philosophies indiennes

Le Yoga classique commence là où finit le Sâmkhya. Patanjali s’approprie presque entièrement la philosophie Sâmkhya, mais il ne croit pas que la connaissance métaphysique puisse, à elle seule, conduire l’homme à la libération suprême. La gnose ne fait en effet que préparer le terrain en vue de l’acquisition de la liberté (mukti). L’affranchissement doit être, pour ainsi dire, conquis de haute lutte, moyennant notamment une technique ascétique et une méthode de contemplation, qui ne sont autres que le Yogadarçana. Le but du Yoga, de même que celui du Sâmkhya, est de supprimer la conscience normale au profit d’une conscience qualitativement autre, qui puisse comprendre exhaustivement la vérité métaphysique. Or, la suppression de la conscience normale n’est pas, pour le Yoga, si facile à obtenir. Outre la gnose, le darçana, elle implique encore une "pratique" (abhyâsa), une ascèse (tapas), bref : une technique physiologique, par rapport à laquelle la technique strictement psychologique est subsidiaire.

Auteur: Eliade Mircea

Info: Dans "Techniques du yoga" pages 65-66

[ caractéristiques ] [ divergences ] [ originalité ] [ spiritualités hindoues ]

langage

Malgré les divergences, ce qui sous-tend l'identité arabe c'est la langue: mon identité est liée avant tout à la langue arabe. Et j'entretiens avec elle une véritable relation d'amour. Nul jour ne se passe sans que je ressente à quel point je ne la maîtrise pas. La langue arabe est une langue très sensorielle, d'une richesse exceptionnelle; son génie réside dans son lexique. Pour "cheval blanc" il existera un mot, pour "cheval bai" un autre; pour désigner les âges de l'homme également. L'arabe est d'une précision inouïe. Peut-être parce que le désert est par essence le lieu de la méditation et que les Arabes des origines avaient tout le temps de méditer sur les nuances du monde. Si la langue a apparu plus pauvre en ce qui concerne la formation de concepts, elle a su emprunter à d'autres langues, dont le grec. Les écrivains et philosophes du Moyen Âge ont pu enrichir cette langue très sensitive d'un vocabulaire abstrait. Averroès, au XIIe siècle, fut, ne l'oublions pas, le grand commentateur d'Aristote.

Auteur: Darwich Mahmoud

Info: entretien à Libération, 10-11 mai 2003

[ spécificité ]

philosophies indiennes

[…] afin d’éviter le paradoxe [présent dans la doctrine du Sâmkhya] de ce Soi absolument privé de contact avec la Nature et cependant auteur, malgré lui, du drame humain, le bouddhisme a […] supprimé entièrement l’ "âme-esprit", entendue comme unité spirituelle irréductible, et l’a remplacée par les "états de conscience". Le Vedânta, au contraire, afin d’éviter la difficulté concernant les relations entre l’âme et l’univers, nie la réalité de l’univers en le considérant comme mâyâ, illusion. Sâmkhya et Yoga n’ont voulu nier la réalité ontologique ni de l’Esprit ni de la Substance. Aussi, le Sâmkhya a-t-il été attaqué, surtout à cause de cette doctrine, tant par le Vedânta que par le bouddhisme.
Le Vedânta critique également la conception de la pluralité des Soi (purushas), telle que l’ont formulée le Sâmkhya et le Yoga. Il existe, en effet, affirment ces deux dernières darçanas, autant de purushas qu’il y a d’hommes. Et chaque purusha est une monade, il est complètement isolé ; car le Soi ne peut avoir aucun contact ni avec le monde environnant (dérivé de la prakrti) ni avec les autres esprits. Le cosmos est peuplé de ces purushas éternels, libres, immobiles ; monades entre lesquelles aucune communication n’est possible. Selon le Vedânta, cette conception n’est pas fondée et la pluralité des Soi est une illusion. […] néanmoins, le Sâmkhya et le Yoga étaient obligés de postuler la multiplicité des purushas ; car s’il n’y avait eu qu’un seul Esprit, le salut eût été un problème infiniment plus simple, le premier homme délivré aurait entraîné la délivrance de tout le genre humain.

Auteur: Eliade Mircea

Info: Dans "Techniques du yoga" pages 59-60

[ divergences ] [ spiritualités hindoues ] [ mythologie ]

astrophysique

Il se passe quelque chose de mystérieux aux confins du Système solaire

De nouvelles données indiquent que l’héliopause, constituant la zone frontière entre la bulle protectrice créée par le Soleil et le milieu interstellaire, produit des ondulations très inhabituelles.

Le fait que l’héliopause change de forme n’est pas foncièrement surprenant. Au cours de la dernière décennie, les chercheurs ont déterminé qu’elle n’était pas statique, en s’appuyant sur les données des sondes Voyager 1 et Voyager 2, les deux seuls engins spatiaux à être sortis de l’héliosphère jusqu’à présent, ainsi que du satellite IBEX (Interstellar Boundary Explorer) de la NASA, étudiant les émissions d’atomes neutres énergétiques (ENA) créés lorsque les vents solaires et le milieu interstellaire interagissent.

"Les sondes Voyager fournissent la seule mesure directe et in situ de l’emplacement de ces frontières, mais seulement en un point de l’espace et du temps", explique Eric Zirnstein, physicien à l’université de Princeton. "IBEX permet de compléter ces données."

Les vents solaires et le milieu interstellaire se tiraillant mutuellement pour créer une frontière en perpétuel mouvement, les chercheurs avaient utilisé ces observations pour générer des modèles prédisant l’évolution de l’héliopause. Mais le récent réexamen de données capturées pendant plusieurs mois par IBEX courant 2014 a révélé des asymétries dans l’héliopause ne cadrant pas avec les simulations.

Celui des données des sondes Voyager 1 et Voyager 2 a de son côté montré que l’héliopause avait changé de façon spectaculaire en un temps très court. Expliquant en partie l’écart significatif entre les entrées des deux sondes dans l’espace interstellaire, respectivement intervenues en 2012 et 2018, ce type de mouvement de l’héliopause se révèle également en contradiction avec les modèles.

Dans un article de la revue Nature Astronomy, les chercheurs ont qualifié ces divergences d’"intrigantes et sujettes à controverse". Ils prévoient de poursuivre l’étude de l’héliopause, en espérant obtenir davantage d’informations grâce à la sonde de cartographie interstellaire et d’accélération de la NASA, un nouveau satellite avancé capable de détecter les émissions d’atomes neutres énergétiques, dont le lancement est prévu en 2025.

D’ici là, nous ne pouvons que nous interroger sur les mystérieux phénomènes à l’origine de ces ondulations aux frontières du Système solaire.

Auteur: Internet

Info: https://dailygeekshow.com, 6 nov 2022

[ région intermédiaire ] [ magnétopause ]

niveaux de manifestation de l'être

Nous ferons remarquer ensuite que qui dit "secte" dit nécessairement, par l’étymologie même du mot, scission ou division ; et, effectivement, les "sectes" sont bien des divisions engendrées, au sein d’une religion, par des divergences plus ou moins profondes entre ses membres. Par conséquent, les "sectes" sont forcément multiplicité, et leur existence implique un éloignement du principe, dont l’ésotérisme est au contraire, par sa nature même, plus proche que la religion et plus généralement l’exotérisme, même exempts de toute déviation. C’est en effet par l’ésotérisme que s’unifient toutes les doctrines traditionnelles, au-delà des différences, d’ailleurs nécessaires dans leur ordre propre, de leurs formes extérieures ; et, à ce point de vue, non seulement les organisations initiatiques ne sont point des "sectes", mais elles en sont même exactement le contraire.

En outre, les "sectes", schismes ou hérésies, apparaissent toujours comme dérivées d’une religion donnée, dans laquelle elles ont pris naissance, et dont elles sont pour ainsi dire comme des branches irrégulières. Au contraire, l’ésotérisme ne peut aucunement être dérivé de la religion ; là même où il la prend pour support, en tant que moyen d’expression et de réalisation, il ne fait pas autre chose que de la relier effectivement à son principe, et il représente en réalité, par rapport à elle, la Tradition antérieure à toutes les formes extérieures particulières, religieuses ou autres. L’intérieur ne peut être produit par l’extérieur, non plus que le centre par la circonférence, ni le supérieur par l’inférieur, non plus que l’esprit par le corps ; les influences qui président aux organisations traditionnelles vont toujours en descendant et ne remontent jamais, pas plus qu’un fleuve ne remonte vers sa source. Prétendre que l’initiation pourrait être issue de la religion, et à plus forte raison d’une "secte", c’est renverser tous les rapports normaux qui résultent de la nature même des choses ; et l’ésotérisme est véritablement, par rapport à l’exotérisme religieux, ce qu’est l’esprit par rapport au corps, si bien que, lorsqu’une religion a perdu tout point de contact avec l’ésotérisme, il n’y reste plus que "lettre morte" et formalisme incompris, car ce qui la vivifiait, c’était la communication effective avec le centre spirituel du monde, et celle-ci ne peut être établie et maintenue consciemment que par l’ésotérisme et par la présence d’une organisation initiatique véritable et régulière.

Auteur: Guénon René

Info: Dans "Aperçus sur l'initiation", Éditions Traditionnelles, 1964, page 75

[ logique d'émanation ]

spiritualisme

Dans La Crise du monde moderne, Guénon explique que l’intellectualité et la société occidentales sont corrompues par des déviances anormales, opposées à l’ordre traditionnel qui était celui du Moyen Âge occidental et de l’Orient dans son ensemble. D’une part, il explique que la crise intellectuelle de l’Occident moderne prend sa source dans "l’individualisme", qu’il définit comme "la négation de tout principe supérieur à l’individualité". Cette attitude mentale caractérise la pensée moderne comme une erreur ou un système de pensée faux. En effet, l’individualisme consiste, au point de vue du connaître, à refuser de reconnaître l’existence d’une "faculté de connaissance supérieure à la raison individuelle", en même temps que, du point de vue de l’être, elle est un "refus d’admettre une autorité supérieure à l’individu". Ce lien étroit entre la connaissance et l’autorité s’explique par le fait que Guénon entend la tradition dans son sens le plus purement étymologique, comme un dépôt qui, étant transmis (tradere en latin), n’est pas inventé, mais reçu, et qui, pour cette raison, ne provient originairement pas de l’être humain par innovation, mais du supra-humain par révélation. La tradition est donc sacrée par définition selon Guénon, qui la distingue bien pour cette raison de la simple coutume : nier le fondement sacré ou divin de la tradition, c’est nier ce qui en légitimait l’autorité.

Ainsi la première forme de cette négation, dans l’ordre du connaître, se caractérise par le "rationalisme", c’est-à-dire par la "négation de l’intuition intellectuelle" et conséquemment le fait de "mettre la raison au-dessus de tout". Les Anciens en effet, de Platon à saint Thomas d’Aquin en passant par Plotin et saint Augustin, enseignaient l’existence, au-dessus de la raison humaine individuelle, d’une faculté de connaissance synthétique appartenant à l’esprit par laquelle sont intuitivement saisis les principes universels de l’être et du connaître. Par opposition, les Modernes ont cessé de reconnaître l’existence et l’efficience de l’intellect, pour le confondre à partir de Descartes avec la raison, jusqu’ici considérée comme faculté humaine et individuelle de connaissance discursive appartenant à l’âme dans son enquête des lois générales de la nature. Le mouvement amorcé par Descartes devait se confirmer avec Kant qui, renversant la hiérarchie, plaça l’intellect au-dessous de la raison sous la forme de l’entendement et déclara "inconnaissables" les objets traditionnels de la métaphysique intellectualiste d’antan, au premier rang desquels Dieu.

Rationalisme et libre-examen

Cette négation de l’intuition intellectuelle explique ainsi le passage des sciences traditionnelles aux sciences modernes : "La conception traditionnelle, écrit Guénon, rattache toutes les sciences aux principes comme autant d’applications particulières, et c’est ce rattachement que n’admet pas la conception moderne. Pour Aristote, la physique n’était que “seconde” par rapport à la métaphysique, c’est-à-dire qu’elle en était dépendante, qu’elle n’était au fond qu’une application, au domaine de la nature, des principes supérieurs à la nature et qui se reflètent dans ses lois ; et l’on peut en dire autant de la ”cosmologie“ du moyen âge. La conception moderne, au contraire, prétend rendre les sciences indépendantes, en niant tout ce qui les dépasse, ou tout au moins en le déclarant “inconnaissable” et en refusant d’en tenir compte, ce qui revient encore à le nier pratiquement.

Ce qui s’est produit dans l’ordre des sciences devait donc se produire à l’égard de l’autorité religieuse, car la raison individuelle, ne reconnaissant plus de faculté supérieure la régissant, devait prétendre se substituer à l’expertise de l’Église en matière de foi, par la pratique protestante du "libre-examen". C’était donc, dans le domaine religieux, l’analogue de ce qu’allait être le “rationalisme” en philosophie ; c’était la porte ouverte à toutes les discussions, à toutes les divergences, à toutes les déviations ; et le résultat fut ce qu’il devait être : la dispersion en une multitude toujours croissante de sectes, dont chacune ne représente que l’opinion particulière de quelques individus. Comme il était, dans ces conditions, impossible de s’entendre sur la doctrine, celle-ci passa vite au second plan, et c’est le côté secondaire de la religion, nous voulons dire la morale, qui prit la première place : de là cette dégénérescence en “moralisme” qui est si sensible dans le Protestantisme actuel. 

Le matérialisme

La négation de l’intuition intellectuelle a selon Guénon des conséquences beaucoup plus tangibles et étendues que des ruptures dans le domaine théorique. Pratiquement, en effet, c’est la conception de la nature humaine et de sa place dans l’univers qui est engagée : si l’Homme n’est plus capable d’apercevoir intellectuellement et de communier spirituellement avec les réalités surnaturelles, il se met naturellement (et comment lui en vouloir ?) à borner sa vie et ses idéaux à tout ce qui ressortit au plan matériel de l’existence (...)

Auteur: Ducay Paul

Info: Sur philitt.fr, René Guénon et la réforme de l’Occident, 27 juin 2022 - extrait

[ anti-rationalisme ] [ traditionalisme ] [ post-cybernétisme ] [ christianisme diachronique ]

auto-programmation

Pieuvres et calmars modifient et corrigent (édit en anglais) leur ARN, tout en laissant l'ADN intact. Des changements qui pourraient expliquer l'intelligence et la flexibilité des céphalopodes dépourvus de coquille

De nombreux écrivains se plaignent lorsqu'un rédacteur  vient éditer et donc modifier leur article, mais les conséquences de la modification d'un seul mot ne sont généralement pas si graves.

Ce n'est pas le cas des instructions génétiques pour la fabrication des protéines. Même une petite modification peut empêcher une protéine de faire son travail correctement, ce qui peut avoir des conséquences mortelles. Ce n'est qu'occasionnellement qu'un changement est bénéfique. Il semble plus sage de conserver les instructions génétiques telles qu'elles sont écrites. À moins d'être une pieuvre.

Les pieuvres sont comme des extraterrestres qui vivent parmi nous : elles font beaucoup de choses différemment des animaux terrestres ou même des autres créatures marines. Leurs tentacules flexibles goûtent ce qu'ils touchent et ont leur esprit propre. Les yeux des pieuvres sont daltoniens, mais leur peau peut détecter la lumière par elle-même. Les pieuvres sont des maîtres du déguisement, changeant de couleur et de texture de peau pour se fondre dans leur environnement ou effrayer leurs rivaux. Et plus que la plupart des créatures, les pieuvres font gicler l'équivalent moléculaire de l'encre rouge sur leurs instructions génétiques avec un abandon stupéfiant, comme un rédacteur en chef déchaîné.

Ces modifications-éditions concernent l'ARN, molécule utilisée pour traduire les informations du plan génétique stocké dans l'ADN, tout en laissant l'ADN intact.

Les scientifiques ne savent pas encore avec certitude pourquoi les pieuvres et d'autres céphalopodes sans carapace, comme les calmars et les seiches, sont des modificateurs aussi prolifiques. Les chercheurs se demandent si cette forme d'édition génétique a donné aux céphalopodes une longueur d'avance sur le plan de l'évolution (ou un tentacule) ou si cette capacité n'est qu'un accident parfois utile. Les scientifiques étudient également les conséquences que les modifications de l'ARN peuvent avoir dans diverses conditions. Certaines données suggèrent que l'édition pourrait donner aux céphalopodes une partie de leur intelligence, mais au prix d'un ralentissement de l'évolution de leur ADN.

"Ces animaux sont tout simplement magiques", déclare Caroline Albertin, biologiste spécialiste du développement comparatif au Marine Biological Laboratory de Woods Hole (Massachusetts). "Ils ont toutes sortes de solutions différentes pour vivre dans le monde d'où ils viennent. L'édition de l'ARN pourrait contribuer à donner à ces créatures un grand nombre de solutions aux problèmes qu'elles peuvent rencontrer.

(vidéo - Contrairement à d'autres animaux à symétrie bilatérale, les pieuvres ne rampent pas dans une direction prédéterminée. Des vidéos de pieuvres en train de ramper montrent qu'elles peuvent se déplacer dans n'importe quelle direction par rapport à leur corps, et qu'elles changent de direction de rampe sans avoir à tourner leur corps. Dans le clip, la flèche verte indique l'orientation du corps de la pieuvre et la flèche bleue indique la direction dans laquelle elle rampe.)

Le dogme central de la biologie moléculaire veut que les instructions pour construire un organisme soient contenues dans l'ADN. Les cellules copient ces instructions dans des ARN messagers, ou ARNm. Ensuite, des machines cellulaires appelées ribosomes lisent les ARNm pour construire des protéines en enchaînant des acides aminés. La plupart du temps, la composition de la protéine est conforme au modèle d'ADN pour la séquence d'acides aminés de la protéine.

Mais l'édition de l'ARN peut entraîner des divergences par rapport aux instructions de l'ADN, créant ainsi des protéines dont les acides aminés sont différents de ceux spécifiés par l'ADN.

L'édition modifie chimiquement l'un des quatre éléments constitutifs de l'ARN, ou bases. Ces bases sont souvent désignées par les premières lettres de leur nom : A, C, G et U, pour adénine, cytosine, guanine et uracile (la version ARN de la base ADN thymine). Dans une molécule d'ARN, les bases sont liées à des sucres ; l'unité adénine-sucre, par exemple, est appelée adénosine.

Il existe de nombreuses façons d'éditer des lettres d'ARN. Les céphalopodes excellent dans un type d'édition connu sous le nom d'édition de l'adénosine à l'inosine, ou A-to-I. Cela se produit lorsqu'une enzyme appelée ADAR2 enlève un atome d'azote et deux atomes d'hydrogène de l'adénosine (le A). Ce pelage chimique transforme l'adénosine en inosine (I).

 Les ribosomes lisent l'inosine comme une guanine au lieu d'une adénine. Parfois, ce changement n'a aucun effet sur la chaîne d'acides aminés de la protéine résultante. Mais dans certains cas, la présence d'un G à la place d'un A entraîne l'insertion d'un acide aminé différent dans la protéine. Ce type d'édition de l'ARN modifiant la protéine est appelé recodage de l'ARN.

Les céphalopodes à corps mou ont adopté le recodage de l'ARN à bras-le-corps, alors que même les espèces étroitement apparentées sont plus hésitantes à accepter les réécritures, explique Albertin. "Les autres mollusques ne semblent pas le faire dans la même mesure.

L'édition de l'ARN ne se limite pas aux créatures des profondeurs. Presque tous les organismes multicellulaires possèdent une ou plusieurs enzymes d'édition de l'ARN appelées enzymes ADAR, abréviation de "adénosine désaminase agissant sur l'ARN", explique Joshua Rosenthal, neurobiologiste moléculaire au Marine Biological Laboratory.

Les céphalopodes possèdent deux enzymes ADAR. L'homme possède également des versions de ces enzymes. "Dans notre cerveau, nous modifions une tonne d'ARN. Nous le faisons beaucoup", explique Rosenthal. Au cours de la dernière décennie, les scientifiques ont découvert des millions d'endroits dans les ARN humains où se produit l'édition.

Mais ces modifications changent rarement les acides aminés d'une protéine. Par exemple, Eli Eisenberg, de l'université de Tel Aviv, et ses collègues ont identifié plus de 4,6 millions de sites d'édition dans les ARN humains. Parmi ceux-ci, seuls 1 517 recodent les protéines, ont rapporté les chercheurs l'année dernière dans Nature Communications. Parmi ces sites de recodage, jusqu'à 835 sont partagés avec d'autres mammifères, ce qui suggère que les forces de l'évolution ont préservé l'édition à ces endroits.

(Encadré :  Comment fonctionne l'édition de l'ARN ?

Dans une forme courante d'édition de l'ARN, une adénosine devient une inosine par une réaction qui supprime un groupe aminé et le remplace par un oxygène (flèches). L'illustration montre une enzyme ADAR se fixant à un ARN double brin au niveau du "domaine de liaison de l'ARNdb". La région de l'enzyme qui interagit pour provoquer la réaction, le "domaine de la désaminase", est positionnée près de l'adénosine qui deviendra une inosine.)

Les céphalopodes portent le recodage de l'ARN à un tout autre niveau, dit Albertin. L'encornet rouge (Doryteuthis pealeii) possède 57 108 sites de recodage, ont rapporté Rosenthal, Eisenberg et leurs collègues en 2015 dans eLife. Depuis, les chercheurs ont examiné plusieurs espèces de pieuvres, de calmars et de seiches, et ont à chaque fois trouvé des dizaines de milliers de sites de recodage.

Les céphalopodes à corps mou, ou coléoïdes, pourraient avoir plus de possibilités d'édition que les autres animaux en raison de l'emplacement d'au moins une des enzymes ADAR, ADAR2, dans la cellule. La plupart des animaux éditent les ARN dans le noyau - le compartiment où l'ADN est stocké et copié en ARN - avant d'envoyer les messages à la rencontre des ribosomes. Mais chez les céphalopodes, les enzymes se trouvent également dans le cytoplasme, l'organe gélatineux des cellules, ont découvert Rosenthal et ses collègues (SN : 4/25/20, p. 10).

Le fait d'avoir des enzymes d'édition dans deux endroits différents n'explique pas complètement pourquoi le recodage de l'ARN chez les céphalopodes dépasse de loin celui des humains et d'autres animaux. Cela n'explique pas non plus les schémas d'édition que les scientifiques ont découverts.

L'édition de l'ARN amènerait de la flexibilité aux céphalopodes

L'édition n'est pas une proposition "tout ou rien". Il est rare que toutes les copies d'un ARN dans une cellule soient modifiées. Il est beaucoup plus fréquent qu'un certain pourcentage d'ARN soit édité tandis que le reste conserve son information originale. Le pourcentage, ou fréquence, de l'édition peut varier considérablement d'un ARN à l'autre ou d'une cellule ou d'un tissu à l'autre, et peut dépendre de la température de l'eau ou d'autres conditions. Chez le calmar à nageoires longues, la plupart des sites d'édition de l'ARN étaient édités 2 % ou moins du temps, ont rapporté Albertin et ses collègues l'année dernière dans Nature Communications. Mais les chercheurs ont également trouvé plus de 205 000 sites qui étaient modifiés 25 % du temps ou plus.

Dans la majeure partie du corps d'un céphalopode, l'édition de l'ARN n'affecte pas souvent la composition des protéines. Mais dans le système nerveux, c'est une autre histoire. Dans le système nerveux du calmar à nageoires longues, 70 % des modifications apportées aux ARN producteurs de protéines recodent ces dernières. Dans le système nerveux de la pieuvre californienne à deux points (Octopus bimaculoides), les ARN sont recodés trois à six fois plus souvent que dans d'autres organes ou tissus.

(Photo -  L'encornet rouge recode l'ARN à plus de 50 000 endroits. Le recodage de l'ARN pourrait aider le calmar à réagir avec plus de souplesse à son environnement, mais on ne sait pas encore si le recodage a une valeur évolutive. Certains ARNm possèdent plusieurs sites d'édition qui modifient les acides aminés des protéines codées par les ARNm. Dans le système nerveux de l'encornet rouge, par exemple, 27 % des ARNm ont trois sites de recodage ou plus. Certains contiennent 10 sites ou plus. La combinaison de ces sites d'édition pourrait entraîner la fabrication de plusieurs versions d'une protéine dans une cellule.)

Le fait de disposer d'un large choix de protéines pourrait donner aux céphalopodes "plus de souplesse pour réagir à l'environnement", explique M. Albertin, "ou leur permettre de trouver diverses solutions au problème qui se pose à eux". Dans le système nerveux, l'édition de l'ARN pourrait contribuer à la flexibilité de la pensée, ce qui pourrait expliquer pourquoi les pieuvres peuvent déverrouiller des cages ou utiliser des outils, pensent certains chercheurs. L'édition pourrait être un moyen facile de créer une ou plusieurs versions d'une protéine dans le système nerveux et des versions différentes dans le reste du corps, explique Albertin.

Lorsque l'homme et d'autres vertébrés ont des versions différentes d'une protéine, c'est souvent parce qu'ils possèdent plusieurs copies d'un gène. Doubler, tripler ou quadrupler les copies d'un gène "permet de créer tout un terrain de jeu génétique pour permettre aux gènes de s'activer et d'accomplir différentes fonctions", explique M. Albertin. Mais les céphalopodes ont tendance à ne pas dupliquer les gènes. Leurs innovations proviennent plutôt de l'édition.

Et il y a beaucoup de place pour l'innovation. Chez le calmar, les ARNm servant à construire la protéine alpha-spectrine comportent 242 sites de recodage. Toutes les combinaisons de sites modifiés et non modifiés pourraient théoriquement créer jusqu'à 7 x 1072 formes de la protéine, rapportent Rosenthal et Eisenberg dans le numéro de cette année de l'Annual Review of Animal Biosciences (Revue annuelle des biosciences animales). "Pour mettre ce chiffre en perspective, écrivent les chercheurs, il suffit de dire qu'il éclipse le nombre de toutes les molécules d'alpha-spectrine (ou, d'ailleurs, de toutes les molécules de protéines) synthétisées dans toutes les cellules de tous les calmars qui ont vécu sur notre planète depuis l'aube des temps.

Selon Kavita Rangan, biologiste moléculaire à l'université de Californie à San Diego, ce niveau de complexité incroyable ne serait possible que si chaque site était indépendant. Rangan a étudié le recodage de l'ARN chez le calmar californien (Doryteuthis opalescens) et le calmar à nageoires longues. La température de l'eau incite les calmars à recoder les protéines motrices appelées kinésines qui déplacent les cargaisons à l'intérieur des cellules.

Chez l'encornet rouge, l'ARNm qui produit la kinésine-1 comporte 14 sites de recodage, a découvert Mme Rangan. Elle a examiné les ARNm du lobe optique - la partie du cerveau qui traite les informations visuelles - et du ganglion stellaire, un ensemble de nerfs impliqués dans la génération des contractions musculaires qui produisent des jets d'eau pour propulser le calmar.

Chaque tissu produit plusieurs versions de la protéine. Rangan et Samara Reck-Peterson, également de l'UC San Diego, ont rapporté en septembre dernier dans un article publié en ligne sur bioRxiv.org que certains sites avaient tendance à être édités ensemble. Leurs données suggèrent que l'édition de certains sites est coordonnée et "rejette très fortement l'idée que l'édition est indépendante", explique Rangan. "La fréquence des combinaisons que nous observons ne correspond pas à l'idée que chaque site a été édité indépendamment.

L'association de sites d'édition pourrait empêcher les calmars et autres céphalopodes d'atteindre les sommets de complexité dont ils sont théoriquement capables. Néanmoins, l'édition de l'ARN offre aux céphalopodes un moyen d'essayer de nombreuses versions d'une protéine sans s'enfermer dans une modification permanente de l'ADN, explique M. Rangan.

Ce manque d'engagement laisse perplexe Jianzhi Zhang, généticien évolutionniste à l'université du Michigan à Ann Arbor. "Pour moi, cela n'a pas de sens", déclare-t-il. "Si vous voulez un acide aminé particulier dans une protéine, vous devez modifier l'ADN. Pourquoi changer l'ARN ?

L'édition de l'ARN a-t-elle une valeur évolutive ?

L'édition de l'ARN offre peut-être un avantage évolutif. Pour tester cette idée, Zhang et Daohan Jiang, alors étudiant de troisième cycle, ont comparé les sites "synonymes", où les modifications ne changent pas les acides aminés, aux sites "non synonymes", où le recodage se produit. Étant donné que les modifications synonymes ne modifient pas les acides aminés, les chercheurs ont considéré que ces modifications étaient neutres du point de vue de l'évolution. Chez l'homme, le recodage, ou édition non synonyme, se produit sur moins de sites que l'édition synonyme, et le pourcentage de molécules d'ARN qui sont éditées est plus faible que sur les sites synonymes.

"Si nous supposons que l'édition synonyme est comme un bruit qui se produit dans la cellule, et que l'édition non-synonyme est moins fréquente et [à un] niveau plus bas, cela suggère que l'édition non-synonyme est en fait nuisible", explique Zhang. Même si le recodage chez les céphalopodes est beaucoup plus fréquent que chez les humains, dans la plupart des cas, le recodage n'est pas avantageux, ou adaptatif, pour les céphalopodes, ont affirmé les chercheurs en 2019 dans Nature Communications.

Il existe quelques sites communs où les pieuvres, les calmars et les seiches recodent tous leurs ARN, ont constaté les chercheurs, ce qui suggère que le recodage est utile dans ces cas. Mais il s'agit d'une petite fraction des sites d'édition. Zhang et Jiang ont constaté que quelques autres sites édités chez une espèce de céphalopode, mais pas chez les autres, étaient également adaptatifs.

Si ce n'est pas si utile que cela, pourquoi les céphalopodes ont-ils continué à recoder l'ARN pendant des centaines de millions d'années ? L'édition de l'ARN pourrait persister non pas parce qu'elle est adaptative, mais parce qu'elle crée une dépendance, selon Zhang.

Zhang et Jiang ont proposé un modèle permettant de nuire (c'est-à-dire une situation qui permet des modifications nocives de l'ADN). Imaginez, dit-il, une situation dans laquelle un G (guanine) dans l'ADN d'un organisme est muté en A (adénine). Si cette mutation entraîne un changement d'acide aminé nocif dans une protéine, la sélection naturelle devrait éliminer les individus porteurs de cette mutation. Mais si, par chance, l'organisme dispose d'un système d'édition de l'ARN, l'erreur dans l'ADN peut être corrigée par l'édition de l'ARN, ce qui revient à transformer le A en G. Si la protéine est essentielle à la vie, l'ARN doit être édité à des niveaux élevés de sorte que presque chaque copie soit corrigée.

 Lorsque cela se produit, "on est bloqué dans le système", explique M. Zhang. L'organisme est désormais dépendant de la machinerie d'édition de l'ARN. "On ne peut pas la perdre, car il faut que le A soit réédité en G pour survivre, et l'édition est donc maintenue à des niveaux élevés.... Au début, on n'en avait pas vraiment besoin, mais une fois qu'on l'a eue, on en est devenu dépendant".

Zhang soutient que ce type d'édition est neutre et non adaptatif. Mais d'autres recherches suggèrent que l'édition de l'ARN peut être adaptative.

L'édition de l'ARN peut fonctionner comme une phase de transition, permettant aux organismes de tester le passage de l'adénine à la guanine sans apporter de changement permanent à leur ADN. Au cours de l'évolution, les sites où les adénines sont recodées dans l'ARN d'une espèce de céphalopode sont plus susceptibles que les adénines non éditées d'être remplacées par des guanines dans l'ADN d'une ou de plusieurs espèces apparentées, ont rapporté les chercheurs en 2020 dans PeerJ. Et pour les sites fortement modifiés, l'évolution chez les céphalopodes semble favoriser une transition de A à G dans l'ADN (plutôt qu'à la cytosine ou à la thymine, les deux autres éléments constitutifs de l'ADN). Cela favorise l'idée que l'édition peut être adaptative.

D'autres travaux récents de Rosenthal et de ses collègues, qui ont examiné les remplacements de A en G chez différentes espèces, suggèrent que le fait d'avoir un A modifiable est un avantage évolutif par rapport à un A non modifiable ou à un G câblé.

(Tableau :  Quelle est la fréquence de l'enregistrement de l'ARN ?

Les céphalopodes à corps mou, notamment les pieuvres, les calmars et les seiches, recodent l'ARN dans leur système nerveux sur des dizaines de milliers de sites, contre un millier ou moins chez l'homme, la souris, la mouche des fruits et d'autres espèces animales. Bien que les scientifiques aient documenté le nombre de sites d'édition, ils auront besoin de nouveaux outils pour tester directement l'influence du recodage sur la biologie des céphalopodes.

Schéma avec comparaison des nombre de sites de recodage de l'ARN chez les animaux

J.J.C. ROSENTHAL ET E. EISENBERG/ANNUAL REVIEW OF ANIMAL BIOSCIENCES 2023 )

Beaucoup de questions en suspens

Les preuves pour ou contre la valeur évolutive du recodage de l'ARN proviennent principalement de l'examen de la composition génétique totale, ou génomes, de diverses espèces de céphalopodes. Mais les scientifiques aimeraient vérifier directement si les ARN recodés ont un effet sur la biologie des céphalopodes. Pour ce faire, il faudra utiliser de nouveaux outils et faire preuve de créativité.

Rangan a testé des versions synthétiques de protéines motrices de calmars et a constaté que deux versions modifiées que les calmars fabriquent dans le froid se déplaçaient plus lentement mais plus loin le long de pistes protéiques appelées microtubules que les protéines non modifiées. Mais il s'agit là de conditions artificielles de laboratoire, sur des lames de microscope. Pour comprendre ce qui se passe dans les cellules, Mme Rangan aimerait pouvoir cultiver des cellules de calmar dans des boîtes de laboratoire. Pour l'instant, elle doit prélever des tissus directement sur le calmar et ne peut obtenir que des instantanés de ce qui se passe. Les cellules cultivées en laboratoire pourraient lui permettre de suivre ce qui se passe au fil du temps.

M. Zhang explique qu'il teste son hypothèse de l'innocuité en amenant la levure à s'intéresser à l'édition de l'ARN. La levure de boulanger (Saccharomyces cerevisiae) ne possède pas d'enzymes ADAR. Mais Zhang a modifié une souche de cette levure pour qu'elle soit porteuse d'une version humaine de l'enzyme. Les enzymes ADAR rendent la levure malade et la font croître lentement, explique-t-il. Pour accélérer l'expérience, la souche qu'il utilise a un taux de mutation supérieur à la normale et peut accumuler des mutations G-A. Mais si l'édition de l'ARN peut corriger ces mutations, il est possible d'obtenir des résultats positifs. Mais si l'édition de l'ARN peut corriger ces mutations, la levure porteuse d'ADAR pourrait se développer mieux que celles qui n'ont pas l'enzyme. Et après de nombreuses générations, la levure pourrait devenir dépendante de l'édition, prédit Zhang.

Albertin, Rosenthal et leurs collègues ont mis au point des moyens de modifier les gènes des calmars à l'aide de l'éditeur de gènes CRISPR/Cas9. L'équipe a créé un calmar albinos en utilisant CRISPR/Cas9 pour supprimer, ou désactiver, un gène qui produit des pigments. Les chercheurs pourraient être en mesure de modifier les sites d'édition dans l'ADN ou dans l'ARN et de tester leur fonction, explique Albertin.

Cette science n'en est qu'à ses débuts et l'histoire peut mener à des résultats inattendus. Néanmoins, grâce à l'habileté des céphalopodes en matière d'édition, la lecture de cet article ne manquera pas d'être intéressante.

 

Auteur: Internet

Info: https://www.sciencenews.org/article/octopus-squid-rna-editing-dna-cephalopods, Tina Hesman Saey, 19 may 2023

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