écrivain-sur-écrivain

Il représente le néo-surréalisme, qu’André Breton a salué sans parvenir à l’imposer à ses disciples. Et c’est un philosophe-poète dont les écrits, même quand ils sont inachevés ou remplis d’assertions arbitraires, contiennent des éclairs de génie et un art de penser pouvant influer bénéfiquement sur l’essor intellectuel du XXIe siècle.

Auteur: Sarane Alexandrian

Info: A propos de Malcolm de Chazal

[ avis ] [ éloge ] [ résumé ]

éthique

Se bercer de l’attente d’un progrès spirituel qui sortirait du progrès matériel comme l’arbre sort de la graine ou l’oiseau de l’œuf, est un beau rêve qui risque de se terminer en cauchemar. Il y a là deux ordres de grandeur qui, comme Pascal l’a montré une fois pour toutes, sont absolument irréductibles l’une à l’autre. Ce qui ne signifie pas qu’on doive les séparer. Car si l’essor technique ne peut être, à aucun degré, la cause d’une ascension spirituelle, il porte en lui l’exigence de cette ascension. [...]

En résumé, le progrès technique doit nous apparaître comme une question posée par la science à la conscience.

Auteur: Thibon Gustave

Info: Dans "L'équilibre et l'harmonie", Librairie Arthème, Fayard, 1976, page 24

[ développement ] [ autolimitation ] [ puissance ]

pouvoirs cycliques

Les époques de gloire des nations sont celles que façonnent les aventuriers, les vagabonds, les déracinés nostalgiques, celles où la haine, la vengeance et l’honneur ouvrent les cœurs sur d’autres horizons et voient dans les conquêtes le but suprême de l’existence. Dès que les Anglais cessèrent d’être cruels et préférèrent la tranquillité à l’intrépidité, l’aisance à la vaillance, la livre à l’ivresse, ils sombrèrent sans rémission ni vergogne dans le déclin, l’agiotage, le boursicotage, la démocratie et l’agonie. La raison s’intronisa dans leur vie, cette raison qui coupe court à l’essor des nations et des individus. Un peuple établi est un peuple perdu, tout comme l’est un homme assagi. Les gens de sac et de corde, les vauriens, les scélérats agressifs bâtissent les empires ; les députés, les idéologies et les principes les gouvernent et les ruinent.

Auteur: Cioran Emil Michel

Info: Bréviaire des vaincus (23)

[ arrivistes arrivés ] [ décadence ]

pensée

"Représentation"  signifie d’abord délégation. Un questionnement nouveau en découle : concevoir ce qui est mis, déposé dans la scène. Ce terme grec (skènè), porteur de négativité – étymologiquement un "lieu d’ombre et de ténèbres" - nous oriente. Comme le suggère le principe même du théâtre (terme venu des Grecs lui aussi) – "voir, examiner avec admiration" - la scène comme telle est un lieu vide, en attente de l’acteur et de la narration, c’est-à-dire d’un donné à voir et à entendre, qui empoigne le sujet.

S’il en est ainsi, si la scène recèle le pouvoir de montrer, cette remarque confirme le bien-fondé, pour l’Anthropologie dogmatique, d’en appeler à l’instance du Miroir, en quelque sorte le prototype de la scène, la structure théâtrale première. L’entrée de l’animal humain dans le lien spéculaire tel que circonscrit par la psychanalyse [...] signe l’avènement de la conscience réflexive, c’est-à-dire de la spéculation. En d’autres termes [...] : l’essor originaire du principe de Raison pour le sujet, c’est la spécularité.

Auteur: Legendre Pierre

Info: Dans "Leçons X, Dogma : Instituer l'animal humain", Librairie Arthème Fayard, 2017, pages 31-32

[ signification ] [ réflexivité ] [ image ]

beaux-arts

Nous avons vécu deux ou trois siècles avec le sentiment que la Renaissance italienne retrouva, pour notre consolation, la voie perdue de l’art antique, et qu’il n’y avait avant elle et hors d’elle que barbarie et confusion. Quand notre besoin de les aimer nous a fait regarder passionnément l’œuvre laissée par les artistes qui précédèrent, aux derniers temps du moyen âge, l’essor italien, nous avons méconnu et calomnié l’Italie. Nous lui avons reproché l’action qu’elle exerça sur les peuples occidentaux, nous avons refusé de voir que les peuples occidentaux, après l’épuisement momentané de leurs ressources spirituelles, devaient subir la loi commune et demander à des éléments plus neufs de féconder leur esprit. Nous sommes ainsi faits qu’il nous est très difficile de nous placer hors de l’histoire pour la considérer de loin et que nous attribuons trop volontiers une valeur définitive aux sentiments que nos désirs actuels nous dictent. Ce besoin d’absolu qui est notre souffrance et notre force et notre gloire, nous refusons de l’accorder aux hommes qui prirent, pour l’assouvir, un autre chemin que nous.

Auteur: Faure Elie

Info: Histoire de l'art. L'art renaissant

[ historique ] [ intolérance ]

origine du langage

Disciples d’Hermès, les aèdes sont donc les messagers, ceux qui assurent un rôle d’intermédiaires entre les hommes et la transcendance.

Nous avons par conséquent affaire ici à une vision opérative, quasi théurgique, de la parole, selon laquelle le signe linguistique révèle symboliquement l’intériorité et l’énergie de chaque être. Avec l’effacement progressif de cette doctrine s’est développée une opinion inverse de la langue, consécutivement à l’avènement de la démocratie et de la pensée philosophique. Cette "laïcisation" de l’oralité devait engendrer, suivant la formule de M. Détienne, "l’acte de décès de la parole efficace". C’est notamment Simonide et le mouvement sophistique qui vont provoquer l’essor d’un usage profane de la langue, désormais au service de l’illusion et de la tromperie (apate). Dans cette optique nouvelle, le logos deviendra une "réalité autonome soumise à ses propres lois", susceptible d’être analysée rationnellement suivant une méthode réflexive détachée de toute sacralité. Seules certaines écoles de type initiatique, comme celle de Pythagore, prolongeront assez directement les traditions archaïques antérieures. De même que dans l’Orphisme, les pythagoriciens penseront les noms comme étant l’expression de la nature des choses. L’établissement des noms demeure chez eux solidaire de la création et est, pour ce motif, l’oeuvre "d’êtres surhumains" (daimones). Pour ne pas être conventionnel, c’est-à-dire non motivé, l’acte de nomination est un acte divin. Sa dimension cosmologique s’explique par le fait que le nom donne en un sens l’existence à l’objet et, en même temps, symbolise concrètement son essence. Cette thèse, qui est aussi celle de Cratyle dans le dialogue de Platon, n’exclut pas néanmoins la position selon laquelle les langues se seraient dégradées et déformées au point de perdre leur efficacité originelle. Socrate dit en effet que "les premiers noms établis ont été comme enfouis par ceux qui voulaient en rehausser la magnificence (...) et ces mots ont été tordus dans tous les sens". De ce point de vue, que reprendra beaucoup plus tard J. de Maistre à propos des langues de certains "sauvages" qu’il dira être les débris de langues antiques, une nuance semble accompagner la doctrine cratylienne sans pour autant la renier. La langue aurait subi une série d’amoindrissements, de modifications, qui ont affaibli sa force initiale. Seuls les dieux, affirmait Socrate de façon très suggestive, "emploient, eux, les noms véritables"...

Auteur: Geay Patrick

Info: Dans "Hermès trahi", page 162

[ historique ] [ théories ] [ sacré-profane ] [ réversibilité sémiotique ]

système économique

Dans un régime libéral, le contrôle social n’est plus politique mais juridique : il s’agit de se conformer à un corpus de normes distantes. Une première conséquence de ce bouleversement concerne les limites de la surveillance. Dans un monde divisé selon des lignes politiques, la surveillance est nécessairement limitée, à une zone géographique et à une communauté données. Tant que des distinctions proprement politiques subsistent, l’idée d’une surveillance mondiale [...] est un non-sens. Une mondialisation du contrôle n’est possible qu’après l’abolition des frontières politiques et leur remplacement par des normes juridiques abstraites, à vocation supposément universelle. En cela, seul un cadre de pensée libéral peut s’accommoder d’une mondialisation du contrôle social.

Deuxièmement, l’essor d’un contrôle social de nature juridique s’accompagne d’un changement de nature de l’espace public. Traditionnellement, l’accès à l’espace public était régulé par des facteurs politiques. [...] Ce sont donc toujours les appartenances qui ouvrent ou non l’accès à l’espace public. [...] C’est parce qu’une unité politique existe au préalable que l’on peut, ex post, laisser certaines latitudes aux hommes. A l’inverse, dès lors que le libéralisme a délégitimé les appartenances politiques, celles-ci ne constituent plus une base viable pour réguler l’accès à l’espace public. Cela ne veut néanmoins pas dire que l’accès à l’espace public devient totalement libre, mais que les restrictions changent de nature : elles sont désormais juridiques. Pour accéder à l’espace public, l’homme doit montrer sa conformité à une norme extérieure, plus ou moins abstraite. [...]

Troisièmement, la formalisation du contrôle social a des implications sociologiques voire anthropologiques. Traditionnellement, lorsque le contrôle social est informel, reflétant les valeurs d’un groupe, il est aisé d’en intérioriser le contenu, qui devient partie intégrante de l’éthique personnelle et des traditions communautaires. [...] La situation est toute différente dans le monde libéral moderne. Le contrôle social est purement extérieur, et ne peut donc pas être intériorisé. Il est bien davantage perçu comme arbitraire, et ne joue aucun rôle intégrateur à une communauté. Il ouvre simplement des portes pour des individus indistincts. Sur le temps long, le rapport que les hommes entretiennent aux institutions de contrôle est donc tout différent. Il n’y a aucun rapport intime à celles-ci, mais au contraire le sentiment d’une absence de sens qui caractérise les grandes machines bureaucratiques et techniques. Le progrès dans l’abstraction du contrôle est in fine facteur de déshumanisation.

Auteur: Travers Guillaume

Info: Dans "La société de surveillance, stade ultime du libéralisme", La nouvelle librairie, Paris, 2021, pages 61 à 64

[ globlisation ] [ virtualisation ] [ déracinement ]

dépendance

Trop de stimulis et un cerveau humain incapable d'y répondre : comment le porno devient une véritable addiction
À la fin de l’année 2017, le premier salon de pornographie en réalité virtuelle au Japon a été submergé par le nombre de visiteurs qui se pressaient à l’entrée, dans un pays où un homme sur deux de moins de 30 ans n’a jamais eu de rapport sexuel réel. Les foules de visiteurs s’agglutinant dans les rues dans l’espoir de pénétrer dans le salon ont révélé tout l’attrait que revêt le sexe virtuel hyper-réaliste pour les hommes en prise directe avec la technologie numérique. Il ne fait guère de doute que ces interfaces virtuelles seront le prochain mode de consommation de sexe à l’échelle planétaire.

En voyant les reportages consacrés à ce type d’événements, on se trouve brutalement confronté avec les images saisissantes d’un jeune cadre célibataire japonais en jean et baskets en train de copuler avec un fragment d’effigie de femme en plastique reliée à des capteurs retransmettant ses mouvements à une interface informatique, laquelle projette une représentation idéalisée de sa partenaire dans son casque 3D. On a le sentiment frappant d’une transposition de l’expérience d’Olds et Milner à l’être humain. Avec la consommation de masse du sexe, nous nous retrouvons ainsi dans la même situation qu’un mangeur du paléolithique qui ferait face, brusquement, à l’abondance de nourriture dégorgeant de nos supermarchés et des fast-foods de nos grandes métropoles. Le problème n’est plus la quantité. Le problème est de s’arrêter. Mais les structures profondes de notre cerveau qui fonctionnent à grand renfort de dopamine ne possèdent pas de fonction stop. Le citoyen du troisième millénaire ne découvre le problème que lorsqu’il commence à souffrir de troubles sexuels, de dysphorie ou d’addiction sexuelle, dus à la consommation excessive de sexe virtuel, puisque les troubles de l’érection ont doublé au cours de la dernière décennie, de façon parallèle à l’essor de la pornographie sur Internet.

En 2016 a été publiée la première étude d’imagerie cérébrale sur l’addiction à la pornographie sur Internet. Ce qu’elle montrait était édifiant : non seulement le visionnage des vidéos activait le striatum ventral (où se trouve notamment le fameux noyau accumbens), mais le niveau d’activité de ce striatum permettait de prédire si une personne donnée allait être modérément ou gravement touchée par les symptômes d’addiction à la pornographie sur le Web, comme le caractère envahissant du comportement, l’impossibilité de maîtriser son envie de surfer sur les sites pornographiques, le besoin d’augmenter les doses (phénomène de tolérance), les symptômes de manque en cas d’impossibilité d’y accéder, la perte de sensibilité aux stimulations sexuelles, les dysfonctions érectiles et les conséquences adverses sur le plan relationnel, que ce soit sur le couple ou les relations sociales en général.

Savoir pourquoi notre striatum est incapable de se modérer est une question fondamentale dont vont dépendre certains des grands enjeux de nos sociétés et de notre planète. Car si environ 35 % du trafic Internet est consacré à des visionnages de vidéos pornographiques, cela signifie rien de moins que l’impact de l’appétit sexuel de nos striatums sur la planète Terre est de 150 millions de tonnes de dioxyde de carbone émises dans l’atmosphère chaque année, soit entre un cinquième et un tiers des émissions de gaz à effet de serre dues au trafic aérien. Selon certains analystes comme Anders Andrae, de l’université de Göteborg en Suède, les technologies de la communication pourraient représenter plus de la moitié de la consommation globale d’électricité à l’échelle de la planète en 2030. Sans le savoir, nous sommes comme les rats de James Olds et Peter Milner dans une cage munie d’un levier que nous pouvons actionner sans fin, sans réfléchir au fait que ce geste quotidien prépare une montée des océans qui engloutira des millions d’habitations dans les années à venir.

Auteur: Bohler Sébastien

Info: Internet, critique et extraits du livre de S Bohler, "Le bug humain, Pourquoi notre cerveau nous pousse à détruire la planète et comment l’en empêcher" aux éditions Robert Laffont. https://www.atlantico.fr

[ virtualisation ]

infox

Avons-nous une information économique indépendante? Cet ouvrage est un guide sans complaisance pour comprendre l’était réel de l’économie — inflation, chômage, propriété, retraites, contenus sponsorisés — loin du chichi et du marketing.

Si vous avez fait le plein d’essence dernièrement, vous avez vu la pompe indiquer 130, voire 140 francs suivant la taille de votre réservoir. Pourtant, votre coût de la vie est mal reflété par les statistiques de l’inflation. Celle-ci était déjà une réalité de votre quotidien avant le Covid et avant la guerre en Ukraine, mais l’indice officiel ne vous renseignait que peu sur votre pouvoir d’achat.

L'immobilier s'est envolé

Depuis quelques années, vous avez sans doute constaté que les prix de l’immobilier ont fortement augmenté en Suisse. Vous aurez noté que certes, les taux hypothécaires s’affichent au plancher, à 1%, mais que les jeunes couples peinent à emprunter à la banque pour acquérir un bien à 1 million, s’ils gagnent moins de 180'000 francs. Peut-être avez-vous vu passer le fait qu’en Suisse, la part des ménages propriétaires de leur logement est tombée de 48% à 37% sur la décennie. Ailleurs, les problématiques sont similaires. En France, le logement ne pèse que 6% dans l’indice calculé par l’Insee, alors que chez une partie des locataires, la part des loyers est de 20% du budget et chez une partie des propriétaires, le remboursement des emprunts s’élève à 25% du budget.

Les primes maladies en forte hausse

Vous avez peut-être aussi vu que les primes maladie en Suisse se sont envolées (de 70%) alors même que l’inflation officielle était donnée à 0%, entre 2008 et 2018, et que les salaires n’ont pas été ajustés en conséquence. Vous avez peut-être cherché l’indice des primes maladie de la Confédération, calculé séparément, mais vous avez vu que même lui traduit mal l’impact beaucoup plus fort des hausses de primes sur les bas revenus que sur les hauts revenus, et que son utilité s’avère limitée.

Vous aurez peut-être vu que le nombre de ménages subventionnés pour payer l’assurance maladie a doublé depuis 1996, ce qui peut étonner dans un pays aussi riche que la Suisse. Le nombre de bénéficiaires a augmenté deux fois plus vite que la population, et le montant du subside moyen versé par assuré a triplé depuis 1996.

Et l'inflation, dans tout ça?

Une statistique de l’inflation qui, dans les pays développés, n’informe pas sur le coût de la vie, car elle exclut à peu près tout ce qui monte (assurances, logement, bourse, et dont l’indice étroit exclut l’alimentation et l’énergie): qu’est-ce que cela apporte, à part une image lustrée, peu en phase avec le quotidien de millions de ménages et peu propice à une adaptation des salaires?

Vous avez peut-être constaté que vos avoirs de 2ème pilier n’avaient pas beaucoup bénéficié de l’envolée phénoménale de la bourse ces dix dernières années. La priorité des caisses de pension a été d’alimenter les réserves pour longévité, et c’est tant mieux, mais ça met à mal le lieu commun qui veut que "quand la bourse monte, on est tous gagnants".

Les salariés, grands perdants du siècle

Vous saviez peut-être qu’à cotisations égales, les assurés d’aujourd’hui toucheront 30% moins de deuxième pilier que les générations précédentes. Et que la part de la population directement exposée à la bourse via des portefeuilles d’investissements ne dépasse pas les 10% aux Etats-Unis et probablement aussi en Europe, confirmant que la bourse n’est pas une richesse collective et que la stagnation des salaires a détérioré le pouvoir d’achat de ceux, largement majoritaires, qui dépendent exclusivement de ce revenu.

Peut-être avez-vous également noté que les chiffres du chômage en Suisse, donnés à 2,5%, n’incluent pas les inactifs et les fins de droit, sortis des statistiques, et ne tiennent pas compte du phénomène de sous-emploi, des CDD chez les jeunes ou du chômage des seniors, qui sont en nette hausse.

Dans cet ouvrage il est question de tous ces chiffres qui minimisent les aspects moins reluisants de notre économie, et dont j’observe la faible valeur informative depuis deux décennies de journalisme économique.

Les fake news économiques, un fléau moderne

Tout cela pour dire que la désinformation économique existe dans les pays développés. Les statistiques officielles sont aussi enjolivées, parfois: les déficits budgétaires européens ont été retouchés par tous les pays de l’UE, et pas seulement par la Grèce. On fait dire beaucoup de choses à une statistique de PIB, alors que sa croissance est souvent surestimée par une inflation calculée trop bas.

On publie le chiffre initial du PIB, puis sa version révisée et plus correcte vient plus tard ; mais seul le chiffre initial, souvent trop flatteur, sera largement diffusé. Un PIB devrait être complété par nombre d’indicateurs démographiques et de développement humain si l’on veut avoir une image réaliste de la performance d’un pays.

Du côté corporate, lorsqu’on lit un rapport annuel d’entreprise, on comprend vite que tant de transparence va nous noyer. Parfois, certains rapports annuels font 500 pages, et pourtant, l’essentiel n’y figure pas toujours, ou n’est pas facile à trouver. Les comptes de Credit Suisse ne disaient rien de l’exposition au fonds spéculatif Archegos, qui lui a valu une perte de 5 milliards.

Les comptes d’UBS ne disaient pas un mot de l’exposition aux subprimes américains, qui a duré des années et a constitué une part majeure des profits du groupe. Chez la plupart des multinationales, beaucoup trop de pages technico-légales noient l’information pertinente des comptes, et encore plus de pages sur la responsabilité sociale et environnementale assomment le lecteur par un marketing qui confine dans certains cas au greenwashing. C’est pourquoi j’ai voulu attirer l’attention des lecteurs, à travers cet ouvrage ici résumé, sur les nombreuses imperfections de l’information économique et financière.

Comment bien s'informer aujourd'hui en matière économique?

De nombreux autres exemples sont abordés dans le livre, et notamment le cas des fuites des paradis fiscaux divulgués par des consortiums de journalistes sur la base de sources anonymes, la question du financement des médias et des conflits d’intérêts potentiels, la manipulation des cours de l’or et ses conséquences, les campagnes de désinformation orchestrées par des agences de propagande de plus en plus actives, l’essor du marketing et de la publicité qui ne pose nul problème en soi, sauf quand ces contenus pénètrent l’information économique indépendante, et aussi l’essor des entreprises en tant que médias, avec des moyens démultipliés, et la question de l’indépendance de l’information.

Comment bien s’informer aujourd’hui en matière économique? Cet ouvrage sans complaisance se veut un guide face à toutes ces façons qu’a l’information, dans les pays développés, de se brouiller, de se diluer, de s’embellir, de perdre son indépendance, son objectivité, son utilité sociale et son rôle au service de l’intérêt public. La politisation des chiffres et l’embellissement des statistiques officielles sont souvent masquées par l’extrême mathématisation des indices.

On croirait qu’il s’agit de sciences dures, apolitiques, alors qu’en réalité, derrière chaque chiffre, il y a des postulats et des choix de société. Mieux s’informer sur l’état réel de nos sociétés, recouper les informations, n’a jamais été aussi primordial. Après avoir lu cet ouvrage, vous ne prendrez plus les statistiques officielles ou les concepts à la mode pour argent comptant. Et c’est tout ce que je vous souhaite. 

Auteur: Zaki Myret

Info: Désinformation économique, février 2022, éditions Favre. https://www.blick.ch/

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nanomonde

Comment l’IA impacte la recherche sur la structure des protéines

Chaque être humain possède plus de 20 000 protéines. Par exemple l’hémoglobine qui s’occupe du transport de l’oxygène depuis les poumons vers les cellules de tout le corps, ou encore l’insuline qui indique à l’organisme la présence de sucre dans le sang.

Chaque protéine est formée d’une suite d’acides aminés, dont la séquence détermine son repliement et sa structure spatiale – un peu comme si un mot se repliait dans l’espace en fonction des enchaînements de lettres dont il est composé. Cette séquence et ce repliement (ou structure) de la protéine déterminent sa fonction biologique : leur étude est le domaine de la « biologie structurale ». Elle s’appuie sur différentes méthodes expérimentales complémentaires, qui ont permis des avancées considérables dans notre compréhension du monde du vivant ces dernières décennies, et permet notamment la conception de nouveaux médicaments.

Depuis les années 1970, on cherche à connaître les structures de protéines à partir de la seule connaissance de la séquence d’acides aminés (on dit « ab initio »). Ce n’est que très récemment, en 2020, que ceci est devenu possible de manière quasi systématique, avec l’essor de l’intelligence artificielle et en particulier d’AlphaFold, un système d’IA développé par une entreprise appartenant à Google.

Face à ces progrès de l’intelligence artificielle, quel est désormais le rôle des chercheurs en biologie structurale ?

Pour le comprendre, il faut savoir qu’un des défis de la biologie de demain est la "biologie intégrative", qui a pour objectif de comprendre les processus biologiques au niveau moléculaire dans leurs contextes à l’échelle de la cellule. Vu la complexité des processus biologiques, une approche pluridisciplinaire est indispensable. Elle s’appuie sur les techniques expérimentales, qui restent incontournables pour l’étude de la structure des protéines, leur dynamique et leurs interactions. De plus, chacune des techniques expérimentales peut bénéficier à sa manière des prédictions théoriques d’AlphaFold.

(Photo) Les structures de trois protéines de la bactérie Escherichia coli, déterminées par les trois méthodes expérimentales expliquées dans l’article, à l’Institut de Biologie Structurale de Grenoble. Beate Bersch, IBS, à partir d’une illustration de David Goodsell, Fourni par l'auteur

La cristallographie aux rayons X

La cristallographie est, à cette date, la technique la plus utilisée en biologie structurale. Elle a permis de recenser plus de 170 000 structures de protéines dans la "Protein Data Bank", avec plus de 10 000 repliements différents.

Pour utiliser la cristallographie à rayons X, il faut faire "cristalliser les protéines". On dit souvent que cette technique est limitée par la qualité de cristaux de protéines, qui est moindre pour les grosses protéines. Mais cette notion ne correspond pas toujours à la réalité : par exemple, la structure du ribosome, l’énorme machine moléculaire qui assemble les protéines, a été résolue à 2,8 angströms de résolution. Venkatraman Ramakrishnan, Thomas Steitz et Ada Yonath ont reçu le prix Nobel de chimie en 2009 pour ce travail.

Avec le développement récent du laser X à électron libre (XFEL), il est devenu possible d’étudier simultanément des milliers de microcristaux de protéines à température ambiante et à l’échelle de la femtoseconde (10-15 secondes, soit un millionième de milliardième de seconde, l’échelle de temps à laquelle ont lieu les réactions chimiques et le repliement des protéines). Cette technique permet d’imager les protéines avant qu’elles ne soient détruites. Elle est en train de révolutionner la "cristallographie cinétique", qui permet de voir les protéines "en action", ainsi que la recherche de médicaments.

Pour l’instant, l’apport d’AlphaFold à l’étude de la structure des protéines par cristallographie s’est concentré dans la génération de modèles de protéines assez précis pour appliquer la technique dite de "remplacement moléculaire" à la résolution des structures.

La spectroscopie par résonance magnétique nucléaire

Une autre méthode expérimentale pour étudier la structure des protéines est la "spectroscopie par résonance magnétique nucléaire". Alors que son alter ego d’imagerie médicale, l’IRM, regarde la distribution spatiale d’un seul signal, caractéristique des éléments chimiques dans les tissus biologiques observés, en spectroscopie par résonance magnétique nucléaire, c’est un ensemble de signaux provenant des atomes constituant la protéine qui est enregistré (ce qu’on appelle le "spectre").

Généralement, la détermination de la structure par résonance magnétique est limitée à des protéines de taille modeste. On calcule des modèles de molécules basés sur des paramètres structuraux (comme des distances interatomiques), provenant de l’analyse des spectres expérimentaux. On peut s’imaginer cela comme dans les débuts de la cartographie, où des distances entre des points de référence permettaient de dessiner des cartes en 2D. Pour faciliter l’interprétation des spectres qui contiennent beaucoup d’information, on peut utiliser des modèles obtenus par prédiction (plutôt qu’expérimentalement), comme avec AlphaFold.

En plus de la détermination structurale, la spectroscopie par résonance magnétique nucléaire apporte deux atouts majeurs. D’une part, en général, l’étude est effectuée avec un échantillon en solution aqueuse et il est possible d’observer les parties particulièrement flexibles des protéines, souvent invisibles avec les autres techniques. On peut même quantifier leur mouvement en termes d’amplitude et de fréquence, ce qui est extrêmement utile car la dynamique interne des protéines est aussi cruciale pour leur fonctionnement que leur structure.

D’autre part, la spectroscopie par résonance magnétique nucléaire permet de détecter aisément les interactions des protéines avec des petites molécules (ligands, inhibiteurs) ou d’autres protéines. Ceci permet d’identifier les sites d’interaction, information essentielle entre autres pour la conception rationnelle de molécules actives comme des médicaments.

Ces propriétés font de la spectroscopie par résonance magnétique nucléaire un outil extraordinaire pour la caractérisation fonctionnelle des protéines en complémentarité avec d’autres techniques expérimentales et l’IA.

La "cryomicroscopie électronique"

La cryomicroscopie électronique consiste à congeler ultrarapidement (environ -180 °C) un échantillon hydraté dans une fine couche de glace, qui sera traversée par les électrons. Les électrons transmis vont générer une image de l’échantillon, qui après analyse, permet d’accéder à des structures qui peuvent atteindre la résolution atomique. En comparaison, un microscope optique n’a un pouvoir résolutif que de quelques centaines de nanomètres, qui correspond à la longueur d’onde de la lumière utilisée ; seul un microscope utilisant une source possédant des longueurs d’onde suffisamment faibles (comme les électrons pour la microscopie électronique) possède un pouvoir résolutif théorique de l’ordre de l’angström. Le prix Nobel de Chimie 2017 a été décerné à Jacques Dubochet, Richard Henderson et Joachim Frank pour leurs contributions au développement de la cryomicroscopie électronique.

Avec de nombreux développements technologiques, dont celui des détecteurs à électrons directs, depuis le milieu des années 2010, cette technique est devenue essentielle en biologie structurale en amorçant une "révolution de la résolution". En effet, la cryomicroscopie électronique permet désormais d’obtenir des structures avec une résolution atomique, comme dans le cas de l’apoferritine – une protéine de l’intestin grêle qui contribue à l’absorption du fer – à 1,25 angström de résolution.

Son principal atout est de permettre de déterminer la structure d’objets de taille moyenne, au-delà de 50 000 Dalton (un Dalton correspond environ à la masse d’un atome d’hydrogène), comme l’hémoglobine de 64 000 Dalton, mais également d’objets de quelques milliards de daltons (comme le mimivirus, virus géant d’environ 0,5 micromètre).

Malgré toutes les avancées technologiques précédemment évoquées, la cryomicroscopie ne permet pas toujours de résoudre à suffisamment haute résolution la structure de "complexes", constitués de plusieurs protéines. C’est ici qu’AlphaFold peut aider et permettre, en complémentarité avec la cryomicroscopie, de décrire les interactions au niveau atomique entre les différents constituants d’un complexe. Cette complémentarité donne une force nouvelle à la cryomicroscopie électronique pour son rôle à jouer demain en biologie structurale.

Les apports d’AlphaFold

AlphaFold permet de prédire la structure de protéines uniquement à partir de leur séquence avec la connaissance acquise par la biologie structurale expérimentale. Cette approche est révolutionnaire car les séquences de beaucoup de protéines sont connues à travers les efforts des séquençages des génomes, mais déterminer leurs structures expérimentalement nécessiterait des moyens humains et techniques colossaux.

À l’heure actuelle, ce type de programme représente donc un acteur supplémentaire de complémentarité, mais ne se substitue pas aux techniques expérimentales qui, comme nous l’avons vu, apportent aussi des informations complémentaires (dynamiques, interfaces), à des échelles différentes (des sites métalliques aux complexes multiprotéiques) et plus fiables, car expérimentalement vérifiées. Au-delà de la pure détermination structurale d’une protéine isolée, la complexité des systèmes biologiques nécessite souvent une approche pluridisciplinaire afin d’élucider mécanismes et fonctions de ces biomolécules fascinantes que sont les protéines.

Auteur: Internet

Info: Published: December 19, 2022 Beate Bersch, Emmanuelle Neumann, Juan Fontecilla, Université Grenoble Alpes (UGA)

[ gnose chimique ]