transposition linguistique

En fait, dans la longue et frustrante partie de squash que disputent la traduction "littérale" (mot à mot) et la traduction "libre", la joueuse de gauche n'existe pas. Elle n'est que l'ombre d'un autre monde, plus ancien. Mais les ombres peuvent impressionner, même quand on sait qu'elles n'existent pas.

Auteur: Bellos David

Info: Le poisson et le bananier, p 127

[ transcodage sémantique ]

créer et développer une chaîne de citations

Comment seront disposées les citations ?

- La manière la plus simple, c'est ainsi que se développèrent les signes et l'écriture : c'est l'empilage, les listes, les énumérations, etc... Ici , pour qui sait utiliser FLP correctement, si une recherche précise et spécifique permet déjà en bonne partie la création d'une sorte de répertoire, une chaîne permettra de contrôler précisément le catalogue que l'on veut établir.

- Question qui vient ensuite : il y aura-t-il une continuité ? Si oui laquelle ? Ici s'impose naturellement la chronologie.

- Il a aussi la continuité de la logique, mais cette dernière, dès que se pointent la réalité et ses contingences, a beaucoup de peine à conserver un cap, au contraire des raisonnements algébro-géométriques qui peuvent n'être qu'abstraction pure. On se réjouit dès lors de voir quelqu'un s'y lancer. Un nouvel Aristote, le Kant du vingt et unième siècle ?

- La forme débat contradictoire à la française est toujours amusante, parfois frustrante parce que trop souvent proche du désordre, souvent par manque de discipline et surtout, d'un objectif clair et précis. Les créateurs de FLP se réjouissent de voir quelqu'un s'y essayer.

- L'examen des facettes d'un domaine(perspectivisme), d'une problématique ou autre est toujours intéressant même s'il s'agira bien souvent d'une spécialisation qui peut devenir ardue.

- L'inverse de la proposition précédente sera d'aborder un sujet selon différents points de vue. Qui s'y colle ? Etc. (Vos propositions, critiques et remarques sont les bienvenues.)

- Reste évidemment le mélange de toutes ces formes, avec, on imagine, de nécessaires éclaircissements au fur et à mesure (dans les infos, les commentaires, ou en créant une citation ad hoc) du créateur... Ou d'un participant dans une chaîne collective.

Pour terminer imaginons quelques desseins ou - motivations - à l'origine d'une chaîne :

- affinement d'un concept que FLP ne peut cerner suffisamment (exemple)

- quête personnelle (la vie après la mort)

- matériel didactique (exemples de décor sonores pour atelier d'écriture)

- enchaînement de quelques textes plus longs afin de les faire lire (voir sous "mode lecture" dans le mode d'emploi)

- objectif pédagogique (rassemblement d'un matériel x ou y pour apprenant du français)

- noyau-canevas pour l'écriture d'un livre

- etc. Ici aussi propositions, critiques et remarques sont les bienvenues

Auteur: Mg

Info: 10 août 2018

[ citation s'appliquant à ce logiciel ]

citation s'appliquant à ce logiciel

S'associant avec des termes qui ne sont pas dans les citations/extraits, les tags de ce logiciel en sont la valeur ajoutée la plus évidente.

Maintenant, pour comprendre au moins mal la structuration de ce logiciel, il faut savoir que nous sommes partis de ce que nous voulons appeler notre miroir corps-esprit, tel qu'exprimé par un des titres du logiciel : "Tentative d'une inversion de la sphère physique de notre jeunesse en une sphère écrite de notre âge mûr." C'est à dire que chacun des extraits a résonné à un moment ou à un autre d'une certaine manière avec notre expérience.

Egomorphisme... autisme ? A voir.  Nous voilà avec une belle et robuste subjectivité en tous les cas.(idiosynchrasie projetée ?)

Nous nous sommes donc appuyé sur la structure commune au plus grand nombre, les mots, issus de notre réel et de son évolution. Un vocabulaire séquencé à partir des termes les plus simples et concrets de l'enfance : manger-boire, papa-maman, souffrir-jouir, prendre-donner... avec déjà beaucoup de dualité. Pour aller ensuite vers des appellations plus génériques et conceptuelles : vie-mort, bonheur-malheur, théorie-pratique... Nous trouvant ainsi un peu plus engagé dans l'interprétation et le subjectif, avec déjà des possibilités quasi infinies de combinaisons. Ces mots et leurs combinaisons suffiraient aisément pour cette classification mais les hommes ne sont pas si simples, ils associent. Pour qui voudra approfondir les notions d'"association induite" ou d'"association libre" il suffira de consulter certaines typologies, comme celles tentées par Jung il y a déjà plus d'un siècle. Typologies par ailleurs soumises et subordonnées aux idiomes. Il y a là, par parenthèse, un champ d'exploration qui semble fort peu défloré et qui pourrait, qui sait !, déboucher sur l'émergence d'archétypes et autres concepts terminologiques nouveaux qui accompagneront les prometteurs champs de la science que sont la biophysique ou l'informatique.

Mais revenons sur terre. Le classement de ce logiciel, de par son étiquetage humain, ouvre et optimise les associations puisque les corrélats, qui ne font pas partie du texte de la citation, sont pris en compte dans une recherche. "Tags/Corrélats" supposé préciser ou éclairer le ou les sens d'un extrait. L'unique hiérarchie de ces tags étant que le premier (le plus significatif, le plus pertinent ?...) est nommé CATEGORIE. Mais nous en avons déjà parlé. Donc pas question ici de trop hiérarchiser les tags-corrélats qui sont venus à l'esprit du tagueur "sans trop réfléchir", instinctivement. Nous pensons qu'un classement plus précis, plus réfléchi, serait déjà une limitation... la mise en place d'une mécanique figée.

Il y a donc la possibilité d'associer - et de rechercher - des corrélations à deux termes comme : agonie - mort, souffrance - apprentissage, admiration - enthousiasme, etc... Termes associés qui forment l'embryon d'une table des matières à venir, appelée à constituer petit à petit une sorte de dictionnaire "plus précis", mais aussi plus ouvert pour la classification, la recherche et donc la réflexion à partir d'une pensée. Couples de termes qui vont évidemment de deux quasi synonymes, (ce qui en général centrera la recherche) jusqu'aux termes complètement antagonistes, dont les interactions ne seront pas moins intéressantes. Avec l'espoir de pouvoir implémenter un jour des recherches plus complexes.

Comme dit plus haut, s'affine aussi avec le temps l'organisation du classement via des tags-corrélats plus précis comme "hommes-par-femmes", "femmes-par-hommes", "fond-forme"... (pour plus de détail aller voir le mode d'emploi du soft ... ou lire le texte explicatif qui commence par : A l'origine il y a cet atavisme...)

Tout ceci partant évidemment du point de vue que les sensations du tagueur correspondent pour bonne partie à celles de ses collègues humains. Avec cet agacement central, peut-être une de nos limitations les plus importante, frustrante : l'homme ne parle ici qu'à lui-même. Mais qu'importe. Si l'auteur de ces lignes n'est qu'une pauvre illusion. Vous en êtes une autre.

Auteur: Mg

Info: 17 juillet 2013

[ indexation ] [ écriture ] [ témoignage ]

sortie extra-corporelle

Ce que chacun devrait savoir sur la paralysie du sommeil (P.D.S) et la sortie hors du corps (S.H.C).

Presque tous les jours, je reçois des mails de quelqu'un qui, le sachant ou pas, me parle de sa paralysie du sommeil (P.D.S). Habituellement, je donne une brève explication de ce qui se passe, mais j'ai décidé qu'il était temps de l'écrire dans un article dont plus de gens pourraient bénéficier. J'ai étudié et vécu plusieurs P.D.S et S.H.C, donc je parle d'expérience.

Qu'est-ce que la paralysie du sommeil ?

La paralysie du sommeil est une fonction corporelle normale et naturelle qui provoque la paralysie de notre corps physique pendant le sommeil. Son but est de nous empêcher de nous faire du mal lorsque nous rêvons. Elle est censée se produire à chaque fois que nous dormons et s'installe généralement bien avant que nous ne commencions à rêver. Lorsqu'elle ne fonctionne pas correctement, nous avons de graves problèmes comme le somnambulisme, qui fait que les gens se blessent. Normalement, nous ne sommes pas conscients lorsque la paralysie du sommeil s'installe, de sorte que la plupart des gens ne savent même pas qu'elle existe. Cependant, de temps en temps, quelqu'un devient conscient pendant cette période, et c'est alors qu'il devient de sa paralysie du sommeil, ou P.D.S. Pour autant que je sache, cela se produit plus souvent au réveil. En gros, votre esprit se réveille avant votre corps. Finalement, votre corps rattrape votre esprit et se réveille aussi.

Symptômes de la P.D.S

Lorsqu'un individu devient conscient et se rend compte de son état de paralysie du sommeil, il ne sait généralement pas ce qui lui arrive. Et, parce qu'il est conscient, il essaie de bouger, mais ne le peut pas. Lorsqu'ils découvre qu'ils ne peut pas bouger, il commence à s'agiter, à être angoissés, à avoir peur et peut même paniquer, coincé entre la réalité et le monde halluciné des rêves avec l'impression de ne pas pouvoir se rendre à l'un ou l'autre de ces endroits. Souvent, il lutte et se bat contre la paralysie, en essayant de se libérer, mais cela n'aide que rarement.

Pour aggraver les choses, les peurs peuvent facilement se manifester sous la forme d'hallucinations très réalistes dans l'État de P.D.S. C'est pourquoi les gens voient souvent des monstres, des démons, des sorcières ou autres créatures peu recommandables les attaquer. C'est si courant de ressentir tout ça que fut inventé le mot "hagging" (auto-harassement) pour le décrire. Souvent, on pense se réveiller "juste à temps avant que les monstres ne nous attrape", alors qu'en réalité, la poussée d'adrénaline provoquée par la peur fait sortir de la paralysie. Pour la plupart, ces créatures sont des hallucinations qui peuvent être ignorées, mais je sais bien que c'est plus facile à dire qu'à faire.

La plupart du temps, ceux en P.D.S qui souffrent luttent pour reprendre le contrôle de leur corps et finissent par gagner. Parfois, cependant, une personne peut sembler se réveiller, pour découvrir qu'elle dort vraiment encore et qu'elle rêve qu'elle s'est réveillée. Nous appelons ce phénomène "faux réveils". Parfois, une personne peut avoir plusieurs faux réveils d'affilée, ce qui la frustre de ne pas pouvoir se réveiller ou, pire encore, la terrifie de ne plus jamais se réveiller. Les personnes souffrant de P.D.S sont souvent réticentes à parler de leurs expériences car elles ont peur que les gens les croient folles. Beaucoup de gens ont gardé ce petit secret toute leur vie.

La P.D.S est-elle fréquente ?

En fait, elle est assez répandue et il n'y a pas lieu d'en avoir peur ou d'en avoir honte. Cela arrive à des milliers, voire des millions de personnes chaque jour, mais je n'ai pas de statistiques pour le prouver. Mais je reçois des mails sur les P.D.S presque tous les jours, donc vous n'êtes pas seul.

Que peut-on faire contre les monstres ?

En général, quand les gens apprennent ce qu'est la P.D.S, leurs craintes diminuent. Quand leurs craintes diminuent, ils ont tendance à voir moins de monstres. Par conséquent, le meilleur conseil est de ne pas paniquer, de rester calme, de réaliser que vous êtes en sécurité, et c'est une chose naturelle que fait votre corps physique. Ensuite, si vous le souhaitez, explorez cet état.

Comment puis-je sortir de l'état de P.D.S ?

En général, il suffit d'attendre qu'il se dissipe. On pense que la paralysie du sommeil est liée à la chimie du cerveau, et que vous en sortirez automatiquement lorsque vos substances chimiques se stabiliseront. En attendant, tout ce que vous pouvez faire est d'attendre qu'elle se termine, ou de l'utiliser comme tremplin pour l'état de S.H.C. Comme je l'ai déjà dit, des émotions extrêmes comme la panique ou la colère provoquent parfois un changement dans la chimie du cerveau, et cela peut vous faire sortir de l'état de P.D.S. Une fois que vous aurez appris à la maîtriser, j'espère que vous voudrez l'explorer plutôt que d'y mettre fin.

Quel est le lien entre P.D.S et S.H.C ?

D'après mon expérience, dans l'état P.D.S, vous êtes hors de votre corps physique et à l'intérieur de votre corps énergétique, mais généralement vous êtes collé au corps et incapable de bouger. Donc, d'un côté, vous êtes hors de votre corps, mais de l'autre, vous êtes incapable d'aller quelque part ou de faire quoi que ce soit ; une expérience vraiment frustrante. Lutter contre la paralysie est souvent futile, et si vous gagnez, vous retournerez à votre corps physique au lieu de le quitter, ce qui est frustrant si la S.H.C est votre objectif.

Quel est le secret pour transformer la P.D.S en S.H.C ?

Croyez-le ou non, il m'a fallu vingt ans d'essais avant d'apprendre le secret de la transformation de la P.D.S en S.H.C. Avant d'apprendre le secret, il était plus facile pour moi d'induire une expérience extracorporelle à partir d'un état de pleine conscience qu'à partir de l'état de P.D.S. Le secret réside principalement dans le fait de savoir ce qui se passe réellement, alors voilà : D'après mon expérience, dans l'état de P.D.S, votre conscience est associée à votre corps énergétique, et non à votre corps astral, et c'est là que se trouve le problème. Votre corps énergétique est étroitement associé à votre corps physique, et il est donc inutile de le fouiller et d'essayer de le déloger. Cela n'arrivera pas tant que vous ne serez pas mort, ou proche de la mort. Le secret, c'est que vous devez transférer votre conscience de votre corps énergétique à votre corps astral. Comment y parvenir ? D'abord, fermez les yeux et gardez-les fermés. Ensuite, essayez d'avancer avec votre conscience et imaginez que vous avancez. Même si vous ne ressentez aucun mouvement, votre conscience va avancer dans votre corps astral. Si vous avez de sérieux doutes quant à son fonctionnement et que vous ouvrez les yeux prématurément, votre conscience va se refermer comme une balle sur un élastique et revenir dans votre corps énergétique. Au lieu de cela, gardez les yeux fermés et ayez la foi que votre conscience avance. Continuez à pousser votre conscience aussi fort que vous le pouvez, comme si vous marchiez sous l'eau, jusqu'à ce que vous soyez à environ cinq mètres de votre corps. Bien sûr, comme vos yeux sont fermés, vous ne pouvez qu'estimer approximativement la distance, alors ne soyez pas obsédé par la distance, faites simplement une estimation. Une fois que vous êtes en sécurité à quinze pieds de votre corps, vous pouvez ouvrir les yeux, alors vous serez dans votre corps astral et libre d'errer.

Auteur: Peterson Bob Robert

Info: Le 5 août 2002

[ astral mode d'emploi ] [ hypnagogie ] [ détermination ]

Internet

Les effets psychiques du world wide web

Certains chercheurs comparent le "changement cérébral" induit par l'usage des outils informatiques avec le changement climatique. Si les enfants ont gagné des aptitudes en termes de vitesse et d'automatisme, c'est parfois au détriment du raisonnement et de la maîtrise de soi.

De plus en plus de personnes sont rivées à l'écran de leur smartphone ou occupées à photographier tout ce qu'elles croisent... Face à cet usage déferlant de nouveaux outils technologiques, de nombreux chercheurs s'attachent déjà à étudier les modifications éventuellement cérébrales et cognitives susceptibles d'émerger, spécialement chez les plus jeunes. Mieux, ils nous alertent sur ces phénomènes.

C'est le cas notamment, en France, du Pr Olivier Houdé, directeur du laboratoire de psychologie du développement et de l'éducation de l'enfant du CNRS-La Sorbonne, et auteur du livre "Apprendre à résister" (éd. Le Pommier).

S'intéressant à la génération qui a grandi avec les jeux vidéo et les téléphones portables, il affirme que, si ces enfants ont gagné des aptitudes cérébrales en termes de vitesse et d'automatismes, c'est au détriment parfois du raisonnement et de la maîtrise de soi.

Éduquer le cerveau

"Le cerveau reste le même", déclarait-il récemment, "mais ce sont les circuits utilisés qui changent. Face aux écrans, et du coup dans la vie, les natifs du numérique ont une sorte de TGV cérébral, qui va de l'oeil jusqu'au pouce sur l'écran. Ils utilisent surtout une zone du cerveau, le cortex préfrontal, pour améliorer cette rapidité de décision, en lien avec les émotions. Mais cela se fait au détriment d'une autre fonction de cette zone, plus lente, de prise de recul, de synthèse personnelle et de résistance cognitive.

" Aussi le chercheur en appelle-t-il à une éducation qui apprendrait à nos enfants à résister : "Éduquer le cerveau, c'est lui apprendre à résister à sa propre déraison", affirme-t-il. "Un vrai défi pour les sciences cognitives et pour la société d'aujourd'hui."

Le virtuel est donc clairement suspecté de nous atteindre dans le fonctionnement le plus intime de notre être.

Un nouvel "opium du peuple"

Il suffit d'ailleurs d'observer autour de soi les modifications comportementales qu'il entraîne : incapacité de maintenir une conversation ou de rester concentré sur un document ; facilité "brutale" à se déconnecter d'un échange relationnel comme on se débranche d'une machine, etc.

Le philosophe et artiste Hervé Fischer, qui signe l'un des essais les plus intéressants du moment sur "La Pensée magique du Net" (éd. François Bourin), considère lui aussi que si les jeunes sont "les plus vulnérables" à l'aliénation rendue possible par le Net, car ils mesurent leur existence à leur occurrence sur les réseaux sociaux, cela concerne aussi les adultes : "On peut avoir le sentiment qu'on a une vie sociale parce qu'on a des centaines d'amis sur le Net, ou qu'on est très actif et entreprenant parce qu'on échange sans cesse des commentaires et des informations numériques", explique-t-il. "Le retour au réel est alors encore plus difficile. On vit une pseudo-réalisation de soi, virtuelle elle aussi, et la "descente" de ce nouvel "opium du peuple" peut faire très mal à ceux qui ont une existence déjà frustrante sur bien des points." Cette existence qui se mesure et s'expérimente désormais à travers un profil numérique alerte aussi, en Grande-Bretagne, la grande spécialiste de la maladie d'Alzheimer, le Pr Susan Greenfield, qui parle de "changement cérébral" comme on parle de "changement climatique".

Elle s'inquiète des modifications identitaires provoquées par un usage intensif d'internet : "C'est presque comme si un événement n'existe pas tant qu'il n'a pas été posté sur Facebook, Bebo ou YouTube", écrivait-elle récemment dans le Daily Mail. "Ajoutez à cela l'énorme quantité d'informations personnelles désormais consignées sur internet - dates de naissances, de mariages, numéros de téléphone, de comptes bancaires, photos de vacances - et il devient difficile de repérer avec précision les limites de notre individualité. Une seule chose est certaine : ces limites sont en train de s'affaiblir."

Être là

Mais on peut aussi se demander : pourquoi un tel impact ? Pour Hervé Fischer, si internet est aussi "addictif", c'est parce que la société "écranique" réveille nos plus grandes mythologies, dont le rêve de retourner en un seul clic à la matrice collective, et de se perdre alors dans le sentiment océanique d'appartenir à la communauté humaine. "Ce qui compte, c'est d'être là", explique le philosophe. "On poste un tweet et ça y est, on se sent exister." Versants positifs de cette "nouvelle religion" ? "24 heures sur 24, les individus de plus en plus solitaires peuvent, quand ils le veulent, se relier aux autres", observe Hervé Fischer. Et, tout aussi réjouissant, chacun peut gagner en "conscience augmentée", notamment en se promenant de liens en liens pour approfondir ses connaissances.

Désormais, c'est certain, grâce à la Toile, on ne pourra plus dire "qu'on ne savait pas". Le Figaro Smartphone, tablette, etc.

Diminution de la matière grise

Selon les neuroscientifiques Kep Kee Loh et Dr. Ryota Kanai, de l'Université de Sussex, l'usage simultané de téléphones mobiles, ordinateurs et tablettes changerait la structure de nos cerveaux.

Les chercheurs ont constaté une diminution de la densité de la matière grise du cerveau parmi des personnes qui utilisent habituellement et simultanément plusieurs appareils par rapport à des personnes utilisant un seul appareil occasionnellement (publication : "Plos One", septembre 2014).

Interview de Michael Stora, psychologue et psychanalyste, fondateur de l'Observatoire des mondes numériques en sciences humaines (OMNSH) et qui a notamment écrit "Les écrans, ça rend accro..." (Hachette Littératures).

- Selon vous, quel impact majeur ont les nouvelles technologies sur notre psychisme ?

- Je dirais tout ce qui relève du temps. Compressé par l'usage immédiat des smartphones et autres ordinateurs mobiles, celui-ci ne permet plus ni élaboration de la pensée ni digestion des événements. Et l'impatience s'en trouve exacerbée. Ainsi, nous recevons de plus en plus de patients qui demandent à être pris en charge "en urgence". Or, de par notre métier, nous avons appris qu'en réalité - et hors risque suicidaire - il n'y en a pas. Chacun est donc confronté à sa capacité à supporter le manque (quand arrivera la réponse à ce mail, ce texto ?) et se retrouve pris dans la problématique très régressive du nourrisson qui attend le sein.

- En quoi notre capacité de penser s'en trouve-t-elle affectée ?

- Les formats des contenus deviennent si courts, le flux d'informations si incessant que réfléchir devient impossible, car cela demande du temps. Regardez Twitter : son usager ne devient plus qu'un médiateur, il partage rapidement un lien, s'exprime au minimum, on est dans la violence du "sans transition"... Il est évident que l'être humain ne peut traiter tant d'informations, et l'on observe déjà que la dimension analytique s'efface au profit d'une dimension synthétique. Cela semble assez logique : la Toile a été créée par des ingénieurs adeptes d'une pensée binaire, structurée sur le 0 ou le 1 et sans autres ouvertures. Il faudrait vraiment que les sciences humaines soient invitées à participer davantage à ces entreprises, cela permettrait de sortir d'un fonctionnement en boucle où l'on vous repropose sans cesse le même type de produits à consommer par exemple.

- Mais beaucoup parviennent aussi à s'exprimer grâce à Internet ?

- C'est vrai, si l'on regarde Facebook par exemple, le nombre de personnes occupées à remplir leur jauge narcissique est très élevé. Mais il y a de moins en moins de créativité sur la Toile. Auparavant, un certain second degré, qui a pu donner naissance à des sites comme viedemerde.com par exemple, dont la dimension auto-thérapeutique est certaine, dominait. Mais aujourd'hui, la réelle création de soi a disparu. Il s'agit d'être sans arrêt dans la norme, ou dans une version fortement idéalisée de soi. À force de gommer "ce qui fâche", les mauvais côtés de la vie, les efforts ou les frustrations inévitables, on est alors dans un exhibitionnisme de soi très stérile et régressif qui révèle seulement l'immense besoin de chacun d'être valorisé. L'usager souhaite être "liké" (quelqu'un a répondu au message laissé sur Facebook) pour ce qu'il est, pas pour ce qu'il construit, comme le petit enfant à qui l'on répète "qu'il est beau !" sans même qu'il ait produit de dessin.

- Internet rend-il exhibitionniste ?

- Je pense que la Toile ne fait que révéler ce que nous sommes profondément. Regardez comme les internautes qui "commentent" en France sont critiques et râleurs, exactement comme on imagine les Français... Et c'est vrai, j'ai été surpris de constater cet exhibitionnisme fou dans notre pays. Avec les "blacklists", la violence de la désinhibition et des critiques qui laissent peu de possibilité d'échanger, une certaine froideur narcissique l'emporte. Ce que l'on observe, c'est qu'il y a plus d'humains enrôlés dans l'expérience du Web, mais moins d'humanité.

Auteur: Journaldujura.ch

Info: Keystone, 1er mai 2015

[ lecture ] [ historique ] [ évolution ]

microbiote

Un chef d'orchestre de la subtile symphonie d'Evolution

Le biologiste Richard Lenski pensait que son expérience à long terme sur l'évolution pourrait durer 2 000 générations. Près de trois décennies et plus de 65 000 générations plus tard, il est toujours étonné par " l’incroyable inventivité " de l’évolution.

Au début de sa carrière, le biologiste décoré Richard Lenski pensait qu'il pourrait être contraint d'évoluer. Après l’annulation de sa subvention de recherche postdoctorale, Lenski a commencé à envisager provisoirement d’autres options. Avec un enfant et un deuxième en route, Lenski a assisté à un séminaire sur l'utilisation de types spécifiques de données dans un contexte actuariel* – le même type de données avec lequel il avait travaillé lorsqu'il était étudiant diplômé. Lenski a récupéré la carte de visite du conférencier, pensant qu'il pourrait peut-être mettre à profit son expérience dans une nouvelle carrière.

"Mais ensuite, comme c'est parfois le cas - et j'ai eu beaucoup de chance - le vent a tourné", a déclaré Lenski à Quanta Magazine dans son bureau de la Michigan State University. " Nous avons obtenu le renouvellement de la subvention et peu de temps après, j'ai commencé à recevoir des offres pour être professeur. 

Lenski, professeur d'écologie microbienne à l'État du Michigan, est surtout connu pour ses travaux sur ce que l'on appelle l' expérience d'évolution à long terme . Le projet, lancé en 1988, examine l'évolution en action. Lui et les membres de son laboratoire ont cultivé 12 populations d' E. coli en continu depuis plus de 65 000 générations, suivant le développement et les mutations des 12 souches distinctes.

Les résultats ont attiré l’attention et les éloges – y compris une bourse " genius " MacArthur, que Lenski a reçue en 1996 – à la fois pour l’énormité de l’entreprise et pour les découvertes intrigantes que l’étude a produites. Plus particulièrement, en 2003, Lenski et ses collaborateurs ont réalisé qu'une souche d' E. coli avait développé la capacité d'utiliser le citrate comme source d'énergie, ce qu'aucune population précédente d' E. coli n'était capable de faire.

Lenski s'intéresse également aux organismes numériques, c'est-à-dire aux programmes informatiques conçus pour imiter le processus d'évolution. Il a joué un rôle déterminant dans l’ouverture du Beacon Center dans l’État du Michigan, qui donne aux informaticiens et aux biologistes évolutionnistes l’opportunité de forger des collaborations uniques.

Quanta Magazine a rencontré Lenski dans son bureau pour parler de ses propres intérêts évolutifs dans le domaine de la biologie évolutive – et du moment où il a presque mis fin à l'expérience à long terme. 

QUANTA MAGAZINE : Quels types de questions ont été les moteurs de votre carrière ?

RICHARD LENSKI : Une question qui m'a toujours intrigué concerne la reproductibilité ou la répétabilité de l'évolution . Stephen Jay Gould, paléontologue et historien des sciences, a posé cette question : si nous pouvions rembobiner la bande de la vie sur Terre, à quel point serait-elle similaire ou différente si nous regardions l'ensemble du processus se reproduire ? L’expérimentation à long terme que nous menons nous a permis de rassembler de nombreuses données sur cette question.

Alors, l’évolution est-elle reproductible ?

Oui et non! Je dis parfois aux gens que c'est une question fascinante et motivante, mais à un certain niveau, c'est une question terrible, et on ne dirait jamais à un étudiant diplômé de s'y poser. C’est parce qu’elle est très ouverte et qu’il n’y a pas de réponse très claire.

Grâce à cette expérience à long terme, nous avons vu de très beaux exemples de choses remarquablement reproductibles, et d'autre part des choses folles où une population s'en va et fait des choses qui sont complètement différentes des 11 autres populations de la planète dans l' expérience.

Comment vous est venue l’idée de cette expérience à long terme ?

Je travaillais déjà depuis plusieurs années sur l'évolution expérimentale des bactéries, ainsi que des virus qui infectent les bactéries. C'était fascinant, mais tout est devenu si compliqué si vite que j'ai dit : " Réduisons l'évolution à sa plus simple expression. " En particulier, j'ai voulu approfondir cette question de reproductibilité ou répétabilité de l'évolution. Et pour pouvoir l'examiner, je voulais un système très simple. Lorsque j'ai commencé l'expérience à long terme, mon objectif initial était de l'appeler expérience à long terme lorsque j'arriverais à 2 000 générations.

Combien de temps cela vous a-t-il pris ?

La durée réelle de l'expérience a duré environ 10 ou 11 mois, mais au moment où nous avons collecté les données, les avons rédigées et publié l'article, il nous a fallu environ deux ans et demi. À ce moment-là, l’expérience avait déjà dépassé 5 000 générations et j’ai réalisé qu'il fallait la poursuivre.

Pensiez-vous que l’expérience se poursuivrait aussi longtemps ?

Non, non... il y a eu une période de cinq ans, peut-être de la fin des années 90 au début des années 2000, pendant laquelle j'ai réfléchi à la possibilité d'arrêter l'expérience. C'était pour plusieurs raisons différentes. La première était que je devenais accro à cette autre façon d’étudier l’évolution, qui impliquait d’observer l’évolution dans des programmes informatiques auto-réplicatifs, ce qui était absolument fascinant. Soudain, j'ai découvert cette manière encore plus brillante d'étudier l'évolution, où elle pouvait s'étendre sur encore plus de générations et faire encore plus d'expériences, apparemment plus soignées.

Comment votre vision de l’étude de l’évolution via ces organismes numériques a-t-elle évolué au fil du temps ?

J’ai eu ce genre d’" amour de chiot " lorsque j’en ai entendu parler pour la première fois. Au début, c'était tellement extraordinairement intéressant et excitant de pouvoir regarder des programmes auto-répliquants, de pouvoir changer leur environnement et d'observer l'évolution se produire.

L’un des aspects les plus passionnants de l’évolution numérique est qu’elle montre que nous considérons l’évolution comme une affaire de sang, d’intestins, d’ADN, d’ARN et de protéines. Mais l’idée d’évolution se résume en réalité à des idées très fondamentales d’hérédité, de réplication et de compétition. Le philosophe des sciences Daniel Dennett a souligné que nous considérons l’évolution comme cette instanciation, cette forme de vie biologique, mais que ses principes sont bien plus généraux que cela.

Je dirais que mes dernières orientations de recherche ont consisté principalement à discuter avec des collègues très intelligents et à siéger à des comités d'étudiants diplômés qui utilisent ces systèmes. Je suis moins impliqué dans la conception d'expériences ou dans la formulation d'hypothèses spécifiques, car ce domaine évolue extrêmement rapidement. Je pense que j'ai eu beaucoup de chance de pouvoir cueillir certains des fruits les plus faciles à trouver, mais maintenant j'ai l'impression d'être là en tant que biologiste, critiquant peut-être des hypothèses, suggérant des contrôles qui pourraient être effectués dans certaines expériences.

Votre intérêt pour les organismes numériques est donc l’une des raisons pour lesquelles vous avez envisagé de mettre fin à l’expérience à long terme. Quel était l'autre ?

À ce stade, l’autre chose qui était un peu frustrante dans les lignes à long terme était que la vitesse à laquelle les bactéries évoluaient ralentissait. À la façon dont j’y pensais, c’était presque comme si l’évolution s’était arrêtée. Je pensais que c'était tout simplement un environnement trop simple et qu'ils n'avaient pas grand-chose à faire de plus.

Donc ces deux choses différentes m’ont fait réfléchir à arrêter l’expérience. Et j'ai parlé à quelques collègues et ils m'ont dit en gros : tu ne devrais pas faire ça. D’ailleurs, j’en ai parlé avec ma femme, Madeleine, lorsque je commençais à m’intéresser beaucoup à ces organismes numériques – nous étions d’ailleurs en congé sabbatique en France à cette époque – et je lui ai dit : " Peut-être que je devrais appeler chez moi et fermer le labo. " Et elle a dit : " Je ne pense pas que tu devrais faire ça. "

Pourquoi votre femme et vos collègues ont-ils eu cette réaction ?

L’expérience s’était déjà avérée très rentable au sens scientifique, fournissant des données très riches sur la dynamique du changement évolutif. C’était plus ou moins unique dans les échelles de temps étudiées. Je pense donc que c’était de très bons conseils qu’ils m’ont donné. Je ne sais pas si j’aurais déjà pu débrancher moi-même. J'étais certainement un peu frustré et j'y pensais – mais de toute façon, les gens ont dit non !

Avez-vous dépassé le palier où vous disiez avoir l’impression que les organismes n’évoluaient pas tellement ?

C’est en fait l’une des découvertes vraiment intéressantes de l’expérience. Lorsque j’ai commencé l’expérience à long terme, je pensais que les bactéries atteindraient rapidement une sorte de limite à leur croissance. Il y a seulement quelques années, nous avons commencé à réaliser que les bactéries seraient toujours capables de dépasser tout ce que nous avions déduit dans le passé quant à leur limite stricte. J’ai réalisé que nous n’y réfléchissions tout simplement pas de la bonne manière. Même dans l’environnement le plus simple, il est toujours possible pour les organismes de réaliser n’importe quelle étape de leur métabolisme, ou n’importe quelle étape de leur biochimie, un peu mieux. Et la sélection naturelle, même si elle ne réussit pas à chaque étape, favorisera toujours, à long terme, ces améliorations subtiles.

Une lignée de bactéries a développé la capacité d’utiliser le citrate comme source de nourriture. Est-ce que cela s'est produit avant ou après que vous envisagiez d'arrêter l'expérience ?

C’est l’une des choses qui m’a fait réaliser que nous n’arrêterions pas l’expérience. En 2003, une lignée a développé la capacité d’utiliser le citrate. Cela a changé la donne : se rendre compte que même dans cet environnement extrêmement simple, les bactéries devaient évoluer et comprendre certaines choses importantes.

J’aime dire que les bactéries dînaient tous les soirs sans se rendre compte qu’il y avait ce bon dessert citronné juste au coin de la rue. Et jusqu’à présent, même après 65 000 générations, seule une population sur 12 a compris comment consommer ce citrate.

Vous avez également mentionné que certaines populations au sein de votre expérience ont développé des mutations à un rythme plus élevé. A quoi cela ressemble-t-il?

Après plus de 60 000 générations, six des 12 populations ont évolué pour devenir hypermutables. Elles ont développé des changements dans la réparation de leur ADN et dans les processus métaboliques de l'ADN, ce qui les amène à avoir de nouvelles mutations quelque part de l'ordre de 100 fois la vitesse à laquelle l'ancêtre [au début de l'expérience] le faisait.

C'est un processus très intéressant, car il est à la fois bon et mauvais du point de vue des bactéries. C'est mauvais car la plupart des mutations sont nocives ou, au mieux, neutres. Seule une rare pépite dans cette mine est une mutation bénéfique. Les bactéries qui ont le taux de mutation le plus élevé sont un peu plus susceptibles de découvrir l’une de ces pépites. Mais d’un autre côté, ils sont également plus susceptibles de produire des enfants et petits-enfants porteurs de mutations délétères.

La lignée capable de consommer du citrate faisait-elle partie du groupe qui avait évolué pour devenir hypermutable ?

C'est une excellente question. La lignée qui a développé la capacité d’utiliser le citrate n’avait pas un taux de mutation élevé. Il est intéressant de noter qu’il est devenu l’un de ceux présentant un taux de mutation plus élevé, mais seulement après avoir développé la capacité d’utiliser le citrate. Cela est cohérent avec l’avantage du taux de mutation plus élevé – la capacité supplémentaire d’exploration. Les bactéries étaient en fait assez mauvaises pour utiliser le citrate au départ, donc il y avait beaucoup d'opportunités après qu'elles aient développé la capacité d'utiliser le citrate pour affiner cette capacité.

Comment l’expérience à long terme vous aide-t-elle à comprendre l’évolution de la vie à plus grande échelle ?

Pour moi, l’une des leçons de cette expérience à long terme a été de constater à quel point la vie peut être riche et intéressante, même dans l’environnement le plus ennuyeux et le plus simple. Le fait que l’évolution puisse générer cette diversité et découvrir des portes légèrement entrouvertes qu’elle peut franchir témoigne de l’incroyable inventivité de l’évolution. Et s’il peut être si inventif et créatif à cette minuscule échelle spatiale et temporelle, et dans un environnement aussi ennuyeux, cela me suscite encore plus de respect, quand je pense à quel point il est remarquable dans la nature.

Qu’est-ce qui vous a le plus surpris dans ce projet ?

Que ça continue après toutes ces années. L’un de mes objectifs dans la vie est de faire en sorte que l’expérience continue. J'aimerais lever une dotation pour poursuivre l'expérience à perpétuité.

Qu’espérez-vous pour l’expérience à long terme dans le futur ?

J’espère que ce projet apportera bien d’autres surprises. Par exemple, deux lignées coexistent depuis 60 000 générations dans l’une des populations, où l’une se nourrit du produit que l’autre génère. Je pense qu'il est fascinant de se demander si, à un moment donné, cela pourrait se transformer en quelque chose qui ressemble davantage à une interaction prédateur-proie. Ce n’est certainement pas hors du domaine des possibles. Si cela arriverait un jour, je ne sais pas.

Cela a également été une immense joie de travailler avec des étudiants, des postdoctorants et des collaborateurs, et de les voir grandir et se développer. C'est vraiment la plus grande joie pour moi d'être un scientifique. J'aime dire aux gens que je suis bigame. J'ai deux familles : ma famille de laboratoire et ma famille biologique, et elles sont toutes les deux incroyablement merveilleuses.

Auteur: Internet

Info: Logan Zillmer pour Quanta Magazine - * Relatif aux méthodes mathématiques des actuaires

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