morte saison

En hiver la terre pleure;

Le soleil froid, pâle et doux,

Vient tard, et part de bonne heure,

Ennuyé du rendez-vous.



Leurs idylles sont moroses.

- Soleil! aimons! - Essayons.

O terre, où donc sont tes roses?

- Astre, où donc sont tes rayons?



Il prend un prétexte, grêle,

Vent, nuage noir ou blanc,

Et dit : - C'est la nuit, ma belle! –

Et la fait en s'en allant;



Comme un amant qui retire

Chaque jour son coeur du noeud,

Et, ne sachant plus que dire,

S'en va le plus tôt qu'il peut.

Auteur: Hugo Victor

Info: En hiver la terre pleure

[ poème ]

mythes

"Sache, mon doux ami, qu'il existe dans les éléments des êtres qui ont l'apparence d'êtres humains, et qui pourtant ne se laissent voir que rarement à ceux-ci. Dans les flammes reluisent et se jouent les bizarres salamandres ; aux profondeurs de la terre, habitent des gnomes malicieux et grêles ; les forêts sont le domaine des sylvains et des hamadryades ; les sylphes voltigent légers par les nuages et par les airs ; et dans les mers, les lacs, les torrents et les ruisseaux, vit le peuple innombrable des Ondins. Ils habitent de magnifiques palais de cristal, qui leur laissent apercevoir le ciel, le soleil et les claires étoiles ; dans leurs jardins s'élèvent de beaux arbres de corail chargés de fruits d'azur et de pourpre ; ils marchent sur un sable pur parsemé de beaux coquillages aux mille couleurs."

Auteur: La Motte-Fouqué, Frédéric Henri Charles de

Info: In "Ondine", éd. José Corti, p. 64-65

[ féerie ]

météo

Si l’on considère que l’homme a contraint l’électricité à transporter instantanément ses pensées au-delà des mers et sa voix à de lointaines distances, qu’il l’a contrainte à l’éclairer la nuit, à la façon dont le soleil l’éclaire le jour, est-il permis de douter qu’il la contraindra à éclairer la pluie déclenchée par ses soins ? Je crois qu’un temps viendra où tous les États refondront leurs armées en régiments de fusées qui lanceront leurs armes modifiées non les uns contre les autres pour faire couler le sang des hommes, mais dans les nuées célestes pour faire tomber la pluie, dans le ciel immaculé pour y forme des nuages de pluie ; je crois que les armées lutteront victorieusement contre les nuages de grêle, protégeant contre elle les champs des civils. Mais pour cela il est nécessaire d’étudier l’orage, ce qu’ont d’ores et déjà entrepris tous les États.

Auteur: Liadski Zakhar Antonovitch

Info: Nouvelle explication de l’orage, 1885

[ maîtrise des éléments ]

digestion

Dans l’estomac, la production importante d’acide diminue la prolifération d’un grand nombre de bactéries dans ce dernier et dans l’intestin grêle (ou "petit intestin"). Puis, dans le gros intestin, la fermentation des glucides commence dans la partie ascendante (à votre droite). On parle ici de flore de fermentation et c’est là qu’on retrouve la majorité des bactéries "bénéfiques". Plus loin, dans la partie descendante (à votre gauche), le pH diminue, c’est là que se fera la majeure partie de la fermentation des protéines. Cette fermentation peut produire des toxines et des molécules cancérigènes. C’est également ici qu’on retrouvera le plus de bactéries potentiellement pathogènes. On parle alors de flore de putréfaction. Il y a donc une cohabitation constante entre deux flores dans l’intestin dont l’équilibre est assuré par notre organisme. Tout d’abord de manière indirecte : lorsque l’alimentation est adaptée (fibres fermentables), les bactéries de la flore de fermentation prolifèrent, repoussant ainsi la flore de putréfaction. Puis de manière directe : si l’alimentation entraîne une prolifération de la flore de putréfaction, l’activité locale du système immunitaire augmente et l’organisme tente d’abaisser le pH localement afin d’éviter le développement des mauvaises bactéries. Il peut également accélérer le transit dans le but de les éliminer. C’est pourquoi une trop faible consommation de fibres peut provoquer aussi bien une constipation (phénomène mécanique) qu’une diarrhée (par manque de bonnes bactéries).

Auteur: Venesson Julien

Info: Dans "Nutrition de la force", pages 33-34

[ flore intestinale ] [ microbiote ] [ gastro-entérite ] [ dysenterie ] [ tourista ] [ chiasse ]

environnement

Par la destruction des forêts, l’Humanité a rompu l’Harmonie de la Nature. Elle s’est exposée à l’action directe des éléments, y a exposé les animaux et les plantes dont elle fait sa nourriture et tous ont connu la maladie. La petite végétation privée de son abri, les arbres, est souvent détruite par le froid, la grêle, ou les ardeurs du soleil, et l’homme connaît la disette. Dès lors, menacé par la maladie et la famine il a cherché et trouvé… des palliatifs, qui eux-mêmes sont des dangers nouveaux. En déboisant il a opéré l’extinction de la faune et de la flore originaires, et il a dû cultiver ; il a tari les sources et cours d’eau ; il a dû construire canaux et aqueducs, il a bâti des cités, aggloméré les habitations et les détritus, a connu l’épidémie et aussi la médecine. Son système d’existence est devenu l’antithèse de sa constitution physique, ses sens s’affaiblissent, mais pour les yeux éteints, il a fait des lunettes, des béquilles pour les jambes fléchissantes ; des pilules pour son anémie, du bromure pour sa scrofule. Obligé d’aller chercher au loin ce qu’il a détruit chez lui, il franchit l’Océan ou fait naufrage ; lance sur des voies ferrées des locomotives qui déraillent, tamponnent, écrabouillent, coupant bras et jambes qu’il remplace avantageusement par un pilon ou un crochet.

Enfin, lorsqu’il aura anéanti tout ce qui se produit naturellement, l’eau, l’air, les plantes et les animaux, il sera contraint de se les procurer artificiellement, grâce à des moyens scientifiques et en travaillant du matin au soir. Ce sera là un avantage évident.

Auteur: Gravelle Emile

Info: L’état naturel et la part du prolétaire dans la civilisation, n°3, juillet-août

[ conséquences ] [ asservissement ] [ cercle vicieux ] [ désavantages ] [ déforestation ]

première fois

Il la saisit à bras le corps, rageusement, comme affamé d’elle ; et il parcourait de baisers rapides, de baisers mordants, de baisers fous, toute sa face et le haut de sa gorge, l’étourdissant de caresses. Elle avait ouvert les mains et restait inerte sous ses efforts, ne sachant plus ce qu’elle faisait, ce qu’il faisait, dans un trouble de pensée qui ne lui laissait rien comprendre. Mais une souffrance aiguë la déchira soudain ; et elle se mit à gémir, tordue dans ses bras, pendant qu’il la possédait violemment.

Que se passa-t-il ensuite ? Elle n’en eut guère le souvenir, car elle avait perdu la tête ; il lui sembla seulement qu’il lui jetait sur les lèvres une grêle de petits baisers reconnaissants.

Puis il dut lui parler et elle dut lui répondre. Puis il fit d’autres tentatives qu’elle repoussa avec épouvante ; et comme elle se débattait, elle rencontra sur sa poitrine ce poil épais qu’elle avait déjà senti sur sa jambe et elle se recula de saisissement.

Las enfin de la solliciter sans succès, il demeura immobile sur le dos.

Alors elle songea ; elle se dit, désespérée jusqu’au fond de son âme, dans la désillusion d’une ivresse rêvée si différente, d’une chère attente détruite, d’une félicité crevée : "Voilà donc ce qu’il appelle être sa femme ; c’est cela ! c’est cela !"

Et elle resta longtemps ainsi, désolée, l’œil errant sur les tapisseries du mur, sur la vieille légende d’amour qui enveloppait sa chambre.

Mais, comme Julien ne parlait plus, ne remuait plus, elle tourna lentement son regard vers lui, et elle s’aperçut qu’il dormait ! Il dormait, la bouche entr’ouverte, le visage calme ! Il dormait !

Elle ne le pouvait croire, se sentant indignée, plus outragée par ce sommeil que par sa brutalité, traitée comme la première venue. Pouvait-il dormir une nuit pareille ? Ce qui s’était passé entre eux n’avait donc pour lui rien de surprenant ? Oh ! elle eût mieux aimé être frappée, violentée encore, meurtrie de caresses odieuses jusqu’à perdre connaissance.

Auteur: Maupassant Guy de

Info: Dans "Une vie", éditions Gallimard, 1974, pages 97-98

[ point de vue féminin ] [ baise ] [ relation sexuelle ] [ déception ]

principe de précaution

Un point semble acquis depuis que la canicule, en août dernier, a fait les ravages que l’on sait : notre société doit se doter de toute urgence d’outils susceptibles d’anticiper les situations à risque, de les repérer, de les renifler, de les identifier si possible avant même qu’elles ne se connaissent elles-mêmes. 

L’idéal serait d’écraser le serpent dans l’œuf avant que l’œuf ne soit pondu. Avant que le serpent ne songe à le pondre. Avant que le serpent n’existe. Avant la Genèse, en somme. Avant le monde, cet amas infernal d’aléas de toutes sortes, de dangers toujours nouveaux, toujours en devenir et toujours surprenants, et qui ne veulent pas dire leur nom avant de se manifester dans toute leur ampleur dévastatrice. [...] On a fait sévèrement grief au gouvernement de ne pas avoir reconnu le risque alors qu’il était encore incertain. Et aux autorités sanitaires d’avoir fait montre, les premiers jours, d’un déficit flagrant de réactivité par rapport à un phénomène encore relativement invisible. Mais aussi aux municipalités et aux conseils généraux, qui auraient pu trouver sans grande difficulté les moyens et les énergies nécessaires pour organiser des actions préventives et anticipatrices de prophylaxie et de contraception si seulement ils avaient pensé à penser à la canicule avant que tout le monde y pense. Mais ils n’ont pas pensé à y penser. D’où les dysfonctionnements dont on les accuse et dont ils essaient tant bien que mal, plutôt mal que bien, de se disculper.

Mais on ne les y reprendra plus. Ils vont travailler désormais sur toutes les menaces et suspensions. Sur les prochaines canicules, bien entendu, et sur les inondations, sur les orages, sur les incendies, sur les ouragans, sur les tremblements de terre, sur les tempêtes de grêle, sur les marées noires. Sur les épidémies en projet et sur les intentions de pandémies. Sur le vent, sur la pluie, sur la neige. Sur les déluges et sur les crues. Sur les giboulées de feu, les inondations de vent, les fournaises de neige. Sur le cyanure qu’un dingue injectera un de ces jours dans les yaourts des supermarchés. Ou dans les petits pots de bébé.

Auteur: Muray Philippe

Info: Dans "Exorcismes spirituels, tome 4", Les Belles Lettres, Paris, 2010, page 1720

[ sécurité ] [ absurde ] [ pouvoir prophétique ] [ peur ]

impassible gaïa

Il y a de grandes flaques de sang sur le monde

où s'en va-t-il tout ce sang répandu

est-ce la terre qui le boit et qui se saoule

drôle de soûlographie alors

si sage... si monotone...

Non la terre ne se saoule pas

la terre ne tourne pas de travers

elle pousse régulièrement sa petite voiture ses quatre saisons

la pluie... la neige...

la grêle... le beau temps...

jamais elle n'est ivre

c'est à peine si elle se permet de temps en temps

un malheureux petit volcan

Elle tourne la terre

elle tourne avec ses arbres... ses jardins... ses maisons...

elle tourne avec ses grandes flaques de sang

et toutes les choses vivantes tournent avec elle et saignent...

Elle elle s'en fout

la terre

elle tourne et toutes les choses vivantes se mettent à hurler



elle s'en fout

elle tourne

elle n'arrête pas de tourner

et le sang n'arrête pas de couler...

Où s'en va-t-il tout ce sang répandu

le sang des meurtres... le sang des guerres...

le sang de la misère...

et le sang des hommes torturés dans les prisons...

le sang des enfants torturés tranquillement par leur papa et leur maman...

Et le sang des hommes qui saignent de la tête

dans les cabanons...

et le sang du couvreur

quand le couvreur glisse et tombe du toit

Et le sang qui arrive et qui coule à grands flots

avec le nouveau-né... avec l'enfant nouveau...

la mère qui crie... l'enfant pleure...

le sang coule... la terre tourne

la terre n'arrête pas de tourner

le sang n'arrête pas de couler

Où s'en va-t-il tout ce sang répandu

le sang des matraqués... des humiliés...

des suicidés... des fusillés... des condamnés...

et le sang de ceux qui meurent comme ça... par accident

Dans la rue passe un vivant

avec tout son sang dedans

soudain le voilà mort

et tout son sang est dehors

et les autres vivants font disparaître le sang

ils emportent le corps

mais ils est têtu le sang

et là où était le mort

beaucoup plus tard tout noir

un peu de sang s'étale encore...

sang coagulé



rouille de la vie rouille des corps

sang caillé comme le lait

comme le lait quand il tourne

quand il tourne comme la terre

comme la terre qui tourne

avec son lait... avec ses vaches...

avec ses vivants... avec ses morts...

la terre qui tourne avec ses arbres... ses vivants... ses

maisons... la terre qui tourne avec les mariages... les enterrements... les coquillages... les régiments...



la terre qui tourne et qui tourne avec ses grands ruisseaux de sang.

Auteur: Prévert Jacques

Info: Chanson dans le sang

[ impersonnelle ] [ neutre ] [ humaine barbarie ]

antisémitisme

Qu’est-ce qui rentre dur et sort mou ?" Voici une bonne devinette...

Ceux qui savent répondent : le biscuit !... Les films c’est pareil... Ils commencent durs et finissent mous... guimauve à la merde !... au jus "sentiment". Les foules se régalent, c’est leur bonheur, leur ivresse, il leur faut leur merde, leur bonne merde juive, merde-radio, merde-sport (tous les combats de boxe, toutes les compétitions de la route et du vélodrome sont truqués), merde-alcool, merde-crime, merde-politique, merde-cinéma, ils s’en font crever !... Jamais trop ! Jamais trop d’étrons ! Jamais trop coûteux ! La littérature d’ailleurs les prépare à bien apprécier cette jolie fiente. La littérature se met au niveau, il faut bien, des plus accablants scénarios, des plus surbranlés. Elle ne végète plus qu’à ce prix, ne sait plus comment s’enjuiver davantage, plaire par conséquent, s’envaser encore un peu plus, renchérir dans la sentimentalerie... Tout en étrons !... Plus près toujours ! Plus près du peuple ! Plus politique ! Plus démagogue ! L’esprit "banquiste" en somme... L’esprit du pitre Tabarin (1630 est déjà youtre)... Au prochain acte la puce savante ! Messieurs, Mesdames, le peuple vous renverra aux gogs un de ces trois matins !... Alors tous en prison !... et Robots Nom de Dieu !... et en avant le surréalisme !.. Le truc d’art moderne est encore plus simple !... je vais vous l’indiquer pour rien... Vous photographiez un objet, n’importe quel objet, chaise, parapluie, télescope, autobus, et puis vous le découpez en "puzzle"... Vous éparpillez les miettes, ces lambeaux, tout à travers une immense feuille de papier, vert, crème orange. Poésie !... Vous avez compris ?... Quand le robot veut de la poésie on le régale... Nous n’en sommes encore qu’au dernier stade de la décrépitude naturaliste, maniérée, cosmétiquée, napolitanisée, persuasive, flagornante, hurleuse. Vous attendrez quelques mois !... Vous l’aurez l’art robot ! On pourrit l’esclave aryen, on le prépare de toutes les manières : et tant qu’il peut s’en goinfrer !... Si quelque petit Juif s’amène, d’aventure détenteur d’une nouvelle façon de miner, d’ahurir encore mieux l’Aryen, plus intimement... Son avenir est assuré... Et quel avenir !... Quel contrat fulgurant ! Il ne faut à Hollywood que trois semaines de publicité mondiale intensive pour transmuter le plus grêle, frelaté, en train de surir normalement, rance ulcéromateux petit fifre de youtre en épatantissime Phénix, le réincarner Michel Ange ! Plus Rembrandt, plus Mirandole ! Voyez-vous d’ici ! Vous n’existez pas !... Le Juif est à l’origine de tout le cinéma... Aux commandes, Hollywood, Moscou, Billancourt... Meyers sur Meyers... Korda, Hayes, Zukor Chaplin, Paramount... Fairbank... Ulmann... Cantor..., etc., etc. Il est au milieu dans les salles "circuits", dans les rédactions... Les critiques. Il est au bout... à la caisse... Il est partout... Ce qui vient du Juif retourne aux Juifs ! Automatique !... Inexorablement. Ayant drainé au passage, repassage sur toutes les routes du monde, toute la subsistance spirituelle et tout le flouze des cons d’Aryens, abrutis, cocus, avinés, fanatisés par ces merdes ! Pour ces merdes ! Dans la merde !... Comme ils ont bien appris aux foules, les youtres de la pellicule, l’obscénité sentimentale ! Toutes les "caresses et les aveux" !... Le dépotoir des longs baisers... L’indignité... L’énorme dégueulis "d’Amour !"...

Le théâtre va culbuter, un soir, bientôt, tout entier, sans faire un gros plouf dans le cinéma !... étron tortilleur ! Dans la fosse commune, dans la gigantesque vidange ! Dans l’Attraction Universelle ! L’art mondial juif. Vous observerez que le courant de vedettes (tous grands génies évidemment, théâtreux et cinéatiques), se fait de plus en plus animé, intensif, ces derniers mois entre Hollywood, Moscou et les capitales d’Europe... Ces "artistes" ne voyagent qu’en service commandé... Ils participent tous à la grande colonisation mondiale par le cinéma juif... Chacun apportant à Hollywood tour à tour, sa petite trahison personnelle, ses petits renseignements intimes, ses petites félonies, infiniment anxieux de plaire encore aux Ben Mayer, Ben Zuckor... Frémissant de leur rapporter encore une autre ficelle émotive, volée aux arts autochtones, aux arts aryens, pour faire mieux encore passer la marchandise filmée juive pourrissante. Un petit secret de pénétration... Tout cela soigneusement rétribué, trafic abject je vous assure... spirituellement... Juifs de toutes les grimaces unissez-vous !... C’est fait !...

Autre trafic parallèle, pour les apprenties vedettes, entre l’Europe et Hollywood. Trafic des plus belles, des plus désirables petites Aryennes bien suceuses, bien dociles, bien sélectionnées, par les khédives négrites juifs d’Hollywood "Metteurs en scène" ( !) écrivains ( ?) gouines de pachas. Machinistes... banquiers assortis... Tous nos vizirs de l’Univers juif !... Ce n’est plus la route de Buenos... c’est la route de Californie et de "haut luxe" et vice versa. Les petits culs d’Aryennes, les plus tendres, bien junéviles, et mignons, tout ce qu’il y a de mieux dans le cheptel, absolument tout premier choix, pour les gros vielloques, négrifiants... les plus fermentées pourritures concentrées youtres du suprême cinéma !... Juif partout ! Au cul ! De tout ! Et dans la pipe !... le bon foutre juif !... Tu les boufferas les hémorroïdes du gros paneux, suiffeux fameux youtre, haineux pacha, petite sœur de race !... reine de beauté !... Ils en raffolent des chichis fourrés ! Tu n’as pas seize ans pour les prunes ! Tu veux faire carrière ?... Minois ? Tu veux être adulée ! Dis-moi ?... Tu veux être Reine de l’Univers juif ! Minute !... Attends un petit peu d’abord... frémissant ! A la pipe enfant !... Tu crois qu’il suffit d’être belle ?... Ouvre d’abord ton gentil ventre... Tu crois les journaux de cinéma ?... Tu n’as pas fini ! Tu veux passer souveraine, petite garce ?... Mondiale favorite ? Très bien ! Alors descends un petit peu d’abord à l’anus de M. Lévy-Lévy, dit Samuel l’Abyssin, dit Kalkeinstein, dit Ben Cinéma, lui amuser sa procidence... suce tout doucement le lourd paquet... qu’il t’éprouve !... Assez de phrases ! Là !... Ne crève rien de tes quenottes !... La gloire c’est un trou du cul ! bien compliqué, fragilement boursouflé, de suiffeux juif... doucement !... N’abîme rien, ma charmante, surtout ! Ne fais pas saigner M. Kalkeinstein... Il t’attend !... Dépêche-toi chérie. Tout doux !...

Auteur: Céline Louis-Ferdinand

Info: Bagatelles pour un Massacre, chap 10

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nanomonde

Comment l’IA impacte la recherche sur la structure des protéines

Chaque être humain possède plus de 20 000 protéines. Par exemple l’hémoglobine qui s’occupe du transport de l’oxygène depuis les poumons vers les cellules de tout le corps, ou encore l’insuline qui indique à l’organisme la présence de sucre dans le sang.

Chaque protéine est formée d’une suite d’acides aminés, dont la séquence détermine son repliement et sa structure spatiale – un peu comme si un mot se repliait dans l’espace en fonction des enchaînements de lettres dont il est composé. Cette séquence et ce repliement (ou structure) de la protéine déterminent sa fonction biologique : leur étude est le domaine de la « biologie structurale ». Elle s’appuie sur différentes méthodes expérimentales complémentaires, qui ont permis des avancées considérables dans notre compréhension du monde du vivant ces dernières décennies, et permet notamment la conception de nouveaux médicaments.

Depuis les années 1970, on cherche à connaître les structures de protéines à partir de la seule connaissance de la séquence d’acides aminés (on dit « ab initio »). Ce n’est que très récemment, en 2020, que ceci est devenu possible de manière quasi systématique, avec l’essor de l’intelligence artificielle et en particulier d’AlphaFold, un système d’IA développé par une entreprise appartenant à Google.

Face à ces progrès de l’intelligence artificielle, quel est désormais le rôle des chercheurs en biologie structurale ?

Pour le comprendre, il faut savoir qu’un des défis de la biologie de demain est la "biologie intégrative", qui a pour objectif de comprendre les processus biologiques au niveau moléculaire dans leurs contextes à l’échelle de la cellule. Vu la complexité des processus biologiques, une approche pluridisciplinaire est indispensable. Elle s’appuie sur les techniques expérimentales, qui restent incontournables pour l’étude de la structure des protéines, leur dynamique et leurs interactions. De plus, chacune des techniques expérimentales peut bénéficier à sa manière des prédictions théoriques d’AlphaFold.

(Photo) Les structures de trois protéines de la bactérie Escherichia coli, déterminées par les trois méthodes expérimentales expliquées dans l’article, à l’Institut de Biologie Structurale de Grenoble. Beate Bersch, IBS, à partir d’une illustration de David Goodsell, Fourni par l'auteur

La cristallographie aux rayons X

La cristallographie est, à cette date, la technique la plus utilisée en biologie structurale. Elle a permis de recenser plus de 170 000 structures de protéines dans la "Protein Data Bank", avec plus de 10 000 repliements différents.

Pour utiliser la cristallographie à rayons X, il faut faire "cristalliser les protéines". On dit souvent que cette technique est limitée par la qualité de cristaux de protéines, qui est moindre pour les grosses protéines. Mais cette notion ne correspond pas toujours à la réalité : par exemple, la structure du ribosome, l’énorme machine moléculaire qui assemble les protéines, a été résolue à 2,8 angströms de résolution. Venkatraman Ramakrishnan, Thomas Steitz et Ada Yonath ont reçu le prix Nobel de chimie en 2009 pour ce travail.

Avec le développement récent du laser X à électron libre (XFEL), il est devenu possible d’étudier simultanément des milliers de microcristaux de protéines à température ambiante et à l’échelle de la femtoseconde (10-15 secondes, soit un millionième de milliardième de seconde, l’échelle de temps à laquelle ont lieu les réactions chimiques et le repliement des protéines). Cette technique permet d’imager les protéines avant qu’elles ne soient détruites. Elle est en train de révolutionner la "cristallographie cinétique", qui permet de voir les protéines "en action", ainsi que la recherche de médicaments.

Pour l’instant, l’apport d’AlphaFold à l’étude de la structure des protéines par cristallographie s’est concentré dans la génération de modèles de protéines assez précis pour appliquer la technique dite de "remplacement moléculaire" à la résolution des structures.

La spectroscopie par résonance magnétique nucléaire

Une autre méthode expérimentale pour étudier la structure des protéines est la "spectroscopie par résonance magnétique nucléaire". Alors que son alter ego d’imagerie médicale, l’IRM, regarde la distribution spatiale d’un seul signal, caractéristique des éléments chimiques dans les tissus biologiques observés, en spectroscopie par résonance magnétique nucléaire, c’est un ensemble de signaux provenant des atomes constituant la protéine qui est enregistré (ce qu’on appelle le "spectre").

Généralement, la détermination de la structure par résonance magnétique est limitée à des protéines de taille modeste. On calcule des modèles de molécules basés sur des paramètres structuraux (comme des distances interatomiques), provenant de l’analyse des spectres expérimentaux. On peut s’imaginer cela comme dans les débuts de la cartographie, où des distances entre des points de référence permettaient de dessiner des cartes en 2D. Pour faciliter l’interprétation des spectres qui contiennent beaucoup d’information, on peut utiliser des modèles obtenus par prédiction (plutôt qu’expérimentalement), comme avec AlphaFold.

En plus de la détermination structurale, la spectroscopie par résonance magnétique nucléaire apporte deux atouts majeurs. D’une part, en général, l’étude est effectuée avec un échantillon en solution aqueuse et il est possible d’observer les parties particulièrement flexibles des protéines, souvent invisibles avec les autres techniques. On peut même quantifier leur mouvement en termes d’amplitude et de fréquence, ce qui est extrêmement utile car la dynamique interne des protéines est aussi cruciale pour leur fonctionnement que leur structure.

D’autre part, la spectroscopie par résonance magnétique nucléaire permet de détecter aisément les interactions des protéines avec des petites molécules (ligands, inhibiteurs) ou d’autres protéines. Ceci permet d’identifier les sites d’interaction, information essentielle entre autres pour la conception rationnelle de molécules actives comme des médicaments.

Ces propriétés font de la spectroscopie par résonance magnétique nucléaire un outil extraordinaire pour la caractérisation fonctionnelle des protéines en complémentarité avec d’autres techniques expérimentales et l’IA.

La "cryomicroscopie électronique"

La cryomicroscopie électronique consiste à congeler ultrarapidement (environ -180 °C) un échantillon hydraté dans une fine couche de glace, qui sera traversée par les électrons. Les électrons transmis vont générer une image de l’échantillon, qui après analyse, permet d’accéder à des structures qui peuvent atteindre la résolution atomique. En comparaison, un microscope optique n’a un pouvoir résolutif que de quelques centaines de nanomètres, qui correspond à la longueur d’onde de la lumière utilisée ; seul un microscope utilisant une source possédant des longueurs d’onde suffisamment faibles (comme les électrons pour la microscopie électronique) possède un pouvoir résolutif théorique de l’ordre de l’angström. Le prix Nobel de Chimie 2017 a été décerné à Jacques Dubochet, Richard Henderson et Joachim Frank pour leurs contributions au développement de la cryomicroscopie électronique.

Avec de nombreux développements technologiques, dont celui des détecteurs à électrons directs, depuis le milieu des années 2010, cette technique est devenue essentielle en biologie structurale en amorçant une "révolution de la résolution". En effet, la cryomicroscopie électronique permet désormais d’obtenir des structures avec une résolution atomique, comme dans le cas de l’apoferritine – une protéine de l’intestin grêle qui contribue à l’absorption du fer – à 1,25 angström de résolution.

Son principal atout est de permettre de déterminer la structure d’objets de taille moyenne, au-delà de 50 000 Dalton (un Dalton correspond environ à la masse d’un atome d’hydrogène), comme l’hémoglobine de 64 000 Dalton, mais également d’objets de quelques milliards de daltons (comme le mimivirus, virus géant d’environ 0,5 micromètre).

Malgré toutes les avancées technologiques précédemment évoquées, la cryomicroscopie ne permet pas toujours de résoudre à suffisamment haute résolution la structure de "complexes", constitués de plusieurs protéines. C’est ici qu’AlphaFold peut aider et permettre, en complémentarité avec la cryomicroscopie, de décrire les interactions au niveau atomique entre les différents constituants d’un complexe. Cette complémentarité donne une force nouvelle à la cryomicroscopie électronique pour son rôle à jouer demain en biologie structurale.

Les apports d’AlphaFold

AlphaFold permet de prédire la structure de protéines uniquement à partir de leur séquence avec la connaissance acquise par la biologie structurale expérimentale. Cette approche est révolutionnaire car les séquences de beaucoup de protéines sont connues à travers les efforts des séquençages des génomes, mais déterminer leurs structures expérimentalement nécessiterait des moyens humains et techniques colossaux.

À l’heure actuelle, ce type de programme représente donc un acteur supplémentaire de complémentarité, mais ne se substitue pas aux techniques expérimentales qui, comme nous l’avons vu, apportent aussi des informations complémentaires (dynamiques, interfaces), à des échelles différentes (des sites métalliques aux complexes multiprotéiques) et plus fiables, car expérimentalement vérifiées. Au-delà de la pure détermination structurale d’une protéine isolée, la complexité des systèmes biologiques nécessite souvent une approche pluridisciplinaire afin d’élucider mécanismes et fonctions de ces biomolécules fascinantes que sont les protéines.

Auteur: Internet

Info: Published: December 19, 2022 Beate Bersch, Emmanuelle Neumann, Juan Fontecilla, Université Grenoble Alpes (UGA)

[ gnose chimique ]