès d’énergie. Un second rôle protecteur est ainsi attribué à ces récepteurs, dont l’équipe genevoise avait déjà montré la capacité à induire la production d’une "crème solaire" anti-UV.

Grâce à la photosynthèse, l’énergie du soleil est convertie par les végétaux en énergie chimique afin de produire des sucres pour se nourrir. La première étape de ce processus, qui se déroule dans des compartiments cellulaires nommés chloroplastes, consiste à capturer des photons de lumière grâce à la chlorophylle. Si la lumière est essentielle aux plantes, un excès de soleil pourrait endommager leur machinerie photosynthétique, ce qui affecterait leur croissance et leur productivité. Pour se protéger, les plantes activent alors un mécanisme de protection lorsque la lumière est trop abondante, qui fait appel à une série de protéines capables de convertir l’excès d’énergie en chaleur afin qu’elle se dissipe.

Produire des protéines qui détournent l’énergie

"Ce sont les rayons ultraviolets de type B qui sont susceptibles de causer le plus de dégâts à l’appareil photosynthétique, et nous avons voulu savoir s’ils jouaient un rôle de déclencheur du mécanisme de protection et, le cas échéant, lequel», expliquent Michel Goldschmidt-Clermont et Roman Ulm, professeurs au Département de botanique et biologie végétale de la Faculté des sciences de l’UNIGE. Ces travaux, menés en collaboration avec des chercheurs du Laboratoire de physiologie cellulaire et végétale (CEA/CNRS/Université Grenoble Alpes/INRA) et de l’Université de Californie, ont été effectués chez Chlamydomonas reinhardtii, une algue mobile unicellulaire employée comme organisme modèle.

L’équipe de Roman Ulm avait découvert en 2011 l’existence d’un récepteur aux UV-B, baptisé UVR8, dont l’activation permet aux plantes de se défendre contre ces UV et d’élaborer leur propre "crème solaire" moléculaire. Les chercheurs découvrent aujourd’hui que, chez cette algue, ce récepteur déclenche un deuxième mécanisme de protection. "En effet, lorsqu’UVR8 détecte des UV-B, il active un signal qui enclenche, au niveau du noyau cellulaire, la production de protéines , qui seront ensuite importées dans les chloroplastes. Une fois intégrées à l’appareil photosynthétique, elles contribuent à détourner l’énergie en excès, qui sera dissipée sous forme de chaleur grâce à des vibrations moléculaires", détaille Guillaume Allorent, premier auteur de l’article.

Chez les plantes terrestres, la perception des UV-B par ce récepteur est également importante pour la protection de la machinerie photosynthétique, mais le mécanisme n’a pas encore été élucidé. "Il est cependant crucial pour la productivité agricole et l’exploitation biotechnologique des processus photosynthétiques de mieux comprendre les mécanismes responsables de la photoprotection contre la lumière solaire et ses rayons UV-B", indique Michel Goldschmidt-Clermont. La recherche continue.

Auteur: Internet

Info: https://www.unige.ch, 2016

[ assimilation chlorophyllienne ]

biochimie

L'IA prédit la fonction des enzymes mieux que les principaux outils

Un nouvel outil d'intelligence artificielle peut prédire les fonctions des enzymes sur la base de leurs séquences d'acides aminés, même lorsque ces enzymes sont peu étudiées ou mal comprises. Selon les chercheurs, l'outil d'intelligence artificielle, baptisé CLEAN, surpasse les principaux outils de pointe en termes de précision, de fiabilité et de sensibilité. Une meilleure compréhension des enzymes et de leurs fonctions serait une aubaine pour la recherche en génomique, en chimie, en matériaux industriels, en médecine, en produits pharmaceutiques, etc.

"Tout comme ChatGPT utilise les données du langage écrit pour créer un texte prédictif, nous tirons parti du langage des protéines pour prédire leur activité", a déclaré Huimin Zhao, responsable de l'étude et professeur d'ingénierie chimique et biomoléculaire à l'université de l'Illinois Urbana-Champaign. "Presque tous les chercheurs, lorsqu'ils travaillent avec une nouvelle séquence de protéine, veulent savoir immédiatement ce que fait la protéine. En outre, lors de la fabrication de produits chimiques pour n'importe quelle application - biologie, médecine, industrie - cet outil aidera les chercheurs à identifier rapidement les enzymes appropriées nécessaires à la synthèse de produits chimiques et de matériaux".

Les chercheurs publieront leurs résultats dans la revue Science et rendront CLEAN accessible en ligne le 31 mars.

Grâce aux progrès de la génomique, de nombreuses enzymes ont été identifiées et séquencées, mais les scientifiques n'ont que peu ou pas d'informations sur le rôle de ces enzymes, a déclaré Zhao, membre de l'Institut Carl R. Woese de biologie génomique de l'Illinois.

D'autres outils informatiques tentent de prédire les fonctions des enzymes. En général, ils tentent d'attribuer un numéro de commission enzymatique - un code d'identification qui indique le type de réaction catalysée par une enzyme - en comparant une séquence interrogée avec un catalogue d'enzymes connues et en trouvant des séquences similaires. Toutefois, ces outils ne fonctionnent pas aussi bien avec les enzymes moins étudiées ou non caractérisées, ou avec les enzymes qui effectuent des tâches multiples, a déclaré Zhao.

"Nous ne sommes pas les premiers à utiliser des outils d'IA pour prédire les numéros de commission des enzymes, mais nous sommes les premiers à utiliser ce nouvel algorithme d'apprentissage profond appelé apprentissage contrastif pour prédire la fonction des enzymes. Nous avons constaté que cet algorithme fonctionne beaucoup mieux que les outils d'IA utilisés par d'autres", a déclaré M. Zhao. "Nous ne pouvons pas garantir que le produit de chacun sera correctement prédit, mais nous pouvons obtenir une plus grande précision que les deux ou trois autres méthodes."

Les chercheurs ont vérifié leur outil de manière expérimentale à l'aide d'expériences informatiques et in vitro. Ils ont constaté que non seulement l'outil pouvait prédire la fonction d'enzymes non caractérisées auparavant, mais qu'il corrigeait également les enzymes mal étiquetées par les principaux logiciels et qu'il identifiait correctement les enzymes ayant deux fonctions ou plus.

Le groupe de Zhao rend CLEAN accessible en ligne pour d'autres chercheurs cherchant à caractériser une enzyme ou à déterminer si une enzyme peut catalyser une réaction souhaitée.

"Nous espérons que cet outil sera largement utilisé par l'ensemble de la communauté des chercheurs", a déclaré M. Zhao. "Avec l'interface web, les chercheurs peuvent simplement entrer la séquence dans une boîte de recherche, comme dans un moteur de recherche, et voir les résultats.

M. Zhao a indiqué que son groupe prévoyait d'étendre l'intelligence artificielle de CLEAN à la caractérisation d'autres protéines, telles que les protéines de liaison. L'équipe espère également développer davantage les algorithmes d'apprentissage automatique afin qu'un utilisateur puisse rechercher une réaction souhaitée et que l'IA lui indique l'enzyme appropriée.

"Il existe de nombreuses protéines de liaison non caractérisées, telles que les récepteurs et les facteurs de transcription. Nous voulons également prédire leurs fonctions", a déclaré Zhao. "Nous voulons prédire les fonctions de toutes les protéines afin de connaître toutes les protéines d'une cellule et de mieux étudier ou concevoir la cellule entière pour des applications biotechnologiques ou biomédicales.

Zhao est également professeur de bio-ingénierie, de chimie et de sciences biomédicales et translationnelles au Carle Illinois College of Medicine. 

Auteur: Internet

Info: "Enzyme function prediction using contrastive learning, "30 mars 2023. Université de l'Illinois à Urbana-Champaign

[ cofacteurs ]

biopouvoir

C’est d’ailleurs ce laboratoire P4 de Lyon qui assure les transferts de technologie et la formation des équipes chinoises, sous la houlette de l’Inserm, après le démarrage des travaux à Wuhan en 2011. Pourquoi la France transfère-t-elle des technologies aussi dangereuses ? D’abord pour des raisons sanitaires, afin d’ "aider les Chinois à bloquer H7N9, H5N1, SRAS ou un prochain coronavirus", explique un expert à l’AFP en 2014. Apparemment, il y a eu une petite complication.

Ensuite, pour rester dans la compétition mondiale. La santé, c’est la vitrine ; l’important, c’est la guerre : si la France ne va pas à Wuhan, d’autres iront. Enfin, par naïveté. Selon le même expert, les Français pensent que les Chinois respecteront l’accord : "L’accueil de Français à Wuhan est de nature à rassurer sur ce qui s’y passe". Là aussi, il y a eu une petite complication. [...]

[En 2013,] La représentante du techno-gratin dauphinois [Geneviève Fioraso] signe avec ses homologues chinois 11 accords de partenariat dans les domaines de l’enseignement, de la recherche et de l’innovation. Elle assiste à la signature de protocoles d’accord entre l’Institut Pasteur de Shanghai et des partenaires, dont BioMérieux, représenté par son patron Alain Mérieux, ami de Jacques Chirac et élu RPR au conseil régional de Rhône-Alpes. [...]

Au printemps 2016, le premier train assurant la liaison Wuhan-Lyon parcourt le trajet en quinze jours. La Route de la soie transporte désormais des produits chimiques et des articles manufacturés de Chine, du vin et du matériel biotechnologique de France. [...]

Le 23 février 2017, le Premier ministre Bernard Cazeneuve se rend à Wuhan pour l’accréditation officielle du laboratoire. Le directeur du P4 lyonnais, Hervé Raoul, annonce une coopération avec une cinquantaine de chercheurs français, sous l’égide de l’Inserm. La France financera cette coopération à hauteur d’un million d’euros sur cinq ans. Le patron du labo de virologie lyonnais VirPath, Bruno Lina, se félicite de la disponibilité, à Wuhan, de singes pour tester des vaccins – sans les emmerdeurs de la cause animale. [...]

Cette ouverture n’enchante pas les Américains. Eux-mêmes construisent à tout va des laboratoires de haute sécurité sur leur territoire, passant de 465 à 1295 entre 2001 et 2014. La compétition avec la Chine s’accélère. Le biochimiste Richard Ebright, expert en biosécurité de la Rutgers University (New Jersey), rappelle en 2017 que "le SRAS s’est échappé de laboratoires de haute sécurité de Pékin à de multiples reprises". [...]

Inquiète, l’ambassade des États-Unis en Chine visite le laboratoire de Wuhan et envoie dès janvier 2018 des câbles alarmés au gouvernement américain. Les visiteurs font état de manquements de sécurité et d’un nombre insuffisant de techniciens formés ; ils recommandent de fournir une assistance aux Chinois. Ça, c’est l’histoire racontée par le Washington Post en avril 2020, donnant le beau rôle à des Américains empêtrés dans le Covid-19 comme des amateurs. Voilà des câbles diplomatiques ressortis à point nommé, dans la guerre froide sino-américaine. [...]

Qu’en est-il vraiment ? Demandez aux Chinois. En fait, les Américains sont plus impliqués dans le laboratoire de Wuhan qu’ils ne le laissent croire. Le partenariat franco-chinois battant de l’aile, ils s’engouffrent dans la brèche dès 2015 pour mener des collaborations scientifiques avec le labo P4. [...]

A l’occasion de sa visite d’État en Chine en janvier 2018, Emmanuel Macron signe malgré tout avec Xi Jinping des accors de coopération. Leur déclaration commune souligne : "la Chine et la France conduiront des recherches de pointe conjointes sur les maladies infectieuses et émergentes, en s’appuyant sur le laboratoire P4 de Wuhan".

C’est se leurrer sur le partenaire. D’après un fonctionnaire français cité par le journaliste Antoine Izambard dans son livre France Chine, les liaisons dangereuses :

"Nous leur avons demandé ce qu’étaient devenus les P3 et ils nous ont répondu que certains, situés dans une région proche de l’Himalaya, avaient gelé durant l’hiver et que d’autres avaient disparu. C’était assez déroutant".

Quant aux 50 chercheurs français attendus au P4 de Wuhan – cette coopération qui rassurait tant lors de la signature de l’accord – ils ne sont jamais venus. Le comité franco-chinois sur les maladies infectieuses ne s’est plus réuni depuis 2016. Les Chinois font ce qu’ils veulent, à l’abri des regards dans leur enceinte confinée.

Auteur: PMO Pièces et main-d'oeuvre

Info: Dans "Le règne machinal", éditions Service compris, 2021, pages 105 à 110

[ historique ] [ infectiologie ] [ orient-occident ]

artificialisation

L’élevage paysan est menacé parce que les lobbies financiers, ceux de l’agriculture productiviste et même une partie du lobby de la viande industrielle ont décidé de remplacer la vraie viande, plus assez rentable à leurs yeux, par de la fausse viande, du faux lait, du faux fromage, des faux œufs, beaucoup plus rentables.

Le système industriel de production de protéines animales est un échec financier comme le dénonce depuis trois décennies Via Campesina: les épizooties coûtent de 18 à 50 % du chiffre d’affaires, la Banque mondiale chiffre le coût de la grippe aviaire à 1250 milliards de dollars… mais pas question pour ces lobbies de laisser se développer l’élevage paysan. Leur réponse est simple : toujours plus d’industrialisation grâce aux biotech.

Ces lobbies veulent gagner la bataille de l’opinion publique car ils se souviennent de l’échec de la viande clonée qu’ils avaient précédemment voulu imposer, c’est pourquoi ils financent mondialement des groupes animalistes. L214 a reçu ainsi plus de 1,3 million de dollars d’une organisation états-unienne qui finance, par ailleurs le secteur de la fausse viande et notamment celui des faux œufs. Chacun appréciera à sa valeur qu’une organisation fondée par deux militants anarchistes soient subventionnée par le grand capital international et qu’elle se retrouve aux côtés des lobby financiers, de la malbouffe et de ce qu’il y a de pire dans l’industrie de la viande contre l’Internationale Via Campesina… Ce généreux donateur de L214, prénommé Open Philanthropy Project (OP2), a été créé par le fonds d’investissement de Dustin Moskovitz, co-fondateur de Facebook et son épouse Cari Tuna, journaliste au Wall Street Journal. Ce généraux donateur travaille aussi avec le Fonds d’investissement de Google, et avec des milliardaires comme Bill Gates, William Hewlett (Packard), etc…

Le secteur de la fausse viande n’est pas séparable des autres biotechnologies alimentaires, comme les OGM 2eet 3egénérations, comme les imprimantes 3D alimentaires, qui fonctionnent comme une imprimante classique sauf qu’elles utilisent différents ingrédients sous forme de pâte dont des hydro-colloïdes, une substance gélatineuse chimique que l’on peut structurer, aromatiser, coloriser à volonté.. La première imprimante 3D végane a été lancée, en avril 2019, en Israël, par la société Jet Eat, dont le PDG Eshchar Ben Shitrit est un personnage central de l’industrie alimentaire sous forme d’impression 3D ….

Les grandes firmes disposent déjà de tout un vocabulaire marketing pour imposer leurs productions, elles parlent de "viande propre", de "viande éthique", de "viande cultivée", une façon de sous-entendre que la vraie viande, le vrai fromage, le vrai lait, les vrais œufs ne seraient ni propres, ni éthiques, ni même, peut être, ne relèveraient d’une quelconque culture…

La fabrication industrielle de faux produits carnés comprend une production dite a-cellulaire et une autre dite cellulaire. La production acellulaire est une technique de biologie synthétique qui utilise des micro-organismes comme des bactéries, des levures, pour synthétiser des protéines et molécules. Le gène codant d’une protéine donnée est alors clonée dans un micro-organisme qui est ensuite en mesure de le produire. Pour obtenir des protéines de lait ou de blanc d’œuf, on cultive des micro-organismes génétiquement modifiés (des bactéries, des levures et autres champignons) et on mélange ensuite ces protéines à d’autres substances végétales.

La production cellulaire consiste à reconstituer des tissus animaux en mettant en culture des cellules prélevées sur l’animal. Elle utilise pour cela des bioréacteurs sur le modèle de ceux utilisés en médecine pour fabriquer de la fausse peau. La culture des cellules se fait avec du sérum de fœtus de veau. Certaines start-up, financées par la NASA, ont pour objectif de remplacer ce sérum par des extraits de champignon… Cette fausse viande cellulaire suppose toujours un animal donneur de cellules sous forme de biopsie (sous anesthésie locale) mais un seul échantillon pourrait permettre de produire jusqu’à 20 000 tonnes de viande. Mosa Meat explique que 150 vaches suffiraient pour satisfaire la demande actuelle mondiale de viande. Cette firme néerlandaise avait précédemment inventé le premier hamburger à base de cellules (un simple collage de 20 000 fibres). Son coût de 325 000 euros avait été financé par Sergey Brin, co-fondateur de Google, Patron de la firme Alphabet inc, une émanation de Google dénoncée pour être un faux nez permettant d’échapper à l’impôt via les paradis fiscaux, il dirige aussi Google X chargé de développer la voiture automatique Google et un service mondial de livraison par drone. Il fallait donc absolument dans l’intérêt de Google que la viande soit accusée de tous les maux plutôt que les transports. Sergey Brin est non seulement la treizième fortune mondiale, mais l'une des vedettes du Forum économique de Davos dont les membres, à peine descendus de leur jet privé, ordonnait en février 2019, au petit peuple de consommer moins de viande pour… sauver la planète (prétendent-ils).

Auteur: Ariès Paul

Info: https://blogs.mediapart.fr/paul-aries/blog/230419/futurs-deputes-europeens-resisterez-vous-au-lobby-de-la-viande-de-laboratoire?

[ apprentis sorciers ] [ culpabilité ] [ schizophrénie ] [ rendement économique ] [ malbouffe ]

orient-occident

- Klaus Schwab, le patron de Davos, a parlé d’un tsunami technologique entre la robotique, l’intelligence artificielle, les imprimantes 3D, les biotechnologies et l’hybridation de l’homme et de la machine, parce que tout cela bouscule nos vies et nos frontières. Il y a des disruptions partout. Par exemple, Uber est la plus grande société de taxis du monde, mais ils n’ont pas un seul taxi… AirBnb est la plus grande société hôtelière du monde, mais ils n’ont pas un seul hôtel… Amazon est la plus grande librairie du monde, mais ils n’ont pas une seule librairie… Toutes ces technologies entraînent des disruptions assez compliquées à saisir.

- C’est comme pour l’imprimerie ou l’électricité, il y a un certain nombre de choses qui se produisent et qui accélèrent les phénomènes. En 1960, General Motors ou General Electric étaient des sociétés dominantes qui duraient 60 ans. En 1980, on a vu des sociétés, comme IBM, qui ont été leaders pendant 35 ans. Mais aujourd’hui, les nouvelles entreprises comme Apple, Microsoft, Google ou Amazon vont durer une quinzaine d’années. Il y a une accélération et cela ne va faire qu’empirer. On parle beaucoup du match entre l’Amérique et la Chine. J’ai assisté à la montée du Japon, qui a fait un effort surhumain après la guerre. Après, comme ils ne faisaient plus d’enfants, les jeunes sont devenus des fils à papa et l’innovation a disparu. Dans les grandes villes chinoises, c’est la même chose. Les appartements sont trop petits et on risque de retrouver le même phénomène qu’au Japon, c’est-à-dire une diminution de l’innovation. En Amérique, ils savent rebondir, donc je ne pense pas que l’Amérique soit fichue. Quand on lit un certain nombre d’experts, on pourrait penser que la Chine pourrait prendre le relais, mais je ne crois pas que les choses se passeront ainsi. Lorsque la Russie s’est cassé la gueule, les Américains sont arrivés avec les grandes entreprises de consulting, comme McKinsey, et ils ont fait faire des bêtises aux Russes. Les Chinois ont beaucoup médité là-dessus pour ne pas faire la même chose. Ils ont essayé d’inventer un nouveau modèle, qui est beaucoup basé sur la technologie, avec de nombreux défauts quand même. Il faut savoir qu’il y a 900 millions de personnes qui sont sorties de la pauvreté en Chine, mais il y a encore 600 millions de gens qui vivent très pauvrement. C’est pour cette raison que le modèle capitaliste occidental ne convient pas bien à la Chine. On assiste donc à un basculement de l’Occident vers l’Orient, puisque les grandes démographies sont en Orient, mais cela entraîne en même temps une précarité des classes moyennes de l’Ancien Monde riche. L’Europe a dominé 70 % de la planète pendant une époque et, quand les Américains ont pris le relais des Anglais, ils ont automatiquement voulu faire du consumérisme en créant leur village mondial pour vendre leurs produits et amener la démocratie en même temps. Mais la démocratie, cela ne fonctionne pas dans des pays comme la Chine ou l’Inde. Par le biais du consumérisme, les gens ont accédé aux nouvelles technologies, avec toutes les menaces que cela entraîne, mais les promesses étaient tout à fait agréables. On ne se rend pas compte que l’on transmet toutes nos données. Donc, nous sommes fliqués. Les Chinois ont commencé et maintenant les gouvernements occidentaux trouvent que ce n’est pas si mal. Il y a un vrai risque pour nos démocraties.

- L’Europe aurait intérêt à s’écarter davantage de l’Amérique pour réinventer un modèle qui lui soit propre

- Malheureusement, c’est ce qui est en train d’arriver et on ne peut rien faire contre cela. Il y a trois cerveaux dans chaque individu : le néocortex, le limbique et le reptilien. Le néocortex, c’est ce qui est raisonnable. Le limbique, c’est l’émotion. Et le reptilien, c’est le repli sur soi. On voit tous les phénomènes populistes dans de nombreux pays et c’est le repli sur soi reptilien. Quand on ajoute cela à l’émotion, on évoque la nécessité de restaurer la Grande Russie quand on parle au peuple russe, on évoque la grande Chine, et les Américains rêvent d’une grande Amérique… Le néocortex, c’est la raison, et c’est toujours le moins fort. C’est pour cette raison que j’écris que dans quelques décennies, les hommes ne pourront plus comprendre notre psychologie. C’est pour cette raison aussi que les régimes forts vont plus vite que les démocraties. Churchill disait que la démocratie est le moins mauvais des systèmes, mais si c’est un régime fort, on ne discute pas, donc cela va plus vite. L’Europe s’est endormie, on ne veut plus faire la guerre, on est désarmé et, quand il arrive une histoire comme l’Ukraine, on est incapable de faire ce qu’il faut. Maintenant, le match entre les États-Unis et la Chine remet notre modèle en question. On pensait que le modèle démocratique allait s’imposer après la chute du Mur de Berlin. Il y a eu une prolifération des démocraties et, aujourd’hui, on s’aperçoit que l’on est en train de reculer sur ce point. Au fond, l’Europe aurait intérêt à s’écarter davantage de l’Amérique pour réinventer un modèle qui lui soit propre.

Auteur: Salmon Robert

Info: interviewé sur https://www.kernews.com/

[ neuroscience ] [ géopolitique ] [ futurologie ]

bon sens

L'utilisation d'armes biologiques était déjà interdite par le protocole de Genève de 1925, un traité international que les États-Unis n'avaient jamais ratifié. C'est alors que Matthew Meselson rédigea un document intitulé "Les États-Unis et le protocole de Genève", dans lequel il expliquait pourquoi ils devaient le faire. Meselson connaissait Henry Kissinger, qui a transmis son document au président Nixon et, à la fin de 1969, ce dernier renonçait aux armes biologiques.

Vint ensuite la question des toxines - poisons dérivés d'organismes vivants. Certains conseillers de Nixon estimaient que les États-Unis devaient renoncer à l'utilisation de toxines d'origine naturelle, mais conserver le droit d'utiliser des versions artificielles des mêmes substances. C'est un autre document de Meselson, "What Policy for Toxins", qui conduisit Nixon à rejeter cette distinction arbitraire et à renoncer à l'utilisation de toutes les armes à toxines.

Sur les conseils de Meselson, Nixon soumis à nouveau le protocole de Genève à l'approbation du Sénat. Mais il alla également allé au-delà des termes du protocole - qui interdit uniquement l'utilisation d'armes biologiques - pour renoncer à la recherche biologique offensive elle-même. Les stocks de substances biologiques offensives, comme l'anthrax que Meselson avait découvert à Fort Detrick, furent détruits.

Une fois que les États-Unis eurent adopté cette politique plus stricte, Meselson se tourna vers la scène mondiale. Lui et ses pairs voulaient un accord international plus fort que le protocole de Genève, un accord qui interdirait le stockage et la recherche offensive en plus de l'utilisation et prévoirait un système de vérification. Leurs efforts aboutirent à la Convention sur les armes biologiques, signée en 1972 et toujours en vigueur aujourd'hui.

"Grâce en grande partie au travail inlassable du professeur Matthew Meselson, le monde s'est réuni et a interdit les armes biologiques, garantissant ainsi que la science toujours plus puissante de la biologie aide l'humanité au lieu de lui nuire. Pour cela, il mérite la profonde gratitude de l'humanité", déclara l'ancien secrétaire général des Nations unies, Ban Ki-Moon.

M. Meselson déclara que la guerre biologique "pourrait effacer la distinction entre la guerre et la paix". Les autres formes de guerre ont un début et une fin - on sait clairement ce qui relève de la guerre et ce qui n'en relève pas. Une guerre biologique serait différente : "On ne sait pas ce qui se passe, ou alors on sait ce qui se passe mais ça se passe sans cesse."

Et les conséquences de la guerre biologique pourraient même être plus importantes que la destruction de masse ; les attaques via l'ADN pourraient modifier fondamentalement l'humanité. La FLI rend hommage à Matthew Meselson pour ses efforts visant à protéger non seulement la vie humaine mais aussi la définition même de l'humanité.

Selon l'astronome Lord Martin Rees, "Matt Meselson est un grand scientifique - et l'un des rares à s'être profondément engagé pour que le monde soit à l'abri des menaces biologiques. Il s'agit là d'un défi aussi important que le contrôle des armes nucléaires - et bien plus difficile à relever. Ses efforts soutenus et dévoués méritent pleinement une plus large reconnaissance."

Le 9 avril 2022, le Dr Matthew Meselson a reçu le prix Future of Life, d'une valeur de 50 000 dollars, lors d'une cérémonie organisée dans le cadre de la conférence sur les affaires mondiales de l'université de Boulder. Le Dr Meselson a été l'une des forces motrices de la Convention sur les armes biologiques de 1972, une interdiction internationale qui a empêché l'une des formes de guerre les plus inhumaines que connaisse l'humanité. Le 9 avril a marqué la veille du 47e anniversaire de la convention.

La longue carrière de M. Meselson est jalonnée de moments forts : la confirmation de l'hypothèse de Watson et Crick sur la structure de l'ADN, la résolution du mystère de l'anthrax de Sverdlovsk, l'arrêt de l'utilisation de l'agent orange au Viêt Nam. Mais c'est surtout son travail sur les armes biologiques qui fait de lui un héros international.

"Par son travail aux États-Unis et au niveau international, Matt Meselson a été l'un des principaux précurseurs de la convention sur les armes biologiques de 1972", a déclaré Daniel Feakes, chef de l'unité de soutien à la mise en œuvre de la convention sur les armes biologiques. "Le traité interdit les armes biologiques et compte aujourd'hui 182 États membres. Depuis lors, il n'a cessé d'être le gardien de la BWC. L'avertissement qu'il a lancé en 2000 sur le potentiel d'exploitation hostile de la biologie a préfiguré bon nombre des avancées technologiques dont nous sommes aujourd'hui témoins dans les sciences de la vie et les réponses qui ont été adoptées depuis."

M. Meselson a commencé à s'intéresser aux armes biologiques dans les années 60, alors qu'il travaillait pour l'Agence américaine de contrôle des armements et du désarmement. C'est lors d'une visite de Fort Detrick, où les États-Unis fabriquaient alors de l'anthrax, qu'il a appris ce qu'il en éltait du développement des armes biologiques : elles étaient moins chères que les armes nucléaires. M. Meselson fut frappé, dit-il, par l'illogisme de ce raisonnement : diminuer le coût de production des ADM serait un risque évident pour la sécurité nationale.

"Aujourd'hui, la biotechnologie est une force du bien dans le monde, associée au fait de sauver plutôt que de prendre des vies, parce que Matthew Meselson a contribué à tracer une ligne rouge claire entre les utilisations acceptables et inacceptables de la biologie", ajoute Max Tegmark, professeur au MIT et président de la FLI. "C'est une source d'inspiration pour ceux qui veulent tracer une ligne rouge similaire entre les utilisations acceptables et inacceptables de l'intelligence artificielle et interdire les armes autonomes létales".

Auteur: Internet

Info: https://futureoflife.org/2019/04/09

[ sagesse ] [ responsabilité scientifique ] [ savants responsables ] [ gratitude ]

paliers évolutionnaires

Des chercheurs découvrent une extinction de masse jusqu’alors inconnue de l’histoire de la Terre

Une extinction de masse désigne un événement ayant entraîné la disparition d’au moins 75 % des espèces présentes sur Terre. Les paléobiologistes affirment que notre planète a déjà connu cinq principaux épisodes de ce type ; certains estiment que nous sommes en train de vivre la sixième extinction. Mais la liste ne s’arrête pas là : des chercheurs de Virginia Tech ont découvert que la Terre aurait subi une extinction de masse il y a environ 550 millions d’années. Ce serait ainsi la toute première extinction que notre planète ait connu.

À ce jour, l’extinction de l’Ordovicien-Silurien, survenue il y a environ 440 millions d’années, est considérée comme la première extinction massive de notre planète. Celle-ci s’est vraisemblablement produite à la suite d’une grande glaciation, à laquelle auraient succombé près de 85% des espèces, faute de réussir à s’adapter à ces nouvelles conditions. Mais des preuves suggèrent aujourd’hui qu’un autre événement d’extinction l’aurait précédée : une diminution de la disponibilité mondiale d’oxygène aurait entraîné la perte d’une majorité d’animaux présents vers la fin de l’Édiacarien, il y a environ 550 millions d’années.

La première extinction de l’histoire de la Terre

Le déclin soudain de la diversité fossile il y a 550 millions d’années est connu depuis longtemps, mais les scientifiques n’avaient pas pu en déterminer la cause avec certitude. Il était possible que les espèces en présence soient entrées en compétition pour la survie, s’éliminant les unes les autres, ou simplement que les conditions environnementales de l’époque n’étaient pas propices à la préservation des fossiles édiacariens. Une nouvelle étude publiée dans Proceedings of the National Academy of Sciences permet aujourd’hui d’affirmer que ce déclin résulte bel et bien d’une extinction de masse.

Notre planète compte cinq extinctions de masse connues, les "Big Five", selon Shuhai Xiao, professeur de géobiologie à Virginia Tech : l’extinction de l’Ordovicien-Silurien (il y a 440 millions d’années), l’extinction du Dévonien tardif (il y a 370 millions d’années), l’extinction du Permien-Trias (il y a 250 millions d’années), l’extinction du Trias-Jurassique (il y a 200 millions d’années) et enfin, l’extinction du Crétacé-Paléogène (il y a 65 millions d’années), qui a anéanti environ 75 % des plantes et des animaux, y compris les dinosaures non aviens.

Toutes sont liées à des changements environnementaux majeurs et à grande échelle. Un changement climatique ou un événement de désoxygénation peuvent entraîner une extinction massive d’animaux, ainsi qu’une perturbation et une réorganisation profondes des écosystèmes. Ce premier événement d’extinction survenu lors de l’Édiacarien n’échappe pas à la règle : lui aussi a été induit par une modification significative de l’environnement.

Près de 80 % des animaux vivant sur Terre auraient disparu lors de cette première extinction massive. "Cela comprenait la perte de nombreux types d’animaux différents, mais ceux dont les plans corporels et les comportements indiquent qu’ils dépendaient d’importantes quantités d’oxygène semblent avoir été particulièrement touchés", explique Scott Evans, chercheur postdoctoral au Département des géosciences de Virginia Tech et premier auteur de l’étude décrivant l’événement.

Un "coup de pouce" à l’évolution ?

Les fossiles à corps mou du biote d’Ediacara – du nom des collines situées au sud de l’Australie où ont été découverts ces fossiles en 1946 – font partie des plus anciens organismes pluricellulaires complexes connus. Les empreintes fossiles datant de la période édiacarienne – soit d’environ -635 à -539 millions d’années – montrent que les animaux qui ont péri lors de cette extinction de masse avaient une apparence très étrange, en forme de feuille, de plume ou de tube.

Selon Evans, les organismes de l’époque semblaient expérimenter différentes façons de construire leurs grands corps multicellulaires. Par conséquent, les fossiles mis au jour datant d’avant l’extinction, ne correspondent pas toujours aux classifications actuelles des animaux. "Cette extinction a peut-être contribué à ouvrir la voie à l’évolution des animaux tels que nous les connaissons", conclut le chercheur. À savoir que la plupart des plans d’organisation animaux existant aujourd’hui sont apparus au cours du Cambrien (soit la période qui succède à l’Édiacarien).

Evans et ses collègues ont scrupuleusement examiné et catalogué l’ensemble des fossiles de la période édiacarienne décrits dans la littérature. Ils ont ainsi identifié 70 genres d’animaux, dont seuls 14 existaient encore quelque 10 millions d’années plus tard. L’équipe n’a toutefois trouvé aucun signe suggérant que ces animaux étaient en concurrence avec les premiers animaux du Cambrien, ni rien qui pouvait expliquer la non-préservation des fossiles.

En revanche, les animaux qui ont survécu arboraient tous un plan d’organisation favorisant la survie en cas d’anoxie : une surface corporelle relativement élevée par rapport à leur volume. Des preuves géochimiques confirment par ailleurs une faible disponibilité d’oxygène dans les océans il y a 550 millions d’années.

Une anoxie dont la cause reste à éclaircir

Qu’est-ce qui a causé cette baisse de la disponibilité globale de l’oxygène ? "La réponse courte à la façon dont cela s’est produit est que nous ne savons pas vraiment", a déclaré Evans. En réalité, plusieurs événements, individuels ou combinés, pourraient être à l’origine du phénomène explique le scientifique : éruptions volcaniques, mouvements de plaques tectoniques, impact d’astéroïde, etc. Des changements dans les niveaux de nutriments des océans pourraient être une autre cause possible. 

 Dans tous les cas, cette extinction a largement influencé l’évolution de la vie sur Terre et cette étude nous donne un aperçu de l’impact à long terme du manque d’oxygène sur la vie aquatique. Il se trouve que dans une autre étude, les scientifiques de Virginia Tech ont récemment découvert que les lacs d’eaux douces du monde perdaient actuellement rapidement de l’oxygène.

Ce phénomène est lié non seulement au réchauffement des eaux induit par le changement climatique, mais aussi à l’excès de ruissellement de substances polluantes (phosphore, azote) lié aux pratiques agricoles : "le réchauffement des eaux diminue la capacité de l’eau douce à retenir l’oxygène, tandis que la dégradation des nutriments dans le ruissellement par les microbes d’eau douce engloutit l’oxygène", expliquent les chercheurs.

En d’autres termes, la découverte de cette nouvelle extinction donne un aperçu des dangers de la crise climatique actuelle pour la vie animale.

Auteur: Internet

Info: https://www.science-et-vie.com, 7 déc 2022  Fleur Brosseau

[ stases ] [ Gaïa ]

médecine

L'intelligence artificielle peut prédire l'activité sur et hors cible des outils CRISPR qui ciblent l'ARN au lieu de l'ADN, selon une nouvelle recherche publiée dans Nature Biotechnology.

L'étude menée par des chercheurs de l'université de New York, de l'université Columbia et du New York Genome Center associe un modèle d'apprentissage profond à des écrans CRISPR pour contrôler l'expression des gènes humains de différentes manières, comme si l'on appuyait sur un interrupteur pour les éteindre complètement ou si l'on utilisait un bouton d'atténuation pour réduire partiellement leur activité. Ces contrôles précis des gènes pourraient être utilisés pour développer de nouvelles thérapies basées sur CRISPR.

CRISPR est une technologie d'édition de gènes qui a de nombreuses applications en biomédecine et au-delà, du traitement de la drépanocytose à la fabrication de feuilles de moutarde plus savoureuses. Elle fonctionne souvent en ciblant l'ADN à l'aide d'une enzyme appelée Cas9. Ces dernières années, les scientifiques ont découvert un autre type de CRISPR qui cible l'ARN à l'aide d'une enzyme appelée Cas13.

Les CRISPR ciblant l'ARN peuvent être utilisés dans un large éventail d'applications, notamment l'édition de l'ARN, l'élimination de l'ARN pour bloquer l'expression d'un gène particulier et le criblage à haut débit pour déterminer les candidats médicaments prometteurs. Des chercheurs de l'Université de New York et du New York Genome Center ont créé une plateforme de criblage CRISPR ciblant l'ARN et utilisant Cas13 pour mieux comprendre la régulation de l'ARN et identifier la fonction des ARN non codants. L'ARN étant le principal matériel génétique des virus, notamment du SRAS-CoV-2 et de la grippe, les CRISPR ciblant l'ARN sont également prometteurs pour le développement de nouvelles méthodes de prévention ou de traitement des infections virales. Par ailleurs, dans les cellules humaines, lorsqu'un gène est exprimé, l'une des premières étapes est la création d'ARN à partir de l'ADN du génome.

L'un des principaux objectifs de l'étude est de maximiser l'activité des CRISPR ciblant l'ARN sur l'ARN cible prévu et de minimiser l'activité sur d'autres ARN qui pourraient avoir des effets secondaires préjudiciables pour la cellule. L'activité hors cible comprend à la fois les mésappariements entre l'ARN guide et l'ARN cible, ainsi que les mutations d'insertion et de délétion. 

Les études antérieures sur les CRISPR ciblant l'ARN se sont concentrées uniquement sur l'activité sur la cible et les mésappariements ; la prédiction de l'activité hors cible, en particulier les mutations d'insertion et de délétion, n'a pas fait l'objet d'études approfondies. Dans les populations humaines, environ une mutation sur cinq est une insertion ou une délétion ; il s'agit donc d'un type important de cibles potentielles à prendre en compte dans la conception des CRISPR.

"À l'instar des CRISPR ciblant l'ADN tels que Cas9, nous prévoyons que les CRISPR ciblant l'ARN tels que Cas13 auront un impact considérable sur la biologie moléculaire et les applications biomédicales dans les années à venir", a déclaré Neville Sanjana, professeur agrégé de biologie à l'université de New York, professeur agrégé de neurosciences et de physiologie à l'école de médecine Grossman de l'université de New York, membre de la faculté principale du New York Genome Center et coauteur principal de l'étude. "La prédiction précise des guides et l'identification hors cible seront d'une grande valeur pour ce nouveau domaine de développement et pour les thérapies.

Dans leur étude publiée dans Nature Biotechnology, Sanjana et ses collègues ont effectué une série de criblages CRISPR de ciblage de l'ARN dans des cellules humaines. Ils ont mesuré l'activité de 200 000 ARN guides ciblant des gènes essentiels dans les cellules humaines, y compris les ARN guides "parfaitement adaptés" et les désadaptations, insertions et suppressions hors cible.

Le laboratoire de Sanjana s'est associé à celui de David Knowles, expert en apprentissage automatique, pour concevoir un modèle d'apprentissage profond baptisé TIGER (Targeted Inhibition of Gene Expression via guide RNA design) qui a été entraîné sur les données des cribles CRISPR. En comparant les prédictions générées par le modèle d'apprentissage profond et les tests en laboratoire sur des cellules humaines, TIGER a été capable de prédire l'activité sur cible et hors cible, surpassant les modèles précédents développés pour la conception de guides sur cible Cas13 et fournissant le premier outil de prédiction de l'activité hors cible des CRISPR ciblant l'ARN.

"L'apprentissage automatique et l'apprentissage profond montrent leur force en génomique parce qu'ils peuvent tirer parti des énormes ensembles de données qui peuvent maintenant être générés par les expériences modernes à haut débit. Il est important de noter que nous avons également pu utiliser l'"apprentissage automatique interprétable" pour comprendre pourquoi le modèle prédit qu'un guide spécifique fonctionnera bien", a déclaré M. Knowles, professeur adjoint d'informatique et de biologie des systèmes à la School of Engineering and Applied Science de l'université Columbia, membre de la faculté principale du New York Genome Center et coauteur principal de l'étude.

"Nos recherches antérieures ont montré comment concevoir des guides Cas13 capables d'éliminer un ARN particulier. Avec TIGER, nous pouvons maintenant concevoir des guides Cas13 qui trouvent un équilibre entre l'élimination sur la cible et l'évitement de l'activité hors cible", a déclaré Hans-Hermann (Harm) Wessels, coauteur de l'étude et scientifique principal au New York Genome Center, qui était auparavant chercheur postdoctoral dans le laboratoire de Sanjana.

 Les chercheurs ont également démontré que les prédictions hors cible de TIGER peuvent être utilisées pour moduler précisément le dosage des gènes - la quantité d'un gène particulier qui est exprimée - en permettant l'inhibition partielle de l'expression des gènes dans les cellules avec des guides de mésappariement. Cela peut être utile pour les maladies dans lesquelles il y a trop de copies d'un gène, comme le syndrome de Down, certaines formes de schizophrénie, la maladie de Charcot-Marie-Tooth (une maladie nerveuse héréditaire), ou dans les cancers où l'expression aberrante d'un gène peut conduire à une croissance incontrôlée de la tumeur.

Notre modèle d'apprentissage profond peut nous indiquer non seulement comment concevoir un ARN guide qui supprime complètement un transcrit, mais aussi comment le "régler", par exemple en lui faisant produire seulement 70 % du transcrit d'un gène spécifique", a déclaré Andrew Stirn, doctorant à Columbia Engineering et au New York Genome Center, et coauteur de l'étude.

En associant l'intelligence artificielle à un crible CRISPR ciblant l'ARN, les chercheurs pensent que les prédictions de TIGER permettront d'éviter une activité CRISPR hors cible indésirable et de stimuler le développement d'une nouvelle génération de thérapies ciblant l'ARN.

"À mesure que nous recueillons des ensembles de données plus importants à partir des cribles CRISPR, les possibilités d'appliquer des modèles d'apprentissage automatique sophistiqués sont de plus en plus rapides. Nous avons la chance d'avoir le laboratoire de David à côté du nôtre pour faciliter cette merveilleuse collaboration interdisciplinaire. Grâce à TIGER, nous pouvons prédire les cibles non ciblées et moduler avec précision le dosage des gènes, ce qui ouvre la voie à de nouvelles applications passionnantes pour les CRISPR ciblant l'ARN dans le domaine de la biomédecine", a déclaré Sanjana.

Cette dernière étude fait progresser la large applicabilité des CRISPR ciblant l'ARN pour la génétique humaine et la découverte de médicaments, en s'appuyant sur les travaux antérieurs de l'équipe de l'Université de New York pour développer des règles de conception de l'ARN guide, cibler les ARN dans divers organismes, y compris des virus comme le SRAS-CoV-2, concevoir des protéines et des ARN thérapeutiques, et exploiter la biologie de la cellule unique pour révéler des combinaisons synergiques de médicaments contre la leucémie.

Auteur: Internet

Info: L'IA combinée à CRISPR contrôle précisément l'expression des gènes par l'Université de New York. https://phys.org/, 3 juillet 2023 - Nature Biotechnology. Prediction of on-target and off-target activity of CRISPR-Cas13d guide RNAs using deep learning, Nature Biotechnology (2023). DOI: 10.1038/s41587-023-01830-8

[ génie génétique ]

fausse viande

La Décroissance : Pour vous, l'abolition de l'élevage fait le jeu du capital : il y a une collusion d'intérêts entre ceux qui la prônent et la science, l'industrie, les start-up des biotechnologies, les investisseurs qui se saisissent du marché en plein essor des substituts alimentaires...

Jocelyne Porcher: [...] Ce qui se développe aujourd'hui, le véganisme, la revendication d'en finir avec l'élevage, cela sert des intérêts économiques. L'agriculture cellulaire qui arrive, en collusion avec les défenseurs des animaux au nom d'une agriculture sans élevage, s'inscrit dans la continuité du processus d'industrialisation de la production alimentaire. On passe de la production de matière animale à partir d'animaux à la production de matière animale sans les animaux, avec les mêmes acteurs : c'est-à-dire la science, l'industrie, la banque. [...] Avec l'agriculture cellulaire, on change le niveau d'extraction : au lieu d'extraire la matière animale à partir de la vache, du cochon, etc., l'extraction se fait à un niveau plus resserré, au niveau de la cellule. On est bien dans la même logique de pensée, complètement inscrite dans le système capitaliste. Ce qui explique à la fois le soutien financier accordé aux associations véganes, type L214, qui reçoit directement de l'argent d'une fondation américaine et qui a une surface médiatique sans commune mesure avec ce qu'elle fait réellement, c'est-à-dire de la communication au service d'une agriculture sans élevage. [...]

LD : En quoi consiste la viande "propre" que les start-up veulent produire ?

JP : Mark Prost, un des premiers biologistes a avoir travaillé là-dessus, celui qui a présenté le premier hamburger in vitro en 2013, disait : "La viande in vitro est 100% naturelle, la seule différence c'est qu'elle est produire en dehors de la vache..." C'est ça l'idée: ils considèrent que la vache, ce n'est que de la ressource de matière animale. [...] L'idée de certaines start-up, c'est de faire l'équivalent du produit industriel en se passant d'animaux : selon eux, la multiplication de cellules de poulet va donner la même chose que le poulet qu'on achète actuellement dans les supermarchés, au moins visuellement...

LD: On a l'impression qu'ils n'en sont qu'au stade expérimental. Ce marché est-il appelé à grandir ?

JP: [...] Il y a des milliards investis là-dedans, des dizaines de start-up qui se développent, le potentiel du marché est énorme, non seulement en ce qui concerne la viande in vitro, mais aussi l'ensemble des substituts: le faux lait, les faux oeufs, le faux cuir... le faux tout. D'un point de vue technique, ce qu'on réussit à faire dans un incubateur, on peut réussir à le faire dans cent incubateurs. [...] Après il y a le volet sanitaire : ce sera peut-être un peu plus compliqué de garantir l'innocuité de ces produits. Mais aux Etats-Unis, cette viande in vitro est déjà autorisée à la vente, comme si c'était un produit ordinaire. La deuxième limite, c'est le consentement des gens à manger ces produits. C'est pourquoi, en plus de l'aspect production, les start-up des biotechnologies font un travail de fond pour préparer les consommateurs, construire la demande. De ce point de vue, des associations comme Peta aux Etats-Unis, L214 en France et Gaïa en Belgique, préparent vraiment le terrain pour que le marché des substituts se développe.

LD: Pour vendre ces substituts, l'industrie des biotechnologies affirme qu'elle oeuvre pour un monde meilleur. Vous, au contraire, vous montrez qu'elle signe le triomphe de la société industrielle et technicienne.

JP : Non seulement c'est l'industrialisation complète du vivant, mais c'est aussi la réduction de la vie au vivant. [...] On produit un amas de cellules qui se multiplient, c'est du vivant biologique, mais il n'y a pas de vie. C'est effectivement le triomphe de la technique, en tant qu'elle est complètement mortifère. Je le dis en citant Michel Henry, qui l'explique dans son livre La Barbarie : le triomphe de la technique sur la vie, c'est une destruction de la vie même, des affects, de la culture, du lien, de tout ce qui fait que la vie, c'est autre chose que du vivant.

LD: Le mouvement de la "libération animale" a l'air plus implanté dans les métropoles que dans les campagnes. Est-ce que vous pensez que ce type de préoccupation relève d'une civilisation très urbanisée comme l'est la nôtre, hors-sol, où on n'a plus de contact avec la terre, l'élevage et la production alimentaire en général ?

JP : Quand on est dans un milieu rural où il y a encore des vaches dans les champs, où les gens peuvent encore croiser des agriculteurs, des éleveurs, avoir un rapport à la vie et à la mort, les revendications d'en finir avec l'élevage passent beaucoup moins facilement que dans un milieu urbain, où les gens sont complètement déconnectés de la production, de ce que c'est qu'un champ, une prairie, de ce qui fait la relation de travail entre les humains et les animaux, et plus largement entre les agriculteurs et la nature. [...] Toute la propagande abolitionniste leur dit qu'élevage et production animale, c'est pareil. Ils sont dans la compassion, l'émotion. Des visions d'animaux maltraités leur arrivent sur leurs smartphones, et ils ont des réactions binaires : "la viande c'est mal, c'est affreux, je n'en mange plus." [...]

LD: Marx ironisait au XIXe sur les bourgeois qui se préoccupaient de protection animale mais qui ne se souciaient pas de la dégradation des conditions de vie dans les cités industrielles. Dans votre livre, vous notez aussi qu'une certaine protection animale, contemporaine de l'industrialisation et de l'urbanisation, parle de "bien-être animal" en dépolitisant la question.

JP : C'est aussi ce qu'a souligné l'historien Maurice Agulhon à la suite de Marx : le fait qu'au XIXe siècle, la protection animale vise d'abord à pacifier les classes populaires, avec l'hypothèse que la violence commise envers les animaux est de leur fait, et qu'au-delà couve le risque d'une violence contre l'ordre social, contre la bourgeoisie. Toute cette bourgeoisie, qui tient les transformations sociales, veut pacifier les mœurs après les révolutions de 1830 et 1848. Et l'un de ses moyens, c'est de pacifier les rapports envers les animaux, avec l'idée qu'il y a une violence atavique des classes populaires contre les animaux, que les gens ordinaires sont des brutes épaisses qu'il faudrait maîtriser, former, éduquer, civiliser. La loi Grammont, votée en 1850, [...] condamne le cocher qui malmène son cheval, mais pas le bourgeois propriétaire de la mine où descendent des chevaux et des enfants. On condamne la violence des personnes, des paysans, des ouvriers, mais on ne remet pas en cause les énormes bouleversements qu'engendre l'industrialisation [...] : la violence inouïe contre les enfants, les femmes et les hommes, mais aussi contre les animaux qui sont tous prolétarisés. Aujourd'hui, les défenseurs du "bien-être animal" sont toujours dans cette vision individuelle et dépolitisée : il suffit de voir une association comme PETA appeler à éduquer les gens, les rendre moraux, en leur donnant de la viande in vitro s'ils tiennent absolument à en manger, alors qu'elle occulte complètement les rapports sociaux et l'organisation du travail pensée par la bourgeoisie. Pourtant, la question, c'est bien la place des animaux dans les rapports sociaux, la violence faite aussi bien aux humains qu'aux animaux. Dans les porcheries industrielles par exemple, les gens subissent les mêmes conditions de vie au travail que les bêtes : on est enfermé du matin au soir, dans la poussière, le bruit, les odeurs infectes, c'est le même univers concentrationnaire pour les uns et pour les autres.

Auteur: Porcher Jocelyne

Info: Dans "La décroissance" N°165, décembre 2019, pages 26-27

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univers inversé

Les possibilités métagénomiques

Une infime fraction - la plupart des scientifiques estiment <1% - des espèces microbiennes sur Terre peut être cultivée et étudiée à l'aide de techniques classiques de microbiologie et de génomique. Mais en utilisant des outils de métagénomique récemment développés, les chercheurs appliquent l'analyse génomique à des communautés microbiennes entières à la fois, sans avoir à isoler et à cultiver des espèces individuelles. Les études de métagénomique commencent par obtenir un échantillon d'un environnement particulier tel que l'eau de mer, le sol ou l'intestin humain, en extrayant le matériel génétique de tous les organismes de l'échantillon, puis en analysant l'ADN de ce mélange pour mieux comprendre comment les membres de la communauté interagir, changer et exécuter des fonctions complexes.

Processus : la métagénomique consiste à obtenir l'ADN de tous les micro-organismes d'une communauté, sans nécessairement identifier toutes les espèces impliquées. Une fois les gènes séquencés et comparés aux séquences identifiées, les fonctions de ces gènes peuvent être déterminées.

Parce qu'elle ne dépend pas de l'établissement de cultures pures, la métagénomique offre l'accès à des millions d'espèces microbiennes qui auparavant ne pouvaient pas être étudiées. Il permet également aux chercheurs d'examiner les micro-organismes dans le contexte des environnements dans lesquels ils existent naturellement, en étudiant des communautés entières en même temps.

Applications de la métagénomique

Pratiquement tous les biologistes, quel que soit leur domaine, découvriront qu'une meilleure compréhension des communautés microbiennes et de la métagénomique peut contribuer à leurs propres recherches. L'étude des communautés microbiennes par la métagénomique peut aider les biologistes à s'attaquer à des questions scientifiques fondamentales et à résoudre les problèmes sociaux, environnementaux et économiques connexes. Voici quelques-unes des applications potentielles de la métagénomique :

Avancées des sciences de la vie.

Décrypter le fonctionnement et l'interaction des espèces au sein des communautés microbiennes peut répondre en partie à des questions fondamentales sur de nombreux aspects de la biologie microbienne, végétale et animale et améliorer considérablement la compréhension de l'écologie et de l'évolution. La métagénomique pourrait aider à répondre à des questions telles que : Qu'est-ce qui constitue un génome ? Qu'est-ce qu'une espèce ? Quelle est la diversité de la vie ?

Sciences de la Terre.

L'exploration de la manière dont les communautés microbiennes du sol et des océans affectent les équilibres atmosphériques et les conditions environnementales peut aider les scientifiques à mieux comprendre, prévoir et potentiellement faire face aux changements mondiaux.

Médicament.

Des centaines de médicaments disponibles aujourd'hui sont dérivés de produits chimiques trouvés pour la première fois dans des microbes ; l'accès aux génomes d'espèces microbiennes supplémentaires est très prometteur pour en découvrir des milliers d'autres. L'étude du "microbiome" humain – les milliers de milliards de bactéries vivant dans et sur le corps humain – peut conduire à de nouvelles façons de diagnostiquer, de traiter et de prévenir les maladies.

Énergie alternative.

De nouvelles sources d'énergie pourraient être développées en exploitant le pouvoir des communautés microbiennes pour produire des sous-produits tels que l'hydrogène, le méthane, le butanol et même le courant électrique.

Assainissement de l'environnement.

Comprendre les microbes qui dégradent les produits chimiques environnementaux peut aider à nettoyer des polluants tels que les fuites d'essence, les déversements de pétrole, les eaux usées, les rejets industriels et les déchets nucléaires.

Biotechnologie.

L'identification et l'exploitation des capacités biosynthétiques polyvalentes et diverses des communautés microbiennes peuvent conduire au développement de nouveaux produits industriels, alimentaires et de santé bénéfiques.

Agriculture.

Mieux comprendre les microbes bénéfiques vivant dans, sur, sous et autour des plantes et des animaux domestiques peut contribuer à améliorer les méthodes de détection des agents pathogènes dans les cultures, le bétail et les produits alimentaires et peut faciliter le développement de pratiques agricoles qui tirent parti des les alliances naturelles entre les microbes, les plantes et les animaux.

Biodéfense et médecine légale microbienne.

L'étude de l'ADN et des empreintes biochimiques des communautés microbiennes aide les spécialistes à surveiller les agents pathogènes connus et potentiels, à créer des vaccins et des traitements plus efficaces contre les agents bioterroristes potentiels et à reconstruire les événements dans lesquels les microbes ont joué un rôle.

Valeur de la métagénomique pour l'enseignement de la biologie

La citation de Muir a également une pertinence importante pour l'enseignement des sciences. Qu'est-ce qui sépare la chimie, la génétique, la biologie moléculaire, l'évolution, l'écologie et d'autres disciplines ? Où se croisent-elles et comment se construisent-elles les unes sur les autres ?

La métagénomique aide à combler le fossé entre la génétique et l'écologie, démontrant que les gènes d'un seul organisme sont connectés aux gènes des autres et à l'ensemble de la communauté. En fait, les processus de la métagénomique démontrent qu'il est important d'étudier les gènes et les organismes en contexte et d'apprécier toute la diversité de la vie, même dans un seul cadre. Ces messages ont une pertinence importante dans l'ensemble de la biologie et seraient des ajouts précieux à n'importe quel cours de biologie, peut-être en particulier ceux du niveau d'introduction.

Parce que la métagénomique s'inspire d'un large éventail de domaines et les affecte, c'est un outil précieux pour enseigner des thèmes et des concepts qui sont tissés tout au long de l'enseignement de la biologie. En effet, l'enseignement et l'apprentissage de la métagénomique pourraient clairement intégrer les types de changements dans l'enseignement des sciences de la maternelle à la 12e année et du premier cycle que de nombreux rapports ont demandé au cours de la dernière décennie.

Certains professeurs estiment qu'ils doivent utiliser des cours d'introduction pour fournir aux étudiants pratiquement toutes les connaissances qu'ils utiliseront pour comprendre les concepts de base d'une discipline. Certains considèrent également les cours d'introduction comme un moyen d'aider les étudiants à apprendre à interpréter les nouvelles et autres informations sur la science afin qu'ils puissent prendre des décisions plus éclairées à la maison, chez le médecin et dans l'isoloir. Trop souvent, cependant, de tels cours ne parviennent pas à transmettre la beauté complexe du monde vivant et les innombrables façons dont la biologie a un impact sur la "vraie vie". L'apprentissage de la métagénomique au niveau introductif - en mettant l'accent sur ses applications potentielles dans le monde réel - pourrait servir à éclairer les principes de base d'une grande variété de domaines, les liens entre eux et la pertinence plus large des avancées scientifiques pour les problèmes du monde réel. Si les étudiants peuvent voir qu'il y a vraiment des questions non résolues intéressantes auxquelles ils peuvent jouer un rôle pour répondre, le recrutement de jeunes talentueux pour les carrières scientifiques peut être facilité. De cette façon, les élèves rencontreront une science dynamique plutôt que statique.

LES BÉNÉFICES DE L'INTÉGRATION DE L'ÉDUCATION ET DE LA RECHERCHE

Les avantages de l'intégration précoce de la métagénomique et d'autres sciences nouvelles dans l'enseignement de la biologie profiteraient non seulement aux étudiants en biologie, mais aussi aux scientifiques et à leurs projets de recherche. L'expérience montre que lorsque les chercheurs enseignent, leur propre compréhension s'approfondit, menant à de nouvelles questions et pistes de recherche souvent inattendues qui sont posées par les étudiants, ainsi qu'à contribuer au développement d'approches créatives des problèmes. Si la communauté de la biologie peut intégrer l'enseignement de la métagénomique aux progrès de la recherche dès le départ, les étudiants pourraient devenir des participants actifs au développement du domaine.

Enseigner un domaine nouveau ou émergent est un moyen idéal d'engager profondément les étudiants dans l'exploration de questions fondamentales qui sont au cœur de la poursuite scientifique et de les encourager à poser leurs propres questions. En effet, dans le cas du domaine émergent de la métagénomique, les questions les plus fondamentales peuvent être les plus profondes. Répondre à ces questions inspire à son tour les jeunes esprits et les chercheurs actifs, et la science est bénéfique. 

D'autres ont vu l'intérêt d'intégrer la science émergente à l'éducation. Un certain nombre d'efforts sont actuellement en cours pour intégrer la recherche et l'enseignement en génomique.

Auteur: Internet

Info: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ Metagenomics: A Call for Bringing a New Science into the Classroom (While It's Still New) Anne Jurkowski,* Ann H. Reid,† and Jay B. Labovcorresponding author

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