historique

Défense et illustration de la langue française est un ouvrage collectif qui paraît en 1549 sous le nom de son principal rédacteur, Joachim Du Bellay (1522-1560). Les membres de la Brigade y exposent la nécessité pour les écrivains français d'abandonner le latin et de s'exprimer désormais dans leur propre langue. Celle-ci est certes pauvre, mais différentes méthodes existent qui permettent de l'enrichir : la récupération de termes oubliés ou d'usage réservé à un métier ou à une région, la création de mots nouveaux dérivés du français ou forgés sur des racines latines ou grecques.

Auteur: Picon Jérôme

Info: A la rencontre des grands écrivains français

[ Gaule ] [ littérature ]

thaumaturgie

Au XIIIe siècle, le mystique soufi d’origine berbère Sharaf al-Din al-Busiri (1213-1294), qui vécut en Égypte, fut frappé d’hémiplégie. Il composa un poème en l’honneur du Prophète, espérant son intervention auprès de Dieu pour sa guérison. Quand il l’eut terminé, il vit une nuit le Prophète passer sa main sur son côté paralysé et le couvrir de son manteau. À son réveil, il se trouva guéri et, le bruit du miracle s’étant divulgué malgré sa discrétion, on intitula le poème Le Manteau (La Burda). La tombe d’Al-Busiri, à Alexandrie, est toujours un but de pèlerinage pour les paralytiques.

Auteur: Bouflet Joachim

Info: Une histoire des miracles : Du Moyen Age à nos jours

[ islam ]

djinns

Le nom "Selva de las Almas" était noté. Elle se demanda soudain pourquoi Joachim lors de la séance d'hypnose, et avant lui Roberge dans son journal, avaient traduit en français ces termes par "forêt des Mânes". "Âmes" et "mânes" ne signifient pas tout à fait la même chose...

- Il y a des légendes, répondit Beto à la question. Pour désigner les esprits de la forêt, on utilise plusieurs mots. Almas (âmes), Espirutus (esprits), Fantasmas (fantômes). En réalité, il s'agit encore d'autre chose... Les Indiens disent de cette forêt qu'elle est "non née". C'est un monde d'avant les hommes. Les esprits "non nés" se déplacent sur les embalsados parce qu'ils sont eux-mêmes des "âmes errantes".

Auteur: Grangé Jean-Christophe

Info: La forêt des Mânes

existence

Si notre vie est moins qu’une journée

En l’éternel, si l’an qui fait le tour

Chasse nos jours sans espoir de retour,

Si périssable est toute chose née,



Que songes-tu, mon âme emprisonnée?

Pourquoi te plaît l’obscur de notre jour,

Si pour voler en un plus clair séjour,

Tu as au dos l’aile bien empannée?



Là, est le bien que tout esprit désire,

Là, le repos où tout le monde aspire,

Là, est l’amour, là, le plaisir encore.



Là, ô mon âme au plus haut ciel guidée!

Tu y pourras reconnaître l’Idée

De la beauté, qu’en ce monde j’adore.

Auteur: Du Bellay Joachim

Info: Si notre vie est moins qu’une journée

[ circadienne ] [ poème ]

thérapie

Chez les Grecs l'oniromancie, l'art d'interpréter les songes, était pratiquée par des prêtres dont c'était la principale étude. Asklépios, dont les Latins ont fait Esculape, était fils d'Apollon et de la princesse Coronis. Il présidait à la santé par l'entremise des songes. C'est pourquoi les temples à lui consacrés se doublaient de cliniques, de maisons de repos pour les gens angoissés et déprimés. J'ai vu l'Asklépieion de Pergame en Turquie. Ce qui en subsiste permet d'imaginer comment il se présentait au temps de sa splendeur : gymnases, piscines, théâtre, salles de musique et de danse. Par miracle existent encore intactes la galerie et la rotonde où se trouvait la statue du dieu guérisseur. La statue a disparu, mais non le socle où elle était dressée. C'est là que venaient dormir ceux qui souffraient. Ils passaient la nuit la tête appuyée sur le socle de l'effigie divine et rêvaient. Le lendemain ils confiaient aux prêtres ce qu'ils avaient vu en songe et ceux-ci interprétaient leurs rêves, en tiraient des diagnostics, prescrivaient des remèdes : cure d'eaux thermales, danses rituelles, actions théâtrales, sommeils prolongés, détente et repos... Freud et ses disciples n'ont eu qu'à restaurer leur système pour établir leurs méthodes curatives. Comme à travers les médecins de l'Islam, Joachim de Flore et Paracelse il existe une tradition ininterrompue depuis l'Antiquité, on peut dire que le traitement des troubles psychiques par l'interprétation des rêves n'a cessé d'être en vigueur.

Auteur: Schneider Marcel

Info: Le Labyrinthe de l'Arioste : Essai sur l'allégorique, le légendaire et le stupéfiant

[ historique ]

mathématiques

La valeur trinitaire du triangle rectangle de Pythagore pouvait trouver une préfiguration dans sa probable source égyptienne, où il était dénommé "triangle isiaque" et pensé comme l’image la plus exacte de la nature de l’univers. Significativement, ses trois côtés étaient respectivement associés à Osiris (3), Isis (4) et Horus (5), marquant l’hypoténuse, produit de l’union des deux précédents. Cette géométrie théologique trouvera une correspondance dès le haut Moyen Age chrétien à travers l’assimilation de l’hypoténuse au Saint-Esprit, médiateur entre le Père et le Fils, avant de nets prolongements à la Renaissance. Ainsi, Guillaume Postel identifiait les côtés de valeurs 3, 4, 5 du triangle pythagoricien aux trois personnes de la Trinité, insistant sur le 4, assimilé au Christ. Poursuivant la méditation égypto-grecque qui posait ce triangle comme une figure clé de la nature de l’univers, il rappelait également que 3, 4 et 5 constituaient les nombres-racines des cinq solides géométriques platoniciens, archétypes "élémentaires" du monde manifesté. Dès l’Antiquité, cette dimension trinitaire et génésique put se doubler d’une perspective cyclologique voire eschatologique : dans son De Vita Contemplativa, Philon d’Alexandrie avait déjà montré que l’addition des nombres 3, 4, 5 élevés au carré donnait 50, nombre "jubilaire" marquant symboliquement dans le judaïsme le renouvellement des temps et la "remise des dettes". Agrippa rapportera pour sa part la suite 3-4-5 au nombre de lettres des trois noms divins qui rythment le progrès de la révélation divine, non sans écho à la doctrine joachimite des trois âges : le 3, associé à Shaddaï et au "temps de la nature", le 4 au Tétragramme et au "temps de la loi", enfin le 5 à Jésus, tel que noté dans la Kabbale chrétienne, instaurant le "temps de la grâce" (Agrippa, livre II, chap. 8).

Auteur: Viride Jean

Info: Harmoniques du "quatre de chiffre" dans Liber n°26 printemps 2021, pages 75-76

[ symbole ] [ mythologie ] [ historique ]

occident

Joachim [de Flore] rompit avec la conception augustinienne d’une société chrétienne en appliquant le symbole de la Trinité au cours de l’histoire. D’après sa conception, l’histoire de l’humanité se décomposait en trois périodes, chacune d’elles correspondant aux trois personnes de la Trinité (…) ces trois âges se caractérisaient par un accroissement sensible de plénitude spirituelle (...) l’eschatologie trinitaire de Joachim créa l’ensemble des symboles qui préside à l’auto-interprétation de la société politique moderne jusqu’à nos jours.

Le premier de ces symboles est celui de l’histoire conçue comme une séquence de trois âges, le troisième représentant clairement le Troisième et dernier Règne. La périodisation humaniste et encyclopédiste de l’histoire en histoire antique, histoire médiévale et histoire moderne constitue une variation sur ce symbole ; il en va de même des théories de Turgot et Comte concernant une série de phases théologique, métaphysique et scientifique, ou de la dialectique hégélienne des trois étapes de la liberté et de l’accomplissement de l’Esprit dans son autoréfléxion, voire de la dialectique marxiste des trois étapes du communisme primitif, de la société de classe et du communisme final, et, enfin, du symbole du Troisième Reich du national-socialisme – encore qu’il s’agisse là d’un cas particulier qui mérite qu’on l’examine plus en détail.

Le second symbole est celui du chef : il exerça une influence immédiate dans les mouvements des spiritualistes franciscains (…) renforcé par les spéculations de Dante sur le Dux du nouvel âge spirituel (…) il constitue ensuite une composante du Principe de Machiavel et, à l’époque de la sécularisation, il apparaît sous la forme des surhommes chez Condorcet, Comte, et Marx. (…)

Le troisième symbole, parfois mêlé au second, est celui du prophète du nouvel âge (…) l’intellectuel gnostique devient-il une composante de la civilisation moderne. Joachim lui-même est le premier exemple de ce genre (…) le quatrième symbole est celui de la communauté des personnes autonomes sur le plan spirituel (…) pouvant se passer de toute autorité institutionnelle (…) sous sa forme séculière, elle est devenue une composante importante du crédo démocratique contemporain (…) l’idée russe de la Troisième Rome se caractérise par le même mélange d’une eschatologie du règne de l’Esprit et de son accomplissement dans une société politique, à l’œuvre dans l’idée national-socialiste du Troisième Reich.

Auteur: Voegelin Eric

Info: La Nouvelle science du politique, pp. 164-168

[ christianisme ] [ évolution ]

nanomonde

Comment l’IA impacte la recherche sur la structure des protéines

Chaque être humain possède plus de 20 000 protéines. Par exemple l’hémoglobine qui s’occupe du transport de l’oxygène depuis les poumons vers les cellules de tout le corps, ou encore l’insuline qui indique à l’organisme la présence de sucre dans le sang.

Chaque protéine est formée d’une suite d’acides aminés, dont la séquence détermine son repliement et sa structure spatiale – un peu comme si un mot se repliait dans l’espace en fonction des enchaînements de lettres dont il est composé. Cette séquence et ce repliement (ou structure) de la protéine déterminent sa fonction biologique : leur étude est le domaine de la « biologie structurale ». Elle s’appuie sur différentes méthodes expérimentales complémentaires, qui ont permis des avancées considérables dans notre compréhension du monde du vivant ces dernières décennies, et permet notamment la conception de nouveaux médicaments.

Depuis les années 1970, on cherche à connaître les structures de protéines à partir de la seule connaissance de la séquence d’acides aminés (on dit « ab initio »). Ce n’est que très récemment, en 2020, que ceci est devenu possible de manière quasi systématique, avec l’essor de l’intelligence artificielle et en particulier d’AlphaFold, un système d’IA développé par une entreprise appartenant à Google.

Face à ces progrès de l’intelligence artificielle, quel est désormais le rôle des chercheurs en biologie structurale ?

Pour le comprendre, il faut savoir qu’un des défis de la biologie de demain est la "biologie intégrative", qui a pour objectif de comprendre les processus biologiques au niveau moléculaire dans leurs contextes à l’échelle de la cellule. Vu la complexité des processus biologiques, une approche pluridisciplinaire est indispensable. Elle s’appuie sur les techniques expérimentales, qui restent incontournables pour l’étude de la structure des protéines, leur dynamique et leurs interactions. De plus, chacune des techniques expérimentales peut bénéficier à sa manière des prédictions théoriques d’AlphaFold.

(Photo) Les structures de trois protéines de la bactérie Escherichia coli, déterminées par les trois méthodes expérimentales expliquées dans l’article, à l’Institut de Biologie Structurale de Grenoble. Beate Bersch, IBS, à partir d’une illustration de David Goodsell, Fourni par l'auteur

La cristallographie aux rayons X

La cristallographie est, à cette date, la technique la plus utilisée en biologie structurale. Elle a permis de recenser plus de 170 000 structures de protéines dans la "Protein Data Bank", avec plus de 10 000 repliements différents.

Pour utiliser la cristallographie à rayons X, il faut faire "cristalliser les protéines". On dit souvent que cette technique est limitée par la qualité de cristaux de protéines, qui est moindre pour les grosses protéines. Mais cette notion ne correspond pas toujours à la réalité : par exemple, la structure du ribosome, l’énorme machine moléculaire qui assemble les protéines, a été résolue à 2,8 angströms de résolution. Venkatraman Ramakrishnan, Thomas Steitz et Ada Yonath ont reçu le prix Nobel de chimie en 2009 pour ce travail.

Avec le développement récent du laser X à électron libre (XFEL), il est devenu possible d’étudier simultanément des milliers de microcristaux de protéines à température ambiante et à l’échelle de la femtoseconde (10-15 secondes, soit un millionième de milliardième de seconde, l’échelle de temps à laquelle ont lieu les réactions chimiques et le repliement des protéines). Cette technique permet d’imager les protéines avant qu’elles ne soient détruites. Elle est en train de révolutionner la "cristallographie cinétique", qui permet de voir les protéines "en action", ainsi que la recherche de médicaments.

Pour l’instant, l’apport d’AlphaFold à l’étude de la structure des protéines par cristallographie s’est concentré dans la génération de modèles de protéines assez précis pour appliquer la technique dite de "remplacement moléculaire" à la résolution des structures.

La spectroscopie par résonance magnétique nucléaire

Une autre méthode expérimentale pour étudier la structure des protéines est la "spectroscopie par résonance magnétique nucléaire". Alors que son alter ego d’imagerie médicale, l’IRM, regarde la distribution spatiale d’un seul signal, caractéristique des éléments chimiques dans les tissus biologiques observés, en spectroscopie par résonance magnétique nucléaire, c’est un ensemble de signaux provenant des atomes constituant la protéine qui est enregistré (ce qu’on appelle le "spectre").

Généralement, la détermination de la structure par résonance magnétique est limitée à des protéines de taille modeste. On calcule des modèles de molécules basés sur des paramètres structuraux (comme des distances interatomiques), provenant de l’analyse des spectres expérimentaux. On peut s’imaginer cela comme dans les débuts de la cartographie, où des distances entre des points de référence permettaient de dessiner des cartes en 2D. Pour faciliter l’interprétation des spectres qui contiennent beaucoup d’information, on peut utiliser des modèles obtenus par prédiction (plutôt qu’expérimentalement), comme avec AlphaFold.

En plus de la détermination structurale, la spectroscopie par résonance magnétique nucléaire apporte deux atouts majeurs. D’une part, en général, l’étude est effectuée avec un échantillon en solution aqueuse et il est possible d’observer les parties particulièrement flexibles des protéines, souvent invisibles avec les autres techniques. On peut même quantifier leur mouvement en termes d’amplitude et de fréquence, ce qui est extrêmement utile car la dynamique interne des protéines est aussi cruciale pour leur fonctionnement que leur structure.

D’autre part, la spectroscopie par résonance magnétique nucléaire permet de détecter aisément les interactions des protéines avec des petites molécules (ligands, inhibiteurs) ou d’autres protéines. Ceci permet d’identifier les sites d’interaction, information essentielle entre autres pour la conception rationnelle de molécules actives comme des médicaments.

Ces propriétés font de la spectroscopie par résonance magnétique nucléaire un outil extraordinaire pour la caractérisation fonctionnelle des protéines en complémentarité avec d’autres techniques expérimentales et l’IA.

La "cryomicroscopie électronique"

La cryomicroscopie électronique consiste à congeler ultrarapidement (environ -180 °C) un échantillon hydraté dans une fine couche de glace, qui sera traversée par les électrons. Les électrons transmis vont générer une image de l’échantillon, qui après analyse, permet d’accéder à des structures qui peuvent atteindre la résolution atomique. En comparaison, un microscope optique n’a un pouvoir résolutif que de quelques centaines de nanomètres, qui correspond à la longueur d’onde de la lumière utilisée ; seul un microscope utilisant une source possédant des longueurs d’onde suffisamment faibles (comme les électrons pour la microscopie électronique) possède un pouvoir résolutif théorique de l’ordre de l’angström. Le prix Nobel de Chimie 2017 a été décerné à Jacques Dubochet, Richard Henderson et Joachim Frank pour leurs contributions au développement de la cryomicroscopie électronique.

Avec de nombreux développements technologiques, dont celui des détecteurs à électrons directs, depuis le milieu des années 2010, cette technique est devenue essentielle en biologie structurale en amorçant une "révolution de la résolution". En effet, la cryomicroscopie électronique permet désormais d’obtenir des structures avec une résolution atomique, comme dans le cas de l’apoferritine – une protéine de l’intestin grêle qui contribue à l’absorption du fer – à 1,25 angström de résolution.

Son principal atout est de permettre de déterminer la structure d’objets de taille moyenne, au-delà de 50 000 Dalton (un Dalton correspond environ à la masse d’un atome d’hydrogène), comme l’hémoglobine de 64 000 Dalton, mais également d’objets de quelques milliards de daltons (comme le mimivirus, virus géant d’environ 0,5 micromètre).

Malgré toutes les avancées technologiques précédemment évoquées, la cryomicroscopie ne permet pas toujours de résoudre à suffisamment haute résolution la structure de "complexes", constitués de plusieurs protéines. C’est ici qu’AlphaFold peut aider et permettre, en complémentarité avec la cryomicroscopie, de décrire les interactions au niveau atomique entre les différents constituants d’un complexe. Cette complémentarité donne une force nouvelle à la cryomicroscopie électronique pour son rôle à jouer demain en biologie structurale.

Les apports d’AlphaFold

AlphaFold permet de prédire la structure de protéines uniquement à partir de leur séquence avec la connaissance acquise par la biologie structurale expérimentale. Cette approche est révolutionnaire car les séquences de beaucoup de protéines sont connues à travers les efforts des séquençages des génomes, mais déterminer leurs structures expérimentalement nécessiterait des moyens humains et techniques colossaux.

À l’heure actuelle, ce type de programme représente donc un acteur supplémentaire de complémentarité, mais ne se substitue pas aux techniques expérimentales qui, comme nous l’avons vu, apportent aussi des informations complémentaires (dynamiques, interfaces), à des échelles différentes (des sites métalliques aux complexes multiprotéiques) et plus fiables, car expérimentalement vérifiées. Au-delà de la pure détermination structurale d’une protéine isolée, la complexité des systèmes biologiques nécessite souvent une approche pluridisciplinaire afin d’élucider mécanismes et fonctions de ces biomolécules fascinantes que sont les protéines.

Auteur: Internet

Info: Published: December 19, 2022 Beate Bersch, Emmanuelle Neumann, Juan Fontecilla, Université Grenoble Alpes (UGA)

[ gnose chimique ]