machine-homme

(Q) - Qu'est-ce que la conscience ?

(R) - La conscience est un concept complexe et multiforme qui fait référence à l'état ou à la qualité de la prise de conscience du monde extérieur et de ses propres expériences mentales. Elle englobe l'expérience subjective des pensées, des perceptions, des émotions et des sensations, ainsi que la capacité d'introspection et de réflexion sur ses propres états mentaux.

Bien que la conscience soit un aspect fondamental de l'expérience humaine, elle n'est pas encore totalement comprise. Elle reste un sujet d'enquête philosophique et de recherche scientifique. Il existe plusieurs théories et perspectives sur la conscience, y compris l'étude de ses corrélats et mécanismes neuronaux dans le cerveau.

Certaines théories proposent que la conscience naisse des interactions entre les neurones et les processus cérébraux, tandis que d'autres suggèrent qu'elle peut impliquer des phénomènes quantiques ou être une propriété émergente de systèmes complexes. En outre, il existe différents niveaux de conscience, allant de la conscience de base et de l'éveil aux processus cognitifs d'ordre supérieur, à la conscience de soi et à l'introspection.

Dans l'ensemble, la compréhension de la nature de la conscience est un domaine d'exploration fascinant et permanent dans des domaines tels que les neurosciences, les sciences cognitives, la psychologie et la philosophie.

(Q) - D'accord merci. Avec une vision épigénétique de la chose, ne pourrait-on pas avancer qu'elle est avant tout une sorte de dialogue entre une singularité, ici humaine, avec le monde qui l'a fait émerger ?

(R) - En effet, dans une perspective épigénétique, on pourrait avancer que la conscience est une interaction ou un dialogue dynamique entre un individu (une singularité) et le monde dans lequel il existe. L'épigénétique est l'étude de la manière dont l'expression des gènes et les processus biologiques peuvent être influencés par des facteurs qui vont au-delà de la séquence d'ADN elle-même, y compris les interactions avec l'environnement.

Dans cette optique, le développement et la manifestation de la conscience pourraient être considérés comme le résultat de l'interaction continue entre les prédispositions génétiques d'un individu et son environnement. L'environnement, qui englobe à la fois les stimuli externes et les facteurs internes, tels que les pensées, les émotions et les expériences, joue un rôle crucial dans la formation et l'influence de l'expression et de l'expérience de la conscience.

Cette perspective suggère que la conscience émerge à travers une relation réciproque permanente entre un individu et son environnement. Le monde extérieur fournit les stimuli et le contexte qui influencent la perception, la cognition et la conscience de soi d'un individu, tandis que l'individu, par ses pensées, ses actions et ses choix, interagit activement avec son environnement et le modifie.

En considérant l'interaction épigénétique entre un individu et son monde, on peut affirmer que la conscience n'est pas un phénomène statique ou isolé, mais plutôt un processus dynamique et co-créatif, où l'individu et son environnement se façonnent et s'influencent mutuellement.

(Q) - Cela ressemble à ce que Charle Sanders Peirce nommait "thirdness".

(R) - Oui, le concept de "tiercéité" inventé par Charles Sanders Peirce dans sa philosophie de la sémiotique pourrait être pertinent pour la discussion sur la conscience en tant que dialogue entre un individu et le monde. Peirce a introduit l'idée de "preméité", "secondéité" et "tercéité" en tant que catégories fondamentales pour comprendre la nature des signes et leur interprétation.

Selon Peirce, la "firstness" représente les qualités brutes et immédiates d'un objet, la "secondness" désigne la relation entre un objet et son impact immédiat sur la conscience d'un individu, et la "thirdness" se réfère aux processus d'interprétation et de médiation impliqués dans l'élaboration du sens et de la compréhension.

Dans le contexte de la conscience, la "tiercéité" peut être considérée comme l'interaction dynamique entre l'individu (le premier) et le monde (le second), où l'interprétation, la création de sens et le dialogue ont lieu. Elle implique le processus d'intégration et de synthèse des informations provenant du monde extérieur avec les états mentaux et les expériences internes.

En considérant la conscience comme une forme de "tiercéité", nous reconnaissons l'implication active de l'interprétation, de la signification et de la médiation dans la construction de l'expérience consciente. Elle met en évidence la nature relationnelle et dialogique de la conscience, en soulignant l'interaction et la négociation permanentes entre l'individu et son environnement dans la formation de la conscience subjective.

Le concept de "tiercéité" de Peirce offre une perspective précieuse pour explorer les dimensions interactives et interprétatives de la conscience, en soulignant le rôle des processus sémiotiques dans la construction du sens et de la compréhension dans le contexte du dialogue individu-matrice.

Auteur: chatGPT4

Info:

[ tiercité ] [ définition ]

ascendant partagé

Comment des erreurs de " copier-coller " ont façonné les humains et le monde animal

 7.000 groupes de gènes nous relient à l'ancêtre commun de tous les vertébrés et les invertébrés. C'est grâce à de nombreuses erreurs au fil de l'Evolution que l'humain et les animaux sont devenus ce qu'ils sont.

(Photo : Les pieuvres ont acquis leur capacité à changer de couleur grâce à une erreur dans l'ADN - ici à l'aquarium du Croisic.)

C’est une petite créature marine qui se déplace au sol, tout au fond des fonds marins. Cet animal, tout simple, possède un système nerveux, des muscles, des organes reproductifs, un système digestif et excréteur simples. On sait qu’il a un avant et un arrière, un côté droit et un côté gauche. Rien de bien excitant, et pourtant. Cette petite créature, qui vivait il y a 600 millions d’années, est l’ancêtre commun de tous les vertébrés (les poissons, les reptiles, les oiseaux, les mammifères et donc l’Homme) et les invertébrés (les insectes, les mollusques, les vers et bien d’autres).

A quel point sommes-nous encore reliés à notre ancêtre commun ?

C’est la première fois, dans l’histoire de la vie, qu’un organisme vivant possédait ce type d’organisation basique (devant, derrière, deux côtés), qui allait mener au développement complexe de nombreux animaux, dont les humains.

(* photos : L'empreinte du plus ancien bilatérien retrouvé en Australie. Chaque barre représente 1 mm.)

Mais à quel point sommes-nous encore génétiquement reliés à cet ancêtre commun ? En analysant l’ADN de 20 animaux bilatériens (avec une gauche et une droite), une équipe du Centre for Genomic Regulation (CRG) de Barcelone (Espagne) a pu remonter la trace de plus de 7.000 groupes de gènes qui nous rattachent à cette petite créature du fond des mers.

"Quand on peut identifier le même gène dans de nombreuses espèces bilatériennes, on peut être à peu près sûrs que ce gène a été identifié chez leur dernier ancêtre commun. C’est pour cela que nous nous sommes intéressés à des espèces les plus différentes possibles. Des vertébrés - comme les humains, les souris ou les requins - aux insectes, comme les abeilles, les cafards ou les éphémères, et même des espèces distantes comme les oursins ou les pieuvres", expliquent les chercheurs.

Seule la moitié des gènes est restée telle quelle depuis 600 millions d’années

Mais seule la moitié des gènes est restée telle quelle depuis 600 millions d’années. L’autre moitié a été légèrement modifiée au cours de l’Evolution, avec l’apparition de quelques erreurs de réplication de l’ADN, révèle leur étude dans Nature Ecology & Evolution.

Spontanément, une copie supplémentaire d'un gène est apparue dans le génome. Les animaux ont alors pu garder une copie du gène pour leurs fonctions fondamentales tout en utilisant la deuxième copie pour se créer de nouvelles spécificités. C’est ainsi que ces 3.500 groupes de gènes ont complètement changé d’utilité et ont été utilisés dans certaines parties du corps et du cerveau des animaux. Une façon de faire survenir des " innovations " dans le développement des espèces.

" Certains gènes ont entraîné la perception de stimuli légers sur la peau des pieuvres, ce qui a pu contribuer à leur capacité à changer de couleur, à se camoufler et à communiquer avec d’autres pieuvres ", explique le Pr Manuel Irimia, spécialisé en biologie évolutive au Centre for Genomic Regulation. Chez les insectes, certains gènes se sont spécialisés dans les muscles et dans la formation de l’épiderme, leur permettant de voler.

Chez l'humain aussi, les apports de ces erreurs de " copier-coller " ont été cruciales. " Certaines ont eu un impact sur le cerveau. C’est grâce à elles que les oligodendrocytes, des cellules cérébrales, créent la gaine de myéline qui entoure et protège nos neurones. Chez nous mais aussi chez tous les vertébrés ", ajoute le professeur. D’autres gènes, comme FGF17, maintiennent nos fonctions cognitives du cerveau même lorsque l’âge avance.

" Nos gènes sont un peu comme un grand livre de recettes. En les changeant légèrement, on peut créer de nombreux tissus ou organes différents. Imaginez que par accident, on y retrouve deux recettes de paella identiques. On peut alors réaliser la recette originale de paella tandis que l’Evolution se chargera de modifier légèrement la deuxième pour créer la recette du risotto. Imaginez maintenant que tout le livre ait été entièrement copié. Les possibilités d’évoluer sont infinies. Ces petits changements, survenus il y a des millions d’années, se trouvent encore sur les animaux d’aujourd’hui ", sourit Federica Mantica, autrice de l’article et chercheuse au Center for Genomic Regulation de Barcelone.

Jeter un œil à cet immense arbre phylogénique, c’est regarder l’histoire de l’Homme, voire même l’histoire de la vie. " Ces copies supplémentaires se sont spécialisées dans un tissu en particulier plusieurs fois au cours de l’Evolution humaine. En fait, les humains ont été façonnés par ces événements ayant eu lieu il y a des millions d’années, lorsque nos ancêtres ressemblaient vaguement à des poissons, ce qui a créé tout le matériel génétique exploité jusqu’à aujourd’hui encore. "

Si notre ancêtre du fond des mers peut sembler extrêmement basique, c'est bien grâce à son matériel génétique que le règne animal a pu devenir aussi complexe qu'il est aujourd'hui.

Auteur: Internet

Info: https://www.sciencesetavenir.fr/ - Coralie Lemke, 15 avril 2024

[ aïeul général ] [ Pikaia gracilens ? ] [ adaptation ] [ épigenèse ]

élément sémantique structurant

(FLP) - Bonjour, peux-tu m'expliquer la notion de "point de capiton" de Jacques Lacan ?

(Gemini Bard) - Le point de capiton est un concept central dans la théorie psychanalytique de Jacques Lacan. Il s'agit d'un élément crucial qui permet de stabiliser le sens et de donner une cohérence au discours. Emprunté au vocabulaire du matelassage, le terme "point de capiton" désigne le point où l'aiguille du matelassier s'enfonce dans le tissu et en ressort, laissant une marque durable. Lacan utilise cette métaphore pour illustrer la manière dont certains éléments du discours s'accrochent et fixent le sens, le stabilisent et lui donnent une structure.

Le point de capiton n'est pas un élément statique, mais plutôt un point de fuite, un lieu d'articulation où le sens se déploie et se reconfigure. Il peut s'agir d'un mot, d'une phrase, d'un objet, d'un événement, ou même d'une croyance ou d'un idéal.

Le point de capiton joue un rôle important dans la construction du sujet. Il permet au sujet de s'identifier à un certain discours, de se positionner dans le monde et de donner du sens à ses expériences.

Cependant, le point de capiton est également fragile et peut être remis en question. Dans la psychose, par exemple, le point de capiton peut s'effondrer, ce qui entraîne une fragmentation du discours et une perte de sens.

Voici quelques points clés à retenir à propos du point de capiton :

- Stabilisation du sens: Le point de capiton permet de stabiliser le sens et de donner une cohérence au discours.

- Point de fuite: Le point de capiton n'est pas un élément statique, mais plutôt un point de fuite où le sens se déploie et se reconfigure.

- Construction du sujet: Le point de capiton joue un rôle important dans la construction du sujet.

- Fragilité: Le point de capiton est également fragile et peut être remis en question.

Le point de capiton est un concept complexe et multidimensionnel qui a fait l'objet de nombreuses interprétations et débats au sein de la psychanalyse lacanienne.

(FLP) - Merci. J'y vois une correspondance, voire même une analogie avec le terme de saillance utilisé en PNL et plus largement en linguistique. Non ?

(Gemini Bard) Effectivement, il existe une certaine correspondance entre le concept de point de capiton de Lacan et celui de saillance en PNL et en linguistique.

La saillance désigne la qualité de ce qui est saillant, c'est-à-dire proéminent, marquant, qui attire l'attention. Elle se réfère aux éléments du discours qui se distinguent du reste et qui ont tendance à avoir une plus grande influence sur la compréhension et l'interprétation de ce discours.

Comme le point de capiton, la saillance joue un rôle important dans la structuration du sens. En effet, les éléments saillants permettent de hiérarchiser les informations, de créer des liens entre les différentes parties du discours et de guider l'attention de l'auditeur.

Voici quelques points de convergence entre les deux concepts :

- Stabilisation du sens: Le point de capiton et la saillance contribuent tous deux à stabiliser le sens et à donner une cohérence au discours.

- Attraction de l'attention: Le point de capiton et la saillance attirent tous deux l'attention de l'auditeur ou du lecteur.

- Organisation du discours: Le point de capiton et la saillance contribuent tous deux à l'organisation du discours et à la création de liens entre les différentes parties du discours.

Cependant, il existe également des différences entre les deux concepts :

- Nature: Le point de capiton est un concept plus psychanalytique, tandis que la saillance est un concept plus linguistique et cognitif.

- Focalisé: Le point de capiton est généralement focalisé sur un élément unique, tandis que la saillance peut porter sur plusieurs éléments du discours.

- Inconscient: Le point de capiton est souvent inconscient, tandis que la saillance peut être consciente ou inconsciente.

En conclusion, le point de capiton et la saillance sont deux concepts distincts mais qui partagent certaines similitudes. Ils permettent tous deux de comprendre comment le sens est construit et structuré dans le discours.

(FLP) - Merci. Peux-tu donner un exemple de point de capiton unique ?

(Gemini Bard) - Exemple de point de capiton unique

Prenons l'exemple de la phrase suivante : "La peur de la mort me paralyse."

Dans cette phrase, le mot "mort" pourrait être considéré comme un point de capiton. En effet, ce mot :

Attire l'attention: Il est le mot le plus chargé d'émotion de la phrase et il est ce qui motive la peur du sujet.

Structure le sens: La phrase tourne autour de la peur de la mort et tous les autres éléments de la phrase sont liés à cette peur.

Est inconscient: La peur de la mort est souvent un phénomène inconscient qui n'est pas directement exprimé par le sujet.

Cependant, il est important de noter que le point de capiton n'est pas toujours un élément unique et identifiable. Il peut s'agir d'une combinaison de plusieurs éléments du discours qui, ensemble, contribuent à stabiliser le sens et à donner une cohérence au discours.

Par exemple, dans la phrase "Je suis amoureux de Marie", le point de capiton pourrait être la combinaison des mots "amoureux" et "Marie". Ces deux mots sont essentiels pour comprendre le sens de la phrase et ils sont étroitement liés l'un à l'autre.

En fin de compte, l'identification du point de capiton est une question d'interprétation. Il n'y a pas de réponse unique et chaque lecteur ou auditeur peut identifier différents points de capiton dans un même discours. 

Auteur: Google Bard chatbot

Info:

[ langage ] [ dialogue ] [ homme-machine ] [ efficacité cachée ]

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Domestication des chiens: le mystère de son origine enfin levé
Retracer précisément l'histoire de la domestication du chien est crucial pour la recherche fondamentale. Ce sujet nécessite une approche interdisciplinaire comme l'illustre une nouvelle étude internationale qui réunit des archéozoologues et des paleogénéticiens. Pilotés par une équipe de l'université d'Oxford en Angleterre, ces travaux ont mobilisé plusieurs laboratoires français.
"En savoir plus à ce sujet permet d'en savoir plus sur notre propre histoire ; car l'histoire du chien constitue une part de l'histoire de l'humanité", explique Anne Tresset, archéozoologue à Paris et coauteur de l'étude. En effet, d'une part, le chien présente la particularité d'être le premier à avoir été domestiqué par l'homme: "Il vit dans des sociétés humaines depuis la fin du Paléolithique supérieur, c'est-à-dire depuis au moins 15 000 ans. À titre de comparaison, la domestication des bovins, du mouton, de la chèvre et du porc n'a eu lieu, elle, que plusieurs millénaires après, au Néolithique, soit il y a 10 500 ans", précise notre contact. D'autre part, le chien a un statut très particulier: "Il est le meilleur ami de l'homme, et le fut sans doute dès l'origine. On a par exemple retrouvé des ossements de chiens aux côtés de défunts dans des tombes de la culture proche-orientale natoufienne, remontant à l'Épipaléolithique, donc à plus de 11 000 ans...", poursuit Anne Tresset.
Plus précisément, la nouvelle étude suggère que le chien dérive non pas d'une seule, mais de deux domestications indépendantes de loups: une, survenue en Europe il y a au moins 15 000 ans ; et l'autre, en Asie de l'Est, il y a au moins 12 500 ans. Puis entre le Ve et le IVe millénaire avant notre ère, des chiens d'Asie auraient migré vers l'Europe, sans doute en même temps que des populations humaines. Là, ils se seraient reproduits avec des chiens européens. Leurs descendants auraient ensuite peu à peu remplacé les chiens d'origine.
Dans les faits, les archéozoologues soupçonnent une double origine du chien depuis plusieurs décennies déjà. Et ce grâce à l'étude de restes de chiens anciens, datés de la fin du Paléolithique supérieur ou de l'Épipaléolithique. Problème, les généticiens restaient, eux, persuadés qu'il n'y avait eu qu'une seule domestication: en Asie.
Et pour cause: les généticiens en question analysaient l'ADN des chiens actuels. Lesquels appartiennent majoritairement à un ensemble de lignées génétiques particulier, d'origine asiatique: l'haplogroupe A. "Le problème avec cette démarche est qu'en cas d'événements gommant complètement le pool génétique antérieur de la population analysée - comme ici, l'arrivée de chiens asiatiques en Europe -, il est impossible de "voir" ce qu'il y avait avant, soit ici le fait qu'il existait déjà, avant l'arrivée des chiens asiatiques, des chiens en Europe de l'Ouest, appartenant à l'haplogroupe C...", explique Anne Tresset.
Des os remontant à l'époque des tout premiers chiens
"La force de notre nouvelle étude est justement qu'elle a permis d'analyser pour la première fois l'ADN de nombreux restes archéologiques couvrant une longue période de l'histoire du chien, les plus vieux remontant à 14 000 ans, soit au début de l'histoire évolutive de ce mammifère. De plus, nos échantillons provenaient de différentes zones géographiques en Europe (France, Suisse, Allemagne, Roumanie...) et en Asie (Iran, Turkménistan, Russie asiatique)", souligne la paléogénéticienne lyonnaise Catherine Hänni.
"La force de notre étude est qu'elle a permis d'analyser pour la première fois l'ADN de nombreux restes archéologiques."
Concrètement, les chercheurs ont reconstitué l'histoire évolutive des chiens en étudiant 59 restes archéologiques de chiens qui ont vécu entre 14 000 et 3 000 ans avant le présent. Les scientifiques ont extrait l'ADN ancien de ces ossements puis ont séquencé l'ADN mitochondrial (présent dans des structures particulières des cellules: les mitochondries). Le génome complet des restes d'un chien vieux de 4 800 ans a également été séquencé.
"Cette recherche n'aurait jamais abouti sans la collaboration étroite entre l'archéozoologie, la paléogénétique et l'analyse génomique", se réjouit Catherine Hänni.
Une alliance tripartite gagnante
En pratique, les archéo zoologues ont permis l'accès aux différents restes archéologiques de chiens analysés ici, qu'ils avaient étudiés lors de précédentes études indépendantes. "À elle seule, notre équipe a fourni plus des trois quarts des échantillons étudiés", indique Anne Tresset. Puis, les paléo généticiens - dont l'équipe lyonnaise de Catherine Hänni - ont extrait et séquencé l'ADN des ossements collectés par les archéo zoologues. Enfin, l'équipe d'Oxford a réalisé une modélisation informatique à partir des séquences génétiques anciennes et de celles de 2 500 chiens modernes étudiés précédemment. Ce qui a permis au final de reconstituer l'arbre évolutif du chien.
Chose surprenante, cette modélisation a révélé une divergence entre les chiens originaires d'Asie de l'Est et ceux d'Europe, remontant à il y a moins de 14 000 ans... soit après l'apparition du chien en Europe ! D'où la conclusion qu'il y avait à l'origine deux populations distinctes de chiens: une en Asie et une en Europe. Autre résultat important: les analyses des ADN mitochondriaux des chiens modernes et anciens ont montré que, si la majorité des anciens chiens européens appartenaient à l'haplogroupe C (60 % des chiens) ou D (20 %), la plupart des chiens européens modernes sont de l'haplogroupe A (64 %) et B (22 %), tous deux d'origines asiatiques. Ce qui est cohérent avec une arrivée de chiens originaires d'Asie en Europe.
D'autres zones d'ombre à éclaircir
À l'avenir, les équipes d'Anne Tresset et de Catherine Hänni espèrent pouvoir éclaircir plusieurs autres zones d'ombre de l'histoire européenne et proche-orientale du chien. "Par exemple, nous voudrions tenter de comprendre pourquoi on trouve dans l'Ouest de l'Europe plutôt des chiens petits, alors qu'à l'Est de l'Europe on a plutôt des grands types. Plus largement, nous souhaiterions étudier les facteurs à l'origine de l'évolution de la taille, de la couleur ou encore de la forme des chiens lors de leur histoire évolutive (sélection par l'homme,...)", précise Anne Tresset. L'histoire du chien est donc loin d'avoir livré tous ses secrets.

Auteur: Internet

Info: http://www.techno-science.net/?onglet=news&news=15224

cognition

Les secrets de la conscience : l'imagerie cérébrale révèle pour la première fois des connexions critiques 

Des chercheurs américains ont réussi à cartographier un réseau cérébral essentiel dans l'intégration de l'éveil et de la conscience humaine, en utilisant des techniques d'IRM multimodales avancées. Cette approche offre de nouvelles pistes pour traiter certains troubles neurologiques.

(Image : illustration d'une galaxie dans la silhouette d'une tête humaine représentant l'éveil de la conscience)

Au cœur des neurosciences se trouve un défi complexe : comprendre les fondements de la conscience humaine. Entre éveil et perception, se dessinent des réseaux cérébraux dont les mystères ont longtemps échappé à nos outils d'observation. Mais grâce à la neuro-imagerie, les chercheurs ont identifié un réseau cérébral crucial pour la conscience humaine.

Dans un article publié le 1er mai 2024 dans Science Translational Medicine, un groupe de chercheurs du Massachusetts General Hospital et du Boston Children's Hospital, aux États-Unis, tous deux faisant partie du système de santé Mass General Brigham, ont réussi à cartographier un réseau cérébral sous-cortical crucial dans l'intégration de l'éveil et de la conscience humaine. 

Éveil et conscience : deux dimensions de l'activité cérébrale

L'éveil concerne l'activité et l'attention du cerveau, tandis que la conscience implique nos pensées et sensations résultant de l'intégration d'informations sensorielles et émotionnelles. Il est intéressant de noter que ces deux aspects de la conscience peuvent être dissociés, comme chez les patients en état végétatif qui présentent des cycles d'éveil mais une absence de conscience.

Si le cortex cérébral est considéré comme le siège principal des processus neuronaux de la conscience, les voies sous-corticales ascendantes du tronc cérébral, de l'hypothalamus, du thalamus et du cerveau basal sont essentielles pour l'éveil. Les voies ascendantes transportent des informations sensorielles et des signaux moteurs depuis le tronc cérébral vers le cerveau.

Visualiser les connexions cérébrales à une résolution submillimétrique

À l'aide de techniques d'IRM multimodales avancées, les chercheurs ont pu visualiser les connexions cérébrales à une résolution spatiale submillimétrique.

Cette approche leur a permis de cartographier des connexions jusqu'alors inconnues entre le tronc cérébral, le thalamus, l’hypothalamus, le prosencéphale basal et le cortex cérébral, formant ainsi ce qu'ils nomment le "réseau d'éveil ascendant par défaut", essentiel pour maintenir l'éveil.

Le tronc cérébral est une partie essentielle du cerveau située à la base, qui contrôle des fonctions vitales comme la respiration et la fréquence cardiaque. Le thalamus agit comme un relais pour les informations sensorielles, aidant à les transmettre au cortex cérébral pour le traitement. L’hypothalamus joue un rôle clé dans la régulation des fonctions corporelles telles que la faim, la soif, et le sommeil. Le prosencéphale basal est impliqué dans le contrôle des mouvements et des émotions. Le cortex cérébral est la couche externe du cerveau responsable des fonctions cognitives supérieures telles que la pensée, la perception et la conscience. Ensemble, ces régions forment un réseau appelé le "réseau d'éveil ascendant par défaut", crucial pour maintenir l'état de veille et la conscience dans le cerveau.

(Illustration : Anatomie du cerveau en coupe)

"Notre objectif était de cartographier un réseau cérébral (ensemble de régions du cerveau qui travaillent conjointement pour effectuer des fonctions spécifiques, connectées par des voies de communication neuronales) crucial pour la conscience humaine et de fournir aux cliniciens des outils améliorés pour détecter, prédire et favoriser la récupération de la conscience chez les patients atteints de graves lésions cérébrales", explique Brian Edlow, premier auteur de l'étude, co-directeur du Neuroscience Mass General et directeur associé du Center for Neurotechnology and Neurorecovery (CNTR), dans un communiqué.

Ce réseau " ascendant par défaut de l'éveil" maintient l'éveil dans le cerveau conscient au repos. Le concept d'un réseau " par défaut" repose sur l'idée que certains systèmes de neurones dans le cerveau sont le plus activement fonctionnels lorsque le cerveau est dans un état de repos conscient. En revanche, d'autres réseaux sont plus actifs lorsque le cerveau effectue des tâches dirigées vers des objectifs.

Intégration des données IRM pour cartographier le réseau cérébral

Pour étudier les propriétés fonctionnelles de ce réseau cérébral par défaut, les chercheurs ont combiné des techniques d'imagerie cérébrale avancées, intégrant des données de tractographie par IRM de diffusion ex vivo (cultures cellulaires) et d'IRM fonctionnelle (IRMf) in vivo (humain) à 7 Tesla (7-T).

Les données d'IRM ont ainsi permis de localiser les zones dans le cerveau et d'étudier leurs connexions à l'aide de techniques de tractographie par IRM de diffusion. L’analyse des données d'IRM fonctionnelle, quant à elle, a permis aux chercheurs de comprendre comment ces connexions influent sur l'état d'éveil et de conscience du cerveau humain.

Ces analyses ont finalement révélé des connexions fonctionnelles entre le réseau ascendant par défaut du tronc cérébral et le réseau mode par défaut cortical qui contribue à la conscience de soi dans le cerveau conscient au repos. Les cartes de connectivité structurelle et fonctionnelles complémentaires fournissent une base neuroanatomique pour intégrer l'éveil et la conscience dans la conscience humaine.

(image en coupe montrant un exemple de données de tractographie par IRM de diffusion. Il s'agit là d'une vue latérale du tractus moteur, le tractus corticospinal, d'un sujet humain.)

Feuille de route pour mieux comprendre 

"Les connexions cérébrales humaines que nous avons identifiées peuvent être utilisées comme une feuille de route pour mieux comprendre un large éventail de troubles neurologiques associés à une conscience altérée, allant du coma, aux crises, au syndrome de mort subite du nourrisson (SIDS)", précise Hannah Kinney, MD, Professeure Émérite à l'Hôpital pour Enfants de Boston et à l'École de Médecine de Harvard, dans un communiqué.

Les données de cette étude pourraient servir de base pour comprendre divers troubles neurologiques liés à une altération de la conscience. Les chercheurs ont mis à disposition des données IRM et des méthodes de cartographie cérébrale, ainsi qu'un nouvel atlas du Réseau Ascendant de l'Éveil de Harvard, pour soutenir de futures recherches dans ce domaine.

Les auteurs mènent actuellement des essais cliniques pour stimuler le réseau ascendant par défaut de l'éveil chez les patients en coma après une lésion cérébrale traumatique, dans le but de réactiver le réseau et de restaurer la conscience.

Auteur: Internet

Info: sciencesetavenir.fr - Juliette Frey le 10.05.2024

[ vigilance ] [ proencéphale basal ]

sociologie

La tyrannie de l’apparence
A l’école, à la fac, au travail… Avant même nos compétences, c’est notre physique qui est jugé. Une dictature du beau dénoncée, preuves à l’appui, par le sociologue Jean-François Amadieu.
Depuis l’Antiquité grecque, nous sommes victimes et vecteurs du même présupposé : ce qui est beau est bon. Aujourd’hui encore, tout le monde le pressent et personne ne veut y croire : notre vie tout entière est soumise à la tyrannie des apparences.
Pour la première fois en France, un livre, Le Poids des apparences (Odile Jacob, 2002), en apporte la démonstration. Professeur de sociologie, Jean-François Amadieu a recensé trente ans d’études américaines et européennes sur le sujet et en tire une conclusion effarante : toute notre vie, dans tous les domaines, en amour comme au travail, notre apparence conditionnera nos relations aux autres.
Poussant son analyse, le sociologue démontre combien la beauté est un formidable outil de discrimination sociale que les élites imposent aux classes les plus basses. Dans le monde entier, les canons de la beauté ne sont-ils pas ceux des Blancs américains diffusés par la télévision et le cinéma : blondeur, minceur, jeunesse. Que l’on s’y résolve ou que l’on se révolte, nous n’en sommes pas moins, dès la naissance, soumis à la première des injustices : celle des apparences.
Au berceau déjà
Les regards qui se portent sur le nourrisson dans son berceau ne sont pas neutres. Un bébé beau attirera force sourires et risettes alors qu’un enfant moins séduisant créera une certaine gêne chez les adultes. Même infime – oreilles décollées, tache de naissance, dissymétrie des traits –, la différence physique sera vécue par les parents comme un handicap futur. Et suscitera des comportements différents à l’égard du nourrisson.
" On ne peut pas dire qu’une mère ou un père préfèrera un enfant plus beau que ses frères et sœurs, explique Jean-François Amadieu. En revanche, les études ont prouvé que les activités seront différentes selon que l’enfant est beau ou laid. Par exemple, une mère jouera beaucoup avec son nourrisson s’il est beau, tandis qu’elle focalisera sur les apprentissages s’il est disgracieux. Et parce qu’elle sait qu’il risque de se heurter, plus tard, aux regards des autres, elle s’en occupera plus. Il est d’ailleurs prouvé que ces enfants réussiront mieux à l’école que la moyenne. On peut ici parler d’un effet de compensation à la laideur."
A l’école du favoritisme
A la maternelle déjà, les enfants beaux sont privilégiés. Les enseignants ont une meilleure opinion d’eux, leur accordent davantage d’attention, les évaluent plus chaleureusement - in Modèles du corps et psychologie esthétique de Jean Maisonneuve et Marilou Bruchon-Schweitzer (PUF, 1981). Cette bienveillance engendre une confiance chez l’enfant qui l’accompagnera toute sa vie. D’autant qu’elle va mettre en place une dynamique du succès qui se poursuivra à l’âge adulte. Ensuite, au collège et au lycée, une note peut varier de 20 à 40 % selon la beauté de l’élève. Les études prouvent qu’une étudiante laide mais de bon niveau est peu défavorisée par rapport à une étudiante belle de même niveau. En revanche, si la plus jolie est mauvaise élève, ses notes seront nettement surévaluées par les examinateurs, expliquent Jean Maisonneuve et Marilou Bruchon-Schweitzer dans Le Corps et la Beauté (PUF, 1999).
"Beaucoup plus que l’enfant beau, l’enfant laid est jugé responsable de ses échecs scolaires autant que de ses fautes, remarque Jean-François Amadieu. D’abord par les instituteurs, puis par les professeurs et enfin par les recruteurs. La beauté est un statut qui vaut diplôme : elle enrichit, comme la laideur altère, nos compétences."
La tête de l’emploi
Diplôme en poche, vous pensiez être délivré de la dictature des apparences ? Erreur. "Une apparence avenante est cruciale au moment de l’embauche, mais également pour une bonne intégration au sein de l’entreprise, explique Jean-François Amadieu. Elle permet une meilleure évaluation des performances et favorise un bon déroulement de carrière." Le candidat sera jugé d’abord sur des critères extérieurs : soin apporté à sa personne, poids, beauté physique, etc. 50 % des employeurs jugent qu’un physique séduisant est un critère important de recrutement (Multicity Study of Urban Inequality de H. Holzer, Michigan State University, 1993). Les critères négatifs : poids excessif, petite taille, nez trop long, grandes oreilles, visage disgracieux, mains moites…
"Les beaux sont jugés plus intelligents, plus ambitieux, plus chaleureux, plus sociables, plus équilibrés et moins agressifs", assure encore le sociologue. Ainsi, de nombreux spécialistes du recrutement estiment, consciemment ou pas, qu’une personnalité équilibrée se voit. Pire, les études prouvent qu’à diplôme équivalent un candidat au physique peu avenant sera recruté à un salaire moindre. Une situation qui n’ira pas en se résorbant : une étude anglaise, conduite sur onze mille salariés britanniques (Beauty, Statute and the Labour Market de B. Harper, 2000), prouve que si les plus beaux gagnent un peu plus que la moyenne nationale, les plus laids perçoivent des salaires de 11 à 15 % inférieurs.
"La beauté permet non seulement d’échapper au chômage, mais en plus elle se transforme en prime salariale, résume Jean-François Amadieu. La beauté est un capital humain que le marché du travail reconnaît financièrement." Ainsi démontrée, la dictature que nous imposent les apparences, comme la tyrannie médiatique et sociale que nous subissons, nous apparaissent dans ce qu’elles ont de fondamentalement injustes. "Bien sûr, nous préférerions que ce soient les mérites de chacun qui déterminent l’obtention des diplômes, l’accès aux emplois, etc., plutôt qu’un critère arbitraire et primitif, admet Jean-François Amadieu. Mais c’est en disant la vérité sur cette discrimination qu’on peut élaborer des stratégies visant à limiter, sinon contrer, l’emprise des apparences. Bien connue et bien utilisée par tous, elle peut aussi permettre de bousculer l’ordre imposé."
Des chercheurs américains (Physical Attractivities and Evaluation of Children’s Transgressions de K. K. Dion, 1972) ont demandé à des adultes de juger des enfants de 7 ans accusés d’avoir blessé un camarade avec une boule de neige. Dans un premier temps, les personnes interrogées se sont montrées beaucoup plus tolérantes envers les enfants les plus beaux : la faute était jugée plus légèrement lorsque le fautif était séduisant. Dans un second temps, elles se sont dit convaincues que les enfants beaux récidiveraient moins que les autres. Commentaires du sociologue Jean-François Amadieu : "Non seulement le “laid” est jugé plus responsable de sa faute que le “beau”, mais, de surcroît, cette faute apparaissant comme inscrite dans sa nature profonde, elle est susceptible d’être répétée."

Auteur: Gelly Violaine

Info:

[ inégalités ] [ injustice ] [ allure ]

lacanisme

1. Dans Le Moi dans la théorie de Freud et la technique de la psychanalyse, Lacan nous dit : "Vous voyez les possibilités de démonstration et de théorèmatisation qui se dégagent du simple usage de ces séries symboliques. Dès l’origine, et indépendamment de tout attachement à un lien quelconque de causalité supposée réelle, déjà le symbole joue, et engendre par lui-même ses nécessités, ses structures, ses organisations. C’est bien de cela qu’il s’agit dans notre discipline, pour autant qu’elle consiste à sonder dans son fond quelle est, dans le monde du sujet humain, la portée de l’ordre symbolique".

Il semble bien qu’il ait fait ici une démonstration à visée théorèmatique… comme il dit. L’ordre symbolique, communément représenté par la structure du discours, s’impose à nous : il n’y a pas de je parle dans mon discours, il n’y a que du ça parle ! C’est la Loi symbolique du signifiant qui parle lorsque l’Homme se met à discourir. L’inconscient est structuré comme un langage, nous disait Lacan, et il est pris, comme prisonnier, dans l’autonomie syntaxique du réseau des signifiants.

2. La théorèmatique de Lacan nous renseigne sur la praxis analytique : "Cette position de l’autonomie du symbolique est la seule qui permette de dégager de ses équivoques la théorie et la pratique de l’association libre en psychanalyse". 

En effet, dans l’association libre, les signifiants s’enchaînent les uns après les autres, selon un hasard qui n’a rien à voir avec l’aléatoire, mais qui transpire la détermination symbolique liée à un réel qui se rate et qui ne peut se dire autrement que par l’insistance de son absence, jusqu’au signifiant premier lui-même. La répétition est le leurre symbolique car ce qui brille par son absence reste introuvable dans la série du hasard et se rate à chaque coup de dés.

De plus, Lacan nous indique que "seuls les exemples de conservation, indéfinie dans leur suspension, des exigences de la chaîne symbolique […] permettent de concevoir où se situe le désir inconscient dans sa persistance indestructible".

Le désir inconscient serait donc perceptible par l’insistance de certains signifiants dans la chaîne symbolique du discours libre, dont la persistance ne serait que le témoin de la dérobade perpétuelle d’un signifiant-clé, ou réel, qui échappe systématiquement au discours parce que soumis à la loi syntaxique du refoulement inconscient.

La rencontre avec le réel, tuchê, dans le réseau des signifiants, automaton, est une rencontre manquée, ratée, toujours ajournée, reportée à plus tard, au hasard d’une rencontre future, qui se ratera inexorablement.

"Ce qui est caché n’est jamais que ce qui manque à sa place" et c’est bien là le point crucial qui doit nous faire porter notre attention sur la certitude de ne pas voir ou de ne pas trouver ce qui est pourtant là, sous nos yeux et qui nous est invisible, à l’instar de la lettre volée. La place du signifiant dans le symbolique décide des coupures et des changements de syntaxe qui sont l’essence de la détermination symbolique. On ne peut forcer le hasard… ni contraindre le réel à se montrer, sauf peut-être si l’on admet que le réel se présente comme une trouvaille prête à se dérober à nouveau, introduisant ainsi la dimension de la perte. Le réel n’est finalement qu’un trou, perceptible uniquement par ses bords. Et ce qui est caché n’est que ce qui manque à sa place dans le symbolique, car dans le réel, il y est toujours, à sa place. Ce réel, lié au désir inconscient, persiste et signe tout au long de nos discours, alors même qu’il s’en trouve exclu.

3. La causalité de cette exclusion inéluctable s’amorce dans la parole. Stéphane Mallarmé écrivait en 1897 le poème qui commence par "Un coup de dés jamais n’abolira le hasard" et qui finit par "Toute pensée émet un coup de dés". À chaque fois que la parole se fait entendre, la répétition symbolique est à l’œuvre et modifie par rétroaction les places des signifiants antérieurs, comme des métamorphoses des réminiscences imaginaires ou symboliques. Ces métamorphoses rendent alors encore plus opaque la loi syntaxique et dissimulent sous des aspects objectivables et abordables par le conscient, la vérité de l’ineffable réel.

Or, les lois de la détermination symbolique sont antérieures à toute parole, en ce sens qu’un chiffre n’est jamais choisi au hasard : même s’il existe d’étranges coïncidences que l’on pourrait croire liées au destin ou même s’il existe des lois mathématiques réelles permettant de prédire la probabilité d’apparition d’une rencontre parmi toutes, seule la coupure engendre la loi et ce n’est qu’à l’exhiber dans le symbolique que cette coupure peut faire émerger le nouage d’avec le réel.

Dans l’association libre, que l’on aimerait imager comme une suite de signifiants choisis au hasard, la loi syntaxique inconsciente est considérée par l’analysant comme une vérité subjective, voire même éclairante. Or, la coupure qu’insuffle l’analyste au moment même où cette certitude s’ancre dans le symbolique, va chambouler la loi qui s’était inscrite et remettre les compteurs à zéro : à partir d’un signifiant dernier, une nouvelle association libre commence alors, accompagnée de la loi syntaxique inconsciente, qui, elle, se répète encore peut-être à l’identique. Quoi qu’il en soit, les coupures insufflées par l’analyste bouleversent et métamorphosent le réseau, en tant que système, des signifiants et accompagnent l’analysant dans sa quête asymptotique d’un réel indicible, dont seule la tuchê, en tant que rencontre manquée, reflète le stigmate.

La coupure a donc le pouvoir de réveiller la tuchê, en désarçonnant la loi de l’automaton.

Et c’est bien ce que l’analyste Jacques Lacan vient de faire devant nous en différé : une coupure. Son regard singulier sur la structure de l’Inconscient, régi par la loi des signifiants, insuffle cette coupure qui nous permet, à nous ici, d’éviter le malentendu en prenant conscience de la suprématie de la loi des signifiants dans nos discours, suprématie qui nous constitue en tant que "parlêtre".

Enfin, écoutons Lacan dans Les quatre concepts… : "Le côté formé de la relation entre l’accident qui se répète et ce sens qui est la véritable réalité et qui nous conduit vers le Trieb, la pulsion, voilà ce qui nous donne la certitude, qu’il y a autre chose pour nous, dans l’analyse, à nous donner comme visée de démystifier l’artefact du traitement que l’on appelle le transfert, pour le ramener à ce qu’on appelle la réalité prétendument toute simple de la situation."

Ceci pour clore sur ce que Lacan répètera souvent : le transfert, entre analyste et analysant, n’est pas la répétition d’une affection (amour ou haine) inscrite dans le passé affectif de l’analysant, bien que le transfert puisse être le lieu d’une répétition symbolique. L’analyste est le sujet supposé doté d’un certain savoir, sans doute celui de distinguer l’automaton de la tuchê, c’est-à-dire de reconnaître, dans la profusion automatique du réseau des signifiants du discours de l’analysant, ce qui peut être coupé ou saisi au vol et qui tient de la rencontre avec le réel.

En d’autres termes, ce qui est à découvrir n’est pas ce qui se répète, mais bien au contraire ce qui se dérobe systématiquement et le transfert psychanalytique est sans doute une voie (une voix ?) souscrivant à cette rencontre impossible.

Auteur: Sofiyana Agnes

Info: Tuchê et Automaton. Introduction à l'Introduction au séminaire sur La Lettre volée. In, La clinique lacanienne 2004/2 (no 8), pages 199 à 220. Epilogue

ouverture

CRAINTIFS INVÉTÉRÉS vs CRÉATIFS VERTÉBRÉS,
Bonjour Paul Jorion,
" Pourquoi élisons-nous des gens qui n'ont pas le courage ensuite de faire ce qu'il faut ? " Parce que les gens qui auraient le courage de faire ce qu'il faut n'ont pas eu le courage de frayer pendant des années, dans les eaux troubles et nauséeuses fréquentées par des gens qui n'ont aucun courage... et qu'ils ne se retrouvent donc jamais en position d'être élus, voire de simplement se présenter devant les électeurs.
J'ai cru personnellement que François Hollande était quelqu'un de cette trempe... jouer les figurants appliqués pour avoir un jour le pouvoir de changer les choses de l'intérieur et durablement... Pour l'instant, il semble que je me sois trompé... ou bien ce fut peut-être le cas au début (car je ne me trompe jamais ;o)) mais il se sera peut-être perdu en chemin... par osmose, il aura attrapé la pétochite chronique ou la scélératose aiguë... Ou bien, miracle, je vais bientôt avoir la surprise incroyable de m'apercevoir que je ne m'étais point trompé... que le bonhomme attendait le bon moment... peut-être a-t-il un plan?... Normalement comme je ne me trompe jamais, c'est ce qui va arriver... et l'on pourra dire : " C'est bon, pour une fois, on a élu un type qui avait du courage... " Un type suffisamment intelligent pour se dire qu'il n'a pas besoin de deux quinquennats pour faire changer les choses... Mais peut-être aussi qu'il attend qu'on l'y pousse... c'est ce que j'avais exprimé quelque temps après son élection... j'avais exprimé mon ressentiment contre l'opposition de gauche qui finalement ne donnait pas grand chose à F. Hollande qu'il puisse faire entendre à Bruxelles ou en Allemagne... comme une France bloquée durant des mois par exemple... si c'était le cas, peut-être que sa voix serait plus sûre, ses arguments plus pointus et la nécessité d'un changement profond plus entendue...
Bonjour Michel Leis,
J'ai bien entendu l'esprit de votre dernier billet et dans un sens je comprends les priorités qui vous ont amené à le rédiger mais je pense malgré tout ne pas être en accord avec vous sur un point de détail qui s'avère être si l'on y réfléchit en réalité plus profondément, absolument crucial... Vous écrivez: " Le vrai travail à réaliser, c'est un exercice de prospective pragmatique : dessiner un paysage global pour le futur et un chemin pour y parvenir. " Et cela semble nourri de bon sens mais en fait, je pense que ça va totalement à l'encontre :
1/ De l'objectif que vous fixez vous-même : c'est-à-dire parvenir à enrayer l'alternative " mauvais populisme/TINA " et
2/ ... du fonctionnement naturel de l'Homme.
Cette manière (objectif visé - moyens utilisés) qui à pu faire ses preuves dans certains domaines et à certains moments atteint à présent ses limites... Alors, il est dur pour moi d'expliquer exactement ce que je ressens car c'est en quelque sorte un mélange de deux notions contradictoires, et pourtant... À la fois, oui, savoir où l'on veut aller, en décrivant le chemin à prendre... oui effectivement, c'est ainsi qu'une guerre en Irak se gère, c'est ainsi que tous les jours l'Homme fabrique, cultive, construit etc. mais en même temps, non... pour les choses importantes, et bien je pense que ça n'est pas ainsi que cela se passe... Je pense que l'improvisation est la colonne vertébrale de l'humanité et le berceau de la créativité et du génie... et que justement, si l'on en est là aujourd'hui (dans une impasse qui menace notre avenir) c'est parce que l'homme (craintif) à voulu tout baliser (sans jeu de mots), tout prévoir, tout planifier, tout rationaliser... Lorsque l'on agit ainsi, finalement, on en perd l'objectif premier justement, qui se métamorphose... et qui devient... et bien qui devient " rationaliser "... voilà le danger... tous les objectifs passent au second plan pour laisser la place à la " rationalité "... il n'y a plus qu'un seul objectif... il faut rationaliser, aseptiser, quadriller, étouffer... L'Homme de génie que nous sommes tous avant aseptisation, se lance... il doit posséder des savoirs, avoir une vision de ce qu'il veut, il envisage des possibilités (des chemins) certes... mais il avance comme en transe à la recherche de l'incarnation de ce qu'il a pressenti, entrevu... guidé par ce que j'appelle des " piliers "... (ses piliers qui le délimitent et qui le caractérisent) il se lance sans pouvoir être certain du résultat... et là encore, on se rend compte que les objectifs finalement sont secondaires et qu'ils cachent en fait un objectif plus grand... la spontanéité... Ressentir la spontanéité, prendre du plaisir à voir se créer concrètement devant ses yeux quelque chose que l'on avait seulement pressenti...
Mais aujourd'hui, pour de très bonnes raisons... ou plutôt non... pour de légitimes raisons (la crainte donc...) la vie est figée... on ne peut plus rien faire... Nous avons perdu la liberté... Paradoxal tout de même de s'apercevoir que les pauvres comme les plus riches se retrouvent sur un point... Le manque de liberté... les plus riches font parfois illusion mais en fait il brassent de l'air... ils sont lancés à vive allure dans une direction qu'ils n'ont pas choisie... à suivre les règles d'un monde fantasmé qu'ils ont intégré mais qui s'avère être très vite un miroir aux alouettes...... bref, ils sont coincés comme des rats... à se regarder en chiens de faïence... à se renifler le derrière.... Alors oui, bien sûr qu'il est bon de penser, d'entendre, de connaître les expertises et les propositions de personnes comme Paul... bien sûr que tout ce qui a été dit sur ce blog est essentiel... mais il ne faudrait pas s'enfoncer dans la même erreur et au final se tromper de combat... Les deux camps ne sont pas : les ultra-libéraux fascisants vs les mauvais populistes fascisants.... qui ne sont que les deux faces d'une même pièce... Non, les deux véritables opposants dans cette guerre sont : les craintifs invétérés vs les créatifs vertébrés. Et c'est vrai que les craintifs deviennent très vite d'une manière comme d'une autre, experts en solutions fascisantes... et c'est vrai qu'ils sont légion... mais c'est vrai aussi qu'à une certaine période de l'histoire, des créatifs vertébrés, par lassitude ou par aveuglement ont bel et bien changé de bord... ils ont décidé en quelque sorte de laisser parler leur crainte... tout en poursuivant leur chemin, ce qui fait qu'ils ne se sont rendu compte de rien... les moyens étaient bons puisque la fin les justifiait... Peu importe les objectifs... ou plutôt, ce qu'il importe de garder en tête c'est que l'objectif c'est: la liberté de créer, la liberté d'improviser... c'est cela en définitive que nous défendons... c'est cela qui est aujourd'hui piétiné... Les autoroutes du comment vivre, les clapiers à bonheur, les mensonges, les clichés, les âneries, les magouilles... l'esprit de clan, la compétition, le grand vide... tout cela est de la crainte qui tente de se grimer... et c'est contre ça qu'il faut lutter... aucune certitude sur le chemin à prendre ne nous garantira la réussite de quoique ce soit... Une seule certitude... la certitude c'est de la crainte figée, glorifiée qui nous enterre... Un seul chemin... ouvrir grand les possibles... désengorger... communiquer cela... Improvisation et création sont les piliers... ils sont l'objectif et les moyens... ils doivent être le cadre et le moteur... la référence... et tout ce qui leur porte atteinte doit être modifié... il est là le chemin...

Auteur: Al

Info: 7 juin 2013 sur le blog de JORION

[ helvète ] [ évolution ] [ bricolage ] [ adaptation ]

nanomonde

Comment l’IA impacte la recherche sur la structure des protéines

Chaque être humain possède plus de 20 000 protéines. Par exemple l’hémoglobine qui s’occupe du transport de l’oxygène depuis les poumons vers les cellules de tout le corps, ou encore l’insuline qui indique à l’organisme la présence de sucre dans le sang.

Chaque protéine est formée d’une suite d’acides aminés, dont la séquence détermine son repliement et sa structure spatiale – un peu comme si un mot se repliait dans l’espace en fonction des enchaînements de lettres dont il est composé. Cette séquence et ce repliement (ou structure) de la protéine déterminent sa fonction biologique : leur étude est le domaine de la « biologie structurale ». Elle s’appuie sur différentes méthodes expérimentales complémentaires, qui ont permis des avancées considérables dans notre compréhension du monde du vivant ces dernières décennies, et permet notamment la conception de nouveaux médicaments.

Depuis les années 1970, on cherche à connaître les structures de protéines à partir de la seule connaissance de la séquence d’acides aminés (on dit « ab initio »). Ce n’est que très récemment, en 2020, que ceci est devenu possible de manière quasi systématique, avec l’essor de l’intelligence artificielle et en particulier d’AlphaFold, un système d’IA développé par une entreprise appartenant à Google.

Face à ces progrès de l’intelligence artificielle, quel est désormais le rôle des chercheurs en biologie structurale ?

Pour le comprendre, il faut savoir qu’un des défis de la biologie de demain est la "biologie intégrative", qui a pour objectif de comprendre les processus biologiques au niveau moléculaire dans leurs contextes à l’échelle de la cellule. Vu la complexité des processus biologiques, une approche pluridisciplinaire est indispensable. Elle s’appuie sur les techniques expérimentales, qui restent incontournables pour l’étude de la structure des protéines, leur dynamique et leurs interactions. De plus, chacune des techniques expérimentales peut bénéficier à sa manière des prédictions théoriques d’AlphaFold.

(Photo) Les structures de trois protéines de la bactérie Escherichia coli, déterminées par les trois méthodes expérimentales expliquées dans l’article, à l’Institut de Biologie Structurale de Grenoble. Beate Bersch, IBS, à partir d’une illustration de David Goodsell, Fourni par l'auteur

La cristallographie aux rayons X

La cristallographie est, à cette date, la technique la plus utilisée en biologie structurale. Elle a permis de recenser plus de 170 000 structures de protéines dans la "Protein Data Bank", avec plus de 10 000 repliements différents.

Pour utiliser la cristallographie à rayons X, il faut faire "cristalliser les protéines". On dit souvent que cette technique est limitée par la qualité de cristaux de protéines, qui est moindre pour les grosses protéines. Mais cette notion ne correspond pas toujours à la réalité : par exemple, la structure du ribosome, l’énorme machine moléculaire qui assemble les protéines, a été résolue à 2,8 angströms de résolution. Venkatraman Ramakrishnan, Thomas Steitz et Ada Yonath ont reçu le prix Nobel de chimie en 2009 pour ce travail.

Avec le développement récent du laser X à électron libre (XFEL), il est devenu possible d’étudier simultanément des milliers de microcristaux de protéines à température ambiante et à l’échelle de la femtoseconde (10-15 secondes, soit un millionième de milliardième de seconde, l’échelle de temps à laquelle ont lieu les réactions chimiques et le repliement des protéines). Cette technique permet d’imager les protéines avant qu’elles ne soient détruites. Elle est en train de révolutionner la "cristallographie cinétique", qui permet de voir les protéines "en action", ainsi que la recherche de médicaments.

Pour l’instant, l’apport d’AlphaFold à l’étude de la structure des protéines par cristallographie s’est concentré dans la génération de modèles de protéines assez précis pour appliquer la technique dite de "remplacement moléculaire" à la résolution des structures.

La spectroscopie par résonance magnétique nucléaire

Une autre méthode expérimentale pour étudier la structure des protéines est la "spectroscopie par résonance magnétique nucléaire". Alors que son alter ego d’imagerie médicale, l’IRM, regarde la distribution spatiale d’un seul signal, caractéristique des éléments chimiques dans les tissus biologiques observés, en spectroscopie par résonance magnétique nucléaire, c’est un ensemble de signaux provenant des atomes constituant la protéine qui est enregistré (ce qu’on appelle le "spectre").

Généralement, la détermination de la structure par résonance magnétique est limitée à des protéines de taille modeste. On calcule des modèles de molécules basés sur des paramètres structuraux (comme des distances interatomiques), provenant de l’analyse des spectres expérimentaux. On peut s’imaginer cela comme dans les débuts de la cartographie, où des distances entre des points de référence permettaient de dessiner des cartes en 2D. Pour faciliter l’interprétation des spectres qui contiennent beaucoup d’information, on peut utiliser des modèles obtenus par prédiction (plutôt qu’expérimentalement), comme avec AlphaFold.

En plus de la détermination structurale, la spectroscopie par résonance magnétique nucléaire apporte deux atouts majeurs. D’une part, en général, l’étude est effectuée avec un échantillon en solution aqueuse et il est possible d’observer les parties particulièrement flexibles des protéines, souvent invisibles avec les autres techniques. On peut même quantifier leur mouvement en termes d’amplitude et de fréquence, ce qui est extrêmement utile car la dynamique interne des protéines est aussi cruciale pour leur fonctionnement que leur structure.

D’autre part, la spectroscopie par résonance magnétique nucléaire permet de détecter aisément les interactions des protéines avec des petites molécules (ligands, inhibiteurs) ou d’autres protéines. Ceci permet d’identifier les sites d’interaction, information essentielle entre autres pour la conception rationnelle de molécules actives comme des médicaments.

Ces propriétés font de la spectroscopie par résonance magnétique nucléaire un outil extraordinaire pour la caractérisation fonctionnelle des protéines en complémentarité avec d’autres techniques expérimentales et l’IA.

La "cryomicroscopie électronique"

La cryomicroscopie électronique consiste à congeler ultrarapidement (environ -180 °C) un échantillon hydraté dans une fine couche de glace, qui sera traversée par les électrons. Les électrons transmis vont générer une image de l’échantillon, qui après analyse, permet d’accéder à des structures qui peuvent atteindre la résolution atomique. En comparaison, un microscope optique n’a un pouvoir résolutif que de quelques centaines de nanomètres, qui correspond à la longueur d’onde de la lumière utilisée ; seul un microscope utilisant une source possédant des longueurs d’onde suffisamment faibles (comme les électrons pour la microscopie électronique) possède un pouvoir résolutif théorique de l’ordre de l’angström. Le prix Nobel de Chimie 2017 a été décerné à Jacques Dubochet, Richard Henderson et Joachim Frank pour leurs contributions au développement de la cryomicroscopie électronique.

Avec de nombreux développements technologiques, dont celui des détecteurs à électrons directs, depuis le milieu des années 2010, cette technique est devenue essentielle en biologie structurale en amorçant une "révolution de la résolution". En effet, la cryomicroscopie électronique permet désormais d’obtenir des structures avec une résolution atomique, comme dans le cas de l’apoferritine – une protéine de l’intestin grêle qui contribue à l’absorption du fer – à 1,25 angström de résolution.

Son principal atout est de permettre de déterminer la structure d’objets de taille moyenne, au-delà de 50 000 Dalton (un Dalton correspond environ à la masse d’un atome d’hydrogène), comme l’hémoglobine de 64 000 Dalton, mais également d’objets de quelques milliards de daltons (comme le mimivirus, virus géant d’environ 0,5 micromètre).

Malgré toutes les avancées technologiques précédemment évoquées, la cryomicroscopie ne permet pas toujours de résoudre à suffisamment haute résolution la structure de "complexes", constitués de plusieurs protéines. C’est ici qu’AlphaFold peut aider et permettre, en complémentarité avec la cryomicroscopie, de décrire les interactions au niveau atomique entre les différents constituants d’un complexe. Cette complémentarité donne une force nouvelle à la cryomicroscopie électronique pour son rôle à jouer demain en biologie structurale.

Les apports d’AlphaFold

AlphaFold permet de prédire la structure de protéines uniquement à partir de leur séquence avec la connaissance acquise par la biologie structurale expérimentale. Cette approche est révolutionnaire car les séquences de beaucoup de protéines sont connues à travers les efforts des séquençages des génomes, mais déterminer leurs structures expérimentalement nécessiterait des moyens humains et techniques colossaux.

À l’heure actuelle, ce type de programme représente donc un acteur supplémentaire de complémentarité, mais ne se substitue pas aux techniques expérimentales qui, comme nous l’avons vu, apportent aussi des informations complémentaires (dynamiques, interfaces), à des échelles différentes (des sites métalliques aux complexes multiprotéiques) et plus fiables, car expérimentalement vérifiées. Au-delà de la pure détermination structurale d’une protéine isolée, la complexité des systèmes biologiques nécessite souvent une approche pluridisciplinaire afin d’élucider mécanismes et fonctions de ces biomolécules fascinantes que sont les protéines.

Auteur: Internet

Info: Published: December 19, 2022 Beate Bersch, Emmanuelle Neumann, Juan Fontecilla, Université Grenoble Alpes (UGA)

[ gnose chimique ]

chimiosynthèse

Les cellules souterraines produisent de l'« oxygène sombre » sans lumière

Dans certaines profondes nappes souterraines, les cellules disposent d’une astuce chimique pour produire de l’oxygène qui pourrait alimenter des écosystèmes souterrains entiers.

(Photo - Dans un monde ensoleillé, la photosynthèse fournit l’oxygène indispensable à la vie. Au fond des profondeurs, la vie trouve un autre chemin.)

Les scientifiques se sont rendu compte que le sol et les roches sous nos pieds abritent une vaste biosphère dont le volume global est près de deux fois supérieur à celui de tous les océans de la planète. On sait peu de choses sur ces organismes souterrains, qui représentent l’essentiel de la masse microbienne de la planète et dont la diversité pourrait dépasser celle des formes de vie vivant en surface. Leur existence s’accompagne d’une grande énigme : les chercheurs ont souvent supposé que bon nombre de ces royaumes souterrains étaient des zones mortes pauvres en oxygène, habitées uniquement par des microbes primitifs qui maintiennent leur métabolisme au ralenti et se débrouillent grâce aux traces de nutriments. À mesure que ces ressources s’épuisent, pensait-on, l’environnement souterrain devient sans vie à mesure que l’on s’enfonce.

Dans une nouvelle recherche publiée le mois dernier dans Nature Communications , les chercheurs ont présenté des preuves qui remettent en question ces hypothèses. Dans des réservoirs d'eau souterraine situés à 200 mètres sous les champs de combustibles fossiles de l'Alberta, au Canada, ils ont découvert des microbes abondants qui produisent des quantités étonnamment importantes d'oxygène, même en l'absence de lumière. Les microbes génèrent et libèrent tellement de ce que les chercheurs appellent " l'oxygène noir " que c'est comme découvrir " le même quantité d'oxygène que celle  issue de la photosynthèse dans la forêt amazonienne ", a déclaré Karen Lloyd , microbiologiste souterrain à l'Université du Tennessee qui n'était pas partie de l’étude. La quantité de gaz diffusé hors des cellules est si grande qu’elle semble créer des conditions favorables à une vie dépendante de l’oxygène dans les eaux souterraines et les strates environnantes.

"Il s'agit d'une étude historique", a déclaré Barbara Sherwood Lollar , géochimiste à l'Université de Toronto qui n'a pas participé aux travaux. Les recherches antérieures ont souvent porté sur les mécanismes susceptibles de produire de l'hydrogène et d'autres molécules vitales pour la vie souterraine, mais cette création de molécules contenant de l'oxygène a été largement négligée car ces molécules sont très rapidement consommées dans l'environnement souterrain. Jusqu’à présent, " aucune étude n’a rassemblé tout cela comme celle-ci ", a-t-elle déclaré.

La nouvelle étude a porté sur les aquifères profonds de la province canadienne de l’Alberta, qui possède des gisements souterrains si riches en goudron, en sables bitumineux et en hydrocarbures qu’elle a été surnommée " le Texas du Canada ". Parce que ses énormes industries d'élevage de bétail et d'agriculture dépendent fortement des eaux souterraines, le gouvernement provincial surveille activement l'acidité et la composition chimique de l'eau. Pourtant, personne n’avait étudié systématiquement la microbiologie des eaux souterraines.

Pour Emil Ruff , mener une telle enquête semblait être " une solution facile " en 2015 lorsqu'il a commencé son stage postdoctoral en microbiologie à l'Université de Calgary. Il ne savait pas que cette étude apparemment simple le mettrait à rude épreuve pendant les six prochaines années.

Profondeurs encombrées

Après avoir collecté l'eau souterraine de 95 puits à travers l'Alberta, Ruff et ses collègues ont commencé à faire de la microscopie de base : ils ont coloré des cellules microbiennes dans des échantillons d'eau souterraine avec un colorant à base d'acide nucléique et ont utilisé un microscope à fluorescence pour les compter. En radiodatant la matière organique présente dans les échantillons et en vérifiant les profondeurs auxquelles ils avaient été collectés, les chercheurs ont pu identifier l'âge des aquifères souterrains qu'ils exploitaient.

Une tendance dans les chiffres les intriguait. Habituellement, lors d'études sur les sédiments sous le fond marin, par exemple, les scientifiques constatent que le nombre de cellules microbiennes diminue avec la profondeur : les échantillons plus anciens et plus profonds ne peuvent pas abriter autant de vie car ils sont davantage privés des nutriments produits par les plantes photosynthétiques. et des algues près de la surface. Mais à la surprise de l'équipe de Ruff, les eaux souterraines plus anciennes et plus profondes contenaient plus de cellules que les eaux plus douces.

Les chercheurs ont ensuite commencé à identifier les microbes présents dans les échantillons, à l’aide d’outils moléculaires pour repérer leurs gènes marqueurs révélateurs. Beaucoup d’entre eux étaient des archées méthanogènes – des microbes simples et unicellulaires qui produisent du méthane après avoir consommé de l’hydrogène et du carbone suintant des roches ou de la matière organique en décomposition. De nombreuses bactéries se nourrissant du méthane ou des minéraux présents dans l’eau étaient également présentes.

Ce qui n'avait aucun sens, cependant, c'est que bon nombre de bactéries étaient des aérobies, des microbes qui ont besoin d'oxygène pour digérer le méthane et d'autres composés. Comment les aérobies pourraient-ils prospérer dans des eaux souterraines qui ne devraient pas contenir d’oxygène, puisque la photosynthèse est impossible ? Mais les analyses chimiques ont également révélé une grande quantité d’oxygène dissous dans les échantillons d’eau souterraine de 200 mètres de profondeur.

C'était du jamais vu. "On a sûrement foiré l'échantillon", fut la première réaction de Ruff.

Il a d’abord tenté de montrer que l’oxygène dissous dans les échantillons était le résultat d’une mauvaise manipulation. "C'est comme être Sherlock Holmes", a déclaré Ruff. " Vous essayez de trouver des preuves et des indications " pour réfuter vos hypothèses. Cependant, la teneur en oxygène dissous semblait constante sur des centaines d’échantillons. Une mauvaise manipulation ne pouvait pas l'expliquer.

Si l’oxygène dissous ne provenait pas d’une contamination, d’où venait-il ? Ruff s'est rendu compte qu'il près de quelque chose de grand, même si faire des affirmations controversées va à l'encontre de sa nature. Beaucoup de ses co-auteurs avaient également des doutes : cette découverte menaçait de briser les fondements de notre compréhension des écosystèmes souterrains.

Produire de l'oxygène pour tout le monde

En théorie, l’oxygène dissous dans les eaux souterraines pourrait provenir de plantes, de microbes ou de processus géologiques. Pour trouver la réponse, les chercheurs se sont tournés vers la spectrométrie de masse, une technique permettant de mesurer la masse des isotopes atomiques. En règle générale, les atomes d’oxygène provenant de sources géologiques sont plus lourds que l’oxygène provenant de sources biologiques. L’oxygène présent dans les eaux souterraines était léger, ce qui impliquait qu’il devait provenir d’une entité vivante. Les candidats les plus plausibles étaient les microbes.

Les chercheurs ont séquencé les génomes de l’ensemble de la communauté microbienne présente dans les eaux souterraines et ont repéré les voies et réactions biochimiques les plus susceptibles de produire de l’oxygène. Les réponses pointaient sans cesse vers une découverte faite il y a plus de dix ans par Marc Strous de l'Université de Calgary, auteur principal de la nouvelle étude et chef du laboratoire où travaillait Ruff.

Alors qu'il travaillait dans un laboratoire aux Pays-Bas à la fin des années 2000, Strous avait remarqué qu'un type de bactérie se nourrissant de méthane, souvent présente dans les sédiments des lacs et les boues d'épuration, avait un mode de vie étrange. Au lieu d'absorber l'oxygène de son environnement comme les autres aérobies, ces bactéries créent leur propre oxygène en utilisant des enzymes pour décomposer les composés solubles appelés nitrites (qui contiennent un groupe chimique composé d'azote et de deux atomes d'oxygène). Les bactéries utilisent l’oxygène auto-généré pour transformer le méthane en énergie.

Lorsque les microbes décomposent les composés de cette façon, on parle de dismutation. Jusqu’à présent, on pensait que cette méthode de production d’oxygène était rare dans la nature. Des expériences récentes en laboratoire impliquant des communautés microbiennes artificielles ont cependant révélé que l'oxygène produit par la dismutation peut s'échapper des cellules et se répandre dans le milieu environnant au profit d'autres organismes dépendants de l'oxygène, dans une sorte de processus symbiotique. Ruff pense que cela pourrait permettre à des communautés entières de microbes aérobies de prospérer dans les eaux souterraines, et potentiellement également dans les sols environnants.

Chimie pour la vie ailleurs

Cette découverte comble une lacune cruciale dans notre compréhension de l’évolution de l’immense biosphère souterraine et de la manière dont la dismutation contribue au cycle des composés se déplaçant dans l’environnement mondial. La simple possibilité que de l'oxygène soit présent dans les eaux souterraines " change notre compréhension du passé, du présent et de l'avenir du sous-sol ", a déclaré Ruff, qui est maintenant scientifique adjoint au Laboratoire de biologie marine de Woods Hole, Massachusetts.

Comprendre ce qui vit dans le sous-sol de notre planète est également " crucial pour transposer ces connaissances ailleurs ", a déclaré Sherwood Lollar. Le sol de Mars, par exemple, contient des composés perchlorates que certains microbes terrestres peuvent transformer en chlorure et en oxygène. Europe, la lune de Jupiter, possède un océan profond et gelé ; la lumière du soleil ne peut pas y pénétrer, mais l'oxygène pourrait potentiellement y être produit par dismutation microbienne au lieu de la photosynthèse. Les scientifiques ont observé des panaches de vapeur d’eau jaillissant de la surface d’Encelade, l’une des lunes de Saturne. Les panaches proviennent probablement d’un océan souterrain d’eau liquide. Si un jour nous trouvons de la vie sur d’autres mondes comme ceux-là, elle pourrait emprunter des voies de dismutation pour survivre.

Quelle que soit l'importance de la dismutation ailleurs dans l'univers, Lloyd est étonné de voir à quel point les nouvelles découvertes défient les idées préconçues sur les besoins de la vie et par l'ignorance scientifique qu'elles révèlent sur l'une des plus grandes biosphères de la planète. " C'est comme si nous avions toujours eu un œuf sur le visage ", a-t-elle déclaré.

Auteur: Internet

Info: https://www.quantamagazine.org/, Saugat Bolakhé, juillet 2023

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