jeu de mots

Je ne pense pas qu'il faille dire 'gros', mais plutôt 'lourdement positionné'.

Auteur: Martin Hayter Short

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[ obèse ]

covid 2021

Que fut le co-vid, hors du fait qu'il était très peu léthal mais mettait en danger le flux tendu des systèmes médicaux occidentalo-consuméristes - au prétexte que l'homme, même très âgé, doit être protégé à tout prix. Alors que cette épidémie ressemblait plus à un message de notre une mère Gaïa, fatiguée par le désormais insupportable virus humain (rappelons que les bactéries nos mères sont capables d'effectuer un reset au niveau planétaire en une année). 

Cette pandémie ressembla aussi à une fenêtre d'opportunité pour les tenants de la gouvernance mondiale qui développèrent une vérité quasi inattaquable au prétexte qu'elle se fonde sur des bases scientifiques même si ces dernières ressemblent à un argument statistique anthropocentré dangereux à moyen terme. Tout ceci était donc bien naturel. Mais la réflexion générale sur l'anti-acharnement thérapeutique disparut en quelque jours et les cogitations sur "comment réguler la population humaine" s'évanouirent. Avec une surpopulation aucunement affectée par le corona. Et les chinois décidèrent d'autoriser un 3e enfant. Et le ministre Broulis se félicita d'un canton de Vaud à un million d'habitants en 2044, "il faut soutenir la croissance" était son message.

On avait plutôt l'impression que les mesures de controle et de traçage de l'épidémie amenaient de meilleurs outils de gouvernance. Le message de Gaïa unifiait donc les humains en un consensus planétaire difficile à contrer pour n'importe quel idéologue puisqu'à peu près toutes les vérités (surtout officielles) convergeaient vers un modèle de propagande en béton, efficacement appuyé sur la peur des populations. Ecran de fumée potentiel pour les agissements de certains gouvernement et du monde du capital ? Ce bon couple encore et toujours agressivement positionné en défenseur de la liberté d'expression et de l'intérêt général.

Ainsi, confrontée à une censure qui ne dit pas son nom, toute critique des doxas sanitaires et gouvernementales devint un peu plus difficile (et fort peu amenée dans les médias), cache-sexe en forme de masque anti-covid, dissimulant une fois encore et avec art les problèmatiques de l'encombrement de la planète par les humains, tout comme les inégalités qui régissent l'accès aux ressources et à la répartition des richesses pour ces mêmes bipèdes dépoilés.

Auteur: Mg

Info: 10 juin 2021

[ globalisation ] [ moraline personnelle ] [ opinion libre ]

coadaptation

Étrangeté du vivant : deux araignées recréent une fleur pour survivre

Beaucoup de découvertes scientifiques majeures ont été faites par hasard. Celle-ci ne fait pas exception : des scientifiques ont surpris un couple d'araignées s'associant afin de recréer une fleur ! La première observation de mimétisme coopératif pour attirer les proies et repousser les prédateurs.

Il était une fois une araignée rêvant de ressembler à une fleur... Ne pouvant y parvenir seule, elle s'associa à un partenaire de son espèce. Ensemble, ils formèrent une magnifique tromperie visuelle, destinée tant à leurs proies qu'à leurs prédateurs. Un jour, un couple de spécialistes de l'environnement de l'université du Yunnan, en Chine, découvrit fortuitement cette coopération, et choisit de la documenter dans la revue Frontiers in Ecology and the Environment.

Voici l'histoire de cette association romantico-stratégique.

Elle débute dans une forêt tropicale humide à Xishuangbanna, dans le sud-ouest de la Chine. Dans le cadre de leur projet de recherche, Shi-Mao Wu et Jiang-Yun Gao y sont en pleine exploration lorsqu'ils tombent sur une araignée tentant manifestement d'imiter les fleurs qui l'entourent. Intrigués, ils s'approchent plus près, et découvrent qu'il s'agit en fait de deux araignées l'une sur l'autre, coopérant pour recréer l'image de cette fleur. Ce que les chercheurs ne savent pas encore, c'est qu'ils sont les premiers témoins d'un mimétisme coopératif, qui n'avait jamais été observé auparavant chez aucune espèce. 

A deux, on est plus forts ! 

Ces araignées, de leur nom latin Thomisus guangxicus, font partie de la famille des araignées-crabes, les Thomisidae. Elles survivent en se fondant dans le décor, d'une part pour se cacher de leurs prédateurs - généralement des oiseaux - et d'autre part pour piéger leurs proies - généralement des insectes visitant des fleurs. La paire observée par les chercheurs était composée d'un mâle et d'une femelle. La femelle avait l'apparence de pétales blancs pâles, imitant la corolle fusionnée de la fleur. Le mâle, quant à lui beaucoup plus petit et positionné sur le dos de la femelle, prenait l'apparence du pistil et des étamines. Le duo imitait parfaitement les fleurs de Hoya pandatura, de la famille des Asclepiadaceae, dont il était entouré.

Serait-ce le fruit d’une coévolution ?

La reproduction de la complexité de cette fleur n'est possible que par la présence d'araignées des deux sexes. Il s'agit d'un cas de coopération à double avantage, qui élargit les potentiels mimétiques des araignées mâles et femelles : les individus améliorent leur survie en tant que proie et leur efficacité en tant que prédateur. Comment ont-ils évolué ainsi ensemble ? C'est la question que se posent désormais les chercheurs. L'étude de la coévolution de ces araignées mâles et femelles peut représenter une piste de compréhension de la mise en place et de la variété des mimétismes coopératifs au sein du vivant.

 

Auteur: Internet

Info: https://www.futura-sciences.com, 30 mars 2024 - Léa Picon

[ animal-végétal ] [ tétravalence ]

tétravalence

J'ai toujours aimé Céline, sa créativité sous forme de rage impuissante. Il se lâche, se défrustre... vitupère...  Tu vis tu perds !

En défendant toutes griffes dehors son indépendance, positionné avec le petit peuple, Céline se retouve automatiquement du "bon côté", celui des prolétaires de son époque, ceux au front de la vie, qui prennent sur eux, empathiques et solidaires... qui font que le monde fonctionne. Créatifs pragmatiques issus du terrain. Comme lui. 

Ceci - par contraste - avec Proust le fortuné, qui péta dans la soie sa vie durant pour finalement nous gratifier du grand art de ses phrases interminables. 

En collant à un binarisme littéraire de ce genre les choses sont tranchées ; les prolos directs et agissants du bas représentent l'envers de nantis souvent spécialistes en délicatesses, théoriciens "hors-sol", en général issus du haut, affiliés aux pouvoirs, c'est à dire à l'argent et ses influences. Théoriciens qui auront quasi toujours raison au sens où la raison parle d'un point de vue supérieur, celui où on influence les éducations, le politiquement correct, le langage, etc. Là où toute stratégie digne de ce nom se fait, où les orientations du monde se décident depuis toujours. Lieux du pouvoir. Et le pouvoir humain est un positionnement doté d'un défaut majeur : sa propension à l'autoconservation, souvent "à tout prix". Ainsi de la démocratie, même s'il faut reconnaitre que cette dernière apparait à ce jour comme le moins mauvais système, surtout une démocratie directe dotée d'une presse libre, c'est à dire d'un médium qui fait office de contrepouvoir. 

On verra donc les milieux dirigeants  développer certaines formulations "pour se défendre des prolos". Par exemple, si on en vient à se demander comment anticiper le monde de demain : comment canaliser les énergies vers des activités nouvelles, déplacer les pôles de lutte. Comment savoir et apprendre à passer le temps intelligemment ? Comment arriver à gérer l'humain tel le simple artefact de l'environnement qu'il est - sans basculer dans la barbarie ? Comment abandonner l'impasse matérialiste sans que les individus s'abatardissent ? Tout en conservant un moteur, propre à chacun, moteur que les publicités clinquantes ont désormais orienté vers le confort individuel, les "apparences" du bonheur et autres jalousies subséquentes ? 

Questionnements souvent présentés ainsi par les gens du haut : "Ces réflexions et idées complexes peuvent-elles se concevoir depuis un environnement où on lutte sans cesse, sous pression de la réalité, des lendemains difficiles et des flux tendus du monde post-industriel ?". Sous entendu : venant des gens du bas.  

Alors que la question est la même pour tous : Comment réorienter le capitalisme qui produit du superflu après avoir créé le besoin en stimulant de simples et compulsifs réflexes d'accumulation, (bien naturel pour une survie de base, celle qui permet de passer l'hiver par exemple). Socio-capitalisme post-industriel qui a aussi "donné des habitudes" aux gens, des envies... voyages exotiques... Confort minimum... Etat providence.

C'est donc au travers de ce très franco-français exemple de dualité "Proust-Céline" que nous voudrions indiquer que le binarisme humain apparait comme une fondation logique peu capable de gérer ne seraient que les complexités qui s'entrelacent et se développent à partir des quelques données qui précèdent. 

Autre exemple : comment peut-on être assez imbu de certitude pour proférer une phrase comme "La religion est une erreur criminelle et la foi une insulte à l'intelligence." alors que tout démontre que nous ne savons rien à ce sujet ?. Inconnaissance probablement renforcée par un savoir anthropocentré qui ressemble de plus en plus à la stupidité d'une espèce égoïste parce qu'asymbiotique, vu qu'elle ne sait pas interagir sagement avec son environnement. 

Tenez : les fourmis coupeuses de feuilles (du genre Atta) utilisent couramment des antibiotiques pour protéger leurs cultures de champignons. Elles le font de façon tellement sage et modérée que depuis les quelques 50 millions d'années qu'elles utilisent cette méthode aucune résistance aux antibiotiques n'est apparue chez les parasites qu'elles combattent ! Et nous, humains impatients, nous retrouvons, au bout de quelques années de leur utilisation avec des maladies nosocomiales quasi incurables dans nos centres de soins spécialisés !

Ici on dirait que la nature nous parle. Les mécanismes que dévoile petit à petit l'épigénétique semblent bien s'articuler autour d'un incessant et éternel dialogue des forces fondamentales impliquées dans notre univers Gaïa. Forces qui s'articulent entre autres sur la souplesse adaptative offerte par les possibilités combinatoires du carbone sur lesquelles s'est développée la vie telle que nous la connaissons. 

Faut-il s'en inspirer pour aller au-delà de cette dualité simpliste, celle qui nous a amené là où nous sommes en début de 3e millénaire. Faut-il  maintenant mettre en place une nouvelle logique opérante ? Une logique indépendante de son propre langage ?

Auteur: Mg

Info: 30 janv 2022, suivant une idée amenée par JP Petit, prétendument issue des récits ummites

[ interrogation ] [ prospective ]

auto-programmation

Pieuvres et calmars modifient et corrigent (édit en anglais) leur ARN, tout en laissant l'ADN intact. Des changements qui pourraient expliquer l'intelligence et la flexibilité des céphalopodes dépourvus de coquille

De nombreux écrivains se plaignent lorsqu'un rédacteur  vient éditer et donc modifier leur article, mais les conséquences de la modification d'un seul mot ne sont généralement pas si graves.

Ce n'est pas le cas des instructions génétiques pour la fabrication des protéines. Même une petite modification peut empêcher une protéine de faire son travail correctement, ce qui peut avoir des conséquences mortelles. Ce n'est qu'occasionnellement qu'un changement est bénéfique. Il semble plus sage de conserver les instructions génétiques telles qu'elles sont écrites. À moins d'être une pieuvre.

Les pieuvres sont comme des extraterrestres qui vivent parmi nous : elles font beaucoup de choses différemment des animaux terrestres ou même des autres créatures marines. Leurs tentacules flexibles goûtent ce qu'ils touchent et ont leur esprit propre. Les yeux des pieuvres sont daltoniens, mais leur peau peut détecter la lumière par elle-même. Les pieuvres sont des maîtres du déguisement, changeant de couleur et de texture de peau pour se fondre dans leur environnement ou effrayer leurs rivaux. Et plus que la plupart des créatures, les pieuvres font gicler l'équivalent moléculaire de l'encre rouge sur leurs instructions génétiques avec un abandon stupéfiant, comme un rédacteur en chef déchaîné.

Ces modifications-éditions concernent l'ARN, molécule utilisée pour traduire les informations du plan génétique stocké dans l'ADN, tout en laissant l'ADN intact.

Les scientifiques ne savent pas encore avec certitude pourquoi les pieuvres et d'autres céphalopodes sans carapace, comme les calmars et les seiches, sont des modificateurs aussi prolifiques. Les chercheurs se demandent si cette forme d'édition génétique a donné aux céphalopodes une longueur d'avance sur le plan de l'évolution (ou un tentacule) ou si cette capacité n'est qu'un accident parfois utile. Les scientifiques étudient également les conséquences que les modifications de l'ARN peuvent avoir dans diverses conditions. Certaines données suggèrent que l'édition pourrait donner aux céphalopodes une partie de leur intelligence, mais au prix d'un ralentissement de l'évolution de leur ADN.

"Ces animaux sont tout simplement magiques", déclare Caroline Albertin, biologiste spécialiste du développement comparatif au Marine Biological Laboratory de Woods Hole (Massachusetts). "Ils ont toutes sortes de solutions différentes pour vivre dans le monde d'où ils viennent. L'édition de l'ARN pourrait contribuer à donner à ces créatures un grand nombre de solutions aux problèmes qu'elles peuvent rencontrer.

(vidéo - Contrairement à d'autres animaux à symétrie bilatérale, les pieuvres ne rampent pas dans une direction prédéterminée. Des vidéos de pieuvres en train de ramper montrent qu'elles peuvent se déplacer dans n'importe quelle direction par rapport à leur corps, et qu'elles changent de direction de rampe sans avoir à tourner leur corps. Dans le clip, la flèche verte indique l'orientation du corps de la pieuvre et la flèche bleue indique la direction dans laquelle elle rampe.)

Le dogme central de la biologie moléculaire veut que les instructions pour construire un organisme soient contenues dans l'ADN. Les cellules copient ces instructions dans des ARN messagers, ou ARNm. Ensuite, des machines cellulaires appelées ribosomes lisent les ARNm pour construire des protéines en enchaînant des acides aminés. La plupart du temps, la composition de la protéine est conforme au modèle d'ADN pour la séquence d'acides aminés de la protéine.

Mais l'édition de l'ARN peut entraîner des divergences par rapport aux instructions de l'ADN, créant ainsi des protéines dont les acides aminés sont différents de ceux spécifiés par l'ADN.

L'édition modifie chimiquement l'un des quatre éléments constitutifs de l'ARN, ou bases. Ces bases sont souvent désignées par les premières lettres de leur nom : A, C, G et U, pour adénine, cytosine, guanine et uracile (la version ARN de la base ADN thymine). Dans une molécule d'ARN, les bases sont liées à des sucres ; l'unité adénine-sucre, par exemple, est appelée adénosine.

Il existe de nombreuses façons d'éditer des lettres d'ARN. Les céphalopodes excellent dans un type d'édition connu sous le nom d'édition de l'adénosine à l'inosine, ou A-to-I. Cela se produit lorsqu'une enzyme appelée ADAR2 enlève un atome d'azote et deux atomes d'hydrogène de l'adénosine (le A). Ce pelage chimique transforme l'adénosine en inosine (I).

 Les ribosomes lisent l'inosine comme une guanine au lieu d'une adénine. Parfois, ce changement n'a aucun effet sur la chaîne d'acides aminés de la protéine résultante. Mais dans certains cas, la présence d'un G à la place d'un A entraîne l'insertion d'un acide aminé différent dans la protéine. Ce type d'édition de l'ARN modifiant la protéine est appelé recodage de l'ARN.

Les céphalopodes à corps mou ont adopté le recodage de l'ARN à bras-le-corps, alors que même les espèces étroitement apparentées sont plus hésitantes à accepter les réécritures, explique Albertin. "Les autres mollusques ne semblent pas le faire dans la même mesure.

L'édition de l'ARN ne se limite pas aux créatures des profondeurs. Presque tous les organismes multicellulaires possèdent une ou plusieurs enzymes d'édition de l'ARN appelées enzymes ADAR, abréviation de "adénosine désaminase agissant sur l'ARN", explique Joshua Rosenthal, neurobiologiste moléculaire au Marine Biological Laboratory.

Les céphalopodes possèdent deux enzymes ADAR. L'homme possède également des versions de ces enzymes. "Dans notre cerveau, nous modifions une tonne d'ARN. Nous le faisons beaucoup", explique Rosenthal. Au cours de la dernière décennie, les scientifiques ont découvert des millions d'endroits dans les ARN humains où se produit l'édition.

Mais ces modifications changent rarement les acides aminés d'une protéine. Par exemple, Eli Eisenberg, de l'université de Tel Aviv, et ses collègues ont identifié plus de 4,6 millions de sites d'édition dans les ARN humains. Parmi ceux-ci, seuls 1 517 recodent les protéines, ont rapporté les chercheurs l'année dernière dans Nature Communications. Parmi ces sites de recodage, jusqu'à 835 sont partagés avec d'autres mammifères, ce qui suggère que les forces de l'évolution ont préservé l'édition à ces endroits.

(Encadré :  Comment fonctionne l'édition de l'ARN ?

Dans une forme courante d'édition de l'ARN, une adénosine devient une inosine par une réaction qui supprime un groupe aminé et le remplace par un oxygène (flèches). L'illustration montre une enzyme ADAR se fixant à un ARN double brin au niveau du "domaine de liaison de l'ARNdb". La région de l'enzyme qui interagit pour provoquer la réaction, le "domaine de la désaminase", est positionnée près de l'adénosine qui deviendra une inosine.)

Les céphalopodes portent le recodage de l'ARN à un tout autre niveau, dit Albertin. L'encornet rouge (Doryteuthis pealeii) possède 57 108 sites de recodage, ont rapporté Rosenthal, Eisenberg et leurs collègues en 2015 dans eLife. Depuis, les chercheurs ont examiné plusieurs espèces de pieuvres, de calmars et de seiches, et ont à chaque fois trouvé des dizaines de milliers de sites de recodage.

Les céphalopodes à corps mou, ou coléoïdes, pourraient avoir plus de possibilités d'édition que les autres animaux en raison de l'emplacement d'au moins une des enzymes ADAR, ADAR2, dans la cellule. La plupart des animaux éditent les ARN dans le noyau - le compartiment où l'ADN est stocké et copié en ARN - avant d'envoyer les messages à la rencontre des ribosomes. Mais chez les céphalopodes, les enzymes se trouvent également dans le cytoplasme, l'organe gélatineux des cellules, ont découvert Rosenthal et ses collègues (SN : 4/25/20, p. 10).

Le fait d'avoir des enzymes d'édition dans deux endroits différents n'explique pas complètement pourquoi le recodage de l'ARN chez les céphalopodes dépasse de loin celui des humains et d'autres animaux. Cela n'explique pas non plus les schémas d'édition que les scientifiques ont découverts.

L'édition de l'ARN amènerait de la flexibilité aux céphalopodes

L'édition n'est pas une proposition "tout ou rien". Il est rare que toutes les copies d'un ARN dans une cellule soient modifiées. Il est beaucoup plus fréquent qu'un certain pourcentage d'ARN soit édité tandis que le reste conserve son information originale. Le pourcentage, ou fréquence, de l'édition peut varier considérablement d'un ARN à l'autre ou d'une cellule ou d'un tissu à l'autre, et peut dépendre de la température de l'eau ou d'autres conditions. Chez le calmar à nageoires longues, la plupart des sites d'édition de l'ARN étaient édités 2 % ou moins du temps, ont rapporté Albertin et ses collègues l'année dernière dans Nature Communications. Mais les chercheurs ont également trouvé plus de 205 000 sites qui étaient modifiés 25 % du temps ou plus.

Dans la majeure partie du corps d'un céphalopode, l'édition de l'ARN n'affecte pas souvent la composition des protéines. Mais dans le système nerveux, c'est une autre histoire. Dans le système nerveux du calmar à nageoires longues, 70 % des modifications apportées aux ARN producteurs de protéines recodent ces dernières. Dans le système nerveux de la pieuvre californienne à deux points (Octopus bimaculoides), les ARN sont recodés trois à six fois plus souvent que dans d'autres organes ou tissus.

(Photo -  L'encornet rouge recode l'ARN à plus de 50 000 endroits. Le recodage de l'ARN pourrait aider le calmar à réagir avec plus de souplesse à son environnement, mais on ne sait pas encore si le recodage a une valeur évolutive. Certains ARNm possèdent plusieurs sites d'édition qui modifient les acides aminés des protéines codées par les ARNm. Dans le système nerveux de l'encornet rouge, par exemple, 27 % des ARNm ont trois sites de recodage ou plus. Certains contiennent 10 sites ou plus. La combinaison de ces sites d'édition pourrait entraîner la fabrication de plusieurs versions d'une protéine dans une cellule.)

Le fait de disposer d'un large choix de protéines pourrait donner aux céphalopodes "plus de souplesse pour réagir à l'environnement", explique M. Albertin, "ou leur permettre de trouver diverses solutions au problème qui se pose à eux". Dans le système nerveux, l'édition de l'ARN pourrait contribuer à la flexibilité de la pensée, ce qui pourrait expliquer pourquoi les pieuvres peuvent déverrouiller des cages ou utiliser des outils, pensent certains chercheurs. L'édition pourrait être un moyen facile de créer une ou plusieurs versions d'une protéine dans le système nerveux et des versions différentes dans le reste du corps, explique Albertin.

Lorsque l'homme et d'autres vertébrés ont des versions différentes d'une protéine, c'est souvent parce qu'ils possèdent plusieurs copies d'un gène. Doubler, tripler ou quadrupler les copies d'un gène "permet de créer tout un terrain de jeu génétique pour permettre aux gènes de s'activer et d'accomplir différentes fonctions", explique M. Albertin. Mais les céphalopodes ont tendance à ne pas dupliquer les gènes. Leurs innovations proviennent plutôt de l'édition.

Et il y a beaucoup de place pour l'innovation. Chez le calmar, les ARNm servant à construire la protéine alpha-spectrine comportent 242 sites de recodage. Toutes les combinaisons de sites modifiés et non modifiés pourraient théoriquement créer jusqu'à 7 x 1072 formes de la protéine, rapportent Rosenthal et Eisenberg dans le numéro de cette année de l'Annual Review of Animal Biosciences (Revue annuelle des biosciences animales). "Pour mettre ce chiffre en perspective, écrivent les chercheurs, il suffit de dire qu'il éclipse le nombre de toutes les molécules d'alpha-spectrine (ou, d'ailleurs, de toutes les molécules de protéines) synthétisées dans toutes les cellules de tous les calmars qui ont vécu sur notre planète depuis l'aube des temps.

Selon Kavita Rangan, biologiste moléculaire à l'université de Californie à San Diego, ce niveau de complexité incroyable ne serait possible que si chaque site était indépendant. Rangan a étudié le recodage de l'ARN chez le calmar californien (Doryteuthis opalescens) et le calmar à nageoires longues. La température de l'eau incite les calmars à recoder les protéines motrices appelées kinésines qui déplacent les cargaisons à l'intérieur des cellules.

Chez l'encornet rouge, l'ARNm qui produit la kinésine-1 comporte 14 sites de recodage, a découvert Mme Rangan. Elle a examiné les ARNm du lobe optique - la partie du cerveau qui traite les informations visuelles - et du ganglion stellaire, un ensemble de nerfs impliqués dans la génération des contractions musculaires qui produisent des jets d'eau pour propulser le calmar.

Chaque tissu produit plusieurs versions de la protéine. Rangan et Samara Reck-Peterson, également de l'UC San Diego, ont rapporté en septembre dernier dans un article publié en ligne sur bioRxiv.org que certains sites avaient tendance à être édités ensemble. Leurs données suggèrent que l'édition de certains sites est coordonnée et "rejette très fortement l'idée que l'édition est indépendante", explique Rangan. "La fréquence des combinaisons que nous observons ne correspond pas à l'idée que chaque site a été édité indépendamment.

L'association de sites d'édition pourrait empêcher les calmars et autres céphalopodes d'atteindre les sommets de complexité dont ils sont théoriquement capables. Néanmoins, l'édition de l'ARN offre aux céphalopodes un moyen d'essayer de nombreuses versions d'une protéine sans s'enfermer dans une modification permanente de l'ADN, explique M. Rangan.

Ce manque d'engagement laisse perplexe Jianzhi Zhang, généticien évolutionniste à l'université du Michigan à Ann Arbor. "Pour moi, cela n'a pas de sens", déclare-t-il. "Si vous voulez un acide aminé particulier dans une protéine, vous devez modifier l'ADN. Pourquoi changer l'ARN ?

L'édition de l'ARN a-t-elle une valeur évolutive ?

L'édition de l'ARN offre peut-être un avantage évolutif. Pour tester cette idée, Zhang et Daohan Jiang, alors étudiant de troisième cycle, ont comparé les sites "synonymes", où les modifications ne changent pas les acides aminés, aux sites "non synonymes", où le recodage se produit. Étant donné que les modifications synonymes ne modifient pas les acides aminés, les chercheurs ont considéré que ces modifications étaient neutres du point de vue de l'évolution. Chez l'homme, le recodage, ou édition non synonyme, se produit sur moins de sites que l'édition synonyme, et le pourcentage de molécules d'ARN qui sont éditées est plus faible que sur les sites synonymes.

"Si nous supposons que l'édition synonyme est comme un bruit qui se produit dans la cellule, et que l'édition non-synonyme est moins fréquente et [à un] niveau plus bas, cela suggère que l'édition non-synonyme est en fait nuisible", explique Zhang. Même si le recodage chez les céphalopodes est beaucoup plus fréquent que chez les humains, dans la plupart des cas, le recodage n'est pas avantageux, ou adaptatif, pour les céphalopodes, ont affirmé les chercheurs en 2019 dans Nature Communications.

Il existe quelques sites communs où les pieuvres, les calmars et les seiches recodent tous leurs ARN, ont constaté les chercheurs, ce qui suggère que le recodage est utile dans ces cas. Mais il s'agit d'une petite fraction des sites d'édition. Zhang et Jiang ont constaté que quelques autres sites édités chez une espèce de céphalopode, mais pas chez les autres, étaient également adaptatifs.

Si ce n'est pas si utile que cela, pourquoi les céphalopodes ont-ils continué à recoder l'ARN pendant des centaines de millions d'années ? L'édition de l'ARN pourrait persister non pas parce qu'elle est adaptative, mais parce qu'elle crée une dépendance, selon Zhang.

Zhang et Jiang ont proposé un modèle permettant de nuire (c'est-à-dire une situation qui permet des modifications nocives de l'ADN). Imaginez, dit-il, une situation dans laquelle un G (guanine) dans l'ADN d'un organisme est muté en A (adénine). Si cette mutation entraîne un changement d'acide aminé nocif dans une protéine, la sélection naturelle devrait éliminer les individus porteurs de cette mutation. Mais si, par chance, l'organisme dispose d'un système d'édition de l'ARN, l'erreur dans l'ADN peut être corrigée par l'édition de l'ARN, ce qui revient à transformer le A en G. Si la protéine est essentielle à la vie, l'ARN doit être édité à des niveaux élevés de sorte que presque chaque copie soit corrigée.

 Lorsque cela se produit, "on est bloqué dans le système", explique M. Zhang. L'organisme est désormais dépendant de la machinerie d'édition de l'ARN. "On ne peut pas la perdre, car il faut que le A soit réédité en G pour survivre, et l'édition est donc maintenue à des niveaux élevés.... Au début, on n'en avait pas vraiment besoin, mais une fois qu'on l'a eue, on en est devenu dépendant".

Zhang soutient que ce type d'édition est neutre et non adaptatif. Mais d'autres recherches suggèrent que l'édition de l'ARN peut être adaptative.

L'édition de l'ARN peut fonctionner comme une phase de transition, permettant aux organismes de tester le passage de l'adénine à la guanine sans apporter de changement permanent à leur ADN. Au cours de l'évolution, les sites où les adénines sont recodées dans l'ARN d'une espèce de céphalopode sont plus susceptibles que les adénines non éditées d'être remplacées par des guanines dans l'ADN d'une ou de plusieurs espèces apparentées, ont rapporté les chercheurs en 2020 dans PeerJ. Et pour les sites fortement modifiés, l'évolution chez les céphalopodes semble favoriser une transition de A à G dans l'ADN (plutôt qu'à la cytosine ou à la thymine, les deux autres éléments constitutifs de l'ADN). Cela favorise l'idée que l'édition peut être adaptative.

D'autres travaux récents de Rosenthal et de ses collègues, qui ont examiné les remplacements de A en G chez différentes espèces, suggèrent que le fait d'avoir un A modifiable est un avantage évolutif par rapport à un A non modifiable ou à un G câblé.

(Tableau :  Quelle est la fréquence de l'enregistrement de l'ARN ?

Les céphalopodes à corps mou, notamment les pieuvres, les calmars et les seiches, recodent l'ARN dans leur système nerveux sur des dizaines de milliers de sites, contre un millier ou moins chez l'homme, la souris, la mouche des fruits et d'autres espèces animales. Bien que les scientifiques aient documenté le nombre de sites d'édition, ils auront besoin de nouveaux outils pour tester directement l'influence du recodage sur la biologie des céphalopodes.

Schéma avec comparaison des nombre de sites de recodage de l'ARN chez les animaux

J.J.C. ROSENTHAL ET E. EISENBERG/ANNUAL REVIEW OF ANIMAL BIOSCIENCES 2023 )

Beaucoup de questions en suspens

Les preuves pour ou contre la valeur évolutive du recodage de l'ARN proviennent principalement de l'examen de la composition génétique totale, ou génomes, de diverses espèces de céphalopodes. Mais les scientifiques aimeraient vérifier directement si les ARN recodés ont un effet sur la biologie des céphalopodes. Pour ce faire, il faudra utiliser de nouveaux outils et faire preuve de créativité.

Rangan a testé des versions synthétiques de protéines motrices de calmars et a constaté que deux versions modifiées que les calmars fabriquent dans le froid se déplaçaient plus lentement mais plus loin le long de pistes protéiques appelées microtubules que les protéines non modifiées. Mais il s'agit là de conditions artificielles de laboratoire, sur des lames de microscope. Pour comprendre ce qui se passe dans les cellules, Mme Rangan aimerait pouvoir cultiver des cellules de calmar dans des boîtes de laboratoire. Pour l'instant, elle doit prélever des tissus directement sur le calmar et ne peut obtenir que des instantanés de ce qui se passe. Les cellules cultivées en laboratoire pourraient lui permettre de suivre ce qui se passe au fil du temps.

M. Zhang explique qu'il teste son hypothèse de l'innocuité en amenant la levure à s'intéresser à l'édition de l'ARN. La levure de boulanger (Saccharomyces cerevisiae) ne possède pas d'enzymes ADAR. Mais Zhang a modifié une souche de cette levure pour qu'elle soit porteuse d'une version humaine de l'enzyme. Les enzymes ADAR rendent la levure malade et la font croître lentement, explique-t-il. Pour accélérer l'expérience, la souche qu'il utilise a un taux de mutation supérieur à la normale et peut accumuler des mutations G-A. Mais si l'édition de l'ARN peut corriger ces mutations, il est possible d'obtenir des résultats positifs. Mais si l'édition de l'ARN peut corriger ces mutations, la levure porteuse d'ADAR pourrait se développer mieux que celles qui n'ont pas l'enzyme. Et après de nombreuses générations, la levure pourrait devenir dépendante de l'édition, prédit Zhang.

Albertin, Rosenthal et leurs collègues ont mis au point des moyens de modifier les gènes des calmars à l'aide de l'éditeur de gènes CRISPR/Cas9. L'équipe a créé un calmar albinos en utilisant CRISPR/Cas9 pour supprimer, ou désactiver, un gène qui produit des pigments. Les chercheurs pourraient être en mesure de modifier les sites d'édition dans l'ADN ou dans l'ARN et de tester leur fonction, explique Albertin.

Cette science n'en est qu'à ses débuts et l'histoire peut mener à des résultats inattendus. Néanmoins, grâce à l'habileté des céphalopodes en matière d'édition, la lecture de cet article ne manquera pas d'être intéressante.

 

Auteur: Internet

Info: https://www.sciencenews.org/article/octopus-squid-rna-editing-dna-cephalopods, Tina Hesman Saey, 19 may 2023

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