vingtième siècle.

Les civilisations sont des graisses. L'Histoire échoue, Dieu faute de Dieu n'enjambe plus nos murs soupçonneux, l'Homme feule à l'oreille de l'homme, le Temps se fourvoie, la fission est en cours. Quoi encore ?

Auteur: Char René

Info: Les apparitions dédaignées, Le chien de coeur, 1969

survie

Juste vivre ici et maintenant - telle est la vraie base de la vie humaine. Quand une connaissance scientifique naïve devient la base de la vie, les gens en viennent à vivre comme s'ils ne dépendait que de l'amidon, des graisses et des protéines, et les plantes de l'azote, du phosphore et de la potasse.

Auteur: Fukuoka Masanobu

Info: La révolution d'un seul brin de paille : Une introduction à l'agriculture sauvage

[ économie rurale ]

fiente

Crap, terme anglais vulgaire et parfois attribué à l'ingénieux (ou ingénu) Thomas Crapper qui popularisa la chasse d'eau à la fin du dix-huitième siècle. Chasser les excréments avec de l'eau est pourtant une idée qui remonte au 5ème des 12 travaux d'Hercule histoire sur laquelle je reviendrai. Quant au mot "crap", il remonte au moyen anglais (il désignait les résidus des graisses fondues), à l'ancien français "crappe", "résidu" et au latin médiéaval.

Auteur: Waltner-Toews David

Info: Merde... : Ce que les excréments nous apprennent sur l'écologie, l'évolution et le développement durable

[ étymologie ]

malbouffe

En 2015, douze millions de décès dans le monde étaient imputables à une mauvaise alimentation, contre 2,75 millions liés à l’alcool et 7 millions au tabac, assure a journaliste Bee Wilson, spécialiste de l’histoire de l’alimentation dans The Way We Eat Now. "C’est paradoxal et triste car bien manger – aussi bien d’un point de vue gustatif que nutritionnel – était le critère qui nous servait à juger la qualité de la vie. Bien vivre sans bien manger ne devrait pas être possible", écrit-elle.

Aujourd’hui, des études épidémiologiques montrent que c’est en Afrique subsaharienne que l’on s’alimente le mieux, grâce à un régime à base de légumineuses, de céréales et de légumes. Dans des pays comme le Tchad, le Mali ou le Cameroun, si tout le monde ne mange pas toujours à sa faim, ceux qui ont accès à de la nourriture en quantité suffisante ne consomment pas les quantités de graisses, de protéines et de sucres qui rendent malades les habitants des pays les plus riches.

"Les aliments ultratransformés, l’insatiable machine marketing, les lubies alimentaires, Instagram, les régimes à effet yo-yo, le mode de vie sédentaire, les applications de livraison de repas à domicile, les coupables sont connus et nombreux, et Wilson les montre du doigt à sa manière habituelle, érudite et méthodique", note Tony Turnbull, responsable de la rubrique cuisine de The Times. Elle pointe aussi, ajoute l’historienne Kathryn Hugues dans The Times Literary Supplement, l’hyper individualisation des repas qui a pour conséquence "que la plupart d’entre nous s’en tient à un tout petit répertoire alimentaire, rétrécissant notre exposition à certains groupes d’aliments tout en se goinfrant d’autres."

Auteur: Meunier Amandine

Info: Newsletter de "Books" du 29.03.19

[ art de vivre ] [ habitudes alimentaires ] [ facilité ] [ élargissement de l'offre ]

évolution

Homo: seul primate ayant des dents évoluant à l'inverse du cerveau
Des chercheurs andalous dirigés par l'Université de Grenade signalent le "paradoxe évolutif" qu'a supposé ce phénomène pendant plus de 2,5 millions d'années. Leur travail vient d'être publié dans la revue BioMed Research International. Nous sommes les seules primates dont, tout au long de plus de 2,5 millions d'années d'histoire, la grandeur des dents a décru à mesure qu'augmentait celle du cerveau.
La clé de ce phénomène, que les scientifiques qualifient de "paradoxe évolutif", pourrait se trouver dans l'évolution du régime de l'Homo. La digestion se produit d'abord dans la cavité orale, et les dents sont fondamentales pour la réduction des aliments à des particules plus petites. Il semblerait donc normal que si le cerveau augmente sa grandeur, et par conséquent ses besoins métaboliques aussi, les dents le fassent également.
Mais dans le cas du genre Homo il n'en est pas ainsi, d'après les scientifiques cela signifie que d'importants changements ont dû se produire pour que cette tendance se maintienne", signale le chercheur Juan Manuel Jiménez Arenas, professeur du département de Préhistoire et d'Archéologie de l'Université de Grenade et principal auteur de ce travail.
Une des clés de ce phénomène a dû être un changement dans le régime avec inclusion d'une quantité majeure d'aliments d'origine animale. L'augmentation de la qualité de la diète chez les Homo, grâce à une plus grande ingestion de protéines animales, de graisses et d'oligoéléments présents chez elles, est fondamentale pour l'entretien et le fonctionnement correct du cerveau. D'autre part, un grand cerveau permet des développements culturels et sociaux majeurs, ce qui a entraîné d'importantes innovations technologiques.
Pour cela, ces chercheurs ont évalué le rapport entre la grandeur de la dentition post-canine et le volume endocrâne chez un large ensemble de primates, parmi lesquels se trouvent les principaux représentants des hominidés fossiles. "Jusqu'à ce travail, il était bien connu que les dents diminuaient de grandeur et que le cerveau augmentait tout au long de l'évolution des humains ; mais nous avons déterminé qu'il s'agit de deux tendances évolutives opposées qui sont liées depuis 2,5 millions d'années, lorsqu'apparaissent sur la scène évolutive les premiers représentants de notre propre lignée, le genre Homo."
Les auteurs de ce travail mettent aussi en rapport ces changements avec l'inactivation du gène MYH16, rattaché à la musculature temporelle, dont le format diminue depuis 2,4 millions d'années approximativement, ce qui supposerait la disparition d'un important empêchement pour l'encéphalisation (une musculature temporelle hypertrophiée empêche le développement de la voûte crânienne). Ils ont également analysé leur rapport à l'inactivation du gène SRGAP2, ce qui a contribué à l'évolution du néocortex et a joué un rôle fondamental dans le développement du cerveau humain.
Ce travail a été réalisé grâce à la collaboration de Juan Manuel Jiménez Arenas avec trois prestigieux professeurs et chercheurs de l'Université de Malaga: Paul Palmqvist y Juan Antonio Pérez Claros, du département d'Écologie et de Géologie, et Juan Carlos Aledo, de département de Biochimie et de Biologie Moléculaire.

Auteur: Internet

Info: 3 avril 2014

[ mamifère ] [ être humain ]

biophysique

Lorsque le biologiste Tibor Gánti est décédé le 15 avril 2009, à l'âge de 75 ans, il était loin d'être connu. Une grande partie de sa carrière s'est déroulée derrière le rideau de fer qui a divisé l'Europe pendant des décennies, entravant les échanges d'idées.

Mais si les théories de Gánti avaient été plus largement connues à l'époque communiste, il pourrait aujourd'hui être acclamé comme l'un des biologistes les plus novateurs du XXe siècle. En effet, il a conçu un modèle d'organisme vivant le plus simple possible, qu'il a appelé le chimiotone ( Chemoton ) , et qui permet d'expliquer l'apparition de la vie sur Terre.

Pour les astrobiologistes qui s'intéressent à la vie au-delà de notre planète, le chimiotactisme offre une définition universelle de la vie, qui n'est pas liée à des substances chimiques spécifiques comme l'ADN, mais plutôt à un modèle d'organisation global.

"Il semble que Ganti a réfléchi aux fondements de la vie plus profondément que quiconque", déclare le biologiste Eörs Szathmáry, du Centre de recherche écologique de Tihany, en Hongrie.

Les débuts de la vie

Il n'existe pas de définition scientifique commune de la vie, mais ce n'est pas faute d'avoir essayé : Un article de 2012 a recensé 123 définitions publiées. Il est difficile d'en rédiger une qui englobe toute la vie tout en excluant tout ce qui n'est pas vivant et qui possède des attributs semblables à ceux de la vie, comme le feu et les voitures. De nombreuses définitions indiquent que les êtres vivants peuvent se reproduire. Mais un lapin, un être humain ou une baleine ne peuvent se reproduire seuls.

En 1994, un comité de la NASA a décrit la vie comme "un système chimique autonome capable d'une évolution darwinienne". Le mot "système" peut désigner un organisme individuel, une population ou un écosystème. Cela permet de contourner le problème de la reproduction, mais à un prix : l'imprécision.

(Photo : un cercle cellule contenant un autre cercle cellule en train de se dédoubler) 

Fonctionnement du chimiotactisme. Ce modèle théorique de la forme de vie la plus simple nécessite trois mécanismes interdépendants :

a) un cycle métabolique, pour transformer la nourriture en énergie

b)  la réplication des gabarits, pour la reproduction du modèle ;

c) une membrane, pour délimiter l'organisme.

Avec ce processus en 5 phases

1 Les molécules sont absorbées de l'environnement par le métabolisme

2 Le cycle métabolique produit d'abord des éléments pour renforcer sa menbrane

3  Le cylce métabolique use des molécules pour constituer sa réplique

4  La réplique produit une substance chimique qui est un composant clé de la membrane.

5 Les parties non utilisées des molécules sont éjectée à l'extérieur de la menbrane principale

Mais Tibor Ganti avait proposé une autre voie deux décennies plus tôt.

Il était né en 1933 dans la petite ville de Vác, dans le centre de la Hongrie. Ses débuts ayant été marqués par des conflits. La Hongrie s'est alliée à l'Allemagne nazie pendant la Seconde Guerre mondiale, mais en 1945, son armée a été vaincue par l'Union soviétique. Le régime totalitaire dominera l'Eurasie orientale pendant des décennies, la Hongrie devenant un État satellite, comme la plupart des autres pays d'Europe de l'Est.

Fasciné par la nature des êtres vivants, Gánti a étudié l'ingénierie chimique avant de devenir biochimiste industriel. En 1966, il a publié un livre sur la biologie moléculaire intitulé Forradalom az Élet Kutatásában, ou Révolution dans la recherche sur la vie, qui est resté pendant des années un manuel universitaire dominant, en partie parce qu'il n'y en avait pas beaucoup d'autres. L'ouvrage posait la question de savoir si la science comprenait comment la vie était organisée et concluait que ce n'était pas le cas.

En 1971, Gánti aborda le problème de front dans un nouveau livre, Az Élet Princípiuma, ou Les principes de la vie. Publié uniquement en hongrois, ce livre contient la première version de son modèle de chimiotactisme, qui décrit ce qu'il considère comme l'unité fondamentale de la vie. Toutefois, ce premier modèle d'organisme était incomplet et il lui a fallu trois années supplémentaires pour publier ce qui est aujourd'hui considéré comme la version définitive, toujours en hongrois, dans un document qui n'est pas disponible en ligne.

L'année du miracle

Globalement, 1971 a été une année faste pour la recherche sur l'origine de la vie. Outre les travaux de Gánti, la science a proposé deux autres modèles théoriques importants.

Le premier est celui du biologiste théoricien américain Stuart Kauffman, qui soutient que les organismes vivants doivent être capables de se copier eux-mêmes. En spéculant sur la manière dont cela aurait pu fonctionner avant la formation des cellules, il s'est concentré sur les mélanges de produits chimiques.

Supposons que le produit chimique A entraîne la formation du produit chimique B, qui entraîne à son tour la formation du produit chimique C, et ainsi de suite, jusqu'à ce qu'un élément de la chaîne produise une nouvelle version du produit chimique A. Après un cycle, il existera deux copies de chaque ensemble de produits chimiques. Si les matières premières sont suffisantes, un autre cycle produira quatre copies et continuera de manière exponentielle.

Kauffman a appelé un tel groupe un "ensemble autocatalytique" et il a soutenu que de tels groupes de produits chimiques auraient pu constituer la base de la première vie, les ensembles devenant plus complexes jusqu'à ce qu'ils produisent et utilisent une série de molécules complexes, telles que l'ADN.

Dans la seconde idée, le chimiste allemand Manfred Eigen a décrit ce qu'il a appelé un "hypercycle", dans lequel plusieurs ensembles autocatalytiques se combinent pour en former un seul plus grand. La variante d'Eigen introduit une distinction cruciale : Dans un hypercycle, certains des produits chimiques sont des gènes et sont donc constitués d'ADN ou d'un autre acide nucléique, tandis que d'autres sont des protéines fabriquées sur mesure en fonction des informations contenues dans les gènes. Ce système pourrait évoluer en fonction des changements - mutations - dans les gènes, une fonction qui manquait au modèle de Kauffman.

Gánti était arrivé indépendamment à une notion similaire, mais il l'a poussée encore plus loin. Selon lui, deux processus clés doivent se dérouler dans chaque organisme vivant. Premièrement, il doit construire et entretenir son corps, c'est-à-dire qu'il a besoin d'un métabolisme. Deuxièmement, il doit disposer d'une sorte de système de stockage de l'information, tel qu'un ou plusieurs gènes, qui peuvent être copiés et transmis à la descendance.

La première version du modèle de Gánti consistait essentiellement en deux ensembles autocatalytiques aux fonctions distinctes qui se combinaient pour former un ensemble autocatalytique plus important, ce qui n'est pas si différent de l'hypercycle d'Eigen. Cependant, l'année suivante, Gánti a été interrogé par un journaliste qui a mis en évidence une faille importante. Gánti supposait que les deux systèmes étaient basés sur des produits chimiques flottant dans l'eau. Or, laissés à eux-mêmes, ils s'éloigneraient les uns des autres et le chimiotone "mourrait".

La seule solution était d'ajouter un troisième système : une barrière extérieure pour les contenir. Dans les cellules vivantes, cette barrière est une membrane composée de substances chimiques ressemblant à des graisses, appelées lipides. Le chimiotone devait posséder une telle barrière pour se maintenir, et Gánti en a conclu qu'il devait également être autocatalytique pour pouvoir se maintenir et croître.

Voici enfin le chimiotone complet, le concept de Gánti de l'organisme vivant le plus simple possible : gènes, métabolisme et membrane, tous liés. Le métabolisme produit des éléments de construction pour les gènes et la membrane, et les gènes exercent une influence sur la membrane. Ensemble, ils forment une unité autoreproductible : une cellule si simple qu'elle pourrait non seulement apparaître avec une relative facilité sur Terre, mais qu'elle pourrait même rendre compte de biochimies alternatives sur des mondes extraterrestres.

Un modèle oublié

"Gánti a très bien saisi la vie", déclare le biologiste synthétique Nediljko Budisa, de l'université du Manitoba à Winnipeg, au Canada. "Sa lecture a été une révélation. Cependant, Budisa n'a découvert le travail de Gánti que vers 2005. En dehors de l'Europe de l'Est, l'ouvrage est resté obscur pendant des décennies, avec seulement quelques traductions anglaises sur le marché.

Le chimiotactisme est apparu en anglais en 1987, dans un livre de poche avec une traduction assez approximative, explique James Griesemer, de l'université de Californie, à Davis. Peu de gens l'ont remarqué. Szathmáry a ensuite donné au chimiotone une place de choix dans son livre de 1995, The Major Transitions in Evolution, coécrit avec John Maynard Smith. Cela a conduit à une nouvelle traduction anglaise du livre de Gánti de 1971, avec du matériel supplémentaire, publiée en 2003. Mais le chimiotone est resté dans une niche, et six ans plus tard, Gánti est mort.

Dans une certaine mesure, Gánti n'a pas aidé son modèle à s'imposer : il était connu pour être un collègue difficile. Selon Szathmáry, Gánti était obstinément attaché à son modèle, et paranoïaque de surcroît, ce qui le rendait "impossible à travailler".

Mais le plus gros problème du modèle chimiotactique est peut-être que, dans les dernières décennies du XXe siècle, la tendance de la recherche était de supprimer la complexité de la vie au profit d'approches de plus en plus minimalistes.

Par exemple, l'une des hypothèses les plus en vogue aujourd'hui est que la vie a commencé uniquement avec l'ARN, un proche cousin de l'ADN.

Comme son parent moléculaire plus célèbre, l'ARN peut porter des gènes. Mais l'ARN peut aussi agir comme une enzyme et accélérer les réactions chimiques, ce qui a conduit de nombreux experts à affirmer que la première vie n'avait besoin que d'ARN pour démarrer. Cependant, cette hypothèse du monde de l'ARN a été repoussée, notamment parce que la science n'a pas trouvé de type d'ARN capable de se copier sans aide - pensons aux virus à ARN comme le coronavirus, qui ont besoin de cellules humaines pour se reproduire.

D'autres chercheurs ont soutenu que la vie a commencé avec des protéines et rien d'autre, ou des lipides et rien d'autre. Ces idées sont très éloignées de l'approche intégrée de Gánti.

Un véritable chimiotactisme ?

Cependant, les scientifiques de ce siècle ont inversé la tendance. Les chercheurs ont désormais tendance à mettre l'accent sur la façon dont les substances chimiques de la vie fonctionnent ensemble et sur la manière dont ces réseaux coopératifs ont pu émerger.

Depuis 2003, Jack Szostak, de la Harvard Medical School, et ses collègues ont construit des protocellules de plus en plus réalistes : des versions simples de cellules contenant une série de substances chimiques. Ces protocellules peuvent croître et se diviser, ce qui signifie qu'elles peuvent s'autoreproduire.

En 2013, Szostak et Kate Adamala, alors étudiante, ont persuadé l'ARN de se copier à l'intérieur d'une protocellule. De plus, les gènes et la membrane peuvent être couplés : lorsque l'ARN s'accumule à l'intérieur, il exerce une pression sur la membrane extérieure, ce qui encourage la protocellule à s'agrandir.

Les recherches de Szostak "ressemblent beaucoup à celles de Gánti", déclare Petra Schwille, biologiste synthétique à l'Institut Max Planck de biochimie de Martinsried, en Allemagne. Elle souligne également les travaux de Taro Toyota, de l'université de Tokyo au Japon, qui a fabriqué des lipides à l'intérieur d'une protocellule, de sorte que celle-ci puisse développer sa propre membrane.

L'un des arguments avancés contre l'idée d'un chimiotone comme première forme de vie est qu'il nécessite un grand nombre de composants chimiques, notamment des acides nucléiques, des protéines et des lipides. De nombreux experts ont estimé qu'il était peu probable que ces substances chimiques soient toutes issues des mêmes matériaux de départ au même endroit, d'où l'attrait d'idées simples comme celle du monde de l'ARN.

Mais des biochimistes ont récemment trouvé des preuves que toutes les substances chimiques clés de la vie peuvent se former à partir des mêmes matériaux de départ simples. Dans une étude publiée en septembre, des chercheurs dirigés par Sara Szymkuć, alors à l'Académie polonaise des sciences à Varsovie, ont compilé une base de données à partir de décennies d'expériences visant à fabriquer les éléments chimiques de base de la vie. En partant de six produits chimiques simples, comme l'eau et le méthane, Szymkuć a découvert qu'il était possible de fabriquer des dizaines de milliers d'ingrédients clés, y compris les composants de base des protéines et de l'ARN.

Aucune de ces expériences n'a encore permis de construire un chimiotone fonctionnel. C'est peut-être simplement parce que c'est difficile, ou parce que la formulation exacte de Gánti ne correspond pas tout à fait à la façon dont la première vie a fonctionné. Quoi qu'il en soit, le chimiotone nous permet de réfléchir à la manière dont les composants de la vie fonctionnent ensemble, ce qui oriente de plus en plus les approches actuelles visant à comprendre comment la vie est apparue.

Il est révélateur, ajoute Szathmáry, que les citations des travaux de Gánti s'accumulent rapidement. Même si les détails exacts diffèrent, les approches actuelles de l'origine de la vie sont beaucoup plus proches de ce qu'il avait à l'esprit - une approche intégrée qui ne se concentre pas sur un seul des systèmes clés de la vie.

"La vie n'est pas une protéine, la vie n'est pas un ARN, la vie n'est pas une bicouche lipidique", explique M. Griesemer. "Qu'est-ce que c'est ? C'est l'ensemble de ces éléments reliés entre eux selon la bonne organisation.

Auteur: Internet

Info: https://www.nationalgeographic.com, 14 déc. 2020, par Michael Marshall

[ origine du vivant ] [ mécanisme ] [ matérialisme ]