créationnisme

C'est peut-être ce qui s'est passé, mais nous ne le saurons certainement jamais avec certitude. La spéculation évolutionnaire constitue une sorte de méta-science et certains biologistes y portent la même fascination intellectuelle, que la spéculation métaphysique le faisait pour certains scolastiques médiévaux. On peut le considérer comme une habitude relativement inoffensive, comme manger des cacahuètes, à moins que cela ne prenne la forme d'une obsession ; ça devient alors un vice.

Auteur: Stanier Roger Yate

Info: In H.P. Charles and B.C. Knight (eds.) Organization and Control in Prokaryotic Cells. Twentieth Symposium of the Society for General Microbiology Some Aspects of the Biology of Cells and Their Possible Evolutionary Signifi cance (p. 31) Cambridge University Press. Cambridge, England. 1970

[ bêtise ] [ conclure ]

évolutionnisme

Aujourd'hui, nous savons que le transfert horizontal de gènes est une force évolutive puissante dans le monde microbien, bien documentée dans les archives phylogénétiques, et dont l'importance écologique commence seulement à être pleinement comprise. Stimulée par les progrès de la technologie génomique, l'écologie microbienne offre de nouvelles perspectives sur le fonctionnement de la biosphère, exigeant une synthèse avec le processus évolutif et obligeant la biologie évolutive à s'intéresser à la question. Le pouvoir du transfert horizontal de gènes est si grand qu'il est difficile de comprendre pourquoi le monde eucaryote tournerait le dos à une source aussi merveilleuse de nouveauté et d'innovation génétiques. La réponse passionnante, qui fait éclater des décennies de préjugés dogmatiques, est que ce n'est pas le cas. Il existe aujourd'hui des preuves irréfutables du transfert horizontal de gènes chez les eucaryotes, non seulement chez les plantes, les protistes et les champignons, mais aussi chez les animaux (y compris les mammifères). Les implications évolutives n'ont pas encore été étudiées, mais nous sommes convaincus qu'une théorie pleinement élaborée du processus évolutif est nécessaire pour relever correctement les défis posés initialement par la microbiologie.

Auteur: Woese Carl

Info: How the Microbial World Saved Evolution from the Scylla of Molecular Biology and the Charybdis of the Modern Synthesis", Microbiology and Molecular Biology Reviews - 2009, avec Nigel Goldenfeld.

[ transversal ]

anecdote

Demodex Folliculorum crapahute sur votre visage et ses excréments provoqueraient la couperose. De minuscules insectes se cachent dans les pores de votre peau en ce moment, ils sont étroitement liés aux araignées et ils vivent de votre sébum sur votre visage. Habituellement, rosaceces acariens sont inoffensifs, mais si vous en abritez un trop grand nombre, leur tendance à se décomposer lorsqu'ils meurent, pendant qu'ils sont à l'intérieur de vous, peu devenir un peu problématique. En effet, selon le chercheur Kevin Kavanagh de l'université nationale d'Irlande, ces acariens pourraient être responsables de ce que l'on appelle la couperose ou rosacée (image ci-contre), une maladie chronique de la peau qui touche environ 5 à 20 % de la population mondiale.

Ces minuscules acariens à huit pattes (arachnides), vivent dans les pores de la peau du visage. Ils sont particulièrement friands des follicules pileux des sourcils et des cils et des pores huileux (sébum) plus localisés sur le nez, le front et les joues. Appelés Demodex, les acariens mangent le sébum et colonisent votre visage lors de votre puberté.

Instant frisson : Ils rampent sur votre visage dans l'obscurité pour s'accoupler, puis s'introduisent dans les pores pour y pondre leurs oeufs et meurent. Les adultes en bonne santé ont environ un ou deux acariens par centimètre carré de peau du visage. Les personnes atteintes de rosacée, cependant, peuvent en contenir 10 fois plus, selon Kavanagh. La recherche (lien plus bas) suggère que le stress, qui provoque des poussées de rosacée, modifie les substances chimiques dans le sébum, ce qui en fait une meilleure nourriture pour les acariens.

Le pauvre Demodex ne dispose pas d'un anus et ne peut donc pas se débarrasser de ses matières fécales. Leur abdomen grossit de plus en plus et quand ils meurent et se décomposent, ils libèrent tous leurs excréments accumulés, dans les pores. Lorsque les acariens sont nombreux, les excréments relâchés sont suffisants pour déclencher une réaction immunitaire, des inflammations et des lésions tissulaires. Kavanagh note qu'une sorte de bactérie vit dans ces acariens, le Bacille oleronius, qui est tuée par les antibiotiques contre la rosacée et pas par d'autres types d'antibiotiques. 80 % des personnes avec la sorte la plus commune de rosacée ont des cellules immunitaires dans leur sang qui réagissent fortement à deux protéines de la B. Oleronius, déclenchant ainsi l'inflammation. Seulement 40 % des personnes sans rosacée ont cette réaction.

Donc, vous l'aurez certainement compris, il ne faudra pas chercher à vous débarrasser à tout prix de ces gentils monstres en vous frottant le visage avec du papier de verre, car ce n'est pas la cause première de vos problématiques de couperose. Ces acariens arachnides sont utiles, vous êtes juste victime d'un dérèglement temporaire dans votre production de sébum (comme pendant l'adolescence), mais qui peut devenir chronique une fois adulte, à cause notamment du stress. Le sébum qui lui-même est censé protégé votre peau lorsqu'il n'est pas surproduit ou d'une composition chimique différente. Tout est une question d'équilibre!

Auteur: Internet

Info: publié sur le Journal of Medical Microbiology : The potential role of Demodex folliculorum mites and bacteria in the induction of rosacea

[ homme-animal ] [ nanomonde ]

contre-mesure

Les phages contre-attaquent
Certains phages ont développé des armes qui inhibent le système de défense des bactéries. Grâce à cette réplique , ils parviennent à infecter les bactéries et à se multiplier.
Un nouvel épisode de la course à l'armement que se livrent les bactéries et les virus qui les infectent - les phages - vient d'être révélé dans Nature Microbiology. En effet, une équipe internationale, dont font partie Sylvain Moineau et ses collaborateurs du Département de biochimie, de microbiologie et de bio-informatique, a révélé l'existence de phages capables de rendre inopérant le système de défense CRISPR-Cas utilisé contre eux par les bactéries.
Aujourd'hui connu comme un puissant outil d'édition du génome, CRISPR-Cas est d'abord un mécanisme de défense déployé par les bactéries pour se protéger des phages. C'est d'ailleurs l'équipe de Sylvain Moineau et les mêmes collaborateurs qui ont décrit, dans la revue Science, en 2007, l'existence de ce système de défense chez les bactéries. Cette contremesure, qui existe chez environ 40% des espèces bactériennes, repose sur des séquences d'ADN que les bactéries accumulent à partir du matériel génétique de leurs assaillants. En 2010, dans un article publié dans la revue Nature, l'équipe du professeur Moineau démontrait que, lors de rencontres subséquentes avec ces virus, les bactéries utilisent les composantes du système CRISPR-Cas, dont la protéine Cas9, pour scinder l'ADN de leurs envahisseurs à des endroits précis de leur génome.
Les phages n'avaient cependant pas dit leur dernier mot. Depuis cinq ans, quelques études ont mis en lumière l'existence d'anti-CRISPR chez certains types de phages. L'équipe du professeur Moineau vient d'ajouter un élément au dossier en démontrant l'existence d'un nouvel anti-CRISPR chez un autre type de phage qui attaque S. pyogenes, une bactérie pathogène utilisée comme modèle pour l'édition du génome. Les chercheurs ont isolé un phage qui échappe 40 000 fois plus souvent que les autres au système de défense CRISPR-Cas9 de S. pyogenes. "Nous avons séquencé le génome d'un de ces phages, nous avons analysé et cloné plusieurs de ses gènes et nous avons découvert un gène codant pour une protéine dite "anti-CRISPR" qui inhibe efficacement le système de défense de la bactérie", explique Sylvain Moineau. Les chercheurs ont aussi démontré que cette protéine anti-CRISPR inhibe complètement le système de défense de S. thermophilus. "Il s'agit de la bactérie, utilisée pour la fabrication de yogourt et de certains fromages, qui avait permis la découverte du système CRISPR en 2007", rappelle-t-il.
Le mode d'action de cet anti-CRISPR n'a pas encore été élucidé, mais déjà les chercheurs entrevoient les répercussions concrètes de leurs travaux. "Puisque le système de défense CRISPR-Cas peut être contourné par certains phages, il faudra trouver de nouvelles façons de protéger les cultures bactériennes utilisées par l'industrie alimentaire contre les attaques des phages, constate le professeur Moineau. Il n'y a pas de fin à la lutte que se livrent ces microorganismes. C'est ce qui rend notre domaine de recherche si fascinant." Par ailleurs, la découverte de cet anti-CRISPR ouvre la porte à un meilleur contrôle de l'activité de la protéine Cas9. "On pourrait notamment utiliser l'anti-CRISPR comme interrupteur pour ralentir ou pour bloquer les coupures provoquées par Cas9 lors d'expériences d'édition des génomes", suggère le chercheur.
L'article paru dans Nature Microbiology est signé par Alexander Hynes, Geneviève Rousseau, Marie-Laurence Lemay et Sylvain Moineau, de l'Université Laval, et par leurs collaborateurs Philippe Horvath, Christophe Fremaux et Dennis Romero, de la compagnie DuPont.

Auteur: Internet

Info: http://www.techno-science.net/?onglet=news&news=16615 sept 2017

[ complexité ] [ biologie ]

proto-biologie

Suzan Mazur : Donc, avec cette donation, vous allez tenter de déterminer les principes généraux de la vie. Comment définissez-vous la vie ?

C W : C'est le problème, nous ne pouvons pas. Nous n'avons pas encore répondu aux questions centrales sur l'origine de la vie. Nous devons encore obtenir des preuves plus directes de ce que j'appelle une condition pré-Darwinienne, une condition progénote de la vie. C'est l'une des choses sur lesquelles nous travaillons, en essayant d'obtenir autant de preuves directes que possible. Évidemment, comme il s'agit d'un stade de l'évolution qui s'est déroulé il y a trois milliards d'années ou plus, nous n'allons pas obtenir beaucoup de preuves directes. Nous pouvons obtenir des archives fossiles, mais elles ne sont pas fiables. Il faut déduire tout ce qu'on peut de l'analyse intelligente et perspicace des données de la séquence du génome.

SM : Que considérez-vous comme l'évolution ?

CW : L'évolution est en fait ce que la biologie devrait être. Qu'est-ce que la biologie ? Est-ce une description de formes sous le microscope ? Cela ne peut pas être cela. L'évolution est un processus. C'est le processus que nous appelons maintenant biologie, et  qui est très statique. L'évolution, en revanche, est dynamique. Et nous devons comprendre quelles sont les règles que suit cette dynamique.

Alfred North Whitehead disait qu'en biologie et dans d'autres domaines, nous n'avons pas affaire à une procession de formes (ce qui résume le point de vue de Lazcano), nous avons affaire à la forme ou aux formes du processus. C'est dans cette distinction que réside l'essence même de l'institut d'astrobiologie de l'Illinois. Nous allons réellement étudier l'origine évolutive de la vie. Toute personne ayant une intuition biologique peut sentir - que la vie est un processus évolutif. Comme je l'ai dit, ce n'est pas seulement une procession de formes.

SM : Avez-vous des inquiétudes concernant la création d'une protocellule ?

CW : Oh oui. Il y en a, comme vous le savez, Craig Venter bat le tambour sur ce sujet tout le temps, juste pour être à l'avant-garde. Le pouvoir.

SM : Il y a aussi les chercheurs de Harry Lonsdale, qui l'abordent de manière ascendante. David Deamer, scientifique à l'origine de la vie à l'Université de Santa Cruz, par exemple, dit qu'il prévoit de fabriquer une protocellule d'ici une dizaine d'années.

CW : Bonne chance.

SM : ça vous préoccupe, la protocellule ?

CW : Je suis préoccupé par les scientifiques qui pensent qu'ils sont Dieu quand il s'agit de biologie. Les scientifiques devraient essayer d'étudier les expériences que la nature a déjà faites sous la forme du processus d'évolution.

SM : Vous avez décrit la "déconnexion entre les darwinistes, qui avaient pris le contrôle de l'évolution, et les microbiologistes, qui ne trouvaient aucune utilité à la sélection naturelle darwinienne." Avez-vous quelque chose à dire sur la récente décision du Huffington Post de bloquer la publication de la réponse du microbiologiste James Shapiro au darwiniste Jerry Coyne suite à la récente attaque de Coyne sur la pensée de Shapiro concernant un rôle réduit de la sélection naturelle dans l'évolution ?

CW : Je pense que c'est immoral. La science doit être libre d'examiner ce qu'elle voit. Si vous dites que tout le monde doit suivre la ligne darwinienne, ce n'est pas de la science libre. Le Huffington Post est passé de droite/gauche à gauche/droite. Je ne sais pas où il est maintenant. Cela n'appartient pas à la science.

Je pense que Shapiro a le doigt sur l'avenir. Il voit que nous devrions étudier la régulation. L'épigénétique est très importante.

SM : Vous avez également remarqué que la pensée de Darwin sur la descendance commune est "principalement fondée sur l'analogie" et que l'évolution qui émerge maintenant ne découle pas de Darwin. Je vous cite "Il me semble qu'une biologie future ne peut être construite dans les superstructures conceptuelles du passé. L'ancienne superstructure doit être remplacée par une nouvelle pour que les problèmes holistiques puissent émerger comme le nouveau courant dominant de la biologie". Vous attendriez-vous à ce que Darwin suive la voie de Freud si la biologie entre dans le monde non linéaire et que l'évolution est redéfinie ?

CW : Cela pourrait bien être le cas. J'ai longtemps soutenu, jusqu'à la fin du XXe siècle, que le problème du processus d'évolution est un problème antérieur à son époque. Darwin a essayé d'obtenir un crédit personnel en faisant irruption avec ça à un certain moment. La pensée conceptuelle sur l'évolution a d'abord été établie par des gens comme Buffon et le propre grand-père de Darwin, Erasmus Darwin - que Darwin ne mentionne jamais dans l'Origine des espèces, sauf dans une note de bas de page lorsqu'il y fut contraint, dans la troisième édition, de l'ajouter au bas de la préface.

Il l'a nommé d'une manière dédaigneuse. Disant en gros, oh oui, beaucoup de gens ont pensé à cela et a nommé des gens comme Buffon et Lamarck. Mais il n'a pas nommé son propre grand-père, Erasmus Darwin, sauf pour dire que son grand-père avait les mêmes idées fausses que Lamarck et Goethe. Et il n'a pas dit quelles étaient ces idées ou ce qu'il leur reprochait. Il voulait se distancer de son grand-père autant qu'il le pouvait.

SM : J'ai été intrigué par l'interview que vous avez donné au magazine Wired il y a quelques années où vous avez parlé de "l'interaction distribuée" agissant au sein de diverses communautés en réseau de la vie précoce avant la cellule moderne. Et puis vous avez dit que cette dynamique pré-darwinienne se retrouve dans la société. Je me demandais si vous vouliez dire que nous continuons en quelque sorte à reconstituer notre ancien passé organisationnel ?

CW : Non, je ne pense pas que nous tournons dans les mêmes cercles. Il s'agit d'une spirale toujours plus grande, parce que c'est ainsi que l'on peut définir un système complexe dynamique.

SM : Nigel Goldenfeld a fait des conférences sur les "trois régimes dynamiques". Fait-il référence à ce que vous avez décrit dans votre article de 2006 - une faible évolution communautaire, une puissante évolution communautaire et une évolution individuelle ?

CW : Oui, je crois qu'il le fait. Je suis presque sûr que c'est le cas. Et dans un article que j'ai écrit sur les archées, je parle de l'évolution de l'individualité. Il y avait un stade communautaire au départ. C'est ce que j'appelle habituellement le progénote. J'utilise le terme "trois domaines". J'ai écrit quelque chose en 2004 pour Microbiology and Molecular Biology Review. Freeman Dyson a été séduit par ce texte et a demandé la permission de l'utiliser dans un article qu'il a écrit pour la New York Review of Books. Nigel essaie de définir pour les physiciens ce que sont ces trois domaines. C'est l'un des rares points sur lesquels je diffère de Nigel Goldenfeld. C'est un amicale différent dans nos dialogues.

SM : C'est merveilleux que vous fassiez ces percées sans rencontrer trop d'hostilité de la part de la communauté de la biologie classique.

CW : Mais je n'ai pas détrôné l'hégémonie de la culture de Darwin.

Auteur: Woese Carl

Info: interviewé par Suzan Mazur, 4 October 2012, https://www.scoop.co.nz/. Trad Mg

[ triade ] [ pré-mémétique ] [ apprentis sorciers ] [ changement de paradigme ] [ éthique ] [ prébiotique ]