végétarien

Comme la vue d'un taureau sacrifié aux dieux était devenue pour nous un opprobre, nous avons caché le bain de sang quotidien dans des abattoirs lavés à l'eau de l'attention de tous ceux qui se repaissent de morceaux de cadavres d'animaux domestiques préparés pour qu'ils ne soient pas reconnaissables.

Auteur: Wagner Richard

Info:

intrication

Tout texte est un intertexte; d'autres textes sont présents en lui, à des niveaux variables, sous des formes plus ou moins reconnaissables : les textes de la culture antérieure et ceux de la culture environnante ; tout texte est un tissu nouveau de citations révolues. […] L'intertexte est un champ général de formules anonymes, dont l'origine est rarement repérable, de citations inconscientes ou automatiques, données sans guillemets.

Auteur: Barthes Roland

Info: Théorie du texte, Encyclopaedia universalis, 1973

[ littérature ] [ mimétisme ] [ lecture ]

évolution inversée

Toutefois, je suis convaincu qu’au fur et à mesure que nous remontons le temps géophysique, nous réintégrons le couloir amniotique et remontons aussi le temps spinal et archéo-psychique, rappelant dans notre inconscient les paysages de chaque ère, avec son terrain géologique distinctif, sa flore et sa faune uniques, aussi reconnaissables pour nous qu’ils le seraient pour le passager d’une machine temporelle à la Wells. Sauf qu’il ne s’agit pas d’un trajet touristique mais d’une totale réorientation de la personnalité.

Auteur: Ballard James Graham

Info: Le monde englouti

[ régression temporelle ]

pouvoir sémantique

Si vous avez un système vraiment complexe, dit-il, les modèles exacts ne sont pas reproductibles. Et pourtant, certains thèmes sont reconnaissables. En histoire, par exemple, on peut parler de "révolutions", même si une révolution peut être très différente d'une autre. Nous utilisons donc des métaphores. Il s'avère qu'une grande partie de l'élaboration des politiques consiste à trouver la métaphore appropriée. À l'inverse, une mauvaise politique consiste généralement à user de métaphores inappropriées. Par exemple, il pourrait ne pas être approprié de penser à une "lutte" contre la drogue avec usage d'armes à feu et d'agressions.

Auteur: Waldrop Mitchell

Info: Complexity: The Emerging Science at the Edge of Order and Chaos

[ pré-mémétique ] [ reconnaissances de formes ] [ signes consensus ]

loi du grand nombre

La civilisation de la quantité opposée à celle de la qualité. Les imbéciles y dominent donc par le nombre, ils sont le nombre […]. Un monde dominé par la force est un monde abominable, mais le nombre dominé par le nombre est ignoble. La force fait tôt ou tard surgir des révoltés, elle engendre l’esprit de révolte, elle fait des héros et des martyrs. La tyrannie abjecte du nombre est une infection lente qui n’a jamais provoqué de fièvre. Le nombre crée une société à son image, une société d’êtres non pas égaux mais pareils, seulement reconnaissables à leurs empreintes digitales. 

Auteur: Bernanos Georges

Info: La France contre les robots, éditions Robert Laffont, 1947

[ uniformisation ] [ baisse des coûts de production ]

fresque

Supposons que nous ayons à exprimer la situation suivante : "Salomon rencontre la reine de Saba, tous deux sont à la tête d'un cortège de seigneurs et de gentilshommes habillés en style Renaissance, baigné par la luminosité d'un matin enchanté où les corps prennent l'aspect d'intemporelles statues, etc." Tout le monde aura reconnu dans ces expressions verbales une allusion vague au texte pictural de Piero della Francesca qui se trouve dans l'église d'Arezzo, mais on ne saurait avancer que le texte verbal 'interprète' le texte pictural. Au mieux il y renvoie ou le suggère et, s'il y réussit, ce n'est que parce que c'est un texte pictural que notre contexte culturel a très souvent verbalisé. Et même dans ce cas, parmi toutes les expressions verbales, certaines seulement se réfèrent à des unités de contenu reconnaissables (Salomon, la reine de Saba, 'rencontrer', etc.), tandis que les autres transmettent des contenus totalement différents de ceux qui s'exprimeraient en présence de la fresque, si l'on considère en outre qu'une expression verbale comme /Salomon/ n'est qu'un interprétant plutôt générique de l'image peinte par Piere della Francesca. Quand le peintre a commencé son travail, le contenu qu'il voulait exprimer (selon sa nature de nébuleuse) n'était pas encore suffisamment segmenté. Ainsi a-t-il dû INVENTER.

Auteur: Eco Umberto

Info: La production des signes

[ texte-image ] [ indexicalité ]

biologie

La tendance est à l'expression d'une vérité inéluctable. L'avenir de la société sera mis au défi par les virus zoonotiques, une prédiction tout à fait naturelle, notamment parce que l'humanité est un puissant agent de changement, qui est le carburant essentiel de l'évolution. Malgré ces affirmations, j'ai débuté avec l'intention de laisser au lecteur une appréciation plus large des virus : ils ne sont pas simplement des agents pathogènes de la vie. Ce sont des partenaires obligés de la vie et une force formidable de la nature sur notre planète. En contemplant l'océan sous un soleil couchant, pensez à la multitude de particules virales dans chaque millilitre d'eau de mer : en survolant la forêt sauvage, considérez les viromes collectifs de ses habitants vivants. Le nombre impressionnant et la diversité des virus dans notre environnement devrait engendrer en nous une plus grande admiration quant au fait d'être en sécurité parmi ces multitudes que la crainte qu'ils nous fassent du mal.

La médecine personnalisée deviendra bientôt une réalité et la pratique médicale cataloguera et pèsera systématiquement la séquence du génome d'un patient. Peu de temps après, on pourra s'attendre à ce que ces données soient rejointes par les métagénomes viraux et bactériens du patient : l'identité génétique collective du patient sera enregistrée sur une seule impression. Nous découvrirons sans doute que certains de nos passagers viraux sont nocifs pour notre santé, tandis que d'autres sont protecteurs. Mais cette approche des virus que j'espère vous avoir fait apprécier en lisant ces pages n'est pas un exercice de comptabilité. La mise en balance des avantages et des menaces pour l'humanité est une tâche stérile. Le métagénome viral contiendra des fonctionnalités génétiques nouvelles et utiles pour la biomédecine : les virus peuvent devenir des outils biomédicaux essentiels et les phages continueront à s'optimiser peuvent également accélérer le développement de la résistance aux antibiotiques dans l'ère post-antibiotique et les virus émergents peuvent menacer notre complaisance et remettre en question notre société économiquement et socialement. Cependant, la simple comparaison de ces avantages et inconvénients ne rend pas justice aux virus et ne reconnaît pas leur juste place dans la nature.

La vie et les virus sont inséparables. Les virus sont le complément de la vie, parfois dangereux mais toujours beaux dans leur conception. Tous les systèmes de réplication autonomes et autonomes qui génèrent leur propre énergie favoriseront les parasites. Les virus sont les sous-produits incontournables du succès de la vie sur la planète. Nous leur devons notre propre évolution ; les fossiles de beaucoup sont reconnaissables dans les VRE* et les EVE** qui ont certainement été de puissantes influences dans l'évolution de nos ancêtres. Comme les virus et les procaryotes, nous sommes également un patchwork de gènes, acquis par héritage et transfert horizontal de gènes au cours de notre évolution depuis le monde primitif basé sur l'ARN.

On dit souvent que "la beauté est dans l'œil de celui qui regarde". Il s'agit d'une réaction naturelle à un événement visuel : un coucher de soleil, le drapé d'une robe de créateur ou le motif d'une cravate en soie, mais on peut également la trouver dans un vers de poésie, un ustensile de cuisine particulièrement efficace ou même l'efficacité impitoyable d'une arme à feu. Ces derniers sont des reconnaissances uniquement humaines de la beauté du design. Cette même humanité qui nous permet de reconnaître la beauté de la conception évolutive des virus. Ce sont des produits uniques de l'évolution, la conséquence inévitable de la vie, une information génétique égoïste et infectieuse qui puise dans la vie et les lois de la nature pour alimenter l'invention évolutive.

Auteur: Cordingley Michael G.

Info: Viruses: Agents of Evolutionary Invention. *entérocoques, qui sont un des micro-organismes à haut risque de transmissibilité et de développement croisé de résistance aux antibiotiques. Cette résistance aux glycopeptides a également un impact non négligeable, avec le risque redouté de transfert de cette résistance à Staphylococcus aureus, beaucoup plus répandu et pathogène. **ADN fossile ou pseudogènes

[ combat continuel ] [ prospective ] [ bacilles ] [ catalyseurs ]

gestion capitaliste avancée

Peut-être faudrait-il considérer le citoyen non pas simplement comme un électeur en colère, mais comme un consommateur politique pressé d'acheter.

La question de la consommation nous entraîne au coeur de la nouvelle économie, et en particulier des pratiques de la société géante Wal-Mart. Ce distributeur mondial pratiquant le discount employait 1,4 million de salariés à travers le monde en 2004 ; avec 258 milliards de dollars de recettes, il représentait "2% du PIB américain et huit fois la taille de Microsoft". Cette nouvelle société a innové sur le plan de ses fournisseurs, faisant appel à une industrie chinoise en plein essor, et dans son utilisation des technologies avancées. Selon le McKinsey Institute, Wal-Mart est l'acmé même de l'entreprise de l'arête tranchante (cutting edge), avec sa productivité assise sur une "innovation managériale continue", laquelle a concentré le pouvoir au centre du géant, a laissé les syndicats démunis, traitant sa masse de salariés comme s'il s'agissait d'employés provisoires et temporaires. Pour les consommateurs, l'attrait de ce mégalithe tient à ce qu'ils trouvent au même endroit tout ce qu'ils peuvent désirer acheter : vêtements, produits auto, alimentation, parfum, ordinateurs, etc... La centralisation du commandement paraît se refléter dans la position du consommateur qui déambule dans les allées de Wal-Mart, tous les articles étant disponibles instantanément - les habits se trouvant à quelques pas seulement des ordinateurs. Bien que ses employés, si j'en crois mon expérience, soient pour la plupart serviables, le vendeur, en tant que représentant d'une classe, a été évacué chez Wal-Mart du processus de consommation : il n'y a pas ici de médiation ni de persuasion sur le mode du face-à-face. En cela, la société ressemble aux autres bureaucraties de l'arête tranchante qui ont écrémé leur couches de personnel intermédiaires, interprétatives. La décision relative au produit discount à acheter dépend de l'image et du marketing en général.

Si absurde que cela puisse paraître, nous pourrions préciser ainsi la question sur l'économie et la politique : les gens font-ils leur marché parmi les politiciens comme ils font leurs courses chez Wal-Mart? Pour dire les choses autrement, l'emprise centralisée des organisations politiques s'est-elle accrue aux dépens de la politique des partis, locale et médiatrice? Le marchandisage des dirigeants politiques a-t-il fini par ressembler à celui de la vente de savonnettes, avec des marques aussitôt reconnaissables que le consommateur politique choisirait sur les rayonnages?

Si la réponse à toutes les questions qui précèdent est oui, le coeur de la politique devient le marketing, ce qui paraît mauvais pour la vie politique. L'idée même de démocratie requiert la médiation et discussion en face-à-face ; elle requiert la délibération plutôt que le packaging. Suivant cet axe de pensée, on observerait avec consternation que tous les artifices séducteurs de la publicité sont désormais utilisés pour vendre les personnalités et les idées des politiciens ; plus subtilement, de mêmes que la publicité rend rarement les choses difficiles à la clientèle, le politicien fait tout pour être d'achat facile.

C'est cette réponse évidente que j'entends contester. Non qu'elle soit fausse, mais le fait est que la nouvelle économie rend le marketing et la politique plus compliqués. Wal-Mart a certainement opprimé ses employés, mais ce groupe répond à un véritable besoin de la clientèle. Il faudrait être snob pour regarder de haut les produits bon marché; devrions-nous regarder de haut la politique "bon marché" ? La version politique du mégastore pourrait réprimer la démocratie locale mais permettre, comme le fait la publicité, la fantaisie individuelle ; éroder le contenu et la substance de la politique, mais stimuler l'imagination pour le changement.

Le politiquement droit n'y verra que frivolité intellectuelle. Les avatars du nouveau capitalisme ont cependant plaidé avec force que les nouvelles structures mobilisent l'imagination du changement. Il nous faut au moins garder l'esprit ouvert sur les façons dont les hommes politiques sont aujourd'hui vendus, et les institutions qui les vendent, même si cet effort pour garder l'esprit ouvert en la matière, il me faut l'admettre, m'est personnellement difficile, puisque la disparition de la politique locale, médiatrice, me paraît être une blessure fatale. Si l'économie continue de se diriger vers le modèle de l'arête tranchante, cependant, et que les idéaux politiques demeurent empreints de nostalgie, l'idéal n'est plus qu'un regret impuissant.

Auteur: Sennett Richard

Info: La culture du nouveau capitalisme

[ hard discount ] [ émergence des extrêmes ] [ inégalités ] [ analogie ] [ efficacité managériale ]

bio-évolution

La "tectonique" des chromosomes révèle les secrets de l'évolution des premiers animaux

De grands blocs de gènes conservés au cours de centaines de millions d'années d'évolution permettent de comprendre comment les premiers chromosomes animaux sont apparus.

De nouvelles recherches ont montré que des blocs de gènes liés peuvent conserver leur intégrité et être suivis au cours de l'évolution. Cette découverte est à la base de ce que l'on appelle la tectonique des génomes (photo).

Les chromosomes, ces faisceaux d'ADN qui se mettent en scène dans le ballet mitotique de la division cellulaire, jouent un rôle de premier plan dans la vie complexe. Mais la question de savoir comment les chromosomes sont apparus et ont évolué a longtemps été d'une difficulté décourageante. C'est dû en partie au manque d'informations génomiques au niveau des chromosomes et en partie au fait que l'on soupçonne que des siècles de changements évolutifs ont fait disparaître tout indice sur cette histoire ancienne.

Dans un article paru dans Science Advances, une équipe internationale de chercheurs dirigée par Daniel Rokhsar, professeur de sciences biologiques à l'université de Californie à Berkeley, a suivi les changements survenus dans les chromosomes il y a 800 millions d'années.  Ils ont identifié 29 grands blocs de gènes qui sont restés identifiables lors de leur passage dans trois des plus anciennes subdivisions de la vie animale multicellulaire. En utilisant ces blocs comme marqueurs, les scientifiques ont pu déterminer comment les chromosomes se sont fusionnés et recombinés au fur et à mesure que ces premiers groupes d'animaux devenaient distincts.

Les chercheurs appellent cette approche "tectonique du génome". De la même manière que les géologues utilisent leur compréhension de la tectonique des plaques pour comprendre l'apparition et le mouvement des continents, ces biologistes reconstituent comment diverses duplications, fusions et translocations génomiques ont créé les chromosomes que nous voyons aujourd'hui.

Ces travaux annoncent une nouvelle ère de la génomique comparative : Auparavant, les chercheurs étudiaient des collections de gènes de différentes lignées et décrivaient les changements une paire de bases à la fois. Aujourd'hui, grâce à la multiplication des assemblages de chromosomes, les chercheurs peuvent retracer l'évolution de chromosomes entiers jusqu'à leur origine. Ils peuvent ensuite utiliser ces informations pour faire des prédictions statistiques et tester rigoureusement des hypothèses sur la façon dont les groupes d'organismes sont liés.

Il y a deux ans, à l'aide de méthodes novatrices similaires, M. Rokhsar et ses collègues ont résolu un mystère de longue date concernant la chronologie des duplications du génome qui ont accompagné l'apparition des vertébrés à mâchoires. Mais l'importance de cette approche n'est pas purement rétrospective. En faisant ces découvertes, les chercheurs apprennent les règles algébriques simples qui régissent ce qui se passe lorsque les chromosomes échangent des parties d'eux-mêmes. Ces informations peuvent orienter les futures études génomiques et aider les biologistes à prédire ce qu'ils trouveront dans les génomes des espèces qui n'ont pas encore été séquencées.

"Nous commençons à avoir une vision plus large de l'évolution des chromosomes dans l'arbre de la vie", a déclaré Paulyn Cartwright, professeur d'écologie et de biologie évolutive à l'université du Kansas. Selon elle, les scientifiques peuvent désormais tirer des conclusions sur le contenu des chromosomes des tout premiers animaux. Ils peuvent également examiner comment les différents contenus des chromosomes ont changé ou sont restés les mêmes - et pourquoi - à mesure que les animaux se sont diversifiés. "Nous ne pouvions vraiment pas faire cela avant de disposer de ces génomes de haute qualité". 

Ce que partagent les anciens génomes

Dans l'étude publiée aujourd'hui, Rokhsar et une grande équipe internationale de collaborateurs ont produit le premier assemblage de haute qualité, au niveau des chromosomes, du génome de l'hydre, qu'ils décrivent comme un modèle de "vénérable cnidaire". En le comparant à d'autres génomes animaux disponibles, ils ont découvert des groupes de gènes liés hautement conservés. Bien que l'ordre des gènes au sein d'un bloc soit souvent modifié, les blocs eux-mêmes sont restés stables sur de longues périodes d'évolution.

Lorsque les scientifiques ont commencé à séquencer les génomes animaux il y a une vingtaine d'années, beaucoup d'entre eux n'étaient pas convaincus que des groupes de gènes liés entre eux sur les chromosomes pouvaient rester stables et reconnaissables au cours des éons, et encore moins qu'il serait possible de suivre le passage de ces blocs de gènes à travers pratiquement toutes les lignées animales.

Les animaux ont divergé de leurs parents unicellulaires il y a 600 ou 700 millions d'années, et "être capable de reconnaître les morceaux de chromosomes qui sont encore conservés après cette période de temps est étonnant", a déclaré Jordi Paps, un biologiste de l'évolution à l'Université de Bristol au Royaume-Uni.

"Avant de disposer de ces données sur les chromosomes entiers, nous examinions de petits fragments de chromosomes et nous observions de nombreux réarrangements", a déclaré M. Cartwright. "Nous supposions donc qu'il n'y avait pas de conservation, car les gènes eux-mêmes dans une région du chromosome changent de position assez fréquemment."

Pourtant, bien que l'ordre des gènes soit fréquemment remanié le long des chromosomes, Rokhsar a eu l'intuition, grâce à ses études antérieures sur les génomes animaux, qu'il y avait une relative stabilité dans les gènes apparaissant ensemble. "Si vous comparez une anémone de mer ou une éponge à un être humain, le fait que les gènes se trouvent sur le même morceau d'ADN semble être conservé", explique Rokhsar. "Et le modèle suggérait que des chromosomes entiers étaient également conservés". Mais cette notion n'a pu être testée que récemment, lorsque suffisamment d'informations génomiques à l'échelle du chromosome sur divers groupes d'animaux sont devenues disponibles.

Inertie génomique

Mais pourquoi des blocs de gènes restent-ils liés entre eux ? Selon Harris Lewin, professeur d'évolution et d'écologie à l'université de Californie à Davis, qui étudie l'évolution des génomes de mammifères, une des explications de ce phénomène, appelé synténie, est liée à la fonction des gènes. Il peut être plus efficace pour les gènes qui fonctionnent ensemble d'être physiquement situés ensemble ; ainsi, lorsqu'une cellule a besoin de transcrire des gènes, elle n'a pas à coordonner la transcription à partir de plusieurs endroits sur différents chromosomes. 

Ceci explique probablement la conservation de certains ensembles de gènes dont l'agencement est crucial : les gènes Hox qui établissent les plans corporels des animaux, par exemple, doivent être placés dans un ordre spécifique pour établir correctement le schéma corporel. Mais ces gènes étroitement liés se trouvent dans un morceau d'ADN relativement court. M. Rokhsar dit qu'il ne connaît aucune corrélation fonctionnelle s'étendant sur un chromosome entier qui pourrait expliquer leurs résultats.

(Ici une image décrit les différents types de fusion de chromosomes et l'effet de chacun sur l'ordre des gènes qu'ils contiennent.)

C'est pourquoi Rokhsar est sceptique quant à une explication fonctionnelle. Elle est séduisante ("Ce serait le résultat le plus cool, d'une certaine manière", dit-il) mais peut-être aussi inutile car, à moins qu'un réarrangement chromosomique ne présente un avantage fonctionnel important, il est intrinsèquement difficile pour ce réarrangement de se propager. Et les réarrangements ne sont généralement pas avantageux : Au cours de la méiose et de la formation des gamètes, tous les chromosomes doivent s'apparier avec un partenaire correspondant. Sans partenaire, un chromosome de taille inhabituelle ne pourra pas faire partie d'un gamète viable, et il a donc peu de chances de se retrouver dans la génération suivante. De petites mutations qui remanient l'ordre des gènes à l'intérieur des chromosomes peuvent encore se produire ("Il y a probablement une petite marge d'erreur en termes de réarrangements mineurs, de sorte qu'ils peuvent encore se reconnaître", a déclaré Cartwright). Mais les chromosomes brisés ou fusionnés ont tendance à être des impasses.

Peut-être que dans des groupes comme les mammifères, qui ont des populations de petite taille, un réarrangement pourrait se propager de façon aléatoire par ce qu'on appelle la dérive génétique, suggère Rokhsar. Mais dans les grandes populations qui se mélangent librement, comme celles des invertébrés marins qui pondent des centaines ou des milliers d'œufs, "il est vraiment difficile pour l'un des nouveaux réarrangements de s'imposer", a-t-il déclaré. "Ce n'est pas qu'ils ne sont pas tentés. C'est juste qu'ils ne parviennent jamais à s'imposer dans l'évolution."

Par conséquent, les gènes ont tendance à rester bloqués sur un seul chromosome. "Les processus par lesquels ils se déplacent sont tout simplement lents, sur une échelle de 500 millions d'années", déclare Rokhsar. "Même s'il s'est écoulé énormément de temps, ce n'est toujours pas assez long pour qu'ils puissent se développer".

( une image avec affichage de données montre comment des blocs de gènes ont eu tendance à rester ensemble même lorsqu'ils se déplaçaient vers différents chromosomes dans l'évolution de cinq premières espèces animales.)

L'équipe de Rokhsar a toutefois constaté que lorsque ces rares fusions de chromosomes se produisaient, elles laissaient une signature claire : Après une fusion, les gènes des deux blocs s'entremêlent et sont réorganisés car des "mutations d'inversion" s'y sont accumulées au fil du temps. En conséquence, les gènes des deux blocs se sont mélangés comme du lait versé dans une tasse de thé, pour ne plus jamais être séparés. "Il y a un mouvement entropique vers le mélange qui ne peut être annulé", affirme Rokhsar.

Et parce que les processus de fusion, de mélange et de duplication de blocs génétiques sont si rares, irréversibles et spécifiques, ils sont traçables : Il est très improbable qu'un chromosome se fracture deux fois au même endroit, puis fusionne et se mélange avec un autre bloc génétique de la même manière.

Les signatures de ces événements dans les chromosomes représentent donc un nouvel ensemble de caractéristiques dérivées que les biologistes peuvent utiliser pour tester des hypothèses sur la façon dont les espèces sont liées. Si deux lignées partagent un mélange de deux blocs de gènes, le mélange s'est très probablement produit chez leur ancêtre commun. Si des lignées ont deux ensembles de mêmes blocs de gènes, une duplication du génome a probablement eu lieu chez leur ancêtre commun. Cela fait des syntéries un "outil très, très puissant", a déclaré Oleg Simakov, génomiste à l'université de Vienne et premier auteur des articles. 

Empreintes digitales d'événements évolutifs

"L'un des aspects que je préfère dans notre étude est que nous faisons des prédictions sur ce à quoi il faut s'attendre au sein des génomes qui n'ont pas encore été séquencés", a écrit Rokhsar dans un courriel adressé à Quanta. Par exemple, son équipe a découvert que divers invertébrés classés comme spiraliens partagent tous quatre schémas spécifiques de fusion avec mélange, ce qui implique que les événements de fusion se sont produits chez leur ancêtre commun. "Il s'ensuit que tous les spiraliens devraient présenter ces schémas de fusion avec mélange de modèles", écrit Rokhsar. "Si l'on trouve ne serait-ce qu'un seul spiralien dépourvu de ces motifs, alors l'hypothèse peut être rejetée !".

Et d'ajouter : "On n'a pas souvent l'occasion de faire ce genre de grandes déclarations sur l'histoire de l'évolution."

Dans leur nouvel article Science Advances, Simakov, Rokhsar et leurs collègues ont utilisé l'approche tectonique pour en savoir plus sur l'émergence de certains des premiers groupes d'animaux il y a environ 800 millions d'années. En examinant le large éventail de vie animale représenté par les éponges, les cnidaires (tels que les hydres, les méduses et les coraux) et les bilatériens (animaux à symétrie bilatérale), les chercheurs ont trouvé 27 blocs de gènes hautement conservés parmi leurs chromosomes.

Ensuite, en utilisant les règles de fusion chromosomique et génétique qu'ils avaient identifiées, les chercheurs ont reconstitué les événements de mélange au niveau des chromosomes qui ont accompagné l'évolution de ces trois lignées à partir d'un ancêtre commun. Ils ont montré que les chromosomes des éponges, des cnidaires et des bilatériens représentent tous des manières distinctes de combiner des éléments du génome ancestral.

(Pour expliquer les 2 paragraphes précédents une image avec 3 schémas montre la fusion des chromosomes au début de l'évolution pou arriver au 27 blocs de gènes)

Une découverte stimulante qui a été faite est que certains des blocs de gènes liés semblent également présents dans les génomes de certaines créatures unicellulaires comme les choanoflagellés, les plus proches parents des animaux multicellulaires. Chez les animaux multicellulaires, l'un de ces blocs contient un ensemble diversifié de gènes homéobox qui guident le développement de la structure générale de leur corps. Cela suggère que l'un des tout premiers événements de l'émergence des animaux multicellulaires a été l'expansion et la diversification de ces gènes importants. "Ces anciennes unités de liaison fournissent un cadre pour comprendre l'évolution des gènes et des génomes chez les animaux", notent les scientifiques dans leur article.

Leur approche permet de distinguer de subtiles et importantes différences au niveau des événements chromosomiques. Par exemple, dans leur article de 2020, les chercheurs ont déduit que le génome des vertébrés avait subi une duplication au cours de la période cambrienne, avant que l'évolution ne sépare les poissons sans mâchoire des poissons avec mâchoire. Ils ont ensuite trouvé des preuves que deux poissons à mâchoires se sont hybridés plus tard et ont subi une deuxième duplication de leur génome ; cet hybride est devenu l'ancêtre de tous les poissons osseux.

John Postlethwait, génomicien à l'université de l'Oregon, souligne l'importance de la méthode d'analyse de l'équipe. "Ils ont adopté une approche statistique, et ne se sont pas contentés de dire : "Eh bien, il me semble que telle et telle chose s'est produite", a-t-il déclaré. "C'est une partie vraiment importante de leur méthodologie, non seulement parce qu'ils avaient accès à des génomes de meilleure qualité, mais aussi parce qu'ils ont adopté cette approche quantitative et qu'ils ont réellement testé ces hypothèses."

Ces études ne marquent que le début de ce que la tectonique des génomes et  ce que les syntagmes génétiques peuvent nous apprendre. Dans des prépublications récentes partagées sur biorxiv.org, l'équipe de Rokhsar a reconstitué l'évolution des chromosomes de grenouilles, et une équipe européenne s'est penchée sur l'évolution des chromosomes des poissons téléostéens. Une étude parue dans Current Biology a révélé une "inversion massive du génome" à l'origine de la coexistence de formes divergentes chez la caille commune, ce qui laisse entrevoir certaines des conséquences fonctionnelles du réarrangement des chromosomes.

L'hypothèse selon laquelle le mélange de ces groupes de liaisons génétiques pourrait être lié à la diversification des lignées et à l'innovation évolutive au cours des 500 derniers millions d'années est alléchante. Les réarrangements chromosomiques peuvent conduire à des incompatibilités d'accouplement qui pourraient provoquer la scission en deux d'une lignée. Il est également possible qu'un gène atterrissant dans un nouveau voisinage ait conduit à des innovations dans la régulation des gènes. "Peut-être que ce fut l'une des forces motrices de la diversification des animaux", a déclaré Simakov.

"C'est la grande question", a déclaré Lewin. "Il s'agit de véritables bouleversements tectoniques dans le génome, et il est peu probable qu'ils soient sans conséquence".

Auteur: Internet

Info: https://www.quantamagazine.org/secrets-of-early-animal-evolution-revealed-by-chromosome-tectonics-20220202.Viviane Callier 2 février 2022

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