ontologie linguistique

En 1867, Charles Sanders Peirce, alors âgé de vingt-huit ans, publie On a New List of Categories (1.545-1.559). Dans ce texte étonnant, il esquisse le fondement métaphysique d'une philosophique séméiotique et il entreprend l'élaboration d'une définition et d'une classification scientifique des signes. Le texte commence par une étude de la substance et de l'être et Peirce y formule l'hypothèse de l'existence des trois catégories fondamentales de l'être, qu'il nommera ultérieurement Priméité, Secondéité et Tiercéité, et grâce auxquelles il définit le representamen.

Un representamen est une relation triadique dans laquelle un fondement est relié à un objet par le biais d'un interprétant. La définition peircéenne du representamen est intentionnellement formelle et générale. Peirce prétendait alors que la sémiotique était une science de base et qu'elle constituait le fondement de la logique, de la psychologie et de la sociologie. Dans ses écrits ultérieurs, il a indiqué qu'il préférait utiliser le mot "signe" pour désigner les representamen dont la pensée et l'action humaines sont les interprétants. Comme il existe trois types de representamen ou de relations-signe, il s'ensuit qu'il existe trois sciences séméiotiques subsidiaires. Premièrement la grammaire formelle qui est l'étude des fondements des signes étudié en eux-mêmes et indépendamment de leurs relations avec leurs objets ou leurs interprétants. Deuxièmement la logique ou critique qui est l'étude de la relation des signes à leurs objets. Troisièmement la rhétorique formelle qui est l'étude de la relation des signes et de leurs interprétants.

Peirce a repris ces termes à la philosophie grecque et à la philosophie médiévale, mais il est évident qu'il a anticipé sur la syntaxe, la sémantique et la pragmatique. C'est également dans cet article de 1867 que Peirce a introduit la tripartition des signes en "indice", "icône" et "symbole". Il tient la séméiotique pour une science première par rapport à la logique et il considère qu'elle constitue une base pour la logique des termes, des propositions et des arguments. La séméiotique fonde également les trois formes de raisonnement qu'on utilise dans les sciences : hypothèse, déduction et induction. A la même époque que cet article sur les catégories, Peirce a écrit et publié toute une série d'articles particulièrement brillants dans lesquels il a développé sa théorie de manière plus détaillée, et dégagé plus complètement ses applications à l'étude de la logique, de l'histoire et de la méthodologie des sciences.

Il a également appliqué cette séméiotique à la psychologie et à la théorie des sociétés. L'homme est un signe. En fait l'homme est un signe extérieur, un signe dans le monde. Le corps de l'homme et ses actions constituent le médium matériel de l'homme-signe, tout comme l'encre et les sons constituent le médium matériel du langage. Les sensations et les émotions sont des "mots constitutionnels" (2.426, 5.291). Pendant les six années qui suivirent, Peirce en vint à penser que l'homme est un dialogue de signes, dans lequel le doute pose les questions tandis que les actions et les croyances sont les interprétants. Ces croyances et ces actions seront ultérieurement traduites en une conversation avec la société des signes. Peirce a esquissé une théorie de l'éthique dans laquelle ce sont des normes séméiotiques qui régissent la communauté en expansion où cette conversation a lieu.

Auteur: Savan David

Info: La séméiotique de Charles S. Peirce. https://www.persee.fr/doc/lgge_0458-726x_1980_num_14_58_1844. Les références entre parenthèses qui suivent les citations renvoient au volume et au numéro de paragraphe des Collected Papers de Peirce, sélectionnés et présentés par Paul Weiss et Charles Hartsone, et publiés par Harvard University Press en 8 volumes, 1932- 1954. Trad : F. Peraldi

[ communication ] [ pouvoir sémantique ] [ sémiotique ]

captage de l'attention

Sur le plan linguistique, précisons aussi, à la suite de C. Schnedecker (2011 : 23-45) faisant un état de la question, que la saillance peut se manifester de façon formelle ou "ontologique" (par le biais de la disposition typographique ou de la prosodie, par exemple), mais aussi de façon cognitive, faisant alors appel à la sémantique lexicale ou à des facteurs discursifs (ces derniers étant hétérogènes).

Cette linguiste distingue en outre une saillance perspectivale, reposant sur un principe d’iconicité puisque l’ordre des unités grammaticales (et donc l’agencement syntaxique) est supposé refléter ce qui est au premier plan, ou encore à l’arrière-plan, dans la perspective du locuteur. Notons que la notion de saillance ontologique est associée à des acceptions différentes selon les auteurs : parfois relative au statut conféré aux mots eux-mêmes (comme le rappelle C. Schnedecker), elle est par ailleurs considérée comme liée aux éléments extralinguistiques ou, du moins, aux concepts qui leur sont associés, et tel est notamment le cas chez H.-J. Schmid (2007 : 120).

Concernant la saillance liée aux paramètres syntaxiques, on rappellera l’importance des travaux de R. W. Langacker (1991 : 301). L’auteur mentionne l’importance des rôles syntaxiques, soulignant que le sujet, tout d’abord, puis l’objet, sont perçus comme les éléments les plus saillants (focal participants) d’une proposition. Ils sont en outre à relier à l’opposition trajector/ landmark (1987 : 217) traduisant le fait qu’un élément est mis davantage en avant (rôle de trajector) que les autres. Ces notion de trajector et landmark peuvent en outre être perçues comme des manifestations spécifiques de ce que L. Talmy (2000 : 311-44) appelle figure et ground, sachant que le premier terme réfère à l’élément le plus saillant, qui se détache sur un fond (désigné par ground). Selon cet auteur également, ce sont les structures grammaticales qui contrôlent la distribution de l’attention portée aux différentes entités présentes.

En lien avec son rôle syntaxique, le rôle sémantique d’une entité est également déterminant, comme l’avait déjà montré C. Fillmore (1968 ; 1977 : 78). Dans la lignée de la grammaire générative et transformationnelle, Fillmore applique la notion de cas aux structures profondes qui se voient réalisées syntaxiquement en structure de surface. Il propose ainsi une base sémantique et universelle des rôles thématiques. Selon l’auteur, il existe une hiérarchie de pertinence en ce qui concerne la sélection des rôles, concernant celui de sujet notamment. Cette hiérarchie peut être représentée ainsi : agent > instrument > patient.

Si l’événement met en scène un agent, celui-ci sera réalisé en position de sujet. S’il n’y a pas d’agent, ce sera l’instrument, ou encore le patient si l’instrument n’est pas réalisé. La grammaire des cas prévoit donc une correspondance relative entre les rôles sémantiques (profonds) et les réalisations syntaxiques (de surface). Notons par ailleurs que la relation entre cette hiérarchie liée aux cas et la notion de saillance est établie par l’auteur, qui évoque une hiérarchie en termes de saillance (salience hierachy, Fillmore 1977 : 78).

Ainsi, les agents jouent clairement les rôles les plus saillants, du moins lorsque les processus sont dynamiques. Sur le plan lexical, par ailleurs, D. Geeraerts (2000 : 90) fournit plus récemment une étude très détaillée de la saillance liée à la sélection du lexique, au cours de laquelle il distingue plusieurs sous-catégories : les formes de saillance perspectivale, sémasiologique, onomasiologique et structurelle.

La première, à savoir la saillance perspectivale, est relative à des paires terminologiques (ex : hand / arm) qui traduisent une hiérarchie pouvant se dessiner dans l’extralinguistique entre le premier plan et le fond. La saillance sémasiologique concerne les relations entre les différentes possibilités sémantiques d’un item lexical donné, certaines valeurs étant plus centrales et prototypiques que d’autres. Si l’on considère maintenant la saillance onomasiologique liée à une certaine catégorie lexicale, elle correspond à la fréquence de l’élément lexical nommant cette catégorie, par contraste avec les autres valeurs sémantiques éventuellement associées à cet item lexical. Enfin, la saillance structurelle est relative à des traits sémantiques récurrents dans la structure du lexique (et pouvant donner lieu à la formation de termes par affixation). L’objectif de l’étude de Geeraerts est, en somme, de déterminer les paramètres responsables des choix lexicaux préférentiels des locuteurs.

Auteur: Pennec Blandine

Info: https://journals.openedition.org/anglophonia/258

[ marketing ] [ linguistique informatisée ] [ secondéité ] [ tiercité ]

primate

Les singes aiment aussi le porno ! Les chaînes de télévision payante montrent que les humains dépensent de l'argent pour voir du sexe et des célébrités. Une étude indique que les singes payeraient également pour voir des photos sexy ainsi que les images d'individus de haut-statut dans leurs propres groupes sociaux. L'étude est la première qui démontre que les singes évaluent l'information visuelle pour sa valeur sociale et que cette connaissance est utilisée pour faire spontanément la différence entre les images de leurs camarades singes
Comme plusieurs de ces résultats s'appliquent également aux humains les chercheurs pensent que ceci pourrait mener à une meilleure compréhension des désordres neurophysiologiques tels que l'autisme qui affectent la vision que les individus ont les uns les d'autres.
Douze macaques males de rhésus adulte (mulatta de Macaca) ont participé à cette l'étude. Les chercheurs les ont observé en captivité pour déterminer leur ordre social. Les mâles et les femelles étaient de statuts différents (haut ou bas) relativement à leurs compagnons.
"Dans cette colonie, quand nous offrons des "bonnes bouffes" aux singes, - par exemple, des fruits secs, le singe de haut-statut obtient habituellement la part du lion, et le singe de bas-statut abaissera généralement docilement la tête dans cette situation potentiellement stressante," dit le Dr Robert Deaner, associé post-doctoral de recherches dans le service de la neurobiologie du centre médical de Duke University. Les "animaux de Haut-rang apprécient habituellement, mais pas toujours, la priorité de l'accès à la nourriture.
Ensuite, les chercheurs ont pris des photos des macaques et les ont chargées dans un programme informatique. Quelques femelles ont été photographiées de derrière, de sorte que l'image montre un plan rapproché de leur partie arrière. D'autres images étaient de simples photos du visages de mâles et de femelles.
Quatre des singes masculins ont été mis devant des écrans d'ordinateur. Ils étaient récompensés avec du jus de fruit chaque fois qu'ils décalaient leur regard fixe d'une image à l'autre. Quelques images eurent comme conséquence plus de jus de fruit que d'autres photos.
Si on leur donnait le choix entre la photo d'un mâle de bas-statut - avec une récompense élevée - et la photo du cul d'une femelle, les sujets d'expérience masculins refusèrent le jus supplémentaire de sorte qu'ils purent regarder fixement les images femelles sexy. Ils "payèrent" également avec plus de jus pour voir des photos de mâles de haut-statut.
De même les singes mâles ont demandé un paiement supplémentaire, (plus de jus), pour regarder les visages de mâles et de femelles de bas-statut.
"Il semble bien que les singes s'intéressent à toutes sortes d'information sociale, mais que certains types d'information valent davantage que d'autres." indique Deaner.
L'étude a ainsi déterminé que quand les mâles regardent des mâles de haut-statut ils prêtent l'attention, mais ne soutiennent pas le regard. Deaner indique que les regards trop appuyé semblent signaler une agression et, dans des circonstances normales, constitueraient une menace potentiellement violente.
Les mâles n'ont pas détaché leur regard si vite quand ils ont admiré les cul des femelles.
Voir l'arrière train d'une femelle pourrait fournir un avantage, (mais pas de coût potentiel) les mâles vérifient probablement la couleur et la taille du périnée de la femelle, ses organes génitaux. Un périnée grand et rouge signifie généralement qu'elle ovule.
Dans une autre phase de l'essai, Deaner et ses collègues ont placé les singes masculins devant des miroirs. Alors que les experts animaliers ne croient pas que les macaques rhésus se reconnaissent, les singes de haut-statut ont passé 41% du temps de miroir à se regarder eux-mêmes, alors que les singes de bas-statut regardèrent fixement leurs propres réflexions seulement 19% du temps de session.
Comment l'argent est-il impliqué ? Le Professeur Colin Camerer du Caltech est un expert en neuro économie, un champ naissant qui utilise l'évidence détaillée des mécanismes de cerveau, y compris des comparaisons inter-espèces, pour améliorer notre compréhension du comportement économique humain.
Camerer indique que ce n'est "pas une surprise" que les singes masculins aiment vraiment regarder les postérieurs femelles. Mais il est étonné que les mâles payent avec du jus pour voir des mâles de haut-statut, mais sans oser vraiment les regarder.
"C'est comme si un fan attendait des heures pour voir Brad Pitt - par exemple -, mais qui, quand il le rencontrerait, l'éviterait soigneusement du regard, gardant timidement les yeux baissées" dit Camerer
Ces résultats avec les singe pourrait aider à comprendre l'autisme chez les humains.
"Un des problèmes principaux des personnes autiste est qu'elles ne le trouvent pas motivant de regarder les autres individus," dit Michael Platt, collègue de Deaner. " Et même quand elles le font, elles ne semblent pas comprendre ou évaluer les informations sur l'importance, les intentions ou les expressions des autres individus."
Platt indique que son équipe a l'espoir que dans le futur on puisse utiliser ces résultats pour en apprendre non seulement plus au sujet des singes, mais pour comprendre également comment la motivation sociale est traitée par les macaques ainsi que les humains.

Auteur: Viegas Jennifer

Info: Discovery News 8 Février 2005

[ homme-animal ]

socio-psychologie

Sémio-capitalisme : le big data à la place du contact humain

Il est nécessaire de commencer à penser la relation entre le changement technologique en cours et les processus sociaux. Une subjectivité assujettie, reprise par les médias concentrés et par une configuration de câbles, d’intelligence artificielle, binarismes et algorithmes, obéit inconsciemment aux images et à une technologie digitale qui va par les réseaux, whatsapp, facebook, etc., en conditionnant les habitudes, perceptions, savoirs, choix et sensibilités. La subjectivité se communique de plus en plus par des machines et des suites d’algorithmes mathématiques et de moins en moins par la rencontre des corps. Ce changement techno-culturel inhibe, entre autres choses, la capacité à détecter la souffrance ou le plaisir de l’autre et l’affectation mutuelle des corps, une condition fondamentale de l’amour et de la politique.

Jean Baudrillard, dans "Simulacres et simulation", rappelle un conte de Borges sur une carte si détaillée, qu’il impliquait une exacte correspondance biunivoque avec le territoire. Se basant sur cette histoire, il souligne que dans la postmodernité la différence entre carte et territoire a été gommée, rendant impossible de les distinguer ; plutôt le territoire a cessé d’exister et est seulement restée la carte ou le modèle virtuel, les simulacres qui supplantent la réalité. Baudrillard affirme qu’avec la virtualité nous entrons dans l’ère de la liquidation du réel, de la référence et l’extermination de l’autre.

Bifo Berardi, en continuant sur les traces de Baudrillard, décrit dans "Phénoménologie de la fin" le néolibéralisme comme sémio-capitalisme, un mode de production dans lequel l’accumulation du capital est essentiellement faite au moyen de l’accumulation de signes : de biens immatériels. Il s’agit d’une sémiologie de la simulation basée sur la fin de la référence ; le signe linguistique s’est pleinement émancipé et cette abstraction s’est déplacée vers la science, la politique, l’art, les communications et tout le système d’échanges.

Le néolibéralisme, le capitalisme qui n’est déjà plus industriel mais financier, constitue le point le plus avancé de la virtualisation financière : l’argent peut être transformé en plus d’argent en sautant par-dessus la production de biens utiles. Le sémio-capitalisme se base sur le dé-territorialité de la production, l’échange virtuel et l’exploitation de l’âme comme force productive. À partir de cette organisation, les multinationales ont gagné une liberté absolue de pouvoir bouger facilement leurs actifs non matériels d’un endroit à l’autre, dans un monde dans lequel les automatismes financiers ont remplacé la décision politique et les États ont perdu en caractère effectif, en multipliant la misère, la précarité et le chômage. L’absolutisme capitaliste non régulé affirme son droit d’exercer un contrôle sans restriction sur nos vies, tandis qu’une épidémie d’angoisse se propage à travers la planète.

Dans une culture mondiale transformée en totalitarisme de la virtualité la postvérité joue son match : tout peut être dit et transformé en vérité irréfutable. Les messages ne valent pas par leur interprétation ou relation avec la vérité, mais par le pragmatisme ou le caractère effectif de signes vides qui touchent en plein la dimension affective. Nous constatons une subjectivité affaiblie dans le recours à la pensée, en vivant dans le temps anxieux du zapping et de l’urgence, qui se gère fondamentalement par des impulsions.

La sémiotisation néolibérale, avec la prédominance de l’échange de signes virtuels au nom du progrès, implique la soustraction du corps, ce qui constitue l’une des conséquences les plus inquiétantes que l’humanité peut connaître. Si on ne perçoit pas le corps, le cri, l’angoisse ou la souffrance de l’autre, il y a seulement un pas vers l’indifférence sociale, l’individualisme maximal et la destruction de la communauté réelle. Un corps social de chair et d’os affecté dans l’échange social est la condition fondamentale de la politisation, la construction du peuple et de l’émancipation.

Que faire ?

À la fin de son oeuvre, Berardi explique de manière énigmatique que seul Malinche peut répondre à ces questions. La Malinche, l’une des vingt femmes esclaves données aux Espagnols en 1519 par les habitants de Tabasco, a servi d’ interprète à Hernán Cortés, elle est devenue sa concubine et a mise au monde l’un des premiers métis. Cet acte a été interprété de diverses manières : une traîtresse, une victime ou une mère symbolique de la nouvelle culture métisse. Sans écarter aucune des trois lectures, bien ou mal, Malinche s’est ouvert à la langue de l’autre incompréhensible.

En assumant les transformations sémiotiques, impossibles à freiner, il s’agit de parier sur la possibilité d’affronter cette forme contemporaine de domination. En reprenant le mythe du métissage, il faudra inclure et mélanger les corps à côté des nouvelles technologies. Au lieu de la disjonction que le système néolibéral d’échanges pose entre corps et virtualité, il sera nécessaire de multiplier les espaces de production culturelle et de participation dans lesquels peuvent circuler pensées, affects et corps : des centres culturels, communication alternative, radios libres, blogs, canaux Youtube, etc. Il faudra réorganiser l’espace commun en essayant des formes de vie indépendantes de la domination du capital.

Dans l’ère du sémio-capitalisme néolibéral, la reconstruction des noeuds sociaux devient une forme de résistance et une tache majeure. Peut-être ceci constitue-t-il le défi politique le plus difficile.

Auteur: Merlin Nora

Info: Cronicon. Buenos Aires, 3 février, 2019. Traduit de l’espagnol pour El Correo dela Diaspora par Estelle et Carlos Debiasi

[ pouvoir sémantique ] [ déshumanisation ] [ libéralisme mémétique ]

intrications

Les scientifiques qui étudient le cerveau ont découvert que cet organe opère simultanément jusqu'à 11 dimensions différentes, créant des structures multivers qui présentent "un monde que nous n'avions jamais imaginé".

En utilisant un système mathématique avancé, les chercheurs ont pu montrer des structures architecturales qui apparaissent lorsque le cerveau doit traiter l'information, avant de se désintégrer et disparaitre. Leurs résultats, publiés dans la revue Frontiers in Computational Neuroscience, révèlent les processus extrêmement complexes impliqués dans la création de structures neuronales, ce qui pourrait aider à expliquer pourquoi le cerveau est si difficile à comprendre et à associer sa structure à sa fonction.

L'équipe, dirigée par des scientifiques de l'EPFL en Suisse, effectuait des recherches dans le cadre du projet Blue Brain, une initiative visant à créer une reconstruction biologiquement détaillée du cerveau humain. En travaillant d'abord sur les cerveaux des rongeurs, l'équipe a utilisé des simulations de supercalculateurs pour étudier les interactions complexes dans différentes de ses régions. Dans cette dernière étude, les chercheurs ont pu approfondir les structures du réseau neuronal du cerveau en utilisant la topologie algébrique - un système utilisé pour décrire des réseaux avec des espaces et des structures en constante évolution.

C'est la première fois que cette branche des mathématiques est appliquée aux neurosciences. "La topologie algébrique est comme un télescope et un microscope en même temps. Elle peut zoomer dans les réseaux pour trouver des structures cachées - les arbres dans la forêt - et voir les espaces vides - les clairières - tout en même temps", précise Kathryn Hess. Dans l'étude, les chercheurs ont effectué de multiples tests sur le tissu cérébral virtuel pour découvrir des structures cérébrales qui n'apparaitraient jamais par hasard. Ils ont ensuite effectué les mêmes expériences sur des tissus cérébraux réels afin de confirmer leurs résultats virtuels. Ils ont découvert que lorsqu'on présente un stimulus au tissu virtuel, des groupes de neurones forment une clique. Chaque neurone se connecte à tous les autres neurones de manière très spécifique pour produire un objet géométrique précis. Plus il y a de neurones dans une clique, plus les dimensions sont élevées. Dans certains cas, les chercheurs ont découvert des cliques avec jusqu'à 11 dimensions différentes.

Les structures s'assemblent en des enceintes qui forment des trous à haute dimension que l'équipe a nommé cavités. Une fois que le cerveau a traité l'information, la clique et la cavité disparaissent.

Multivers du cerveau. "L'apparition de ces cavités high-dimensionnelles lorsque le cerveau traite des informations signifie que les neurones du réseau réagissent aux stimuli d'une manière extrêmement organisée", a déclaré l'un des chercheurs, Ran Levi. "C'est comme si le cerveau réagit à un stimulus en construisant puis en rasant une tour de blocs multidimensionnels, en commençant par des tiges (1D), des planches (2D), puis des cubes (3D), puis des géométries plus complexes avec 4D, 5D, etc. La progression de l'activité à travers le cerveau ressemble à un château de sable multidimensionnel qui se matérialise hors du sable puis se désintègre ", a-t-il déclaré. Henry Markram, directeur de Blue Brain Project, avance que les résultats pourraient aider à expliquer pourquoi le cerveau est si difficile à comprendre. "Les mathématiques appliquées habituellement aux réseaux d'étude ne peuvent pas détecter les structures et les espaces à grande dimension que nous voyons maintenant clairement", a-t-il déclaré. "Nous avons découvert un monde que nous n'avions jamais imaginé. Il y a des dizaines de millions de ces objets, même dans un petit segment du cerveau, à travers sept dimensions. Dans certains réseaux, nous avons même trouvé des structures allant jusqu'à onze dimensions". Les résultats indiquent que le cerveau traite les stimuli en créant ces cliques et cavités complexes, de sorte que la prochaine étape sera de savoir si notre capacité à effectuer des tâches compliquées nécessite ou non la création de ces structures multidimensionnelles.

Dans une interview par courrier électronique avec Newsweek, Hess dit que la découverte nous rapproche de la compréhension d' "un des mystères fondamentaux de la neuroscience: le lien entre la structure du cerveau et la façon dont elle traite l'information". En utilisant la topologie algébrique l'équipe a pu découvrir "la structure hautement organisée cachée dans les modèles de tir apparemment chaotiques des neurones, une structure qui était invisible jusqu'à ce que nous l'examinions avec ce filtre mathématique particulier". Hess dit que les résultats suggèrent que lorsque nous examinons l'activité du cerveau avec des représentations à faible dimension, nous n'observons que l'activité réelle qui se déroule. Cela signifie que nous pouvons voir des informations, mais pas l'image complète. "Alors, dans un sens, nos découvertes peuvent expliquer pourquoi il a été si difficile de comprendre la relation entre la structure et la fonction du cerveau", explique-t-elle.  

"Le schéma de réponse stéréotypique que nous avons découvert indique que le circuit répond toujours aux stimuli en construisant une séquence de représentations géométriques commençant dans des dimensions faibles et en ajoutant des dimensions progressivement plus élevées, jusqu'à ce que l'accumulation s'arrête soudainement et s'effondre: une signature mathématique pour les réactions à stimuli. "Pour le travail futur, nous avons l'intention d'étudier le rôle de la plasticité - le renforcement et l'affaiblissement des connexions en réponse aux stimuli - avec les outils de topologie algébrique. La plasticité est fondamentale pour le processus mystérieux d'apprentissage, et nous espérons que nous pourrons donner un nouvel aperçu de ce phénomène", a-t-elle ajouté.

Auteur: Internet

Info: https://www.newsweek.com/brain-structure-hidden-architecture-multiverse-dimensions-how-brain-works-6243006/12/17 by Hannah Osborne - Ici FLP regrette sa volonté réitérée de ne pas insérer d'images dans les textes. Elles sont ici très parlantes.

[ simultanéïté ] [ réfléchir ] [ réflexion humaine modélisée ]

microbiologie

Comment le microbiome* influence notre santé 

Nous ne sommes jamais seuls. En plus des 30 000 milliards de cellules humaines, notre corps abrite quelque 39 000 milliards de microbes – bactéries, champignons et protozoaires qui vivent dans nos intestins, nos poumons, notre bouche, notre nez, notre peau et ailleurs dans tout le corps. Les ensembles d’organismes présents dans et sur notre corps, le " microbiote ", font partie d’habitats microbiens plus larges, ou " microbiomes ", qui englobent tous les génomes viraux et cellulaires, les protéines codées et d’autres molécules dans leur environnement local. (Cependant,  il existe une certaine ambiguïté  dans les définitions, de sorte que l'utilisation des termes varie souvent.)

Bien que le microbiome soit récemment devenu un sujet brûlant en raison de son importance potentielle pour notre santé, ce n'est pas un concept nouveau. Certains font remonter ses origines au XVIIe siècle, lorsque le microbiologiste néerlandais Antonie van Leeuwenhoek a décrit pour la première fois de minuscules organismes qu'il avait prélevés dans sa bouche et observés sous un microscope artisanal. Tout au long des années 1900 et au début des années 2000, un certain nombre de découvertes ont attiré l'attention des gens sur les microbes vivant à l'intérieur de nous, mais ce domaine a reçu une attention accrue en 2007 lorsque les National Institutes of Health ont lancé le projet sur le microbiome humain. Depuis lors, les scientifiques ont catalogué de manière de plus en plus détaillée la biodiversité microbienne du corps humain. Ils ont découvert que les microbiomes sont distincts dans tout le corps : la composition microbienne de l’intestin, par exemple, est très différente de celle de la bouche. Ils en sont également venus à reconnaître qu’il n’existe pas de microbiome " ​​normal ". Au contraire, comme pour les empreintes digitales, chacun abrite une sélection unique d’espèces et de souches microbiennes.

Ces microbes jouent de nombreux rôles, depuis la protection contre les agents pathogènes et le réglage de nos réponses immunitaires jusqu'à la digestion des aliments et la synthèse des nutriments. Pour cette raison, lorsqu’un microbiome est désorganisé – par exemple à cause d’une mauvaise alimentation, de maladies infectieuses, de médicaments ou de facteurs environnementaux – cela peut avoir un effet d’entraînement sur notre santé. Des microbiomes malsains ont été associés au cancer, aux maladies cardiaques et pulmonaires, à l’inflammation et aux maladies inflammatoires de l’intestin. On pense même que les microbes régulent l’axe intestin-cerveau, une autoroute de communication qui relie le cerveau au système nerveux entérique, qui contrôle les intestins. Aujourd’hui, la médecine cible de plus en plus les microbiomes pour traiter diverses maladies. Par exemple, les greffes fécales contenant un microbiote sain sont parfois utilisées pour traiter des infections bactériennes graves du côlon.

Malgré une accélération de la recherche sur le microbiome au cours des dernières décennies, qui a donné naissance à de nouvelles technologies génomiques puissantes, de nombreuses questions fondamentales restent sans réponse complète. Comment acquérons-nous le microbiote et comment la communauté évolue-t-elle tout au long de notre vie ? Quel est l’impact des différents environnements et modes de vie sur le microbiome ? Comment le microbiome peut-il provoquer ou être utilisé pour traiter des maladies ? Ces questions et bien d’autres alimentent la recherche biologique et nous aident à mieux comprendre qui et ce qui fait de nous ce que nous sommes.

Quoi de neuf et remarquable

D’où vient notre microbiome ? Plusieurs études réalisées au cours de la dernière année ont donné des indications. Les bébés acquièrent la plupart de leurs microbes de leur mère à la naissance et dans les mois qui suivent. Mais il s’avère que les mères ne partagent pas seulement des organismes microbiens avec leurs bébés, elles partagent également des gènes microbiens. Dans une étude de 2022 publiée dans Cell , des scientifiques ont révélé que de courtes séquences d'ADN appelées éléments mobiles peuvent passer des bactéries de la mère aux bactéries du bébé, même des mois après la naissance. Comme je l'ai déjà signalé dans  Quanta , il est probable que ces gènes pourraient aider à développer un microbiome intestinal plus performant chez le bébé, ce qui pourrait à son tour développer davantage son système immunitaire.

La transmission ne se produit pas seulement à la naissance. En fait, les microbiomes sont incroyablement dynamiques et peuvent changer radicalement au cours de la vie d’une personne. Dans un article de Quanta publié l’année dernière, j’ai rendu compte de l’analyse mondiale la plus complète de la transmission du microbiome à ce jour. À l’aide de nouveaux outils génomiques, une équipe de biologistes italiens a retracé plus de 800 000 souches de microbes entre familles, colocataires, voisins et villages dans 20 pays. Ils ont découvert que les microbes sautent beaucoup entre les personnes, en particulier entre les conjoints et les colocataires, qui passent beaucoup de temps ensemble. Ces résultats suggèrent que certaines maladies qui ne sont pas considérées comme contagieuses pourraient avoir un aspect contagieux si elles impliquent le microbiome. Cependant, cette idée est spéculative et sera sûrement débattue et étudiée dans les années à venir.

Les connaissances sur la manière dont nous acquérons le microbiome et son impact sur notre corps ne proviennent pas uniquement d’études réalisées sur des humains. D’autres animaux possèdent également des microbiomes essentiels à leur santé et à leur développement – ​​et plusieurs études récentes ont établi des liens entre les microbes intestinaux et le cerveau. En 2019, Quanta a signalé que le comportement de peur diffère entre les souris ayant des microbiomes différents, et en 2022, nous avons rendu compte de la manière dont les microbiomes influencent les compétences sociales et la structure cérébrale du poisson zèbre.

Auteur: Internet

Info: https://www.quantamagazine.org/ - 11 03 2024 - Yasemin Saplakogku. *Pour préciser : Le terme microbiote est suivi du nom de l'environnement dans lequel il se trouve. Par exemple, le « microbiote intestinal » fait référence au microbiote présent dans les voies intestinales. Le microbiome fait référence à l'ensemble des gènes hébergés par des micro-organismes, ce que l'on appelle le théâtre d'activité.

[ orchestre invisible du corps ] [ Des bactéries aux organes ]

réalité subatomique

Des chercheurs font une découverte importante sur le ferromagnétisme

Une équipe de chercheurs japonais vient de réaliser une percée majeure dans le domaine de la physique quantique. Leurs travaux démontrent en effet que le ferromagnétisme, un état ordonné des atomes, peut être provoqué par une augmentation de la motilité des particules, et que les forces répulsives entre les atomes sont suffisantes pour le maintenir. Voici pourquoi c'est important.

Qu’est-ce que le ferromagnétisme ?

Chaque atome d’un matériau ferromagnétique est comme un petit aimant microscopique. Imaginez alors chacun de ces atomes avec son propre nord et son propre sud magnétiques.

Normalement, ces minuscules aimants sont en proie au chaos, pointant dans toutes les directions possibles, rendant leurs effets magnétiques mutuellement insignifiants. C’est un peu comme si une foule de personnes se promenait dans toutes les directions, chacune ayant son propre itinéraire, rendant difficile de discerner une tendance générale.

Cependant, lorsque vous refroidissez ce matériau en dessous d’une température spécifique très froide, appelée température de Curie, quelque chose de magique se produit : chaque personne de cette même foule commence soudainement à suivre le même chemin, comme si elles suivaient un chef de file invisible.

Dans le monde des atomes, cela se traduit par tous les petits aimants s’alignant dans une direction commune. C’est comme si une armée d’aimants se mettait en formation, tous pointant dans la même direction avec un but commun.

Vous venez alors de créer un champ magnétique global. Cette unification des orientations magnétiques crée en effet une aimantation macroscopique que vous pouvez ressentir lorsque vous approchez un objet aimanté à proximité. C’est ce qu’on appelle le ferromagnétisme.

De nombreuses applications

On ne s’en pas forcément compte, mais ce phénomène est à la base de nombreuses technologies modernes et a un impact significatif sur notre vie quotidienne.

Pensez aux aimants sur nos réfrigérateurs, par exemple. Ils sont là, fidèles et puissants, tenant en place des photos, des listes de courses et autres souvenirs. Tout cela est rendu possible grâce à la capacité du ferromagnétisme à maintenir un champ magnétique stable, permettant aux aimants de s’attacher fermement aux surfaces métalliques.

Et que dire de nos haut-parleurs ? Ces merveilles de l’ingénierie audio tirent en effet parti du ferromagnétisme pour produire des sons que nous pouvons entendre et ressentir. Lorsque le courant électrique traverse la bobine d’un haut-parleur, il crée un champ magnétique qui interagit avec un aimant permanent, provoquant le mouvement d’un diaphragme. Ce mouvement génère alors des ondes sonores qui nous enveloppent de musique, de voix et d’effets sonores, donnant vie à nos films, chansons et podcasts préférés.

Les scanners d’IRM sont un autre exemple. Ces dispositifs révolutionnaires exploitent en effet les propriétés magnétiques des tissus corporels pour produire des images détaillées de nos organes, de nos muscles et même de notre cerveau. En appliquant un champ magnétique puissant et des ondes radio, les atomes d’hydrogène dans notre corps s’alignent et émettent des signaux détectés par l’appareil, permettant la création d’images en coupe transversale de notre anatomie interne.

Vous l’avez compris, en comprenant mieux les mécanismes sous-jacents du ferromagnétisme, les scientifiques peuvent donc exploiter cette connaissance pour développer de nouvelles technologies et améliorer celles qui existent déjà.

Cela étant dit, plus récemment, des chercheurs japonais ont fait une découverte qui étend notre compréhension de ce phénomène à des conditions et des mécanismes jusque-là inconnus.

L’ordre naît aussi du mouvement

Comme dit plus haut, traditionnellement, on pensait que le ferromagnétisme pouvait être induit par des températures très froides, où les atomes seraient suffisamment calmes pour s’aligner dans une direction commune. Ici, les scientifiques ont démontré que cet état ordonné des atomes peut également être provoqué par une augmentation de la motilité des particules.

En d’autres termes, lorsque les particules deviennent plus mobiles, les forces répulsives entre les atomes peuvent les organiser dans un état magnétique ordonné.

Cela représente une avancée majeure dans le domaine de la physique quantique, car cela élargit le concept de matière active aux systèmes quantiques.

Notez que la matière active est un état dans lequel des agents individuels s’auto-organisent et se déplacent de manière organisée sans besoin d’un contrôleur externe. Ce concept a été étudié à différentes échelles, de l’échelle nanométrique à l’échelle des animaux, mais son application au domaine quantique était jusqu’ici peu explorée.

Pour ces travaux, l’équipe dirigée par Kazuaki Takasan et Kyogo Kawaguchi, de l’Université de Tokyo, a développé un modèle théorique dans lequel les atomes imitent le comportement des agents de la matière active, comme les oiseaux en troupeau. Lorsqu’ils ont augmenté la motilité des atomes, les forces répulsives entre eux les ont réorganisés dans un état ordonné de ferromagnétisme.

Cela signifie que les spins, le moment cinétique des particules et des noyaux subatomiques, se sont alignés dans une direction, tout comme les oiseaux en troupeau font face à la même direction lorsqu’ils volent.

Image schématique du ferromagnétisme induit par l’activité dans la matière active quantique. Ici, les atomes en mouvement avec des spins présentent l’ordre ferromagnétique (c’est-à-dire s’alignant dans une direction) comme une volée d’oiseaux représentée ci-dessus. Crédits : Takasan et al 2024

Quelles implications ?

Ce résultat, obtenu par une combinaison de simulations informatiques, de théories du champ moyen et de preuves mathématiques, élargit notre compréhension de la physique quantique et ouvre de nouvelles voies de recherche pour explorer les propriétés magnétiques des matériaux à des échelles microscopiques.

Cette découverte pourrait notamment avoir un impact significatif sur le développement de nouvelles technologies basées sur les propriétés magnétiques des particules.

Par exemple, la mémoire magnétique est une technologie largement utilisée dans les dispositifs de stockage de données, tels que les disques durs et les bandes magnétiques. En comprenant mieux les mécanismes qui sous-tendent le ferromagnétisme, les scientifiques pourraient alors concevoir des matériaux magnétiques plus efficaces et plus économes en énergie pour ces applications, ce qui pourrait conduire à des capacités de stockage accrues et à des temps d’accès plus rapides pour les données.

De plus, l’informatique quantique est un domaine en plein essor qui exploite les propriétés quantiques des particules pour effectuer des calculs à une vitesse beaucoup plus rapide que les ordinateurs classiques. Les qubits, les unités de calcul de l’informatique quantique, peuvent être réalisés à l’aide de diverses plateformes, y compris des systèmes magnétiques.

La capacité de contrôler et de manipuler le ferromagnétisme à l’échelle des particules pourrait donc ouvrir de nouvelles voies pour la réalisation et la manipulation de qubits magnétiques, ce qui pourrait contribuer à la réalisation de l’informatique quantique à grande échelle.

Ce ne sont ici que des exemples. Le point à retenir est qu’en comprenant mieux les mécanismes qui sous-tendent ce phénomène, les scientifiques pourraient être en mesure de concevoir des matériaux magnétiques plus efficaces pour beaucoup d’applications.

 

Auteur: Internet

Info: https://www.science-et-vie.com - 5 mai 2024, Brice Louvet, Source : Physical Review Research.

[ électrons ] [ protons ] [ neutrons ]

science mystique

2 grandes expériences ont fait de moi un théoricien de la conscience.

La première (printemps 1985) était associée à une maladie physique dont le diagnostic était complètement erroné. Cet état modifié de conscience a duré deux semaines.  Son effet fut si profond que je n'ai pas hésité à l'appréhender comme une expérience d'illumination.

Cet épisode a totalement bouleversé ma vision simpliste du monde de physicien des particules. En fait, j'avais de temps en temps l'impression que cette image réductrice du monde ne m'aidait pas du tout dans mes tentatives de comprendre le monde quotidien qui m'entoure. Selon le dogme standard, ces choses macroscopiques (et aussi les êtres vivants) devaient pouvoir être décrites en utilisant uniquement les équations de Newton !  Ma propre expérience insistait sur le fait que ce n'était pas le cas.  Mais j'avais essayé de me dire que je n'avais tout simplement pas la maturité nécessaire en tant que physicien théorique pour tout comprendre.

Cette première grande expérience mérite une description plus détaillée. J'étais allongé dans le couloir d'un centre médical avec un horrible mal de tête et une température élevée.

Puis quelque chose s'est produit.  Je me suis senti totalement calme et paisible. C'était quelque chose d'incroyable. Toute ma vie, j'avais été anxieux à propos de toutes les choses possibles. Et maintenant, je me sentais complètement heureux et détendu. Je ressentais toujours la douleur, mais elle était en quelque sorte extérieure à moi. J'aimais simplement regarder les flux parallèles d'images (comme des dessins animés) qui s'écoulaient devant mes yeux.

Je voyais vraiment mes pensées !  Les images surréalistes et érotiques (comme celles des peintures de Dali, Bosch et Brueghel) dansaient au rythme de la musique que j'entendais dans le haut-parleur.  Il y avait aussi un sentiment de compréhension. Je comprenais tout, même si je ne pouvais pas dire ce que c'était !

Cet état a duré plusieurs jours (peut-être une semaine, je ne m'en souviens pas vraiment) et j'ai vécu de manière très concrète de nombreuses idées archétypales.  Tout d'abord l'idée d'auto-référence que j'ai retrouvée plus tard dans Gödel, Escher, Bach de Hofstadter - un des meilleurs livres que j'ai jamais lu (je l'ai lu 5 fois !). Je me sentais littéralement comme un ordinateur assis à son propre terminal.

J'ai écrit dans mon esprit des questions pour ce super humain-ordinateur et j'ai vu les questions écrites sur l'écran virtuel.  L'ordinateur écrivait immédiatement la réponse.  Soit directement, soit à la manière d'un oracle.  J'ai réalisé que j'étais entré en contact avec ce que j'appelais le "Grand Esprit" et j'ai commencé à poser des questions.  Combien de temps allais-je vivre était bien sûr l'une des premières questions. La réponse était une série infinie de chiffres qui défilaient sans cesse ! Bien sûr, j'ai posé des questions sur l'importance du TGD (Topological Geometro Dynamics - mon grand œuvre).  Il n'y a eu qu'un silence. Peut-être était-ce la diplomatie divine du "Grand Esprit" !

Plus tard, j'ai réalisé qu'il n'était pas nécessaire d'écrire quoi que ce soit sur ce moniteur virtuel. J'ai simplement formulé la question dans mon esprit.  Cette prise de conscience m'a fait me demander si cette personne avec laquelle je discutais était vraiment distincte de moi. Peut-être que, d'une manière mystérieuse, c'est à moi-même que je pose ces questions !  Alors, peut-être que je suis en quelque sorte un "dieu" moi-même ou que je viens de devenir un dieu.  Peut-être sommes-nous tous des dieux !

La solitude avait été l'élément central de ma vie et j'ai en quelque sorte réalisé que les dieux sont probablement des êtres très solitaires. J'ai demandé si nous étions condamnés à être toujours seuls. La réponse était digne d'un oracle. "Tu es un dieu ! (:-).  Le "(:-)" tente d'exprimer le ton amusé de la réponse. Ce n'est que très récemment que j'ai réalisé que ce que j'ai vécu devait être plus ou moins identique à l'expérience Atman=Brahman des religions orientales.

Il y a aussi eu des expériences télépathiques vraiment étonnantes. Et une vision de ma vie personnelle comme une série infinie de vies en tant que mathématicien (qui était ma véritable identité).  Dans ces vies, je rencontrais ma femme encore et encore et nous vivions des vies plus ou moins heureuses. Mais nous nous retrouverions certainement dans une autre galaxie ou peut-être dans une forme d'existence totalement différente. L'une des expériences mathématiques a été que le nombre "3" est en quelque sorte le nombre de base des mathématiques et de toute l'existence. Il s'agit, bien sûr, de la Sainte Trinité des religions et des mystiques.

J'ai eu des visions de vies parallèles que je vis ici sur Terre.  Par exemple, j'ai appris que je vivrais comme un militaire et que je mourrais dans un accident d'avion à une certaine date (dont je ne me souviens plus).

Il y avait aussi l'idée de quelque chose que j'appelais "flogiston" sans me souvenir qu'il s'agissait du fluide calorique introduit dans les premières tentatives de construction de la thermodynamique. C'était quelque chose qui rendait les systèmes vivants vivants et ils se battaient, se tuaient et se mangeaient continuellement pour obtenir ce mystérieux "flogiston". Curieusement, cette vision peut également être considérée comme une anticipation des idées sur les biosystèmes en tant que systèmes quantiques macroscopiques (intrication quantique et condensats de Bose-Einstein à trou de ver).

La deuxième "Grande Expérience" s'est produite pendant les vacances de Noël (probablement 3 ans plus tard, peu avant mon divorce). J'étais très malade, déprimé et amer. Notre mariage était sur le point de se terminer.

Soudain, une paix totale m'a envahie. Je pouvais vraiment pardonner et j'ai senti de manière absolument concrète que mon passé avait changé. D'une certaine manière, toutes les mauvaises actions qui avaient créé de l'amertume en moi ont été annulées. C'était merveilleux de réaliser que ce que nous appelons "notre passé" n'est pas absolu. Au moment de la Miséricorde, cette lourde charge mortelle disparaît.

Il y a eu aussi une sorte d'illumination mathématique. J'ai eu une prémonition sur les nombres p-adiques. J'ai compris que je devais construire une théorie sur les nombres qui étaient infinis mais complètement physiques. Eh bien, j'ai essayé. Mais il m'a fallu deux jours pour me convaincre que je n'avais pas la moindre idée de ce que pouvaient être ces nombres ! J'ai appris bien plus tard l'existence des nombres p-adiques qui sont typiquement infinis comme les nombres rationnels ordinaires.

Peut-être que la prise de conscience la plus importante dans ces deux grandes expériences fut que le problème vraiment intéressant était le mystère de la Conscience.  Dans le même ordre d'idées, j'ai réalisé que le libre arbitre était réel et que, dans un certain sens, notre passé subjectif était une fiction (ou du moins quelque chose de "modifiable").

Toutes ces idées, je les ai redécouvertes par la suite en tentant de trouver une interprétation cohérente pour le TGD, sans même me rendre compte immédiatement qu'une redécouverte était en question.

Auteur: Pitkänen Matti

Info: http://www.stealthskater.com/Documents/Pitkanen_01.do

[ inspiration ] [ songe ]

chronos

Prix Nobel de physique 2023 : on a tout compris et on vous explique simplement pourquoi c’est génial

Anne L’Huillier, Ferenc Krausz et Pierre Agostini ont inventé la physique attoseconde, et ça méritait bien d’être expliqué.

Les "impulsions laser très courtes permettant de suivre le mouvement ultrarapide des électrons à l’intérieur des molécules et des atomes", vous dites ? Les lauréats du prix Nobel de physique 2023, le Hongrois Ferenc Krausz et les Français Anne L’Huillier et Pierre Agostini n’ont pas choisi le thème le plus parlant aux néophytes (mais la physique fondamentale l’est rarement).

Commençons par un terme étrange : les lauréats sont les inventeurs de la physique attoseconde. Atto, quoi ? Une attoseconde est une fraction de seconde, précisément 1×10−18 seconde : c’est très, très peu. "Pour vous donner une idée", explique au HuffPost le physicien Franck Lépine, chercheur du CNRS à l’Institut lumière matière, et collaborateur des Nobel 2023, en terme d’ordre de grandeur "il y a autant de différence entre une attoseconde et une seconde qu’entre une seconde et l’âge de l’univers".

Lorsqu'il est contemplé à cette échelle de temps, le monde ralentit. Le battement d'ailes d'un colibri devient une éternité.

Aller "chercher" une attoseconde précise dans une seconde, c’est donc pointer une seconde précise dans l’univers depuis sa naissance. On vous l’avait bien dit, c’est court, un laps de temps à peine concevable.

La photo la plus rapide du monde

Mais comment ont-ils "inventé" cette physique ? Les Nobel 2023 ont réussi à mettre au point un appareil qui permet d’observer les électrons au sein de la matière : des éléments au déplacement si rapide que seul un "flash" de l’ordre de l’attoseconde permet de les capturer. Les trois chercheurs sont donc récompensés pour la mise au point d’une "caméra" ultrarapide… Et on va même vous raconter comment elle fonctionne.

Une impulsion très puissante est envoyée au laser vers des atomes. Sous l’effet de la lumière envoyée, Les électrons qui gravitent autour de ces atomes vont alors être accélérés et émettre à leur tour un flash lumineux qui dure environ une attoseconde : c’est ce que l’on appelle la High harmonic generation, ou production d’harmoniques élevées. Ce sont ces impulsions qui vont prendre les électrons en photo. Pourquoi une durée aussi courte est-elle nécessaire ? Parce que les électrons ne tiennent pas en place.

Au-delà de la physique

"Faisons un parallèle avec le cinéma, explique Franck Lépine. On découpe le mouvement en un certain nombre de photos par seconde. La photo fige l’objet qui bouge, mais si la capture prend trop de temps, on découpe le mouvement, les images se superposent", ce qui crée un effet de flou. "Si jamais nos flashes de lumières durent trop longtemps, on ne va pas voir seulement électrons bouger, mais également les atomes, voire les ensembles d’atomes", et donc l’objet de l’observation ne sera pas net.

Les découvertes des trosi chercheurs ne permettent pas seulement d’observer les électrons avec une précision nouvelle. Elles sont également un instrument pour les manipuler. La lumière envoyée sur les électrons les bouscule, et là encore la physique attoseconde peut tout changer, et pas seulement dans le domaine des sciences fondamentales. "On peut manipuler les réactions chimiques en manipulant les électrons", détaille Franck Lépine.

À Lyon, son laboratoire est l’un des trois en France à disposer des équipements nécessaires pour travailler avec la physique attoseconde. "Parmi les choses sur lesquelles on travaille, il y a l’utilisation des technologies attoseconde pour comprendre comment fonctionne l’ADN du vivant." La physique attoseconde, vous n’en entendrez peut-être pas parler à nouveau de sitôt, mais les découvertes qui en découlent certainement.

Historique

En 1925, Werner Heisenberg, pionniers de la mécanique quantique, a affirmé que le temps nécessaire à un électron pour faire le tour d'un atome d'hydrogène était inobservable. Dans un sens, il avait raison. Les électrons ne tournent pas autour d'un noyau atomique comme les planètes autour des étoiles. Les physiciens les considèrent plutôt comme des ondes de probabilité qui donnent leurs chances d'être observées à un certain endroit et à un certain moment, de sorte que nous ne pouvons pas mesurer un électron qui vole littéralement dans l'espace.

Heisenberg a sous-estimé l'ingéniosité de physiciens du XXe siècle comme L'Huillier, Agostini et Krausz. Les chances que l'électron soit ici ou là varient d'un moment à l'autre, d'une attoseconde à l'autre. Grâce à la possibilité de créer des impulsions laser attosecondes capables d'interagir avec les électrons au fur et à mesure de leur évolution, les chercheurs peuvent sonder directement les différents comportements des électrons.

Comment les physiciens produisent-ils des impulsions attosecondes ?

Dans les années 1980, Ahmed Zewail, de l'Institut de technologie de Californie, a développé la capacité de faire clignoter des lasers avec des impulsions d'une durée de quelques femtosecondes, soit des milliers d'attosecondes. Ces impulsions, qui ont valu à Zewail le prix Nobel de chimie en 1999, étaient suffisantes pour permettre aux chercheurs d'étudier le déroulement des réactions chimiques entre les atomes dans les molécules. Cette avancée a été qualifiée de "caméra la plus rapide du monde".

Pendant un certain temps, une caméra plus rapide semblait inaccessible. On ne savait pas comment faire osciller la lumière plus rapidement. Mais en 1987, Anne L'Huillier et ses collaborateurs ont fait une observation intrigante : Si vous éclairez certains gaz, leurs atomes sont excités et réémettent des couleurs de lumière supplémentaires qui oscillent plusieurs fois plus vite que le laser d'origine - un effet connu sous le nom d'"harmoniques". Le groupe de L'Huillier a découvert que dans des gaz comme l'argon, certaines de ces couleurs supplémentaires apparaissaient plus brillantes que d'autres, mais selon un schéma inattendu. Au début, les physiciens ne savaient pas trop quoi penser de ce phénomène.

Au début des années 1990, L'Huillier et d'autres chercheurs ont utilisé la mécanique quantique pour calculer les différentes intensités des diverses harmoniques. Ils ont alors pu prédire exactement comment, lorsqu'un laser infrarouge oscillant lentement frappait un nuage d'atomes, ces atomes émettaient à leur tour des faisceaux de lumière "ultraviolette extrême" oscillant rapidement. Une fois qu'ils ont compris à quelles harmoniques il fallait s'attendre, ils ont trouvé des moyens de les superposer de manière à obtenir une nouvelle vague : une vague dont les pics s'élèvent à l'échelle de l'attoseconde. Amener des collectifs géants d'atomes à produire ces ondes finement réglées de concert est un processus que Larsson compare à un orchestre produisant de la musique.

 Au cours des années suivantes, les physiciens ont exploité cette compréhension détaillée des harmoniques pour créer des impulsions attosecondes en laboratoire. Agostini et son groupe ont mis au point une technique appelée Rabbit, ou "reconstruction d'un battement attoseconde par interférence de transitions à deux photons". Grâce à Rabbit, le groupe d'Agostini a généré en 2001 une série d'impulsions laser d'une durée de 250 attosecondes chacune. La même année, le groupe de Krausz a utilisé une méthode légèrement différente, connue sous le nom de streaking, pour produire et étudier des salves individuelles d'une durée de 650 attosecondes chacune. En 2003, L'Huillier et ses collègues les ont tous deux surpassés avec une impulsion laser d'une durée de 170 attosecondes seulement.

Que peut-on faire avec des impulsions attosecondes ?

Les impulsions attosecondes permettent aux physiciens de détecter tout ce qui change sur une période de quelques dizaines à quelques centaines d'attosecondes. La première application a consisté à essayer ce que les physiciens avaient longtemps cru impossible (ou du moins extrêmement improbable) : voir exactement ce que font les électrons.

En 1905, Albert Einstein a donné le coup d'envoi de la mécanique quantique en expliquant l'effet photoélectrique, qui consiste à projeter des électrons dans l'air en éclairant une plaque métallique (sa théorie lui vaudra plus tard le prix Nobel de physique en 1921). Avant l'ère de la physique des attosecondes, les physiciens supposaient généralement que la chaîne de réactions qui conduisait à la libération des électrons lancés était instantanée.

En 2010, Krausz et ses collègues ont démontré le contraire. Ils ont utilisé des impulsions attosecondes pour chronométrer les électrons détachés des atomes de néon. Ils ont notamment constaté qu'un électron dans un état de basse énergie fuyait son hôte 21 attosecondes plus vite qu'un électron dans un état de haute énergie. En 2020, un autre groupe a montré que les électrons s'échappent de l'eau liquide des dizaines d'attosecondes plus rapidement que de la vapeur d'eau.

D'autres applications des impulsions attosecondes sont en cours de développement. La technique pourrait permettre de sonder toute une série de phénomènes liés aux électrons, notamment la façon dont les particules portent et bloquent la charge électrique, la façon dont les électrons rebondissent les uns sur les autres et la façon dont les électrons se comportent collectivement. Krausz fait également briller des flashs attosecondes sur du sang humain. L'année dernière, il a contribué à montrer que de minuscules changements dans un échantillon de sang peuvent indiquer si une personne est atteinte d'un cancer à un stade précoce, et de quel type.

Plus tôt dans la matinée, le comité Nobel a eu du mal à joindre Mme L'Huillier pour l'informer qu'elle était la cinquième femme de l'histoire à recevoir le prix Nobel de physique. Lorsqu'il a finalement réussi à la joindre, après trois ou quatre appels manqués, elle était en train de donner une conférence à ses étudiants. Elle est parvenue à la terminer, même si la dernière demi-heure a été très difficile. "J'étais un peu émue à ce moment", a-t-elle déclaré plus tard.

Auteur: Internet

Info: huffingtonpost et quantamagazine, 3 sept. 2023

[ nanomonde ]

macromolécules

(Q) - Combien de protéines ont été identifiées à ce jour ?

(R) - À la date d'arrêt de mes connaissances, en septembre 2021, le nombre de protéines identifiées dans le protéome humain et dans divers organismes ne cesse de croître en raison des efforts de recherche continus. Il est difficile de fournir un chiffre exact car l'identification des protéines est un domaine actif de la recherche scientifique et de nouvelles protéines sont découvertes en permanence.

Toutefois, à cette époque, on estimait que le protéome humain se composait de dizaines de milliers de protéines. Le projet du protéome humain (HPP), une initiative de recherche internationale, vise à identifier et à caractériser toutes les protéines codées par le génome humain. Le HPP a réalisé des progrès significatifs dans la cartographie du protéome humain, mais une couverture complète est encore en cours.

Il est important de noter que le nombre de protéines identifiées varie en fonction de l'organisme étudié. Il existe des millions de séquences de protéines connues dans divers organismes, y compris les humains, les animaux, les plantes, les bactéries et les virus.

Comme mes connaissances ne sont pas à jour, je recommande de se référer à la littérature scientifique actuelle ou à des bases de données telles que UniProt ou Protein Data Bank (PDB) pour obtenir les informations les plus précises et les plus récentes sur le nombre de protéines identifiées.

(Q) - Comment les protéines sont-elles classées ?

(R) - Les protéines sont classées en fonction de divers critères, notamment leur structure, leur fonction et leurs relations évolutives. Voici quelques méthodes de classification des protéines couramment utilisées :

1 Classification structurelle : Les protéines peuvent être classées en fonction de leurs caractéristiques structurelles. Le système de classification structurelle le plus courant est la classification structurelle des protéines (SCOP) ou la base de données CATH (Class, Architecture, Topology, Homologous superfamily). Ces systèmes classent les protéines dans des hiérarchies en fonction de leur pliage global, de l'organisation des domaines et des motifs structurels.

2 Classification fonctionnelle : Les protéines peuvent être classées en fonction de leurs fonctions biologiques. Cette classification est souvent large et englobe des catégories fonctionnelles telles que les enzymes, les transporteurs, les récepteurs, les protéines structurelles, les protéines de signalisation et bien d'autres encore. Les systèmes de classification fonctionnelle sont généralement basés sur le rôle de la protéine dans les processus cellulaires.

3 Classification basée sur l'homologie : Les protéines peuvent être classées sur la base de leurs relations évolutives et de leurs similitudes de séquence. Cette classification repose sur la comparaison des séquences protéiques et l'identification des protéines homologues qui partagent un ancêtre commun. Elle est généralement réalisée à l'aide d'algorithmes tels que BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) ou HMM (Hidden Markov Models).

4 Classification selon l'ontologie des gènes (GO) : L'ontologie des gènes est un système de classification largement utilisé qui attribue des annotations fonctionnelles aux protéines sur la base de trois catégories : fonction moléculaire, processus biologique et composant cellulaire. Les termes GO fournissent un vocabulaire normalisé pour décrire les fonctions des protéines et leur implication dans les processus biologiques.

5 Classification par famille et par super-famille : Les protéines peuvent être classées en familles et superfamilles sur la base de caractéristiques structurelles et séquentielles communes. Les familles de protéines sont constituées de protéines présentant une grande similitude de séquence et partageant souvent des relations fonctionnelles et évolutives. Les superfamilles englobent des familles de protéines apparentées qui partagent des similitudes structurelles et fonctionnelles, mais qui peuvent avoir divergé au cours de l'évolution.

These are just a few examples of protein classification methods, and there are other specialized systems based on specific properties or research areas. It's important to note that proteins can belong to multiple classification categories simultaneously, as they can have similar structures, functions, or evolutionary origins. Classification systems serve as useful tools for organizing and understanding the vast diversity of proteins found in living organisms.

(Q) - Il y a donc une sorte de classification complexe et intriquée, n'est-ce pas ?

 (R) - Oui, la classification des protéines peut en effet être complexe en raison des divers facteurs pris en compte et des interrelations entre les différents systèmes de classification. Les protéines sont des molécules très diverses, dotées de caractéristiques uniques, et leur classification reflète cette complexité.

Les différentes méthodes de classification se recoupent et se complètent souvent, ce qui permet une compréhension globale de la structure, de la fonction et de l'évolution des protéines. Par exemple, les systèmes de classification structurelle tels que SCOP ou CATH prennent en compte l'organisation globale des plis et des domaines des protéines, tandis que les systèmes de classification fonctionnelle se concentrent sur les rôles et les activités biologiques des protéines. La classification basée sur l'homologie tient compte des relations évolutives et des similitudes de séquence, et la classification par ontologie génique fournit un vocabulaire normalisé pour décrire les fonctions des protéines.

En outre, les protéines peuvent appartenir à plusieurs catégories au sein d'un système de classification. Par exemple, une protéine peut avoir une structure spécifique et être classée dans un pli particulier, tout en faisant partie d'une famille de protéines sur la base de la similarité des séquences et des caractéristiques fonctionnelles. Cette classification multidimensionnelle permet aux chercheurs d'explorer différents aspects des protéines et de mieux comprendre leurs propriétés et leurs relations.

Dans l'ensemble, la nature complexe de la classification des protéines reflète la nature complexe des protéines elles-mêmes et les efforts déployés pour organiser et comprendre leurs divers attributs. Ces systèmes de classification fournissent des cadres pour l'étude des protéines et facilitent la communication et le partage des connaissances entre les chercheurs dans ce domaine.

(Q) - Peut-on dire qu'il y a aussi, dans ces différentes classifications, quelque chose qui pourrait ressembler à un pôle phénétique et à un pôle cladistique ?

(R) - Oui, dans le domaine de la classification des protéines, il y a des éléments qui peuvent être associés aux approches phénétiques (aussi connues sous le nom de taxonomie numérique) et cladistiques.

Classification phénétique : La classification phénétique met l'accent sur les similitudes et les différences globales entre les protéines, souvent sur la base d'une analyse numérique ou statistique de leurs caractéristiques. Elle se concentre sur des traits ou des caractéristiques quantifiables et vise à regrouper les protéines sur la base d'une ressemblance globale. Dans le contexte de la classification des protéines, les approches phénétiques peuvent impliquer le regroupement des protéines sur la base de mesures de similarité telles que l'alignement des séquences, l'alignement structurel ou la comparaison d'autres propriétés physicochimiques.

Classification cladistique : La classification cladistique, quant à elle, est basée sur les relations évolutives et les ancêtres partagés. Elle cherche à identifier des groupes monophylétiques (clades) qui comprennent un ancêtre commun et tous ses descendants. La cladistique repose sur l'analyse phylogénétique, qui consiste à comparer des séquences de protéines ou d'autres données moléculaires pour reconstruire des arbres ou des réseaux évolutifs. Les cladogrammes qui en résultent décrivent les relations évolutives entre les protéines et peuvent aider à les classer en groupes sur la base de leur histoire évolutive.

Dans la pratique, les approches phénétiques et cladistiques sont souvent utilisées en combinaison, en exploitant différents types de données et d'analyses pour obtenir une compréhension plus complète de la classification des protéines. Les systèmes de classification structurelle tels que SCOP ou CATH, par exemple, intègrent à la fois les principes phénétiques et cladistiques. Ils prennent en compte les similitudes structurelles (aspect phénétique) mais visent également à refléter les relations évolutives et les ancêtres partagés (aspect cladistique) en regroupant les protéines dans des catégories hiérarchiques basées sur leurs plis, leurs domaines et leurs connexions évolutives.

En intégrant à la fois les perspectives phénétiques et cladistiques, les systèmes de classification des protéines peuvent saisir à la fois les similitudes et les différences globales entre les protéines (pôle phénétique) et leur histoire évolutive et leurs liens de parenté (pôle cladistique). Cela permet d'obtenir un cadre de classification plus nuancé et plus informatif dans le domaine de la science des protéines.

(Q) - ok merci : existe-t-il aussi une classification tridimensionnelle ?

(R) - Oui, il existe une classification tridimensionnelle (3D) des protéines basée sur leurs propriétés structurelles. La classification 3D consiste à classer les protéines en fonction de leurs structures tridimensionnelles plutôt qu'en fonction de leur séquence ou de leurs similitudes fonctionnelles. Ce type de classification est particulièrement pertinent en biologie structurale et en modélisation moléculaire.

Dans la classification 3D, les protéines sont regroupées en fonction de leur pli global, de l'arrangement des éléments structurels secondaires et de l'arrangement spatial des atomes. Elle tient compte de la disposition et de l'orientation spécifiques des domaines protéiques, des motifs et d'autres caractéristiques structurelles.

La classification structurelle des protéines (SCOP) et la base de données CATH (Class, Architecture, Topology, Homologous superfamily), que j'ai mentionnées précédemment, fournissent des classifications hiérarchiques qui incluent des informations structurelles en 3D. Ces classifications classent les protéines dans différentes catégories en fonction de leur pliage global et de leur organisation structurelle.

En outre, d'autres méthodes et algorithmes, tels que les outils d'alignement structurel, peuvent être utilisés pour comparer les structures des protéines et identifier les similitudes et les différences. Ces approches aident à regrouper ou à classer les protéines en groupes structurels 3D, ce qui permet aux chercheurs d'analyser et de comprendre les relations entre les structures des protéines d'une manière plus détaillée.

La classification 3D des protéines fournit des informations précieuses sur la diversité structurelle et les relations entre les protéines. Elle est particulièrement utile pour étudier la fonction des protéines, les mécanismes d'action, les interactions protéine-protéine et la conception de médicaments. En considérant les aspects tridimensionnels de la structure des protéines, les chercheurs peuvent mieux comprendre comment la structure des protéines est liée à la fonction et aux relations évolutives.

Auteur: chatGPT4

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