insomnie

Arrivé à ce stade de l'ouvrage, le lecteur doit retenir une chose essentielle, véritable moteur de ma motivation à écrire, le mot "somnifère" comme le mot "hypnotique" reposent sur un abus de langage, pour ne pas dire une escroquerie intellectuelle: l'état d'inconscience dans lequel on est plongé quand on prend des somnifères ou des hypnotiques ressemble plus à une anesthésie légère qu'à du sommeil réparateur. Pour que le sommeil soit vraiment du sommeil, il doit être naturel, sinon, au bout de quelques semaines, on ne fait qu'oublier qu'on ne dort pas.

Auteur: Lemoine Patrick

Info: Dormir sans médicaments... ou presque

[ thérapie ]

médecine officielle

Une partie du problème majeur de la schizophrénie est ce qu'elle est définie comme anormale, plutôt qu'état de conscience altéré avec une fonction écologique spécifique pour l'espèce. En Occident, ces états sont étiquetés "maladies" et sont presque toujours traités par des médicaments. La plupart des psychotropes sont interdits exactement pour la même raison. Il ne faut pas étendre la perception au-delà de ce que la société veut. Il y a très peu de gens en Occident (et pratiquement aucun n'a reçu une formation clinique) qui savent comment former quelqu'un à l'utilisation de cette perception améliorée. Une fois que cette dynamique d'ouverture est qualifiée d'anormale et acceptée comme neuropathologique, il n'y a généralement pas d'alternative autre (dans ce système) que sa suppression.

Auteur: Buhner Stephen Harrod

Info: Plant Intelligence and the Imaginal Realm : Au-delà des portes de la perception dans le rêve de la Terre

[ fermeture ]

transsexualisme

Dans plusieurs hôpitaux en France, quand leur puberté commence tout juste, certains ados peuvent recevoir des “bloqueurs de puberté”. A l’hôpital de la Pitié-Salpêtrière, à Paris, la pédopsychiatre Agnès Condat accueille depuis 2013 ces ados transgenres, elle en suit actuellement 200. “Ces bloqueurs de puberté permettent de les soulager de l’apparition des caractères sexuels, alors que ces ados ne les supportent pas, et de se donner du temps pour mieux explorer leur identité sexuée”, explique-t-elle. […] Pour la Dr Condat, mieux vaut donner ces traitements rapidement, “sinon les organes sexuels vont se développer, ce qui va susciter le mal-être de l’adolescent”.

Nicole Athéa, de son côté, déplore justement le peu de critères de diagnostic pour lequel ces enfants reçoivent des médicaments. “Il suffit parfois que, pendant six mois, un enfant affirme qu’il se sent comme appartenir à l’autre sexe pour qu’on lui donne des bloqueurs de puberté, dénonce-t-elle. Il n’y a aucun autre élément qui permette d’assurer la permanence du diagnostic à long terme.” Ces traitements “mettent des enfants sains dans une médicalisation lourde”, souligne-t-elle. Ils ne sont pas sans effets secondaires. Parmi ceux-ci, des conséquences possibles, notamment sur le développement de certaines zones du cerveau, sur la masse osseuse, sur la taille, ou encore des dépressions. “Les risques de dépression étant déjà élevés chez les jeunes trans, les envies de suicide pourraient être majorées par les traitements eux-mêmes”, estime-t-elle.

Auteur: Daussy Laure

Info: "Puberté bloquée", Charlie Hebdo, 1er décembre 2021

[ dysphorie de genre ] [ réponse médicale ] [ manifeste-latent ] [ précipitation ] [ dénaturation ]

justifications

La croyance en la race peut être comparée à la croyance en l'astrologie. Les personnes qui ont foi en l'astrologie se voient constamment confirmer que les prédictions des horoscopes sont fiables et que les signes astrologiques déterminent les types de personnalité. Pour les fidèles, les douze divisions du zodiaque sont aussi précises que les cinq divisions des êtres humains de Blumenbach. Le plus drôle, c'est que les biostatisticiens peuvent trouver des différences médicales significatives en fonction des signes astrologiques. Dans les années 1990, un important essai clinique randomisé a comparé l'efficacité d'un médicament intraveineux, d'une aspirine orale et d'un placebo pour traiter 17 000 patients hospitalisés en raison de pré-symptômes d'infarctus du myocarde. L'étude a révélé un énorme avantage statistique global pour les patients ayant reçu de l'aspirine plutôt qu'un placebo. Pour vérifier la solidité de ce résultat, les chercheurs ont divisé les patients en douze sous-groupes en fonction de leur signe astrologique. Ils ont constaté que le zodiaque faisait une différence : leur analyse statistique a montré que les patients nés sous le signe des Gémeaux ou de la Balance souffraient d'un effet négatif de l'aspirine. Sans surprise, les médecins se sont gaussés de cette découverte parce qu'il était plus plausible scientifiquement d'interpréter les résultats comme une coïncidence insignifiante. Mais un passionné d'astrologie y verra la preuve que les signes du zodiaque déterminent l'état de santé des gens et leur réaction aux médicaments.

Auteur: Roberts Dorothy

Info: Fatal Invention: How Science, Politics, and Big Business Re-create Race in the Twenty-First Century

[ biais de confirmation ] [ racisme ]

soigner

Elles (Les thérapies alternatives) sont des moyens simples, peu coûteux, qui vont droit au but. Le malade est considéré dans son ensemble : il est un corps physique, certes, mais il possède aussi une affectivité, un intellect, une âme et des instincts. Il a un passé, un présent et un futur; il appartient au cosmos et est soumis à ses lois. Il faut l'aider à se situer par rapport à tout cela. Il faut, dans une synthèse créatrice, identifier l'homme qui est en face de soi, tel qu'il est, dans son ensemble, dans son milieu, dans son devenir. La toute-puissance de la technique nous a possédés, subjugués, hypnotisés; on a su nous faire croire que la médecine était une technique et non plus un art, un métier et non plus une vocation, que les malades étaient des cas à parquer, en diverses catégories, dans des services que s'attribuent par voie de concours des spécialistes renommés qui vont vivre sur leurs certitudes matérialistes et lutter contre la nature au lieu de composer avec elle. Les puissants laboratoires pharmaceutiques ou les fabricants de matériel médical nous abreuvent, dès les premières années de médecine, de luxueux fascicules qui deviennent notre bible et qui, adroitement, après avoir décrit les signes de la maladie et sa physiopathologie, concluent à la nécessité de pratiquer x examens et d'administrer n médicaments. Et l'on est pris au piège de cet enchainement logique d'informations... Bientôt nous versons inconsciemment dans l'absurde, toujours satisfaits de nos prouesses intellectuelles, oubliant que ce corps que nous soignons a un coeur et une âme.

Auteur: Fontaine Janine

Info: Médecin des trois corps

[ bon sens ]

dernières paroles

Je promets de se lever et de sortir de la maison tous les matins. Je vais aller voir mes parents puis faire une longue promenade. Je vais suivre les ordres du médecin pour les médicaments. Je promets de ne pas me blesser. Je promets de ne pas visiter des sites Web qui parlent de suicide. (1ère)
(...)
Lorsque vous croyez avoir un avenir, vous pensez en termes de générations et d'années. Si ce n'est pas le cas, vous vivez non pas au jour le jour, mais d'une minute à l'autre. Il est de loin préférable que vous vous souveniez de moi comme je le fus lors de mon apogée comme auteur de best-seller plutôt que de l'épave aux yeux fous revenue de Louisville... Chaque respiration devient difficile et pour moi faire face à l'anxiété peut être comparé une noyade en plein mer. Je sais que mes actions vont transférer une partie de cette douleur aux autres, ceux qui me aiment le plus. S'il vous plaît pardonnez-moi. (2ème)
(...)
Il y a des aspects de mon expérience à Louisville que je ne comprendrai jamais. Tout au fond, je soupçonne que aurez plus de réponses sur ceci que moi. Je ne suis jamais parvenue à dissiper cette conviction que j'ai été recrutée, et plus tard persécutée, par des forces plus puissantes que ce que je pouvais imaginer. Que ce soit la CIA ou une autre organisation, je ne le saurai jamais. Tant que je suis vivante, ces forces ne cesseront jamais de me harceler.
Quelques jours avant mon départ pour Louisville J'ai eu un profond pressentiment pour ma sécurité. J'ai senti tout à coup des menaces pour ma propre vie: le sentiment étrange que j'étais suivie dans les rues, la camionnette blanche garée devant ma maison, le courrier endommagé qui arrivait à ma boite postale. Je crois que mon séjour à l'hôpital Norton était une tentative du gouvernement pour me discréditer.(3e)

Auteur: Chang Iris

Info:

[ suicide ]

besoin de transcendance

A leur parler, on ressent souvent qu’il y a en un déprimé un grand virage non encore négocié, ainsi que l’attente d’un basculement radical de valeurs, avec un appel fervent envers une autre forme de vie. En attendant, les déprimés sont de la nuit, et dans la nuit. Mais tous ceux qui désirent atteindre une manière nouvelle doivent passer par la nuit et par l’obscur. On appelle cela parfois : la traversée du désert, la nuit des sens. Et on pourrait également appeler la dépression : la nuit du Sens.
Au commencement de toute rénovation de l’esprit et de l’âme, se trouve la "mort", qui est le détachement et l’arrachement ultimes des anciennes visions, des anciennes valeurs, des anciennes façons de vivre. C’est l’arrachement de l’absurde et du non-sens, comme on arracherait une vieille peau. C’est la mue de l’âme. Mais tant que les lumières nouvelles n’ont pas jailli, cet abandon des choses anciennes est ressenti comme une nuit. Car l’être humain ne peut approcher son "noyau* profond qu’après avoir rejeté ce qui n’’est pas essentiel pour lui, et que ne correspond pas à son organisation et son ordre intérieurs.
L’alchimie passe, elle aussi, par la nuit. Après le mariage du souffre et du mercure, apparaît la couleur noire. C’est la phase de "putréfaction", mais aussi de promesse. Puis la pierre devient progressivement blanche ; c’est la résurrection. La matière noire renaît, perd de sa noirceur, jusqu’à atteindre le rouge de la rubification, que l’on peut symboliser par un jeune roi couronné. Ainsi, "l’or philosophal" se trouve enclos dans le noir de l’âme, et dans la promesse de la nuit du Sens…
On a tendance à cloisonner le déprimé dans l’ "anormal". Mais est-ce aussi anormal qu’on voudrait le dire ? Et anormal par rapport à quoi ? Par rapport à la vie courante ? C’est-à-dire ? N’existe-t-il pas un "endroit" de cet "envers" qui est le sien ? Et cet envers sur lequel il marche ne marque-t-il pas une frontière entre ce qu’il parait être pour l’instant et l’appel qui se trouve en lui ? Posons même la question : paradoxalement, n’est-il pas plus profondément normal que la plupart des gens dits normaux ?
La dépression fait songer à ces états de personnes ayant frôlé la mort et qui en reviennent en décrivant des images de tunnel au bout duquel se trouvaient d’intenses lumières. Cependant, en cloisonnant les déprimés dans l’anormal, on les étiquette, on les bourre de médicaments. Mais on ignore qu’il y a en eux "autre chose", qui n’est deviné que d’eux seuls. Qu’il y a en eux un profond secret, et un mystère central. Alors, ne faut-il pas retourner, faire basculer, la notion de dépression ? Comme on doit le faire avec tant de choses ? Au lieu de se trouver "en-bas", ils sont probablement, au contraire, proches d’un "en-haut" qu’ils ne peuvent temporairement atteindre. En attendant, leur nuit est un retour au sein maternel…
Cette "anormalité" de la dépression ne serait-elle pas le chemin vers une supra-normalité ? Ne serait-il pas une démarche vers un "quelque chose" que la plupart ignorent ? Dit autrement : la dépression n’est-elle pas le canal, le tunnel vers une lumière, et vers une haute valeur ignorée ou refoulée chez la plupart ?

Auteur: Daco Pierre

Info: Dans "Psychologie et liberté intérieure"

[ nouveau regard ] [ adéquation au monde ] [ toucher le fond ]

nématologie

Ce ver parasite " vole " discrètement les gènes de son hôte 

En explorant ce processus connu sous le nom de " transfert horizontal de gènes ", les scientifiques pourraient en apprendre davantage sur la façon dont les bactéries deviennent résistantes aux médicaments.

Des scientifiques du Centre RIKEN de recherche sur la dynamique des biosystèmes au Japon ont récemment découvert que le parasite connu sous le nom de ver de crin de cheval " vole " les gènes de son hôte afin de le contrôler.

Il s’agit d’un processus connu sous le nom de " transfert horizontal de gènes ", c’est-à-dire lorsque deux génomes partagent des informations génétiques de manière non sexuelle.

L’étude de ce processus pourrait aider les scientifiques à comprendre comment les bactéries développent une résistance aux antibiotiques grâce à un processus similaire.

On nous a tous rappelé l'horreur existentielle des parasites cérébraux grâce aux " fourmis zombie "  , mais la manière exacte dont les parasites du monde réel réalisent ce spectacle de marionnettes biologiques reste un peu mystérieuse. L'un de ces parasites est le ver crin de cheval (​​ Chordodes ) , qui dépend des sauterelles, des grillons, des coléoptères et même des mantes pour sa survie et sa reproduction. Né dans l'eau, ce ver utilise des éphémères pour atteindre la terre ferme, où il attend ensuite d'être consommé par sa proie et se met au travail.

Une fois à l’intérieur d’un hôte, le ver commence à se développer et à manipuler l’insecte. Une fois qu'il est complètement mature, il incite cet hôte à sauter dans l'eau, complétant ainsi son cycle de vie. Le ver de crin de cheval parvient à cette capacité de contrôle mental en utilisant des molécules qui imitent le système nerveux central de l'hôte, mais la manière dont il crée ces molécules reste un mystère depuis un certain temps.

Aujourd'hui, une nouvelle étude du Centre RIKEN pour la recherche sur la dynamique des biosystèmes au Japon a révélé que les vers en crin de cheval utilisent le " transfert horizontal de gènes " – en volant effectivement les gènes d'un insecte – afin de contrôler leurs hôtes. Les résultats ont été récemment publiés dans la revue Current Biology.

Pour trouver cette réponse étrange – et plutôt grossière –, une équipe dirigée par Tappei Mishina a analysé l’expression génétique d’un ver de crin de cheval dans tout le corps avant, pendant et après avoir infecté une mante. L'étude montre que 3 000 gènes étaient exprimés davantage chez le ver lorsqu'il manipulait la mante (et 1 500 autres étaient exprimés moins), alors que l'expression des gènes de la mante restait inchangée.

Une fois qu'ils ont compris que le ver à crins produisait ses propres protéines au cours du processus de manipulation, les scientifiques se sont tournés vers une base de données pour discerner l'origine de ces protéines et ont été confrontés à un phénomène surprenant.

"Il est frappant de constater que de nombreux gènes de vers à crins susceptibles de jouer un rôle important dans la manipulation de leurs hôtes sont très similaires à des gènes de mante, ce qui suggère qu'ils ont été obtenus par transfert horizontal de gènes", a déclaré Mishina dans un communiqué de presse.

Dit simplement le transfert horizontal de gènes est le partage d’informations génétiques de manière non sexuelle entre deux génomes – dans ce cas, entre les génomes d’une mante et d’un ver de crin de cheval. Ce n’est pas un phénomène inconnu des scientifiques, car c’est la principale façon dont les bactéries développent une résistance aux antibiotiques .

Dans le cas du ver crin de cheval, quelque 1 400 gènes correspondaient à ceux des mantes, mais ils étaient complètement absents chez d'autres spécimens de Chordodes qui ne dépendent pas des mantes pour se reproduire. L’étude émet l’hypothèse que ces " gènes de mimétisme " ont probablement été acquis au cours de multiples événements de transfert et que les gènes affectant la neuromodulation, l’attraction vers la lumière et les rythmes circadiens étaient particulièrement utiles pour contrôler l’hôte.

En étudiant ce couple parasitaire, Mishina et d’autres scientifiques pourraient en apprendre davantage sur le transfert horizontal de gènes multicellulaires, le fonctionnement interne de cette partie non sexuelle de l’évolution et les mécanismes qui rendent les bactéries résistantes à nos médicaments les plus avancés.

Il est temps pour le parasite de donner un peu en retour

Auteur: Internet

Info: https://www.popularmechanics.com/ Darren Orf, 18 oct 2023

[ copie latérale ]

lobbysme

Big Pharma : la criminalité organisée
Beaucoup de ceux qui ont lu ce livre se demandent si Peter n'exagère pas en suggérant que ses activités permettent de comparer l'industrie pharmaceutique à la criminalité organisée, dont les caractéristiques sont définies dans la loi des États-Unis : extorsion, fraude, infractions fédérales sur les drogues, corruption, détournement de fonds, obstruction à la justice, obstruction de l'application de la loi, subornation de témoins et corruption politique.
Peter apporte la preuve, presque toujours en détail, que les compagnies pharmaceutiques sont coupables de la plupart de ces infractions.
Et il est pas le premier à comparer cette industrie avec la mafia - ou mob, puisqu'il cite un ancien vice-président de Pfizer, qui a dit en son temps: "Il est effrayant de voir à quel point il y a des similitudes entre notre industrie et la mafia. Le crime organisé prend des quantités obscènes d'argent ; comme cette industrie. Sans parler d'autres effets secondaires comme les homicides et des décès. La mafia corrompt politiciens et autres, de même pour l'industrie des médicaments... "
Beaucoup de gens meurent via Big Pharma, beaucoup plus que ceux qui sont tués dans des crimes. Des centaines de milliers de personnes décèdent chaque année suite aux effets des médicaments donnés sur ordonnance. Beaucoup verront ceci comme inévitable puisque les médicaments sont utilisés pour traiter des maladies qui tuent. Mais c'est surtout parce que les avantages des médicaments sont exagérés, souvent en raison de graves distorsions dans la démonstration de leur efficacité, "crime" qui peut être attribué en toute confiance à Big Pharma...
La majeure partie du livre de Peter est consacrée à démontrer que l'industrie du médicament a systématiquement corrompu la science en jouant les avantages et minimisant les méfaits de ses produits... Il montre aussi comment on achète les médecins, les universitaires, les revues, organisations professionnelles, départements universitaires, journalistes, régulateurs et politiciens. Ce sont bien les méthodes de la mafia...
Les détracteurs de l'industrie médicamenteuse ne cessent d'augmenter. Mais Peter les a tous surpassés, en efficacité et en véhémence, démontrant le parallèle de cette industrie avec le crime organisé.
Moi-même qui avais commencé à réfléchir aux sociétés pharmaceutiques, ne savais pas que quelqu'un avait fait si explicitement cette charge.
Lors des 50 dernières années, c'était l'industrie du tabac qui était considérée comme la méchante. Mais Big Pharma est devenu un concurrent sérieux. Et il est beaucoup plus grand que Big Tobacco, et beaucoup plus méchant. Je ne suis pas tout à fait certain de ce qui est censé être si mauvais à propos de Big Tobacco, en dehors du fait que le tabagisme provoque le cancer du poumon. Ainsi les entreprises pharmaceutiques sont désormais confrontées à des poursuites judiciaires coûteuses en raison des effets secondaires graves causés par de nombreux médicaments. Par exemple Bayer a du payer des milliards aux procureurs dans le procès de la loi sur "Yaz", suite à l'insuffisance des avertissements des effets secondaires sur les étiquettes de ce médicament - qui semble être la cause de la formation de caillots sanguins cause d'AVC chez les jeunes femmes.
Et comme le contrôle du tabac reçoit beaucoup de fonds de Big Pharma, on peut dire que les mauvais se soutiennent.
La lutte anti-tabac se présente toujours comme le bon garçon qui combat les Forces du Mal. "Faire le bien en aidant le fumeur à se sevrer de son produit mortel".
Mais en fait le contrôle du tabac cherche simplement faire en sorte que des fumeurs accrochent aux produits que Big Pharma met en place. Et on utilise la force brutale de la loi - interdiction de fumer, clandestinité et modification l'aspect des produits traditionnels tabagiques suite à la montée en puissance de la taxation du tabac à des niveaux exorbitants. Une industrie qui fait maintenant bonne figure en faisant son autocritique et incitant les fumeurs à se tourner vers de nouveau genre de cigarettes. Il faut conserver une stratégie.
Les gens apprennent de plus en plus que loin de faire du bien, le contrôle du tabac fait de grands dégats, détruisant les communautés et les amitiés, mettant les gens les uns contre les autres, écrasant l'industrie de l'hospitalité, dénigrant son économie, volant les fumeurs. Il tarde que ce masque de sainteté glisse et révèle le loup vorace caché derrière.
Mais avant que cela arrive, les gens auront probablement besoin de se rendre compte que la profession médicale est profondément impliquée ainsi.
Le médecin et auteur Ben Goldacre, dans son livre "Bad Pharma" soulève l'idée intéressante que les médecins, qui en sont venus à considérer comme une relation "normale" leurs rapports avec une industrie de la drogue, seront agressés par le public le jour où il comprendra. Actuellement ce dernier a tendance à faire confiance aux médecins et à se méfier des compagnies pharmaceutiques. Cette confiance pourrait rapidement se perdre.

Auteur: Smith Richard

Info: préface de l'ouvrage, Internet, 28 Octobre 2013

[ consumérisme ]

nanomonde

Comment l’IA impacte la recherche sur la structure des protéines

Chaque être humain possède plus de 20 000 protéines. Par exemple l’hémoglobine qui s’occupe du transport de l’oxygène depuis les poumons vers les cellules de tout le corps, ou encore l’insuline qui indique à l’organisme la présence de sucre dans le sang.

Chaque protéine est formée d’une suite d’acides aminés, dont la séquence détermine son repliement et sa structure spatiale – un peu comme si un mot se repliait dans l’espace en fonction des enchaînements de lettres dont il est composé. Cette séquence et ce repliement (ou structure) de la protéine déterminent sa fonction biologique : leur étude est le domaine de la « biologie structurale ». Elle s’appuie sur différentes méthodes expérimentales complémentaires, qui ont permis des avancées considérables dans notre compréhension du monde du vivant ces dernières décennies, et permet notamment la conception de nouveaux médicaments.

Depuis les années 1970, on cherche à connaître les structures de protéines à partir de la seule connaissance de la séquence d’acides aminés (on dit « ab initio »). Ce n’est que très récemment, en 2020, que ceci est devenu possible de manière quasi systématique, avec l’essor de l’intelligence artificielle et en particulier d’AlphaFold, un système d’IA développé par une entreprise appartenant à Google.

Face à ces progrès de l’intelligence artificielle, quel est désormais le rôle des chercheurs en biologie structurale ?

Pour le comprendre, il faut savoir qu’un des défis de la biologie de demain est la "biologie intégrative", qui a pour objectif de comprendre les processus biologiques au niveau moléculaire dans leurs contextes à l’échelle de la cellule. Vu la complexité des processus biologiques, une approche pluridisciplinaire est indispensable. Elle s’appuie sur les techniques expérimentales, qui restent incontournables pour l’étude de la structure des protéines, leur dynamique et leurs interactions. De plus, chacune des techniques expérimentales peut bénéficier à sa manière des prédictions théoriques d’AlphaFold.

(Photo) Les structures de trois protéines de la bactérie Escherichia coli, déterminées par les trois méthodes expérimentales expliquées dans l’article, à l’Institut de Biologie Structurale de Grenoble. Beate Bersch, IBS, à partir d’une illustration de David Goodsell, Fourni par l'auteur

La cristallographie aux rayons X

La cristallographie est, à cette date, la technique la plus utilisée en biologie structurale. Elle a permis de recenser plus de 170 000 structures de protéines dans la "Protein Data Bank", avec plus de 10 000 repliements différents.

Pour utiliser la cristallographie à rayons X, il faut faire "cristalliser les protéines". On dit souvent que cette technique est limitée par la qualité de cristaux de protéines, qui est moindre pour les grosses protéines. Mais cette notion ne correspond pas toujours à la réalité : par exemple, la structure du ribosome, l’énorme machine moléculaire qui assemble les protéines, a été résolue à 2,8 angströms de résolution. Venkatraman Ramakrishnan, Thomas Steitz et Ada Yonath ont reçu le prix Nobel de chimie en 2009 pour ce travail.

Avec le développement récent du laser X à électron libre (XFEL), il est devenu possible d’étudier simultanément des milliers de microcristaux de protéines à température ambiante et à l’échelle de la femtoseconde (10-15 secondes, soit un millionième de milliardième de seconde, l’échelle de temps à laquelle ont lieu les réactions chimiques et le repliement des protéines). Cette technique permet d’imager les protéines avant qu’elles ne soient détruites. Elle est en train de révolutionner la "cristallographie cinétique", qui permet de voir les protéines "en action", ainsi que la recherche de médicaments.

Pour l’instant, l’apport d’AlphaFold à l’étude de la structure des protéines par cristallographie s’est concentré dans la génération de modèles de protéines assez précis pour appliquer la technique dite de "remplacement moléculaire" à la résolution des structures.

La spectroscopie par résonance magnétique nucléaire

Une autre méthode expérimentale pour étudier la structure des protéines est la "spectroscopie par résonance magnétique nucléaire". Alors que son alter ego d’imagerie médicale, l’IRM, regarde la distribution spatiale d’un seul signal, caractéristique des éléments chimiques dans les tissus biologiques observés, en spectroscopie par résonance magnétique nucléaire, c’est un ensemble de signaux provenant des atomes constituant la protéine qui est enregistré (ce qu’on appelle le "spectre").

Généralement, la détermination de la structure par résonance magnétique est limitée à des protéines de taille modeste. On calcule des modèles de molécules basés sur des paramètres structuraux (comme des distances interatomiques), provenant de l’analyse des spectres expérimentaux. On peut s’imaginer cela comme dans les débuts de la cartographie, où des distances entre des points de référence permettaient de dessiner des cartes en 2D. Pour faciliter l’interprétation des spectres qui contiennent beaucoup d’information, on peut utiliser des modèles obtenus par prédiction (plutôt qu’expérimentalement), comme avec AlphaFold.

En plus de la détermination structurale, la spectroscopie par résonance magnétique nucléaire apporte deux atouts majeurs. D’une part, en général, l’étude est effectuée avec un échantillon en solution aqueuse et il est possible d’observer les parties particulièrement flexibles des protéines, souvent invisibles avec les autres techniques. On peut même quantifier leur mouvement en termes d’amplitude et de fréquence, ce qui est extrêmement utile car la dynamique interne des protéines est aussi cruciale pour leur fonctionnement que leur structure.

D’autre part, la spectroscopie par résonance magnétique nucléaire permet de détecter aisément les interactions des protéines avec des petites molécules (ligands, inhibiteurs) ou d’autres protéines. Ceci permet d’identifier les sites d’interaction, information essentielle entre autres pour la conception rationnelle de molécules actives comme des médicaments.

Ces propriétés font de la spectroscopie par résonance magnétique nucléaire un outil extraordinaire pour la caractérisation fonctionnelle des protéines en complémentarité avec d’autres techniques expérimentales et l’IA.

La "cryomicroscopie électronique"

La cryomicroscopie électronique consiste à congeler ultrarapidement (environ -180 °C) un échantillon hydraté dans une fine couche de glace, qui sera traversée par les électrons. Les électrons transmis vont générer une image de l’échantillon, qui après analyse, permet d’accéder à des structures qui peuvent atteindre la résolution atomique. En comparaison, un microscope optique n’a un pouvoir résolutif que de quelques centaines de nanomètres, qui correspond à la longueur d’onde de la lumière utilisée ; seul un microscope utilisant une source possédant des longueurs d’onde suffisamment faibles (comme les électrons pour la microscopie électronique) possède un pouvoir résolutif théorique de l’ordre de l’angström. Le prix Nobel de Chimie 2017 a été décerné à Jacques Dubochet, Richard Henderson et Joachim Frank pour leurs contributions au développement de la cryomicroscopie électronique.

Avec de nombreux développements technologiques, dont celui des détecteurs à électrons directs, depuis le milieu des années 2010, cette technique est devenue essentielle en biologie structurale en amorçant une "révolution de la résolution". En effet, la cryomicroscopie électronique permet désormais d’obtenir des structures avec une résolution atomique, comme dans le cas de l’apoferritine – une protéine de l’intestin grêle qui contribue à l’absorption du fer – à 1,25 angström de résolution.

Son principal atout est de permettre de déterminer la structure d’objets de taille moyenne, au-delà de 50 000 Dalton (un Dalton correspond environ à la masse d’un atome d’hydrogène), comme l’hémoglobine de 64 000 Dalton, mais également d’objets de quelques milliards de daltons (comme le mimivirus, virus géant d’environ 0,5 micromètre).

Malgré toutes les avancées technologiques précédemment évoquées, la cryomicroscopie ne permet pas toujours de résoudre à suffisamment haute résolution la structure de "complexes", constitués de plusieurs protéines. C’est ici qu’AlphaFold peut aider et permettre, en complémentarité avec la cryomicroscopie, de décrire les interactions au niveau atomique entre les différents constituants d’un complexe. Cette complémentarité donne une force nouvelle à la cryomicroscopie électronique pour son rôle à jouer demain en biologie structurale.

Les apports d’AlphaFold

AlphaFold permet de prédire la structure de protéines uniquement à partir de leur séquence avec la connaissance acquise par la biologie structurale expérimentale. Cette approche est révolutionnaire car les séquences de beaucoup de protéines sont connues à travers les efforts des séquençages des génomes, mais déterminer leurs structures expérimentalement nécessiterait des moyens humains et techniques colossaux.

À l’heure actuelle, ce type de programme représente donc un acteur supplémentaire de complémentarité, mais ne se substitue pas aux techniques expérimentales qui, comme nous l’avons vu, apportent aussi des informations complémentaires (dynamiques, interfaces), à des échelles différentes (des sites métalliques aux complexes multiprotéiques) et plus fiables, car expérimentalement vérifiées. Au-delà de la pure détermination structurale d’une protéine isolée, la complexité des systèmes biologiques nécessite souvent une approche pluridisciplinaire afin d’élucider mécanismes et fonctions de ces biomolécules fascinantes que sont les protéines.

Auteur: Internet

Info: Published: December 19, 2022 Beate Bersch, Emmanuelle Neumann, Juan Fontecilla, Université Grenoble Alpes (UGA)

[ gnose chimique ]