humour

Règles d'or de la bioinformatique

Toutes les constantes sont variables.

Le copier-coller est une erreur génétique.

Il faut d'abord résoudre le problème, puis écrire le code.

Peu importe ce qui ne va pas, le code quasiment toujours l'air correct.

Tout problème simple peut être insoluble si l'on se réunit suffisamment pour en discuter :P

La statistique est une méthode systématique qui permet d'arriver à une mauvaise conclusion en toute confiance.

Le bug est une fonctionnalité non documentée dans tout langage de programmation.

Un bon programmeur biologique part en vacances d'été avec un imperméable. (voir le premier point)

Grâce à Dieu, Google sait que python n'est pas un python et que multiplication et division sont la même chose.

Ne fais pas le malin, la biologie complexe va te piéger.

Auteur: Internet

Info: https://bioinformaticsonline.com/, Jitendra Narayan, 2013

[ hyper-complexité ]

hyper-complexité

Chaque cellule nerveuse reçoit des connexions d'autres cellules nerveuses à six endroits appelés synapses. Mais voici un fait étonnant : il y a environ un million de milliards de connexions dans le tissu cortical. Si vous deviez les compter, à raison d'une connexion (ou synapse) par seconde, vous auriez fini de compter quelque trente-deux millions d'années après avoir commencé. Une autre façon de se faire une idée du nombre de connexions dans cette structure extraordinaire est de considérer qu'une grosse tête d'allumette de votre cerveau contient environ un milliard de connexions. Remarquez que je n'ai fait que compter les connexions. Si l'on considère la manière dont les connexions peuvent être combinées de diverses manières, le nombre serait hyperastronomique - de l'ordre de dix suivi de millions de zéros. (Il y a environ dix suivis de quatre-vingts zéros de particules chargées positivement dans tout l'univers connu !)

Auteur: Edelman Gerald Maurice

Info: Bright and Brilliant Fire, On the Matters of the Mind (1992), 17

[ cervelle ]

hyper-complexité

Évaluons cependant le problème [de la gestion des forces] avec réalisme. En mécanique céleste, où l'on traite de forces variant aussi simplement que le carré inverse de la distance et agissant sur des masses rigides, le problème des trois corps, sans parler du problème des n-corps, tout ceci défie encore dans sa généralité l'ingéniosité des mathématiciens. Les forces entre les cellules sont beaucoup plus complexes ; elles ne sont pas conservatrices, et les cellules ne sont pas seulement déplacées mais aussi modifiées tant à l'extérieur qu'à l'intérieur par ces forces. Quelles sont les chances d'un avenir prévisible pour une grand nombre de générations pour maîtriser ne serait-ce qu'approximativement le problème d'un organisme qui agrège des cellules, considérant que cet organisme se compose de milliers de milliards de cellules, de centaines de tissus différents, et de milliers de structures complexes interdépendantes. Le pessimisme n'est pas une chose saine dans le domaine scientifique, mais l'optimisme irréaliste non plus.

Auteur: Rashevsky Nicolas

Info: Biophysique mathématique : Fondements physico-mathématiques de la Biologie (Volume 2) Chapitre XXVIII (p. 307) The University of Chicago Press. Chicago, Illinois, États-Unis. 1948

[ biologie ]

synchronicité

Mais il me semble que le concept "acausal" devrait être davantage précisé dans votre théorie, de même qu’il serait souhaitable d’expliquer plus en détail l’utilisation particulière du concept de temps. Pour le physicien, les mots "causal" et "causalité" ont une signification beaucoup moins figée que le terme de "déterminisme". Le mot "acausal" en particulier a un sens différent chez plusieurs auteurs. D’après votre propre théorie des phénomènes "synchronistiques" […], leur apparition s’explique par la duplicatio ou multiplicatio d’un ordonnateur invisible dont l’apparence est justement double ou multiple. En ce sens, on pourrait également qualifier l’ordonnateur de cause du phénomène synchronistique. Cette cause ne devrait cependant pas être comprise comme située dans le temps et l’espace. Si à l’inverse on ne peut appeler causes que des objets fixés dans le temps et l’espace, les phénomènes synchronistiques sont effectivement "acausaux". De même qu’en microphysique, la situation est caractérisée par l’impossibilité d’utiliser le principe de causalité et de situer en même temps les phénomènes dans le temps et l’espace.

Auteur: Pauli Wolfgang

Info: Lettre à C. G. Jung du 28 juin 1949

[ critique ] [ précision conceptuelle ] [ hyper-complexité ] [ projectionniste(s) ]

contemplation

"Pourquoi regardez-vous toujours les choses sous un angle aussi terriblement prosaïque ? […] Il me semble que votre prosaïsme vous empêche de voir la beauté ; vous détruisez la beauté comme ces garçons qui, en attrapant les papillons, font disparaître la poudre de leurs magnifiques ailes."

Il secoua la tête.

"La beauté a un sens, mais auparavant je l'ignorais. Je me contentais d'accepter la beauté comme une chose dénuée de sens ; elle était simplement là, sans rime ni raison. Je ne connaissais rien à la beauté. À présent je sais, ou plutôt je commence à savoir. Cette herbe est plus belle pour moi maintenant que je sais pourquoi elle est une herbe, et quelle chimie du soleil, de la pluie et de la terre l'a fait devenir ce qu'elle est. La vie d'un brin d'herbe est un vrai roman, savez-vous, et même un roman d'aventures. J'en palpite rien que d'y penser. Lorsque je songe au jeu de l'énergie et de la matière, et au formidable combat qu'elles se livrent, j'ai l'impression que je pourrais écrire une épopée sur l'herbe.

Auteur: London Jack

Info: Martin Eden, Chapitre XIV

[ émerveillement ] [ profondeur ] [ hyper-complexité ] [ splendeur ]

santé marchandisée

En termes d'une approche scientifique qui veut mesurer toujours plus précisément les phénomènes dans une réalité-monde où JAMAIS une situation ou un objet ne se retrouvent à l'identique - du à l'hyper-complexité et l'intrication de tous les paramètres - le rationalisme tel que nous le connaissons, à savoir qu'une démonstration doit pouvoir être reproductible, se cognera avec toujours plus d'insistance contre le mur des ses limites. Les tergiversations scientifiques autour du Covid 19 semblent montrer quelque chose de ce genre. Un virus (déjà les scientifiques ont grand peine à s'accorder sur le fait qu'il soit vivant ou pas), même plus stable que la moyenne, qui s'attaquerait de manière similaire - statistiquement s'entend - à des populations fort diverses, ça parait un peu aventuré (et les paramètres avancés ici sont très simplifiés puisque le virus mute lui-même). Tout le travail des labos et de Big Pharma & consorts n'a d'autre but que nous convaincre qu'un tel rationalisme existe et que des solutions - chères et c'est normal, faut bien payer la recherche et les actionnaires ma bonne dame - seront incontournables. La vision mécaniste du corps humain tient encore bien la rampe, alors que les travaux sur l'effet placebo continuent de patiner dans la choucroute. Lisez "l'univers bactériel" de Lynn Margulis bon sang.

Auteur: Mg

Info: 30 mai 2020

[ mercantilisme médical ] [ consumérisme sanitaire ]

questions

Mais la vie quotidienne des Cubains est un assemblage si complexe, elle est si pleine de singularités et d’incongruités que la presse internationale qui tente de la cerner n’arrive que rarement à effleurer son intériorité dramatique, entre autres raisons parce que même nous, les Cubains qui vivons cette réalité jour après jour, nous avons aussi du mal à trouver certaines réponses. Un exemple ?… On dit officiellement qu’à Cuba il n’y a pas de chômage, plus encore, que le pays peut se vanter de connaître ce qu’on appelle le “plein emploi”. Aujourd’hui, alors que je tentais de donner forme à ces considérations, j’ai dû me rendre à la buvette du quartier, une de celles qu’on appelle “Rápidos”. Il était à peine onze heures du matin et, comme cela arrive souvent dans le Rápido en question, plus de dix personnes buvaient des bières (à un peso convertible cubain, quelque chose comme un dollar vingt) en écoutant un reggaeton tonitruant. Pendant ce temps, à l’extérieur, on aurait dit qu’il y avait une manifestation : des gens achetaient des légumes aux vendeurs de rue, il y avait la queue au “shopping” (magasin qui ne vend que des produits en devises) car c’est bientôt la fête des pères, plusieurs personnes attendaient des taxis collectifs à dix pesos cubains (un demi-dollar) le trajet, des individus déplaisants mais souriants bavardaient près du mur de l’église ou à l’ombre d’un flamboyant. Où travaillent tous ces gens ? D’où sortent-ils l’argent pour acheter ce qui est nécessaire et même ce qui est un luxe ? Vivent-ils tous de la débrouillardise, du vol et des magouilles ? Comment un être humain peut-il résister plus d’une minute au volume sonore du reggaeton qui résonne dans le Rápido de mon quartier comme dans tous les Rápidos, boutiques et établissements du pays.

Auteur: Padura Léonardo

Info: L'eau de toutes parts

[ hyper-complexité insaisissable ] [ latinos ]

hyper-complexité

Il est aisé de s'apercevoir que la variété prodigieuse qui apparaît à la fois dans les œuvres de la nature et dans les actions des hommes, et qui constitue la plus grande partie de la beauté de l'univers, est due à la multitude de manières différentes dont ses diverses les pièces sont mélangées ou placées à proximité les unes des autres. Mais, parce que le nombre de causes qui concourent à produire un événement ou un effet donné est souvent si immensément grand, et les causes elles-mêmes sont si différentes les unes des autres, qu'il est extrêmement difficile de compter toutes les différentes manières dont elles se produisent. peuvent être arrangés ou combinés ensemble, il arrive souvent que des hommes, même les plus intelligents et les plus circonspects, soient coupables de cette faute de raisonnement que les auteurs de logique appellent l'énumération insuffisante ou imparfaite des parties ou des cas : en sorte que j'oserai affirmer que c'est la principale, et presque la seule, source du grand nombre d'opinions erronées, et celles trop souvent dans des matières de grande importance, que nous sommes susceptibles de former sur tous les sujets que nous abordons. réfléchir, qu'elles se rapportent à la connaissance de la nature, ou aux mérites et motifs des actions humaines. Il faut donc admettre que cet art qui apporte un remède à cette faiblesse ou à ce défaut de notre entendement, et nous enseigne ainsi à énumérer toutes les manières possibles dont un certain nombre de choses peuvent être mélangées et combinées ensemble, que nous peut être certain que nous n'avons omis aucun arrangement d'entre eux qui peut conduire à l'objet de notre enquête, mérite d'être considéré comme le plus éminemment utile et digne de notre plus haute estime et attention. Et c'est l'affaire de l'art, ou doctrine des combinaisons.  

Auteur: Bernoulli Jakob

Info: "Ars Conjectandi" 1713

[ limitation ] [ esprit de listes ]

biophysique

En résumé, nous avons réexaminé les aspects quantiques de la récolte de lumière dans la photosynthèse. Il est apparu clairement, à partir de considérations de base, qu'il n'y a pas d'équivalence entre la quanticité des processus et les cohérences observées dans les expériences de spectroscopie femtoseconde. Même la question très fondamentale de savoir si les cohérences non stationnaires des systèmes photosynthétiques peuvent être excitées par la lumière du soleil n'a pas encore été totalement clarifiée. Quelle que soit la configuration la préparation de l'état, la dynamique sera régie par les couplages associés du système et son interaction avec son environnement (bath)*. En outre, les affirmations concernant la persistance de ces cohérences dans les expériences femtoseconde ont été réévaluées de manière critique. En particulier, l'analyse détaillée d'un système  exemplaire utilisée en biologie quantique - le complexe FMO** - montre sans ambiguïté l'absence de cohérence interexcitonnelle de longue durée sur les échelles de temps pertinentes dans ce système, à la fois aux températures cryogéniques et physiologiques. Au contraire, il est devenu évident que les signaux oscillants à longue durée de vie proviennent de modes vibratoires principalement issu de l'état électronique fondamental. Des analyses de données plus avancées et des traitements théoriques utilisant une paramétrisation réaliste de l'environnement modélisé (bath) sont nécessaires pour identifier clairement les signaux de cohérence. La discussion approfondie sur l'attribution antérieure de ces signatures spectrales, qui se développe dans la communauté depuis une décennie, souligne cette nécessité.

Le principal résultat positif de ce travail est l'amélioration des méthodes théoriques et expérimentales qui ont conduit à une meilleure compréhension des interactions système-bath responsables de la décohérence et de la dissipation dans les structures biologiques. La nature ne produit pas le bain (bath) pour éviter la décohérence des processus fonctionnels directs ; une telle approche ne serait certainement pas robuste. La nature, plutôt qu'essayer d'éviter la dissipation, l'exploite spécifiquement avec l'ingénierie des énergies sur site via le couplage excitonique* pour le transport direct de l'énergie. Le rôle des paramètres thermodynamiques dans le pilotage des fonctions biologiques est bien apprécié à d'autres niveaux. Ici, nous voyons que ce principe s'applique même aux processus de transfert d'énergie impliqués dans la photosynthèse qui se produisent sur des échelles de temps probablement plus rapides. La physique de base de la thermalisation étant utilisée pour imprimer une direction. Ce concept simple, maîtrisé par la nature dans toutes les dimensions temporelles et spatiales pertinentes, est une véritable merveille de la biologie. 

Auteur: Internet

Info: https://advances.sciencemag.org, 3 avril 2020. "Quantum biology revisited. Conclusions". By Jianshu Cao, Richard J. Cogdell, David F. Coker, Hong-Guang Duan, Jürgen Hauer, Ulrich Kleinekathöfer, Thomas L. C. Jansen, Tomáš Mančal, R. J. Dwayne Miller, Jennifer P. Ogilvie, Valentyn I. Prokhorenko, Thomas Renger, Howe-Siang Tan, Roel Tempelaar, Michael Thorwart, Sebastian Westenhof, Donatas Zigmantas. *En physique, un système quantique ouvert est un système de quantique qui interagit avec un système quantique externe (bath). En général, ces interactions modifient considérablement la dynamique du système et entraînent une dissipation quantique, de sorte que les informations contenues dans le système sont perdues pour son environnement. Comme aucun système quantique n'est complètement isolé de son environnement, il est important de développer un tel cadre théorique pour traiter ces interactions afin d'améliorer la compréhension des systèmes quantiques. **Complexe Fenna-Matthews-Olson : complexe hydrosoluble, a été le premier complexe pigment-protéine à être analysé par spectroscopie aux rayons X ***Un exciton est une quasi-particule que l'on peut voir comme une paire électron-trou liée par des forces de Coulomb. Une analogie consiste à comparer l'électron et le trou respectivement à l'électron et au proton d'un atome d'hydrogène. Ce phénomène se produit dans les semi-conducteurs et les isolants. Mise en forme Mg

[ anabolisme ] [ épigénétique ] [ hyper-complexité ]

​​​​​​​signes contextualisés

Cette énigme, ce nœud gordien de la "réalité extérieure", avec lequel la modernité avait paralysé les philosophes, est précisément ce que Sebeok a tranché. Confronté au dilemme de l'implication moderne d'un labyrinthe du fonctionnement de l'esprit, il a trouvé la sortie :

Que faut-il faire de tout cela ? Il me semble que, tout au moins pour nous, travailleurs dans un contexte zoosémiotique, il n'y a qu'une seule façon de se frayer un chemin dans ce bourbier, et c'est d'adhérer strictement aux thèses globales de Jakob von Uexküll sur les signes. (Sebeok, 2001, pp. 78 & 193n6) 

Bien sûr, Sebeok évoque ici l'Umweltstheorie, rien de moins, pour laquelle rien n'est plus central que la distinction que fait Sebeok lui-même entre le langage au sens premier (cet aspect du système de modélisation humain ou Innenwelt qui est sous-déterminé biologiquement et, en tant que tel, spécifique à notre espèce) et l'exaptation du langage pour communiquer (ce qui aboutit à la communication linguistique en tant que, encore une fois, moyen spécifique à l'espèce humaine).

L'erreur des relativistes culturels de tout poil, et des modernes en général, du point de vue de Sebeok, a été de traiter le langage comme un système autonome englobant tout, au lieu de réaliser son contexte zoosémiotique (Deely, 1980). Dans ce contexte, "l'unicité de l'homme" n'apparaît que dans la mesure où elle est soutenue par et dépend des points communs de signification qui définissent et constituent le domaine plus large des choses vivantes au sein duquel se trouve le langage, champ bien plus vaste au sein duquel les humains sont nécessairement incorporés et liés par x milliard de connexions que la compréhension même de la vie humaine doit finalement conduire vers une certaine incorporation consciente. En d'autres termes, la dernière contribution de Sebeok, venant de l'intérieur de la modernité, aura été de réaliser qu'il existait une voie au-delà de la modernité, la voie des signes. La question, sous cette forme, ne l'a jamais intéressé, mais dans le sillage de son œuvre, elle mérite d'être posée : que devrait être la postmodernité ? 

Il ne pouvait s'agir que d'une vision du monde qui parviendrait, d'une manière ou d'une autre, à rétablir ce qui est extérieur à nous-mêmes comme étant connaissable en tant que tel ou en tant que tel, sans renoncer à la prise de conscience moderne selon laquelle une grande partie, sinon la majorité, de ce que nous connaissons directement se réduit à nos propres coutumes et conventions selon lesquelles les objets sont structurés et les déductions faites. Sebeok a peut-être été tout à fait moderne. Mais personne n'a fait plus que lui pour s'assurer que l'ère moderne, du moins dans la culture intellectuelle et dans la philosophie dont il n'a jamais prétendu assumer le flambeau, était terminée. Sebeok est devenu, malgré lui, postmoderne jusqu'au bout des ongles. 

Je dis "malgré lui", car je sais qu'il avait une aversion pour l'appellation "postmoderne", pour une très bonne raison. La plus grande partie de la vie professionnelle de Sebeok avait été consacrée à exposer et à surmonter ce qu'on a appelé le "pars pro toto fallacy"*, selon lequel la doctrine du signe trouve son fondement adéquat dans un paradigme linguistique, pour ne pas dire verbal. Telle était la thèse, bien connue à la fin du vingtième siècle, de la proposition de "sémiologie" de Saussure. 

Par contraste, Sebeok a promu dès le début que la doctrine des signes doit être enracinée directement dans une étude générale de l'action des signes, de la manière distinctive dont les signes fonctionnent, action pour laquelle il a accepté de Peirce le nom de "sémiose". Mais si la doctrine des signes concerne avant tout l'action révélatrice de l'être distinctif des signes, alors la proposition adéquate pour son développement n'est pas le terme "sémiologie" mais plutôt le terme "sémiotique", qui exprime l'idéal d'un paradigme non lié au langage et se réfère à l'action des signes comme étant plus grande que, englobante, et en fait présupposée à toute action des signes comme étant de nature verbale. "La sémiose, a très tôt déclaré Sebeok, est un fait omniprésent de la nature comme de la culture" (1977a, p. 183).  

Auteur: Deely John

Info: The Quasi-Error of the External World an essay for Thomas A. Sebeok, in memoriam. *Erreur consistant à confondre une partie d'un objet avec le concept qui représente son intégralité. Trad Mg

[ réagencement permanent ] [ hyper-complexité ] [ historique ]