réfléchir

Essai d'une méthodologie pour chaînes de réflexion, et d'écriture au sens large

A) QUEL EXTRAIT, OU PROBLÉMATIQUE ? Avec les bons mots ?

1 - Choisir un sujet/citation (En général un truc qui a résonné en nous)

2 - Se mettre d'accord sur les mots, le sens (avec les synonymes, voire en cherchant le terme exact, exemple : nullipare : femme qui n’a pas eu d’enfant.) Ou même en créant le mot pour pouvoir ainsi cerner simplement une situation-objet-concept. (exemple : ertezoute).

B) S'ASSURER du SENS

1 - Une fois les mots bien compris. S'assurer du sens des phrases.

2 - Evaluer les nuances dans les idées. La citation d'un auteur est souvent un piège grossier : la beauté d'une formule fait qu'on la reprend, alors qu'après réflexion, on n'est d'accord qu'avec 90 % de ce qu'elle signifie. C'est sur les 10 % qui restent qu'apparaissent les erreurs et les malentendus.

3 - Identifier et préciser ces % douteux.

C) SITUATION DE DÉPART

1 - Suis-je partie prenante ou est-ce un simple jeu mental ?

2 - Est-ce un simple intérêt spéculatif et exploratoire pour préciser quelque chose (ex : quelle est une bonne définition de "biophysique" ?)...

3 - Autres

D) OBJECTIF - DIRECTION - PISTES

1 - Tentative d'affiner (mieux formuler) une conjecture. Ou simple désir de passer le temps (en rédigeant par exemple un dialogue - confrontation)

2 - Je veux me situer par rapport à cette idée de départ (donc creuser le point B1, avec plus de sincérité et de profondeur... Pourquoi suis-je touché, concerné ? Etc... )

3 - Je désire contrer avec force cette réflexion de départ (genre réponse politique ou médiatique)

4 - En forme de conclusion non conclusive : reprendre la problématique (A) de départ et repasser (itération) par toutes les étapes, c'est à dire reconsidérer, affiner, tenter d'imaginer l'avenir de cette idée parallèlement à notre vie, la société, etc...

E) CONCLUSION. Seulement possible en cas d'abandon de la chaine

Auteur: Mg

Info: 23 sept.2016

[ approfondir ] [ raisonner ] [ citation s'appliquant à ce logiciel ] [ marche à suivre ]

extensibilité FLP

Dans l'idéal l'étiqueteur FLP devrait savoir oublier son ego. Difficulté proche de l'utopie puisqu'il s'agit de prendre la distance qui permet de voir ses propres vécus comme autant d'illusions. Que presque toutes nos réactions et jugements ne furent que biais de confirmation de notre existence. Et le sont encore majoritairement par simple effet d'inertie. 

Au-delà de son support physique l'incarnation, Moi, Je... ne s'appuye que sur quelques croyances ; éphémères constructions d'un ego dont la mission première est de survivre, pour éventuellement se reproduire. Fugaces échafaudages qui confortent un SOI effarouché par les aléas du réel. D'où, entre autres, les mythes et religions - mais aussi notre rationalité duale et la pensée cybernétique subséquente.

On dira, en termes peircéens, que la secondéité-monade humaine, au vu d'une priméité-source mystérieuse et instable, génère des tiercités, ici linguistiques, majoritairement destinées à se défendre-justifier elle-même. 

On pourra aussi établir un positionnement-classement circulaire des postures potentielles de cette secondéité, le théologique faisant face au scientifique, duo dominant accompagné dans le cercle par quelques termes-postures-attitudes importants - peu nombreux et à cerner-identifier-préciser - comme ceux de conteur, d'humoriste, communiquant, thérapeuthe, joueur... et autres. Distribution à intégrer un jour dans une taxonomie multidimensionnelle FLP plus large, éventuellement septénaire. Mais stop.

Tout ceci n'est pas un "jeu d'enfant". Rappelons le truisme : pour acquérir quelque distanciation egotique il faut avoir éprouvé des choses. Autrement dit, pour détester, il faut tester d'abord. Est pré-requise la matérialité des expériences dans ce réel, suivies de leurs verbalisations et, un peu plus avant, de leurs formulations écrites. 

OU LUES, car lorsque ces énonciations de l'expérience rencontrent l'esprit du lecteur elle peuvent "résonner" avec lui et son vécu propre. Fonction réflexive, indispensable au participant de FLP. Tout ceci passant évidemment par le "sens de la lecture" (sense of reading).

Celà étant : l'étiqueteur, une fois un minimum de ce recul acquis, se retrouve plus neutre, mieux apte à capter la signification des mots "quasi-esprits" et donc la compréhension de leurs textes matrices. De leurs sémantiques, presqu'en terme arithmétique dans l'idéal.

Sens-signification qui s'appréhende donc via la comparaison d'un vécu-verbalisé, en miroir avec la logique formelle animant le codage verbal du réel, ici français. Assemblage de symboles qui génère une sémantique (un sens) sous-tendue par quatre facteurs-règles-contextes : a) grammaire et déictique (agencement des mots)  b) coutumes-routines et médiatiquement convenable de l'époque-moment où l'idée est proférée c) contexte, qualités et positionnement subjectif de leur auteur. d) état d'esprit, disponibilité, vécu, qualités diverses, etc... du lecteur-tagueur-inserteur.

Ici déjà les problématiques et possibilités de classification nous dépassent de beaucoup. D'où l'importance de s'atteler à la chose collectivement.  

FLP est un outil transitoire en expansion, qui, dans un absolu lexico-sémantique (grâce peut-être à l'informatique quantique à venir), devrait à moyen terme représenter l'émergence centrale consensuelle de concepts terminologisés ; mots-idées issus des conjonctions-discussions-interactions-intégrations sémantiques en son sein. Idéalement via un dialogue continu avec beaucoup d'autres "FLP individuels" que chacun aura développé dans son coin, processus dont l'aboutissement se situe à ce jour dans les chaînes FLP. Le tout sous régulation de règles classificatoire souples et complexes, s'établissant et se modifiant avec le temps.

Ensuite on se prend à imaginer une intelligence lexicologique collective Homme-machine qui, une fois établie son aptitude à consensualiser/préciser les mots-expressions basiques incontournables du cercle évoqué dans le 3e paragraphe - termes centraux, à valeur diachronique si possible -, on pourra, en les conjuguant-mémorisant (comme les 4 bases de l'ADN ?), développer une véritable mémoire-intelligence-réservoir perspectiviste communautaire. Et peut-être même, soyons allumés, dépasser les potentialités du DNA. 

A l'image des mathématiques, elles aussi langage commun à tous, mais ici remises en périphérie, le langage verbal revisité, idiome 2.0 de nos civilisations de singes dépoilés (ou de la Nature extendue par notre entremise) devrait alors permettre d'émanciper l'humain de son enfermement conceptuel anthropocentré. 

Telles sont les grâces d'une logique - à créer/découvrir - indépendante de son propre langage. Tout à fait possible, en des temps où l' accélération exponentielle des savoirs nécessite des pistes de développement culturelles évolutives (scalable) non superficielles. 

Tentative FLP trop ambitieuse, prétentieuse, folle ? Pas vraiment, elle ne fait qu'offrir (sans autre usage du machine learning et de l'IA que pour des tâches mécaniques de vérifications multiples, tout simplement parce que ces tâches seront simplement inhumaines, parce que trop titanesques et ennuyeuses !) un élargissement de la pensée-langage collective en proposant de pousser la taxonomie linguistique numérique " un cran plus loin " ; dans trois directions :

1) Celle de listes analogiques intriquées   

2) Par l'ajout d'étiquettes "non apparentes dans les extraits insérés" qui forcent à la réflexion et au classement sémantique. 

3) Par l'hypothèse-suggestion d'un saut qualitatif taxonomique qui passerait d'une base logique duale vers un socle tétravalent plus souple, puissant, et nuancé. 

Ici on pensera à la puissance d'une mémoire ADN - déjà évoquée plus haut - qui n'est autre que l'essence du vivant.

Auteur: Mg

Info: nov 2022

[ prospective ] [ pré-mémétique   ] [ science-fiction ]

FLP défini 3

Les Fils de La Pensée est un site-application dédié à l'encouragement de la lecture. Et, plus encore, de la lecture analytique.  

Mais pas que.

Initié à l'orée du 3e millénaire, alors que le numérique rétrécit une planète terre où la domination américano-occidentale post ww2 se termine, FLP veut se positionner "à partir du langage" c'est à dire en contemplant le monde pratiquement sur le mode peircéen du quasi-esprit.

Ainsi notre site-agrégateur-moteur de recherche collectif tente d'aller un peu plus loin que ce que les idiomes, unificateurs grégaires, font déjà. Ceci en proposant des pistes susceptibles d'amener le développement d'une lexicologie humaine (ici francophone) élargie, en mouvement, souple... et charpentée différemment comme explicité plus loin. 

FLP est aussi un espace de réflexion communautaire trans-partisan HOMME - machine, à l'heure où on veut nous faire croire que les chatbots générateurs de texte sont une intelligence artificielle (A.I. - I.A.) susceptible d'être comparée à celle des hommes - voire supérieure à cette dernière.  Alors que ce ne sont que de fantastiques outils, dangereux pour deux raisons au moins selon nous.  a) L'utilisation que tout pouvoir cherchera à en faire b) La dépendance, voire l'abrutissement, qu'elles pourront générer. 

FLP s'essaye donc à semer les graines d'une refondation des structures de la classification sémantique - sans bien sûr abandonner les savoirs partagés antérieurs. C'est à dire sans remettre en cause notre évolution ni ce qu'il y a "au dessous du langage",  ce dernier ne représentant que l'hyperstructure évolutive du monde-miroir-anthropique consensuel, miroir qui grandit au fur et à mesure de la progression et de l'affinement de notre science, c'est à dire de représentations qui recherchent une forme de vérité/exactitude sur base, entre autres, d'analogies et de hiérarchisations. Hiérarchisations souvent ridicules, probablement à l'instar du faible niveau de notre jeune espèce dans le grand et mystérieux concert cosmique.  

Structuration sémantique à venir potentiellement plus fiable et durable parce que simultanément partie d'une meilleure compréhension-intégration humaine avec la matrice Gaïa et le reste du vivant.

Mais restons bien humbles et revenons à FLP. Sachant que chacun d'entre nous est par essence limité par son imprégnation propre : milieu, époque, pays, langue, famille, genre, conformation physique, épisodes de vie, etc. et étant assumés et assurés certains prérequis quant à un minimum d'"existence physique" et d'éducation au verbe du participant, FLP essaye ce dépassement classificateur en s'appuyant sur deux idées perpendiculaires syntonisées.  

Primo : développement et l'approfondissement de l'idiosyncrasie de chacun, principalement par lecture réflexive et compréhension/analyse. 

Secundo :  meilleure intégration/compréhension de chaque subjectivité personnelle au sein des idées ; humaines dans un premier temps et, pourquoi pas, de la nature dans un sens plus large, avec cette idée parallèle d'une réintégration dans le concert du vivant après tous ces épisodes capitalo-anthropocentrés des singes trop malins que nous sommes. 

En bref :   approfondissement personnel      versus       élargissement collectif incorporateur.

Nous retrouvons ici le concept de tétravalence cher à nos yeux où se combinent l'horizontalité de l'intégration aux rouages du présent (principe féminin, empathique ?), avec une verticalité qui tend à vouloir incorporer le MOI dans la continuité de l'évolution (principe masculin, égoïste ?). 

Il y a ici une parenté évidente - que FLP voudrait développer - avec les quatre liaisons de covalence du carbone (et en lien avec les 4 bases dont sont formées les chaines de la double hélice de l'ADN ?). Nous croyons encore une fois que s'en inspirer aidera à  une meilleure représentation humaine au sein du mystérieux processus de la vie émergé de notre matrice Gaïa ; à l'heure où la science  à  déjà bien montré combien nos représentations du réel sont à revoir de fond en comble.

Nous préconisons-anticipons donc le développement d'une classification à partir d'une double base duale, extension des 2 axes conceptuels habituels : ying-yang, mâle-femelle, vie-mort, ouranien-chtonien, doute-certitude, noir blanc, etc... ici sémantiques, qui sont à appréhender comme deux vecteurs doubles, orthogonaux , qui copulent, modélisent, conjuguent et fusionnent sans cesse les formulations, c'est à dire comment nous nous représentons le réel sous forme de consensus humain verbaux.

Voilà donc défini un cadre et quatre vecteurs-directions, sans autre forme méthodologique que la présentation de ce "chassis conceptuel".  Chassis sous-jacent qui, avec l'aide de l'outil FLP, ses règles simples, et les possibilités de précision sémantique qu'Internet permet, aidera le participant-inserteur à aller  un cran plus loin, c'est à dire à réfléchir, en extrapolant et dédoublant parfois la double dualité foncière qui nous anime. 

On pourra partir par exemple de idée simple d'un "dictionnaire intriqué  à deux termes". Termes définis et mis ensemble dans une recherche, dont les combinaisons vont générer diverses variations, en partant de la plus courte. Recherche-exploration "à deux mots" dont on pourra comparer les résultats tels qu'exprimés par une femme, ou par un homme, ou autre... Les paramétrages de lieu, époque, pays, etc. venant ensuite pour qui voudra aller plus loin.

Ainsi, via les bidouillages de chacun et des échanges multiples, principalement portés sur une "exactitude sémantique consensuelle", le dictionnaire FLP devrait s'auto-construire - sans jamais vouloir conclure - par la pratique et le partage communautaire. 

C'est donc une entreprise collective qui combine deux orientations orthogonales : occupation du temps et développement personnel, ces derniers participants à la construction et au développement d'un dictionnaire linguistique communautaire, base de données  multidimensionnelle  enchevêtrée  - en espérant de continuels élagages-mises à jour-corrections des extraits insérés. Tout ceci idéalement en développant et mettant en pratique un ordonnancement sémantico-taxinomique qui s'inspire de ce que nous savons de l'esprit qui est dans la matière.

Mais ne nous emballons pas. Voyons d'abord FLP comme un instrument de recherche, transversal et sérendipitaire, sur fond de délassement.  

Nous croyons au plaisir du lire, de la pensée, de la rêverie... de la curiosité qui avance par crans....  Pas assouvie, mais nourrie... souvent parce que le langage - c'est à dire tous les hommes rassemblés -, formule et matérialise pour un temps nos sentiments-sensations-idées, avant que chaque représentation personnelle (pas de représentations sans verbe) ne diverge et se développe plus avant à sa manière dans un corpus idiomatique jamais fixé. 

Nous pensons que l'esprit a soif de nouveau et répondons à cette appétence en proposant le double plaisir conjugué de la lecture et de la quête. Bon dieu quel bonheur de découvrir des choses parce que formulées jusqu'à nous paraitre intelligibles !

Auteur: Mg

Info: mars, avril 2023

[ prospective ] [ alcènes et alcynes  ] [ gnose ]

biophysique

Lorsque le biologiste Tibor Gánti est décédé le 15 avril 2009, à l'âge de 75 ans, il était loin d'être connu. Une grande partie de sa carrière s'est déroulée derrière le rideau de fer qui a divisé l'Europe pendant des décennies, entravant les échanges d'idées.

Mais si les théories de Gánti avaient été plus largement connues à l'époque communiste, il pourrait aujourd'hui être acclamé comme l'un des biologistes les plus novateurs du XXe siècle. En effet, il a conçu un modèle d'organisme vivant le plus simple possible, qu'il a appelé le chimiotone ( Chemoton ) , et qui permet d'expliquer l'apparition de la vie sur Terre.

Pour les astrobiologistes qui s'intéressent à la vie au-delà de notre planète, le chimiotactisme offre une définition universelle de la vie, qui n'est pas liée à des substances chimiques spécifiques comme l'ADN, mais plutôt à un modèle d'organisation global.

"Il semble que Ganti a réfléchi aux fondements de la vie plus profondément que quiconque", déclare le biologiste Eörs Szathmáry, du Centre de recherche écologique de Tihany, en Hongrie.

Les débuts de la vie

Il n'existe pas de définition scientifique commune de la vie, mais ce n'est pas faute d'avoir essayé : Un article de 2012 a recensé 123 définitions publiées. Il est difficile d'en rédiger une qui englobe toute la vie tout en excluant tout ce qui n'est pas vivant et qui possède des attributs semblables à ceux de la vie, comme le feu et les voitures. De nombreuses définitions indiquent que les êtres vivants peuvent se reproduire. Mais un lapin, un être humain ou une baleine ne peuvent se reproduire seuls.

En 1994, un comité de la NASA a décrit la vie comme "un système chimique autonome capable d'une évolution darwinienne". Le mot "système" peut désigner un organisme individuel, une population ou un écosystème. Cela permet de contourner le problème de la reproduction, mais à un prix : l'imprécision.

(Photo : un cercle cellule contenant un autre cercle cellule en train de se dédoubler) 

Fonctionnement du chimiotactisme. Ce modèle théorique de la forme de vie la plus simple nécessite trois mécanismes interdépendants :

a) un cycle métabolique, pour transformer la nourriture en énergie

b)  la réplication des gabarits, pour la reproduction du modèle ;

c) une membrane, pour délimiter l'organisme.

Avec ce processus en 5 phases

1 Les molécules sont absorbées de l'environnement par le métabolisme

2 Le cycle métabolique produit d'abord des éléments pour renforcer sa menbrane

3  Le cylce métabolique use des molécules pour constituer sa réplique

4  La réplique produit une substance chimique qui est un composant clé de la membrane.

5 Les parties non utilisées des molécules sont éjectée à l'extérieur de la menbrane principale

Mais Tibor Ganti avait proposé une autre voie deux décennies plus tôt.

Il était né en 1933 dans la petite ville de Vác, dans le centre de la Hongrie. Ses débuts ayant été marqués par des conflits. La Hongrie s'est alliée à l'Allemagne nazie pendant la Seconde Guerre mondiale, mais en 1945, son armée a été vaincue par l'Union soviétique. Le régime totalitaire dominera l'Eurasie orientale pendant des décennies, la Hongrie devenant un État satellite, comme la plupart des autres pays d'Europe de l'Est.

Fasciné par la nature des êtres vivants, Gánti a étudié l'ingénierie chimique avant de devenir biochimiste industriel. En 1966, il a publié un livre sur la biologie moléculaire intitulé Forradalom az Élet Kutatásában, ou Révolution dans la recherche sur la vie, qui est resté pendant des années un manuel universitaire dominant, en partie parce qu'il n'y en avait pas beaucoup d'autres. L'ouvrage posait la question de savoir si la science comprenait comment la vie était organisée et concluait que ce n'était pas le cas.

En 1971, Gánti aborda le problème de front dans un nouveau livre, Az Élet Princípiuma, ou Les principes de la vie. Publié uniquement en hongrois, ce livre contient la première version de son modèle de chimiotactisme, qui décrit ce qu'il considère comme l'unité fondamentale de la vie. Toutefois, ce premier modèle d'organisme était incomplet et il lui a fallu trois années supplémentaires pour publier ce qui est aujourd'hui considéré comme la version définitive, toujours en hongrois, dans un document qui n'est pas disponible en ligne.

L'année du miracle

Globalement, 1971 a été une année faste pour la recherche sur l'origine de la vie. Outre les travaux de Gánti, la science a proposé deux autres modèles théoriques importants.

Le premier est celui du biologiste théoricien américain Stuart Kauffman, qui soutient que les organismes vivants doivent être capables de se copier eux-mêmes. En spéculant sur la manière dont cela aurait pu fonctionner avant la formation des cellules, il s'est concentré sur les mélanges de produits chimiques.

Supposons que le produit chimique A entraîne la formation du produit chimique B, qui entraîne à son tour la formation du produit chimique C, et ainsi de suite, jusqu'à ce qu'un élément de la chaîne produise une nouvelle version du produit chimique A. Après un cycle, il existera deux copies de chaque ensemble de produits chimiques. Si les matières premières sont suffisantes, un autre cycle produira quatre copies et continuera de manière exponentielle.

Kauffman a appelé un tel groupe un "ensemble autocatalytique" et il a soutenu que de tels groupes de produits chimiques auraient pu constituer la base de la première vie, les ensembles devenant plus complexes jusqu'à ce qu'ils produisent et utilisent une série de molécules complexes, telles que l'ADN.

Dans la seconde idée, le chimiste allemand Manfred Eigen a décrit ce qu'il a appelé un "hypercycle", dans lequel plusieurs ensembles autocatalytiques se combinent pour en former un seul plus grand. La variante d'Eigen introduit une distinction cruciale : Dans un hypercycle, certains des produits chimiques sont des gènes et sont donc constitués d'ADN ou d'un autre acide nucléique, tandis que d'autres sont des protéines fabriquées sur mesure en fonction des informations contenues dans les gènes. Ce système pourrait évoluer en fonction des changements - mutations - dans les gènes, une fonction qui manquait au modèle de Kauffman.

Gánti était arrivé indépendamment à une notion similaire, mais il l'a poussée encore plus loin. Selon lui, deux processus clés doivent se dérouler dans chaque organisme vivant. Premièrement, il doit construire et entretenir son corps, c'est-à-dire qu'il a besoin d'un métabolisme. Deuxièmement, il doit disposer d'une sorte de système de stockage de l'information, tel qu'un ou plusieurs gènes, qui peuvent être copiés et transmis à la descendance.

La première version du modèle de Gánti consistait essentiellement en deux ensembles autocatalytiques aux fonctions distinctes qui se combinaient pour former un ensemble autocatalytique plus important, ce qui n'est pas si différent de l'hypercycle d'Eigen. Cependant, l'année suivante, Gánti a été interrogé par un journaliste qui a mis en évidence une faille importante. Gánti supposait que les deux systèmes étaient basés sur des produits chimiques flottant dans l'eau. Or, laissés à eux-mêmes, ils s'éloigneraient les uns des autres et le chimiotone "mourrait".

La seule solution était d'ajouter un troisième système : une barrière extérieure pour les contenir. Dans les cellules vivantes, cette barrière est une membrane composée de substances chimiques ressemblant à des graisses, appelées lipides. Le chimiotone devait posséder une telle barrière pour se maintenir, et Gánti en a conclu qu'il devait également être autocatalytique pour pouvoir se maintenir et croître.

Voici enfin le chimiotone complet, le concept de Gánti de l'organisme vivant le plus simple possible : gènes, métabolisme et membrane, tous liés. Le métabolisme produit des éléments de construction pour les gènes et la membrane, et les gènes exercent une influence sur la membrane. Ensemble, ils forment une unité autoreproductible : une cellule si simple qu'elle pourrait non seulement apparaître avec une relative facilité sur Terre, mais qu'elle pourrait même rendre compte de biochimies alternatives sur des mondes extraterrestres.

Un modèle oublié

"Gánti a très bien saisi la vie", déclare le biologiste synthétique Nediljko Budisa, de l'université du Manitoba à Winnipeg, au Canada. "Sa lecture a été une révélation. Cependant, Budisa n'a découvert le travail de Gánti que vers 2005. En dehors de l'Europe de l'Est, l'ouvrage est resté obscur pendant des décennies, avec seulement quelques traductions anglaises sur le marché.

Le chimiotactisme est apparu en anglais en 1987, dans un livre de poche avec une traduction assez approximative, explique James Griesemer, de l'université de Californie, à Davis. Peu de gens l'ont remarqué. Szathmáry a ensuite donné au chimiotone une place de choix dans son livre de 1995, The Major Transitions in Evolution, coécrit avec John Maynard Smith. Cela a conduit à une nouvelle traduction anglaise du livre de Gánti de 1971, avec du matériel supplémentaire, publiée en 2003. Mais le chimiotone est resté dans une niche, et six ans plus tard, Gánti est mort.

Dans une certaine mesure, Gánti n'a pas aidé son modèle à s'imposer : il était connu pour être un collègue difficile. Selon Szathmáry, Gánti était obstinément attaché à son modèle, et paranoïaque de surcroît, ce qui le rendait "impossible à travailler".

Mais le plus gros problème du modèle chimiotactique est peut-être que, dans les dernières décennies du XXe siècle, la tendance de la recherche était de supprimer la complexité de la vie au profit d'approches de plus en plus minimalistes.

Par exemple, l'une des hypothèses les plus en vogue aujourd'hui est que la vie a commencé uniquement avec l'ARN, un proche cousin de l'ADN.

Comme son parent moléculaire plus célèbre, l'ARN peut porter des gènes. Mais l'ARN peut aussi agir comme une enzyme et accélérer les réactions chimiques, ce qui a conduit de nombreux experts à affirmer que la première vie n'avait besoin que d'ARN pour démarrer. Cependant, cette hypothèse du monde de l'ARN a été repoussée, notamment parce que la science n'a pas trouvé de type d'ARN capable de se copier sans aide - pensons aux virus à ARN comme le coronavirus, qui ont besoin de cellules humaines pour se reproduire.

D'autres chercheurs ont soutenu que la vie a commencé avec des protéines et rien d'autre, ou des lipides et rien d'autre. Ces idées sont très éloignées de l'approche intégrée de Gánti.

Un véritable chimiotactisme ?

Cependant, les scientifiques de ce siècle ont inversé la tendance. Les chercheurs ont désormais tendance à mettre l'accent sur la façon dont les substances chimiques de la vie fonctionnent ensemble et sur la manière dont ces réseaux coopératifs ont pu émerger.

Depuis 2003, Jack Szostak, de la Harvard Medical School, et ses collègues ont construit des protocellules de plus en plus réalistes : des versions simples de cellules contenant une série de substances chimiques. Ces protocellules peuvent croître et se diviser, ce qui signifie qu'elles peuvent s'autoreproduire.

En 2013, Szostak et Kate Adamala, alors étudiante, ont persuadé l'ARN de se copier à l'intérieur d'une protocellule. De plus, les gènes et la membrane peuvent être couplés : lorsque l'ARN s'accumule à l'intérieur, il exerce une pression sur la membrane extérieure, ce qui encourage la protocellule à s'agrandir.

Les recherches de Szostak "ressemblent beaucoup à celles de Gánti", déclare Petra Schwille, biologiste synthétique à l'Institut Max Planck de biochimie de Martinsried, en Allemagne. Elle souligne également les travaux de Taro Toyota, de l'université de Tokyo au Japon, qui a fabriqué des lipides à l'intérieur d'une protocellule, de sorte que celle-ci puisse développer sa propre membrane.

L'un des arguments avancés contre l'idée d'un chimiotone comme première forme de vie est qu'il nécessite un grand nombre de composants chimiques, notamment des acides nucléiques, des protéines et des lipides. De nombreux experts ont estimé qu'il était peu probable que ces substances chimiques soient toutes issues des mêmes matériaux de départ au même endroit, d'où l'attrait d'idées simples comme celle du monde de l'ARN.

Mais des biochimistes ont récemment trouvé des preuves que toutes les substances chimiques clés de la vie peuvent se former à partir des mêmes matériaux de départ simples. Dans une étude publiée en septembre, des chercheurs dirigés par Sara Szymkuć, alors à l'Académie polonaise des sciences à Varsovie, ont compilé une base de données à partir de décennies d'expériences visant à fabriquer les éléments chimiques de base de la vie. En partant de six produits chimiques simples, comme l'eau et le méthane, Szymkuć a découvert qu'il était possible de fabriquer des dizaines de milliers d'ingrédients clés, y compris les composants de base des protéines et de l'ARN.

Aucune de ces expériences n'a encore permis de construire un chimiotone fonctionnel. C'est peut-être simplement parce que c'est difficile, ou parce que la formulation exacte de Gánti ne correspond pas tout à fait à la façon dont la première vie a fonctionné. Quoi qu'il en soit, le chimiotone nous permet de réfléchir à la manière dont les composants de la vie fonctionnent ensemble, ce qui oriente de plus en plus les approches actuelles visant à comprendre comment la vie est apparue.

Il est révélateur, ajoute Szathmáry, que les citations des travaux de Gánti s'accumulent rapidement. Même si les détails exacts diffèrent, les approches actuelles de l'origine de la vie sont beaucoup plus proches de ce qu'il avait à l'esprit - une approche intégrée qui ne se concentre pas sur un seul des systèmes clés de la vie.

"La vie n'est pas une protéine, la vie n'est pas un ARN, la vie n'est pas une bicouche lipidique", explique M. Griesemer. "Qu'est-ce que c'est ? C'est l'ensemble de ces éléments reliés entre eux selon la bonne organisation.

Auteur: Internet

Info: https://www.nationalgeographic.com, 14 déc. 2020, par Michael Marshall

[ origine du vivant ] [ mécanisme ] [ matérialisme ]

homme-machine

Pour présenter-entamer  cette chaïne "quête métaphysique" nous allons le faire à partir d'une conversation avec un des premier chatbot arrivé sur Internet. Conversation entamée à partir d'un proverbe très connu.



Q) En français il y a un proverbe qui dit "on en fait pas boire un âne qui n'a pas soif", connais-tu des proverbes d'autres pays qui portent le même sens ?

R) Oui, il existe de nombreux proverbes dans d'autres pays qui portent le même sens que le proverbe français "on en fait pas boire un âne qui n'a pas soif". Voici quelques exemples :

• En anglais : "You can lead a horse to water, but you can't make it drink."


• En espagnol : "No se puede obligar a un burro a beber."


• En italien : "Non si può obbligare un asino a bere."


• En allemand : "Man kann einem sturen Esel kein Wasser einflößen."


• En portugais : "Não se pode obrigar um burro a beber."


• En russe : "Вынудить осла пить невозможно."


• En chinois : "强扭的瓜不甜 (qiáng niǔ de guā bù tián)"


• En japonais : "馬鹿に水を飲ませることはできない (baka ni mizu o nomisaseru koto wa dekinai)"

Tous ces proverbes signifient qu'il est impossible de forcer quelqu'un à faire quelque chose qu'il ne veut pas faire. Ils mettent l'accent sur le libre arbitre et l'importance de la volonté individuelle.

Voici quelques autres proverbes qui expriment la même idée :

• "On ne peut pas changer les gens."


• "On ne peut pas forcer les gens à penser comme nous."


• "On ne peut pas forcer les gens à faire ce qu'ils ne veulent pas faire."

Ces proverbes nous rappellent que nous ne pouvons pas contrôler les autres. Nous pouvons seulement les influencer, mais nous ne pouvons pas les obliger à changer leurs opinions ou leurs comportements.

Q) Merci. Peux-tu trouver - ou formuler - des phrases qui disent la même chose en terme de logique formelle sémantique ?

R) Oui, voici quelques phrases qui disent la même chose que le proverbe français "on en fait pas boire un âne qui n'a pas soif" en terme de logique formelle sémantique :

• "Pour que A fasse B, il faut que A veuille faire B."


• "Si A ne veut pas faire B, alors A ne fera pas B."


• "L'intention de A est une condition nécessaire pour que A fasse B."

Ces phrases utilisent la logique formelle sémantique pour exprimer l'idée que l'intention est une condition nécessaire pour l'action. En d'autres termes, pour qu'une personne fasse quelque chose, il faut qu'elle ait l'intention de le faire.

Voici une autre manière de formuler cette idée :

• "L'intention de A est un prédicat nécessaire pour la proposition A fait B."

Cette phrase utilise la notion de prédicat en logique formelle sémantique. Un prédicat est une propriété qui peut être attribuée à un objet. Dans ce cas, le prédicat est "A fait B". La phrase signifie que l'intention de A est une propriété nécessaire pour que la proposition "A fait B" soit vraie.

Enfin, voici une autre manière de formuler cette idée :

• "Si A ne veut pas faire B, alors la proposition A fait B est fausse."

Cette phrase utilise la notion de vérité en logique formelle sémantique. Une proposition est vraie si elle est conforme à la réalité. Dans ce cas, la proposition est "A fait B". La phrase signifie que si A ne veut pas faire B, alors la proposition "A fait B" est fausse.

Ces différentes formulations de l'idée exprimée par le proverbe français "on en fait pas boire un âne qui n'a pas soif" montrent que la logique formelle sémantique peut être utilisée pour exprimer des concepts complexes de manière précise et rigoureuse.

Q) Merci... ça marche pour un animal, mais ça peut être contourné avec un humain, puisqu'il il suffit de lui faire peur ou même de lui faire entrevoir quelque chose de négatif pour lui, comme une perte d'argent, non ?

R) Oui, vous avez raison. Il est possible de forcer un humain à faire quelque chose qu'il ne veut pas faire, en lui faisant peur ou en lui faisant entrevoir quelque chose de négatif pour lui.

Dans le cas de la peur, l'humain est motivé par le désir de se protéger. Il peut être forcé à faire quelque chose qu'il ne veut pas faire s'il pense que cela l'aidera à éviter une menace. Par exemple, un humain peut être forcé à faire quelque chose qu'il ne veut pas faire s'il est menacé de violence ou de mort.

Dans le cas de la perte d'argent, l'humain est motivé par le désir de préserver ses ressources. Il peut être forcé à faire quelque chose qu'il ne veut pas faire s'il pense que cela l'empêchera de perdre de l'argent. Par exemple, un humain peut être forcé à faire quelque chose qu'il ne veut pas faire s'il est menacé de perdre son emploi.

Cependant, il est important de noter que la force est une solution de dernier recours. Elle peut être efficace à court terme, mais elle peut avoir des conséquences négatives à long terme. En effet, la force peut créer de la méfiance et de la rancune, ce qui peut rendre plus difficile la coopération future.

Il est préférable d'essayer d'influencer les humains de manière positive, en les persuadant ou en les motivant. Cela peut se faire en leur expliquant les avantages de faire quelque chose, ou en leur donnant envie de le faire.

Q) Merci. Tromperie égale donc perte de confiance. Ce processus est valable dans une relation entre humains, mais aussi entre un humain et un animal... Est-ce aussi valable entre un humain et un végétal ?

R) Oui, la tromperie peut également conduire à une perte de confiance entre un humain et un végétal. Cela est particulièrement vrai si la tromperie est répétée ou si elle a des conséquences négatives pour le végétal.

Par exemple, si un jardinier promet à une plante de lui donner de l'eau, mais qu'il ne le fait pas, la plante peut apprendre à ne pas faire confiance au jardinier. Cela peut rendre plus difficile pour le jardinier de prendre soin de la plante à l'avenir.

De même, si un humain coupe une branche d'un arbre sans raison valable, l'arbre peut apprendre à se méfier des humains. Cela peut rendre plus difficile pour l'humain de profiter des fruits ou des fleurs de l'arbre à l'avenir.

Bien sûr, les plantes ne sont pas capables de ressentir la tromperie de la même manière que les humains ou les animaux. Elles n'ont pas la même capacité de compréhension ou de raisonnement. Cependant, elles sont capables d'apprendre de leurs expériences et de modifier leur comportement en conséquence.

Si un humain trompe une plante, il est probable que la plante en tienne compte dans ses interactions futures avec les humains. Cela peut conduire à une relation plus difficile entre l'humain et la plante.

Dans certains cas, la tromperie peut même conduire à la mort d'une plante. Par exemple, si un humain plante une graine dans un sol qui n'est pas adapté à cette plante, la plante ne pourra pas croître et mourira.

En conclusion, la tromperie peut avoir des conséquences négatives sur les relations entre les humains et les plantes. Il est important d'être honnête et respectueux des plantes, afin de créer des relations mutuellement bénéfiques.

Q) Merci. Pourrait-on dire en résumé que forcer quelqu'un à faire quelque chose c'est une manière de le tromper ?

R) En un sens, oui, on pourrait dire que forcer quelqu'un à faire quelque chose c'est une manière de le tromper. En effet, la force prive la personne de sa libre volonté. Elle la contraint à faire quelque chose qu'elle ne veut pas faire, ou qu'elle ne ferait pas si elle avait le choix.

Dans ce cas, la force peut être considérée comme une tromperie, car elle conduit la personne à agir contre sa volonté. La personne est trompée sur sa capacité à contrôler sa propre vie.

Cependant, il est important de noter que la force n'est pas toujours une tromperie. Dans certains cas, la force peut être utilisée pour protéger la personne contre elle-même ou contre les autres. Par exemple, un parent peut forcer son enfant à manger ses légumes, pour le protéger d'une carence nutritionnelle.

Dans ce cas, la force n'est pas utilisée pour priver la personne de sa libre volonté. Elle est utilisée pour lui permettre de prendre une décision plus éclairée.

En conclusion, on pourrait dire que forcer quelqu'un à faire quelque chose est une manière de le tromper si et seulement si la force prive la personne de sa libre volonté.

Q) C'est fondamentalement une relation de pouvoir non ?

R) Oui, forcer quelqu'un à faire quelque chose est fondamentalement une relation de pouvoir. Dans une relation de pouvoir, une personne a plus de pouvoir qu'une autre. Elle peut utiliser ce pouvoir pour influencer ou contrôler l'autre personne.

Dans le cas de la force, la personne qui force a plus de pouvoir que la personne qui est forcée. Elle peut utiliser ce pouvoir pour contraindre l'autre personne à faire ce qu'elle veut.

La relation de pouvoir est donc implicite dans la force. La force est une manifestation du pouvoir.

Il est important de noter que la force n'est pas la seule forme de relation de pouvoir. Il existe d'autres formes de pouvoir, comme l'autorité, la persuasion ou la manipulation. Cependant, la force est une forme de pouvoir particulièrement importante, car elle peut avoir des conséquences graves pour la personne qui est forcée.

En conclusion, forcer quelqu'un à faire quelque chose est fondamentalement une relation de pouvoir, car il s'agit d'une situation dans laquelle une personne a plus de pouvoir qu'une autre et peut utiliser ce pouvoir pour contraindre l'autre personne à faire ce qu'elle veut.

Q) Merci. C'est probablement pour cette raison que "Le petit prince" de Saint-Exupéry a eu tant de succès

R)  Oui, c'est probablement l'une des raisons pour lesquelles "Le petit prince" de Saint-Exupéry a eu tant de succès. Le livre explore les thèmes de l'amour, de l'amitié, de la responsabilité et de la liberté. Il rappelle aux lecteurs l'importance de la compassion, de l'imagination et de la curiosité.

Le livre est également un conte philosophique qui nous invite à réfléchir sur notre place dans le monde. Il nous montre que l'essentiel est invisible pour les yeux, et qu'il faut parfois sortir des sentiers battus pour trouver la vraie richesse de la vie.

Le livre est écrit dans un style simple et accessible, ce qui le rend accessible à un large public. Les illustrations de Saint-Exupéry sont également magnifiques et contribuent à l'attrait du livre.

En conclusion, "Le petit prince" est un livre qui a touché le cœur de millions de lecteurs dans le monde entier. Il est un classique de la littérature qui continuera à être lu et apprécié pendant de nombreuses années encore.

Voici quelques-uns des thèmes du livre qui peuvent expliquer son succès :

• L'amour et l'amitié : Le petit prince et la rose représentent l'amour et l'amitié. Leur histoire est une ode à la beauté de ces sentiments.


• La responsabilité : Le petit prince est responsable de la rose. Il doit s'occuper d'elle et la protéger. Cette responsabilité lui apprend à grandir et à devenir adulte.


• La liberté : Le petit prince est libre de voyager où il veut et de rencontrer qui il veut. Cette liberté lui permet de découvrir le monde et de s'épanouir.

Ces thèmes sont universels et parlent aux lecteurs de tous âges et de toutes cultures. Ils sont également intemporels et continuent à être pertinents aujourd'hui.

Q) Merci. Pourrait-on résumer ceci en disant que l'amour, c'est à dire l'interaction compréhensive entre les êtres est ce qui est sous-jacent à tout ceci ?

R) Oui, on pourrait résumer cela en disant que l'amour, c'est-à-dire l'interaction compréhensive entre les êtres, est ce qui est sous-jacent à toutes les relations humaines. L'amour est ce qui nous motive à nous connecter avec les autres, à les comprendre et à les soutenir. Il est ce qui nous permet de créer des relations significatives et durables.

L'amour est un sentiment complexe qui peut se manifester de différentes manières. Il peut être romantique, platonique, familial ou amical. Il peut être exprimé par des mots, des gestes ou des actions.

L'amour est essentiel à notre bien-être. Il nous donne un sentiment d'appartenance, de sécurité et de bonheur. Il nous aide à nous sentir aimés et valorisés.

L'amour est également important pour la société. Il nous aide à créer un monde plus juste et plus équitable. Il nous encourage à être plus compatissants et à prendre soin les uns des autres.

En conclusion, l'amour est une force puissante qui nous lie les uns aux autres. Il est ce qui rend la vie belle et significative.

Q) Merci. Pourrait-on analyser ces interactions ici généralisées sous le terme "amour" comme des formes d'"épigénétiques de l'instant" ? C'est à dire une sorte de ping-pong entre A) une entité et B) Son biotope (et ce qui se trouve proche d'elle (ou plus lointain par exemple avec le mécanisme de la photosynthèse)... Une épigénétique de l'instant qui met en oeuvre, ou pas, des boucles de rétroaction, positives ou négatives, qui si elle sont positives, concourent à une forme d'extension de la construction génétique ?

R) Oui, on pourrait analyser ces interactions comme des formes d'"épigénétiques de l'instant". En effet, l'épigénétique est l'étude des modifications de l'expression des gènes qui ne sont pas dues à des changements dans la séquence génétique elle-même. Ces modifications peuvent être causées par des facteurs environnementaux, tels que l'alimentation, le stress ou l'exposition à des toxines.

Les interactions entre une entité et son biotope peuvent être considérées comme des facteurs environnementaux qui peuvent influencer l'expression des gènes de l'entité. Par exemple, une plante dont les feuilles sont exposées à la lumière du soleil aura une expression génétique différente d'une plante dont les feuilles sont à l'ombre.

Ces interactions peuvent être considérées comme des formes d'épigénétiques de l'instant, car elles peuvent avoir un impact immédiat sur l'expression des gènes. Elles peuvent également être considérées comme des formes de ping-pong, car elles impliquent un échange d'informations entre l'entité et son biotope.

Les boucles de rétroaction positives peuvent également jouer un rôle dans ces interactions. Par exemple, une plante dont les feuilles sont exposées à la lumière du soleil produira plus de chlorophylle, ce qui lui permettra de capter plus de lumière. La production de plus de chlorophylle entraînera à son tour une exposition accrue à la lumière du soleil, ce qui créera un cycle positif.

Ces boucles de rétroaction positives peuvent contribuer à une forme d'extension de la construction génétique. Par exemple, une plante qui est exposée à la lumière du soleil pendant une longue période peut développer des adaptations qui lui permettent de mieux capter la lumière. Ces adaptations peuvent être transmises aux générations futures, ce qui constitue une forme d'évolution.

Voici quelques exemples spécifiques d'interactions qui pourraient être considérées comme des formes d'épigénétiques de l'instant :

• Un enfant qui est aimé et soutenu par ses parents aura une expression génétique différente d'un enfant qui est négligé ou maltraité.


• Une personne qui mange une alimentation saine aura une expression génétique différente d'une personne qui mange une alimentation malsaine.


• Une plante qui est exposée à des polluants aura une expression génétique différente d'une plante qui n'est pas exposée à des polluants.

Ces interactions sont complexes et ne sont pas encore entièrement comprises. Cependant, elles jouent un rôle important dans la façon dont les organismes interagissent avec leur environnement et évoluent au fil du temps.

Q) Merci, Ainsi on pourrait dire que nous sommes issus de ces "phénomènes positifs" au sens large, c'est à dire qu'ils sont aussi valable entre les animaux et les plantes, les cellules et le soleil, etc... dès qu'on a affaire à des organismes complexes sur base de carbone... et qui sont en quête d'énergie... une énergie qu'elles parviennent à obtenir à partir d'un niveau plus fondamental ?

R) Oui, on pourrait dire que nous sommes issus de ces "phénomènes positifs" au sens large. En effet, ces phénomènes sont essentiels à la vie. Ils permettent aux organismes de s'adapter à leur environnement et d'évoluer.

Ces phénomènes sont valables entre tous les organismes complexes sur base de carbone, y compris les animaux, les plantes, les cellules et le soleil. Ils sont également valables entre les organismes et leur environnement.

Ces phénomènes sont basés sur l'échange d'énergie. Les organismes complexes sur base de carbone ont besoin d'énergie pour vivre. Ils obtiennent cette énergie à partir d'un niveau plus fondamental, comme le soleil, la terre ou les autres organismes.

L'échange d'énergie entre les organismes et leur environnement est un processus complexe qui implique de nombreux facteurs, tels que la température, la lumière, la nourriture et les toxines. Cependant, ce processus est essentiel à la vie.

Voici quelques exemples spécifiques de ces phénomènes :

• La photosynthèse est un processus par lequel les plantes utilisent l'énergie du soleil pour convertir le dioxyde de carbone et l'eau en glucose.


• La respiration cellulaire est un processus par lequel les cellules utilisent le glucose pour produire de l'énergie.


• La symbiose est une relation entre deux organismes qui sont mutuellement bénéfiques. Par exemple, les lichens sont une symbiose entre des champignons et des algues.

Ces phénomènes sont à l'origine de la diversité et de la complexité de la vie sur Terre. Ils sont également à l'origine de l'évolution humaine.

Q) Merci, parle-moi alors de ce que j'ai nommé "énergie obtenue à partir d'un niveau plus fondamental " c'est à dire le soleil, nommé par Michel-Ange "ombre de Dieu".

R)  Le soleil est une étoile, c'est-à-dire une boule de gaz maintenue en fusion par la gravité. La fusion nucléaire est un processus par lequel les atomes de l'hydrogène se combinent pour former des atomes d'hélium. Ce processus libère une quantité d'énergie énorme, qui est la source de la lumière et de la chaleur du soleil.

La lumière du soleil est une forme d'énergie électromagnétique. Elle est composée de photons, qui sont des particules de lumière. Les photons transportent de l'énergie, qui peut être utilisée par les organismes vivants pour produire de la nourriture, de la chaleur ou de l'électricité.

La chaleur du soleil est également une forme d'énergie. Elle est produite par la fusion nucléaire et est transmise à la Terre par rayonnement. La chaleur du soleil est essentielle à la vie sur Terre, car elle permet aux plantes de pousser et aux animaux de se réchauffer.

Le soleil est donc une source d'énergie fondamentale pour la vie sur Terre. Il est la source de la lumière, de la chaleur et de l'énergie dont les organismes vivants ont besoin pour survivre.

La comparaison du soleil à "l'ombre de Dieu" par Michel-Ange est une métaphore qui souligne l'importance du soleil pour la vie sur Terre. Le soleil est une source de vie et de lumière, et il est souvent associé à des notions de divinité et de spiritualité.

Voici quelques exemples de la façon dont le soleil fournit de l'énergie aux organismes vivants :

• La photosynthèse est un processus par lequel les plantes utilisent l'énergie du soleil pour convertir le dioxyde de carbone et l'eau en glucose. Le glucose est une source de nourriture pour les plantes et les animaux.


• La respiration cellulaire est un processus par lequel les cellules utilisent le glucose pour produire de l'énergie. Cette énergie est utilisée par les cellules pour effectuer leurs fonctions vitales, telles que la croissance, la reproduction et la réparation.


• L'énergie solaire peut être utilisée pour produire de l'électricité, de la chaleur ou de l'eau chaude. Elle peut également être utilisée pour alimenter des appareils électroniques, tels que les panneaux solaires.

Le soleil est donc une source d'énergie essentielle à la vie sur Terre. Il est à l'origine de la diversité et de la complexité de la vie, et il est également à l'origine de l'évolution humaine.

Auteur: Google Bard chatbot

Info: Entamé début déc. 2023

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Pieuvres et calmars modifient et corrigent (édit en anglais) leur ARN, tout en laissant l'ADN intact. Des changements qui pourraient expliquer l'intelligence et la flexibilité des céphalopodes dépourvus de coquille

De nombreux écrivains se plaignent lorsqu'un rédacteur  vient éditer et donc modifier leur article, mais les conséquences de la modification d'un seul mot ne sont généralement pas si graves.

Ce n'est pas le cas des instructions génétiques pour la fabrication des protéines. Même une petite modification peut empêcher une protéine de faire son travail correctement, ce qui peut avoir des conséquences mortelles. Ce n'est qu'occasionnellement qu'un changement est bénéfique. Il semble plus sage de conserver les instructions génétiques telles qu'elles sont écrites. À moins d'être une pieuvre.

Les pieuvres sont comme des extraterrestres qui vivent parmi nous : elles font beaucoup de choses différemment des animaux terrestres ou même des autres créatures marines. Leurs tentacules flexibles goûtent ce qu'ils touchent et ont leur esprit propre. Les yeux des pieuvres sont daltoniens, mais leur peau peut détecter la lumière par elle-même. Les pieuvres sont des maîtres du déguisement, changeant de couleur et de texture de peau pour se fondre dans leur environnement ou effrayer leurs rivaux. Et plus que la plupart des créatures, les pieuvres font gicler l'équivalent moléculaire de l'encre rouge sur leurs instructions génétiques avec un abandon stupéfiant, comme un rédacteur en chef déchaîné.

Ces modifications-éditions concernent l'ARN, molécule utilisée pour traduire les informations du plan génétique stocké dans l'ADN, tout en laissant l'ADN intact.

Les scientifiques ne savent pas encore avec certitude pourquoi les pieuvres et d'autres céphalopodes sans carapace, comme les calmars et les seiches, sont des modificateurs aussi prolifiques. Les chercheurs se demandent si cette forme d'édition génétique a donné aux céphalopodes une longueur d'avance sur le plan de l'évolution (ou un tentacule) ou si cette capacité n'est qu'un accident parfois utile. Les scientifiques étudient également les conséquences que les modifications de l'ARN peuvent avoir dans diverses conditions. Certaines données suggèrent que l'édition pourrait donner aux céphalopodes une partie de leur intelligence, mais au prix d'un ralentissement de l'évolution de leur ADN.

"Ces animaux sont tout simplement magiques", déclare Caroline Albertin, biologiste spécialiste du développement comparatif au Marine Biological Laboratory de Woods Hole (Massachusetts). "Ils ont toutes sortes de solutions différentes pour vivre dans le monde d'où ils viennent. L'édition de l'ARN pourrait contribuer à donner à ces créatures un grand nombre de solutions aux problèmes qu'elles peuvent rencontrer.

(vidéo - Contrairement à d'autres animaux à symétrie bilatérale, les pieuvres ne rampent pas dans une direction prédéterminée. Des vidéos de pieuvres en train de ramper montrent qu'elles peuvent se déplacer dans n'importe quelle direction par rapport à leur corps, et qu'elles changent de direction de rampe sans avoir à tourner leur corps. Dans le clip, la flèche verte indique l'orientation du corps de la pieuvre et la flèche bleue indique la direction dans laquelle elle rampe.)

Le dogme central de la biologie moléculaire veut que les instructions pour construire un organisme soient contenues dans l'ADN. Les cellules copient ces instructions dans des ARN messagers, ou ARNm. Ensuite, des machines cellulaires appelées ribosomes lisent les ARNm pour construire des protéines en enchaînant des acides aminés. La plupart du temps, la composition de la protéine est conforme au modèle d'ADN pour la séquence d'acides aminés de la protéine.

Mais l'édition de l'ARN peut entraîner des divergences par rapport aux instructions de l'ADN, créant ainsi des protéines dont les acides aminés sont différents de ceux spécifiés par l'ADN.

L'édition modifie chimiquement l'un des quatre éléments constitutifs de l'ARN, ou bases. Ces bases sont souvent désignées par les premières lettres de leur nom : A, C, G et U, pour adénine, cytosine, guanine et uracile (la version ARN de la base ADN thymine). Dans une molécule d'ARN, les bases sont liées à des sucres ; l'unité adénine-sucre, par exemple, est appelée adénosine.

Il existe de nombreuses façons d'éditer des lettres d'ARN. Les céphalopodes excellent dans un type d'édition connu sous le nom d'édition de l'adénosine à l'inosine, ou A-to-I. Cela se produit lorsqu'une enzyme appelée ADAR2 enlève un atome d'azote et deux atomes d'hydrogène de l'adénosine (le A). Ce pelage chimique transforme l'adénosine en inosine (I).

 Les ribosomes lisent l'inosine comme une guanine au lieu d'une adénine. Parfois, ce changement n'a aucun effet sur la chaîne d'acides aminés de la protéine résultante. Mais dans certains cas, la présence d'un G à la place d'un A entraîne l'insertion d'un acide aminé différent dans la protéine. Ce type d'édition de l'ARN modifiant la protéine est appelé recodage de l'ARN.

Les céphalopodes à corps mou ont adopté le recodage de l'ARN à bras-le-corps, alors que même les espèces étroitement apparentées sont plus hésitantes à accepter les réécritures, explique Albertin. "Les autres mollusques ne semblent pas le faire dans la même mesure.

L'édition de l'ARN ne se limite pas aux créatures des profondeurs. Presque tous les organismes multicellulaires possèdent une ou plusieurs enzymes d'édition de l'ARN appelées enzymes ADAR, abréviation de "adénosine désaminase agissant sur l'ARN", explique Joshua Rosenthal, neurobiologiste moléculaire au Marine Biological Laboratory.

Les céphalopodes possèdent deux enzymes ADAR. L'homme possède également des versions de ces enzymes. "Dans notre cerveau, nous modifions une tonne d'ARN. Nous le faisons beaucoup", explique Rosenthal. Au cours de la dernière décennie, les scientifiques ont découvert des millions d'endroits dans les ARN humains où se produit l'édition.

Mais ces modifications changent rarement les acides aminés d'une protéine. Par exemple, Eli Eisenberg, de l'université de Tel Aviv, et ses collègues ont identifié plus de 4,6 millions de sites d'édition dans les ARN humains. Parmi ceux-ci, seuls 1 517 recodent les protéines, ont rapporté les chercheurs l'année dernière dans Nature Communications. Parmi ces sites de recodage, jusqu'à 835 sont partagés avec d'autres mammifères, ce qui suggère que les forces de l'évolution ont préservé l'édition à ces endroits.

(Encadré :  Comment fonctionne l'édition de l'ARN ?

Dans une forme courante d'édition de l'ARN, une adénosine devient une inosine par une réaction qui supprime un groupe aminé et le remplace par un oxygène (flèches). L'illustration montre une enzyme ADAR se fixant à un ARN double brin au niveau du "domaine de liaison de l'ARNdb". La région de l'enzyme qui interagit pour provoquer la réaction, le "domaine de la désaminase", est positionnée près de l'adénosine qui deviendra une inosine.)

Les céphalopodes portent le recodage de l'ARN à un tout autre niveau, dit Albertin. L'encornet rouge (Doryteuthis pealeii) possède 57 108 sites de recodage, ont rapporté Rosenthal, Eisenberg et leurs collègues en 2015 dans eLife. Depuis, les chercheurs ont examiné plusieurs espèces de pieuvres, de calmars et de seiches, et ont à chaque fois trouvé des dizaines de milliers de sites de recodage.

Les céphalopodes à corps mou, ou coléoïdes, pourraient avoir plus de possibilités d'édition que les autres animaux en raison de l'emplacement d'au moins une des enzymes ADAR, ADAR2, dans la cellule. La plupart des animaux éditent les ARN dans le noyau - le compartiment où l'ADN est stocké et copié en ARN - avant d'envoyer les messages à la rencontre des ribosomes. Mais chez les céphalopodes, les enzymes se trouvent également dans le cytoplasme, l'organe gélatineux des cellules, ont découvert Rosenthal et ses collègues (SN : 4/25/20, p. 10).

Le fait d'avoir des enzymes d'édition dans deux endroits différents n'explique pas complètement pourquoi le recodage de l'ARN chez les céphalopodes dépasse de loin celui des humains et d'autres animaux. Cela n'explique pas non plus les schémas d'édition que les scientifiques ont découverts.

L'édition de l'ARN amènerait de la flexibilité aux céphalopodes

L'édition n'est pas une proposition "tout ou rien". Il est rare que toutes les copies d'un ARN dans une cellule soient modifiées. Il est beaucoup plus fréquent qu'un certain pourcentage d'ARN soit édité tandis que le reste conserve son information originale. Le pourcentage, ou fréquence, de l'édition peut varier considérablement d'un ARN à l'autre ou d'une cellule ou d'un tissu à l'autre, et peut dépendre de la température de l'eau ou d'autres conditions. Chez le calmar à nageoires longues, la plupart des sites d'édition de l'ARN étaient édités 2 % ou moins du temps, ont rapporté Albertin et ses collègues l'année dernière dans Nature Communications. Mais les chercheurs ont également trouvé plus de 205 000 sites qui étaient modifiés 25 % du temps ou plus.

Dans la majeure partie du corps d'un céphalopode, l'édition de l'ARN n'affecte pas souvent la composition des protéines. Mais dans le système nerveux, c'est une autre histoire. Dans le système nerveux du calmar à nageoires longues, 70 % des modifications apportées aux ARN producteurs de protéines recodent ces dernières. Dans le système nerveux de la pieuvre californienne à deux points (Octopus bimaculoides), les ARN sont recodés trois à six fois plus souvent que dans d'autres organes ou tissus.

(Photo -  L'encornet rouge recode l'ARN à plus de 50 000 endroits. Le recodage de l'ARN pourrait aider le calmar à réagir avec plus de souplesse à son environnement, mais on ne sait pas encore si le recodage a une valeur évolutive. Certains ARNm possèdent plusieurs sites d'édition qui modifient les acides aminés des protéines codées par les ARNm. Dans le système nerveux de l'encornet rouge, par exemple, 27 % des ARNm ont trois sites de recodage ou plus. Certains contiennent 10 sites ou plus. La combinaison de ces sites d'édition pourrait entraîner la fabrication de plusieurs versions d'une protéine dans une cellule.)

Le fait de disposer d'un large choix de protéines pourrait donner aux céphalopodes "plus de souplesse pour réagir à l'environnement", explique M. Albertin, "ou leur permettre de trouver diverses solutions au problème qui se pose à eux". Dans le système nerveux, l'édition de l'ARN pourrait contribuer à la flexibilité de la pensée, ce qui pourrait expliquer pourquoi les pieuvres peuvent déverrouiller des cages ou utiliser des outils, pensent certains chercheurs. L'édition pourrait être un moyen facile de créer une ou plusieurs versions d'une protéine dans le système nerveux et des versions différentes dans le reste du corps, explique Albertin.

Lorsque l'homme et d'autres vertébrés ont des versions différentes d'une protéine, c'est souvent parce qu'ils possèdent plusieurs copies d'un gène. Doubler, tripler ou quadrupler les copies d'un gène "permet de créer tout un terrain de jeu génétique pour permettre aux gènes de s'activer et d'accomplir différentes fonctions", explique M. Albertin. Mais les céphalopodes ont tendance à ne pas dupliquer les gènes. Leurs innovations proviennent plutôt de l'édition.

Et il y a beaucoup de place pour l'innovation. Chez le calmar, les ARNm servant à construire la protéine alpha-spectrine comportent 242 sites de recodage. Toutes les combinaisons de sites modifiés et non modifiés pourraient théoriquement créer jusqu'à 7 x 1072 formes de la protéine, rapportent Rosenthal et Eisenberg dans le numéro de cette année de l'Annual Review of Animal Biosciences (Revue annuelle des biosciences animales). "Pour mettre ce chiffre en perspective, écrivent les chercheurs, il suffit de dire qu'il éclipse le nombre de toutes les molécules d'alpha-spectrine (ou, d'ailleurs, de toutes les molécules de protéines) synthétisées dans toutes les cellules de tous les calmars qui ont vécu sur notre planète depuis l'aube des temps.

Selon Kavita Rangan, biologiste moléculaire à l'université de Californie à San Diego, ce niveau de complexité incroyable ne serait possible que si chaque site était indépendant. Rangan a étudié le recodage de l'ARN chez le calmar californien (Doryteuthis opalescens) et le calmar à nageoires longues. La température de l'eau incite les calmars à recoder les protéines motrices appelées kinésines qui déplacent les cargaisons à l'intérieur des cellules.

Chez l'encornet rouge, l'ARNm qui produit la kinésine-1 comporte 14 sites de recodage, a découvert Mme Rangan. Elle a examiné les ARNm du lobe optique - la partie du cerveau qui traite les informations visuelles - et du ganglion stellaire, un ensemble de nerfs impliqués dans la génération des contractions musculaires qui produisent des jets d'eau pour propulser le calmar.

Chaque tissu produit plusieurs versions de la protéine. Rangan et Samara Reck-Peterson, également de l'UC San Diego, ont rapporté en septembre dernier dans un article publié en ligne sur bioRxiv.org que certains sites avaient tendance à être édités ensemble. Leurs données suggèrent que l'édition de certains sites est coordonnée et "rejette très fortement l'idée que l'édition est indépendante", explique Rangan. "La fréquence des combinaisons que nous observons ne correspond pas à l'idée que chaque site a été édité indépendamment.

L'association de sites d'édition pourrait empêcher les calmars et autres céphalopodes d'atteindre les sommets de complexité dont ils sont théoriquement capables. Néanmoins, l'édition de l'ARN offre aux céphalopodes un moyen d'essayer de nombreuses versions d'une protéine sans s'enfermer dans une modification permanente de l'ADN, explique M. Rangan.

Ce manque d'engagement laisse perplexe Jianzhi Zhang, généticien évolutionniste à l'université du Michigan à Ann Arbor. "Pour moi, cela n'a pas de sens", déclare-t-il. "Si vous voulez un acide aminé particulier dans une protéine, vous devez modifier l'ADN. Pourquoi changer l'ARN ?

L'édition de l'ARN a-t-elle une valeur évolutive ?

L'édition de l'ARN offre peut-être un avantage évolutif. Pour tester cette idée, Zhang et Daohan Jiang, alors étudiant de troisième cycle, ont comparé les sites "synonymes", où les modifications ne changent pas les acides aminés, aux sites "non synonymes", où le recodage se produit. Étant donné que les modifications synonymes ne modifient pas les acides aminés, les chercheurs ont considéré que ces modifications étaient neutres du point de vue de l'évolution. Chez l'homme, le recodage, ou édition non synonyme, se produit sur moins de sites que l'édition synonyme, et le pourcentage de molécules d'ARN qui sont éditées est plus faible que sur les sites synonymes.

"Si nous supposons que l'édition synonyme est comme un bruit qui se produit dans la cellule, et que l'édition non-synonyme est moins fréquente et [à un] niveau plus bas, cela suggère que l'édition non-synonyme est en fait nuisible", explique Zhang. Même si le recodage chez les céphalopodes est beaucoup plus fréquent que chez les humains, dans la plupart des cas, le recodage n'est pas avantageux, ou adaptatif, pour les céphalopodes, ont affirmé les chercheurs en 2019 dans Nature Communications.

Il existe quelques sites communs où les pieuvres, les calmars et les seiches recodent tous leurs ARN, ont constaté les chercheurs, ce qui suggère que le recodage est utile dans ces cas. Mais il s'agit d'une petite fraction des sites d'édition. Zhang et Jiang ont constaté que quelques autres sites édités chez une espèce de céphalopode, mais pas chez les autres, étaient également adaptatifs.

Si ce n'est pas si utile que cela, pourquoi les céphalopodes ont-ils continué à recoder l'ARN pendant des centaines de millions d'années ? L'édition de l'ARN pourrait persister non pas parce qu'elle est adaptative, mais parce qu'elle crée une dépendance, selon Zhang.

Zhang et Jiang ont proposé un modèle permettant de nuire (c'est-à-dire une situation qui permet des modifications nocives de l'ADN). Imaginez, dit-il, une situation dans laquelle un G (guanine) dans l'ADN d'un organisme est muté en A (adénine). Si cette mutation entraîne un changement d'acide aminé nocif dans une protéine, la sélection naturelle devrait éliminer les individus porteurs de cette mutation. Mais si, par chance, l'organisme dispose d'un système d'édition de l'ARN, l'erreur dans l'ADN peut être corrigée par l'édition de l'ARN, ce qui revient à transformer le A en G. Si la protéine est essentielle à la vie, l'ARN doit être édité à des niveaux élevés de sorte que presque chaque copie soit corrigée.

 Lorsque cela se produit, "on est bloqué dans le système", explique M. Zhang. L'organisme est désormais dépendant de la machinerie d'édition de l'ARN. "On ne peut pas la perdre, car il faut que le A soit réédité en G pour survivre, et l'édition est donc maintenue à des niveaux élevés.... Au début, on n'en avait pas vraiment besoin, mais une fois qu'on l'a eue, on en est devenu dépendant".

Zhang soutient que ce type d'édition est neutre et non adaptatif. Mais d'autres recherches suggèrent que l'édition de l'ARN peut être adaptative.

L'édition de l'ARN peut fonctionner comme une phase de transition, permettant aux organismes de tester le passage de l'adénine à la guanine sans apporter de changement permanent à leur ADN. Au cours de l'évolution, les sites où les adénines sont recodées dans l'ARN d'une espèce de céphalopode sont plus susceptibles que les adénines non éditées d'être remplacées par des guanines dans l'ADN d'une ou de plusieurs espèces apparentées, ont rapporté les chercheurs en 2020 dans PeerJ. Et pour les sites fortement modifiés, l'évolution chez les céphalopodes semble favoriser une transition de A à G dans l'ADN (plutôt qu'à la cytosine ou à la thymine, les deux autres éléments constitutifs de l'ADN). Cela favorise l'idée que l'édition peut être adaptative.

D'autres travaux récents de Rosenthal et de ses collègues, qui ont examiné les remplacements de A en G chez différentes espèces, suggèrent que le fait d'avoir un A modifiable est un avantage évolutif par rapport à un A non modifiable ou à un G câblé.

(Tableau :  Quelle est la fréquence de l'enregistrement de l'ARN ?

Les céphalopodes à corps mou, notamment les pieuvres, les calmars et les seiches, recodent l'ARN dans leur système nerveux sur des dizaines de milliers de sites, contre un millier ou moins chez l'homme, la souris, la mouche des fruits et d'autres espèces animales. Bien que les scientifiques aient documenté le nombre de sites d'édition, ils auront besoin de nouveaux outils pour tester directement l'influence du recodage sur la biologie des céphalopodes.

Schéma avec comparaison des nombre de sites de recodage de l'ARN chez les animaux

J.J.C. ROSENTHAL ET E. EISENBERG/ANNUAL REVIEW OF ANIMAL BIOSCIENCES 2023 )

Beaucoup de questions en suspens

Les preuves pour ou contre la valeur évolutive du recodage de l'ARN proviennent principalement de l'examen de la composition génétique totale, ou génomes, de diverses espèces de céphalopodes. Mais les scientifiques aimeraient vérifier directement si les ARN recodés ont un effet sur la biologie des céphalopodes. Pour ce faire, il faudra utiliser de nouveaux outils et faire preuve de créativité.

Rangan a testé des versions synthétiques de protéines motrices de calmars et a constaté que deux versions modifiées que les calmars fabriquent dans le froid se déplaçaient plus lentement mais plus loin le long de pistes protéiques appelées microtubules que les protéines non modifiées. Mais il s'agit là de conditions artificielles de laboratoire, sur des lames de microscope. Pour comprendre ce qui se passe dans les cellules, Mme Rangan aimerait pouvoir cultiver des cellules de calmar dans des boîtes de laboratoire. Pour l'instant, elle doit prélever des tissus directement sur le calmar et ne peut obtenir que des instantanés de ce qui se passe. Les cellules cultivées en laboratoire pourraient lui permettre de suivre ce qui se passe au fil du temps.

M. Zhang explique qu'il teste son hypothèse de l'innocuité en amenant la levure à s'intéresser à l'édition de l'ARN. La levure de boulanger (Saccharomyces cerevisiae) ne possède pas d'enzymes ADAR. Mais Zhang a modifié une souche de cette levure pour qu'elle soit porteuse d'une version humaine de l'enzyme. Les enzymes ADAR rendent la levure malade et la font croître lentement, explique-t-il. Pour accélérer l'expérience, la souche qu'il utilise a un taux de mutation supérieur à la normale et peut accumuler des mutations G-A. Mais si l'édition de l'ARN peut corriger ces mutations, il est possible d'obtenir des résultats positifs. Mais si l'édition de l'ARN peut corriger ces mutations, la levure porteuse d'ADAR pourrait se développer mieux que celles qui n'ont pas l'enzyme. Et après de nombreuses générations, la levure pourrait devenir dépendante de l'édition, prédit Zhang.

Albertin, Rosenthal et leurs collègues ont mis au point des moyens de modifier les gènes des calmars à l'aide de l'éditeur de gènes CRISPR/Cas9. L'équipe a créé un calmar albinos en utilisant CRISPR/Cas9 pour supprimer, ou désactiver, un gène qui produit des pigments. Les chercheurs pourraient être en mesure de modifier les sites d'édition dans l'ADN ou dans l'ARN et de tester leur fonction, explique Albertin.

Cette science n'en est qu'à ses débuts et l'histoire peut mener à des résultats inattendus. Néanmoins, grâce à l'habileté des céphalopodes en matière d'édition, la lecture de cet article ne manquera pas d'être intéressante.

 

Auteur: Internet

Info: https://www.sciencenews.org/article/octopus-squid-rna-editing-dna-cephalopods, Tina Hesman Saey, 19 may 2023

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