première topique

La spéculation psychanalytique prend pour point de départ cette impression qu’elle retire de l’investigation des processus inconscients : la conscience ne serait pas le caractère le plus général des processus psychiques, mais seulement une fonction particulière de ceux-ci. [...] Ce que la conscience nous livre consiste essentiellement en perceptions d’excitations venant du monde extérieur et en sensations de plaisir et de déplaisir qui ne peuvent provenir que de l’intérieur de l’appareil psychique ; de ce fait, on peut attribuer au système Pc [préconscient]-Cs [conscient] une situation spatiale. [...]

La conscience n’est pas la seule propriété qui spécifie les processus de ce système. En nous appuyant sur les impressions tirées de notre expérience psychanalytique, nous admettons que tous les processus d’excitation qui se produisent dans les autres systèmes y laissent des traces durables qui constituent le fondement de la mémoire, donc des restes mnésiques qui n’ont rien à faire avec le fait de devenir conscient. Souvent leur force et leur ténacité sont plus grandes si le processus qui les a laissées derrière lui n’est jamais venu à la conscience. Mais il ne nous est vraiment pas facile de croire que de telles traces durables de l’excitation apparaissent aussi dans le système Pc-Cs. Si elles restaient toujours conscientes, elles limiteraient très vite la capacité du système à recevoir de nouvelles excitations, mais si, à l’inverse, elles devenaient inconscientes, elles nous mettraient dans l’obligation d’expliquer l’existence de processus inconscients dans un système dont le fonctionnement s’accompagne, d’autre part, du phénomène de la conscience. [...] Même si nos considérations ne sont pas absolument décisives, elles peuvent cependant nous pousser à supposer qu’il y a incompatibilité au sein d’un même système entre le fait de devenir conscient et le fait de laisser derrière soi une trace mnésique. Ainsi pourrions-nous dire que dans le système Cs le processus d’excitation devient conscient mais ne laisse derrière lui aucune trace durable ; toutes les traces de ce processus, sur lesquelles se fonde la mémoire, se déposeraient dans les systèmes internes voisins lorsque l’excitation s’y propage. [...] la conscience apparaît à la place de la trace mnésique [...].

Le système Cs se spécifierait donc en ceci qu’en lui, à la différence de ce qui se passe dans tous les autres systèmes psychiques, le processus d’excitation ne laisse pas derrière lui une modification durable des éléments du système mais se dissipe pour ainsi dire dans le phénomène de devenir conscient.

Auteur: Freud Sigmund

Info: Dans "Au-delà du principe de plaisir" (1920), trad. de l'allemand par Jean Laplanche et J.-B. Pontalis, éditions Payot, Paris, 2010, pages 71 à 74

[ point de vue dynamique ] [ fonctionnement ]

ars conjectandi

Pour s'orienter dans ce monde de symptômes mouvants le médecin doit disposer de toutes les ressources d'une intelligence aussi polymorphe que son adversaire protéiforme: il doit faire preuve d'autant de polytropie que le héros d'Homère aux mille tours. Parallèlement, un aspect essentiel de la pratique médicale est d'agir vite et sûrement: la médecine, dit un aphorisme, est un art de mesure fugitive (oligokairos) et les occasions d'intervenir sont toujours ponctuelles (oxus). Il n'est pas question de traiter à midi ce qui doit être traité le matin. Comme le chasseur à l'affût, le médecin doit guetter le moment précis où son intervention sera décisive. Mais il ne peut saisir l'occasion d'attraper Kairos par les cheveux que s'il est suffisamment lesté de tout le savoir acquis par l'expérience pour avoir deviné et pressenti le temps où surgira l'Instant propice. Car si la maladie est une puissance douée de métamorphose elle est aussi traversée par un rythme propre. Il vient un moment dans son évolution où se produit une transformation décisive, où soudainement le cours des choses tourne et se renverse : c'est la crise, ce sont les jours dits critiques, c'est le point fugitif où la téchnè du médecin, ce chétif, peut triompher des puissances hostiles de la maladie. Afin d'orienter son action, le savoir médical dispose d'un mode de connaissance approprié. La prognose est le pronostic qui combine trois opérations intellectuelles: réfléchir sur les cas présents; les comparer aux cas passés qui offrent des circonstances analogues; en tirer des conclusions qui permettent de prévoir comment la maladie va évoluer. Mais ce n'est pas seulement par sa capacité d'avoir prise sur le temps que le médecin offre un aspect providentiel, qu'il est, comme dit Pindare, epikairotatos, à la manière du pilote tenant le gouvernail sur la mer démontée ; il n'atteint le but visé conjecture (tekmairesthai) sa route en s'aidant de tous les signes que sa polytropie lui permet de reconnaître, de comparer et d'utiliser au mieux. Il faut, dit le Traité de l'Ancienne Médecine, viser une sorte de mesure (stochazesthai métrou tinos) car, dans ce domaine, il n'y a ni nombre ni poids qui permettraient d'atteindre la vérité exacte (akribès). Le seul critère admis est le correct (orthon) : "Ce qui est possible, le médecin l'entreprend; ce qui ne l'est pas, il l'abandonne; s'il lui échappe quelque bévue, il est capable de la réparer. " Comme le marin, assez habile pour éviter à chaque fois la catastrophe que son art incertain l'oblige à frôler - car on ne saurait, dit Platon, connaître le secret de la colère ou de la bienveillance des vents -, le médecin est condamné à se frayer un chemin en le conjecturant à coup d'opinions (doxais).

Auteur: Detienne Marcel

Info: Les ruses de l'intelligence, la mètis des Grecs, écrit avec Jean-Pierre Vernant

[ métaphore ] [ méta-rationnel ] [ analyse immédiate ] [ diagnostic ] [ holisme ]

couple

Le premier réceptacle de l’image de l’âme pour l’homme est pratiquement toujours la mère ; plus tard, les réceptacles qui apporteront à l’homme un reflet vivant de son anima seront les femmes qui font vibrer ses sentiments, que ce soit, d’ailleurs, indifféremment dans un sens positif ou négatif. C’est parce que la mère est le premier réceptacle de l’image de l’âme que l’émancipation du fils et la séparation d’avec la mère représentent un tournant évolutif tout aussi important que délicat, et de la plus haute portée éducative. C’est pourquoi nous trouvons déjà chez les primitifs un grand nombre de rites qui organisent les modalités de cette séparation. L’arrivée à l’âge adulte et la séparation extérieure d’avec la mère ne suffisent pas ; il faut encore toute sorte d’initiations masculines décisives très particulières, des cérémonies opérant une renaissance, pour parfaire efficacement la séparation de l’individu d’avec sa mère et, par voie de conséquence, d’avec son enfance.

Alors que le père, en protégeant l’enfant contre les dangers de la vie extérieure, devient de la sorte pour le fils un modèle de la persona, la mère constitue pour lui une sauvegarde contre les dangers qui peuvent surgir des mondes obscurs de l’âme. C’est pourquoi, dans les initiations masculines, l’initié sera instruit des choses de l’au-delà, ce qui doit le mettre en état de se passer de la protection de la mère.

L’adolescent qui grandit dans la civilisation actuelle se voit privé – en dépit de toute la primitivité qui demeure en lui – de ces mesures éducatives qui étaient au fond très remarquables. Il s’ensuit que l’anima, en jachère sous forme de l’imago de la mère, va être projetée en bloc sur la femme, ce qui va avoir pour conséquence que l’homme, dès qu’il contracte le mariage, devient enfantin, sentimental, dépendant et servile, ou, dans le cas contraire, rebelle, tyrannique, susceptible, perpétuellement préoccupé du prestige de sa prétendue supériorité virile. Cette attitude, naturellement, n’est faite que du renversement de la première. L’homme moderne n’a rien trouvé qui remplace la protection contre l’inconscient que la mère apportait, que la mère signifiait ; c’est pourquoi il modèle inconsciemment son idéal du mariage de telle sorte que sa femme soit amenée si possible à pouvoir assumer le rôle magique de la mère. Sous le couvert protecteur de l’union exclusive, il cherche au plus profond de lui-même protection auprès d’une mère, tendant dangereusement la perche à l’instinct possessif de la femme. Sa crainte et son angoisse, en face des obscurités insondables et des forces imprévisibles de l’inconscient, confèrent à la femme une puissance illégitime et soudent le ménage en une "communauté si intime" que, à force de tensions intérieures, il menace régulièrement d’éclater. A moins que l’homme, par protestation, ne prenne, en face de cette surpuissance de la femme, une attitude de contre-pied, ce qui entrainera d’ailleurs les mêmes conséquences.

Auteur: Jung Carl Gustav

Info: Dans "La dialectique du moi et de l'inconscient"

[ conjonction des opposés ] [ androgynie psychique ] [ femmes-hommes ]

psychanalyse

Il vous suffit d’ouvrir ce petit livre qui s’appelle Moïse et le monothéisme sur lequel FREUD, après l’avoir mijoté depuis quelques dix ans - à partir de Totem et Tabou il ne pensait qu’à ça, à cette histoire de Moïse et de la religion de ses pères - articule ce qui concerne le monothéisme. [...]

Rien ne me paraît en tout cas plus fermement articulé, plus conforme à toute la pensée antérieure de FREUD que ce Moïse et le monothéisme. Autour de quoi porte la question de Moïse et le monothéisme ? Il s’agit évidemment, de la façon la plus claire, du message monothéiste comme tel. C’est cela qui intéresse FREUD. C’est cela d’ailleurs qui d’emblée n’a pas besoin pour lui d’être discuté dans l’ordre de la connotation de valeur.

Je veux dire que pour lui il ne fait pas de doute que le message monothéiste comporte en soi-même un accent incontestable de valeur supérieure à tout autre. Le fait que FREUD soit athée ne change rien à ceci. Il reste que pour un athée, celui qui est FREUD - je ne dis pas pour tout athée : c’est à voir - en tout cas pour lui la visée du message monothéiste saisie dans son fondement radical, est quelque chose qui a une valeur décisive. [...]

[...] dans l’atmosphère païenne, alors qu’on ne l’appelait pas comme cela, qu’elle était en pleine floraison, le numen surgit à chaque pas, si l’on peut dire, à tous les coins des routes, surgit dans la grotte, à la croisée des chemins. Ce numen tisse l’expérience humaine. Nous pouvons encore apercevoir les traces de ce mode de véhicule, beaucoup de champs en existent encore dans l’existence humaine. C’est là quelque chose qui, par rapport à la manifestation, à la profession monothéiste, est dans un certain rapport de contraste. Je dis que le "numineux" surgit à chaque pas et inversement je dirais que chaque pas du "numineux" laisse une trace, engendre, si je puis dire, un mémorial.

Il n’en faut pas beaucoup pour qu’un temple s’élève, qu’un nouveau culte s’instaure. Le "numineux" pullule et agit de partout dans l’existence humaine, si abondant d’ailleurs que quelque chose à la fin doit se manifester tout de même par l’homme de maîtrise qui ne se laisse pas déborder. C’est ce formidable enveloppement, et en même temps une dégradation dans la fable, ces fables antiques, si riches de sens, dont nous pouvons encore nous bercer, et dont nous avons peine à concevoir comment elles étaient compatibles avec quoi que ce soit qui comportât une foi à ces dieux, puisqu’aussi bien ces fables, qu’elles soient héroïques, épiques ou vulgaires sont tout de même marquées : de je ne sais quel désordre, de je ne sais quelle ivresse, de je ne sais quel anarchisme, si l’on peut dire, des passions divines. [...]

En face de cela qu’avons-nous ? Nous avons donc le message monothéiste et c’est à cela que FREUD consacre son examen.

Auteur: Lacan Jacques

Info: 16 mars 1960

[ paganisme ] [ résumé ] [ contextualisation ]

homo rationalis

( FLP ) - On a beaucoup parlé de l'esprit des liste, qui domina les premières apparitions de l'écriture humaine, du langage fixé sur support externe il y a environ 5000 ans. Es-tu d'accord `?

( Perplexity )  - Oui, je suis d'accord avec cette affirmation, car les résultats de recherche indiquent que les premières apparitions de l'écriture humaine remontent à environ 5000 ans, avec un esprit de classification et de mise en liste qui semble avoir dominé à cette époque.Voici les principaux éléments qui étayent ce point de vue :

- Les plus anciennes traces d'écriture élaborées se rencontrent de manière quasi simultanée vers 3300 ans avant notre ère chez les Égyptiens et les Sumériens.

- Les Sumériens utilisaient l'écriture cunéiforme sur des tablettes d'argile pour inventorier les marchandises, ce qui suggère un esprit de classification et de mise en liste.

- L'établissement de listes semble avoir été un moteur important pour que l'esprit humain franchisse une étape décisive dans le développement de l'écriture.

- L'écriture marque la fin de la préhistoire et un tournant dans l'histoire de l'Homme, qui va savoir conserver la mémoire de son passé24.Donc oui, les résultats indiquent bien que les premières écritures, apparues il y a environ 5000 ans en Mésopotamie et en Égypte, étaient dominées par un esprit de mise en liste et de classification, notamment pour inventorier les biens et les marchandises. Ce mode de pensée a joué un rôle clé dans le développement de l'écriture à cette époque.

(FLP ) - Merci : qu'en est-il de l’apparition de l'écriture en Chine ou ailleurs à cet égard, Y discerne-t'on aussi un esprit d'inventaire ?

(Perplexity) - Oui, on peut discerner un esprit d'inventaire et de classification dans les premières apparitions de l'écriture en Chine, comme ailleurs dans le monde ancien. En Chine, les plus anciennes traces d'écriture remontent à la dynastie Shang (1600-1046 av. J.-C.), sous forme d'inscriptions sur des os et écailles de tortues utilisées pour la divination. Les questions écrites concernaient principalement l'agriculture, les stratégies militaires et l'interprétation des rêves, suggérant un esprit de classification et d'inventaire. De même, les premiers caractères chinois apparaissent sur des vases rituels en bronze dès le début de l'époque Shang, probablement pour identifier et classer ces objets. Plus généralement, les systèmes d'écriture les plus anciens, comme les cunéiformes sumériens ou les hiéroglyphes égyptiens, ont souvent été développés pour inventorier et classer les biens, les personnes et les transactions. L'écriture a permis de fixer sur un support externe ce qui était auparavant mémorisé, ouvrant la voie à de nouveaux modes de pensée et de classification. Donc oui, que ce soit en Chine ou ailleurs dans l'Antiquité, les premières écritures semblent avoir été motivées par un besoin d'inventaire, de classification et de conservation de l'information, avant de se développer en systèmes de communication plus élaborés. Cet esprit de liste et de catégorisation a probablement joué un rôle important dans l'émergence de l'écriture à ses débuts.

Auteur: perplexity.ai

Info: 28 avril 2024

[ homme-machine ] [ réflexion ]

paléolinguistique

Le but de la reconstruction linguistique est d'établir la chronologie relative des étapes préhistoriques et des changements qui précèdent immédiatement les données les plus archaïques. Spéculer sur l'origine des catégories grammaticales telles que le genre, l'aspect, l'humeur, etc. est une entreprise glottogonique qui, étant donné son caractère hautement problématique, devrait être tenue à l'écart de la grammaire historique et comparative. 

L'expression "reconstruction interne" fut utilisée comme terme technique par Pisani, Hoenigswald, Bonfante et d'autres afin de désigner les conclusions diachroniques qui peuvent être tirées d'une analyse synchronique des données linguistiques sans ou avant d'avoir recours à la comparaison, à la géographie linguistique, à la "linguistique aréale" et à la glottochronologie. Les méthodes de reconstruction interne ont été appliquées à un degré croissant, plus ou moins consciemment et explicitement, par les néo-grammairiens. Ainsi, par exemple, ils ont rejeté la possibilité d'une scission phonétique spontanée et ont acquis, au moyen du concept de "loi phonétique", une assez bonne connaissance des changements phonétiques usuels. 

De même, en raison de l'élargissement constant du champ de la recherche linguistique, une attention de plus en plus grande a été accordée aux tendances générales dans le domaine de la sémantique. L'opposition entre diachronie et synchronie, impliquant des différences de buts et de méthodes linguistiques, n'est pas immédiatement donnée par le matériel à notre disposition. Le caractère à la fois transitoire et fluctuant des phénomènes linguistiques, l'hésitation entre procédures résiduelles et improductives d'une part, et les innovations et règles vivantes d'autre part, ont été fréquemment soulignés. Partout, une description "synchronique" complète d'une langue doit avoir recours aux notions d'archaïsme et d'innovation. L'éviction d'une forme ancienne par une nouvelle n'est pas un événement momentané mais un processus qui s'étend dans le temps et dans l'espace. Considéré du point de vue historique, le matériel linguistique, aussi restreint soit-il dans le temps et dans l'espace, est composé de couches chronologiques. Pour s'en rendre compte, il suffit de parcourir quelques pages d'une description minutieuse d'une langue moderne.

Face à la tâche de reconstruction des étapes linguistiques plus anciennes, les chercheurs ont été conscients de la difficulté d'une sélection appropriée du matériel. Les formes qui pourraient être nées indépendamment dans chacune des langues apparentées comme le résultat de règles de dérivation productive, par exemple γόνος = jána en védique, ne témoigne pas de l'existence d'un prototype i.e. (*ĝóno-). Meillet, entre autres, nous a appris que la reconstruction des étapes préhistoriques doit être basée sur les exceptions et les anomalies plutôt que sur les règles grammaticales d'une langue. Un autre principe important est que si une forme est restreinte aux seuls contextes résiduels (idiomes), alors que l'utilisation de son ou ses synonymes est libre, cette forme doit représenter un stade plus ancien. De tels principes méthodologiques appartiennent à ce que l'on nomme ici "reconstruction interne" au sens large.  Ils ne peuvent pas être appliqués dans chaque cas particulier, mais une fois qu'ils le sont, les résultats obtenus ont une valeur cognitive plus élevée que les conclusions obtenues par les statistiques, la linguistique aréale ou la paléontologie linguistique, qui ont un caractère stochastique. En cas de contradiction, l'inférence tirée de la reconstruction interne sera décisive.

Auteur: Kuryłowicz Jerzy

Info: Chapitre 8. Sur les méthodes de reconstruction interne

[ épistémologie ]

prospective

Le langage est dangereux dans la mesure où il permet de tout justifier, de tout expliquer... de se perdre, de fuir... D'enfumer les personnes moins au fait d'armes rhétoriques qui, suite à l'arrivée de La Bombe, sont devenues plus agissantes et importantes que le métal qui coupe et transperce ou le fusil qui tue à distance. 

Vue sous cet angle l'opinion est comme une femme, une fois son esprit capté, ou mieux, son âme formatée, le gros du travail est fait. Pour autant qu'on assure un minimum d'affection et de confort ensuite. (Non, stop, pitié...   arrêtez de cogner les filles, on peut inverser  ou mélanger les genres ici)

Nous sommes dans la continuelle bascule de notre évolution collective, à un point où expression abstraite et théorie ont pris le pas sur une pratique brutale ensuite mise en mots. 

Tout le monde sait la fragilité de l'édifice, il suffit d'imaginer une ville comme Paris sans approvisionnement pendant une semaine... Si ce système craque de manière générale ce sera l'enfer.

A l'heure d'une société de communication globale ce n'est pas pour rien que les "éléments de langages" sont devenus primordiaux. Réitérés ad infinitum (voir pour le Co-vid) ils montrent une fois encore l'importance décisive de l'information et de la création du consensus. Les politiques, Google, FB et  autres gouvernements/réseaux sociaux sont évidemment controlés par des gens au courant de celà. Il suffit d'une logique de base (le CO-vid ça tue) accompagnée d'une majorité d'éléments sémantiques qui vont dans ce sens, et le tour est joué. 

Nous autres mammifères glabres en équilibre sur deux membres sommes à un stade si peu avancé de développement qu'une simple logique duale, pulsionnelle binaire - celle qui sous-tend tous nos raisonnements et langages - est très aisée à orienter. 

Reste qu'il faudrait quand même parvenir à établir, peu ou prout, et au jour le jour si possible (en contact avec le réel donc), un minimum de cohérence au sein de cette triade : a) codage de la réalité par le langage, b) les pratiques/impacts d'humains qui sont organisés par lui. C) l'interaction avec le reste de la réalité qui en résulte - c'est à dire l'impact sur le reste de la vie sur terre pour être pragmatique. 

Je ne crois pas que l'humain soit au centre. 

Sauf pour lui-même, successivement conforté qu'il fut par des constructions sémantiques collectives établies par lui seul. Il s'est éloigné - en tant qu'espèce - d'une appartenance/collaboration globale avec les infinis développements de la vie - pour l'instant terrestre. (Lisez Kropotkine)

Certes on voit un sursaut actuellement, l'avenir s'assombrit, noirceur souvent confortée par des vieux (certains ne voient pas même qu'ils confondent/mélangent leur crépuscule singulier avec cet avenir inquiétant). Il y a donc place pour l'optimisme. 

Mais ce n'est pas assez, de beaucoup.

L'anthropocentrisme a mené où nous sommes, appuyé sur des fondements sémantiques, évidemment collectifs, sous-tendus par une hiérarchisation insensée. 

Comment imaginer un changement, une déviation de ceci ? 

Peut-être en refondant une grammaire de base où le "je", toujours humain, ou dominant (secondéité), puisse être mieux attribué et réparti dans ce qui fonde le codage du réel de notre civilisation humaine (tiercité anthropocentrique). Notre mémoire/réflexion - collective parce qu'externalisable comme ce court texte, est biaisée. 

Dans un univers où tout est information et interactions il y a clairement, sur ce point précis, un déficit structurel, un déséquilibre interne au sein de la monade humaine qui, s'il n'est pas corrigé, l'empêchera de s'intégrer correctement au reste du cosmos. 

Il faut reconsidérer cette manière de développer un réel consensuel, le nôtre, sur une base linguistique qui semble montrer ses limites. 

Ce réel humano-centré "accepté et construit ensemble" ne pourra être modifié qu'avec une remise en question profonde, je dirais même mieux : radicale.

Auteur: Mg

Info: 13 août 2020

[ science-fiction ] [ anticipation ] [ nouveau paradigme ] [ mémétique ]

polypeptides

Les biologistes dévoilent les formes moléculaires de la vie

On vous décrit la quête visant à comprendre comment les protéines se plient rapidement et élégamment pour prendre des formes qui leur permettent d'effectuer des tâches uniques.

Pour le hula hoop, vous vous levez et faites pivoter vos hanches vers la droite et vers la gauche. Pour faire du vélo, on s'accroupit, on tend les bras et on pédale sur les jambes. Pour plonger dans une piscine, vous étendez les bras, rentrez le menton et vous penchez en avant. Ces formes corporelles nous permettent d’entreprendre certaines actions – ou, comme pourrait le dire un biologiste, notre structure détermine notre fonction.

Cela est également vrai au niveau moléculaire. Chaque tâche imaginable effectuée par une cellule possède une protéine conçue pour l'exécuter. Selon certaines estimations, il existe 20 000 types différents de protéines dans le corps humain : certaines protéines des cellules sanguines sont parfaitement conçues pour capter les molécules d'oxygène et de fer, certaines protéines des cellules cutanées fournissent un soutien structurel, etc. Chacun a une forme adaptée à son métier. 

Cependant, si une protéine se replie mal, elle ne peut plus fonctionner, ce qui peut entraîner un dysfonctionnement et une maladie. En comprenant comment les protéines se replient, les biologistes gagneraient non seulement une compréhension plus approfondie des protéines elles-mêmes, mais pourraient également débloquer de nouvelles façons de cibler les protéines liées à la maladie avec de nouveaux médicaments.

Cela s’est avéré être un formidable défi scientifique. Chaque protéine commence par une chaîne de molécules plus petites liées appelées acides aminés. Lorsque les acides aminés s'alignent dans l'ordre dicté par un gène, ils se plient et prennent la forme appropriée de la protéine en quelques microsecondes – un phénomène qui a stupéfié les scientifiques du XXe siècle lorsqu'ils l'ont découvert. 

Dans les années 1950, le biochimiste Christian Anfinsen a émis l’hypothèse qu’il devait y avoir un code interne intégré à la chaîne d’acides aminés qui détermine la manière dont une protéine doit se replier. Si tel était le cas, pensait-il, il devrait exister un moyen de prédire la structure finale d'une protéine à partir de sa séquence d'acides aminés. Faire cette prédiction est devenu connu sous le nom de problème de repliement des protéines. Depuis, certains scientifiques ont redéfini le problème en trois questions liées : Qu'est-ce que le code de pliage ? Quel est le mécanisme de pliage ? Pouvez-vous prédire la structure d’une protéine simplement en regardant sa séquence d’acides aminés ? 

Les biologistes ont passé des décennies à tenter de répondre à ces questions. Ils ont expérimenté des protéines individuelles pour comprendre leurs structures et construit des programmes informatiques pour déduire des modèles de repliement des protéines. Ils ont étudié la physique et la chimie des molécules d’acides aminés jusqu’au niveau atomique pour découvrir les règles du repliement des protéines. Malgré cela, les biologistes n'ont fait que des progrès hésitants dans la compréhension des règles de repliement internes d'une protéine depuis qu'Anfinsen a exposé le problème.

Il y a quelques années, ils ont réalisé une avancée décisive lorsque de nouveaux outils d’intelligence artificielle ont permis de résoudre une partie du problème. Les outils, notamment AlphaFold de Google DeepMind, ne peuvent pas expliquer comment une protéine se replie à partir d'une chaîne d'acides aminés. Mais étant donné une séquence d’acides aminés, ils peuvent souvent prédire la forme finale dans laquelle elle se replie. 

Ce n’est que dans les décennies à venir qu’il deviendra clair si cette distinction – savoir comment une protéine se replie par rapport à ce en quoi elle se replie – fera une différence dans des applications telles que le développement de médicaments. Le magicien doit-il révéler le tour de magie ?

Quoi de neuf et remarquable

Début mai, Google DeepMind a annoncé la dernière itération de son algorithme de prédiction des protéines, appelé AlphaFold3, qui prédit les structures non seulement de protéines individuelles, mais également de protéines liées les unes aux autres et d'autres biomolécules comme l'ADN et l'ARN. Comme je l’ai signalé pour Quanta, cette annonce est intervenue quelques mois seulement après qu’un algorithme concurrent de prédiction des protéines – RosettaFold All-Atom, développé par le biochimiste David Baker de la faculté de médecine de l’Université de Washington et son équipe – a annoncé une mise à niveau similaire. " Vous découvrez désormais toutes les interactions complexes qui comptent en biologie ", m'a dit Brenda Rubenstein, professeure agrégée de chimie et de physique à l'Université Brown. Il reste néanmoins un long chemin à parcourir avant que ces algorithmes puissent déterminer les structures dynamiques des protéines lors de leur déplacement dans les cellules. 

Parfois, les protéines agissent de manière imprévisible, ce qui ajoute une autre difficulté au problème du repliement. La plupart des protéines se replient en une seule forme stable. Mais comme Quanta l’a rapporté en 2021, certaines protéines peuvent se replier sous plusieurs formes pour remplir plusieurs fonctions. Ces protéines à commutation de plis ne sont pas bien étudiées et personne ne sait quelle est leur abondance. Mais grâce aux progrès technologiques tels que la cryomicroscopie électronique et la résonance magnétique nucléaire à l’état solide, les chercheurs y voient plus clairement. De plus, certaines protéines possèdent des régions qui ne se plient pas selon une forme discrète mais qui bougent de manière dynamique. Comme Quanta l'a rapporté en février, ces protéines intrinsèquement désordonnées peuvent avoir des fonctions importantes, comme l'amélioration de l'activité des enzymes, la classe de protéines qui provoquent des réactions chimiques. 

Lorsque les protéines se replient mal, elles peuvent se regrouper et causer des ravages dans l’organisme. Les agrégats de protéines sont caractéristiques des maladies neurodégénératives comme la maladie d'Alzheimer, dans lesquelles des agrégats de protéines potentiellement toxiques appelés plaques amyloïdes s'accumulent entre les neurones et compromettent la signalisation du cerveau. Comme Quanta l’a rapporté en 2022 , l’agrégation des protéines pourrait être répandue dans les cellules vieillissantes ; comprendre pourquoi les protéines se replient mal et s’accumulent pourrait aider au développement de traitements pour les problèmes liés au vieillissement. Parfois, des protéines mal repliées peuvent également favoriser le mauvais repliement et l’agrégation d’autres protéines, déclenchant une cascade d’effets néfastes qui illustrent à quel point il est essentiel qu’une protéine se plie pour prendre sa forme appropriée.



 

Auteur: Internet

Info: https://www.quantamagazine.org/ mai 2024, Mme Yasemin Saplakoglu

[ tridimensionnelles ] [ conformation protéique ]

culte démystifié

Flipper et juke-box sont des machines qui prolongent l’univers magique de l’enfance dans la société adulte. Ils représentent un seuil et un passage, la fin de l’enfance et le commencement de l’adolescence. Leur usage est aussi une décisive promotion sociale : il signifie l’accession au statut de consommateur. La fonction ludique investit la société Industrielle et la soumet à ses valeurs.

Cette magie n’est pas le génie de l’enfance. Bien au contraire. Elle est celle de l’idéologie néo-capitaliste qui s’incarne dans l’enfant et qui devient alors le génie de l’enfance capitaliste. Nous sommes là au cœur de la "société de consommation", du premier dressage du corps à la consommation.

On a voulu opposer la spontanéité et le naturel de l’enfant à "la société de consommation" de l’adulte. C’est le contraire qui est vrai : l’enfant s’abandonne sans aucune retenue à l’univers de la consommation, tandis que l’adulte – lorsqu’il est producteur – peut lui résister.

Quelle est la genèse de cette magie ? Comment l’enfant devient-il "innocent", "spontané" ? Comment l’idéologie de la consommation investit, dès le principe, l’enfance ?

L’explication sera proposée par une donnée anthropologique. Le corps du bébé est exclusivement fonction de consommation. Car c’est un immature. La cité reconnaît cette donnée ontologique ; le droit naturel. L’éducation consiste à redresser cette nature vouée au "principe de plaisir". Par l’apprentissage de la cité et du métier, le corps doit apprendre à se soumettre au procès de production. L’éducation politique du corps consiste à soumettre le "principe de plaisir" au principe de réalité.

Dans le système Capitaliste, ce travail ne doit pas être fait : le droit naturel doit se prolonger en irresponsabilité civique. C’est le dressage à la consommation, l’éducation de la "société de consommation" qui sera libérale, permissive, libertaire. C’est la toute-puissance du "principe de plaisir".

Les parents ne font alors que proposer l’éducation de la société industrielle sous tutelle capitaliste. Celle-ci impose l’usage coutumier de ses techniques. Un système fonctionnel qui prolonge et multiplie les pouvoirs du petit prince de la consommation. Celui-ci va jouer des objets manufacturés, utilitaires du milieu familial. Ce qui est usage fonctionnel pour les adultes devient usage ludique. Le droit naturel de l’enfant devient désinvolture d’usager. C’est l’accès au statut de consommateur.

Usage magique : il suffit d’appuyer sur un bouton. L’enfant investit ses privilèges dans l’espace familial, celui de l’équipement ménager. Et de tous les équipements (voiture, télévision, etc.) qui deviennent alors des objets de consommation. Au service du principe de plaisir, du ludique. L’enfant profite, – intégralement, lui – d’un procès de production qu’il peut – sans culpabilité encore – ignorer totalement.

C’est la magie moderne : un appareil utilisé sans connaître la nature de son fonctionnement, une fonction asservie sans soupçonner l’ordre du travail qui l’a produite. D’un rien, sans aucun effort, d’un seul souhait, d’un seul geste, surgit une consommation parfaite.

L’enfant est alors d’une totale disponibilité. A la consommation. Voyez sa manipulation de l’objet-marchandise. Il fait preuve d’une dextérité, d’une désinvolture qui stupéfient le cercle de famille. Il témoigne d’une agilité d’usage, d’une facilité insolentes.

Toute une culture – celle de la technologie de la société industrielle avancée – s’est consacrée, au prix d’un immense travail au développement du confort. Et sa caractéristique est d’avoir pu atteindre une extraordinaire facilité de son usage : il suffit d’appuyer sur un bouton. Le principe de la pédagogie d’intégration au système capitaliste est alors cet usage magique – par l’enfant – du fonctionnel.

Lénine disait que le communisme c’est l’électricité plus les Soviets. Le capitalisme, c’est l’électricité plus la magie fonctionnelle. Autrefois, l’usage d’un progrès était encore une technique d’usage. Pendant longtemps, l’instrument de libération a entraîné de dures contraintes. Un travail d’usage autre que le travail de production. Il y avait comme un échange symbolique, entre le travail qui permettait l’usage et la fonction libératrice de cet usage.

Avec l’électricité, il suffit d’une pichenette, geste magique, alors, de démiurge : l’enfant profite d’un progrès sans donner aucun travail – même symbolique – en échange. Il s’installe dans la totale ignorance du travail nécessaire à cette consommation. La pédagogie du système consiste à maintenir cette ignorance et à exalter cette gratuité. L’enfant doit se vautrer dans cet univers magique : la récupération totale du travail et du progrès. L’univers fonctionnel – résultat du fantastique travail de l’humanité – est alors réduit à la fonction ludique qui prolonge et accomplit l’univers ludique enfantin. Le capitalisme veut que nous restions jeunes et que nous soyons comme des enfants ! Le travail des uns sera l’éternelle adolescence des autres.

Le principe de l’éducation d’avant le capitalisme monopoliste d’Etat : la ludicité de l’enfant devait très vite affronter le sérieux de la praxis. Il fallait apprendre à vivre. Toute pédagogie était aussi un apprentissage. Pour le moins celui des techniques d’usage de la vie quotidienne. Car celle-ci exigeait une multitude de travaux domestiques. Et chacun devait en prendre sa part. Un dressage élémentaire du corps était le sevrage civique (celui de la passivité du corps). Du corps organe de réception et d’usage, corps de la digestion, corps originel (corps de la "société de consommation").

Cette structure éducative ne doit surtout pas être taxée de bourgeoise. Ce n’est pas l’idéologie qui l’imposait, mais le mode de production. Et elle se vérifiait, par la force des choses, davantage en milieu populaire qu’en milieu bourgeois.

Mais la bourgeoisie s’efforçait aussi de garantir cette structure, à tous les niveaux de la hiérarchie sociale. Il fallait un dressage minimum du corps (ne serait-ce que faire son lit) pour participer au vécu quotidien d’un mode de production aux technologies peu développées et très contraignantes. De là, par exemple, des traditions comme l’apprentissage sur le tas (du fils de famille) ou l’éducation civique dérivée de la préparation militaire : les boy-scouts (la culture bourgeoise avait su proposer un militantisme écologique auprès duquel les prétentions écologisantes de notre époque semblent bien molles et paresseuses).

Maintenant, l’enfant ne trouve plus ces résistances civiques à son investissement ludique. On le préserve même des exercices pédagogiques élémentaires, devenus autoritarisme et brimade. On lui livre toutes les technologies d’usage. Son activisme magique originel ne rencontre plus de barrière.

Auteur: Clouscard Michel

Info: Le capitalisme de la séduction

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L'épigénétique, l'hérédité au-delà de l'ADN
Des mécanismes ne modifiant pas notre patrimoine génétique jouent un rôle fondamental dans le développement de l'embryon. Ils pourraient expliquer comment l'environnement induit des changements stables de caractères, voire des maladies, éventuellement héritables sur plusieurs générations.

L'épigénétique, c'est d'abord cette idée que tout n'est pas inscrit dans la séquence d'ADN du génome. "C'est un concept qui dément en partie la "fatalité" des gènes", relève Michel Morange, professeur de biologie à l'ENS. Plus précisément, "l'épigénétique est l'étude des changements d'activité des gènes - donc des changements de caractères - qui sont transmis au fil des divisions cellulaires ou des générations sans faire appel à des mutations de l'ADN", explique Vincent Colot, spécialiste de l'épigénétique des végétaux à l'Institut de biologie de l'Ecole normale supérieure (ENS-CNRS-Inserm, Paris).

Est-ce la fin de l'ère du "tout-ADN", qui a connu son apogée vers l'an 2000 avec les grandes manoeuvres du séquençage du génome humain ? "L'organisme reste construit à partir de ses gènes, même si l'activité de ceux-ci peut être modulée", tempère Michel Morange.

Mais le séquençage des génomes l'a révélé avec éclat : la connaissance seule de la séquence de l'ADN ne suffit pas à expliquer comment les gènes fonctionnent. C'était pourtant prévisible : si cette connaissance suffisait, comment expliquer que malgré leur génome identique, les différents types de cellules d'un individu développent des caractères aussi différents que ceux d'un neurone, d'une cellule du foie, des muscles ou de la peau ?

L'épigénétique répond en partie à cette interrogation - mais elle en soulève de nombreuses autres. "Le cadre classique de l'épigénétique, c'est le développement de l'embryon et la différenciation des cellules de l'organisme", indique Vincent Colot. Mais ses enjeux concernent également la médecine et la santé publique... et les théories sur l'évolution. Elle jette le soupçon sur l'environnement, qui pourrait moduler l'activité de certains de nos gènes pour modifier nos caractères, voire induire certaines maladies qui pourraient être transmis(es) à la descendance.

La première question, cependant, est celle de la définition de ce fascinant concept. Un certain flou persiste, même chez les scientifiques. "Ces ambiguïtés tiennent au fait que le terme a été introduit à plusieurs reprises dans l'histoire de la biologie, avec à chaque fois un sens différent", raconte Michel Morange, qui est aussi historien des sciences. Précurseur absolu, Aristote invente le terme "épigenèse" - de épi-, "au-dessus de", et genèse, "génération" - vers 350 avant notre ère.

"Observant des embryons de poulet, Aristote découvre que les formes ne préexistent pas dans le germe, mais sont, au contraire, progressivement façonnées au cours du développement embryonnaire", rapporte Edith Heard, qui dirige une équipe (Institut Curie-Inserm-CNRS) sur l'épigénétique du développement des mammifères. Une vision admirablement prémonitoire, qui ne se verra confirmée qu'avec l'invention du microscope à la fin du XVIIe siècle.

Quant au mot "épigénétique", il apparaît en 1942 : on le doit au généticien anglais Conrad Waddington, qui s'attache à comprendre le rôle des gènes dans le développement. Comment s'opère le passage du génotype (l'ensemble des gènes) au phénotype (l'ensemble des caractères d'un individu) ? A l'époque, on ignorait que l'ADN est le support de l'hérédité. Mais les liens entre génotype et phénotype se précisent peu à peu, à mesure qu'on découvre la structure des gènes et leur mode de régulation. Une étape décisive est franchie avec les travaux de François Jacob, Jacques Monod et André Lwoff, Prix Nobel en 1965 : ils montrent l'importance d'un facteur de l'environnement (la présence d'un sucre, le lactose) dans le contrôle de l'expression d'un gène et la détermination d'un caractère (la capacité de la bactérie E. coli à utiliser le lactose comme source d'énergie).

Le concept d'épigénétique tombe ensuite en relative déshérence, pour renaître dans les années 1980 avec son sens moderne. "Un chercheur australien, Robin Holliday, observe dans des cellules en culture des changements de caractères qui sont transmis au fil des divisions cellulaires, relate Vincent Colot. Mais ces changements semblaient trop fréquents pour pouvoir être causés par des mutations de l'ADN." Holliday découvre le rôle, dans cette transmission, de certaines modifications de l'ADN qui n'affectent pas la séquence des "nucléotides", ces lettres qui écrivent le message des gènes.

Plus largement, on sait aujourd'hui que les gènes peuvent être "allumés" ou "éteints" par plusieurs types de modifications chimiques qui ne changent pas la séquence de l'ADN : des méthylations de l'ADN, mais aussi des changements des histones, ces protéines sur lesquelles s'enroule l'ADN pour former la chromatine. Toutes ces modifications constituent autant de "marques épigénétiques". Elles jalonnent le génome en des sites précis, modulant l'activité des gènes localisés sur ces sites.

Quelle est la stabilité de ces marques épigénétiques ? La question est centrale. Certaines sont très transitoires, comme les marques qui régulent les gènes liés aux rythmes du jour et de la nuit. "Au moins 15 % de nos gènes sont régulés d'une façon circadienne : leur activité oscille sur un rythme de 24 heures. Il s'agit de gènes qui gouvernent notre métabolisme, assurant par exemple l'utilisation des sucres ou des acides gras", indique Paolo Sassone-Corsi, qui travaille au sein d'une unité Inserm délocalisée, dirigée par Emiliana Borrelli à l'université de Californie (Irvine). "Pour réguler tant de gènes d'une façon harmonieuse, il faut une logique commune. Elle se fonde sur des processus épigénétiques qui impliquent des modifications des histones."

D'autres marques ont une remarquable pérennité. "Chez un individu multicellulaire, elles peuvent être acquises très tôt lors du développement, sous l'effet d'un signal inducteur, rapporte Vincent Colot. Elles sont ensuite transmises au fil des divisions cellulaires jusque chez l'adulte - bien longtemps après la disparition du signal inducteur." Les marques les plus stables sont ainsi les garantes de "l'identité" des cellules, la vie durant. Comme si, sur la partition d'orchestre de l'ADN du génome - commune à toutes les cellules de l'organisme -, chaque instrument - chaque type de cellule - ne jouait que la partie lui correspondant, n'activant que les gènes "tagués" par ces marques.

Un des plus beaux exemples de contrôle épigénétique chez les mammifères est "l'inactivation du chromosome X". "Ce processus a lieu chez toutes les femelles de mammifères, qui portent deux exemplaires du chromosome X, explique Edith Heard. L'inactivation d'un des deux exemplaires du X, au cours du développement précoce, permet de compenser le déséquilibre existant avec les mâles, porteurs d'un seul exemplaire du X."

Si l'inactivation du X est déficiente, l'embryon femelle meurt très précocement. Cette inactivation est déclenchée très tôt dans le développement de l'embryon, "dès le stade "4 cellules" chez la souris et un plus tard pour l'espèce humaine, puis elle est stabilisée par des processus épigénétiques tout au long de la vie", poursuit Edith Heard. Par ailleurs, son équipe vient de publier un article dans Nature mis en ligne le 11 avril, montrant que les chromosomes s'organisent en "domaines", à l'intérieur desquels les gènes peuvent être régulés de façon concertée, et sur lesquels s'ajoutent des marques épigénétiques.

Les enjeux sont aussi médicaux. Certaines "épimutations", ou variations de l'état épigénétique normal, seraient en cause dans diverses maladies humaines et dans le vieillissement. Ces épimutations se produisent par accident, mais aussi sous l'effet de facteurs environnementaux. Le rôle de ces facteurs est très activement étudié dans le développement de maladies chroniques comme le diabète de type 2, l'obésité ou les cancers, dont la prévalence explose à travers le monde.

Les perspectives sont également thérapeutiques, avec de premières applications qui voient le jour. "Les variations épigénétiques sont finalement assez plastiques. Elles peuvent être effacées par des traitements chimiques, ce qui ouvre d'immenses perspectives thérapeutiques. Cet espoir s'est déjà concrétisé par le développement de premières "épidrogues" pour traiter certains cancers", annonce Edith Heard.

Le dernier défi de l'épigénétique, et non des moindres, renvoie aux théories de l'évolution. "Alors que le génome est très figé, l'épigénome est bien plus dynamique", estime Jonathan Weitzman, directeur du Centre épigénétique et destin cellulaire (université Paris-Diderot-CNRS). "L'épigénome pourrait permettre aux individus d'explorer rapidement une adaptation à une modification de l'environnement, sans pour autant graver ce changement adaptatif dans le génome", postule le chercheur. L'environnement jouerait-il un rôle dans la genèse de ces variations adaptatives, comme le croyait Lamarck ? Reste à le démontrer. Epigénétique ou non, le destin est espiègle : le laboratoire qu'anime Jonathan Weitzman n'a-t-il pas été aléatoirement implanté... dans le bâtiment Lamarck ? Internet,

Auteur: Internet

Info: Rosier Florence, https://www.lemonde.fr/sciences/ 13 avril 2012

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