réparties

- J'ai été sept fois ministre ! disait, dans une réunion publique, un député qui briguait sa réélection. - Et dire que c'est vrai ! cria un interrupteur.
Aussitôt, tout le monde rit.

Auteur: Latzarus Louis

Info: La politique, p.53, Librairie Hachette, 1928

passion

Les jours pour Benedikt étaient des coquilles brisées, des lambeaux de tissu, des sacs troués. Les dates inexistantes, vaines, ridicules. Le temps pour lui s'allumait et s'éteignait facilement, comme avec l'interrupteur de la torche ; et il n'avait de sens, de corps et de souffle que quand Ada Maria venait à la Faggeta.

Auteur: Maria Rosaria Valentini

Info: Magnifica

[ amour ]

recherche

Peut-être que je peux le mieux décrire mon expérience des mathématiques comme si c'était d'entrer dans une sombre manoir. Vous entrez dans la première pièce et il fait sombre, complètement. Vous trébuchez, heurtez les meubles. Peu à peu, vous apprenez où se trouve chaque meuble. Et finalement, après environ six mois, vous trouvez l'interrupteur et vous allumez. Soudain, tout est illuminé et vous pouvez voir exactement où vous étiez.
Alors vous entrez dans la chambre obscure suivante.

Auteur: Wiles Andrew

Info:

[ tâtonnement ]

bombe atomique

Tout ce que nous avions à faire était de reculer, de peser sur un interrupteur et de regarder l'écran d'un tube de télévision. Si des éclairs de lumière apparaissaient sur l'écran, cela signifierait que la libération à grande échelle des neutrons était toute proche. Nous avons tourné le commutateur, vu les flashes - avons regardé pendant environ cinq minutes - puis nous avons tout éteint et sommes rentrés à la maison. Cette nuit-là, je ne doutais plus que le monde se dirigeait vers un malheur.

Auteur: Szilard Leo

Info: Sur l'expérience de l'Université de Chicago fin 1938, qui montra qu'une réaction en chaîne nucléaire était possible, in magazine LIFE, Vol. 51, no. 9, du 1er septembre 1961, p. 79. Suite à cela ils écrivirent une lettre et demandèrent à Einstein de la transmettre au président des USA pour le prévenir de l'imminence de la découverte de la bombe atomique et qu'il fallait, dans cette course, devancer les nazis. Milieu 1945 la première bombe A explosait au Nouveau-Mexique.

[ sciences ] [ historique ] [ moment-clé ]

clarté

Il faudrait un interrupteur pour éteindre les villes, le soir à heure dite tout le pays serait plongé dans le noir comme lorsqu'on éteint la lumière dans la chambre des enfants en leur souhaitant bonne nuit et qu'au plafond sont révélées les étoiles phosphorescentes invisibles en journée. À neuf heures bonsoir, comme disait l'allumeur de réverbères, la nuit serait rendue à la nuit. Mais la consigne a changé. Le monde reste allumé jour et nuit. Il n'y a plus ni repos, ni noir, ni silence et quelque chose même en dormant dans la tête continue de grésiller.

Auteur: Collongues Anne

Info: Ce qui nous sépare

[ incessante ] [ mégapole ] [ artificielle ] [ pollution lumineuse ]

impuissance

Mais il n'y a rien de pire que de se sentir incapable de bander. Si l'on considère ce foutu machin, on devint hystérique en constatant qu'il n'en fait qu'à sa tête et qu'il a tendance à vous contrarier quand justement vous avez besoin qu'il se montre coopératif. Et la fille, qui essaye d'être gentille, même si vous l'avez mise dans tous ses états et si son visage n'est plus qu'un masque flou. Il y a dans notre cerveau un interrupteur que nous n'avons pas le droit de toucher et qui commande tout ce cirque. Cela peut paraître injuste. Et ça l'est. Foutu manque de maîtrise. Vous n'avez plus qu'à remettre ça une autre fois.

Auteur: Harrison Jim

Info: Un bon jour pour mourir

[ sexe ] [ excitée ]

énergie verte

L’hydrogène est partout sur Terre, notamment dans l’eau, mais jamais pur ; le problème est de l’isoler. Jusqu’ici, on y parvient en brûlant beaucoup d’énergie fossile (pétrole, gaz, bois) pour créer les réactions chimiques nécessaires. Ces procédés rejettent 830 millions de tonnes de CO2 par an, soit 2,5 fois les émissions de la France. Mais l’industrie a besoin de cet hydrogène pour produire les engrais azotés qui polluent nos nappes phréatiques (les ammonitrates, à l’origine des catastrophes d’AZF à Toulouse et du port de Beyrouth) ; pour raffiner les produits pétroliers qui polluent notre air (carburants) ; pour fabriquer les puces électroniques des smartphones, comme chez STMicroelectronics, dont les rejets de chlorure d’hydrogène et d’ammoniac contaminent l’air et l’eau de la cuvette grenobloise. Bref, l’hydrogène saccage notre environnement lors de sa production et de ses usages. Pour de véritables écologistes, la solution découle de l’énoncé du problème : stop.

Pour les technologistes, macroniens, verts, rouges - tous saint-simoniens – la solution est dans l’hydrogène "décarboné". En fait, de l’hydrogène produit avec de l’électricité, énergie prétendue non polluante puisque nul gaz ne s’échappe des prises et interrupteurs. On appelle ça l’électrolyse. Rappelez-vous vos cours de chimie : en envoyant de l’électricité dans de l’eau via des électrodes, on sépare oxygène et hydrogène. Il s’agit donc d’industrialiser le procédé. Le CEA-Grenoble s’y affaire avec sa technologie "d’électrolyseur haute température à oxyde solide", déployée à échelle industrielle via Genvia, sa société créée avec Schlumberger New Energy, en partenariat avec Vinci Construction, les ciments Vicat et l’Agence régionale énergie climat Occitanie. Objectif : créer une "giga factory" pour "répondre aux livraisons de gigawatts d'électrolyseurs et de piles à combustible que le marché devrait demander en 2030 et au-delà."

[...] L’industrie rejettera donc toujours plus d’ammoniac, de chlorures d’hydrogène, de particules fines, mais fabriqués avec de l’hydrogène produit "proprement". Vraiment ? Le "mix énergétique faiblement émetteur de CO2", c’est le nom de code pour nucléaire. L’hydrogène "décarboné", c’est de l’hydrogène nucléaire, à quelques pourcentages près d’éolien et de solaire, sources d’électricité aussi ravageuses que les autres. Rabâchons : il-n’y-a-pas-d’énergie-propre.

L’autre objectif des technologistes est le moteur électrique à hydrogène pour voiture, scooter, bus, train, bateau, avion : les "mobilités du futur". Car l’hydrogène possède un fort pouvoir énergétique et peut être converti en électricité, en chaleur ou en force motrice. Suivez bien : grâce à la pile à combustible (PAC), votre hydrogène produit avec de l’électricité… produit derechef de l’électricité. C’est l’inverse de l’électrolyse.

Dépenser de l’électricité pour produire de l’électricité, c’est raisonnable pour les ingénieurs. C’est ainsi qu’ils peuvent stocker l’électricité en surplus dans les périodes de moindre consommation. Certes, ils perdent 85 % d’énergie pour transformer cette électricité en hydrogène, puis pour faire l’inverse, mais c’est mieux que de tout perdre. Comme les taux d’intérêt négatifs en somme. Puis les Shadoks nous l’ont appris : "Il vaut mieux pomper même s'il ne se passe rien, plutôt que risquer qu'il se passe quelque chose de pire en ne pompant pas".

Auteur: PMO Pièces et main-d'oeuvre

Info: Dans "Le règne machinal", éditions Service compris, 2021, pages 79 à 82, https://www.piecesetmaindoeuvre.com/IMG/pdf/mutation.pdf

[ greenwashing ]

extraterrestres

De temps en temps, après une dure journée de boulot, je passe un petit moment à jouer avec mes chats en les invitant à une "chasse" frénétique. Les chats ont un instinct naturel de prédateur, et lorsque j'allume mon pointeur laser ils sont incapables de ne pas fixer du regard le point rouge projeté sur la moquette, les murs ou n'importe quel meuble dans la pièce.
Pour mes chats, le point rouge possède une vie propre, il existe comme une entité distincte. Bien qu'ils me voient tenir en main le pointeur, ils ne comprennent pas la relation entre celui-ci et le point rouge, ils ne réalisent pas que c'est moi qui est à l'origine de son apparition et de ses mouvements.
Alors ils essaient d'attraper le point rouge, ils le chassent avec frénésie. Ils pensent qu'il s'agit d'un objet physique, malgré le fait que leurs pattes se referment sur du vide à chaque fois qu'ils le "saisissent". Ils s'en approchent doucement et bondissent pour le surprendre. Moi je joue le jeu, et je fais s'échapper le point rouge au dernier moment, ce qui excite les félins, qui semblent y voir une tentative de fuite.
C'est un jeu très amusant, pour eux et pour moi. Quand je contrôle le point rouge, je le fais se comporter "avec intelligence", le faire traverser la pièce de manière aléatoire est vite ennuyeux, et d'ailleurs les chats y réagissent beaucoup moins. Donc, je le fais grimper, s'avancer doucement, se cacher dans les recoins, partir en fuite et revenir narguer mes chasseurs.
Vous l'aurez compris, cette analogie rappelle la recherche continue de véhicules extraterrestres présumés par les humains. Les apparitions d'OVNI montrent de nombreux aspects similaires à notre jeu de chasse au point rouge :
Selon Jaques Vallée, les OVNIs font partie d'un "système de contrôle" et de conditionnement psychosocial qui présente des "récompenses" pour palier à l'inexistence - ou tout du moins la grande maigreur - des preuves physique. Le phénomène, quelle que soit sa nature ultime, se nie lui-même avec obstination, et en ce faisant il permet le jeu qu'il joue avec nous.
Comme les chats, nous sommes friands de mystères et nous sommes excités par ces "lumières" étranges. Pour l'un de mes félins, le "pouvoir" du point rouge est tel, que lorsque je simule avec ma bouche le petit "clic clic" de l'interrupteur du pointeur laser, il rapplique immédiatement. J'ai même poussé le conditionnement un peu plus loin, j'ai réussi à lui apprendre à faire un "double miaulement" (miau miau), qu'il doit effectuer obligatoirement s'il veut voir le point rouge.
C'est assez surprenant, surtout si l'on considère que la récompense n'est pas comestible, comme c'est généralement le cas lors du dressage d'animaux. C'est dire à quel point il est fasciné par le "phénomène". A noter qu'avec mon autre chat, le résultat est nul, il joue avec le point rouge mais pas au point de le réclamer avec insistance.
Alors, sommes-nous également manipulés de la sorte? Nous apercevons cette soudaine lumière rouge, nous fléchissons nos muscles, cette fois nous l'attraperons ! Pour sur.

Auteur: Mac Tonnies

Info:

[ spéculation ]

contre-mesure

Les phages contre-attaquent
Certains phages ont développé des armes qui inhibent le système de défense des bactéries. Grâce à cette réplique , ils parviennent à infecter les bactéries et à se multiplier.
Un nouvel épisode de la course à l'armement que se livrent les bactéries et les virus qui les infectent - les phages - vient d'être révélé dans Nature Microbiology. En effet, une équipe internationale, dont font partie Sylvain Moineau et ses collaborateurs du Département de biochimie, de microbiologie et de bio-informatique, a révélé l'existence de phages capables de rendre inopérant le système de défense CRISPR-Cas utilisé contre eux par les bactéries.
Aujourd'hui connu comme un puissant outil d'édition du génome, CRISPR-Cas est d'abord un mécanisme de défense déployé par les bactéries pour se protéger des phages. C'est d'ailleurs l'équipe de Sylvain Moineau et les mêmes collaborateurs qui ont décrit, dans la revue Science, en 2007, l'existence de ce système de défense chez les bactéries. Cette contremesure, qui existe chez environ 40% des espèces bactériennes, repose sur des séquences d'ADN que les bactéries accumulent à partir du matériel génétique de leurs assaillants. En 2010, dans un article publié dans la revue Nature, l'équipe du professeur Moineau démontrait que, lors de rencontres subséquentes avec ces virus, les bactéries utilisent les composantes du système CRISPR-Cas, dont la protéine Cas9, pour scinder l'ADN de leurs envahisseurs à des endroits précis de leur génome.
Les phages n'avaient cependant pas dit leur dernier mot. Depuis cinq ans, quelques études ont mis en lumière l'existence d'anti-CRISPR chez certains types de phages. L'équipe du professeur Moineau vient d'ajouter un élément au dossier en démontrant l'existence d'un nouvel anti-CRISPR chez un autre type de phage qui attaque S. pyogenes, une bactérie pathogène utilisée comme modèle pour l'édition du génome. Les chercheurs ont isolé un phage qui échappe 40 000 fois plus souvent que les autres au système de défense CRISPR-Cas9 de S. pyogenes. "Nous avons séquencé le génome d'un de ces phages, nous avons analysé et cloné plusieurs de ses gènes et nous avons découvert un gène codant pour une protéine dite "anti-CRISPR" qui inhibe efficacement le système de défense de la bactérie", explique Sylvain Moineau. Les chercheurs ont aussi démontré que cette protéine anti-CRISPR inhibe complètement le système de défense de S. thermophilus. "Il s'agit de la bactérie, utilisée pour la fabrication de yogourt et de certains fromages, qui avait permis la découverte du système CRISPR en 2007", rappelle-t-il.
Le mode d'action de cet anti-CRISPR n'a pas encore été élucidé, mais déjà les chercheurs entrevoient les répercussions concrètes de leurs travaux. "Puisque le système de défense CRISPR-Cas peut être contourné par certains phages, il faudra trouver de nouvelles façons de protéger les cultures bactériennes utilisées par l'industrie alimentaire contre les attaques des phages, constate le professeur Moineau. Il n'y a pas de fin à la lutte que se livrent ces microorganismes. C'est ce qui rend notre domaine de recherche si fascinant." Par ailleurs, la découverte de cet anti-CRISPR ouvre la porte à un meilleur contrôle de l'activité de la protéine Cas9. "On pourrait notamment utiliser l'anti-CRISPR comme interrupteur pour ralentir ou pour bloquer les coupures provoquées par Cas9 lors d'expériences d'édition des génomes", suggère le chercheur.
L'article paru dans Nature Microbiology est signé par Alexander Hynes, Geneviève Rousseau, Marie-Laurence Lemay et Sylvain Moineau, de l'Université Laval, et par leurs collaborateurs Philippe Horvath, Christophe Fremaux et Dennis Romero, de la compagnie DuPont.

Auteur: Internet

Info: http://www.techno-science.net/?onglet=news&news=16615 sept 2017

[ complexité ] [ biologie ]

médecine

L'intelligence artificielle peut prédire l'activité sur et hors cible des outils CRISPR qui ciblent l'ARN au lieu de l'ADN, selon une nouvelle recherche publiée dans Nature Biotechnology.

L'étude menée par des chercheurs de l'université de New York, de l'université Columbia et du New York Genome Center associe un modèle d'apprentissage profond à des écrans CRISPR pour contrôler l'expression des gènes humains de différentes manières, comme si l'on appuyait sur un interrupteur pour les éteindre complètement ou si l'on utilisait un bouton d'atténuation pour réduire partiellement leur activité. Ces contrôles précis des gènes pourraient être utilisés pour développer de nouvelles thérapies basées sur CRISPR.

CRISPR est une technologie d'édition de gènes qui a de nombreuses applications en biomédecine et au-delà, du traitement de la drépanocytose à la fabrication de feuilles de moutarde plus savoureuses. Elle fonctionne souvent en ciblant l'ADN à l'aide d'une enzyme appelée Cas9. Ces dernières années, les scientifiques ont découvert un autre type de CRISPR qui cible l'ARN à l'aide d'une enzyme appelée Cas13.

Les CRISPR ciblant l'ARN peuvent être utilisés dans un large éventail d'applications, notamment l'édition de l'ARN, l'élimination de l'ARN pour bloquer l'expression d'un gène particulier et le criblage à haut débit pour déterminer les candidats médicaments prometteurs. Des chercheurs de l'Université de New York et du New York Genome Center ont créé une plateforme de criblage CRISPR ciblant l'ARN et utilisant Cas13 pour mieux comprendre la régulation de l'ARN et identifier la fonction des ARN non codants. L'ARN étant le principal matériel génétique des virus, notamment du SRAS-CoV-2 et de la grippe, les CRISPR ciblant l'ARN sont également prometteurs pour le développement de nouvelles méthodes de prévention ou de traitement des infections virales. Par ailleurs, dans les cellules humaines, lorsqu'un gène est exprimé, l'une des premières étapes est la création d'ARN à partir de l'ADN du génome.

L'un des principaux objectifs de l'étude est de maximiser l'activité des CRISPR ciblant l'ARN sur l'ARN cible prévu et de minimiser l'activité sur d'autres ARN qui pourraient avoir des effets secondaires préjudiciables pour la cellule. L'activité hors cible comprend à la fois les mésappariements entre l'ARN guide et l'ARN cible, ainsi que les mutations d'insertion et de délétion. 

Les études antérieures sur les CRISPR ciblant l'ARN se sont concentrées uniquement sur l'activité sur la cible et les mésappariements ; la prédiction de l'activité hors cible, en particulier les mutations d'insertion et de délétion, n'a pas fait l'objet d'études approfondies. Dans les populations humaines, environ une mutation sur cinq est une insertion ou une délétion ; il s'agit donc d'un type important de cibles potentielles à prendre en compte dans la conception des CRISPR.

"À l'instar des CRISPR ciblant l'ADN tels que Cas9, nous prévoyons que les CRISPR ciblant l'ARN tels que Cas13 auront un impact considérable sur la biologie moléculaire et les applications biomédicales dans les années à venir", a déclaré Neville Sanjana, professeur agrégé de biologie à l'université de New York, professeur agrégé de neurosciences et de physiologie à l'école de médecine Grossman de l'université de New York, membre de la faculté principale du New York Genome Center et coauteur principal de l'étude. "La prédiction précise des guides et l'identification hors cible seront d'une grande valeur pour ce nouveau domaine de développement et pour les thérapies.

Dans leur étude publiée dans Nature Biotechnology, Sanjana et ses collègues ont effectué une série de criblages CRISPR de ciblage de l'ARN dans des cellules humaines. Ils ont mesuré l'activité de 200 000 ARN guides ciblant des gènes essentiels dans les cellules humaines, y compris les ARN guides "parfaitement adaptés" et les désadaptations, insertions et suppressions hors cible.

Le laboratoire de Sanjana s'est associé à celui de David Knowles, expert en apprentissage automatique, pour concevoir un modèle d'apprentissage profond baptisé TIGER (Targeted Inhibition of Gene Expression via guide RNA design) qui a été entraîné sur les données des cribles CRISPR. En comparant les prédictions générées par le modèle d'apprentissage profond et les tests en laboratoire sur des cellules humaines, TIGER a été capable de prédire l'activité sur cible et hors cible, surpassant les modèles précédents développés pour la conception de guides sur cible Cas13 et fournissant le premier outil de prédiction de l'activité hors cible des CRISPR ciblant l'ARN.

"L'apprentissage automatique et l'apprentissage profond montrent leur force en génomique parce qu'ils peuvent tirer parti des énormes ensembles de données qui peuvent maintenant être générés par les expériences modernes à haut débit. Il est important de noter que nous avons également pu utiliser l'"apprentissage automatique interprétable" pour comprendre pourquoi le modèle prédit qu'un guide spécifique fonctionnera bien", a déclaré M. Knowles, professeur adjoint d'informatique et de biologie des systèmes à la School of Engineering and Applied Science de l'université Columbia, membre de la faculté principale du New York Genome Center et coauteur principal de l'étude.

"Nos recherches antérieures ont montré comment concevoir des guides Cas13 capables d'éliminer un ARN particulier. Avec TIGER, nous pouvons maintenant concevoir des guides Cas13 qui trouvent un équilibre entre l'élimination sur la cible et l'évitement de l'activité hors cible", a déclaré Hans-Hermann (Harm) Wessels, coauteur de l'étude et scientifique principal au New York Genome Center, qui était auparavant chercheur postdoctoral dans le laboratoire de Sanjana.

 Les chercheurs ont également démontré que les prédictions hors cible de TIGER peuvent être utilisées pour moduler précisément le dosage des gènes - la quantité d'un gène particulier qui est exprimée - en permettant l'inhibition partielle de l'expression des gènes dans les cellules avec des guides de mésappariement. Cela peut être utile pour les maladies dans lesquelles il y a trop de copies d'un gène, comme le syndrome de Down, certaines formes de schizophrénie, la maladie de Charcot-Marie-Tooth (une maladie nerveuse héréditaire), ou dans les cancers où l'expression aberrante d'un gène peut conduire à une croissance incontrôlée de la tumeur.

Notre modèle d'apprentissage profond peut nous indiquer non seulement comment concevoir un ARN guide qui supprime complètement un transcrit, mais aussi comment le "régler", par exemple en lui faisant produire seulement 70 % du transcrit d'un gène spécifique", a déclaré Andrew Stirn, doctorant à Columbia Engineering et au New York Genome Center, et coauteur de l'étude.

En associant l'intelligence artificielle à un crible CRISPR ciblant l'ARN, les chercheurs pensent que les prédictions de TIGER permettront d'éviter une activité CRISPR hors cible indésirable et de stimuler le développement d'une nouvelle génération de thérapies ciblant l'ARN.

"À mesure que nous recueillons des ensembles de données plus importants à partir des cribles CRISPR, les possibilités d'appliquer des modèles d'apprentissage automatique sophistiqués sont de plus en plus rapides. Nous avons la chance d'avoir le laboratoire de David à côté du nôtre pour faciliter cette merveilleuse collaboration interdisciplinaire. Grâce à TIGER, nous pouvons prédire les cibles non ciblées et moduler avec précision le dosage des gènes, ce qui ouvre la voie à de nouvelles applications passionnantes pour les CRISPR ciblant l'ARN dans le domaine de la biomédecine", a déclaré Sanjana.

Cette dernière étude fait progresser la large applicabilité des CRISPR ciblant l'ARN pour la génétique humaine et la découverte de médicaments, en s'appuyant sur les travaux antérieurs de l'équipe de l'Université de New York pour développer des règles de conception de l'ARN guide, cibler les ARN dans divers organismes, y compris des virus comme le SRAS-CoV-2, concevoir des protéines et des ARN thérapeutiques, et exploiter la biologie de la cellule unique pour révéler des combinaisons synergiques de médicaments contre la leucémie.

Auteur: Internet

Info: L'IA combinée à CRISPR contrôle précisément l'expression des gènes par l'Université de New York. https://phys.org/, 3 juillet 2023 - Nature Biotechnology. Prediction of on-target and off-target activity of CRISPR-Cas13d guide RNAs using deep learning, Nature Biotechnology (2023). DOI: 10.1038/s41587-023-01830-8

[ génie génétique ]