agir

Ou bien la volonté est l'organe de la spontanéité libre et brise tous les enchaînements de motivations causales qui pourraient l'entraver, ou bien elle n'est qu'illusion.

Auteur: Arendt Hannah

Info: La vie de l'esprit

[ pouvoir personnel ]

flux sémantiques

Ambiguïté, polysémie, obscurité, manquements aux enchaînements logiques et grammaticaux, incompréhension réciproque, faculté de mentir ne sont pas des maladies du langage, mais la source de son génie. Sans eux, l’individu et l’espèce tout entière auraient dégénéré .

Auteur: Steiner George

Info: Après Babel

[ liberté ] [ vitalité ] [ communauté ] [ équivoques linguistiques ]

Créateur

Bouddha l’Éternel, éternellement distrait par ses séances de contemplation et ses illuminations, resta avec tous les éléments de cette histoire mélangés dans sa tête. Il pouvait suivre le fil de la narration, comme un panorama vu des hauteurs. Ce qu’il ne comprenait pas, c’était le rapport que pouvait entretenir cette histoire aux personnages multiples (qui se développait tout au long de leur vie moyennant des enchaînements et des entrecroisements subtils de causes et d’effets), avec l’instant discret, très bref par définition (puisque c’était un "clic"), où Mme Gohu mettait en marche la climatisation.

Auteur: César Aira

Info: Le testament du magicien ténor

[ détail ] [ littérature ] [ Dieu ] [ point de vue ]

informatique

Qu'il s'agisse de l'"association induite" ou de l'"association libre", les enchaînements associatifs constatés ne couvrent pas l'éventail des combinaisons que l'on obtiendrait en associant deux mots au hasard, et on peut établir relativement aisément la typologie des cas effectivement observés. Il n'est pas certain toutefois que ces regroupements seraient valables pour d'autres familles de langues que les nôtres : il s'agit d'un aspect de la question qui reste à explorer.

Carl Jung a consacré des textes importants à la question de l'"association induite" et son matériel clinique et sa réflexion théorique peuvent être utilisés comme points de départ (Jung & Riklin 1973 [1904-1905] ). Les cas mentionnés par Freud (essentiellement dans les trois grands textes consacrés au "signifiant" : Freud ; 1901 ; 1905) ont également été utilisés. Voici maintenant l'inventaire des différents types d'associations de signifiant à signifiant que l'on peut relever.

Enchaînements associatifs matériels

Acoustiques : homophoniques : humilité/humidité, amical/amicalement, fortune/fortuné, "Bosnie/Boticelli/Signorelli". (paronomase)

syntagmatiques : pain/quotidien, larme/vallée.

Graphiques : homographie : sphinx/lynx. (paronomase)

Enchaînements associatifs sémantiques

synonymie : voleur/bandit.

inclusion : bleu/couleur, assassin/Landru. (substitut métonymique, synecdoques)

connexion simple : abeille/miel, fenêtre/verre. (substitut métonymique)

traduction : timbre/stamp.

paradigme : vélo/voiture, lac/océan. (substitut métonymique)

attribution essentielle : ciel/bleu, enfant/petit. (substitut métonymique, synecdoques)

attribution accidentelle : père/ivre, piano/horrible.

Auteur: Jorion Paul

Info: Principes des systèmes... 1989, chapitre 9

[ citation s'appliquant à ce logiciel ] [ classement ] [ langage ] [ corrélats ] [ analogies ] [ association d'idées ] [ psychogénèse ]

singularités périodiques

Les mots consacrés de la postmodernité: sauver la planète, sauver le climat, développement durable, biodiversité, énergies renouvelables, commerce équitable, islamophobe, antisémite, homophobe, pride, LGBT, terrorisme, féminisme, pour tous, mansplain*, queer, bashing, crise, réalité augmentée, troller, flooder, fake news, bio, genre, etc. sont sans connecteur logique complexe, ce qui les rend péremptoires et inadéquats à l’art de la nuance, du paradoxe et de la contradiction qui permettent de nommer correctement, mais aussi de concevoir des stratégies sur la progression et la confusion des forces au sein du combat que se livrent les notions elles-mêmes. Résister aujourd’hui, c’est d'abord refuser la langue du spectacle, ne pas renoncer à vouloir nommer la complexité, renouer avec l’art de la nuance, la logique, la dialectique que le spectacle voudrait éclipser. Nous ne savons plus parler, nos lèvres sont sèches et les mots sont déjà morts avant de passer la barrière de nos dents. Apprendre à parler c'est d'abord apprendre à lire, puis écrire, et aussi dessiner, composer comme on aiguise une lame, comme on répète des enchaînements pieds-poings, apprendre à parler c'est déjà apprendre à se battre. L'action aujourd’hui c'est d’abord de faire passer une parole d’émancipation véritable, raviver le style, affuter le goût, développer la sensibilité, affiner le jugement, se donner les moyens de nommer avec précision ce qui détermine la subjectivité de notre époque, repérer les forces en présence, les assauts, les contournements, les frappes, les retraites, les conquêtes, les victoires, les défaites...

Auteur: Dubuis Santini Christian

Info: Note facebook du 19.03.19 *situation où un homme explique à une femme quelque chose qu'elle sait déjà, sur un ton généralement paternaliste ou condescendant

[ héritage ] [ réappropriation ] [ novlangue ] [ effet de discours ] [ politiquement correct éphémère ] [ époques ]

rhétorique

L’action dès lors ne consiste pas à prendre les armes et à descendre dans la rue, c'est trop tôt ou trop tard.

Car toute activité s'inscrit à l'intérieur d'un horizon de signification qui seul la rend possible.

L’efficace de la lutte de nos jours, c’est d'abord refuser la langue du spectacle, ce qui réclame au préalable de reconnaître que le diktat de l’opinion, le psittacisme qu’il induit, les énoncés médiatiques, le laxisme lexical, les approximations syntaxiques... sont les ennemis de l’esprit critique, ils contaminent les actions en surdéterminant l'horizon de leur sens.Il s’agit donc de ne pas renoncer à vouloir nommer la complexité, renouer avec la dialectique que le spectacle voudrait éclipser.

C'est seulement en cherchant le mot juste par rapport à sa propre position d'énonciation, en prononçant "la parole vraie", que le sujet introduit une rupture dans la chaîne signifiante où s'inscrivent ses actions, il ne peut donc plus dès lors continuer à agir de la même façon car il ne peut plus dès lors "penser" (être pensé) de la même façon.

Le véritable combat politique aujourd’hui c'est de faire passer des textes de main en main, pour raviver le style, affûter le goût, développer la sensibilité, affiner le jugement, (se) donner les moyens de nommer avec précision les assauts, les contournements, les frappes, les retraites, les conquêtes, les victoires, les défaites...

Nous ne savons plus parler, nos lèvres sont sèches et les mots sont déjà morts avant de passer la barrière de nos dents.

Apprendre à parler c'est apprendre à lire, apprendre à écrire, à dessiner, composer comme on aiguise une lame, comme on répète des enchaînements pieds-poings, apprendre à parler c'est apprendre à se battre.

Auteur: Dubuis Santini Christian

Info: Publication facebook du 21.02.20

[ exorcisme ] [ citation s'appliquant à ce logiciel ]

nanomonde

Comment l’IA impacte la recherche sur la structure des protéines

Chaque être humain possède plus de 20 000 protéines. Par exemple l’hémoglobine qui s’occupe du transport de l’oxygène depuis les poumons vers les cellules de tout le corps, ou encore l’insuline qui indique à l’organisme la présence de sucre dans le sang.

Chaque protéine est formée d’une suite d’acides aminés, dont la séquence détermine son repliement et sa structure spatiale – un peu comme si un mot se repliait dans l’espace en fonction des enchaînements de lettres dont il est composé. Cette séquence et ce repliement (ou structure) de la protéine déterminent sa fonction biologique : leur étude est le domaine de la « biologie structurale ». Elle s’appuie sur différentes méthodes expérimentales complémentaires, qui ont permis des avancées considérables dans notre compréhension du monde du vivant ces dernières décennies, et permet notamment la conception de nouveaux médicaments.

Depuis les années 1970, on cherche à connaître les structures de protéines à partir de la seule connaissance de la séquence d’acides aminés (on dit « ab initio »). Ce n’est que très récemment, en 2020, que ceci est devenu possible de manière quasi systématique, avec l’essor de l’intelligence artificielle et en particulier d’AlphaFold, un système d’IA développé par une entreprise appartenant à Google.

Face à ces progrès de l’intelligence artificielle, quel est désormais le rôle des chercheurs en biologie structurale ?

Pour le comprendre, il faut savoir qu’un des défis de la biologie de demain est la "biologie intégrative", qui a pour objectif de comprendre les processus biologiques au niveau moléculaire dans leurs contextes à l’échelle de la cellule. Vu la complexité des processus biologiques, une approche pluridisciplinaire est indispensable. Elle s’appuie sur les techniques expérimentales, qui restent incontournables pour l’étude de la structure des protéines, leur dynamique et leurs interactions. De plus, chacune des techniques expérimentales peut bénéficier à sa manière des prédictions théoriques d’AlphaFold.

(Photo) Les structures de trois protéines de la bactérie Escherichia coli, déterminées par les trois méthodes expérimentales expliquées dans l’article, à l’Institut de Biologie Structurale de Grenoble. Beate Bersch, IBS, à partir d’une illustration de David Goodsell, Fourni par l'auteur

La cristallographie aux rayons X

La cristallographie est, à cette date, la technique la plus utilisée en biologie structurale. Elle a permis de recenser plus de 170 000 structures de protéines dans la "Protein Data Bank", avec plus de 10 000 repliements différents.

Pour utiliser la cristallographie à rayons X, il faut faire "cristalliser les protéines". On dit souvent que cette technique est limitée par la qualité de cristaux de protéines, qui est moindre pour les grosses protéines. Mais cette notion ne correspond pas toujours à la réalité : par exemple, la structure du ribosome, l’énorme machine moléculaire qui assemble les protéines, a été résolue à 2,8 angströms de résolution. Venkatraman Ramakrishnan, Thomas Steitz et Ada Yonath ont reçu le prix Nobel de chimie en 2009 pour ce travail.

Avec le développement récent du laser X à électron libre (XFEL), il est devenu possible d’étudier simultanément des milliers de microcristaux de protéines à température ambiante et à l’échelle de la femtoseconde (10-15 secondes, soit un millionième de milliardième de seconde, l’échelle de temps à laquelle ont lieu les réactions chimiques et le repliement des protéines). Cette technique permet d’imager les protéines avant qu’elles ne soient détruites. Elle est en train de révolutionner la "cristallographie cinétique", qui permet de voir les protéines "en action", ainsi que la recherche de médicaments.

Pour l’instant, l’apport d’AlphaFold à l’étude de la structure des protéines par cristallographie s’est concentré dans la génération de modèles de protéines assez précis pour appliquer la technique dite de "remplacement moléculaire" à la résolution des structures.

La spectroscopie par résonance magnétique nucléaire

Une autre méthode expérimentale pour étudier la structure des protéines est la "spectroscopie par résonance magnétique nucléaire". Alors que son alter ego d’imagerie médicale, l’IRM, regarde la distribution spatiale d’un seul signal, caractéristique des éléments chimiques dans les tissus biologiques observés, en spectroscopie par résonance magnétique nucléaire, c’est un ensemble de signaux provenant des atomes constituant la protéine qui est enregistré (ce qu’on appelle le "spectre").

Généralement, la détermination de la structure par résonance magnétique est limitée à des protéines de taille modeste. On calcule des modèles de molécules basés sur des paramètres structuraux (comme des distances interatomiques), provenant de l’analyse des spectres expérimentaux. On peut s’imaginer cela comme dans les débuts de la cartographie, où des distances entre des points de référence permettaient de dessiner des cartes en 2D. Pour faciliter l’interprétation des spectres qui contiennent beaucoup d’information, on peut utiliser des modèles obtenus par prédiction (plutôt qu’expérimentalement), comme avec AlphaFold.

En plus de la détermination structurale, la spectroscopie par résonance magnétique nucléaire apporte deux atouts majeurs. D’une part, en général, l’étude est effectuée avec un échantillon en solution aqueuse et il est possible d’observer les parties particulièrement flexibles des protéines, souvent invisibles avec les autres techniques. On peut même quantifier leur mouvement en termes d’amplitude et de fréquence, ce qui est extrêmement utile car la dynamique interne des protéines est aussi cruciale pour leur fonctionnement que leur structure.

D’autre part, la spectroscopie par résonance magnétique nucléaire permet de détecter aisément les interactions des protéines avec des petites molécules (ligands, inhibiteurs) ou d’autres protéines. Ceci permet d’identifier les sites d’interaction, information essentielle entre autres pour la conception rationnelle de molécules actives comme des médicaments.

Ces propriétés font de la spectroscopie par résonance magnétique nucléaire un outil extraordinaire pour la caractérisation fonctionnelle des protéines en complémentarité avec d’autres techniques expérimentales et l’IA.

La "cryomicroscopie électronique"

La cryomicroscopie électronique consiste à congeler ultrarapidement (environ -180 °C) un échantillon hydraté dans une fine couche de glace, qui sera traversée par les électrons. Les électrons transmis vont générer une image de l’échantillon, qui après analyse, permet d’accéder à des structures qui peuvent atteindre la résolution atomique. En comparaison, un microscope optique n’a un pouvoir résolutif que de quelques centaines de nanomètres, qui correspond à la longueur d’onde de la lumière utilisée ; seul un microscope utilisant une source possédant des longueurs d’onde suffisamment faibles (comme les électrons pour la microscopie électronique) possède un pouvoir résolutif théorique de l’ordre de l’angström. Le prix Nobel de Chimie 2017 a été décerné à Jacques Dubochet, Richard Henderson et Joachim Frank pour leurs contributions au développement de la cryomicroscopie électronique.

Avec de nombreux développements technologiques, dont celui des détecteurs à électrons directs, depuis le milieu des années 2010, cette technique est devenue essentielle en biologie structurale en amorçant une "révolution de la résolution". En effet, la cryomicroscopie électronique permet désormais d’obtenir des structures avec une résolution atomique, comme dans le cas de l’apoferritine – une protéine de l’intestin grêle qui contribue à l’absorption du fer – à 1,25 angström de résolution.

Son principal atout est de permettre de déterminer la structure d’objets de taille moyenne, au-delà de 50 000 Dalton (un Dalton correspond environ à la masse d’un atome d’hydrogène), comme l’hémoglobine de 64 000 Dalton, mais également d’objets de quelques milliards de daltons (comme le mimivirus, virus géant d’environ 0,5 micromètre).

Malgré toutes les avancées technologiques précédemment évoquées, la cryomicroscopie ne permet pas toujours de résoudre à suffisamment haute résolution la structure de "complexes", constitués de plusieurs protéines. C’est ici qu’AlphaFold peut aider et permettre, en complémentarité avec la cryomicroscopie, de décrire les interactions au niveau atomique entre les différents constituants d’un complexe. Cette complémentarité donne une force nouvelle à la cryomicroscopie électronique pour son rôle à jouer demain en biologie structurale.

Les apports d’AlphaFold

AlphaFold permet de prédire la structure de protéines uniquement à partir de leur séquence avec la connaissance acquise par la biologie structurale expérimentale. Cette approche est révolutionnaire car les séquences de beaucoup de protéines sont connues à travers les efforts des séquençages des génomes, mais déterminer leurs structures expérimentalement nécessiterait des moyens humains et techniques colossaux.

À l’heure actuelle, ce type de programme représente donc un acteur supplémentaire de complémentarité, mais ne se substitue pas aux techniques expérimentales qui, comme nous l’avons vu, apportent aussi des informations complémentaires (dynamiques, interfaces), à des échelles différentes (des sites métalliques aux complexes multiprotéiques) et plus fiables, car expérimentalement vérifiées. Au-delà de la pure détermination structurale d’une protéine isolée, la complexité des systèmes biologiques nécessite souvent une approche pluridisciplinaire afin d’élucider mécanismes et fonctions de ces biomolécules fascinantes que sont les protéines.

Auteur: Internet

Info: Published: December 19, 2022 Beate Bersch, Emmanuelle Neumann, Juan Fontecilla, Université Grenoble Alpes (UGA)

[ gnose chimique ]