question

Le temps : c'est la complexité qui se développe, souvent organique. Les mots : des univers mathématiques symbolisés. 

Le mélange des deux : points de vues sémantiques humains, issus de perspectivismes limitants. 

Problème : si les mots sont des mondes, la diachronie nous montre qu'ils glissent au fil du temps, changent de sens ("quelqu'un" devient "personne", etc ) et par là même induisent tout un tas de biais dans nos raisonnements.

De plus nos idiomes sont dépendants d'une logique trop simple, boléenne, donc incapables constituer une continuité acceptable en terme scientifique. 

En ce sens il est évidemment difficile et dangereux d'user (de citer) des pensées issues de collègues homo sapiens non contemporains. Sauf si elles abordent les rapports entre humains. 

Ici alors on pourra éventuellement étudier notre évolution propre, et probablement l'égarement que représente l'anthropocentisme primaire qui aura piloté tant de philosophies, et les langages, de l'humanité. 

La tétravalence montrée par le carbone est-elle la voie ?

Auteur: Mg

Info: 28.7.2023

[ chronos défini ] [ linguistique ]

impensable

Ainsi, la discussion autour des idées d’ "être" et de "non-être", qui commence avec la philosophie antique, se poursuit aujourd’hui sous une forme moderne. Dans l’Antiquité, "ce qui n’est pas" ne désigne pas seulement ce qui n’existe pas ; cette caractérisation renvoie toujours à une difficulté de la pensée. N’est pas ce à quoi on ne peut penser, ce qui se soustrait à l’entendement pensant, ce qui ne se laisse pas saisir et déterminer à l’aide de concepts. C’est dans ce sens, je crois, qu’il faut comprendre la question antique de l’être et du non-être. En ce sens, ce qui est variable et en devenir, entre autres donc la matière, apparaissait aux yeux d’une certaine psychologie comme quelque chose qui "n’est pas", une simple privatio des Idées. Face à cela, Aristote a posé, esquivant le conflit, le concept central de "ce qui est potentiellement" et l’a appliqué à l’hylé. L’hylé n’est certes pas "actu", elle est une privatio de la forme […], mais elle est "potentia" et n’es pas qu’une simple privatio. Cela marqua le début de différenciations importantes dans la pensée scientifique. Les autres propos d’Aristote au sujet de la matière (il s’en tint totalement à la conception de la matière comme quelque chose de passif et réceptif) ne sont pratiquement d’aucune utilité pour la physique et de nombreuses confusions chez Aristote me semblent venir du fait qu’il était écrasé par Platon, qui lui était largement supérieur en tant que penseur. Il ne parvint pas à mener à bien son projet de définir le possible et ses tentatives restèrent au stade d’ébauches.

Auteur: Pauli Wolfgang

Info: Lettre à C. G. Jung du 27 février 1953

[ historique ]

culte hilare

Il y a deux manières de contester avec humour les dogmes religieux: les rejeter en s’en moquant ou, sans s’énerver, les mettre en concurrence pour les relativiser. C’est la différence entre la laïcité de Charlie Hebdo qui répugne à tous les signes religieux et la parodique Église pastafariste qui s’inspire des monothéismes pour s’inventer de nouveaux dogmes, si possible très farfelus. Une démonstration par l’absurde qui, in fine, profite à la communauté scientifique. 

Une création en quatre jours. A l’origine de ce mouvement, un étudiant en physique, Bobby Henderson. En 2005, il écrit une lettre ouverte pour manifester contre la décision de l’État du Kansas d’autoriser dans les cours de science l’enseignement du dessein intelligent, une variante du créationnisme, au même titre que la théorie de l’évolution. Si la foi vaut la preuve, se dit-il, alors n’importe quelle entité surnaturelle peut être mise au programme universitaire. Et pourquoi pas le pastafarisme qui célèbre le "Monstre en spaghetti volant", un Dieu qui ressemble à un plat de pâtes avec deux boulettes de viande en guise d’yeux ? 

L’étudiant lui imagine une genèse: une création de l’Univers en quatre jours – pour que les week-ends soient plus longs - avec quelques imperfections imputables à l’alcool. Car la Créature ne crache pas dans son verre. Ses membres vénèrent les pirates, premiers apôtres d’un monde alors pacifique, portent des passoires sur la tête et finissent leur prière par Ramen, du nom des nouilles japonaises. Ils ont leur fête mais point de commandements, seulement des recommandations qui commencent par "Ce serait mieux si…"

L’étudiant, qui ne reçoit aucune réponse de l’Université, publie sa lettre sur son site. Le message devient viral. La même année, il reçoit 80 000 dollars d’un magazine pour rédiger "L’Evangile du Monstre en spaghetti volant", vendu à 100 000 exemplaires. Le mouvement est perçu comme un "outil de subversion carnavalesque" ou comme "une blague bien plus rationnelle que le créationnisme". Mangas et séries d’animation, comme South Park, citent le pastafarisme, devenu une véritable culture populaire grâce à internet. Sur FB, les communautés pastafaristes se multiplient, chacune adaptant les préceptes à sa culture, ses besoins, ses goûts et ses couleurs. On ne compte plus les blogueurs et les sites consacrés à cet humanisme parodique, dont la mission est de veiller avec humour aux dérives du religieux, tout en apportant ses arguties dans divers débats théologiques. La Suisse romande et la Belgique y comptent plusieurs adeptes. 

Dieu + Dieu ne font jamais quatre. Une anti-religion peut-elle être considérée comme une religion? C’est la question à laquelle ont été confrontés plusieurs pays. Si les Etats-Unis, sauf le Texas, lui refusent le statut d’Eglise, les Pays-Bas et surtout la Nouvelle-Zélande lui ont accordé cette reconnaissance officielle, nécessaire à leur  démonstration: tous les monothéismes ont droit de cité mais aucun ne peut être mis sur le même pied que les faits scientifiques. 

Ce week-end a donc été célébré le premier mariage légal, en tenue de pirates, au large d’Akaroa. La cérémonie a été transmise en direct sur le web. Un premier pas symbolique pour les pastafaristes qui se battent pour faire valoir leurs droits, notamment celui de porter une passoire sur leurs documents officiels, comme d’autres la kippa, le voile ou le turban. De plus en plus d’adeptes obtiennent satisfaction. Chez les pastafaristes, c’est sûr, Dieu est Humour. 

Auteur: Martin Marie-Claude

Info: Le Temps, 19 avril 2016

[ fixisme vs évolutionnisme ] [ rite ridiculisant ] [ oecuménisme joyeux ]

xénolinguistique

Q - L'humanité a-t-elle prévu un protocole "premier contact" ? 

R - Je ne sais pas si les États ont prévu quoi que ce soit. Ce que je sais, c'est que je ne connais aucun collègue linguiste à qui on a demandé de préparer quelque chose. Des réflexions ont été engagées au sein du programme SETI - qui vise à détecter la présence de civilisations extraterrestres avancées dans d'autres systèmes solaires -, mais cela concerne la communication à distance. Si la communication s'effectue face à face, les réponses se trouvent dans la linguistique de terrain. 

R - Dans ce cas, il n'y a pas de document décrivant des "étapes magiques". Il existe néanmoins un cadre de travail : quand des linguistes découvrent un peuple dont le langage est totalement inconnu, ils commencent par vivre avec ses membres, observer leur comportement, les écouter, et apprendre leur culture. Aujourd'hui, ils utilisent généralement un enregistreur pour détecter les variations parfois subtiles de la langue et retranscrivent les sons grâce à un alphabet adapté, à l'image de l'Alphabet Phonétique International. Surtout, ils décrivent le cadre dans lequel les phrases sont prononcées : si elles sont accompagnées d'un geste des mains ou des yeux ou l'utilisation d'un outil. 

Q - Quels seraient les principaux obstacles empêchant la communication entre l'humanité et des extraterrestres ? 

R - Les auteurs de science-fiction ont à peu près tout imaginé : des extraterrestres communiquant avec des motifs, des couleurs, des peintures, des tapotements, des vibrations voire même par des odeurs, ou des champs magnétiques, ces deux derniers modes étant particulièrement compliqués. Le jour du premier contact, les scientifiques installeront probablement toutes sortes de détecteurs : de vibrations et d'ondes dans toutes les gammes de fréquences imaginables, olfactifs, de mouvements hyper sensibles, etc.  

Découvrir le type de médium utilisé pour communiquer ne devrait pas être le plus dur. Ensuite, il s'agira de décrypter le contenu. Pas facile quand on part de rien, que l'on n'a pas de dictionnaire, de corpus ou de référence. Échanger un premier mot qui a du sens peut déjà se révéler complexe, mais prononcer une phrase complète, requiert de connaître la culture et les coutumes du nouveau peuple. 

Q - Vous écrivez qu'il est important de maîtriser le langage pour mieux communiquer entre nous et avec d'autres. Une promotion pour la linguistique ? 

R - Oui, car je pense qu'on ne met pas suffisamment en avant les langues et leurs complexités dans le monde actuel. Par exemple, lorsque l'on parle de sciences à la télévision, ce sont toujours les sciences dures : chimie, mathématiques, physique. On évoque trop rarement les sciences humaines comme la linguistique, qui sont pourtant très importantes.  

C'est pareil pour la science-fiction, les romans donnés aux jeunes sont souvent sur les robots, l'exploration spatiale, beaucoup moins sur les langues. Pourtant, il existe des tas de livres de SF qui sont très importants du point de vue linguistique. La sortie de 'l'ovni' Premier Contact au cinéma m'a motivé à écrire ce livre. Je me suis dit : "Ah ! Enfin un film d'extraterrestres dans lequel on parle de langage", ce qui est tout même plus intéressant que les films de guerre type Independance Day, à la fois désespérément vide et remplis de clichés éculés. 

Q - L'apprentissage de la langue d'une civilisation extraterrestre pourrait-il nous transformer ? 

R - Je pense que c'est plutôt par l'apprentissage de leur culture ou de leurs technologies que s'opéreront des changements. On sait aujourd'hui que l'hypothèse Sapir-Whorf [qui soutient que la façon dont on perçoit le monde dépend du langage] est fausse. J'explique pourquoi dans mon livre, mais pour résumer, Sapir et son élève Whorf ont eu cette idée en étudiant les langues amérindiennes. Whorf, qui n'était pas linguiste mais ingénieur, a ensuite poussé le concept de manière peu scientifique. 

Quand nous apprenons une langue, nous apprenons de nouvelles choses sur l'autre. C'est donc un super outil pour comprendre la diversité et j'encourage à le faire, mais cela ne "recâble" pas notre cerveau. Cela ne va pas nous permettre d'avoir des visions du futur comme dans Premier Contact. En ce sens le film dérive dans la fiction, ce qui n'est pas grave puisque c'est le propre de la SF d'être un laboratoire où l'on peut aller au bout de tout, même d'une hypothèse incroyable.

Auteur: Landragin Frédéric

Info: Interviewé par Victor Garcia sur https://www.lexpress.fr/le 18 10 2018

[ astrolinguistique ] [ exo-langages ]

microbiote

Un chef d'orchestre de la subtile symphonie d'Evolution

Le biologiste Richard Lenski pensait que son expérience à long terme sur l'évolution pourrait durer 2 000 générations. Près de trois décennies et plus de 65 000 générations plus tard, il est toujours étonné par " l’incroyable inventivité " de l’évolution.

Au début de sa carrière, le biologiste décoré Richard Lenski pensait qu'il pourrait être contraint d'évoluer. Après l’annulation de sa subvention de recherche postdoctorale, Lenski a commencé à envisager provisoirement d’autres options. Avec un enfant et un deuxième en route, Lenski a assisté à un séminaire sur l'utilisation de types spécifiques de données dans un contexte actuariel* – le même type de données avec lequel il avait travaillé lorsqu'il était étudiant diplômé. Lenski a récupéré la carte de visite du conférencier, pensant qu'il pourrait peut-être mettre à profit son expérience dans une nouvelle carrière.

"Mais ensuite, comme c'est parfois le cas - et j'ai eu beaucoup de chance - le vent a tourné", a déclaré Lenski à Quanta Magazine dans son bureau de la Michigan State University. " Nous avons obtenu le renouvellement de la subvention et peu de temps après, j'ai commencé à recevoir des offres pour être professeur. 

Lenski, professeur d'écologie microbienne à l'État du Michigan, est surtout connu pour ses travaux sur ce que l'on appelle l' expérience d'évolution à long terme . Le projet, lancé en 1988, examine l'évolution en action. Lui et les membres de son laboratoire ont cultivé 12 populations d' E. coli en continu depuis plus de 65 000 générations, suivant le développement et les mutations des 12 souches distinctes.

Les résultats ont attiré l’attention et les éloges – y compris une bourse " genius " MacArthur, que Lenski a reçue en 1996 – à la fois pour l’énormité de l’entreprise et pour les découvertes intrigantes que l’étude a produites. Plus particulièrement, en 2003, Lenski et ses collaborateurs ont réalisé qu'une souche d' E. coli avait développé la capacité d'utiliser le citrate comme source d'énergie, ce qu'aucune population précédente d' E. coli n'était capable de faire.

Lenski s'intéresse également aux organismes numériques, c'est-à-dire aux programmes informatiques conçus pour imiter le processus d'évolution. Il a joué un rôle déterminant dans l’ouverture du Beacon Center dans l’État du Michigan, qui donne aux informaticiens et aux biologistes évolutionnistes l’opportunité de forger des collaborations uniques.

Quanta Magazine a rencontré Lenski dans son bureau pour parler de ses propres intérêts évolutifs dans le domaine de la biologie évolutive – et du moment où il a presque mis fin à l'expérience à long terme. 

QUANTA MAGAZINE : Quels types de questions ont été les moteurs de votre carrière ?

RICHARD LENSKI : Une question qui m'a toujours intrigué concerne la reproductibilité ou la répétabilité de l'évolution . Stephen Jay Gould, paléontologue et historien des sciences, a posé cette question : si nous pouvions rembobiner la bande de la vie sur Terre, à quel point serait-elle similaire ou différente si nous regardions l'ensemble du processus se reproduire ? L’expérimentation à long terme que nous menons nous a permis de rassembler de nombreuses données sur cette question.

Alors, l’évolution est-elle reproductible ?

Oui et non! Je dis parfois aux gens que c'est une question fascinante et motivante, mais à un certain niveau, c'est une question terrible, et on ne dirait jamais à un étudiant diplômé de s'y poser. C’est parce qu’elle est très ouverte et qu’il n’y a pas de réponse très claire.

Grâce à cette expérience à long terme, nous avons vu de très beaux exemples de choses remarquablement reproductibles, et d'autre part des choses folles où une population s'en va et fait des choses qui sont complètement différentes des 11 autres populations de la planète dans l' expérience.

Comment vous est venue l’idée de cette expérience à long terme ?

Je travaillais déjà depuis plusieurs années sur l'évolution expérimentale des bactéries, ainsi que des virus qui infectent les bactéries. C'était fascinant, mais tout est devenu si compliqué si vite que j'ai dit : " Réduisons l'évolution à sa plus simple expression. " En particulier, j'ai voulu approfondir cette question de reproductibilité ou répétabilité de l'évolution. Et pour pouvoir l'examiner, je voulais un système très simple. Lorsque j'ai commencé l'expérience à long terme, mon objectif initial était de l'appeler expérience à long terme lorsque j'arriverais à 2 000 générations.

Combien de temps cela vous a-t-il pris ?

La durée réelle de l'expérience a duré environ 10 ou 11 mois, mais au moment où nous avons collecté les données, les avons rédigées et publié l'article, il nous a fallu environ deux ans et demi. À ce moment-là, l’expérience avait déjà dépassé 5 000 générations et j’ai réalisé qu'il fallait la poursuivre.

Pensiez-vous que l’expérience se poursuivrait aussi longtemps ?

Non, non... il y a eu une période de cinq ans, peut-être de la fin des années 90 au début des années 2000, pendant laquelle j'ai réfléchi à la possibilité d'arrêter l'expérience. C'était pour plusieurs raisons différentes. La première était que je devenais accro à cette autre façon d’étudier l’évolution, qui impliquait d’observer l’évolution dans des programmes informatiques auto-réplicatifs, ce qui était absolument fascinant. Soudain, j'ai découvert cette manière encore plus brillante d'étudier l'évolution, où elle pouvait s'étendre sur encore plus de générations et faire encore plus d'expériences, apparemment plus soignées.

Comment votre vision de l’étude de l’évolution via ces organismes numériques a-t-elle évolué au fil du temps ?

J’ai eu ce genre d’" amour de chiot " lorsque j’en ai entendu parler pour la première fois. Au début, c'était tellement extraordinairement intéressant et excitant de pouvoir regarder des programmes auto-répliquants, de pouvoir changer leur environnement et d'observer l'évolution se produire.

L’un des aspects les plus passionnants de l’évolution numérique est qu’elle montre que nous considérons l’évolution comme une affaire de sang, d’intestins, d’ADN, d’ARN et de protéines. Mais l’idée d’évolution se résume en réalité à des idées très fondamentales d’hérédité, de réplication et de compétition. Le philosophe des sciences Daniel Dennett a souligné que nous considérons l’évolution comme cette instanciation, cette forme de vie biologique, mais que ses principes sont bien plus généraux que cela.

Je dirais que mes dernières orientations de recherche ont consisté principalement à discuter avec des collègues très intelligents et à siéger à des comités d'étudiants diplômés qui utilisent ces systèmes. Je suis moins impliqué dans la conception d'expériences ou dans la formulation d'hypothèses spécifiques, car ce domaine évolue extrêmement rapidement. Je pense que j'ai eu beaucoup de chance de pouvoir cueillir certains des fruits les plus faciles à trouver, mais maintenant j'ai l'impression d'être là en tant que biologiste, critiquant peut-être des hypothèses, suggérant des contrôles qui pourraient être effectués dans certaines expériences.

Votre intérêt pour les organismes numériques est donc l’une des raisons pour lesquelles vous avez envisagé de mettre fin à l’expérience à long terme. Quel était l'autre ?

À ce stade, l’autre chose qui était un peu frustrante dans les lignes à long terme était que la vitesse à laquelle les bactéries évoluaient ralentissait. À la façon dont j’y pensais, c’était presque comme si l’évolution s’était arrêtée. Je pensais que c'était tout simplement un environnement trop simple et qu'ils n'avaient pas grand-chose à faire de plus.

Donc ces deux choses différentes m’ont fait réfléchir à arrêter l’expérience. Et j'ai parlé à quelques collègues et ils m'ont dit en gros : tu ne devrais pas faire ça. D’ailleurs, j’en ai parlé avec ma femme, Madeleine, lorsque je commençais à m’intéresser beaucoup à ces organismes numériques – nous étions d’ailleurs en congé sabbatique en France à cette époque – et je lui ai dit : " Peut-être que je devrais appeler chez moi et fermer le labo. " Et elle a dit : " Je ne pense pas que tu devrais faire ça. "

Pourquoi votre femme et vos collègues ont-ils eu cette réaction ?

L’expérience s’était déjà avérée très rentable au sens scientifique, fournissant des données très riches sur la dynamique du changement évolutif. C’était plus ou moins unique dans les échelles de temps étudiées. Je pense donc que c’était de très bons conseils qu’ils m’ont donné. Je ne sais pas si j’aurais déjà pu débrancher moi-même. J'étais certainement un peu frustré et j'y pensais – mais de toute façon, les gens ont dit non !

Avez-vous dépassé le palier où vous disiez avoir l’impression que les organismes n’évoluaient pas tellement ?

C’est en fait l’une des découvertes vraiment intéressantes de l’expérience. Lorsque j’ai commencé l’expérience à long terme, je pensais que les bactéries atteindraient rapidement une sorte de limite à leur croissance. Il y a seulement quelques années, nous avons commencé à réaliser que les bactéries seraient toujours capables de dépasser tout ce que nous avions déduit dans le passé quant à leur limite stricte. J’ai réalisé que nous n’y réfléchissions tout simplement pas de la bonne manière. Même dans l’environnement le plus simple, il est toujours possible pour les organismes de réaliser n’importe quelle étape de leur métabolisme, ou n’importe quelle étape de leur biochimie, un peu mieux. Et la sélection naturelle, même si elle ne réussit pas à chaque étape, favorisera toujours, à long terme, ces améliorations subtiles.

Une lignée de bactéries a développé la capacité d’utiliser le citrate comme source de nourriture. Est-ce que cela s'est produit avant ou après que vous envisagiez d'arrêter l'expérience ?

C’est l’une des choses qui m’a fait réaliser que nous n’arrêterions pas l’expérience. En 2003, une lignée a développé la capacité d’utiliser le citrate. Cela a changé la donne : se rendre compte que même dans cet environnement extrêmement simple, les bactéries devaient évoluer et comprendre certaines choses importantes.

J’aime dire que les bactéries dînaient tous les soirs sans se rendre compte qu’il y avait ce bon dessert citronné juste au coin de la rue. Et jusqu’à présent, même après 65 000 générations, seule une population sur 12 a compris comment consommer ce citrate.

Vous avez également mentionné que certaines populations au sein de votre expérience ont développé des mutations à un rythme plus élevé. A quoi cela ressemble-t-il?

Après plus de 60 000 générations, six des 12 populations ont évolué pour devenir hypermutables. Elles ont développé des changements dans la réparation de leur ADN et dans les processus métaboliques de l'ADN, ce qui les amène à avoir de nouvelles mutations quelque part de l'ordre de 100 fois la vitesse à laquelle l'ancêtre [au début de l'expérience] le faisait.

C'est un processus très intéressant, car il est à la fois bon et mauvais du point de vue des bactéries. C'est mauvais car la plupart des mutations sont nocives ou, au mieux, neutres. Seule une rare pépite dans cette mine est une mutation bénéfique. Les bactéries qui ont le taux de mutation le plus élevé sont un peu plus susceptibles de découvrir l’une de ces pépites. Mais d’un autre côté, ils sont également plus susceptibles de produire des enfants et petits-enfants porteurs de mutations délétères.

La lignée capable de consommer du citrate faisait-elle partie du groupe qui avait évolué pour devenir hypermutable ?

C'est une excellente question. La lignée qui a développé la capacité d’utiliser le citrate n’avait pas un taux de mutation élevé. Il est intéressant de noter qu’il est devenu l’un de ceux présentant un taux de mutation plus élevé, mais seulement après avoir développé la capacité d’utiliser le citrate. Cela est cohérent avec l’avantage du taux de mutation plus élevé – la capacité supplémentaire d’exploration. Les bactéries étaient en fait assez mauvaises pour utiliser le citrate au départ, donc il y avait beaucoup d'opportunités après qu'elles aient développé la capacité d'utiliser le citrate pour affiner cette capacité.

Comment l’expérience à long terme vous aide-t-elle à comprendre l’évolution de la vie à plus grande échelle ?

Pour moi, l’une des leçons de cette expérience à long terme a été de constater à quel point la vie peut être riche et intéressante, même dans l’environnement le plus ennuyeux et le plus simple. Le fait que l’évolution puisse générer cette diversité et découvrir des portes légèrement entrouvertes qu’elle peut franchir témoigne de l’incroyable inventivité de l’évolution. Et s’il peut être si inventif et créatif à cette minuscule échelle spatiale et temporelle, et dans un environnement aussi ennuyeux, cela me suscite encore plus de respect, quand je pense à quel point il est remarquable dans la nature.

Qu’est-ce qui vous a le plus surpris dans ce projet ?

Que ça continue après toutes ces années. L’un de mes objectifs dans la vie est de faire en sorte que l’expérience continue. J'aimerais lever une dotation pour poursuivre l'expérience à perpétuité.

Qu’espérez-vous pour l’expérience à long terme dans le futur ?

J’espère que ce projet apportera bien d’autres surprises. Par exemple, deux lignées coexistent depuis 60 000 générations dans l’une des populations, où l’une se nourrit du produit que l’autre génère. Je pense qu'il est fascinant de se demander si, à un moment donné, cela pourrait se transformer en quelque chose qui ressemble davantage à une interaction prédateur-proie. Ce n’est certainement pas hors du domaine des possibles. Si cela arriverait un jour, je ne sais pas.

Cela a également été une immense joie de travailler avec des étudiants, des postdoctorants et des collaborateurs, et de les voir grandir et se développer. C'est vraiment la plus grande joie pour moi d'être un scientifique. J'aime dire aux gens que je suis bigame. J'ai deux familles : ma famille de laboratoire et ma famille biologique, et elles sont toutes les deux incroyablement merveilleuses.

Auteur: Internet

Info: Logan Zillmer pour Quanta Magazine - * Relatif aux méthodes mathématiques des actuaires

[ microbiome ] [ bio-informatique ] [ plasticité ] [ dépassement ] [ tâtonnement ] [ élargissement ] [ gaspillage ] [ adaptation ]