femmes-hommes

 Ce n'était pas la première fois que nous sortions ensemble, même si les occasions s'espaçaient de plus en plus ; cela tenait à moi, ou à elle, à chaque fois, l'un de nous semblait reculer, et les mois passant, il en était résulté une facture en attente de règlement plutôt qu'une sorte de promesse non tenue. Comme si j'avais une obligation, comme si je devais lui faire la cour et m'exposer nécessairement à des blessures, les choses n'étant pas envisageables autrement, je m'était mis à l'éviter, mais dans cette tactique de l'évitement, elle n'était pas en reste, cela faisait des semaines que je ne l'avais plus vue, et je fus surpris qu'elle ne cherche pas d'excuse et se réjouisse même de me voir.

Auteur: Gstrein Norbert

Info: Le métier de tuer

[ jeux de séduction ]

témoignage

Pour mon malheur, ou du moins ma malchance, je ne trouvais que deux sortes d’attitudes chez les gens du dehors. Les uns évitaient de vous questionner, vous traitaient comme si vous reveniez d’un banal voyage à l’étranger. Vous voilà donc de retour ! Mais c’est qu’ils craignaient les réponses, avaient horreur de l’inconfort moral qu’elles auraient pu leur apporter. Les autres posaient des tas de questions superficielles, stupides –dans le genre : c’était dur, hein ?-, mais si on leur répondait, même succinctement, au plus vrai, au plus profond, opaque, indicible, de l’expérience vécue, ils devenaient muets, s’inquiétaient, agitaient les mains, invoquaient n’importe quelle divinité tutélaire pour en rester là. Et ils tombaient dans le silence, comme on tombe dans le vide, un trou noir, un rêve.

Auteur: Semprun Jorge

Info: L'Ecriture ou la vie

[ camps de concentration ] [ malaise ] [ gêne ] [ évitement ]

complexe linguistique

Je ne connaissais alors que quelques mots d'arabe. Je ne pouvais pas vraiment imaginer apprendre la langue. À l'oral, elle s'exprime exactement comme à l'écrit - musicale et fluide, mais totalement incompréhensible, et je me surprenais donc à reconnaître correctement les sons qui surgissaient. Mabsout (heureux) fut l'un de mes tout premiers mots, car tout le monde me demandait sans arrêt si je l'étais. J'avais un plus gros problème avec les mots beau-frère et âne. Ils avaient la même consonance : hamar. Je les ai bien mémorisés tous les deux. J'ai essayé d'entendre la différence entre les deux, et ai réessayé quand on m'a appris qu'il y a trois sons "h" distincts. J'évoquais mes beaux-frères en tant que "frères de Mohammad" ou comme Salem ou Ibrahim, et m'efforçais de ne pas utiliser le mot "âne" au cas où ça aurait trop ressemblé à "beau-frère". Ce fut un vrai problème plus tard, lorsque nous eûmes notre propre âne, que nous le laissions paître, et que je devais parcourir les collines à sa recherche, en demandant si quelqu'un l'avait vu. Il a fallu des années avant que je découvre que la différence n'avait rien à voir avec le "h" du tout, mais avec la prononciation du "r" final. Beau-frère n'en avait pas.  Il était donc un hamaa.

Auteur: Geldermalsen Marguerite Van

Info: Mariée à un Bédouin

[ nouvelle langue ] [ évitements ]

extraterrestres

Lorsque nous n'avons pas à notre disposition la méthodologie habituelle, celle qui permet de reproduire un phénomène ou une expérience, il ne nous reste plus que la spéculation. Celle-ci est aussi très limitée puisqu'elle fonctionne toujours à base d'analogie, d'associations, de comparaison des ressemblances, mises en parallèles et autres parentés que peuvent générer notre cerveau après x millions d'années d'évolution... Comme s'il y avait des archétypes définitifs pour toutes les races et les espaces potentiels, ce qui reste à voir puisque nous sommes probablement limités par nos sens et notre éducation.
A moins peut-être de prendre la vie comme une naissance perpétuelle. De rester toujours apte à voir, sans préjugés ni représentations.
Ainsi des OVNIS et autres ET'S. Comment reconnaître quelque chose configuré pour et par une autre intelligence ?
Les intelligences sont-elles proches, suivent-elles des modes opératoires similaires, à base de survie, de camouflage et d'évitement... de jeu... d'observation méditation ?
Et puis, quelle dérision, quand à l'observation d'un phénomène inexpliqué on se permet d'affirmer que l'apparition se comportait de manière intelligente...
Faut-il tenter de transcender cette spéculation ? Ou se laisser gagner par l'avidité de "savoir", comme ces adolescents qui s'enflamment devant le phénomène en voulant tout expliquer à la sauce science-fiction. Une science-fiction imaginée et limitée par les représentations humaines.
Ou revenir vers la quête intérieure, celle d'une humilité qui redonne leur part au rêve et au mysticisme... Nous débarrasser du rationalisme pour recommencer un voyage intérieur que la société de consommation a tout fait pour empêcher ?

Auteur: Mg

Info: 2 novembre 2013

[ dépassement ] [ question ]

fuite

La plus remarquable des facultés de notre esprit est sans doute sa capacité à faire face à la douleur. Selon la pensée classique, l'esprit est doté de quatre portes, que chacun franchit selon la nécessité qui l'y pousse.
La première, c'est celle du sommeil. Le sommeil nous procure un abri loin du monde et de toutes ses souffrances. Le sommeil facilite le passage du temps, mettant à distance ce qui nous fait mal. Lorsqu'une personne est blessée, bien souvent, elle perd connaissance. De même, quelqu'un qui apprend une nouvelle bouleversante pourra s'évanouir. Franchir cette première porte, c'est la façon dont l'esprit se protège de la douleur.
La deuxième porte est celle de l'oubli. Il est des blessures trop profondes pour guérir, du moins pour s'en rétablir promptement. De surcroît, nombre de souvenirs sont tout simplement trop douloureux et on ne peut en espérer aucun apaisement. Le vieux dicton selon lequel "le temps guérit tous les maux" est faux. Le temps guérit la plupart des maux. Le reste est dissimulé derrière cette porte.
La troisième porte est celle de la folie. Il y a des moments où 'esprit subit un tel choc qu'il se réfugie dans la démence. Bien qu'il semble difficile de pouvoir en tirer quelque bénéfice que ce soit, c'est pourtant le cas : il est des moments où la réalité n'est que souffrance et pour échapper à cette souffrance, l'esprit doit s'affranchir de la réalité.
La dernière porte est celle de la mort. L'ultime recours. Rien ne peut nous atteindre une fois que nous sommes morts, du moins c'est ce que l'on nous a dit.

Auteur: Rothfuss Patrick

Info: Chronique du tueur de roi, 1ère journée : Le Nom du vent

[ refuge ] [ échappatoire ] [ évitement ]

réalisation métaphysique

Si Abdallah, converti à l’Islam et sanscrisant, me fait lire les livres de René Guénon. Que serait-il advenu de moi si j’avais rencontré ceux-ci aux temps de ma jeunesse, alors que je plongeais dans la Méthode pour arriver à la vie bienheureuse et écoutais les leçons de Fichte, du plus docile que je pouvais ? Mais, en ce temps, les livres de Guénon n’étaient pas encore écrits. A présent, il est trop tard ; “les jeux sont faits, rien ne va plus”. Mon esprit sclérosé se plie aussi difficilement aux préceptes de cette sagesse ancestrale, que mon corps à la position dite “confortable” que préconisent les yogis, la seule qui leur paraisse convenir à la méditation parfaite; et, à vrai dire, je ne puis même parvenir à souhaiter vraiment celle-ci, cette résorption qu’ils cherchent de l’individu dans l’Être éternel. Je tiens éperdument à mes limites et répugne à l’évanouissement des contours que toute mon éducation prit à tâche de préciser. Aussi bien le plus clair profit que je retire de ma lecture, c’est le sentiment plus net et précis de mon occidentalité ; en quoi, pourquoi et par quoi je m’oppose. N’importe ! Ces livres de Guénon sont remarquables et m’ont beaucoup instruit, fût-ce par réaction. J’admets volontiers les méfaits de l’inquiétude occidentale, dont la guerre même reste un sous-produit; mais la périlleuse aventure où nous nous sommes imprudemment lancés valait la peine qu’elle nous coûte, valait la peine d’être courue. A présent, du reste, il est trop tard pour reculer; nous devons la mener plus avant, la mener jusqu’au bout. Et ce “bout”, cette extrémité, je tâche de me persuader que c’est Dieu, fût-il atteint par notre ruine. Il faudrait sans doute la “position confortable” pour mener à maturité cette pensée. En attendant, je persévère dans mon erreur; et je ne puis envier une sagesse qui consiste à se retirer du jeu. Je veux “en être” et dût-il m’en coûter.

Auteur: Gide André

Info: 1943

[ évitement ] [ justifications ] [ force de l'habitude ]

pandémies

À partir du moment où nous disposons d'archives écrites, les preuves de l'occurence d'épidémies mortelles se multiplient et l'on peut en déduire de façon prudente leur existence à des périodes antérieures. L'épopée de Gilgamesh en est peut-être le témoignage le plus parlant, avec le passage où son héros affirme que sa renommée survivra à la mort tout en décrivant le spectacle d'un flot de cadavres descendant l'Euphrate, probablement victimes d'une maladie infectieuse. Il semble bien que les Mésopotamiens aient constamment vécu sous la menace d'épidémies létales. C'est ce dont témoignent les amulettes, les prières, les poupées prophylactiques et l'existence de déesses et de temples aux vertus " curatives " — le plus célèbre étant celui de Nippur — destinés à protéger les humains contre ces maladies collectives. Ces phénomènes étaient, bien entendu, assez mal compris à l'époque, et souvent attribués à la colère meurtrière d'un dieu, ou bien perçus comme la punition d'une transgression qui exigeait un rituel compensatoire, tel le sacrifice de boucs émissaires.
Les premières sources écrites montrent toutefois que les peuples de la Mésopotamie antique comprenaient le principe de la contagion. Chaque fois que c'était possible, ils prenaient des mesures afin de mettre en quarantaine les premiers cas identifiables en les confinant à leurs domiciles sans laisser entrer ni sortir personne. Ils comprenaient que les voyageurs de longue distance, les commerçants et les soldats pouvaient être porteurs de maladies. Leurs pratiques d'isolement et de prévention préfigurent les mesures de quarantaine des lazarets des ports de la Renaissance. Et cette compréhension de la contagion se manifestait non seulement par l'évitement des personnes infectées, mais aussi par celui de leur vaisselle, de leurs vêtements ou de leur literie. Les soldats de retour d'une campagne militaire et soupçonnés d'être porteurs d'infection étaient contraints de brûler leurs vêtements et leurs boucliers avant de pénétrer dans la ville. Lorsque l'isolement et la quarantaine échouaient, ceux qui le pouvaient fuyaient la cité, laissant derrière eux les morts et les agonisants, et ne revenant chez eux, s'ils revenaient, que bien longtemps après la fin de l'épidémie. Ce faisant, il est probable qu'ils aient fréquemment transporté avec eux la maladie dans les régions voisines, engendrant ainsi un nouveau cycle de quarantaines et de fuites. De mon point de vue, il y a peu de doute qu'une bonne partie des abandons précoces et non chroniqués de régions fortement peuplées aient eu des causes épidémiologiques plutôt que politiques.

Auteur: Scott James C.

Info: Homo Domesticus, Chapitre 3. Zoonoses : la tempête épidémiologique parfaite.

[ historique ] [ propagation ]

individu-collectif

Et dès le début du siècle une nouvelle science, la psychanalyse, explorant le vaste monde de l'inconscient, confirme que la solitude accompagne le processus de civilisation, et qu'elle ne peut que s'accroître dans la société moderne. C'est dans Le malaise de la culture que Freud établit le plus clairement ce fait. Le sentiment de solitude est une forme d'isolement volontaire – tout en étant inconscient – qui est lui-même une stratégie de défense de l'individu face aux agressions de la société civilisée. Celle-ci est en effet de plus en plus contraignante et répressive : "Il est impossible de ne pas voir dans quelle mesure la culture est édifié sur du renoncement pulsionnel, à quel point elle présuppose précisément la non-satisfaction (répression, refoulement et quoi d'autre encore ?) de puissantes pulsions. Ce refusement par la culture exerce sa domination sur le grand domaine des relations des hommes."

Dans l'état de civilisation, de culture, le principe de réalité entre en conflit avec le principe de plaisir, en multipliant les interdits. Dans le monde primitif, la satisfaction de nos instincts n'avait pour limite que notre faiblesse face à la nature et nos capacités physiques. Avec la civilisation, l'organisation sociale met en place une morale répressive qui nous empêche de satisfaire nos instincts naturels égoïstes. C'est pourquoi, selon Freud, "nous serions beaucoup plus heureux si nous l'abandonnions et retournions à des conditions primitives". Mais cela n'est pas possible. Alors les hommes mettent en place inconsciemment des stratégies "d'évitement du déplaisir." Elles sont de deux types contraires : aller vers les autres ou éviter les autres.

[…]

Et puis, il y a une autre stratégie d'isolement : le narcissisme, qui consiste à investir sur le moi toute l'énergie libidinale : "Le stade narcissique consiste en ceci : l'individu en voie de développement,[...] afin de conquérir un objet d'amour, se prend d'abord lui-même, il prend son propre corps pour objet d'amour." C'est le narcissisme primaire. Dans le narcissisme secondaire, c'est le moi entier qui est l'objet de l'investissement de l'énergie. L'individu atteint alors la solitude, il jouit de lui-même. Il s'agit d'une conduite régressive, un retrait de la libido du sujet vers lui-même, souvent causé par une déception due à l'objet extérieur du désir : celui-ci est désinvesti de sa charge libidinale, qui reflue vers le moi. C'est une réaction du moi face à un objet décevant et non fiable. La stratégie de l'ermite rejoint alors celle de Narcisse dans une conduite de bernard-l’hermite qui rentre dans sa coquille. Il se réfugie dans un monde qui, selon Lacan, "ne contient pas d'autrui". Protection bien fragile toutefois : la solitude narcissique est un leurre de plus. Freud l'avait bien vu dans sa description des "types libidinaux", où il décrit le caractère narcissique comme plus indépendant mais plus vulnérable. 

"Le danger du repli narcissique et du désinvestissement de l'objet expose le moi à des angoisses très menaçantes, les angoisses narcissiques", écrit André Green.

Auteur: Minois Georges

Info: Histoire de la solitude et des solitaires. XXe siècle

[ analysés ] [ surmoi ] [ sublimation ] [ vingtième siècle ]

homme-machine

ChatGPT, Chomsky et la banalité du mal

Dans une tribune parue dans le New York Times, le philosophe et linguiste Noam Chomsky balance du lourd contre le robot de conversation ChatGPT, qu’il accuse de disséminer dans l’espace public un usage dévoyé du langage et de la pensée susceptible de faire le lit de ce que Hannah Arendt appelait “la banalité du mal”. Voilà une charge qui mérite d’être examinée.

C’est une question essentielle que soulève Noam Chomsky dans la tribune qu’il a publiée avec Ian Roberts, linguiste à l’université de Cambridge, et Jeffrey Watumull, philosophe spécialiste d’intelligence artificielle. Une question qui touche à l’essence du langage, de la pensée et de l’éthique. Dans la confrontation avec l’intelligence artificielle, affirment-ils, c’est le propre de l’intelligence humaine qui apparaît et qui doit être préservé : si nous sommes capables, nous les hommes, de générer de la pensée et du langage, c’est que nous entretenons un rapport intime et fondamental, dans notre créativité même, avec la limite, avec le sens de l’impossible et de la loi. Or, la “fausse promesse” de l’intelligence artificielle, selon le titre de la tribune, est de nous faire miroiter qu’il serait possible d’obtenir les mêmes performances en se passant de cette confrontation à la limite et à la règle qui fait le ressort de l’expérience humaine. Tentons de suivre cette démonstration, hautement philosophique.

On comprend que Chomsky se soit senti mis en demeure de se pencher sur les nouveaux robots conversationnels tels que ChatGPT, Bard ou Sydney. Fondateur de l’idée de grammaire générative, le philosophe soutient en effet que les hommes disposent avec le langage d’une compétence à nulle autre pareille, une puissance intérieure de générer et de comprendre, grâce à un nombre fini de règles, un nombre infini de propositions qui expriment leur pensée. Or, quand ChatGPT parvient à générer des réponses sensées à nos questions sur la base des millions d’énoncés que le système a appris automatiquement, qui dit que le robot ne parle et ne pense pas à son tour ? Qu’il ne génère pas du langage et donc de la pensée ? La réponse de Chomsky est profonde et subtile. Elle part, comme souvent chez lui, d’un petit exemple grammatical : “John is too stubborn to talk to.” Tout locuteur anglais lambda comprendra immédiatement le sens de cette phrase sur la base de sa connaissance de la langue et de la situation dans laquelle elle est proférée. Elle signifie : “John est trop têtu pour qu’on le raisonne.” Où John, sujet initial, bascule implicitement en complément d’objet, et où le “talk” signifie “raisonner” et non pas “parler”. L’IA, elle, sera induite à comprendre : “John est trop têtu pour parler à quelqu’un.” Parce qu’elle n’a pas accès à la règle ni à la situation, elle cherche en effet à prédire la bonne signification d’un énoncé sur la base du plus grand nombre d’occurrences analogiques. Mais de même que “John a mangé une pomme” équivaut souvent à “John en a mangé”, de même, “John est trop têtu pour parler” a des chances de vouloir dire “John est trop têtu pour parler à quelqu’un” davantage que “pour qu’on le raisonne”.

Au vu des performances des nouveaux logiciels de traduction, tels que DeepL – dont j’ai d’ailleurs dû m’aider pour être sûr de bien comprendre l’exemple de Chomsky –, on pourrait être tenté de relativiser cette confiance que fait ici le philosophe dans l’intelligence humaine du langage. Mais le raisonnement monte en puissance quand il touche à la loi, scientifique ou éthique. Soit l’énoncé “la pomme tombe” ou “la pomme tombera”, formulé après que vous avez ouvert la main ou que vous envisagiez de le faire. Une IA est à même de formuler chacune de ces deux propositions. En revanche, elle sera incapable de générer l’énoncé : “La pomme ne serait pas tombée sans la force de la gravité.” Car cet énoncé est une explication, c’est-à-dire une règle qui délimite le possible de l’impossible. On tient là pour Chomsky la ligne de partage entre les deux intelligences. En dépit de la puissance d’apprentissage et de calcul phénoménal qui est la sienne, l’intelligence artificielle se contente de décrire et/ou de prédire à partir d’un nombre potentiellement infini de données, là où l’intelligence humaine est capable, avec un nombre fini de données, d’expliquer et de réguler, c’est-à-dire de délimiter le possible et l’impossible. Notre intelligence ne se contente pas définir ce qui est ou ce qui pourrait être ; elle cherche à établir ce qui doit être.

Cette approche a une portée éthique évidente. Car la morale consiste à “limiter la créativité autrement illimitée de nos esprits par un ensemble de principes éthiques qui déterminent ce qui doit être et ce qui ne doit pas être (et bien sûr soumettre ces principes eux-mêmes à une critique créative)”. À l’inverse, comme en attestent les réponses produites par ChatGPT aux questions éthiques qu’on lui pose, et qui se réduisent à une recension des différentes positions humaines, l’IA trahit une “indifférence morale”. Et Chomsky de conclure : “ChatGPT fait preuve de quelque chose comme la banalité du mal : plagiat, apathie, évitement […] Ce système offre une défense du type ‘je ne fais que suivre les ordres’ en rejetant la responsabilité sur ses créateurs.” Pour en avoir le cœur net, je suis allé demander à ChatGPT s’il connaissait l’idée de banalité du mal et s’il se sentait concerné. Voilà ce qu’il m’a répondu : “Il est vrai que je suis un outil créé par des humains, et par conséquent, je peux refléter les limites et les biais de mes créateurs et des données sur lesquelles je suis entraîné.” Une intelligence servile et sans pensée, c’est en effet une bonne définition de la banalité du mal. Et de l’intelligence artificielle ?

Auteur: Legros Martin

Info: https://www.philomag.com, 13 Mars 2023

[ déficit holistique ]

médecine

L'intelligence artificielle peut prédire l'activité sur et hors cible des outils CRISPR qui ciblent l'ARN au lieu de l'ADN, selon une nouvelle recherche publiée dans Nature Biotechnology.

L'étude menée par des chercheurs de l'université de New York, de l'université Columbia et du New York Genome Center associe un modèle d'apprentissage profond à des écrans CRISPR pour contrôler l'expression des gènes humains de différentes manières, comme si l'on appuyait sur un interrupteur pour les éteindre complètement ou si l'on utilisait un bouton d'atténuation pour réduire partiellement leur activité. Ces contrôles précis des gènes pourraient être utilisés pour développer de nouvelles thérapies basées sur CRISPR.

CRISPR est une technologie d'édition de gènes qui a de nombreuses applications en biomédecine et au-delà, du traitement de la drépanocytose à la fabrication de feuilles de moutarde plus savoureuses. Elle fonctionne souvent en ciblant l'ADN à l'aide d'une enzyme appelée Cas9. Ces dernières années, les scientifiques ont découvert un autre type de CRISPR qui cible l'ARN à l'aide d'une enzyme appelée Cas13.

Les CRISPR ciblant l'ARN peuvent être utilisés dans un large éventail d'applications, notamment l'édition de l'ARN, l'élimination de l'ARN pour bloquer l'expression d'un gène particulier et le criblage à haut débit pour déterminer les candidats médicaments prometteurs. Des chercheurs de l'Université de New York et du New York Genome Center ont créé une plateforme de criblage CRISPR ciblant l'ARN et utilisant Cas13 pour mieux comprendre la régulation de l'ARN et identifier la fonction des ARN non codants. L'ARN étant le principal matériel génétique des virus, notamment du SRAS-CoV-2 et de la grippe, les CRISPR ciblant l'ARN sont également prometteurs pour le développement de nouvelles méthodes de prévention ou de traitement des infections virales. Par ailleurs, dans les cellules humaines, lorsqu'un gène est exprimé, l'une des premières étapes est la création d'ARN à partir de l'ADN du génome.

L'un des principaux objectifs de l'étude est de maximiser l'activité des CRISPR ciblant l'ARN sur l'ARN cible prévu et de minimiser l'activité sur d'autres ARN qui pourraient avoir des effets secondaires préjudiciables pour la cellule. L'activité hors cible comprend à la fois les mésappariements entre l'ARN guide et l'ARN cible, ainsi que les mutations d'insertion et de délétion. 

Les études antérieures sur les CRISPR ciblant l'ARN se sont concentrées uniquement sur l'activité sur la cible et les mésappariements ; la prédiction de l'activité hors cible, en particulier les mutations d'insertion et de délétion, n'a pas fait l'objet d'études approfondies. Dans les populations humaines, environ une mutation sur cinq est une insertion ou une délétion ; il s'agit donc d'un type important de cibles potentielles à prendre en compte dans la conception des CRISPR.

"À l'instar des CRISPR ciblant l'ADN tels que Cas9, nous prévoyons que les CRISPR ciblant l'ARN tels que Cas13 auront un impact considérable sur la biologie moléculaire et les applications biomédicales dans les années à venir", a déclaré Neville Sanjana, professeur agrégé de biologie à l'université de New York, professeur agrégé de neurosciences et de physiologie à l'école de médecine Grossman de l'université de New York, membre de la faculté principale du New York Genome Center et coauteur principal de l'étude. "La prédiction précise des guides et l'identification hors cible seront d'une grande valeur pour ce nouveau domaine de développement et pour les thérapies.

Dans leur étude publiée dans Nature Biotechnology, Sanjana et ses collègues ont effectué une série de criblages CRISPR de ciblage de l'ARN dans des cellules humaines. Ils ont mesuré l'activité de 200 000 ARN guides ciblant des gènes essentiels dans les cellules humaines, y compris les ARN guides "parfaitement adaptés" et les désadaptations, insertions et suppressions hors cible.

Le laboratoire de Sanjana s'est associé à celui de David Knowles, expert en apprentissage automatique, pour concevoir un modèle d'apprentissage profond baptisé TIGER (Targeted Inhibition of Gene Expression via guide RNA design) qui a été entraîné sur les données des cribles CRISPR. En comparant les prédictions générées par le modèle d'apprentissage profond et les tests en laboratoire sur des cellules humaines, TIGER a été capable de prédire l'activité sur cible et hors cible, surpassant les modèles précédents développés pour la conception de guides sur cible Cas13 et fournissant le premier outil de prédiction de l'activité hors cible des CRISPR ciblant l'ARN.

"L'apprentissage automatique et l'apprentissage profond montrent leur force en génomique parce qu'ils peuvent tirer parti des énormes ensembles de données qui peuvent maintenant être générés par les expériences modernes à haut débit. Il est important de noter que nous avons également pu utiliser l'"apprentissage automatique interprétable" pour comprendre pourquoi le modèle prédit qu'un guide spécifique fonctionnera bien", a déclaré M. Knowles, professeur adjoint d'informatique et de biologie des systèmes à la School of Engineering and Applied Science de l'université Columbia, membre de la faculté principale du New York Genome Center et coauteur principal de l'étude.

"Nos recherches antérieures ont montré comment concevoir des guides Cas13 capables d'éliminer un ARN particulier. Avec TIGER, nous pouvons maintenant concevoir des guides Cas13 qui trouvent un équilibre entre l'élimination sur la cible et l'évitement de l'activité hors cible", a déclaré Hans-Hermann (Harm) Wessels, coauteur de l'étude et scientifique principal au New York Genome Center, qui était auparavant chercheur postdoctoral dans le laboratoire de Sanjana.

 Les chercheurs ont également démontré que les prédictions hors cible de TIGER peuvent être utilisées pour moduler précisément le dosage des gènes - la quantité d'un gène particulier qui est exprimée - en permettant l'inhibition partielle de l'expression des gènes dans les cellules avec des guides de mésappariement. Cela peut être utile pour les maladies dans lesquelles il y a trop de copies d'un gène, comme le syndrome de Down, certaines formes de schizophrénie, la maladie de Charcot-Marie-Tooth (une maladie nerveuse héréditaire), ou dans les cancers où l'expression aberrante d'un gène peut conduire à une croissance incontrôlée de la tumeur.

Notre modèle d'apprentissage profond peut nous indiquer non seulement comment concevoir un ARN guide qui supprime complètement un transcrit, mais aussi comment le "régler", par exemple en lui faisant produire seulement 70 % du transcrit d'un gène spécifique", a déclaré Andrew Stirn, doctorant à Columbia Engineering et au New York Genome Center, et coauteur de l'étude.

En associant l'intelligence artificielle à un crible CRISPR ciblant l'ARN, les chercheurs pensent que les prédictions de TIGER permettront d'éviter une activité CRISPR hors cible indésirable et de stimuler le développement d'une nouvelle génération de thérapies ciblant l'ARN.

"À mesure que nous recueillons des ensembles de données plus importants à partir des cribles CRISPR, les possibilités d'appliquer des modèles d'apprentissage automatique sophistiqués sont de plus en plus rapides. Nous avons la chance d'avoir le laboratoire de David à côté du nôtre pour faciliter cette merveilleuse collaboration interdisciplinaire. Grâce à TIGER, nous pouvons prédire les cibles non ciblées et moduler avec précision le dosage des gènes, ce qui ouvre la voie à de nouvelles applications passionnantes pour les CRISPR ciblant l'ARN dans le domaine de la biomédecine", a déclaré Sanjana.

Cette dernière étude fait progresser la large applicabilité des CRISPR ciblant l'ARN pour la génétique humaine et la découverte de médicaments, en s'appuyant sur les travaux antérieurs de l'équipe de l'Université de New York pour développer des règles de conception de l'ARN guide, cibler les ARN dans divers organismes, y compris des virus comme le SRAS-CoV-2, concevoir des protéines et des ARN thérapeutiques, et exploiter la biologie de la cellule unique pour révéler des combinaisons synergiques de médicaments contre la leucémie.

Auteur: Internet

Info: L'IA combinée à CRISPR contrôle précisément l'expression des gènes par l'Université de New York. https://phys.org/, 3 juillet 2023 - Nature Biotechnology. Prediction of on-target and off-target activity of CRISPR-Cas13d guide RNAs using deep learning, Nature Biotechnology (2023). DOI: 10.1038/s41587-023-01830-8

[ génie génétique ]