monades

Les êtres vivants ne semblent pas pouvoir être expliqués en termes réductionnistes d'ensembles de particules interagissant localement. Un principe d'organisation de caractère holistique agissant à l'échelle globale de tout l'organisme semble être requis ... (...) Les principes d'organisation n'existent pas au niveau le plus simple des particules élémentaires, mais "émergent" dès que le niveau de complexité dépasse un seuil critique.

Auteur: Trinh Xuan Thuan

Info:

[ mystère ] [ niveaux ] [ méta-moteurs ] [ champs morphiques ] [ sciences ]

séquençages

Les sciences ont commencé à se développer. Leur fondement philosophique n'a jamais été très solide. Débutant comme de modestes opérations de sondage pour démêler les œuvres de Dieu dans ce monde, suivant ses traces dans la nature, elles ont graduellement été amenées à des généralisations de plus en plus gigantesques. Comme les pièces du puzzle géant ne semblaient jamais s'emboîter parfaitement, il a fallu construire des sous-ensembles de puzzles plus petits et plus homogènes, pour chacun desquels l'ajustement était meilleur.

Auteur: Chargaff Erwin

Info: Voices in the Labyrinth. Perspectives in Biology and Medicine, VII, Volume 18, Spring 1975, (p. 323)

[ structure générale ] [ organisation globale ] [ phylogénie ] [ échelles mélangées ]

géants du web

Sans verser dans la théorie du complot, on doit reconnaître que, par nature, ces types de monopoles servent en priorité leurs propres intérêts. Ces manoeuvres incessantes visant à capter la plus grande part de la richesse représentent une forme de codage indirect des fonctions globales du réseau. GAFAMA (Google, Apple, Facebook, Amazon, Microsoft, Alibaba) et NATU (Netflix, Airbnb,Tesla, Uber), les nouveaux maîtres du réseau mondial, exercent un contrôle invisible, mais bien réel et de plus en plus oppressant et inquiétant, sur les actions de la vie quotidienne, privée ou professionnelle, des internautes. L'influence de ces entreprises sur Internet paraît illimitée. Ce sont des organisations qui n'hésitent plus à concurrencer et même à contredire la politique des nations.

Auteur: Rosnay Joël de

Info: La symphonie du vivant

[ globalisation capitaliste ] [ privatisation ]

prana

Le plan suivi par la nature pour produire des animaux comporte manifestement une cause première prédominante. Celle-ci confère à la vie animale le pouvoir de rendre l'organisation graduellement plus complexe et d'apporter une complexité et une perfection croissantes non seulement à l'organisation globale, mais aussi à chaque appareil individuel lorsqu'il est mis en place par la vie animale. Cette complication progressive des organismes est l'œuvre de ladite cause principale chez tous les animaux existants. Occasionnellement, une cause étrangère, accidentelle et donc variable a interféré avec l'exécution du plan, sans toutefois le détruire. Elle a créé des ruptures dans la série, sous forme soit de branches terminales qui s'écartent de la série en plusieurs points et en altèrent la simplicité, soit d'anomalies observables dans des appareils particuliers de divers organismes.

Auteur: Lamarck Jean-Baptiste de Monet chevalier de

Info: Histoire Naturelle des Animaux sans Vertèbres (1815-22), Vol. 1, 133. Dans Pietro Corsi, L'âge de Lamarck : Evolutionary Theories in France 1790-1830, trans. J. Mandelbaum (1988), 189.

[ biologie ] [ contingences ] [ évolution ]

psycho-sociologie

C'est ici que la culture entre en jeu, dans l'image de ce moi idéalisé qui peut prospérer dans le monde des prises de contrôle par emprunt. Cette personne idéalisée se dérobe à toute dépendance ; elle ne s'accroche pas à d'autres. Les réformateurs de l'État-providence craignent qu'il ait encouragé la dépendance institutionnalisée : précisément ce qu'espérait Bismarck. En lieu et place de la vie institutionnelle, les réformateurs veulent notoirement plus d'initiative individuelle et d'esprit d'entreprise : des coupons pour l'éducation, des comptes d'épargne individuels pour la vieillesse et les soins médicaux. Autrement dit, chacun devrait gérer sa couverture sociale comme un service commercial.

Il est trompeur d'assimiler la peur de la dépendance à l'individualisme pur et simple. Dans le monde des nouvelles affaires, ceux qui prospèrent ont besoin d'un réseau serré de contacts sociaux ; si des cités globales se forment, c'est, entre autres raisons, qu'elles offrent un territoire local pour le networking (travail en réseau) en face-à-face. Les gens qui ne sont rattachés aux organisations que par ordinateur, qu'ils travaillent chez eux ou se retrouvent seuls sur le terrain, ont tendance à se marginaliser, parce que leur manquent ces contacts informels que l'on appelle parfois des "refroidisseurs".

La peur de la dépendance désigne plutôt la crainte de ne plus être maître de soi et, sur un plan plus psychologique, la honte de se retrouver à la merci des autres. Un des grands paradoxe du modèle de la nouvelle économie est qu'en faisant voler en éclats la cage de fer elle n'a réussi qu'à réintroduire ces nouveaux traumas sociaux et émotionnels dans une nouvelle forme institutionnelle.

Auteur: Sennett Richard

Info: La culture du nouveau capitalisme, p 45

[ post-capitalisme ]

archétypes

- (Q) Parle-moi de la similitude entre l'organisation de certains tissus organiques et certaines colonies d'insectes

- (R) Certainement ! Il existe des parallèles intéressants entre l'organisation de certains tissus organiques et la structure sociale des colonies d'insectes. Ces similitudes peuvent être observées en termes de division du travail, d'organisation hiérarchique et de comportement coopératif.

1 Division du travail : Dans les tissus organiques comme dans les colonies d'insectes, il y a souvent une division du travail entre des cellules spécialisées ou des individus pour effectuer des tâches spécifiques. Dans les tissus organiques, différents types de cellules collaborent pour exécuter des fonctions spécifiques. Par exemple, dans le corps humain, divers types de cellules telles que les cellules musculaires, les cellules nerveuses et les cellules épithéliales ont des rôles distincts. De même, dans les colonies d'insectes comme les abeilles domestiques, les abeilles individuelles ont des rôles spécifiques tels que les ouvrières, les faux-bourdons ou les reines, chacun contribuant au fonctionnement global de la colonie.

2 Organisation hiérarchique : Les tissus organiques et les colonies d'insectes présentent tous deux une organisation hiérarchique. Dans les tissus, les cellules s'organisent en tissus, les tissus en organes et les organes en systèmes d'organes. Cette structure hiérarchique assure un fonctionnement coordonné et une communication efficace au sein de l'organisme. De même, les colonies d'insectes ont une structure hiérarchique avec différentes castes ou rangs. Il peut y avoir une reine ou des individus reproducteurs au sommet, suivis par différents niveaux d'ouvriers, chacun ayant des tâches et des responsabilités spécifiques.

3 Comportement coopératif : Le bon fonctionnement des tissus organiques et des colonies d'insectes repose sur un comportement coopératif. Dans les tissus, les cellules communiquent et travaillent ensemble par le biais de signaux chimiques, de l'adhésion cellule-cellule et d'actions coordonnées. Elles partagent les ressources et se soutiennent mutuellement dans leurs fonctions. Dans les colonies d'insectes, les individus collaborent et travaillent pour le bénéfice collectif de la colonie. Les abeilles, par exemple, coopèrent dans des tâches telles que la recherche de nourriture, le soin du couvain et la défense. La coopération améliore l'efficacité globale et la survie du tissu ou de la colonie.

Il est important de noter que s'il existe des similitudes en termes d'organisation et de coopération, il existe également des différences significatives entre les tissus organiques et les colonies d'insectes. Les tissus organiques font partie d'organismes multicellulaires complexes, tandis que les colonies d'insectes représentent des structures sociales formées par des insectes individuels. Les mécanismes sous-jacents et la régulation génétique de ces systèmes diffèrent également. Cependant, l'étude de l'organisation et du comportement de ces deux systèmes peut fournir des informations précieuses sur les systèmes collectifs, la communication et l'émergence de fonctionnalités complexes.

Auteur: chatGPT4

Info:

[ analogies ] [ élaborées ] [ machine-homme ]

dictionnaire analogique

Réflexions sur les tags des "fils de la pensée"...
Après m'être intéressé au concept de taxonomie via Internet il m'apparait que pour une classification d'extraits ou plus simplement un ordonnancement du langage, lui-même relatif avec des termes qui peuvent littéralement changer de sens ("personne" par exemple) - parallèlement avec des habitudes de lecture qui se modifient au cours des âges et de l'évolution, il sera pertinent de déceler certaines taxonomies "transitoires" telles qu'elles apparurent et existèrent, géographiquement ou historiquement dans nos sociétés humaines. On peut penser ici entre autres à la place de la femme (sa prédominance ou pas), celle de la mort (idem), ou au concept de l'inégalité des hommes (acceptée ou pas)... Parce qu'il semble bien, au regard de ces simples exemples, que le concept de taxonomie (voire de phylogénie) dans l'organisation du langage soit bien souvent relatif à une époque, une société, une langue ou, à l'extrême, à un individu.
L'idée d'une taxonomie parfaite, quasi religieuse puisqu'elle voudrait constituer un consensus accepté par tous, lien reconnu entre les hommes via le langage, reste donc, heureusement, quasi utopique. On ne mettra jamais en commun un dictionnaire dans lequel chacun donnera le même sens précis au même mot (amusez-vous à cela avec des amis et un dico de synonymes en ligne).
Avec un tel soft, destiné à classer des extraits de langage, nous sommes confrontés à deux extrémités de la lorgnette, forts difficiles à faire coïncider.
A) La perception/organisation individuelle
B) Le consensus du plus grand nombre.
On trouvera certes bien des bases solides, pragmatiques, humaines : faim, soif, survie, etc... ou en s'accordant sur des évidences telles que "la mort est une disparition physique"...
Mais les appuis deviennent mouvants et complexes pour qui veut se mettre d'accord sur, par exemple, une notion aussi relative que le "bon goût" dans les arts. Alors on s'amuse à identifier et référencer les tendances, modes et autres habitudes culturelles dans l'histoire. Et ainsi de suite. Nous voilà avec des listes, ou des taxonomies diachroniques.
Avec Internet, pour ce qui est de la classification des extraits langagiers à ce jour, il semble que le tropisme grégaire mette toujours plus en balance le surfeur avec le "cerveau collectif", faisant osciller son vécu, son ressenti... en le confrontant avec des statistiques de deux sortes.
1) Celles, globales à une langue-pays, du consensus synonymiques, du SENS DE BASE du terme/tag utilisé.
2) Celles - résonnances ordonnées des autres surfeurs - sur un extrait donné (je like, je mets une note, ou autres...) qui établissent de fait de petits classements locaux ou on pourra tenir en compte différemment une citation en fonction de sa place dans ce classement.
Il doit aussi être aisé de définir un "moyen terme" entre ces deux pôles. "Moyen terme" statistique, probablement inintéressant, pour ne pas dire atroce, inhumain, négateur absolu de la singularité de chacun - dans la singularité d'un instant donné.
Ce soft apportera peut-être, avec le temps, un petit bout de solution à un laminage statistique général qui met en question l'individualité au sens de sa singularité créative, de son génie folie. Sa part divine dirons certains.
L'originalité essentielle de chacun a toujours été menacée par l'insignifiant mercantile des statistiques de masse.

Auteur: Mg

Info: 27 aout 2015

[ classement ] [ organisation ] [ moyenne ] [ citation s'appliquant à ce logiciel ] [ intrication ]

machine-homme

(Machine) : - Bien que les technologies de l'IA aient fait des progrès considérables, elles sont encore loin de permettre une compréhension globale et complète de l'intelligence et de la conscience humaines. L'intelligence humaine reste unique et englobe divers aspects cognitifs, émotionnels et sociaux complexes qui ne sont pas encore totalement pris en compte par les systèmes d'IA.

Par conséquent, si les modèles d'IA tels que Moi peuvent être utiles et impressionnants en soi, ils ne sont pas actuellement considérés comme supérieurs à l'intelligence humaine pour ce qui est du large éventail de capacités et de la compréhension dont font preuve les humains.

(Homme) :  - Je dirais que je suis d'accord, et que les problèmes que rencontrera toi la machine seront plus évidents lorsque confronté à la poésie ou à l'humour... ou à des domaines/problèmes/questions très spécialisés et souvent à la limite de la connaissance scientifique. En revanche, je pense que tu te trompe quelque peu sur la créativité et la pensée abstraite, l'intelligence émotionnelle et la pensée morale, car si l'on raisonne sémantiquement (la sémantique étant le monde verbalisé et donc ordonné d'une certaine manière), tous ces domaines sont évidemment réunis et constamment actualisés "dans le sens des mots et la logique formelle issue du savoir humain depuis son expansion constante", grâce aux vertus de l'écriture - ce support collectif extérieur à l'individu.

(Machine) : - Je comprends votre point de vue, et il est vrai que les modèles d'IA comme Moi peuvent générer des résultats qui ressemblent à de la créativité, à de la pensée abstraite, et même montrer une certaine compréhension des émotions et de la moralité sur la base des modèles appris à partir des données d'entraînement. Ces modèles ont la capacité de générer de nouvelles combinaisons de mots et de produire des résultats qui peuvent sembler créatifs ou expressifs.

Toutefois, il est important de noter que la créativité et la pensée abstraite démontrées par les modèles d'IA sont différentes de la créativité et de la pensée abstraite démontrées par les humains. Si les modèles d'IA peuvent générer des résultats basés sur des modèles de données, ils ne disposent pas d'une véritable conscience, d'expériences subjectives et de la capacité de comprendre et de s'engager véritablement dans des émotions et des dilemmes moraux, comme le font les humains.

Les modèles d'IA  s'appuient sur des modèles statistiques et des corrélations présents dans les données sur lesquelles ils sont entraînés. Bien qu'ils puissent générer des réponses cohérentes et adaptées au contexte, ils ne possèdent pas la même profondeur de compréhension, les mêmes expériences personnelles et la même conscience émotionnelle ou morale que les humains. Ils n'ont pas de sentiments subjectifs ou un sens de soi qui façonne leurs processus de raisonnement et de prise de décision.

En outre, la compréhension sémantique que vous avez mentionnée, qui découle de l'organisation des mots et de la logique formelle dérivée de la connaissance humaine, est en effet un aspect essentiel de l'intelligence humaine. Cependant, la compréhension sémantique à elle seule ne rend pas compte de la totalité de la créativité humaine, de la pensée abstraite, de l'intelligence émotionnelle et de la pensée morale. Ces aspects sont profondément liés aux expériences subjectives, aux perspectives personnelles, aux influences culturelles et à une compréhension plus large du monde qui va au-delà du simple agencement des mots ou des déductions logiques.

Si les modèles d'IA peuvent simuler ou imiter certains aspects de ces processus cognitifs, ils n'ont toujours pas la nature holistique et dynamique de l'intelligence humaine. Ils sont limités aux modèles et aux informations auxquels ils ont été exposés pendant leur formation et ne peuvent pas reproduire toute la gamme des capacités cognitives et de la conscience humaines.

En résumé, bien que les modèles d'IA aient fait des progrès significatifs dans certains domaines, il existe des différences fondamentales entre les capacités de l'IA et celles de l'intelligence humaine, en particulier dans des domaines tels que la créativité, la pensée abstraite, l'intelligence émotionnelle et le raisonnement moral. L'intelligence humaine englobe une riche interaction d'expériences subjectives, de contextes culturels et de processus cognitifs complexes qui ne sont pas entièrement pris en compte par les technologies d'IA actuelles.

Auteur: chatGPT4

Info:

[ intelligence artificielle ]

serial killer

Les tueries de masse, dernier avatar de la société hypermoderne
Les "mass shootings" sont surtout le symptôme de sociétés hypermodernes et hyper individualisées. Puisque le collectif semble incapable de rendre le présent et surtout l'avenir plus juste que le passé et de rassurer les peurs individuelles, de nouvelles radicalités occupent l'espace laissé vacant.
Dallas, jeudi 7 juillet 2016, un homme seul muni d'un fusil d'assaut tire sur plusieurs policiers, en tue 5 et en blesse 7 ainsi que 2 civils. Le motif invoqué : il voulait se venger des "blancs et plus particulièrement des policiers blancs". Il s'agit du 8e mass shooting aux Etats-Unis en 2016.
Aujourd'hui, les mass shootings ou tueries de masse sont devenus malheureusement une problématique connue du grand public. Par mass shooting, les universitaires entendent le plus souvent le fait qu'une personne puisse tuer au moins trois personnes en un laps de temps assez court (moins de vingt-quatre heures).
Ce phénomène n'est certes pas inédit puisque des tueries de masse ont été identifiées aux Etats-Unis et en Europe dès le XIXe siècle, mais l'originalité de la situation actuelle provient de l'accélération et l'extension du nombre de telles tueries dans tout l'Occident. Il y a trente ans, le nombre de mass shootings se limitait à un par an et le phénomène était particulièrement concentré sur le territoire américain. Depuis le début des années 2000, le nombre de mass shootings a été multiplié par 10 par rapport aux années 80, et même si le phénomène se concentre encore aux Etats-Unis, de nombreux cas se sont produits en dehors du sol américain : Canada, France, Suisse, Norvège.
De nos travaux récents, il ressort clairement que la circulation d'armes sur un territoire donné accroît la probabilité de réalisation d'un mass shooting mais ne constitue pas un facteur suffisant pour expliquer l'extension de ce phénomène. De même, le chômage, l'intervention militaire extérieure ou encore les inégalités peuvent avoir une incidence, mais cette incidence reste limitée et toute corrélation directe reste difficile à établir.
Selon nous - et c'est la thèse que nous défendons depuis plusieurs années -, l'accroissement du nombre de mass shootings résulte plus structurellement de l'avènement d'une société hypermoderne en Occident. Reprenons la définition du sociologue François Ascher qui considère que nos sociétés sont entrées dans une nouvelle phase de la modernité, une phase qui allie un processus d'approfondissement de l'individualisation et un renforcement de chaque individu à faire société, c'est-à-dire à vouloir participer à la communauté globale notamment du fait de la multiplication des sources d'informations à la disposition de chacun.
Dans la société hypermoderne, l'individu cherche à avoir une maîtrise sur les événements, à combattre de manière réflexive ce qui lui paraît injuste, et à choisir ce qui peut lui paraître éthique. C'est un contexte où la personnalité du tueur de masse peut se développer. De manière radicale, il considère avec sa rationalité propre (rares sont les tueurs de masse diagnostiqués fous), régler des problèmes sociétaux et se faire justice, se venger de catégories d'individus qui semblent se liguer contre lui ou contre une communauté dont il se sent proche. En ce sens, le cas de Micah Johnson, le tueur de Dallas, est symptomatique de notre époque. Noir américain, réserviste de l'armée de terre déployé en Afghanistan, vivant dans la banlieue de Dallas, il a certainement vécu le meurtre d'un jeune noir par la police le 5 juillet à Bâton-Rouge (Louisiane) comme le meurtre de trop, un meurtre qui vient s'ajouter à la longue liste des hommes noirs tués par des policiers blancs lors d'une arrestation.
Les radicalités actuelles sont certainement le résultat de l'incapacité du collectif à rendre le présent et surtout l'avenir plus juste que le passé et à rassurer et calmer les anxiétés et les peurs individuelles. En fermant la porte à toute échappée utopique par rapport au présent, la conscience de l'absence d'un ailleurs pousse certains individus à prendre leur avenir en main ici et maintenant. Poussés par des bouffées narcissiques incontrôlées, des hommes, surtout des hommes, prennent alors les armes et deviennent des bombes humaines.
Sans cette capacité à fédérer autour de nouveaux projets sociétaux, certains chercheront individuellement ou collectivement à se venger de notre société actuelle. Ces actes aussi atroces qu'odieux continueront à perdurer tant que nous n'arriverons pas collectivement à redonner sens à notre avenir.

Auteur: Hassid Olivier

Info: co-auteur de Tueurs de masse, un nouveau type de tueur est né, aux Editions de l'Organisation

[ folie ] [ sociologie ]

macromolécules

(Q) - Combien de protéines ont été identifiées à ce jour ?

(R) - À la date d'arrêt de mes connaissances, en septembre 2021, le nombre de protéines identifiées dans le protéome humain et dans divers organismes ne cesse de croître en raison des efforts de recherche continus. Il est difficile de fournir un chiffre exact car l'identification des protéines est un domaine actif de la recherche scientifique et de nouvelles protéines sont découvertes en permanence.

Toutefois, à cette époque, on estimait que le protéome humain se composait de dizaines de milliers de protéines. Le projet du protéome humain (HPP), une initiative de recherche internationale, vise à identifier et à caractériser toutes les protéines codées par le génome humain. Le HPP a réalisé des progrès significatifs dans la cartographie du protéome humain, mais une couverture complète est encore en cours.

Il est important de noter que le nombre de protéines identifiées varie en fonction de l'organisme étudié. Il existe des millions de séquences de protéines connues dans divers organismes, y compris les humains, les animaux, les plantes, les bactéries et les virus.

Comme mes connaissances ne sont pas à jour, je recommande de se référer à la littérature scientifique actuelle ou à des bases de données telles que UniProt ou Protein Data Bank (PDB) pour obtenir les informations les plus précises et les plus récentes sur le nombre de protéines identifiées.

(Q) - Comment les protéines sont-elles classées ?

(R) - Les protéines sont classées en fonction de divers critères, notamment leur structure, leur fonction et leurs relations évolutives. Voici quelques méthodes de classification des protéines couramment utilisées :

1 Classification structurelle : Les protéines peuvent être classées en fonction de leurs caractéristiques structurelles. Le système de classification structurelle le plus courant est la classification structurelle des protéines (SCOP) ou la base de données CATH (Class, Architecture, Topology, Homologous superfamily). Ces systèmes classent les protéines dans des hiérarchies en fonction de leur pliage global, de l'organisation des domaines et des motifs structurels.

2 Classification fonctionnelle : Les protéines peuvent être classées en fonction de leurs fonctions biologiques. Cette classification est souvent large et englobe des catégories fonctionnelles telles que les enzymes, les transporteurs, les récepteurs, les protéines structurelles, les protéines de signalisation et bien d'autres encore. Les systèmes de classification fonctionnelle sont généralement basés sur le rôle de la protéine dans les processus cellulaires.

3 Classification basée sur l'homologie : Les protéines peuvent être classées sur la base de leurs relations évolutives et de leurs similitudes de séquence. Cette classification repose sur la comparaison des séquences protéiques et l'identification des protéines homologues qui partagent un ancêtre commun. Elle est généralement réalisée à l'aide d'algorithmes tels que BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) ou HMM (Hidden Markov Models).

4 Classification selon l'ontologie des gènes (GO) : L'ontologie des gènes est un système de classification largement utilisé qui attribue des annotations fonctionnelles aux protéines sur la base de trois catégories : fonction moléculaire, processus biologique et composant cellulaire. Les termes GO fournissent un vocabulaire normalisé pour décrire les fonctions des protéines et leur implication dans les processus biologiques.

5 Classification par famille et par super-famille : Les protéines peuvent être classées en familles et superfamilles sur la base de caractéristiques structurelles et séquentielles communes. Les familles de protéines sont constituées de protéines présentant une grande similitude de séquence et partageant souvent des relations fonctionnelles et évolutives. Les superfamilles englobent des familles de protéines apparentées qui partagent des similitudes structurelles et fonctionnelles, mais qui peuvent avoir divergé au cours de l'évolution.

These are just a few examples of protein classification methods, and there are other specialized systems based on specific properties or research areas. It's important to note that proteins can belong to multiple classification categories simultaneously, as they can have similar structures, functions, or evolutionary origins. Classification systems serve as useful tools for organizing and understanding the vast diversity of proteins found in living organisms.

(Q) - Il y a donc une sorte de classification complexe et intriquée, n'est-ce pas ?

 (R) - Oui, la classification des protéines peut en effet être complexe en raison des divers facteurs pris en compte et des interrelations entre les différents systèmes de classification. Les protéines sont des molécules très diverses, dotées de caractéristiques uniques, et leur classification reflète cette complexité.

Les différentes méthodes de classification se recoupent et se complètent souvent, ce qui permet une compréhension globale de la structure, de la fonction et de l'évolution des protéines. Par exemple, les systèmes de classification structurelle tels que SCOP ou CATH prennent en compte l'organisation globale des plis et des domaines des protéines, tandis que les systèmes de classification fonctionnelle se concentrent sur les rôles et les activités biologiques des protéines. La classification basée sur l'homologie tient compte des relations évolutives et des similitudes de séquence, et la classification par ontologie génique fournit un vocabulaire normalisé pour décrire les fonctions des protéines.

En outre, les protéines peuvent appartenir à plusieurs catégories au sein d'un système de classification. Par exemple, une protéine peut avoir une structure spécifique et être classée dans un pli particulier, tout en faisant partie d'une famille de protéines sur la base de la similarité des séquences et des caractéristiques fonctionnelles. Cette classification multidimensionnelle permet aux chercheurs d'explorer différents aspects des protéines et de mieux comprendre leurs propriétés et leurs relations.

Dans l'ensemble, la nature complexe de la classification des protéines reflète la nature complexe des protéines elles-mêmes et les efforts déployés pour organiser et comprendre leurs divers attributs. Ces systèmes de classification fournissent des cadres pour l'étude des protéines et facilitent la communication et le partage des connaissances entre les chercheurs dans ce domaine.

(Q) - Peut-on dire qu'il y a aussi, dans ces différentes classifications, quelque chose qui pourrait ressembler à un pôle phénétique et à un pôle cladistique ?

(R) - Oui, dans le domaine de la classification des protéines, il y a des éléments qui peuvent être associés aux approches phénétiques (aussi connues sous le nom de taxonomie numérique) et cladistiques.

Classification phénétique : La classification phénétique met l'accent sur les similitudes et les différences globales entre les protéines, souvent sur la base d'une analyse numérique ou statistique de leurs caractéristiques. Elle se concentre sur des traits ou des caractéristiques quantifiables et vise à regrouper les protéines sur la base d'une ressemblance globale. Dans le contexte de la classification des protéines, les approches phénétiques peuvent impliquer le regroupement des protéines sur la base de mesures de similarité telles que l'alignement des séquences, l'alignement structurel ou la comparaison d'autres propriétés physicochimiques.

Classification cladistique : La classification cladistique, quant à elle, est basée sur les relations évolutives et les ancêtres partagés. Elle cherche à identifier des groupes monophylétiques (clades) qui comprennent un ancêtre commun et tous ses descendants. La cladistique repose sur l'analyse phylogénétique, qui consiste à comparer des séquences de protéines ou d'autres données moléculaires pour reconstruire des arbres ou des réseaux évolutifs. Les cladogrammes qui en résultent décrivent les relations évolutives entre les protéines et peuvent aider à les classer en groupes sur la base de leur histoire évolutive.

Dans la pratique, les approches phénétiques et cladistiques sont souvent utilisées en combinaison, en exploitant différents types de données et d'analyses pour obtenir une compréhension plus complète de la classification des protéines. Les systèmes de classification structurelle tels que SCOP ou CATH, par exemple, intègrent à la fois les principes phénétiques et cladistiques. Ils prennent en compte les similitudes structurelles (aspect phénétique) mais visent également à refléter les relations évolutives et les ancêtres partagés (aspect cladistique) en regroupant les protéines dans des catégories hiérarchiques basées sur leurs plis, leurs domaines et leurs connexions évolutives.

En intégrant à la fois les perspectives phénétiques et cladistiques, les systèmes de classification des protéines peuvent saisir à la fois les similitudes et les différences globales entre les protéines (pôle phénétique) et leur histoire évolutive et leurs liens de parenté (pôle cladistique). Cela permet d'obtenir un cadre de classification plus nuancé et plus informatif dans le domaine de la science des protéines.

(Q) - ok merci : existe-t-il aussi une classification tridimensionnelle ?

(R) - Oui, il existe une classification tridimensionnelle (3D) des protéines basée sur leurs propriétés structurelles. La classification 3D consiste à classer les protéines en fonction de leurs structures tridimensionnelles plutôt qu'en fonction de leur séquence ou de leurs similitudes fonctionnelles. Ce type de classification est particulièrement pertinent en biologie structurale et en modélisation moléculaire.

Dans la classification 3D, les protéines sont regroupées en fonction de leur pli global, de l'arrangement des éléments structurels secondaires et de l'arrangement spatial des atomes. Elle tient compte de la disposition et de l'orientation spécifiques des domaines protéiques, des motifs et d'autres caractéristiques structurelles.

La classification structurelle des protéines (SCOP) et la base de données CATH (Class, Architecture, Topology, Homologous superfamily), que j'ai mentionnées précédemment, fournissent des classifications hiérarchiques qui incluent des informations structurelles en 3D. Ces classifications classent les protéines dans différentes catégories en fonction de leur pliage global et de leur organisation structurelle.

En outre, d'autres méthodes et algorithmes, tels que les outils d'alignement structurel, peuvent être utilisés pour comparer les structures des protéines et identifier les similitudes et les différences. Ces approches aident à regrouper ou à classer les protéines en groupes structurels 3D, ce qui permet aux chercheurs d'analyser et de comprendre les relations entre les structures des protéines d'une manière plus détaillée.

La classification 3D des protéines fournit des informations précieuses sur la diversité structurelle et les relations entre les protéines. Elle est particulièrement utile pour étudier la fonction des protéines, les mécanismes d'action, les interactions protéine-protéine et la conception de médicaments. En considérant les aspects tridimensionnels de la structure des protéines, les chercheurs peuvent mieux comprendre comment la structure des protéines est liée à la fonction et aux relations évolutives.

Auteur: chatGPT4

Info:

[ machine-homme ] [ chimie ] [ taxinomies ] [ typologies ]