ostracisme

Un cours sur les goitres (goïteurs, en anglais), parce que je ne vois vraiment pas comment je pourrais renverser la tendance de trois mille ans de civilisation où d'abord on lapide les goitreux, ensuite on les met à l'isolement en les associant aux crétins, puis on les traite à l'hôpital. Touche autobiographique : j'habite dans les Alpes (basses - les Basses-Alpes) : d'où sensibilité accrue - ou cliché ? On a supprimé tous les goitreux ; en quinze ans, je n'en ai pas vu un seul (population non grata, pour le moins). À bien y réfléchir, je n'ai pas croisé un seul crétin non plus - ah si, une fois, un garçon volumineux avec une tête énorme ; il aura échappé à l'eugénisme (détendu, dans nos sociétés, un eugénisme décontracté). Il n'y a pas beaucoup de goitreux dans les livres. Il n'y a pas de chars nazis dans les corsos fleuris. Ça m'a frappée, hier, en assistant au défilé des chars alors que j'étais venue chercher dans la foule un goitreux échappé au carnage. Un cours est toujours une enquête.

Auteur: Quintane Nathalie

Info: "Cours sur les goitres", paru dans la revue "Nioques", n°11, p.137

[ pédagogie ] [ tare ] [ ironie ] [ bienséance ] [ glande thyroïde ] [ tumeur ] [ malformation pathologique ]

informatique

Qu'il s'agisse de l'"association induite" ou de l'"association libre", les enchaînements associatifs constatés ne couvrent pas l'éventail des combinaisons que l'on obtiendrait en associant deux mots au hasard, et on peut établir relativement aisément la typologie des cas effectivement observés. Il n'est pas certain toutefois que ces regroupements seraient valables pour d'autres familles de langues que les nôtres : il s'agit d'un aspect de la question qui reste à explorer.

Carl Jung a consacré des textes importants à la question de l'"association induite" et son matériel clinique et sa réflexion théorique peuvent être utilisés comme points de départ (Jung & Riklin 1973 [1904-1905] ). Les cas mentionnés par Freud (essentiellement dans les trois grands textes consacrés au "signifiant" : Freud ; 1901 ; 1905) ont également été utilisés. Voici maintenant l'inventaire des différents types d'associations de signifiant à signifiant que l'on peut relever.

Enchaînements associatifs matériels

Acoustiques : homophoniques : humilité/humidité, amical/amicalement, fortune/fortuné, "Bosnie/Boticelli/Signorelli". (paronomase)

syntagmatiques : pain/quotidien, larme/vallée.

Graphiques : homographie : sphinx/lynx. (paronomase)

Enchaînements associatifs sémantiques

synonymie : voleur/bandit.

inclusion : bleu/couleur, assassin/Landru. (substitut métonymique, synecdoques)

connexion simple : abeille/miel, fenêtre/verre. (substitut métonymique)

traduction : timbre/stamp.

paradigme : vélo/voiture, lac/océan. (substitut métonymique)

attribution essentielle : ciel/bleu, enfant/petit. (substitut métonymique, synecdoques)

attribution accidentelle : père/ivre, piano/horrible.

Auteur: Jorion Paul

Info: Principes des systèmes... 1989, chapitre 9

[ citation s'appliquant à ce logiciel ] [ classement ] [ langage ] [ corrélats ] [ analogies ] [ association d'idées ] [ psychogénèse ]

pouvoir

L'antiterrorisme, contrairement à ce que voudrait insinuer le terme, n'est pas un moyen de lutter contre le terrorisme, c'est la méthode par quoi l'on produit, positivement, l'ennemi politique en tant que terroriste. Il s'agit, par tout un luxe de provocations, d'infiltrations, de surveillance, d'intimidation et de propagande, par toute une science de la manipulation médiatique, de l'"action psychologique", de la fabrication de preuves et de crimes, par la fusion aussi du policier et du judiciaire, d'anéantir la "menace subversive" en associant, au sein de la population, l'ennemi intérieur, l'ennemi politique à l'affect de la terreur. L'essentiel, dans la guerre moderne, est cette "bataille des coeurs et des esprits" où tous les coups sont permis. Le procédé élémentaire, ici, est invariable : individuer l'ennemi afin de le couper du peuple et de la raison commune, l'exposer sous les atours du monstre, le diffamer, l'humilier publiquement, inciter les plus vils à l'accabler de leurs crachats, les encourager à la haine. "La loi doit être utilisée comme simplement une autre arme dans l'arsenal du gouvernement et dans ce cas ne représente rien de plus qu'une couverture de propagande pour se débarrasser de membres indésirables du public. Pour la meilleure efficacité, il conviendra que les activités des services judiciaires soient liées à l'effort de guerre de la façon la plus discrète possible", conseillait déjà, en 1971, le brigadier Frank Kitson ancien général de l'armée britannique, théoricien de la guerre contre-insurrectionnelle.

Auteur: Coupat Julien

Info:

[ contrôle ] [ manipulation ] [ bouc émissaire ]

coadaptation

Étrangeté du vivant : deux araignées recréent une fleur pour survivre

Beaucoup de découvertes scientifiques majeures ont été faites par hasard. Celle-ci ne fait pas exception : des scientifiques ont surpris un couple d'araignées s'associant afin de recréer une fleur ! La première observation de mimétisme coopératif pour attirer les proies et repousser les prédateurs.

Il était une fois une araignée rêvant de ressembler à une fleur... Ne pouvant y parvenir seule, elle s'associa à un partenaire de son espèce. Ensemble, ils formèrent une magnifique tromperie visuelle, destinée tant à leurs proies qu'à leurs prédateurs. Un jour, un couple de spécialistes de l'environnement de l'université du Yunnan, en Chine, découvrit fortuitement cette coopération, et choisit de la documenter dans la revue Frontiers in Ecology and the Environment.

Voici l'histoire de cette association romantico-stratégique.

Elle débute dans une forêt tropicale humide à Xishuangbanna, dans le sud-ouest de la Chine. Dans le cadre de leur projet de recherche, Shi-Mao Wu et Jiang-Yun Gao y sont en pleine exploration lorsqu'ils tombent sur une araignée tentant manifestement d'imiter les fleurs qui l'entourent. Intrigués, ils s'approchent plus près, et découvrent qu'il s'agit en fait de deux araignées l'une sur l'autre, coopérant pour recréer l'image de cette fleur. Ce que les chercheurs ne savent pas encore, c'est qu'ils sont les premiers témoins d'un mimétisme coopératif, qui n'avait jamais été observé auparavant chez aucune espèce. 

A deux, on est plus forts ! 

Ces araignées, de leur nom latin Thomisus guangxicus, font partie de la famille des araignées-crabes, les Thomisidae. Elles survivent en se fondant dans le décor, d'une part pour se cacher de leurs prédateurs - généralement des oiseaux - et d'autre part pour piéger leurs proies - généralement des insectes visitant des fleurs. La paire observée par les chercheurs était composée d'un mâle et d'une femelle. La femelle avait l'apparence de pétales blancs pâles, imitant la corolle fusionnée de la fleur. Le mâle, quant à lui beaucoup plus petit et positionné sur le dos de la femelle, prenait l'apparence du pistil et des étamines. Le duo imitait parfaitement les fleurs de Hoya pandatura, de la famille des Asclepiadaceae, dont il était entouré.

Serait-ce le fruit d’une coévolution ?

La reproduction de la complexité de cette fleur n'est possible que par la présence d'araignées des deux sexes. Il s'agit d'un cas de coopération à double avantage, qui élargit les potentiels mimétiques des araignées mâles et femelles : les individus améliorent leur survie en tant que proie et leur efficacité en tant que prédateur. Comment ont-ils évolué ainsi ensemble ? C'est la question que se posent désormais les chercheurs. L'étude de la coévolution de ces araignées mâles et femelles peut représenter une piste de compréhension de la mise en place et de la variété des mimétismes coopératifs au sein du vivant.

 

Auteur: Internet

Info: https://www.futura-sciences.com, 30 mars 2024 - Léa Picon

[ animal-végétal ] [ tétravalence ]

citation s'appliquant à ce logiciel

S'associant avec des termes qui ne sont pas dans les citations/extraits, les tags de ce logiciel en sont la valeur ajoutée la plus évidente.

Maintenant, pour comprendre au moins mal la structuration de ce logiciel, il faut savoir que nous sommes partis de ce que nous voulons appeler notre miroir corps-esprit, tel qu'exprimé par un des titres du logiciel : "Tentative d'une inversion de la sphère physique de notre jeunesse en une sphère écrite de notre âge mûr." C'est à dire que chacun des extraits a résonné à un moment ou à un autre d'une certaine manière avec notre expérience.

Egomorphisme... autisme ? A voir.  Nous voilà avec une belle et robuste subjectivité en tous les cas.(idiosynchrasie projetée ?)

Nous nous sommes donc appuyé sur la structure commune au plus grand nombre, les mots, issus de notre réel et de son évolution. Un vocabulaire séquencé à partir des termes les plus simples et concrets de l'enfance : manger-boire, papa-maman, souffrir-jouir, prendre-donner... avec déjà beaucoup de dualité. Pour aller ensuite vers des appellations plus génériques et conceptuelles : vie-mort, bonheur-malheur, théorie-pratique... Nous trouvant ainsi un peu plus engagé dans l'interprétation et le subjectif, avec déjà des possibilités quasi infinies de combinaisons. Ces mots et leurs combinaisons suffiraient aisément pour cette classification mais les hommes ne sont pas si simples, ils associent. Pour qui voudra approfondir les notions d'"association induite" ou d'"association libre" il suffira de consulter certaines typologies, comme celles tentées par Jung il y a déjà plus d'un siècle. Typologies par ailleurs soumises et subordonnées aux idiomes. Il y a là, par parenthèse, un champ d'exploration qui semble fort peu défloré et qui pourrait, qui sait !, déboucher sur l'émergence d'archétypes et autres concepts terminologiques nouveaux qui accompagneront les prometteurs champs de la science que sont la biophysique ou l'informatique.

Mais revenons sur terre. Le classement de ce logiciel, de par son étiquetage humain, ouvre et optimise les associations puisque les corrélats, qui ne font pas partie du texte de la citation, sont pris en compte dans une recherche. "Tags/Corrélats" supposé préciser ou éclairer le ou les sens d'un extrait. L'unique hiérarchie de ces tags étant que le premier (le plus significatif, le plus pertinent ?...) est nommé CATEGORIE. Mais nous en avons déjà parlé. Donc pas question ici de trop hiérarchiser les tags-corrélats qui sont venus à l'esprit du tagueur "sans trop réfléchir", instinctivement. Nous pensons qu'un classement plus précis, plus réfléchi, serait déjà une limitation... la mise en place d'une mécanique figée.

Il y a donc la possibilité d'associer - et de rechercher - des corrélations à deux termes comme : agonie - mort, souffrance - apprentissage, admiration - enthousiasme, etc... Termes associés qui forment l'embryon d'une table des matières à venir, appelée à constituer petit à petit une sorte de dictionnaire "plus précis", mais aussi plus ouvert pour la classification, la recherche et donc la réflexion à partir d'une pensée. Couples de termes qui vont évidemment de deux quasi synonymes, (ce qui en général centrera la recherche) jusqu'aux termes complètement antagonistes, dont les interactions ne seront pas moins intéressantes. Avec l'espoir de pouvoir implémenter un jour des recherches plus complexes.

Comme dit plus haut, s'affine aussi avec le temps l'organisation du classement via des tags-corrélats plus précis comme "hommes-par-femmes", "femmes-par-hommes", "fond-forme"... (pour plus de détail aller voir le mode d'emploi du soft ... ou lire le texte explicatif qui commence par : A l'origine il y a cet atavisme...)

Tout ceci partant évidemment du point de vue que les sensations du tagueur correspondent pour bonne partie à celles de ses collègues humains. Avec cet agacement central, peut-être une de nos limitations les plus importante, frustrante : l'homme ne parle ici qu'à lui-même. Mais qu'importe. Si l'auteur de ces lignes n'est qu'une pauvre illusion. Vous en êtes une autre.

Auteur: Mg

Info: 17 juillet 2013

[ indexation ] [ écriture ] [ témoignage ]

dressage

Imagine que tu vives sur une planète où l'espèce dominante est beaucoup plus sophistiquée que les êtres humains, mais conserve fréquemment des humains comme animaux de compagnie. On les appelle les Gorns. Ils communiquent entre eux grâce à une combinaison complexe de télépathie, de mouvements oculaires et de couinements aigus, tous totalement inintelligibles et inapprenables par les humains, dont le cerveau est uniquement préparé à l'acquisition du langage verbal.

Les humains apprennent parfois la signification de certains sons en les associant de manière répétée à des objets qui les intéressent. Les Gorns et les humains sont très liés, mais il existe de nombreuses règles Gorn que les humains doivent essayer d'assimiler avec des informations limitées et des enjeux généralement élevés. Tu es 'un des humains chanceux qui vit avec les Gorns dans leur demeure. Beaucoup d'autres humains sont enchaînés à de petites cabanes dans la cour ou gardés dans des enclos extérieurs de tailles variables. Ils sont si peu sociables qu'ils ne peuvent pas contrôler leurs émotions lorsqu'un Gorn s'approche d'eux. Les Gorns sont d'accord pour dire qu'ils ne pourront jamais être des humains de maison.

Le logement que tu partages avec ta famille Gorn est bourré de bols en porcelaine remplis d'eau. Chaque fois que tu essaies d'uriner dans l'un d'eux, les Gorns voisins t'attaquent. Tu apprends à n'utiliser les toilettes que lorsqu'il n'y a pas de Gorns présents. Parfois, ils rentrent à la maison et te fourrent la tête dans les toilettes sans raison apparente. Tu détestes cela et tu commences à faire de la lèche aux Gorns quand ils rentrent pour essayer d'éviter cela, mais ils considèrent cela comme une preuve de ta culpabilité. Tu es également puni pour avoir regardé des vidéos, lu des livres, parlé à d'autres êtres humains, mangé de la pizza ou du gâteau au fromage et écrit des lettres. Tout cela est considéré comme des problèmes de comportement par les Gorns.

Pour éviter de devenir fou, une fois encore, tu attends qu'ils ne soient pas là pour essayer de faire ce que tu veux. Pendant qu'ils sont là, tu t'assieds tranquillement, en regardant droit devant toi. Comme ils sont témoins de ce bon comportement dont tu es manifestement capable, ils considèrent que c'est par "dépit" que tu regardes des vidéos et que tu commets d'autres transgressions lorsque tu es seul. Ils pensent qu'il est évident que tu n'aimes pas être laissé seul. On te promène plusieurs fois par jour et on te laisse des livres de mots croisés à faire. Tu ne les as jamais utilisés car tu détestes les mots croisés ; les Gorns pensent que tu les ignores par vengeance. Le pire, c'est que tu les aimes bien. Après tout, ils sont souvent gentils avec toi. Mais lorsque tu leur souris, ils te punissent, tout comme pour une poignée de main. Si tu t'excuses, ils te punissent à nouveau.

Tu n'as pas vu d'autre humain depuis que tu es un petit enfant. Lorsque tu en vois un, tu es curieux, excité et effrayé. Tu ne sais pas vraiment comment agir. Alors, le Gorn avec qui tu vis te tient à l'écart des autres humains. Tes compétences sociales ne se développent jamais.

Finalement, tu es amené à l'école de "formation". Une grande partie de la formation consiste à avoir ton souffle brièvement coupé par une chaîne en métal autour de ton cou. Ils sont sûrs que tu comprends tous les couinements et les communications télépathiques qu'ils font, car parfois tu as raison. Tu devines et tu détestes l'entraînement. Tu te sens assez stressé la plupart du temps. Un jour, tu vois un Gorn s'approcher avec le collier d'entraînement à la main. Tu as le syndrome prémenstruel, tu as mal au cou et tu ne te sens pas à la hauteur de la coercition déconcertante qui va s'ensuivre. Tu leur dis de ta voix la plus sévère de te laisser tranquille et de s'en aller. Les Gorns sont choqués par ce comportement agressif non provoqué. Ils pensaient que tu avais un bon tempérament.

Ils te mettent dans l'un de leurs véhicules et t'emmènent faire un tour. Tu regardes le paysage planétaire attrayant qui défile et tu te demandes où tu vas. On te conduit dans un bâtiment où règne une odeur de sueur et d'excréments humains. Les hommes sont partout dans de petites cages. Certains sont nerveux, d'autres déprimés, la plupart regardent ce qui se passe depuis leur prison. Tes Gorns, avec qui tu as vécu toute ta vie, te remettent à des étrangers qui te traînent dans une petite pièce. Tu es terrifié et tu cries pour que ta famille Gorn t'aide. Ils se retournent et s'en vont. Te voilà aintenu au sol et on te fait une injection létale. C'est, après tout, la façon la plus humaine de procéder.

Auteur: Donaldson Jean

Info: The Culture Clash

[ extraterrestres ] [ analogie homme-chien ] [ xénolinguistique ] [ incompréhension ]

perception

"Je dois traduire les couleurs" : découverte d'un cas unique de synesthésie en France

À Reims, une personne s’est rendue à une consultation de neuropsychologie dans le cadre d’un bilan destiné à changer de voie professionnelle sans se douter qu’elle deviendrait le premier cas de synesthésie décrit dans l’Hexagone. Explications.

Un cas unique de synesthésie vient d'être découvert : une personne qui déchiffre le langage grâce aux couleurs que les syllabes lui évoquent.

La synesthésie peut prendre diverses formes. Certaines personnes entendent les couleurs, d'autres associent une couleur à une lettre de l'alphabet. Ce phénomène neurologique, qui n'est pas une maladie, associe deux sens ou plus. Environ 3% de la population serait capable de percevoir l'une des nombreuses facettes de la synesthésie. Toutefois, jusqu'à présent, aucun cas de synesthésie associant une couleur à un phonème, un élément sonore du langage parlé, n'avait été décrit. Un premier cas vient d'être reporté par l'Université de Toulouse et décrit dans la revue Consciousness and cognition.

Tout commence lors d'une consultation de neuropsychologie dans le cabinet du Dr Ehrlé au CHU de Reims. La personne consulte alors pour un bilan en vue d'une réorientation professionnelle. "Ce qui a surpris ma collègue, c'est que lorsque cette personne s'est présentée, elle a indiqué que son prénom était trop marron et qu'elle préférait qu'on l'appelle par un autre prénom plus violet. Cette personne avait également un diagnostic de schizophrénie du fait d'hallucinations et d'idées délirantes", raconte à Sciences et Avenir Lucie Bouvet, maîtresse de conférences en psychopathologie et co-aueure de l'article scientifique. Après une évaluation approfondie, la personne n'avait en réalité pas d'hallucinations mais elle éprouvait de la synesthésie. "Elle avait également un niveau intellectuel assez élevé et des capacités savantes en astrophysique, ce qui avait été d'abord diagnostiqué comme des idées délirantes."

Les mots seuls n'ont pas de sens

En temps normal, les personnes synesthètes ont tendance à associer un mot entier à une couleur. Mais très vite, l'équipe comprend que cette personne associe des couleurs à des sons. Et ce, à un degré tellement poussé qu'elle ne comprend pas le sens des mots en les entendant : elle a accès à la signification des phrases via les couleurs qu'elle perçoit.

"Nous avons testé systématiquement l'association entre un phonème et une couleur. D'abord avec des phonèmes seuls, puis des syllabes et enfin des mots. A chaque fois, que le phonème soit isolé ou présenté au sein d'une syllabe ou d'un mot, c'est la même couleur qui est associée. Par exemple, pour les sons /v/ /i/ /l/ qui constituent le mot 'ville', la personne donne les mêmes couleurs quand elle entend les sons isolés ou bien le mot." En parallèle, lors des entretiens menés avec l'individu, ce dernier indiquait devoir "traduire" les couleurs pour accéder au sens du mot. "La signification des mots est un travail de traduction dans ma tête. Et ce travail de traduction là, ça demande un effort beaucoup plus conséquent que de pouvoir regarder les couleurs. Je dois traduire les couleurs", explique-t-il à l'équipe médicale, qui nous a rapporté ses propos.

A tel point que les mots seuls n'ont pas de sens pour lui. "Je ne retiens pas les mots, je vois la signification de ce que l’on me dit : c’est plus qu’une image car il y a tous les cinq sens. Si je pense à un gâteau, je ne vais pas penser au mot gâteau. Je vais penser à toutes les sensations que j’ai quand je vois, je touche et mange le gâteau. Tous les sens s’activent d’un coup. Je pense en vidéo constamment, en image. Je ne pense pas en mots", étaye ce patient. Une pensée visuelle et multisensorielle, par opposition à la pensée verbale que nous connaissons.

La synesthésie n'est ni une faculté exceptionnelle, ni un pouvoir spécial

Ce traitement atypique de la parole constitue pour ce cas particulier une barrière dans la vie de tous les jours. "Cet effort de traduction des couleurs est très coûteux au niveau attentionnel. Cette personne explique elle-même avoir du mal à tenir une longue conversation. Ceci peut expliquer en partie les difficultés sociales qu'elle rapporte. Sa pensée visuelle a été également frein dans ses apprentissages car les méthodes d'apprentissage sont très verbales. Pour cette personne, passer par le phonème est un moyen d'activer ses représentations mentales sans passer par ce lexique mental. Cela va à l'encontre de la plupart des modèles psycholinguistiques qui considèrent que ce lexique mental est un passage obligé pour accéder à nos représentations", explique Lucie Bouvet.

La synesthésie n'est ni une faculté exceptionnelle, ni un pouvoir spécial. Elle reste une illustration de la façon dont on peut "fonctionner différemment dans notre tête", comme l'expliquait le spécialiste Jean-Michel Hupès dans un précédent article de Sciences et Avenir. "On ne sait pas, en tout cas pour l’instant, identifier dans la structure ou le fonctionnement du cerveau des différences correspondant à l’expérience des synesthésies." Mais ce cas particulier apporte non seulement une nouvelle facette à la synesthésie, mais nous permet également de mieux comprendre nos propres représentations mentales : on peut donc réfléchir autrement que par notre propre lexique.

Auteur: Internet

Info: Coralie Lemke le 10.07.2023

[ combinaisons ] [ teintes sonores ]

médecine

L'intelligence artificielle peut prédire l'activité sur et hors cible des outils CRISPR qui ciblent l'ARN au lieu de l'ADN, selon une nouvelle recherche publiée dans Nature Biotechnology.

L'étude menée par des chercheurs de l'université de New York, de l'université Columbia et du New York Genome Center associe un modèle d'apprentissage profond à des écrans CRISPR pour contrôler l'expression des gènes humains de différentes manières, comme si l'on appuyait sur un interrupteur pour les éteindre complètement ou si l'on utilisait un bouton d'atténuation pour réduire partiellement leur activité. Ces contrôles précis des gènes pourraient être utilisés pour développer de nouvelles thérapies basées sur CRISPR.

CRISPR est une technologie d'édition de gènes qui a de nombreuses applications en biomédecine et au-delà, du traitement de la drépanocytose à la fabrication de feuilles de moutarde plus savoureuses. Elle fonctionne souvent en ciblant l'ADN à l'aide d'une enzyme appelée Cas9. Ces dernières années, les scientifiques ont découvert un autre type de CRISPR qui cible l'ARN à l'aide d'une enzyme appelée Cas13.

Les CRISPR ciblant l'ARN peuvent être utilisés dans un large éventail d'applications, notamment l'édition de l'ARN, l'élimination de l'ARN pour bloquer l'expression d'un gène particulier et le criblage à haut débit pour déterminer les candidats médicaments prometteurs. Des chercheurs de l'Université de New York et du New York Genome Center ont créé une plateforme de criblage CRISPR ciblant l'ARN et utilisant Cas13 pour mieux comprendre la régulation de l'ARN et identifier la fonction des ARN non codants. L'ARN étant le principal matériel génétique des virus, notamment du SRAS-CoV-2 et de la grippe, les CRISPR ciblant l'ARN sont également prometteurs pour le développement de nouvelles méthodes de prévention ou de traitement des infections virales. Par ailleurs, dans les cellules humaines, lorsqu'un gène est exprimé, l'une des premières étapes est la création d'ARN à partir de l'ADN du génome.

L'un des principaux objectifs de l'étude est de maximiser l'activité des CRISPR ciblant l'ARN sur l'ARN cible prévu et de minimiser l'activité sur d'autres ARN qui pourraient avoir des effets secondaires préjudiciables pour la cellule. L'activité hors cible comprend à la fois les mésappariements entre l'ARN guide et l'ARN cible, ainsi que les mutations d'insertion et de délétion. 

Les études antérieures sur les CRISPR ciblant l'ARN se sont concentrées uniquement sur l'activité sur la cible et les mésappariements ; la prédiction de l'activité hors cible, en particulier les mutations d'insertion et de délétion, n'a pas fait l'objet d'études approfondies. Dans les populations humaines, environ une mutation sur cinq est une insertion ou une délétion ; il s'agit donc d'un type important de cibles potentielles à prendre en compte dans la conception des CRISPR.

"À l'instar des CRISPR ciblant l'ADN tels que Cas9, nous prévoyons que les CRISPR ciblant l'ARN tels que Cas13 auront un impact considérable sur la biologie moléculaire et les applications biomédicales dans les années à venir", a déclaré Neville Sanjana, professeur agrégé de biologie à l'université de New York, professeur agrégé de neurosciences et de physiologie à l'école de médecine Grossman de l'université de New York, membre de la faculté principale du New York Genome Center et coauteur principal de l'étude. "La prédiction précise des guides et l'identification hors cible seront d'une grande valeur pour ce nouveau domaine de développement et pour les thérapies.

Dans leur étude publiée dans Nature Biotechnology, Sanjana et ses collègues ont effectué une série de criblages CRISPR de ciblage de l'ARN dans des cellules humaines. Ils ont mesuré l'activité de 200 000 ARN guides ciblant des gènes essentiels dans les cellules humaines, y compris les ARN guides "parfaitement adaptés" et les désadaptations, insertions et suppressions hors cible.

Le laboratoire de Sanjana s'est associé à celui de David Knowles, expert en apprentissage automatique, pour concevoir un modèle d'apprentissage profond baptisé TIGER (Targeted Inhibition of Gene Expression via guide RNA design) qui a été entraîné sur les données des cribles CRISPR. En comparant les prédictions générées par le modèle d'apprentissage profond et les tests en laboratoire sur des cellules humaines, TIGER a été capable de prédire l'activité sur cible et hors cible, surpassant les modèles précédents développés pour la conception de guides sur cible Cas13 et fournissant le premier outil de prédiction de l'activité hors cible des CRISPR ciblant l'ARN.

"L'apprentissage automatique et l'apprentissage profond montrent leur force en génomique parce qu'ils peuvent tirer parti des énormes ensembles de données qui peuvent maintenant être générés par les expériences modernes à haut débit. Il est important de noter que nous avons également pu utiliser l'"apprentissage automatique interprétable" pour comprendre pourquoi le modèle prédit qu'un guide spécifique fonctionnera bien", a déclaré M. Knowles, professeur adjoint d'informatique et de biologie des systèmes à la School of Engineering and Applied Science de l'université Columbia, membre de la faculté principale du New York Genome Center et coauteur principal de l'étude.

"Nos recherches antérieures ont montré comment concevoir des guides Cas13 capables d'éliminer un ARN particulier. Avec TIGER, nous pouvons maintenant concevoir des guides Cas13 qui trouvent un équilibre entre l'élimination sur la cible et l'évitement de l'activité hors cible", a déclaré Hans-Hermann (Harm) Wessels, coauteur de l'étude et scientifique principal au New York Genome Center, qui était auparavant chercheur postdoctoral dans le laboratoire de Sanjana.

 Les chercheurs ont également démontré que les prédictions hors cible de TIGER peuvent être utilisées pour moduler précisément le dosage des gènes - la quantité d'un gène particulier qui est exprimée - en permettant l'inhibition partielle de l'expression des gènes dans les cellules avec des guides de mésappariement. Cela peut être utile pour les maladies dans lesquelles il y a trop de copies d'un gène, comme le syndrome de Down, certaines formes de schizophrénie, la maladie de Charcot-Marie-Tooth (une maladie nerveuse héréditaire), ou dans les cancers où l'expression aberrante d'un gène peut conduire à une croissance incontrôlée de la tumeur.

Notre modèle d'apprentissage profond peut nous indiquer non seulement comment concevoir un ARN guide qui supprime complètement un transcrit, mais aussi comment le "régler", par exemple en lui faisant produire seulement 70 % du transcrit d'un gène spécifique", a déclaré Andrew Stirn, doctorant à Columbia Engineering et au New York Genome Center, et coauteur de l'étude.

En associant l'intelligence artificielle à un crible CRISPR ciblant l'ARN, les chercheurs pensent que les prédictions de TIGER permettront d'éviter une activité CRISPR hors cible indésirable et de stimuler le développement d'une nouvelle génération de thérapies ciblant l'ARN.

"À mesure que nous recueillons des ensembles de données plus importants à partir des cribles CRISPR, les possibilités d'appliquer des modèles d'apprentissage automatique sophistiqués sont de plus en plus rapides. Nous avons la chance d'avoir le laboratoire de David à côté du nôtre pour faciliter cette merveilleuse collaboration interdisciplinaire. Grâce à TIGER, nous pouvons prédire les cibles non ciblées et moduler avec précision le dosage des gènes, ce qui ouvre la voie à de nouvelles applications passionnantes pour les CRISPR ciblant l'ARN dans le domaine de la biomédecine", a déclaré Sanjana.

Cette dernière étude fait progresser la large applicabilité des CRISPR ciblant l'ARN pour la génétique humaine et la découverte de médicaments, en s'appuyant sur les travaux antérieurs de l'équipe de l'Université de New York pour développer des règles de conception de l'ARN guide, cibler les ARN dans divers organismes, y compris des virus comme le SRAS-CoV-2, concevoir des protéines et des ARN thérapeutiques, et exploiter la biologie de la cellule unique pour révéler des combinaisons synergiques de médicaments contre la leucémie.

Auteur: Internet

Info: L'IA combinée à CRISPR contrôle précisément l'expression des gènes par l'Université de New York. https://phys.org/, 3 juillet 2023 - Nature Biotechnology. Prediction of on-target and off-target activity of CRISPR-Cas13d guide RNAs using deep learning, Nature Biotechnology (2023). DOI: 10.1038/s41587-023-01830-8

[ génie génétique ]

coévolution bio-linguistique

Cerveau humain, langage et culture matérielle : Quand archéologues et neurobiologistes coopèrent.

Ce sont Chris Renfrew, Chris Frith et Lambros Malafouris, qui ont souligné cette intrication. (in The Sapient Mind, sous-titré Archaeology meets neuroscience - eds, 2009)

- Les patterns observés concernant l’activation [cérébrale] et la superposition avec les circuits du langage suggèrent que la fabrication d’outils et le langage ont une base commune dans une aptitude humaine plus générale à une action complexe et finalisée. Ces résultats sont compatibles avec des hypothèses coévolutionnaires associant l’émergence du langage, la fabrication d’outils, la latéralisation fonctionnelle à l’échelle d’une population et l’expansion du cortex associatif dans l’évolution humaine. (D. Stout & al., “Neural correlates of Early Stone Age toolmaking : technology, language and cognition in human evolution”. 2009 : 1) 

- Les développements récents de l’imagerie cérébrale révèlent des bases communes aux dispositions sociales des hommes et des primates les plus évolués

- L’accroissement des liens sociaux se reflète dans l’accroissement du volume du cerveau, et au moment où l’espèce humaine se dissémine sur le globe et où les liens sociaux risquent ainsi de se déliter, c’est la diffusion d’une même culture matérielle qui va maintenir le lien que l’éloignement géographique fragilise. (Fiona COWARD & Clive GAMBLE “Big brains, small world : material culture and the evolution of mind” 2009) 

Les modifications de l’expression des gènes gouvernant le développement cortical au cours de l’évolution des mammifères ont fourni les conditions à la fois d’un accroissement de taille considérable et d’un retard dans la maturation du cerveau, qui a conféré une influence déterminante aux perceptions, aux actions, à l’apprentissage pour la formation des spécialisations corticales. En même temps, de nouvelles régions ont vu le jour dans le cortex, et de nouvelles connexions se sont mises en place avec les aires primaires, sensorielles et motrices. (Philippe Vernier, 2005 : “Évolution du cerveau et émergence du langage”. - Références : Talmy GIVÓN, Functionalism and Grammar (1995), dernier chapitre : “The co-evolution of language and brain” - Terrence DEACON, The symbolic Species, sous-titré : The co-evolution of Language and Brain 1997 - Ray JACKENDOFF Foundations of Language, sous-titré Brain, Meaning, Grammar, Evolution 2002

- Alors que Vernier ne mentionne que l’évolution des aires corticales, K. Gibson suit de son côté la voie ‘subcorticale’ ouverte par Lieberman (2000) et insiste sur les zones centrales du cerveau également impliquées dans l’administration de la parole et du langage. Kathleen GIBSON (“Not the neocortex alone : other brain structures also contribute to speech and language”, 2013)

Trois manières pour les organismes de s’adapter à des fins évolutives.

(a) Le cas le plus simple est l’évolution génétique, quand la sélection naturelle agit sur les variétés dans une population, sélectionnant au détriment des allèles qui délivrent la moindre convenance (fit) avec l’environnement.

(b) La seconde voie est celle de l’utilisation de la plasticité phénotypique d’un génotype.

(c) La troisième voie exploite des systèmes et des organes qui ont évolué pour s’adapter à des environnements en évolution rapide et qui ont également une assise génétique - p.158. (S. Számadó / E. Szathmáry, “Evolutionary biological foundations of the origin of language : the coevolution of language and brain” 2013

Leur conclusion :

1) Les variantes linguistiques aisées à apprendre et à retenir sont favorisées en termes d’évolution culturelle et donc se répandent plus vite dans une population donnée ;

2) Les cerveaux plus aptes à assimiler les variétés et le changement linguistique offrent des avantages biologiques adaptatifs à leurs porteurs ; donc les gènes responsables des différences adaptatives vont se répandre dans la population.

3) En conséquence, les langues entrent en connexion neuronale avec les besoins du cerveau humain, et les cerveaux s’adaptent à l’apprentissage et au traitement linguistiques. Si bien que les humains peuvent effectuer une foule d’activités qui tirent profit d’un usage plus efficace de la langue (coopération, utilisation d’outils, maintenance des traditions, etc.)

L’évolution de la parole et l'ingénierie neuromimétique

Entreprises de modélisation et de simulation informatique des processus dont on présume qu’ils ont piloté l’émergence et l’évolution du langage.

- L’un des arguments en faveur des approches computationnelles et robotiques de l’évolution du langage est leur nature interdisciplinaire : Cela permet un dialogue direct avec des discipines empriques concernées par le langage et la cognition, telles que les neurosciences cognitives, la psychologie, la linguistique cognitive, la primatologie et l’anthropologie (…). L’ajout de contraintes aux modèles robotiques sur la base de données empiriques améliore aussi l’aptitude de la robotique et des modèles calculatoires pour générer des prédictions basées sur des théories descriptives, lesquelles peuvent être à leur tour validées ou invalidées par de nouvelles études empiriques et modélisatrices (…).” (références : Simon KIRBY, Function, selection, and innateness – The emergence of linguistic universals, 1999. Pierre-Yves OUDAYER automate de simulation de l’origine de la parole : Self-organization in the evolution of speech 2006. Angelo CANGELOSI, “Robotics and embodied agent modelling of the evolution of language” 2013 

Cerveau des primates et mutations génétiques susceptibles d'avoir facilité l'émergence du langage chez les primates humains

Hypothèse mutationniste :

- “Il est extrêmement improbable que le langage humain ait résulté de la simple adaptation du système de communication d’une espèce antérieure. Rien de ce que nous savons de la neuro-anatomie humaine pertinente pour le langage en rapport avec le complexe Aire de Broca-POT [Jonction pariétale-occipitale temporale dans l’anatomie du cerveau humain] ne nous inciterait à imaginer des homologues dans les structures cérébrales directement pertinentes pour les systèmes de communication des singes [apes and monkeys]. (Wendy Wilkins, Towards an evolutionary biology of language through comparative neuroanatomy, 2013 : 206)

Hypothèse adaptationniste :

- En fin de compte, plus on cherche des continuités entre les primates humains et non humains, non seulement en matière de latéralisation mais dans des secteurs décisifs de l’évolution cognitive, plus on trouve de similarités. A notre avis, on peut présumer clairement au minimum que le langage et la parole ne sont pas des conditions nécessaires pour que s’exprime la spécialisation hémisphérique chez les primates non-humains et il est temps de considérer d’autres variables ou facteurs susceptibles d’avoir contribué à la différenciation hémisphérique entre individus et entre espèces. (J. Vauclair / H. Cochet, “Speech-gesture links in the ontogeny and phylogeny of gestural communication”, 2013 : 196)

Consensus et dissensus

Plus personne ne cherche une explication simpliste (ni le ‘tout génétique’, ni le ‘tout social’) et tous reconnaissent l’importance de la dimension épigénétique, prenant en compte l’environnement en expansion et donc diversifié des hominidés qui se sont engagés dans des productions symboliques vocales en marge de leurs productions gestuelles.

Questions centrales actuellement sans réponse consensuelle :

- La faculté de langage est-elle issue du ‘GESTE’ ou du ‘CRI’ ? La réponse d’Arbib vise actuellement à intégrer les deux hypothèses par une boucle rétroactive.

- Le langage est-il apparu au terme de PROCESSUS ADAPTATIFS, sans nécessaire intervention de mutations génétiques modifiant les bases organiques ou à la suite de mutations et par détournement (exaptation) de mécanismes mis en place pour satisfaire d’autres besoins ? 

Essai de compromis :

Schéma en trois phases pour les traits dominants de l’évolution de la parole humaine :

a) L’évolution de la bipédie devenue obligatoire chez Homo erectus a entraîné les effets EXAPTATIFS de la descente du larynx et la perte des air sacs ainsi que le hiatus intervocalis,

b) Durant le pleistocène moyen le contrôle de la respiration pour la parole humaine a évolué comme une ADAPTATION spécifique à la parole, et

c) Avec l’évolution des humains modernes , les proportions idéales du tractus vocal (1:1) ont été atteintes par ADAPTATION ”. (Ann MACLARNON, "The anatomical and physiological basis of human speech production : adaptations and exaptations" 2013 : 235)

Auteur: François Jacques

Info: Fin de sa conférence du 11 décembre 2014. Traductions de l'anglais par FJ

[ interdisciplinarité ] [ sémiose ] [ état des lieux ] [ phylogénétique ] [ mémétique ] [ proto-phonation ]

autodétermination

Le (non-)rôle de la conscience
Le biologiste François Jacob a utilisé à propos de notre cerveau, une image admirable : le cerveau humain est conçu, dit-il, comme une brouette sur laquelle aurait été greffé un moteur à réaction. Par cette image frappante, il attirait notre attention sur le fait que notre cerveau n’est pas constitué comme une machine d’une seule pièce. Il y a en son centre, le cerveau reptilien, appelé ainsi parce qu’il possède déjà la même structure chez le reptile, et le cerveau des mammifères s’est construit comme une couche additionnelle, absolument distincte : le cortex est d’une autre nature que le cerveau reptilien. Lequel est celui des sens, de la réaction immédiate, celui du réflexe, de l’affect, comme s’expriment les psychologues.

Le cortex s’est spécialisé dans le raisonnement, dans la réflexion rationnelle, l’enchaînement des arguments, le calcul mathématique, tout ce qui est de l’ordre des symboles, et il est greffé sur ce cerveau reptilien qui est lui d’une nature purement instinctive, ce qui fait que nous réagirons par l’enthousiasme ou par la peur devant ce que notre cerveau-cortex aura déterminé de faire. Les plus beaux exemples dans ce domaine, ce sont bien sûrs les traders qui nous les proposent. Ceux d’entre mes lecteurs qui connaissent des traders savent que le jour où ils ont gagné beaucoup d’argent ils sont dans les restaurants et les bars des beaux quartiers, ils fument de gros cigares et boivent beaucoup, alors que les jours où ils ont perdu des sommes impressionnantes, on les voit beaucoup moins : ils sont à la maison, ils essaient de dormir et ont pris des cachets pour tenter d’y parvenir.

Une autre caractéristique de notre cerveau, c’est que la conscience que nous avons de ce que nous faisons, cette conscience n’a pas véritablement été conçue comme un instrument qui nous permette de prendre des décisions. Quand les psychologues sont allés expérimenter, dans les années 1960, autour de la question de la volonté, ils ont fait la découverte sidérante que la volonté apparaît dans le cerveau après qu’a été réalisé l’acte qu’elle est censée avoir déterminé. La représentation de la volonté que nous allons poser un acte, n’intervient en fait qu’une demi-seconde après que l’acte a été posé, alors que l’acte lui-même a pu être réalisé un dixième de seconde seulement après l’événement qui en a été le véritable déclencheur.

Le psychologue qui a découvert cela est Américain et son nom est Benjamin Libet (1916-2007). La première hypothèse qu’il a émise, quand les faits lui sont apparus dans toute leur clarté, a été d’imaginer qu’il existait un mécanisme dans le cerveau qui permet à une information de remonter le temps. Son explication première n’a pas été que "volonté" est un mot dénotant un processus illusoire, une mésinterprétation de notre propre fonctionnement, mais que la volonté devait bien – comme nous l’imaginons spontanément parce que les mots de la langue nous le suggèrent fermement – décider des choses que nous allons accomplir, et que la seule explication possible était que la volonté remonte dans le temps pour poser les actes que nous supposons qu’elle détermine, seule manière de rendre compte du décalage d’une demi-seconde observé.

Il n’y a donc pas comme nous l’imaginions avant la découverte de l’inconscient, une conscience décidant de tous nos actes, à l’exception des actes réflexes. Il n’y a pas non plus, comme Freud l’avait imaginé, deux types d’actes : les uns déterminés par la conscience et les autres par l’inconscient, il n’y a – du point de vue décisionnel – qu’un seul type d’actes, déterminés par l’inconscient, la seule différence étant que certains apparaissent dans le "regard" de la conscience (avec une demi-seconde de retard sur l’acte posé), et certains non.

Dans l’article où je proposais pour la première fois une théorie complète de la conscience tenant compte des découvertes de Libet, j’écrivais : "la conscience est un cul-de-sac auquel des informations parviennent sans doute, mais sans qu’il existe un effet en retour de type décisionnel. C’est au niveau de l’affect, et de lui seul, que l’information affichée dans le regard de la conscience produit une rétroaction mais de nature "involontaire", automatique" (Jorion 1999 : 179). Je suggérais alors de remplacer, pour souligner les implications de la nouvelle représentation, le mot "conscience" par "imagination", et le mot "inconscient", par "corps", pour conclure alors que toutes nos décisions sont en réalité prises par notre corps mais que certaines d’entre elles (celles que nous avions l’habitude d’attribuer à notre "volonté") apparaissent à notre imagination : "En réalité, la prise de décision, la volonté, a été confiée au corps et non à l’imagination" (ibid. 185).

Il restait à comprendre pourquoi le regard de la "conscience" est apparu dans l’évolution biologique. L’explication – en parfait accord avec les observations de Libet – est qu’il s’agit d’un mécanisme nécessaire pour que nous puissions nous constituer une mémoire (adaptative) en associant à nos percepts, les affects qu’ils provoquent en nous, et ceci en dépit du fait que les sensations en provenance de nos divers organes des sens (nos "capteurs"), parviennent au cerveau à des vitesses différentes (ibid. 183-185).

Les observations de Libet, et la nouvelle représentation de nos prises de décision qui en découle, ont d’importantes conséquences pour nous, et en particulier quand nous voulons reconstruire sur un nouveau mode la manière dont nous vivons. Il faut que nous tenions compte du fait que notre conscience arrive en réalité toujours quelque temps après la bataille.

Il y a des gens heureux : ceux dont la conscience constate avec délice les actes qui ont été posés par eux. Il n’y a pas chez eux de dissonance, il n’y a pas de contradiction : nous sommes satisfaits de constater notre comportement tel qu’il a eu lieu. Et c’est pour cela que l’affect n’est pas trop déçu de ce qu’il observe. L’affect réagit bien entendu : soit il cautionne ce qu’il peut observer comme étant à l’œuvre, soit il est déçu quand il constate le résultat. On peut être honteux de ce qu’on a fait. Nous pouvons nous retrouver parfaitement humiliés par les actes qui ont été posés par nous : par ce que la conscience constate après la bataille. En voici un exemple : je me trouve dans le studio de FR 3, pour l’émission "Ce soir (ou jamais !)", et la personne invitée pour la partie musicale en fin d’émission, c’est Dick Rivers, et je lui dis : "C’est formidable, cette époque où vous chantiez avec Les chaussettes noires !", et il me répond : "En réalité, le nom de mon groupe, c’était Les chats sauvages". J’étais tellement humilié d’avoir commis une pareille bévue ! Il s’agit là d’un exemple excellent de dissonance, et ma conscience qui intervenait avec une demi-seconde de retard était extrêmement gênée de devoir être confrontée au triste sire que j’étais.

Bien sûr, nous sommes devenus très forts dans notre manière de vivre avec une telle dissonance : nous réalisons des miracles en termes d’explications après-coup de notre propre comportement. J’écoute parfois, comme la plupart d’entre nous, des conversations dans le métro ou dans le bus où une dame explique à l’une de ses amies à quel point elle était maître des événements : "Elle m’a dit ceci, et tu me connais, je lui ai répondu du tac-au-tac cela, et tu aurais dû voir sa tête…". Nous sommes très forts à produire des récits autobiographiques où nous intégrons l’ensemble des éléments qui font sens dans une situation, après coup. Plusieurs concepts de la psychanalyse renvoient aux différentes modalités de nos "rattrapages après la bataille", quand la conscience constate les dégâts que nous avons occasionnés par nos actes et tente de "faire avec" : la psychanalyse parle alors d’élaboration secondaire, de rationalisation, de déni, de dénégation, etc.

Pourquoi est-ce important d’attirer l’attention sur ces choses ? Parce que nous contrôlons beaucoup moins de manière immédiate ce que nous faisons que nous ne le laissons supposer dans les représentations que nous en avons. Dans celles-ci, nos comportements sont fortement calqués sur ce qu’Aristote appelait la cause finale : les buts que nous nous assignons. Bien sûr, quand nous construisons une maison, nous définissons les différentes étapes qui devront être atteintes successivement et nous procédons de la manière qui a été établie. Nous avons la capacité de suivre un plan et un échéancier, de manière systématique, mais la raison n’est pas, comme nous le supposons, parce que nous procédons pas à pas, d’étape en étape, mais plutôt parce que nous avons posé la réalisation de la tâche comme un "souci" projeté dans l’avenir, souci dont l’élimination nous délivrera et nous permettra… de nous en assigner de nouveaux. Encore une fois, c’est l’inconscient ou, si l’on préfère, le corps, qui s’en charge. J’écrivais dans le même article : "Wittgenstein s’est souvent interrogé quant à la nature de l’intention. Il se demande par exemple, "‘J’ai l’intention de partir demain’ – Quand as-tu cette intention ? Tout le temps : ou de manière intermittente ?" (Wittgenstein 1967 : 10). La réponse à sa question est en réalité "tout le temps dans le corps et de manière intermittente dans l’imagination"" (ibid. 189).

Mais dans nos actes quotidiens, dans la façon dont nous réagissons aux autres autour de nous, parce que nous vivons dans un univers entièrement social, il faut que nous prenions conscience du fait que nous avons beaucoup moins de maîtrise immédiate sur ce que nous faisons que nous ne l’imaginons le plus souvent, une maîtrise beaucoup plus faible que ce que nous reconstruisons par la suite dans ces discours autobiographiques que nous tenons : dans ces discours de rationalisation, d’autojustification faudrait-il dire, que nous produisons à l’intention des autres. Il faut bien dire que, sachant comment eux-mêmes fonctionnent, ils n’y croient pas en général. Et nous en sommes les seules dupes.

Auteur: Jorion Paul

Info: 7 avril 2012, dans Notre cerveau : conscience et volonté, "Le secret de la chambre chinoise", L’Homme 150, avril-juin 1999 : 177-202, Wittgenstein, Ludwig, Zettel, Oxford, Basil Blackwell, 1967

[ illusion ]