fugue

Au cours d'une vie, seuls quelques instants sont décisifs. La plupart d'entre nous les oublient aussitôt, jusqu'à ce qu'ils ressurgissent sans crier gare bien des années plus tard et, avec le recul, prennent tout leur sens : celui où l'on a décidé ou non d'aborder cette fille, de ralentir dans ce virage sans visibilité, de s'arrêter pour acheter ce préservatif. Je peux dire que j'ai eu de la chance. Confronté à l'un d'eux, je l'ai reconnu pour ce qu'il était. J'ai su immédiatement que mon destin se jouait à ce moment précis, lors de cette nuit d'hiver, alors que je patientais dans l'ombre en haut de Faithful Place. J'avais dix-neuf ans. J'étais assez mûr pour vouloir prendre le monde à-bras-le-corps, assez jeune pour agir comme un imbécile. Cette nuit-là, dès que mes deux frères ont commencé à ronfler, je me suis glissé hors de notre chambre, mon sac à dos sur les épaules et mes Doc à la main. Une latte craqua. Dans la chambre des filles, l'une de mes soeurs murmura dans son sommeil. Mais les dieux étaient avec moi. Rien n'aurait pu m'arrêter. Mes parents ne se retournèrent même pas sur leur canapé-lit lorsque je traversai le salon, les touchant presque. Le feu se mourait avec un petit bruit sec, projetait dans le noir une faible lueur rouge. J'avais fourré dans mon sac tout ce que je possédais : jeans, T-shirts, un transistor d'occasion, cent livres sterling et mon extrait de naissance. À l'époque, il n'en fallait pas davantage pour gagner l'Angleterre. Rosie avait les billets du ferry. Je l'ai attendue au bout de la rue, dans l'obscurité, à deux pas du halo brumeux et jaune du réverbère. L'air était froid comme du verre, chargé d'un délicieux parfum de houblon brûlé venu de la brasserie Guinness. Je portais trois paires de chaussettes dans mes Doc. Les mains enfoncées dans les poches de ma parka de l'armée allemande, j'ai écouté une dernière fois la rumeur de mon quartier. Une femme qui rit et s'exclame : "Mais qu'est-ce que tu fais ?" Une fenêtre que l'on claque. Le grattement des rats le long des murs de brique, une toux d'homme, le chuintement d'un vélo ; le cri solitaire et furieux de Johnny Malone le Barjo qui, au sous-sol du numéro 14, n'arrive pas a dormir. Des couples quelque part, des gémissements étouffés, des halètements. Pensant au cou de Rosie, à son parfum, je souris aux étoiles. Les cloches des églises de Dublin sonnèrent minuit : Christ Church, St. Patrick, St. Michan ; notes sonores et claires dégringolant du ciel, comme pour célébrer notre Nouvel-An secret.

Auteur: French Tana

Info: Les Lieux infidèles

[ littérature ] [ fuite ]

femmes-hommes

Des sourires qui détruisent le mythe de l'intuition féminine
L'idée populaire que la puissance de l'intuition féminine excède celle des hommes a été infirmée par une nouvelle étude.
Les psychologues qui ont examiné les capacités de plus de 15.000 personnes à identifier la sincérité de différents sourires en ont conclu que l'intuition féminine est un mythe.
En montrant une série de paires d'images d'individus montrant de vrais et de faux sourires, les hommes ont légèrement surpassé des femmes. Quand ils en sont venu à juger des expressions véritables et fausses de bonheur chez le sexe opposé, les participants mâles ont fait mieux de manière significative que les femelles.
Le professeur Richard Wiseman, psychologue à l'université de Hertfordshire, dit :"ces résultats remettent en cause la notion que les femmes sont plus intuitives que des hommes. Une recherche précédente avait montré l'évidence de l'intuition féminine mais peut-être qu'avec le temps les hommes sont devenus plus en contact avec leur côté intuitif.
"J'ai été étonné, étant donné que les femmes ont tellement plus confiance dans leur intuition. Nous avons pensé que les femmes seraient meilleures mais, globalement, les hommes les ont juste coiffées au poteau."
Aux participants on a montré 10 paires de photographies de visages souriant, dont certains étaient partiellement masqués. Un sourire de chaque paire était véritable et l'autre truqué.
Avant d'étudier les visages, les participants furent invités à évaluer leurs capacités intuitives. Plus de femmes se sont définies comme fortement intuitive - 77 pour cent comparé à juste 58 pour cent d'hommes. Cependant leurs affirmations ne furent pas confirmée par l'expérience de ce mois au festival international de la Science d'Edimbourg.
Les hommes purent sélectionner 72 pour cent de sourires véritables, alors que les femmes en détectèrent 71 pour cent. En évaluant la sincérité dans les visages du sexe opposé les hommes eurent raison dans 76 pour cent des cas comparé à 67 pour cent pour les femmes.
Le DR Wiseman indique :"Ceci pourrait être parce que les femmes éprouvent des émotions plus entièrement et sont plus expressives. Si les hommes ont un système émotif plus limité, ceci peut les aider à le truquer."
Susan Quilliam, psychologue des relations et auteur de livres sur les rapports entre la langue et le corps, dit que femmes ne sont pas bonne pour voir le manque de sincérité parce qu'elles sont programmées pour voir le côté lumineux. Les "femmes cherchent l'approbation plus souvent que des hommes. Elles seront moins à même de noter et de voir la fausseté dans les situations." La psychologue Gladeana McMahon ajoute :"les psychologues cognitifs définissent l'intuition comme un traitement rapide de l'information, de sorte que nous devrions obtenir la réponse avant de savoir la question. Peut-être bien que les femmes sont considérées comme plus intuitives parce qu'elles tendent à parler davantage de leurs sentiments.

Auteur: Fleming Nic

Info: Correspondant de Science 12/04/2005

[ mâles-femelles ] [ vus-scientifiquement ]

intuition

Nouvelle de la Science, 23 Octobre 2007 : Comment gagner une élection ? En faisant une bonne première impression (en moins de 250 millisecondes).
Le jugement instantané des électeurs prévoit les gagnants des élections.
Compétent ? : Des étudiants qui ont jugé instantanément la compétence entre des paires de candidats au gouvernement ont montré que leurs choix prédisait les gagnants de l'élection réelle.
Hé, les candidats !!! Vous voulez gagner une élection ? C'est simple. Ayez juste l'air compétent - c'est égal si vous ne l'êtes pas. Un nouveau rapport confirme ce qui pourrait être le pire cauchemar de certaines personnes intéressées par la politique : le look est très important. Ainsi les chercheurs de l'université de Princeton ont demandé à des étudiants volontaires lequel parmi deux candidats dans une élection au gouvernement leur semblait le plus compétent. A la surprise des scientifiques, leurs sélections se sont avérées correspondre au choix des électeurs.
On a montré aux participants de l'étude des photos des gagnants et des perdants dans 89 élections politiques qui eurent lieu entre 1996 et 2002. Les sujets avaient 100 millisecondes, 250 millisecondes ou un temps illimité pour choisir le candidat qu'ils percevaient comme le plus compétent ; dans tous les cas ils devaient donner leur sentiment instinctif. Les choix des étudiants furent les gagnants des élections dans 64 pour cent des cas.
Dans une deuxième épreuve, on donna aux volontaires soit 250 millisecondes soit deux secondes de réflexion pour leurs décisions. Avec un plus grand temps de réflexion, les différentes réponses des étudiants devinrent de 5 à 7 pour cent moins prédictives, mais le taux global de succès a atteint jusqu'à 69.1 pour cent de moyenne. Dans une troisième expérience, utilisant des élections à venir, le groupe eut aussi de très bons résultats (68.6 pour cent quand on leur demanda de suivre leur première impulsion, mais en prenant autant temps qu'ils le voulaient pour répondre, leur permettant d'y réfléchir.
"Toute se passe dans les 250 premières millisecondes d'exposition, et après il ne se passe plus grand chose" dit Alexandre Todorov, professeur auxiliaire de psychologie et co-auteur de l'étude, qui est parue dans "Proceedings of National Academy of Sciences USA", notant que ces épreuves de 250-millisecondes eurent le plus grand des succès prédictif. Ajoutant : "s'il y a délibération, elles deviennent légèrement plus mauvaises. Cependant, les résultats sont toujours bien supérieurs à la chance pour détecter le gagnant."
Moshe Bar, principal chercheur du laboratoire visuel de Neurocognition de l'école de médecine de Harvard, indique que les impressions très rapides sont souvent plus appropriées aux jugements qui affectent la survie, comme si quelque chose que nous voyons pose une menace. "Je pense qu'il y a un répertoire de caractéristiques qui sont inscrites dans les dispositifs faciaux" dit-il. Bien que n'étant pas dans une logique de survie, nous faisons souvent des prévisions - par exemple quand à l'intelligence ou la capacité d'une personne pour gouverner - selon l'aspect de son visage. "Seulement pour nous protéger nous collons souvent à ces premières impressions" continue-t-il. "Nous tendons à nous tromper en modifiant plutôt rapidement notre avis, réalisant alors notre première impression était juste.

Auteur: Nikhil Swaminathan

Info: Fortean time

[ apparence ] [ choix ] [ première impression ] [ votations ]

ADN

Le génome humain: un orchestre complexe
Une équipe de généticiens suisses de l'Université de Genève (UNIGE), de l'École Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL) et de l'Université de Lausanne (UNIL) a découvert que les variations génétiques sont en mesure d'affecter l'état du génome à de nombreux endroits, apparemment séparés, et de moduler par conséquent l'activité des gènes, à la manière d'un chef d'orchestre coordonnant les instrumentistes pour qu'ils jouent en harmonie. Ces résultats inattendus, publiés dans Cell, révèlent le caractère polyvalent de la régulation du génome et offrent de nouvelles perspectives sur la façon dont il est orchestré.
La chromatine est un ensemble de protéines et d'ADN qui emballe le génome dans une cellule. Elle arrange l'ADN de telle sorte qu'il puisse être "lu" par un groupe de protéines appelé facteurs de transcription, qui active ou réprime l'expression des gènes. La séquence d'ADN varie toutefois d'un individu à l'autre, entraînant ainsi une variation moléculaire entre les états de la chromatine des individus. Cela finit par causer des variations dans la manière dont les humains répondent à l'environnement. Comprendre les processus génétiques et moléculaires régissant la variabilité de la chromatine est l'un des défis les plus importants dans le domaine des sciences de la vie qui permettrait de découvrir comment les variations génétiques prédisposent les individus à certaines maladies comme le cancer, le diabète ou les maladies auto-immunes.
L'étude publiée dans Cell montre comment les variations génétiques ont affecté trois couches moléculaires dans les lignées cellulaires immunes chez 47 individus dont les génomes ont été entièrement séquencés: au niveau des interactions entre l'ADN et les facteurs de transcription, des états de la chromatine et de l'expression des gènes. "Nous avons observé que les variations génétiques à un endroit précis du génome impactent plusieurs éléments régulateurs, pourtant séparés, en même temps. Cette coordination surprenante peut être comparée à un chef d'orchestre (ici le variant génétique) qui coordonne tous les instrumentistes (ici les facteurs de transcription et les modifications de la chromatine) pour changer le volume (ici l'expression des gènes) de la musique," explique le professeur Bart Deplancke de l'EPFL. Contrairement au modèle traditionnel qui suppose que l'impact des éléments régulateurs sur l'expression des gènes se fait de façon quasiment indépendante, les chercheurs suisses ont identifié un comportement bien plus harmonieux et synergique.
Les généticiens suisses montrent que le génome n'est pas juste un ensemble linéaire d'éléments qui interagissent par paires ; il s'organise de manière complexe et en réseaux. Si un élément n'agit pas correctement, c'est l'ensemble du système qui sera perturbé. "Nous avons découvert les règles biologiques de base sur le fonctionnement du génome et la manière dont les séquences régulatrices agissent ensemble pour impacter l'expression d'un gène," résume le professeur Alexandre Reymond de l'UNIL.
Si la route vers de potentielles applications médicales est encore longue, les principes mécaniques que les chercheurs viennent de découvrir mettent en lumière les aspects fondamentaux de la biologie du génome. "Il est encore trop tôt pour déterminer si nous serons un jour en mesure de moduler l'expression des gènes de manière ciblée, mais cette étude révèle un niveau de complexité de la fonction du génome qui n'avait pas été anticipé", conclut le professeur Emmanouil Dermitzakis de l'UNIGE. "Appliquer notre découverte à la médecine signifierait identifier un seul chef d'orchestre et définir son rôle parmi tous les autres chefs d'orchestre pour chaque ensemble musical - plutôt que simplement lister tous les artistes jouant dans notre orchestre de génomes."

Auteur: Internet

Info: 21 aout 2015

[ pilotage ] [ guidage ] [ lamanage ] [ gouvernance ] [ méta-moteur ]

captage de l'attention

Sur le plan linguistique, précisons aussi, à la suite de C. Schnedecker (2011 : 23-45) faisant un état de la question, que la saillance peut se manifester de façon formelle ou "ontologique" (par le biais de la disposition typographique ou de la prosodie, par exemple), mais aussi de façon cognitive, faisant alors appel à la sémantique lexicale ou à des facteurs discursifs (ces derniers étant hétérogènes).

Cette linguiste distingue en outre une saillance perspectivale, reposant sur un principe d’iconicité puisque l’ordre des unités grammaticales (et donc l’agencement syntaxique) est supposé refléter ce qui est au premier plan, ou encore à l’arrière-plan, dans la perspective du locuteur. Notons que la notion de saillance ontologique est associée à des acceptions différentes selon les auteurs : parfois relative au statut conféré aux mots eux-mêmes (comme le rappelle C. Schnedecker), elle est par ailleurs considérée comme liée aux éléments extralinguistiques ou, du moins, aux concepts qui leur sont associés, et tel est notamment le cas chez H.-J. Schmid (2007 : 120).

Concernant la saillance liée aux paramètres syntaxiques, on rappellera l’importance des travaux de R. W. Langacker (1991 : 301). L’auteur mentionne l’importance des rôles syntaxiques, soulignant que le sujet, tout d’abord, puis l’objet, sont perçus comme les éléments les plus saillants (focal participants) d’une proposition. Ils sont en outre à relier à l’opposition trajector/ landmark (1987 : 217) traduisant le fait qu’un élément est mis davantage en avant (rôle de trajector) que les autres. Ces notion de trajector et landmark peuvent en outre être perçues comme des manifestations spécifiques de ce que L. Talmy (2000 : 311-44) appelle figure et ground, sachant que le premier terme réfère à l’élément le plus saillant, qui se détache sur un fond (désigné par ground). Selon cet auteur également, ce sont les structures grammaticales qui contrôlent la distribution de l’attention portée aux différentes entités présentes.

En lien avec son rôle syntaxique, le rôle sémantique d’une entité est également déterminant, comme l’avait déjà montré C. Fillmore (1968 ; 1977 : 78). Dans la lignée de la grammaire générative et transformationnelle, Fillmore applique la notion de cas aux structures profondes qui se voient réalisées syntaxiquement en structure de surface. Il propose ainsi une base sémantique et universelle des rôles thématiques. Selon l’auteur, il existe une hiérarchie de pertinence en ce qui concerne la sélection des rôles, concernant celui de sujet notamment. Cette hiérarchie peut être représentée ainsi : agent > instrument > patient.

Si l’événement met en scène un agent, celui-ci sera réalisé en position de sujet. S’il n’y a pas d’agent, ce sera l’instrument, ou encore le patient si l’instrument n’est pas réalisé. La grammaire des cas prévoit donc une correspondance relative entre les rôles sémantiques (profonds) et les réalisations syntaxiques (de surface). Notons par ailleurs que la relation entre cette hiérarchie liée aux cas et la notion de saillance est établie par l’auteur, qui évoque une hiérarchie en termes de saillance (salience hierachy, Fillmore 1977 : 78).

Ainsi, les agents jouent clairement les rôles les plus saillants, du moins lorsque les processus sont dynamiques. Sur le plan lexical, par ailleurs, D. Geeraerts (2000 : 90) fournit plus récemment une étude très détaillée de la saillance liée à la sélection du lexique, au cours de laquelle il distingue plusieurs sous-catégories : les formes de saillance perspectivale, sémasiologique, onomasiologique et structurelle.

La première, à savoir la saillance perspectivale, est relative à des paires terminologiques (ex : hand / arm) qui traduisent une hiérarchie pouvant se dessiner dans l’extralinguistique entre le premier plan et le fond. La saillance sémasiologique concerne les relations entre les différentes possibilités sémantiques d’un item lexical donné, certaines valeurs étant plus centrales et prototypiques que d’autres. Si l’on considère maintenant la saillance onomasiologique liée à une certaine catégorie lexicale, elle correspond à la fréquence de l’élément lexical nommant cette catégorie, par contraste avec les autres valeurs sémantiques éventuellement associées à cet item lexical. Enfin, la saillance structurelle est relative à des traits sémantiques récurrents dans la structure du lexique (et pouvant donner lieu à la formation de termes par affixation). L’objectif de l’étude de Geeraerts est, en somme, de déterminer les paramètres responsables des choix lexicaux préférentiels des locuteurs.

Auteur: Pennec Blandine

Info: https://journals.openedition.org/anglophonia/258

[ marketing ] [ linguistique informatisée ] [ secondéité ] [ tiercité ]

anecdote

Les corneilles se rassemblent autour de leur camarade décédé pour mieux se "familiariser" avec le danger.
Pour les humains, la découverte d'un membre mort de notre propre espèce (congénère) est une indication évidente et alarmante de danger. Il semble donc intuitif que d'autres animaux, pour ces raisons ou d'autres, considèrent la découverte d'un congénère mort aussi significatif. Pourtant, très peu d'animaux réagissent à leurs morts de manière observable et quantifiable. Ceux qui le font, comme les éléphants, les dauphins, les singes ou les corbeaux/ corneilles, sont par conséquent une précieuse source autant de curiosité, que d'indices sur notre propre évolution en tant qu'êtres humains.
Les corvidés sont connus pour se comporter bizarrement face à la mort d'un de leur congénère : ils se rassemblent et piaillent/ croassent bruyamment à proximité. L'idée que cela fait partie d'une sorte de rituel funéraire a souvent été proposée. Mais ce qu'ils font réellement est resté un mystère et les scientifiques n'avaient que quelques anecdotes rapportées d'un tel comportement. Une équipe a ainsi décidé de savoir pourquoi ces volatiles agissent avec tant d'attention autour de leurs congénères morts.
Pour ce faire, ils ont mis en place une expérience novatrice, en se basant sur de précédentes recherches, notamment par celles menées par John Marzluff de l'université de Washington à Seattle, qui ont révélé que les corbeaux se souviendront d'un individu apparemment dangereux. Non seulement, ils ne l'oublieront pas, mais transmettront leur savoir à leur congénère et tous ensembles râleront bruyamment à la vue de la douteuse face, et cela sur plusieurs années. Pour éviter tout véritable harcèlement de la part des corbeaux, dans la "vraie vie", le visage des chercheurs fut recouvert d'un masque en latex.
En utilisant un déguisement similaire, pour cette nouvelle étude, les chercheurs ont introduit un individu masqué dans une zone où des corneilles (Corvus brachyrhynchos) savaient qu'elles obtiendraient une friandise de l'expérimentatrice, Kaeli Swift, également de l'université de Washington.
En apportant des friandises, elle a joué le rôle de la gentille chercheuse. Mais l'individu masqué tenait le rôle du méchant, en arrivant sur la scène en tenant une corneille morte "comme un plat de hors-d'oeuvre" (image d'entête). Ce sinistre individu devait se tenir à la même place, sans bouger, pendant 30 minutes.
Le premier jour que cette personne masquée est apparue, les corneilles ont évité la nourriture que Swift avait posée. Au lieu de cela, elles ont râlé et se sont engagées dans des comportements de harcèlement à distance. Les corneilles se sont rassemblées en de grands groupes afin d'apparaître menaçantes face au prédateur potentiel.
Dans ce cas, le harcèlement avait plus d'un but, selon les chercheurs. Cela inclut "châtier le prédateur, en affichant une position dominante ou l'apprentissage social de la personne ou du lieu dangereux". Si un faucon était placé à côté du cadavre de la corneille, elles étaient encore plus susceptibles d'éviter la nourriture, indiquant qu'elles croyaient que le faucon était le danger. Lorsque la personne masquée revint le lendemain, même sans une corneille morte, elles évitaient encore la nourriture.
Ces résultats montrent que les corneilles vont éviter une zone ou une chose qui est considérée comme dangereuse pour leur propre espèce. En d'autres termes, elles savent ce qu'est la mort et savent la craindre.
Cela nous apprend que les corvidés voient la mort, au moins en partie, comme un "moment d'enseignement" pour emprunter une phrase anthropomorphique. C'est un signal de danger et le danger est quelque chose à éviter.
Et cette peur d'une situation potentiellement mortelle les poursuit. Même 6 semaines plus tard, plus d'un tiers des 65 paires de corneilles ont continué de répondre de cette façon.
L'étude est dans la même lignée que celles qui ont essayé de mieux comprendre comment les animaux réagissent à leur congénère mort. Les Geais buissonniers, qui sont de la même famille (corvidés), ont également été observés tenir ce type de "funérailles" quand ils voient un camarade mort. Mais alors que les geais répondront également négativement face à d'autres espèces d'oiseaux morts de la même taille, les corneilles ne le font pas. Si la personne masquée tendait un pigeon mort à la place, les corneilles ne semblaient pas aussi dérangées.
Ces résultats soulignent l'importance de leur mémoire dans l'apprentissage et la mémorisation du détail des visages humains. C'est une compétence qui leur permet de faire la différence entre un humain inoffensif, d'un potentiellement dangereux.

Auteur: Internet

Info: étude publiée dans la revue Animal Behaviour

[ décès ] [ enseignement ] [ éthologie ] [ deuil ]

biogénétique

Une partie de l' " ADN indésirable " sert un objectif 

Si on étire tout l’ADN d’une seule cellule humaine, il mesurerait plus de 5 mètres de long. Mais seul un fragment de cet ADN produit des protéines, la machinerie biologique nécessaire à la vie. En 2003, le Human Genome Project a montré que seulement 1 à 2 % de notre ADN – environ 4 cm sur ces 5 mètres – code des gènes pour les protéines. Les séquences non codantes qui constituent les 98 % restants sont souvent appelées " ADN indésirable (junk dna) ", un terme inventé en 1972 par le généticien Susumu Ohno, qui a suggéré que, tout comme les archives fossiles regorgent d'espèces disparues, nos génomes sont remplis d'espèces disparues. gènes éteints ou mal copiés endommagés par des mutations.

Mais même si 98 % du génome est non codant, il ne s’agit pas précisément d’un poids mort. En 2012, un consortium de centaines de scientifiques a rapporté dans l'Encyclopédie des éléments de l'ADN qu'au moins 80 % du génome est " actif " au sens où une partie de l'ADN est traduite en ARN*, même si cet ARN est pas ensuite traduit en protéines. Il existe peu de preuves que la plupart de cet ARN provenant de gènes brisés ait un effet.

Cependant, certaines séquences non codantes, qui représentent environ 8 à 15 % de notre ADN, ne sont pas du tout indésirables. Elles remplissent des fonctions importantes, en régulant les gènes actifs des cellules et la quantité de protéines qu’ils produisent. Les chercheurs découvrent encore de nouvelles façons dont l'ADN non codant fait cela, mais il est clair que la biologie humaine est massivement influencée par les régions non codantes, qui ne codent pas directement pour les protéines mais façonnent quand même leur production. Les mutations dans ces régions, par exemple, ont été associées à des maladies ou à des troubles aussi variés que l'autisme, les tremblements et le dysfonctionnement hépatique.

De plus, en comparant les génomes humains à ceux des chimpanzés et d’autres animaux, les scientifiques ont appris que les régions non codantes peuvent jouer un rôle important dans ce qui nous rend uniques : il est possible que la régulation des gènes par l’ADN non codant différencie plus les espèces que les gènes et les protéines elles-mêmes.

Les chercheurs découvrent également que de nouvelles mutations peuvent parfois conférer de nouvelles capacités à des séquences non codantes, ce qui en fait une sorte de ressource pour une évolution future. En conséquence, ce qui mérite l’étiquette " ADN indésirable " reste à discuter. Les scientifiques ont clairement commencé à nettoyer ce tiroir à déchets depuis 1972 – mais ce qui reste dedans est encore à débattre.

Quoi de neuf et remarquable

Les scientifiques ont travaillé pour comprendre un type d’ADN non codant appelé " transposons** " ou " gènes sauteurs ". Ces bribes peuvent parcourir le génome, créant des copies d’elle-mêmes, qui sont parfois insérées dans des séquences d’ADN. Les transposons se révèlent de plus en plus essentiels au réglage de l'expression des gènes ou à la détermination des gènes codants activés pour être transcrits en protéines. C'est en partie pour cette raison qu'ils s'avèrent importants pour le développement et la survie d'un organisme . Lorsque les chercheurs ont conçu des souris dépourvues de transposons, la moitié des petits des animaux sont morts avant la naissance. Les transposons ont laissé des traces sur l'évolution de la vie. Quanta a rapporté qu'ils peuvent passer d'une espèce à l'autre - comme du hareng à l'éperlan et des serpents aux grenouilles - offrant parfois même certains avantages, comme protéger les poissons du gel dans les eaux glacées.

Les généticiens étudient également les " courts tandem  répétés ", dans lesquels une séquence d’ADN longue d’une à six paires de bases seulement est fortement répétée, parfois des dizaines de fois de suite. Les scientifiques soupçonnaient qu'elles aidaient à réguler les gènes, car ces séquences, qui représentent environ 5 % du génome humain, ont été associées à des maladies telles que la maladie de Huntington et le cancer. Dans une étude couverte par Quanta en février, les chercheurs ont découvert une manière possible par laquelle de courtes répétitions en tandem pourraient réguler les gènes : en aidant à réunir des facteurs de transcription, qui aident ensuite à activer la machinerie de production de protéines.

Ensuite, il y a les " pseudogènes*** ", restes de gènes fonctionnels qui ont été dupliqués puis dégradés par des mutations ultérieures. Cependant, comme Quanta l’a rapporté en 2021, les scientifiques ont découvert que parfois les pseudogènes ne demeurent pas pseudo ou indésirables ; au lieu de cela, ils développent de nouvelles fonctions et deviennent des régulateurs génétiques – régulant même parfois le gène même à partir duquel ils ont été copiés.

Auteur: Internet

Info: Yasemin Sapakoglu. *Aussi sur base 4, l'ARN ou acide nucléique, sert d'intermédiaire dans la circulation de l'information génétique de l'ADN aux protéines. **les transposons sont à la fois régulés par l'épigénétique, mais peuvent aussi induire des changements épigénétiques héritables, faisant le lien entre génome et épigénome dans l'évolution, 333vestiges moléculaires de gènes ancestraux devenus non fonctionnels, mais qui semblent parfois avoir acquis des rôles régulateurs inattendus au cours de l'évolution

[ stratégies géniques ] [ codifications du vivant ] [ mémoire diachronique active ] [ encodages chronologiques ]

biologie

Des scientifiques découvrent pourquoi le tardigrade est devenu l’un des animaux les plus résistants capables de survivre au vide de l’espace

Un petit animal extrêmement résistant (Crédit photo : Dotted Yeti/Shutterstock)

Le tardigrade ou ourson d’eau est une véritable force de la nature ! Cette créature dotée de huit pattes est l’un des animaux les plus fascinants qui soient. Plus de 1300 espèces ont été référencées mesurant entre 0,1 millimètre pour les plus petites et 1,2 millimètre pour les plus grandes. L’ourson d’eau possède des yeux, des muscles, un système nerveux rudimentaire et un système digestif. Il existe sur notre planète depuis près d’un demi-milliard d’années passant au travers des cinq grandes extinctions majeures.

Cet animal aux superpouvoirs peuple tous les écosystèmes et tous les milieux. On le retrouve aussi bien au sommet des plus hautes montagnes à plus de 6000 mètres d’altitude que dans les fonds océaniques à près de 5000 mètres de profondeur. Il est capable de survivre au moins une heure dans l’eau bouillante et de supporter des doses de radiations qui tueraient n’importe quel autre être vivant.

En période de sècheresse, l’animal possède la capacité de perdre 95 % de son eau et 40 % de son volume initial. Sous cette forme déshydratée appelée cryptobiose, durant laquelle il semble sans vie, il est capable de patienter des années en attendant que les conditions redeviennent idéales pour lui.

Les chercheurs essayent depuis longtemps de comprendre comment le tardigrade a pu évoluer de cette manière et devenir aussi résistant. Dans une nouvelle étude qui vient de paraitre, des scientifiques pensent avoir découvert comment ces animaux miniatures sont devenus les rois de l’adaptation à pratiquement tous les milieux.

Les tardigrades proviennent de vers marins vivant au Cambrien

(photo d'un lobopodien, l’un des ancêtres des tardigrades actuels / Source : Jose manuel canete-travail personnel/CC BY-SA 4.0)

Les chercheurs savent que les tardigrades descendent d’organismes aujourd’hui éteints qui vivaient sur Terre durant le Cambrien, la première des six périodes géologiques du paléozoïque qui s’étendait approximativement de 541 millions d’années à 485,4 millions d’années. Ces organismes nommés lobopodiens formaient un groupe informel de vers marins possédant plusieurs paires de pattes très courtes. Beaucoup de ces animaux ne dépassaient pas quelques centimètres de long bien que certains fossiles découverts laissent apparaitre des animaux pouvant atteindre 20 centimètres et plus. 

Jusqu’à présent, les scientifiques n’étaient jamais parvenus à déterminer exactement de quel groupe de lobopodiens, les tardigrades qui vivent sur Terre aujourd’hui pouvaient descendre. C’est chose faite avec cette découverte publiée dans PNAS réalisée entre autres par des scientifiques de l’Institut coréen de recherche polaire en Corée du Sud et de l’université de Floride du Nord aux États-Unis.

En analysant des fossiles de lobopodiens et une quarantaine d’espèces actuelles de tardigrades, les chercheurs ont découvert que les ancêtres des oursons d’eau vivant aujourd’hui sur Terre sont un groupe de lobopodiens du cambrien appelé luolishaniidés. D’après les recherches, ce groupe a évolué sur des centaines de millions d’années pour donner naissance à des animaux au corps beaucoup moins segmenté, aux pattes beaucoup plus courtes et surtout beaucoup plus petites.

Cette étude vient combler un vide dans la connaissance de l’évolution de ces étonnants animaux et pourrait sembler faire partie de la recherche fondamentale. Pourtant, cette découverte pourrait bien permettre la mise au point de futures applications pratiques.

Des protéines de tardigrades pour protéger les vaccins de la dégradation

Les tardigrades sont véritablement des animaux exceptionnels, fruits d’une très longue évolution qui s’est déroulée sur des centaines de millions d’années. Au cours de cette longue adaptation évolutive, ils ont appris à survivre en mettant leur métabolisme "en pause" lorsque les conditions de vie devenaient inhospitalières puis à sortir de cet état de "veille" quand les conditions devenaient à nouveau plus sures. Les tardigrades ont également appris, au fil du temps, à synthétiser des protéines qui ne se dégradent pas dans des conditions de vie dans lesquelles d’autres protéines seraient détruites. Les chercheurs espèrent parvenir à déterminer le moment dans l’histoire de l’évolution de cette espèce où cette caractéristique a été acquise de manière à identifier le ou les gènes responsables.

Lorsque ces gènes seront découverts et grâce aux technologies d’éditions de gènes comme CRISPR, les chercheurs espèrent parvenir à reproduire ces caractéristiques étonnantes chez d’autres espèces animales et pourquoi pas chez l’être humain. CRISPR est une technologie assez récente permettant d’utiliser une nucléase appelée Cas9 et un ARN guide afin de modifier un gène cible dans des cellules végétales et animales ou encore de diminuer ou d’augmenter l’expression d’un gène. 

L’utilisation des protéines de tardigrades pourrait servir à protéger les vaccins de la dégradation. D’autres projets, pouvant cependant soulever quelques interrogations éthiques, prévoient d’insérer des gènes de tardigrades dans des embryons humains dans le but d’apporter aux cellules souches embryonnaires une plus grande résistance aux radiations nucléaires.  

Auteur: Internet

Info: Science et vie, 12 juillet 2023, Ives Etienne. Article original de Ji-Hoon Kihm, Frank W. Smith, Sanghee Kim, Tae-Yoon S. Park, "Cambrian lobopodians shed light on the origin of the tardigrade body plan", PNAS, July 3, 2023, https://doi.org/10.1073/pnas.2211251120

[ résilience ]

évolution biologique

Une nouvelle étude de Yale sur la levure montre comment des facteurs non génétiques sont impliqués dans l'évolution en temps réel.

Dans l'étude, publiée dans la revue Cell Reports du 27 octobre, des chercheurs de l'Institut de biologie systémique de Yale ont montré comment les mécanismes épigénétiques - des modifications du phénotype d'un organisme non causées par des altérations de sa séquence d'ADN - contribuent à l'évolution du réseau de gènes chez la levure qui est responsable de la régulation de l'utilisation du sucre galactose. L'étude a montré qu'un changement épigénétique dans l'activité des gènes se transmettait à travers des centaines de générations de levure, et elle a des implications plus larges concernant le rôle de l'épigénétique dans l'évolution.

"La nature est futée", a déclaré Murat Acar, auteur principal de l'article et professeur associé de biologie moléculaire, cellulaire et du développement, ainsi que de physique. "Elle trouve toujours une solution chaque fois qu'elle est mise au défi par quelque chose. Vous voulez avoir une sorte de gagnant parmi votre population pour surmonter cet environnement difficile".

Jusqu'à récemment, l'explication de l'évolution reposait uniquement sur des mutations génétiques spontanées stimulant des adaptations avantageuses dans les organismes, selon David Moreno Fortuno, associé postdoctoral à l'Institut de biologie des systèmes et l'un des co-auteurs de l'article. Il a expliqué que cette théorie est connue sous le nom de néodarwinisme parce que la nature des gènes n'avait pas encore été découverte à l'époque de Darwin.

La théorie darwinienne de l'évolution contraste avec l'idée de Jean-Baptiste Lamarck, autrefois largement discréditée, selon laquelle l'évolution consiste à transmettre de petits changements qui sont acquis au cours de la vie d'un organisme, selon le PBS. Lamarck a publié sa théorie au début du 19ème siècle en France, et l'exactitude de cette théorie est toujours débattue aujourd'hui, surtout au vu de la résurgence, au cours des deux dernières décennies, de l'étude des influences épigénétiques - ou pas - sur l'évolution.

Les chercheurs ont utilisé un marquage fluorescent dans les cellules de levure pour suivre l'expression des gènes codant du galactose, des cellules plus brillantes correspondant à une plus grande expression de ces gènes. Ils ont observé les niveaux de fluorescence sur une période de sept jours et ont sélectionné à plusieurs reprises les cellules les plus faibles de la population. Les chercheurs nomment cette séparation des cellules plus faibles de la population générale de "pression sélective". Par rapport à la population de levure d'origine, ils ont constaté une diminution dans le temps de la quantité d'expression de ces marqueurs au sein de la population expérimentale.

 "Cette diminution s'est maintenue, même lorsque  la pression sélective fut supprimée pendant plus de 200 générations", a déclaré M. Fortuno.

Du fait que le génome de la levure soit si petit - seulement 12 millions de paires de bases contre 3 milliards pour l'homme - l'analyse de l'ensemble du génome de l'organisme pour les mutations génétiques est beaucoup plus facile à réaliser dans les cellules de levure.

Certaines des cellules de levure qui avaient modifié l'expression du gène codant pour le galactose ne présentèrent aucune mutation dans le réseau de gènes spécifié. Les chercheurs ont donc pu exclure les contributions génétiques à leurs observations.

"En fin de compte, nous avons vu que les théories darwiniennes de l'évolution génétique ne sont pas en mesure d'expliquer ces résultats par elles-mêmes", a déclaré M. Acar. "Il est nécessaire d'y inclure la théorie évolutionniste lamarckienne pour expliquer tout le spectre de nos résultats".

M. Fortuno a abordé les implications potentielles de l'étude, en prédisant que les cellules cancéreuses malignes sont similaires aux cellules de levure dans la mesure où les deux types de cellules sont en "évolution constante". Il a ajouté que la compréhension du rôle des mécanismes épigénétiques dans les génomes des cellules de levure pourrait ouvrir des pistes de recherche pour développer des traitements contre le cancer ou déterminer le stade du cancer dont souffre un patient.

Il note également que certains scientifiques pensent que la culture est un mécanisme épigénétique. Bien que la culture soit non génétique, il est possible qu'elle ait un impact mesurable sur nos marques épigénétiques si ces experts ont raison.

Le document indique également que les mécanismes génétiques et épigénétiques "n'ont pas à s'exclure mutuellement". 

"En réponse à une condition environnementale particulière, les deux types de mécanismes peuvent jouer un rôle et se compléter l'un l'autre", peut-on lire dans le document.

Le document explique également que les mécanismes épigénétiques peuvent provoquer des adaptations plus rapides à un environnement changeant, ils agissent généralement sur une échelle de temps plus courte que les mécanismes génétiques. À l'inverse, les mécanismes génétiques sont en jeu sur des périodes plus longues et entraînent des changements plus permanents dans un organisme.

M. Acar souligne que cette étude n'est qu'une première étape vers une meilleure compréhension du rôle des facteurs épigénétiques et qu'il attend avec impatience de voir des expériences similaires être réalisées sur d'autres organismes.

"Ce n'est qu'alors que nous verrons si ces résultats peuvent être généralisés, qu'ils soient darwiniens, lamarckiens ou hybrides - une théorie unifiée de l'évolution régissant l'évolution des organismes", a-t-il déclaré.

Les cellules de levure se reproduisent de manière asexuée toutes les 90 à 100 minutes.

Auteur: Jalbert Jonathan

Info: https://yaledailynews.com/ NOV 12, 2020

[ biophysique ]

manipulation génétique

Des scientifiques de Cambridge créent le premier organisme vivant au monde avec un ADN entièrement redessiné
Les chercheurs créent un génome synthétique, en mouvement avec des bénéfices médicaux potentiels. C'est le premier organisme vivant au monde dont le code ADN est entièrement synthétique et radicalement modifié.

Le microbe fabriqué en laboratoire, une souche de bactéries que l'on trouve normalement dans le sol et dans l'intestin humain, est semblable à ses cousins naturels, mais survit grâce à un ensemble plus restreint d'instructions génétiques.

Cette existence démontre que la vie peut exister avec un code génétique restreint et ouvre la voie à des organismes dont les mécanismes biologiques sont piratés pour fabriquer des médicaments et du matériel utile, ou pour ajouter de nouvelles caractéristiques telles que la résistance aux virus.

En deux ans, des chercheurs du laboratoire de biologie moléculaire de l'Université de Cambridge ont lu et redessiné l'ADN de la bactérie Escherichia coli (E. coli), avant de créer des cellules avec une version synthétique du génome modifié.

Le génome artificiel contient 4m de paires de bases, les unités du code génétique épelées par les lettres G, A, T et C. Imprimé en entier sur des feuilles A4, il compte 970 pages, faisant de ce génome le plus grand que les scientifiques aient jamais édifié, de loin.

"Il n'était pas du tout clair s'il était possible de créer un génome de cette taille et s'il était possible de le modifier autant", a déclaré Jason Chin, un expert en biologie de synthèse qui a dirigé le projet.

L'ADN enroulé à l'intérieur d'une cellule contient les instructions dont il a besoin pour fonctionner. Lorsque la cellule a besoin de plus de protéines pour croître, par exemple, elle lit l'ADN qui code la bonne protéine. Les lettres d'ADN sont lues dans des trios appelés codons, tels que TCG et TCA.

Presque toute vie, de la méduse à l'homme, utilise 64 codons. Mais beaucoup d'entre eux font le même travail. Au total, 61 codons produisent 20 acides aminés naturels, qui peuvent être enfilés ensemble comme des perles sur une ficelle pour construire n'importe quelle protéine de la nature. Trois autres codons sont en effet des panneaux stop : ils indiquent à la cellule lorsque la protéine est prête, comme le point marquant la fin de cette phrase.

L'équipe de Cambridge a entrepris de remodeler le génome d'E. coli en enlevant certains de ses codons superflus. Travaillant sur un ordinateur, les scientifiques ont examiné l'ADN de l'insecte. Chaque fois qu'ils rencontraient TCG, un codon qui fabrique un acide aminé appelé sérine, ils le réécrivaient en AGC, qui fait le même travail. Ils ont remplacé deux autres codons de la même manière.

Plus de 18 000 éditions plus tard, les scientifiques avaient retiré toutes les occurrences des trois codons du génome de l'insecte. Le nouveau code génétique a ensuite été synthétisé chimiquement et, morceau par morceau, ajouté à E. coli où il a remplacé le génome naturel de l'organisme. Le résultat, rapporté dans Nature, est un microbe avec un code ADN complètement synthétique et radicalement modifié. Connu sous le nom de Syn61, ce bug est un peu plus long que la normale, et grandit plus lentement, mais survit néanmoins.

"C'est assez incroyable", a déclaré Chin. Lorsque l'insecte a été créé, peu avant Noël, l'équipe de recherche a fait prendre une photo dans le laboratoire avec une plaque des microbes comme figure centrale dans une reconstitution de la nativité.

De telles formes de vie ainsi conçues pourraient s'avérer utiles, croit Chin. Parce que leur ADN est différent, les virus envahisseurs auront du mal à se propager en elles, ce qui les rendra de fait résistantes aux virus. Ce qui pourrait apporter des avantages. E. coli est déjà utilisé par l'industrie biopharmaceutique pour produire de l'insuline pour le diabète et d'autres composés médicaux contre le cancer, la sclérose en plaques, les crises cardiaques et les maladies oculaires, mais des cycles de production entiers peuvent être gâchés lorsque les cultures bactériennes sont contaminées par des virus ou autres microbes. Mais ce n'est pas tout : dans le cadre de travaux futurs, le code génétique libéré pourrait être réutilisé pour que les cellules produisent des enzymes, des protéines et des médicaments de synthèse.

En 2010, des scientifiques américains ont annoncé la création du premier organisme au monde doté d'un génome synthétique. L'insecte, Mycoplasma mycoides, a un génome plus petit que E. coli - environ 1m de paires de bases - et n'a pas été radicalement remanié. Commentant les derniers travaux, Clyde Hutchison, du groupe de recherche américain, a déclaré : "Cette échelle de remplacement du génome est plus grande que n'importe quel remplacement complet du génome rapporté jusqu'ici."

"Ils ont porté le domaine de la génomique synthétique à un nouveau niveau, non seulement en construisant avec succès le plus grand génome synthétique à ce jour, mais aussi en apportant les plus grands changements de codage à un génome à ce jour", a déclaré Tom Ellis, un chercheur en biologie synthétique à Imperial College de Londres.

Mais il se peut que les données ne durent pas longtemps. Ellis et d'autres construisent un génome synthétique pour la levure de boulangerie, tandis que les scientifiques de Harvard font des génomes bactériens avec plus de modifications au codage. Il n'est pas surprenant que l'E. coli redessiné ne pousse pas aussi bien que les souches naturelles, a ajouté Ellis. "Si quelque chose est surprenant, c'est qu'il grandisse après tant de changements," dit-il.

Auteur: Internet

Info: https://www.theguardian.com, Ian Sample rédacteur scientifique Wed 15 mai 2019 18.00 BST

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