libération

Chen-sieou disait : " La méthode de Houei-nêng est prompte et directe. Pourquoi vous attarder ici ? " Un jour, il prit à part son disciple Tche-teng et lui dit : " Toi qui es intelligent et dont les connaissances sont multiples, va donc au Ts'ao-k'i, rends hommage au maître et écoute son enseignement, sans lui dire que c'est moi qui t'envoie. Souviens-toi bien de ce que tu auras entendu afin de pouvoir me le rapporter. Ainsi, je verrai qui de lui ou de moi détient la meilleure compréhension. "
Tche-teng se réjouit de cette mission. Quinze jours plus tard, il était au Pao-lin-sseu. Il rendit hommage au sixième patriarche et l'écouta attentivement. Mais il advint que, sous sa parole, il connut l'Éveil et communia avec son esprit originel. Alors, il se leva, s'inclina et dit tout naturellement :
" Maître, votre disciple vient du monastère Yu-tchuan. Sous mon maître Chen-sieou, pendant neuf années, je n'ai pu parvenir à l'Éveil. Mais, en écoutant votre sermon, j'ai trouvé soudain mon esprit originel. Maître, puis-je solliciter de votre miséricorde d'être dorénavant mon instructeur ?
- Si tu viens de là-bas, tu es sûrement un espion.
- Lorsque je n'avais pas encore parlé, j'en étais un. Maintenant, je ne le suis plus. "
Alors Houei-nêng l'interrogea :
" J'ai entendu dire que ton maître de dhyâna, lorsqu'il enseigne, ne transmet que discipline, concentration et sagesse. Qu'entend-il par là ? Dis-le-moi !
- Ne pas mal agir constitue la discipline. Pratiquer le bien est sagesse. Purifier le mental, voilà la concentration. Tel est l'enseignement au Yu-tchuan. Mais je ne sais pas encore quel est votre point de vue sur ces questions, maître.
- Je n'ai pas, moi, de système. J'agis selon les circonstances et les capacités de chacun. Je tente de délivrer le disciple de ses liens et d'ouvrir devant lui la terre spirituelle. Affranchie de toute erreur, elle est discipline de la nature propre. Débarrassée de tout trouble, elle est concentration de la nature propre. Libérée de l'ignorance, elle est sagesse de la nature propre. Discipline, sagesse et concentration, telles que les enseigne ton maître, sont destinées à des élèves à la compréhension limitée. Mon enseignement s'adresse à des êtres supérieurs. Ceux qui n'ont pu s'éveiller par eux-mêmes à leur nature propre sont incapables d'établir discipline, concentration et sagesse véritables.
- Pourquoi, maître, ne peuvent-ils les établir ?
- Seuls ceux qui ont réalisé leur nature propre, se référant sans cesse à la sagesse innée, sont détachés de tout concept, aussi n'ont-ils rien à établir. Ils ont toute liberté d'aller et de venir. Ils peuvent utiliser tel système, ou se dispenser de tout système. Ils agissent spontanément de manière appropriée, quelles que soient les circonstances. La nature propre est subite ; pratique et réalisation sont immédiates, établir est graduel. C'est pourquoi je dis qu'il n'y a rien à établir. "
Tche-teng se prosterna. Il ne quitta plus le mont Ts'ao-k'i.

Auteur: Houei-nêng

Info: Texte relatant l'envoi par le doyen Chen-sieou de son disciple Tche-teng au monastère Pao-lin-sseu afin qu'il lui rapporte quelle différence il y a entre son enseignement du tch'an et celui du sixième patriarche, autour du 7e siècle

[ envol ]

être humain

Études de l'ADN : la séparation humain-chimpanzé est un peu brouillée
En analysant environ 800 fois plus d'ADN que les études précédentes sur la séparation humain-chimpanzé, les chercheurs du MIT à Harvard ont été capable non seulement de se renseigner quand mais aussi sur la façon dont ces espèces soeurs ont surgi.
"Pour la première fois nous avons pu voir les détails écrits dans l'ADN," dit Eric Lander, directeur fondateur du Broad Institute. Ce que ça indique : au moins que la spéciation humaine - chimpanzé fut très particulière."
Les chercheurs spéculent que les espèces ancestrales de singes se sont séparées en deux populations isolées il y a environ 10 millions d'années, puis sont revenues ensemble plus tard. À ce moment-là les deux groupes, bien que légèrement génétiquement différents, se seraient accouplés pour former une troisième race hybride. Et cette nouvelle population se serait croisée avec une - ou toutes les deux - de ses population parente. Puis, il y a 6.3 millions d'années, deux lignes distinctes ont surgi.
Quelques experts en matière d'évolution humaine sont sceptiques sur ce scénario précis, mais néanmoins impressionnés par cette étude.
"Cette analyse est extrêmement intelligente" dit Daniel Lieberman, professeur d'anthropologie biologique à Harvard." Mon problème est d'imaginer un bipède hominidé voyant un chimpanzé comme compagnons appropriés, ou inversément, pour ne pas le mettre trop crûment."
Les anciennes études qui ont comparé l'ADN humain et chimpanzé pouvaient seulement offrir une évaluation sur quand les deux espèces se sont dédoublées, faisant la moyenne de la quantité de divergence dans leurs gènes. Généralement, ces études fournissent une figure pour il y a d'environ 7 millions d'années.
Mais depuis qu'on a complété le génome du chimpanzé en septembre il est possible de regarder comment les sections spécifiques du code génétique ont évolué. La grande étude du Broad Institute, qui sera éditée dans une future issue du journal, Nature est une de la première à faire cela. "iI y a beaucoup de surprises ici," dit Lander.
D'abord les nouvelles données suggèrent que la séparation humain-chimpanzé est beaucoup plus proche du présent que les 7 millions d'années donnés par les fossiles et les études précédentes - certainement pas plus tôt que 6.3 millions et de plus probablement dans le voisinage de 5.4 millions.
Les données prouvent également que le dédoublement humain-chimpanzé a probablement pris des millions d'années. Ceci parce que dans certaines parties de la séquence ADN la différence génétique entre les humains et les chimpanzés est si grande que ces gènes doivent avoir été isolés les uns des autres il y a 10 millions d'années. Mais dans d'autres endroits les lignes des humain et des chimpanzés sont si proches qu'elles semblent avoir encore échangé du matériel génétique au moins jusqu'il y a à 6.3 millions d'années. Un des secteurs intriguant est celui du chromosome X. "Les gènes qui sont une barrière pour une spéciation tendent à être sur le chromosome X" dit David Reich, auteur principal de l'étude.

Auteur: Internet

Info: Fortean times 17 mai 2006

[ primate ] [ chaînon manquant ]

intuition

Nouvelle de la Science, 23 Octobre 2007 : Comment gagner une élection ? En faisant une bonne première impression (en moins de 250 millisecondes).
Le jugement instantané des électeurs prévoit les gagnants des élections.
Compétent ? : Des étudiants qui ont jugé instantanément la compétence entre des paires de candidats au gouvernement ont montré que leurs choix prédisait les gagnants de l'élection réelle.
Hé, les candidats !!! Vous voulez gagner une élection ? C'est simple. Ayez juste l'air compétent - c'est égal si vous ne l'êtes pas. Un nouveau rapport confirme ce qui pourrait être le pire cauchemar de certaines personnes intéressées par la politique : le look est très important. Ainsi les chercheurs de l'université de Princeton ont demandé à des étudiants volontaires lequel parmi deux candidats dans une élection au gouvernement leur semblait le plus compétent. A la surprise des scientifiques, leurs sélections se sont avérées correspondre au choix des électeurs.
On a montré aux participants de l'étude des photos des gagnants et des perdants dans 89 élections politiques qui eurent lieu entre 1996 et 2002. Les sujets avaient 100 millisecondes, 250 millisecondes ou un temps illimité pour choisir le candidat qu'ils percevaient comme le plus compétent ; dans tous les cas ils devaient donner leur sentiment instinctif. Les choix des étudiants furent les gagnants des élections dans 64 pour cent des cas.
Dans une deuxième épreuve, on donna aux volontaires soit 250 millisecondes soit deux secondes de réflexion pour leurs décisions. Avec un plus grand temps de réflexion, les différentes réponses des étudiants devinrent de 5 à 7 pour cent moins prédictives, mais le taux global de succès a atteint jusqu'à 69.1 pour cent de moyenne. Dans une troisième expérience, utilisant des élections à venir, le groupe eut aussi de très bons résultats (68.6 pour cent quand on leur demanda de suivre leur première impulsion, mais en prenant autant temps qu'ils le voulaient pour répondre, leur permettant d'y réfléchir.
"Toute se passe dans les 250 premières millisecondes d'exposition, et après il ne se passe plus grand chose" dit Alexandre Todorov, professeur auxiliaire de psychologie et co-auteur de l'étude, qui est parue dans "Proceedings of National Academy of Sciences USA", notant que ces épreuves de 250-millisecondes eurent le plus grand des succès prédictif. Ajoutant : "s'il y a délibération, elles deviennent légèrement plus mauvaises. Cependant, les résultats sont toujours bien supérieurs à la chance pour détecter le gagnant."
Moshe Bar, principal chercheur du laboratoire visuel de Neurocognition de l'école de médecine de Harvard, indique que les impressions très rapides sont souvent plus appropriées aux jugements qui affectent la survie, comme si quelque chose que nous voyons pose une menace. "Je pense qu'il y a un répertoire de caractéristiques qui sont inscrites dans les dispositifs faciaux" dit-il. Bien que n'étant pas dans une logique de survie, nous faisons souvent des prévisions - par exemple quand à l'intelligence ou la capacité d'une personne pour gouverner - selon l'aspect de son visage. "Seulement pour nous protéger nous collons souvent à ces premières impressions" continue-t-il. "Nous tendons à nous tromper en modifiant plutôt rapidement notre avis, réalisant alors notre première impression était juste.

Auteur: Nikhil Swaminathan

Info: Fortean time

[ apparence ] [ choix ] [ première impression ] [ votations ]

paléolinguistique

Le but de la reconstruction linguistique est d'établir la chronologie relative des étapes préhistoriques et des changements qui précèdent immédiatement les données les plus archaïques. Spéculer sur l'origine des catégories grammaticales telles que le genre, l'aspect, l'humeur, etc. est une entreprise glottogonique qui, étant donné son caractère hautement problématique, devrait être tenue à l'écart de la grammaire historique et comparative. 

L'expression "reconstruction interne" fut utilisée comme terme technique par Pisani, Hoenigswald, Bonfante et d'autres afin de désigner les conclusions diachroniques qui peuvent être tirées d'une analyse synchronique des données linguistiques sans ou avant d'avoir recours à la comparaison, à la géographie linguistique, à la "linguistique aréale" et à la glottochronologie. Les méthodes de reconstruction interne ont été appliquées à un degré croissant, plus ou moins consciemment et explicitement, par les néo-grammairiens. Ainsi, par exemple, ils ont rejeté la possibilité d'une scission phonétique spontanée et ont acquis, au moyen du concept de "loi phonétique", une assez bonne connaissance des changements phonétiques usuels. 

De même, en raison de l'élargissement constant du champ de la recherche linguistique, une attention de plus en plus grande a été accordée aux tendances générales dans le domaine de la sémantique. L'opposition entre diachronie et synchronie, impliquant des différences de buts et de méthodes linguistiques, n'est pas immédiatement donnée par le matériel à notre disposition. Le caractère à la fois transitoire et fluctuant des phénomènes linguistiques, l'hésitation entre procédures résiduelles et improductives d'une part, et les innovations et règles vivantes d'autre part, ont été fréquemment soulignés. Partout, une description "synchronique" complète d'une langue doit avoir recours aux notions d'archaïsme et d'innovation. L'éviction d'une forme ancienne par une nouvelle n'est pas un événement momentané mais un processus qui s'étend dans le temps et dans l'espace. Considéré du point de vue historique, le matériel linguistique, aussi restreint soit-il dans le temps et dans l'espace, est composé de couches chronologiques. Pour s'en rendre compte, il suffit de parcourir quelques pages d'une description minutieuse d'une langue moderne.

Face à la tâche de reconstruction des étapes linguistiques plus anciennes, les chercheurs ont été conscients de la difficulté d'une sélection appropriée du matériel. Les formes qui pourraient être nées indépendamment dans chacune des langues apparentées comme le résultat de règles de dérivation productive, par exemple γόνος = jána en védique, ne témoigne pas de l'existence d'un prototype i.e. (*ĝóno-). Meillet, entre autres, nous a appris que la reconstruction des étapes préhistoriques doit être basée sur les exceptions et les anomalies plutôt que sur les règles grammaticales d'une langue. Un autre principe important est que si une forme est restreinte aux seuls contextes résiduels (idiomes), alors que l'utilisation de son ou ses synonymes est libre, cette forme doit représenter un stade plus ancien. De tels principes méthodologiques appartiennent à ce que l'on nomme ici "reconstruction interne" au sens large.  Ils ne peuvent pas être appliqués dans chaque cas particulier, mais une fois qu'ils le sont, les résultats obtenus ont une valeur cognitive plus élevée que les conclusions obtenues par les statistiques, la linguistique aréale ou la paléontologie linguistique, qui ont un caractère stochastique. En cas de contradiction, l'inférence tirée de la reconstruction interne sera décisive.

Auteur: Kuryłowicz Jerzy

Info: Chapitre 8. Sur les méthodes de reconstruction interne

[ épistémologie ]

homme-machine

Les conférences Macy élaborent ainsi le projet d’une collaboration interdisciplinaire de diverses expertises, mathématiques, anthropologie, psychologie, psychanalyse non freudiennne, économie, logique…, en vue d’édifier une "science générale du fonctionnement de l’esprit". Les mathématiques et la logique sont bien entendu les références majeures de ces conférences. On y retrouve l’ancêtre auto-régulateur à boules de James Watt dans le concept principal qui nourrit leurs réflexions, et qui reste la part privilégiée de Wiener : "Feedback Mechanisms and Circular Causal Systems in Biological and Social Systems". La causalité circulaire, appréhendée dans le phénomène de feedback ou "rétroaction", est définie comme "processus dans lequel un effet intervient aussi comme agent causal sur sa propre origine, la séquence des expressions de la cause principale et des effets successifs formant une boucle dite boucle de rétroaction". Une autre formulation, par Heinz von Foerster à partir des années cinquante, est celle de "mécanismes qui produisent eux-mêmes leur unité (self-integrating mechanisms)". C’est là, pendant ces conférences Macy que se formalise et se conceptualise l’idée littéralement folle d’un auto-entrepreneuriat de l’homme par l’homme.

La 5e conférence, en 1948, qui porte le même intitulé que la 1re et la 4e : Circular Causal and Feedback Mechanisms in Biological and Social Systems, est consacrée à la structure du langage. Roman Jakobson y participe. C’est la même année que McCulloch déclare que "du point de vue de l’analyse qu’on peut en faire, ‘‘il n’y a pas de différence entre le système nerveux et une machine informatique’’".

À partir de 1949, le terme "Cybernétique" est officiellement appliqué à la série des conférences, comme condensé de l’intitulé initial : Cybernetics : Circular Causal and Feedback Mechanisms in Biological and Social Systems. Comme d’habitude, le style de ces grands délirants les trahit d’avantage que toutes leurs équations. Deux participants à la 7e conférence en 1950, Pitts et Stroud, évoquent "l’immense perte d’information" entre les organes des sens et notre "computer" mental. C’est la dernière conférence à laquelle assistent Wiener et Von Neumann, qui passent la main au mathématicien Claude Shannon, père de la "théorie de l’information". Psychiatres et psychologues, spécialistes de l’hypnose et Gestalt thérapistes accompagnent depuis le début cette aventure qui ressemble à s’y méprendre à l’Académie d’exaltés dingos de Lagado décrite par Swift dans ses Voyages de Gulliver.

Voici par exemple comment Willard Rappleye, le président de la fondation Macy, résume en 1955 leurs découvertes : "Les conflits sociaux sont en réalité les symptômes de causes sous-jacentes : la psychiatrie nous enseigne la nature de ces causes. Par conséquent, les Insights et les méthodes de la psychiatrie, de la psychologie et de l’anthropologie culturelle élucident les perturbations émotionnelles du monde."

Une société qui va mal n’est donc pas une société où le riche exploite le pauvre, comme on l’imagine depuis la plus haute Antiquité jusqu’aux Gilets Jaunes. C’est une société "émotionnellement perturbée" dont la Psychiatrie est à même de résoudre tous les symptômes.

Freud y est banni d’emblée. Lors de la conférence de 1946, toujours sous l’égide du même intitulé : "Mécanismes de rétroaction et Systèmes causaux circulaires dans les Systèmes biologiques et sociaux", Norbert Wiener remet en cause le concept freudien de Libido, sous prétexte que "l’information est un concept de base plus approprié pour décrire des évènements psychologiques.".

Pourquoi ? Comment ? Bien malin qui le dira.

Auteur: Zagdanski Stéphane

Info: https://lundi.am/La-Cybernetique-a-l-assaut-de-l-Homme?

[ historique ] [ dépolitisation ] [ révisionnisme freudien ] [ critique ]

annotations

Parfois, les notes sont féroces,

escarmouches contre l'auteur

qui font rage le long des bords des pages

en minuscules caractères noirs.

Si seulement je pouvais mettre la main sur vous,

Kierkegaard, ou Conor Cruise O'Brien,

semblent-elles dire,

je bloquerai la porte et vous ferais entrer la logique dans la tête.



D'autres commentaires sont plus désinvoltes, dédaigneux...

"C'est absurde." "Ben voyons !" "HA !!" -

ce genre de choses.

Je me souviens d'une fois où j'ai levé les yeux de ma lecture,

le pouce en guise de marque-page,

en essayant d'imaginer à quoi devait ressembler la personne

qui avait écrit "Ne sois pas si stupide"

en bordure d'un paragraphe de La vie d'Emily Dickinson.



Les étudiants sont plus modestes

et laissent de plus rares empreintes au hasard

des longs rivages de la page.

L'un d'eux griffonne "Métaphore" à côté d'une strophe d'Eliot.

Un autre inscrit juste "Ironie"

cinquante fois face aux paragraphes de A Modest Proposal



D'autres sont comme ces fans qui crient depuis les gradins vides,

mains autour de la bouche.

"Absolument", crient-ils

à Duns Scot et James Baldwin.

"Oui." "En plein dans le mille." "Tu es mon homme !"

Coches, astérisques et points d'exclamation

constellent les lignes de touche.



Et si vous avez réussi à obtenir votre diplôme universitaire

sans jamais avoir écrit "L'homme contre la nature"

dans une marge, peut-être est-il maintenant temps

de faire un pas en avant.



Nous nous sommes tous appropriés le périmètre blanc

et avons pris un stylo, ne serait-ce que pour montrer

que nous ne nous sommes pas contentés de paresser dans un fauteuil en tournant des pages ;

et avons laissé quelque remarque sur le bas côté,

planté une impression dans la bordure.



Même les moines irlandais en leurs scripts glaciaux

ont noté en bordure des évangiles 

de brèves remarques sur les difficultés de la copie,

le chant d'un oiseau près de leur fenêtre,

ou la lumière du soleil qui illuminait leur page -

ombres anonymes de passage dans le futur

sur un vaisseau plus durable qu'eux-mêmes.



Et tu n'as pas lu Joshua Reynolds,

disent-elles, avant que tu le découvres

intriqué dans le furieux gribouillage de Blake.



Pourtant, celle à laquelle je pense le plus souvent,

que je conserve comme un médaillon,

était inscrite dans l'exemplaire de l'Attrape-Coeurs

que j'avais emprunté à la bibliothèque locale

un été calme et chaud.

Je venais juste de commencer le lycée à l'époque,

je lisais sur un canapé du salon de mes parents,

et ne puis que difficilement avouer

à quel point ma solitude s'amplifia,

combien le monde s'est aggrandi

lorsque j'ai trouvé sur une page



quelques taches graisseuses

et à côté d'elles, écrit au crayon -

par une jolie fille, ça se devinait,

que jamais je ne rencontrerai -

Pardonnez les taches de salade aux oeufs, mais je suis amoureuse.

Auteur: Collins Billy William James

Info: Picnic, Lightning. Trad Mg

[ soulignages ] [ scolies ] [ réflexivité ] [ romantisme ] [ adolescence ]

prière

On peut donc regarder chaque collectivité comme disposant, en outre des moyens d’action purement matériels au sens ordinaire du mot, c’est-à-dire relevant uniquement de l’ordre corporel, d’une force d’ordre subtil constituée en quelque façon par les apports de tous ses membres passés et présents, et qui, par conséquent, est d’autant plus considérable et susceptible de produire des effets d’autant plus intenses que la collectivité est plus ancienne et se compose d’un plus grand nombre de membres ; il est d’ailleurs évident que cette considération "quantitative" indique essentiellement qu’il s’agit bien du domaine individuel, au delà duquel elle ne saurait plus aucunement intervenir. Chacun des membres pourra, lorsqu’il en aura besoin, utiliser à son profit une partie de cette force, et il lui suffira pour cela de mettre son individualité en harmonie avec l’ensemble de la collectivité dont il fait partie, résultat qu’il obtiendra en se conformant aux règles établies par celle-ci et appropriées aux diverses circonstances qui peuvent se présenter ; ainsi, si l’individu formule alors une demande, c’est en somme, de la façon la plus immédiate tout au moins, à ce qu’on pourrait appeler l’esprit de la collectivité (bien que le mot "esprit" soit assurément impropre en pareil cas, puisque, au fond, c’est seulement d’une entité psychique qu’il s’agit) que, consciemment ou non, il adressera cette demande. Cependant, il convient d’ajouter que tout ne se réduit pas uniquement à cela dans tous les cas : dans celui des collectivités appartenant à une forme traditionnelle authentique et régulière, cas qui est notamment celui des collectivités religieuses, et où l’observation des règles dont nous venons de parler consiste plus particulièrement dans l’accomplissement de certains rites, il y a en outre intervention d’un élément véritablement "non-humain", c’est-à-dire de ce que nous avons appelé proprement une influence spirituelle, mais qui doit d’ailleurs être regardée ici comme "descendant" dans le domaine individuel, et comme y exerçant son action par le moyen de la force collective dans laquelle elle prend son point d’appui. Parfois, la force dont nous venons de parler, ou plus exactement la synthèse de l’influence spirituelle avec cette force collective à laquelle elle s’"incorpore" pour ainsi dire, peut se concentrer sur un "support" d’ordre corporel, tel qu’un lieu ou un objet déterminé, qui joue le rôle d’un véritable "condensateur", et y produire des manifestations sensibles, comme celles que rapporte la Bible hébraïque au sujet de l’Arche d’Alliance et du Temple de Salomon ; on pourrait aussi citer ici comme exemples, à un degré ou à un autre, les lieux de pèlerinage, les tombeaux et les reliques des saints ou d’autres personnages vénérés par les adhérents de telle ou telle forme traditionnelle. C’est là que réside la cause principale des "miracles" qui se produisent dans les diverses religions, car ce sont là des faits dont l’existence est incontestable et ne se limite point à une religion déterminée ; il va sans dire, d’ailleurs, que, en dépit de l’idée qu’on s’en fait vulgairement, ces faits ne doivent pas être considérés comme contraires aux lois naturelles, pas plus que, à un autre point de vue, le "supra-rationnel" ne doit être pris pour de l’"irrationnel". En réalité, redisons-le encore, les influences spirituelles ont aussi leurs lois, qui, bien que d’un autre ordre que celles des forces naturelles (tant psychiques que corporelles), ne sont pas sans présenter avec elles certaines analogies ; aussi est-il possible de déterminer des circonstances particulièrement favorables à leur action, que pourront ainsi provoquer et diriger, s’ils possèdent les connaissances nécessaires à cet effet, ceux qui en sont les dispensateurs en raison des fonctions dont ils sont investis dans une organisation traditionnelle. Il importe de remarquer que les "miracles" dont il s’agit ici sont, en eux-mêmes et indépendamment de leur cause qui seule a un caractère "transcendant", des phénomènes purement physiques, perceptibles comme tels par un ou plusieurs des cinq sens externes ; de tels phénomènes sont d’ailleurs les seuls qui puissent être constatés généralement et indistinctement par toute la masse du peuple ou des "croyants" ordinaires, dont la compréhension effective ne s’étend pas au-delà des limites de la modalité corporelle de l’individualité.

Auteur: Guénon René

Info: Dans "Aperçus sur l'initiation", Éditions Traditionnelles, 1964, pages 166-168

[ grâce ] [ communion des saints ] [ mode d'action ]

biochimie

L'IA prédit la fonction des enzymes mieux que les principaux outils

Un nouvel outil d'intelligence artificielle peut prédire les fonctions des enzymes sur la base de leurs séquences d'acides aminés, même lorsque ces enzymes sont peu étudiées ou mal comprises. Selon les chercheurs, l'outil d'intelligence artificielle, baptisé CLEAN, surpasse les principaux outils de pointe en termes de précision, de fiabilité et de sensibilité. Une meilleure compréhension des enzymes et de leurs fonctions serait une aubaine pour la recherche en génomique, en chimie, en matériaux industriels, en médecine, en produits pharmaceutiques, etc.

"Tout comme ChatGPT utilise les données du langage écrit pour créer un texte prédictif, nous tirons parti du langage des protéines pour prédire leur activité", a déclaré Huimin Zhao, responsable de l'étude et professeur d'ingénierie chimique et biomoléculaire à l'université de l'Illinois Urbana-Champaign. "Presque tous les chercheurs, lorsqu'ils travaillent avec une nouvelle séquence de protéine, veulent savoir immédiatement ce que fait la protéine. En outre, lors de la fabrication de produits chimiques pour n'importe quelle application - biologie, médecine, industrie - cet outil aidera les chercheurs à identifier rapidement les enzymes appropriées nécessaires à la synthèse de produits chimiques et de matériaux".

Les chercheurs publieront leurs résultats dans la revue Science et rendront CLEAN accessible en ligne le 31 mars.

Grâce aux progrès de la génomique, de nombreuses enzymes ont été identifiées et séquencées, mais les scientifiques n'ont que peu ou pas d'informations sur le rôle de ces enzymes, a déclaré Zhao, membre de l'Institut Carl R. Woese de biologie génomique de l'Illinois.

D'autres outils informatiques tentent de prédire les fonctions des enzymes. En général, ils tentent d'attribuer un numéro de commission enzymatique - un code d'identification qui indique le type de réaction catalysée par une enzyme - en comparant une séquence interrogée avec un catalogue d'enzymes connues et en trouvant des séquences similaires. Toutefois, ces outils ne fonctionnent pas aussi bien avec les enzymes moins étudiées ou non caractérisées, ou avec les enzymes qui effectuent des tâches multiples, a déclaré Zhao.

"Nous ne sommes pas les premiers à utiliser des outils d'IA pour prédire les numéros de commission des enzymes, mais nous sommes les premiers à utiliser ce nouvel algorithme d'apprentissage profond appelé apprentissage contrastif pour prédire la fonction des enzymes. Nous avons constaté que cet algorithme fonctionne beaucoup mieux que les outils d'IA utilisés par d'autres", a déclaré M. Zhao. "Nous ne pouvons pas garantir que le produit de chacun sera correctement prédit, mais nous pouvons obtenir une plus grande précision que les deux ou trois autres méthodes."

Les chercheurs ont vérifié leur outil de manière expérimentale à l'aide d'expériences informatiques et in vitro. Ils ont constaté que non seulement l'outil pouvait prédire la fonction d'enzymes non caractérisées auparavant, mais qu'il corrigeait également les enzymes mal étiquetées par les principaux logiciels et qu'il identifiait correctement les enzymes ayant deux fonctions ou plus.

Le groupe de Zhao rend CLEAN accessible en ligne pour d'autres chercheurs cherchant à caractériser une enzyme ou à déterminer si une enzyme peut catalyser une réaction souhaitée.

"Nous espérons que cet outil sera largement utilisé par l'ensemble de la communauté des chercheurs", a déclaré M. Zhao. "Avec l'interface web, les chercheurs peuvent simplement entrer la séquence dans une boîte de recherche, comme dans un moteur de recherche, et voir les résultats.

M. Zhao a indiqué que son groupe prévoyait d'étendre l'intelligence artificielle de CLEAN à la caractérisation d'autres protéines, telles que les protéines de liaison. L'équipe espère également développer davantage les algorithmes d'apprentissage automatique afin qu'un utilisateur puisse rechercher une réaction souhaitée et que l'IA lui indique l'enzyme appropriée.

"Il existe de nombreuses protéines de liaison non caractérisées, telles que les récepteurs et les facteurs de transcription. Nous voulons également prédire leurs fonctions", a déclaré Zhao. "Nous voulons prédire les fonctions de toutes les protéines afin de connaître toutes les protéines d'une cellule et de mieux étudier ou concevoir la cellule entière pour des applications biotechnologiques ou biomédicales.

Zhao est également professeur de bio-ingénierie, de chimie et de sciences biomédicales et translationnelles au Carle Illinois College of Medicine. 

Auteur: Internet

Info: "Enzyme function prediction using contrastive learning, "30 mars 2023. Université de l'Illinois à Urbana-Champaign

[ cofacteurs ]

syndrome cognitif

Dans un de ses cours consacrés aux mécanismes cérébraux impliqués dans la lecture, Stanislas Dehaene, professeur au Collège de France, citait cet extrait de Feu pâle, de Vladimir Nabokov : "Nous sommes absurdement accoutumés au miracle de quelques signes écrits capables de contenir une imagerie immortelle, des tours de pensée, des mondes nouveaux avec des personnes vivantes qui parlent, pleurent, rient. (…) Et si un jour nous allions nous réveiller, tous autant que nous sommes, et nous trouver dans l’impossibilité absolue de lire ?"

Comme c'est en général la règle dans les études de cas, on n'aura que ses initiales. Institutrice américaine de quarante ans, M. P. a eu la douleur de faire de l'hypothèse de Nabokov sa réalité. Racontée le 7 janvier dans la revue Neurology, son histoire commence un jeudi d'octobre 2012, en classe, devant ses jeunes élèves de maternelle. Comme tous les matins, l'enseignante doit faire l'appel. Mais à sa grande surprise, la liste de présence dont elle se sert tous les jours est couverte de signes mystérieux auxquels elle ne comprend goutte. Ainsi qu'elle se le rappelle, la feuille "aurait pu aussi bien être couverte de hiéroglyphes". Les notes qu'elle a préparées pour faire sa classe s'avèrent elles aussi incompréhensibles... M. P. rentre chez elle ce jeudi et, au cours des 48 heures qui suivent, elle éprouve de nouvelles difficultés : elle a du mal à trouver ses mots et sa réflexion est ralentie. Le samedi, sa mère l'emmène aux urgences.

C'est un accident vasculaire cérébral (AVC) qui a causé tout cela. M. P. ne s'est rendue compte de rien mais, dans son cerveau, une petite zone située dans la région occipito-temporale gauche s'est déconnectée et elle restera hors service toute sa vie. On la connaît sous le nom d'aire de la forme visuelle des mots (AFVM) et c'est elle qui est responsable de l'identification visuelle de l'écrit. Cette désactivation n'interrompt pas l'accès au reste des aires cérébrales impliquées dans le langage. M. P. comprend ce qu'on lui dit, parle normalement mais elle ne peut plus lire. En revanche, elle sait toujours écrire ! Les neuroscientifiques parlent d'alexie (incapacité à lire) sans agraphie (incapacité à écrire) ou bien d'alexie pure. Les cas sont très rares et le premier que la littérature scientifique recense est un cas français, décrit en 1892 par le neurologue Jules Dejerine.

M. P. croit d'abord que la zone lésée s'est juste remise à zéro et qu'avec les outils qu'elle connaît bien, elle va pouvoir réapprendre à lire. Et elle ne veut pas laisser sa passion pour les mots écrits s'envoler sans se battre. Mais la porte est fermée et pour de bon : M. P. ne peut pas faire du "b-a ba", tout simplement parce qu'elle ne "voit" ni les "b", ni les "a". Le message que ses yeux lui envoient à la vue des lettres arrive bien à son cerveau mais il ne passe pas la douane des mots. Toutefois, M. P. est tenace. Elle s'aperçoit qu'un autre sens que la vue peut venir à sa rescousse et c'est probablement ce qui fait la beauté de son cas, si l'on met de côté l'ironie cruelle qu'il y a à voir une spécialiste de l'apprentissage de la lecture frappée d'alexie.

Sa roue de secours, M. P. va la trouver dans... le geste. Ses yeux ne lui sont pas d'une grande aide mais sa main a encore la mémoire des lettres tracées. En voyant un mot, l'enseignante ne reconnaît pas la première de ses lettres. Alors, elle se met à dessiner avec le doigt toutes les lettres de l'alphabet, jusqu'à ce qu'elle arrive à celle dont elle voit la forme sans savoir le nom. L'exemple donné dans l'étude est celui du mot "mother" (mère en anglais). M. P. utilise son astuce pour les trois premières lettres, "m", "o" et "t", puis elle complète le mot d'elle-même. Les auteurs de l'article précisent d'ailleurs que, dans son travail de rééducation, M. P. a de vagues réminiscences à la vue de certains mots, des "émotions qui semblent appropriées". Ainsi, à la vue du mot "dessert", elle s'exclame : "Oh, j'aime ça !" En revanche, en voyant le mot "asperge", elle explique ne pas vouloir le déchiffrer car quelque chose en lui la dérange.

Malgré tous ses efforts, malgré la "béquille" qu'elle a trouvée pour déchiffrer, très laborieusement, quelques mots, M. P. ne relira plus jamais de manière automatique et fluide. Elle a dû abandonner son métier et travaille désormais à l'accueil d'un centre sportif. Lire une histoire aux enfants, comme elle le faisait dans sa classe, est la chose qui lui manque le plus, plus encore que dévorer un ouvrage pour elle-même. Et elle a l'intention d'écrire les mémoires d'une institutrice qui ne sait plus lire.

Auteur: Barthélémy Pierre

Info: 9 janvier 2014, sur son blog. Le cas décrit ici est très similaire à celui d'Howard Engel

[ altération mentale ]

réseaux sociaux

Le shadow banning et son rôle dans la censure moderne

Les médias sociaux nous observent et contrôlent ce que nous voyons.

Ce n'est pas un secret, les algorithmes dominent nos vies sociales en ligne - ce n'est pas comme si nous ne prenions pas nos propres décisions lorsqu'il s'agit de savoir à qui nous parlons ou quels médias nous consommons, mais ce serait faire preuve d'une vraie ignorance qu'ignorer comment les systèmes ont été programmés pour catégoriser, collecter et suggérer des données simplement en fonction de nos goûts et de nos suivis. Cela nous expose à des contenus, des personnes et des idées que nous n'aurions pas trouvés par nous-mêmes, mais cela soulève la question du degré de contrôle que ces systèmes exercent sur ce que nous voyons. Voilà qui nous amène au shadow banning. 

Le shadow banning est la décision d'une plateforme de médias sociaux d'empêcher partiellement ou totalement l'interaction avec le contenu d'une personne - empêcher de nouvelles personnes de rechercher votre contenu, s'assurer que vous n'apparaissez pas sous les hashtags ou même limiter la fréquence à laquelle vous êtes suggéré comme personne à suivre... ne sont que quelques exemples de la façon dont cela peut être réalisé. Les plateformes telles qu'Instagram et Tiktok reconnaissent rarement les allégations de cette nature, mais soulignent plutôt leur droit de supprimer les publications qui ne sont pas conformes à leurs directives communautaires et le fait qu'en acceptant d'utiliser la plateforme, vous consentez à leur pouvoir de le faire. 

D'une manière générale, le fait que vos vidéos soient supprimées ou que moins de personnes puissent y accéder n'est pas le plus grand préjudice du monde, mais il faut noter que les personnes qui font l'objet d'un bannissement caché présentent un profil significatif. Si je me réfère aux directives de la communauté Tiktok, il est dit que sont mises au rebut les vidéos créées dans le but de nuire à autrui. Mais dans ces directives, ils s'efforcent de répéter que sont autorisés "les contenus éducatifs, historiques, satiriques, artistiques et autres qui peuvent être clairement identifiés comme des contre-discours ou qui visent à sensibiliser aux dommages causés par des individus et/ou des organisations dangereuses". Cette citation et leur déclaration de soutien au mouvement Black Lives Matter surprendront surtout tous les de créatifs noirs qui ont vu leur taux de fréquentation chuter et leurs vidéos être retirées de leur profil. 

Instagram s'est montré tout aussi complice dans cette affaire - il y a eu un retour de bâton significatif de la part des travailleurs du sexe, des éducateurs sexuels et souvent des espaces inclusifs, queer et sexuellement positifs sur cette application. Dans son article publié dans le Guardian, Chante Joseph a exposé la zone grise qui n'est pas aussi clairement définie que la politique de non-nudité d'Instagram, où les administrateurs peuvent signaler un contenu comme étant "sexuellement suggestif" ; beaucoup de gens affirment que c'est nécessaire afin de s'assurer que les enfants ne sont pas exposés à des contenus inappropriés - plutôt que de responsabiliser les parents ou que les plateformes de médias sociaux tentent au moins d'introduire une forme de restriction d'âge, la charge est donc placée sur les créateurs. Mais considérons, par exemple, les créateurs LGBTQIA+ ; leurs comptes fournissent des informations auxquelles des jeunes qui n'ont peut-être même pas fait leur coming out pourraient avoir accès afin de pouvoir traiter et comprendre leurs sentiments dans un espace sain qui ne leur était pas accessible il y a seulement dix ans. En substance, ces directives sur ce qu'une personne est autorisée à partager sont définies par une norme morale arbitraire où les discussions sur le sexe, en particulier celles qui se situent en dehors du domaine de l'hétéronormatif, sont quelque chose dont il faut se protéger, même s'il y a très peu d'espaces qui les autorisent dans la vie réelle.

Instagram, Twitter, TikTok, Facebook ont tous la réputation d'être superficiels et de reposer sur l'auto-gratification des gens qui veulent exister et être vus (ce qui n'est même pas une mauvaise chose en soi), mais à côté de cela, ils peuvent être utilisés pour partager des idées, des pensées politiques et des savoirs. Ainsi, lorsque des créateurs noirs qui tentent d'informer les masses sont empêchés de partager des informations ou lorsque des messages de travailleurs du sexe sur la misogynie sont inaccessibles parce que leur page est considérée comme trop "sexuellement suggestive" (terme indéfini et donc difficile à traiter), le silence est assourdissant. Le shadowbanning est une menace pour nous tous car il maintient l'illusion du contrôle. Or, cette idée est synonyme de censure et d'obstruction à l'information. De plus, cette obstruction est dictée par ce que les plateformes considèrent comme approprié, de sorte que le pouvoir que nous supposions avoir dans nos voix peut constamment être réduit au silence.

Auteur: Oluwakemi Agunbiade

Info: https://cherwell.org/, 3 septembre 2020

[ pouvoir numérique ]