biophysique

En résumé, nous avons réexaminé les aspects quantiques de la récolte de lumière dans la photosynthèse. Il est apparu clairement, à partir de considérations de base, qu'il n'y a pas d'équivalence entre la quanticité des processus et les cohérences observées dans les expériences de spectroscopie femtoseconde. Même la question très fondamentale de savoir si les cohérences non stationnaires des systèmes photosynthétiques peuvent être excitées par la lumière du soleil n'a pas encore été totalement clarifiée. Quelle que soit la configuration la préparation de l'état, la dynamique sera régie par les couplages associés du système et son interaction avec son environnement (bath)*. En outre, les affirmations concernant la persistance de ces cohérences dans les expériences femtoseconde ont été réévaluées de manière critique. En particulier, l'analyse détaillée d'un système  exemplaire utilisée en biologie quantique - le complexe FMO** - montre sans ambiguïté l'absence de cohérence interexcitonnelle de longue durée sur les échelles de temps pertinentes dans ce système, à la fois aux températures cryogéniques et physiologiques. Au contraire, il est devenu évident que les signaux oscillants à longue durée de vie proviennent de modes vibratoires principalement issu de l'état électronique fondamental. Des analyses de données plus avancées et des traitements théoriques utilisant une paramétrisation réaliste de l'environnement modélisé (bath) sont nécessaires pour identifier clairement les signaux de cohérence. La discussion approfondie sur l'attribution antérieure de ces signatures spectrales, qui se développe dans la communauté depuis une décennie, souligne cette nécessité.

Le principal résultat positif de ce travail est l'amélioration des méthodes théoriques et expérimentales qui ont conduit à une meilleure compréhension des interactions système-bath responsables de la décohérence et de la dissipation dans les structures biologiques. La nature ne produit pas le bain (bath) pour éviter la décohérence des processus fonctionnels directs ; une telle approche ne serait certainement pas robuste. La nature, plutôt qu'essayer d'éviter la dissipation, l'exploite spécifiquement avec l'ingénierie des énergies sur site via le couplage excitonique* pour le transport direct de l'énergie. Le rôle des paramètres thermodynamiques dans le pilotage des fonctions biologiques est bien apprécié à d'autres niveaux. Ici, nous voyons que ce principe s'applique même aux processus de transfert d'énergie impliqués dans la photosynthèse qui se produisent sur des échelles de temps probablement plus rapides. La physique de base de la thermalisation étant utilisée pour imprimer une direction. Ce concept simple, maîtrisé par la nature dans toutes les dimensions temporelles et spatiales pertinentes, est une véritable merveille de la biologie. 

Auteur: Internet

Info: https://advances.sciencemag.org, 3 avril 2020. "Quantum biology revisited. Conclusions". By Jianshu Cao, Richard J. Cogdell, David F. Coker, Hong-Guang Duan, Jürgen Hauer, Ulrich Kleinekathöfer, Thomas L. C. Jansen, Tomáš Mančal, R. J. Dwayne Miller, Jennifer P. Ogilvie, Valentyn I. Prokhorenko, Thomas Renger, Howe-Siang Tan, Roel Tempelaar, Michael Thorwart, Sebastian Westenhof, Donatas Zigmantas. *En physique, un système quantique ouvert est un système de quantique qui interagit avec un système quantique externe (bath). En général, ces interactions modifient considérablement la dynamique du système et entraînent une dissipation quantique, de sorte que les informations contenues dans le système sont perdues pour son environnement. Comme aucun système quantique n'est complètement isolé de son environnement, il est important de développer un tel cadre théorique pour traiter ces interactions afin d'améliorer la compréhension des systèmes quantiques. **Complexe Fenna-Matthews-Olson : complexe hydrosoluble, a été le premier complexe pigment-protéine à être analysé par spectroscopie aux rayons X ***Un exciton est une quasi-particule que l'on peut voir comme une paire électron-trou liée par des forces de Coulomb. Une analogie consiste à comparer l'électron et le trou respectivement à l'électron et au proton d'un atome d'hydrogène. Ce phénomène se produit dans les semi-conducteurs et les isolants. Mise en forme Mg

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homme-animal

Chaque entrée du livre est indexée à un terme (Corps, Génie, Imprévisibles, Justice) et à une question provocatrice ("Les singes savent-ils singer ?" "Les oiseaux font-ils de l'art ?" "Peut-on conduire un rat à l'infanticide ?" "Les animaux font-ils des compromis ?"), ces couplages étranges se trouvent eux-mêmes rapportés aux cas empiriques (des éléphants thaïlandais qui peignent des esquisses devant les touristes, des pingouins aux identités sexuelles multiples, des pies menteuses, des orangs-outans qui lancent leurs selles à la tête des scientifiques, des perroquets qui ne répètent pas ce que l'on voudrait…) indifféremment extraits de corpus de recherches éthologiques ou de Youtube. L'auteure ne répond pas aux questions posées en début de chaque chapitre mais au contraire nous propose de la suivre dans ses hésitations, elle donne ainsi à voir différentes situations où ces questions reçoivent d'autres réponses que celles envisagées par les scientifiques (cf. V comme Versions) ces derniers étant bien souvent incapables de les recevoir pour la double raison qu'elles échappent aux dispositifs d'établissement de la preuve mais surtout qu'ils n'attendent aucune réponse qui puisse être formulée par les animaux eux-mêmes.

Parmi la foule d'exemples qui sont avancés, je proposerais d'en extraire simplement deux d'entre eux, pas les plus drôles, dont je laisse le plaisir de la découverte aux lecteurs du livre, mais sans doute ceux qui nous (êtres humains) concernent le plus. Le premier exemple se trouve à la lettre "S comme Séparations", sous-titré de "Peut-on mettre un animal en panne ?" ; y est examiné le régime de production de preuves qui a conduit à la formulation de la théorie de l'attachement par le psychologue Harry Harlow. "Le poison de l'héritage" d'Harry Harlow tient selon Vincianne en la manière dont le laboratoire expérimental a produit les preuves d'une des plus grandes évidences sensibles que nous avons en commun avec beaucoup d'animaux : l'affection. Pour parvenir à démontrer la nécessité vitale du lien tactile, Harlow a répété avec des rates, puis avec de petits macaques rhésus, des procédures de séparations d'avec leurs petits. De là, le type de questions qu'il pose sont les suivantes : que se passe-t-il si l'on affame la mère et qu'on lui donne le choix entre se nourrir et rejoindre son petit ? Que se passe-t-il si la mère est remplacée par un mannequin en tissu ? Que se passe-t-il si le mannequin est en métal et fournit du lait ? "L'expérience de séparation ne s'arrête pas à séparer des êtres les uns des autres, elle consiste à détruire, à démembrer et, surtout à enlever. Comme si c'était le seul acte qui puisse être accompli […] Apparaît alors le véritable fil qui guide cette histoire : celui d'une routine qui s'emballe et devient folle. Séparer les mères et leurs petits, puis séparer les mères d'elles-mêmes, dans leur propre corps, enlever les ovaires, les yeux, le bulbe olfactif". Cette fois-ci rien de drôle, bien au contraire. La science expérimentale apparaît comme une machine non plus simplement "à rendre bête" mais plus littéralement comme un appareil de torture. Le fait qu'à aucun moment Harry Harlow interroge ce que les dispositifs eux-mêmes induisent, que jamais ne soit imaginé qu'ils puissent largement "causer" le désespoir qu'ils sont précisément censés permettre d'enregistrer, fait dire à l'auteure que la théorie de Harlow ne tient qu'à une chose : "un exercice systématique et aveugle de l'irresponsabilité."

Le choix de donner à lire le court texte qui suit, extrait du roman Ennemonde de Jean Giono, est une tentative de poursuivre la déambulation (et le rire) de Vinciane Despret, parce que ni l'indignation à distance ni la tristesse ne le permettent. Le pari de la forme de poíêsis qu'elle propose dans son livre étant celui de la création possible de sens entre des formes de vie, pourquoi pas donc "fabuler" avec les errants de Giono et imaginer quelles étranges compositions communes pourraient en surgir ? 

"Le tueur s'installe dans la cour de la ferme. L'animal du sacrifice est amené malgré ses cris : chose étrange, il suffit au tueur de frotter ses couteaux l'un sur l'autre pour que le cochon se taise, d'un coup. Quand c'est un bon tueur. Mais généralement c'est un bon tueur, si on l'a choisi parmi les errants. Certains fermiers font venir des bouchers de profession. Les bouchers de profession ne sont pas de bons tueurs. Les bêtes n'acceptent pas la mort qu'ils apportent ; elles acceptent celle qu'apportent les errants ; si le boucher arrive à la ferme, serait-ce en simple visite d'amitié, la porcherie, la bergerie et même l'écurie sont en émoi. L'errant arrive avec ses couteaux : tout reste calme ; il y a juste un peu de gémissements, quand le grand moment approche. Si on cherche à savoir ce qu'il y a au fond de cet étrange comportement, on s'aperçoit qu'il s'agit purement et simplement de cérémonie ; qu'on soit promis au saucisson ou à la résurrection, la mort est le moment précis où le naturel revient au galop. Or, le boucher, c'est de la technique pure, rien ne compte pour lui à part les rapports poids de chair, poids d'argent ; l'errant vient du fond des âges, il vit, bras dessus, bras dessous avec la faim. On est sûr qu'avec lui les rites seront respectés : et, de fait, tout se passe avec une rapidité, une facilité, une politesse à faire envie. Déjà la bête saigne dans le seau, comme un baril dont on a le plus simplement du monde ouvert le robinet."

Auteur: Eliçabe Rémi

Info: A propos du livre de Vinciane Despret,  "Que diraient les animaux, si... on leur posait les bonnes questions ?" Paris, La Découverte, coll. "Les Empêcheurs de penser en rond", 2012

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