vingtième siècle

Les citoyens des sociétés complexes modernes ne réalisent généralement pas que nous sommes une anomalie dans l'histoire. Tout au long des millions d'années où des humains identifiables en tant que tels sont reconnus avoir vécus, l'unité politique courante étant la petit communauté autonome, agissant indépendamment et étant en grande partie autosuffisante.

Auteur: Tainter Joseph A.

Info: L'Effondrement des Sociétés Complexes

[ surpopulation ] [ mondialisation ]

citation s'appliquant à ce logiciel

A mesure que FLP se développe, structurant et organisant comme il peut les mots/idées et les tiercités sémantiques humaines, on s'aperçoit que certains auteurs  (secondéités véritables) pourront être appréciés comme des tiercités ; c'est à dire des sources quasi définies, voire "signifiées". Un peu à l'image de ce que Houellebecq dit de Muray.

Ainsi, à bien les connaitre, certaines personnalités-acteurs-auteurs s'auto-définissent comme "générateurs identifiables" de par leurs styles et leurs idées. Aloysius Lafferty, Céline, Ervin Laszlo, Joubert, Michaux, Joyce, Lacan, etc.. viennent ici à l'esprit.

Auteur: Mg

Info: 29 octobre 2020

[ representamen ] [ écrivains ]

paysage

Les vallons débonnaires du Plateau suisse, par comparaison avec l’énergie volontaire des Alpes voisines, semblent incarner la procrastination. [...] Les champs suisses sont identifiables entre mille. Ils sont plus verts (car mieux irrigués), plus géométriques, plus prévisibles aussi que n’importe quel champ, n’importe où dans le monde. Les sillons tracés par les râteaux de la mécanisation sont si fignolés qu’ils ressemblent à la dernière touche du pâtissier virtuose sur l’enduit d’une tarte. Au-dessus d’eux se déploie un ciel oblomovien, traînant, qui aimerait bien s’ouvrir mais peut-être pas aujourd’hui (demain ça ira tout aussi bien), qui serait tout fier d’atteindre un bleu intense et pur de lazuli, mais qui se contente des nuances jean délavé d’une atmosphère striée d’avions et de vapeurs lacustres.

Auteur: Despot Slobodan

Info: "Champs", Olivier Morattel Editeur, 2021

[ description ] [ Helvétie ] [ campagne ]

matière

Les particules ne sont pas des objets identifiables. (...) Elles pourraient être considérées comme des événements de nature explosive (...) On ne peut pas arriver – ni dans le cas de la lumière ni dans celui des rayons cathodiques - à comprendre ces phénomènes au moyen du concept de corpuscule isolé, individuel doué d’une existence permanente. (...) La meilleure connaissance possible d’un ensemble n’inclut pas nécessairement la meilleure connaissance possible de chacune de ses parties. (...) Selon la vieille conception leur individualité (des particules et des atomes) était basée sur l’identité des matériaux dont elles sont faites. (...) Dans la nouvelle conception, ce qui est permanent dans ces particules élémentaire sous ces petits agrégats, c’est leur forme ou leur organisation.

Auteur: Schrödinger Erwin

Info: Physique quantique et représentation du monde

[ particules élémentaires ] [ agglomérats ]

parc humain

Sept millions de personnes ne pouvaient plus circuler librement, vivaient comme des animaux tatoués, comme des packs de lait à puce passive, géolocalisés jusque dans leur cuisine, se faisaient dicter là où était leur place et à quel moment c'était leur place, se faisaient interdire l'entrée d'un cinéma parce qu'ils étaient censés être identifiables, parce que leur compte était à découvert, parce que... […]

Mais, mais, mais...j'entendais les bouches normées : si le système ne nous fait aucun mal, si sa raison d'être ne consiste qu'à gérer les déplacements et à les gérer pour le bien de tous, alors pourquoi blesser au nom de sa douceur ? Question spécieuse. Face à une aliénation des menues doses douces et continues, il n'était de rupture que brutale.

Ou sinon, se résigner, mettre un casque virtuel sur la tête, s'éclater loin du monde, dire : "c'est comme ça, je n'y peux rien, je juge que tout est bien, amen...

Auteur: Damasio Alain

Info: La zone du dehors, 2007

[ dressage ] [ bonnes intentions hypocrites ] [ technologies lénifiantes ] [ infantilisation ] [ domestication ]

dialectique

Bienheureuse incertitude du discours, c’est cela qui en fait toute la richesse. Je ne sais pas exactement ce que l’autre entend de ce que je dis. Ce qu’il interprète, ce qu’il retiendra. Je sais que le courant passe, que mon discours pénètre en lui, que j’ai le sentiment d’une relation positive, ou d’un rejet, que je puis interpréter, ce qui fera rebondir la relation dans un ensemble somptueux d’harmoniques. Il ne comprend pas. Je le vois. Alors je reprends mon discours. Je tisse à nouveau une toile avec un autre dessin. J’invente ce qui me semble-t-il pourra l’atteindre, être perçu de lui. L’incertitude du sens, l’ambiguïté de la parole font la création. […] Le discours exige un recommencement de cette relation toujours incertaine et je dois la nier à nouveau, par l’interpellation, l’explication, l’échange de paroles. Discours ambigu, jamais clair. Issu d’un ensemble inconscient d’expériences, de désirs, de maîtrise, de connaissances, et tombant dans un autre ensemble qui produira un autre sens. Grâce à ces constants malentendus, il y a rebondissement de la vie. Il faut sans cesse recommencer, et la relation devient un paysage complexe et riche, aux défilés inattendus et aux pics inaccessibles. Surtout ne rendons pas le langage mathématique, ne traduisons pas en formules identifiables la somptueuse complexité des relations humaines. Incertitude du sens, mais pour cela je dois toujours à nouveau affiner le discours que je tiens, je dois travailler à l’interprétation renouvelée du discours que j’entends. Je tente d’entendre ce que me dit l’autre. Toute parole est plus ou moins énigme à déchiffrer, un texte à interpréter, à interprétations multiples. Et dans mon effort de compréhension, d’herméneutique, j’institue des significations, et finalement un sens.

Auteur: Ellul Jacques

Info: Dans "La parole humiliée", éditions de la Table Ronde, Paris, 2014, pages 32-33

[ éclaircissement ] [ parler ] [ préciser ]

paradigme

Ainsi, j’ai considéré l’ensemble de la textualité canonique, c’est-à-dire la variété des sources qui témoignent de la reprise de l’Idée impériale romaine par la papauté, non plus seulement sur le mode de l’hégémonie politique [...] mais de façon beaucoup plus radicale encore en réformant l’Église elle-même par une appropriation du Corpus juridique romain. Au mépris de la Romanité ininterrompue incarnée à l’est par l’empereur de Constantinople, ce vaste mouvement, assuré de sa légitimité par une tradition de commentaires de théologie politique, assortis de manipulations de textes [...] a été rendu possible par la Réforme grégorienne précisément, à l’occasion de l’affrontement entre le Saint-Siège et le Saint-Empire romain (germanique) sur le terrain féodal. C’est au XIIe siècle qu’en apparaissent les effets institutionnels massifs, soutenus par la renaissance intellectuelle d’une ampleur inédite, transmise par la mémoire savante sous l’étiquette de Scolastique : la Science des écoles.

[...] nous assistons à la formation d’un Mouvement romano-canonique complexe, qui pour la civilisation européenne a valeur d’une Bible seconde. Autrement dit, le Moyen Age a échafaudé, distincte des textes de l’Ancien et du Nouveau Testament, l’autre Bible de l’Occident, laquelle nous tient encore, sous l’emprise de causes parfaitement identifiables. [...]

Je tire les conséquences d’une Révolution dont les implications mises au jour par l’exploration érudite ont affecté de façon décisive, sur le mode d’une causalité généalogique, la structuration de la Modernité européenne.

[...] Les contenus du Monument romano-canonique ne sont plus d’actualité, du moins telle que nous l’entendons, car nombre de concepts issus des interprétations médiévales ont continué de cheminer sous des appellations renouvelées dans les systèmes normatifs nationaux élaborés par les Temps modernes. Mais la logique constitutive, elle, est demeurée intacte, et c’est elle qui nous autorise aujourd’hui à parler de Modèle institutionnel occidental, aussi bouleversés qu’ont été les contenus au fil des siècles. Les Occidentaux, eux aussi, véhiculent une tradition, pour l’essentiel refoulée. Mes travaux nomment ce phénomène de refoulement notre lien à l’Immémorial.

Auteur: Legendre Pierre

Info: Dans "Leçons X, Dogma : Instituer l'animal humain", Librairie Arthème Fayard, 2017, pages 65-66

[ christianisme ] [ historique ] [ inconscient ]

homme-machine

Pourquoi l’IA commence à devenir un serpent qui se mord la queue ?

Il est fascinant de constater combien l’avancée technologique influence le paysage numérique. L’IA se tient à la proue de cette révolution contemporaine. Mais, à mesure que l’IA progresse, elle semble devenir le reflet de l’ouroboros, ce serpent antique qui se mord la queue.

Le monde virtuel subit une transformation. Partout sur Internet, le contenu généré par l’IA gagne du terrain. Cette évolution peut sembler une menace pour les futurs modèles d’IA. Pourquoi ? Parce que des modèles comme ChatGPT se basent sur des informations glanées en ligne pour se former. Si cette source est polluée par du contenu " synthétique ", cela peut entraîner ce que l’on appelle un " effondrement du modèle ".

Le danger est tel que le filtrage de ces données synthétiques est devenu un champ de recherche crucial. Les experts s’y penchent, car l’ampleur du contenu de l’IA ne cesse de grandir.

L’IA, la queue qu’elle poursuit sans cesse

L’ouroboros, serpent ancien se dévorant lui-même, devient le symbole par excellence de l’IA actuelle. L’émergence massive du contenu éditorial produit par l’IA alarme de nombreux spécialistes. Mais le problème central, c’est la potentialité des erreurs qui s’insèrent dans ces contenus.

En se nourrissant de l’Internet, l’IA, telle un serpent mordant sa propre queue, risque d’intégrer des erreurs, créant une spirale infinie d’imperfections. Une récente étude met en exergue ce phénomène : après plusieurs cycles de formation sur du contenu synthétique, les résultats devenaient incompréhensibles.

Par ailleurs, une autre recherche montre que les images générées par l’IA, lorsqu’elles sont uniquement basées sur des données d’IA, finissent par être floues et non identifiables. Ces erreurs, bien qu’apparemment bénignes, pourraient amplifier des biais discriminatoires, rendant la tâche encore plus ardue.

Pour contrer cela, nous devons miser sur des données non corrompues par du contenu synthétique. Comme l’évoque Alex Dimakis de l’Institut national de l’IA, la qualité intrinsèque des modèles est tributaire de la qualité des données. Même une modeste quantité de données de haute qualité pourrait surpasser un vaste ensemble synthétique.

Ainsi, les ingénieurs restent sur le front, veillant à ce que l’IA ne s’entraîne pas sur des données qu’elle a elle-même produites. Car, malgré les prouesses de l’IA, la touche humaine demeure irremplaçable. 

 

Auteur: Internet

Info: https://www.lebigdata.fr, Nirina R., 24 octobre 2023

[ intelligence artificielle ] [ générative ] [ cercle vicieux ] [ sophisme ] [ logique hors-sol ] [ tri nécessaire ] [ épuration ] [ savoirs ]

pandémies

À partir du moment où nous disposons d'archives écrites, les preuves de l'occurence d'épidémies mortelles se multiplient et l'on peut en déduire de façon prudente leur existence à des périodes antérieures. L'épopée de Gilgamesh en est peut-être le témoignage le plus parlant, avec le passage où son héros affirme que sa renommée survivra à la mort tout en décrivant le spectacle d'un flot de cadavres descendant l'Euphrate, probablement victimes d'une maladie infectieuse. Il semble bien que les Mésopotamiens aient constamment vécu sous la menace d'épidémies létales. C'est ce dont témoignent les amulettes, les prières, les poupées prophylactiques et l'existence de déesses et de temples aux vertus " curatives " — le plus célèbre étant celui de Nippur — destinés à protéger les humains contre ces maladies collectives. Ces phénomènes étaient, bien entendu, assez mal compris à l'époque, et souvent attribués à la colère meurtrière d'un dieu, ou bien perçus comme la punition d'une transgression qui exigeait un rituel compensatoire, tel le sacrifice de boucs émissaires.
Les premières sources écrites montrent toutefois que les peuples de la Mésopotamie antique comprenaient le principe de la contagion. Chaque fois que c'était possible, ils prenaient des mesures afin de mettre en quarantaine les premiers cas identifiables en les confinant à leurs domiciles sans laisser entrer ni sortir personne. Ils comprenaient que les voyageurs de longue distance, les commerçants et les soldats pouvaient être porteurs de maladies. Leurs pratiques d'isolement et de prévention préfigurent les mesures de quarantaine des lazarets des ports de la Renaissance. Et cette compréhension de la contagion se manifestait non seulement par l'évitement des personnes infectées, mais aussi par celui de leur vaisselle, de leurs vêtements ou de leur literie. Les soldats de retour d'une campagne militaire et soupçonnés d'être porteurs d'infection étaient contraints de brûler leurs vêtements et leurs boucliers avant de pénétrer dans la ville. Lorsque l'isolement et la quarantaine échouaient, ceux qui le pouvaient fuyaient la cité, laissant derrière eux les morts et les agonisants, et ne revenant chez eux, s'ils revenaient, que bien longtemps après la fin de l'épidémie. Ce faisant, il est probable qu'ils aient fréquemment transporté avec eux la maladie dans les régions voisines, engendrant ainsi un nouveau cycle de quarantaines et de fuites. De mon point de vue, il y a peu de doute qu'une bonne partie des abandons précoces et non chroniqués de régions fortement peuplées aient eu des causes épidémiologiques plutôt que politiques.

Auteur: Scott James C.

Info: Homo Domesticus, Chapitre 3. Zoonoses : la tempête épidémiologique parfaite.

[ historique ] [ propagation ]

bio-évolution

La "tectonique" des chromosomes révèle les secrets de l'évolution des premiers animaux

De grands blocs de gènes conservés au cours de centaines de millions d'années d'évolution permettent de comprendre comment les premiers chromosomes animaux sont apparus.

De nouvelles recherches ont montré que des blocs de gènes liés peuvent conserver leur intégrité et être suivis au cours de l'évolution. Cette découverte est à la base de ce que l'on appelle la tectonique des génomes (photo).

Les chromosomes, ces faisceaux d'ADN qui se mettent en scène dans le ballet mitotique de la division cellulaire, jouent un rôle de premier plan dans la vie complexe. Mais la question de savoir comment les chromosomes sont apparus et ont évolué a longtemps été d'une difficulté décourageante. C'est dû en partie au manque d'informations génomiques au niveau des chromosomes et en partie au fait que l'on soupçonne que des siècles de changements évolutifs ont fait disparaître tout indice sur cette histoire ancienne.

Dans un article paru dans Science Advances, une équipe internationale de chercheurs dirigée par Daniel Rokhsar, professeur de sciences biologiques à l'université de Californie à Berkeley, a suivi les changements survenus dans les chromosomes il y a 800 millions d'années.  Ils ont identifié 29 grands blocs de gènes qui sont restés identifiables lors de leur passage dans trois des plus anciennes subdivisions de la vie animale multicellulaire. En utilisant ces blocs comme marqueurs, les scientifiques ont pu déterminer comment les chromosomes se sont fusionnés et recombinés au fur et à mesure que ces premiers groupes d'animaux devenaient distincts.

Les chercheurs appellent cette approche "tectonique du génome". De la même manière que les géologues utilisent leur compréhension de la tectonique des plaques pour comprendre l'apparition et le mouvement des continents, ces biologistes reconstituent comment diverses duplications, fusions et translocations génomiques ont créé les chromosomes que nous voyons aujourd'hui.

Ces travaux annoncent une nouvelle ère de la génomique comparative : Auparavant, les chercheurs étudiaient des collections de gènes de différentes lignées et décrivaient les changements une paire de bases à la fois. Aujourd'hui, grâce à la multiplication des assemblages de chromosomes, les chercheurs peuvent retracer l'évolution de chromosomes entiers jusqu'à leur origine. Ils peuvent ensuite utiliser ces informations pour faire des prédictions statistiques et tester rigoureusement des hypothèses sur la façon dont les groupes d'organismes sont liés.

Il y a deux ans, à l'aide de méthodes novatrices similaires, M. Rokhsar et ses collègues ont résolu un mystère de longue date concernant la chronologie des duplications du génome qui ont accompagné l'apparition des vertébrés à mâchoires. Mais l'importance de cette approche n'est pas purement rétrospective. En faisant ces découvertes, les chercheurs apprennent les règles algébriques simples qui régissent ce qui se passe lorsque les chromosomes échangent des parties d'eux-mêmes. Ces informations peuvent orienter les futures études génomiques et aider les biologistes à prédire ce qu'ils trouveront dans les génomes des espèces qui n'ont pas encore été séquencées.

"Nous commençons à avoir une vision plus large de l'évolution des chromosomes dans l'arbre de la vie", a déclaré Paulyn Cartwright, professeur d'écologie et de biologie évolutive à l'université du Kansas. Selon elle, les scientifiques peuvent désormais tirer des conclusions sur le contenu des chromosomes des tout premiers animaux. Ils peuvent également examiner comment les différents contenus des chromosomes ont changé ou sont restés les mêmes - et pourquoi - à mesure que les animaux se sont diversifiés. "Nous ne pouvions vraiment pas faire cela avant de disposer de ces génomes de haute qualité". 

Ce que partagent les anciens génomes

Dans l'étude publiée aujourd'hui, Rokhsar et une grande équipe internationale de collaborateurs ont produit le premier assemblage de haute qualité, au niveau des chromosomes, du génome de l'hydre, qu'ils décrivent comme un modèle de "vénérable cnidaire". En le comparant à d'autres génomes animaux disponibles, ils ont découvert des groupes de gènes liés hautement conservés. Bien que l'ordre des gènes au sein d'un bloc soit souvent modifié, les blocs eux-mêmes sont restés stables sur de longues périodes d'évolution.

Lorsque les scientifiques ont commencé à séquencer les génomes animaux il y a une vingtaine d'années, beaucoup d'entre eux n'étaient pas convaincus que des groupes de gènes liés entre eux sur les chromosomes pouvaient rester stables et reconnaissables au cours des éons, et encore moins qu'il serait possible de suivre le passage de ces blocs de gènes à travers pratiquement toutes les lignées animales.

Les animaux ont divergé de leurs parents unicellulaires il y a 600 ou 700 millions d'années, et "être capable de reconnaître les morceaux de chromosomes qui sont encore conservés après cette période de temps est étonnant", a déclaré Jordi Paps, un biologiste de l'évolution à l'Université de Bristol au Royaume-Uni.

"Avant de disposer de ces données sur les chromosomes entiers, nous examinions de petits fragments de chromosomes et nous observions de nombreux réarrangements", a déclaré M. Cartwright. "Nous supposions donc qu'il n'y avait pas de conservation, car les gènes eux-mêmes dans une région du chromosome changent de position assez fréquemment."

Pourtant, bien que l'ordre des gènes soit fréquemment remanié le long des chromosomes, Rokhsar a eu l'intuition, grâce à ses études antérieures sur les génomes animaux, qu'il y avait une relative stabilité dans les gènes apparaissant ensemble. "Si vous comparez une anémone de mer ou une éponge à un être humain, le fait que les gènes se trouvent sur le même morceau d'ADN semble être conservé", explique Rokhsar. "Et le modèle suggérait que des chromosomes entiers étaient également conservés". Mais cette notion n'a pu être testée que récemment, lorsque suffisamment d'informations génomiques à l'échelle du chromosome sur divers groupes d'animaux sont devenues disponibles.

Inertie génomique

Mais pourquoi des blocs de gènes restent-ils liés entre eux ? Selon Harris Lewin, professeur d'évolution et d'écologie à l'université de Californie à Davis, qui étudie l'évolution des génomes de mammifères, une des explications de ce phénomène, appelé synténie, est liée à la fonction des gènes. Il peut être plus efficace pour les gènes qui fonctionnent ensemble d'être physiquement situés ensemble ; ainsi, lorsqu'une cellule a besoin de transcrire des gènes, elle n'a pas à coordonner la transcription à partir de plusieurs endroits sur différents chromosomes. 

Ceci explique probablement la conservation de certains ensembles de gènes dont l'agencement est crucial : les gènes Hox qui établissent les plans corporels des animaux, par exemple, doivent être placés dans un ordre spécifique pour établir correctement le schéma corporel. Mais ces gènes étroitement liés se trouvent dans un morceau d'ADN relativement court. M. Rokhsar dit qu'il ne connaît aucune corrélation fonctionnelle s'étendant sur un chromosome entier qui pourrait expliquer leurs résultats.

(Ici une image décrit les différents types de fusion de chromosomes et l'effet de chacun sur l'ordre des gènes qu'ils contiennent.)

C'est pourquoi Rokhsar est sceptique quant à une explication fonctionnelle. Elle est séduisante ("Ce serait le résultat le plus cool, d'une certaine manière", dit-il) mais peut-être aussi inutile car, à moins qu'un réarrangement chromosomique ne présente un avantage fonctionnel important, il est intrinsèquement difficile pour ce réarrangement de se propager. Et les réarrangements ne sont généralement pas avantageux : Au cours de la méiose et de la formation des gamètes, tous les chromosomes doivent s'apparier avec un partenaire correspondant. Sans partenaire, un chromosome de taille inhabituelle ne pourra pas faire partie d'un gamète viable, et il a donc peu de chances de se retrouver dans la génération suivante. De petites mutations qui remanient l'ordre des gènes à l'intérieur des chromosomes peuvent encore se produire ("Il y a probablement une petite marge d'erreur en termes de réarrangements mineurs, de sorte qu'ils peuvent encore se reconnaître", a déclaré Cartwright). Mais les chromosomes brisés ou fusionnés ont tendance à être des impasses.

Peut-être que dans des groupes comme les mammifères, qui ont des populations de petite taille, un réarrangement pourrait se propager de façon aléatoire par ce qu'on appelle la dérive génétique, suggère Rokhsar. Mais dans les grandes populations qui se mélangent librement, comme celles des invertébrés marins qui pondent des centaines ou des milliers d'œufs, "il est vraiment difficile pour l'un des nouveaux réarrangements de s'imposer", a-t-il déclaré. "Ce n'est pas qu'ils ne sont pas tentés. C'est juste qu'ils ne parviennent jamais à s'imposer dans l'évolution."

Par conséquent, les gènes ont tendance à rester bloqués sur un seul chromosome. "Les processus par lesquels ils se déplacent sont tout simplement lents, sur une échelle de 500 millions d'années", déclare Rokhsar. "Même s'il s'est écoulé énormément de temps, ce n'est toujours pas assez long pour qu'ils puissent se développer".

( une image avec affichage de données montre comment des blocs de gènes ont eu tendance à rester ensemble même lorsqu'ils se déplaçaient vers différents chromosomes dans l'évolution de cinq premières espèces animales.)

L'équipe de Rokhsar a toutefois constaté que lorsque ces rares fusions de chromosomes se produisaient, elles laissaient une signature claire : Après une fusion, les gènes des deux blocs s'entremêlent et sont réorganisés car des "mutations d'inversion" s'y sont accumulées au fil du temps. En conséquence, les gènes des deux blocs se sont mélangés comme du lait versé dans une tasse de thé, pour ne plus jamais être séparés. "Il y a un mouvement entropique vers le mélange qui ne peut être annulé", affirme Rokhsar.

Et parce que les processus de fusion, de mélange et de duplication de blocs génétiques sont si rares, irréversibles et spécifiques, ils sont traçables : Il est très improbable qu'un chromosome se fracture deux fois au même endroit, puis fusionne et se mélange avec un autre bloc génétique de la même manière.

Les signatures de ces événements dans les chromosomes représentent donc un nouvel ensemble de caractéristiques dérivées que les biologistes peuvent utiliser pour tester des hypothèses sur la façon dont les espèces sont liées. Si deux lignées partagent un mélange de deux blocs de gènes, le mélange s'est très probablement produit chez leur ancêtre commun. Si des lignées ont deux ensembles de mêmes blocs de gènes, une duplication du génome a probablement eu lieu chez leur ancêtre commun. Cela fait des syntéries un "outil très, très puissant", a déclaré Oleg Simakov, génomiste à l'université de Vienne et premier auteur des articles. 

Empreintes digitales d'événements évolutifs

"L'un des aspects que je préfère dans notre étude est que nous faisons des prédictions sur ce à quoi il faut s'attendre au sein des génomes qui n'ont pas encore été séquencés", a écrit Rokhsar dans un courriel adressé à Quanta. Par exemple, son équipe a découvert que divers invertébrés classés comme spiraliens partagent tous quatre schémas spécifiques de fusion avec mélange, ce qui implique que les événements de fusion se sont produits chez leur ancêtre commun. "Il s'ensuit que tous les spiraliens devraient présenter ces schémas de fusion avec mélange de modèles", écrit Rokhsar. "Si l'on trouve ne serait-ce qu'un seul spiralien dépourvu de ces motifs, alors l'hypothèse peut être rejetée !".

Et d'ajouter : "On n'a pas souvent l'occasion de faire ce genre de grandes déclarations sur l'histoire de l'évolution."

Dans leur nouvel article Science Advances, Simakov, Rokhsar et leurs collègues ont utilisé l'approche tectonique pour en savoir plus sur l'émergence de certains des premiers groupes d'animaux il y a environ 800 millions d'années. En examinant le large éventail de vie animale représenté par les éponges, les cnidaires (tels que les hydres, les méduses et les coraux) et les bilatériens (animaux à symétrie bilatérale), les chercheurs ont trouvé 27 blocs de gènes hautement conservés parmi leurs chromosomes.

Ensuite, en utilisant les règles de fusion chromosomique et génétique qu'ils avaient identifiées, les chercheurs ont reconstitué les événements de mélange au niveau des chromosomes qui ont accompagné l'évolution de ces trois lignées à partir d'un ancêtre commun. Ils ont montré que les chromosomes des éponges, des cnidaires et des bilatériens représentent tous des manières distinctes de combiner des éléments du génome ancestral.

(Pour expliquer les 2 paragraphes précédents une image avec 3 schémas montre la fusion des chromosomes au début de l'évolution pou arriver au 27 blocs de gènes)

Une découverte stimulante qui a été faite est que certains des blocs de gènes liés semblent également présents dans les génomes de certaines créatures unicellulaires comme les choanoflagellés, les plus proches parents des animaux multicellulaires. Chez les animaux multicellulaires, l'un de ces blocs contient un ensemble diversifié de gènes homéobox qui guident le développement de la structure générale de leur corps. Cela suggère que l'un des tout premiers événements de l'émergence des animaux multicellulaires a été l'expansion et la diversification de ces gènes importants. "Ces anciennes unités de liaison fournissent un cadre pour comprendre l'évolution des gènes et des génomes chez les animaux", notent les scientifiques dans leur article.

Leur approche permet de distinguer de subtiles et importantes différences au niveau des événements chromosomiques. Par exemple, dans leur article de 2020, les chercheurs ont déduit que le génome des vertébrés avait subi une duplication au cours de la période cambrienne, avant que l'évolution ne sépare les poissons sans mâchoire des poissons avec mâchoire. Ils ont ensuite trouvé des preuves que deux poissons à mâchoires se sont hybridés plus tard et ont subi une deuxième duplication de leur génome ; cet hybride est devenu l'ancêtre de tous les poissons osseux.

John Postlethwait, génomicien à l'université de l'Oregon, souligne l'importance de la méthode d'analyse de l'équipe. "Ils ont adopté une approche statistique, et ne se sont pas contentés de dire : "Eh bien, il me semble que telle et telle chose s'est produite", a-t-il déclaré. "C'est une partie vraiment importante de leur méthodologie, non seulement parce qu'ils avaient accès à des génomes de meilleure qualité, mais aussi parce qu'ils ont adopté cette approche quantitative et qu'ils ont réellement testé ces hypothèses."

Ces études ne marquent que le début de ce que la tectonique des génomes et  ce que les syntagmes génétiques peuvent nous apprendre. Dans des prépublications récentes partagées sur biorxiv.org, l'équipe de Rokhsar a reconstitué l'évolution des chromosomes de grenouilles, et une équipe européenne s'est penchée sur l'évolution des chromosomes des poissons téléostéens. Une étude parue dans Current Biology a révélé une "inversion massive du génome" à l'origine de la coexistence de formes divergentes chez la caille commune, ce qui laisse entrevoir certaines des conséquences fonctionnelles du réarrangement des chromosomes.

L'hypothèse selon laquelle le mélange de ces groupes de liaisons génétiques pourrait être lié à la diversification des lignées et à l'innovation évolutive au cours des 500 derniers millions d'années est alléchante. Les réarrangements chromosomiques peuvent conduire à des incompatibilités d'accouplement qui pourraient provoquer la scission en deux d'une lignée. Il est également possible qu'un gène atterrissant dans un nouveau voisinage ait conduit à des innovations dans la régulation des gènes. "Peut-être que ce fut l'une des forces motrices de la diversification des animaux", a déclaré Simakov.

"C'est la grande question", a déclaré Lewin. "Il s'agit de véritables bouleversements tectoniques dans le génome, et il est peu probable qu'ils soient sans conséquence".

Auteur: Internet

Info: https://www.quantamagazine.org/secrets-of-early-animal-evolution-revealed-by-chromosome-tectonics-20220202.Viviane Callier 2 février 2022

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