taxinomies

La physique présente une belle unité, non seulement au niveau des forces fondamentales, mais aussi en ce qui concerne son amplitude et ses implications. Des classifications comme "optique" ou "thermodynamique" ne sont que des camisoles de force, empêchant les physiciens de voir d'innombrables intersections.

Auteur: Chiang Ted

Info: "Arrival (Stories of Your Life MTI)", 2016 p.52, Vintage

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FLP par soi-même

Nous-Je, humains bipèdes de la 3e planète, sommes issus d'une tribu qui a développé des signes puis des langages - améliorés ensuite via diverses fixations sur supports - débuts d'une mémorisation externe, avec ensuite des processus de traductions - au final un corpus extra-communautaire qui se prolonge dans le temps. Corpus qui n'est qu'un simple codage consensuel des représentations de notre réel humain, une réalité consensuelle anthropocentrique.

Vient la machine FLP.

En plus des règles incontournables d'insertions, d'une nécessaire compréhension du sens, alliée aux désambiguations sémantiques et étymologiques que permet le web, la méthodologie de FLP s'appuie sur quelques idées-fondations. Et un apriori audacieux. 

Les deux premières idées émanent de notre principal mentor, CS Peirce :

a) Un mot est quasi-esprit 

b) La triade priméité, secondéité, tiercité est incontournable. Elle permettra une approche pragmatique en cas de rencontre xénolinguistique (sous-entendu un langage alien, éventuellement auto-décrit et fixé sur support externe lui aussi.)

c) Notre apriori aventuré : la dualité du fonctionnement humain (principe du tiers exclus et autres développements boléens) atteint ses limites et conséquemment le fonctionnement tétravalent de l'atome du carbone (majeure ossature du développement de la vie telle que nous la connaissons) mérite une certaine attention quant aux possibilités logiques (sur base 4), et la souplesse des combinaisons qu'il propose. Une simple mise en parallèle des développements biologiques et leurs inouïes complexités taxonomiques entrelacées - par comparaison avec le langage et les idées humaines mélangées - nous donne idée de la pauvreté et de la simplicité de nos mots, idiomes et concepts... au regard, par exemple, des développements de l'arbre du vivant. Sans parler des incessantes avancées de l'épigénétique quantique - et autre trouvailles biophysiques, qui tendent à montrer que la frontière matériel-immatériel n'est pas "marquée", duale... formatés que nous sommes par des habitudes de catégorisations/classifications.

d) Les points précédents n'empêchent pas - et conduisent peut-être - vers une remise en question du rationalisme triomphant au regard de toutes les impuissances que ce dernier montre face à beaucoup de phénomènes classés dans les rubriques paranormales, parapsychique, voire pour dingo-lunatiques. Citons en vrac les placeb et nocebo, les prémonitions, Ufos, voyages astraux, l'inconscient, la télépahie, migration des âmes...  et autres phénomènes insaisissables que la science en pantoufle, bien installée dans des constructions longuement développées, a bien évidemment de la peine à aborder sereinement, c'est à dire sans se remettre profondément en question. 

e) Considérant que d'une certaine manière "tout est dans tout" et que l'unique approche communautaire humaine pour tenter de "mieux comprendre" son monde et qui nous sommes, se situe dans le langage. Considérant aussi que les divers idiomes des hommes - ici ramenés au français - apparaissent comme les meilleurs outils pour formuler et coder nos représentations de singes dépoilés (à l'instar des maths ou de la musique qui ne peuvent parler du langage) FLP, par les vertus de la technologie, se propose de sortir des taxinomies habituelles pour, à partir du mot simple et, dans un premiers temps, des combinaisons à deux ou trois items (mais on peut ici aller beaucoup plus loin),  proposer ce que nous nommons un "dictionnaire analogique intriqué".

Viennent alors les lectures exploratoires réflexives, personnelles, subjectives, dans ce nouveau biotope. Et puis une éventuelle participation, via l'insertion d'extraits, les discussions et propositions/modifications de tags-étiquettes... 

Enfin, avec un peu de pratique, s'offrent les possibilités de liaisons et de création de chaines pour les participants curieux, sujets quêteurs, joueurs... Qui, avec ces deux actions, pourront explorer certaines marottes personnelles, et commenceront non seulement à développer leurs propres Fils de pensées mais aussi, en précisant leur idée-intuition de départ, la contextualiseront mieux dans le corpus des mots et du langage en général. 

FLP est une forêt, avec une topologie multidimensionnelle. Beaucoup de ses sentiers s'y avéreront ardus, souvent trop longs, propices aux égarements, mais permettront parfois d'atteindre parfois certaine hauteurs bien agréables... Sans parler des chances de s'y retrouver coincé, arrêté par un cul-de-sac.

Auteur: Mg

Info: 4 août 2022

[ auto-arborescence ]

macromolécules

(Q) - Combien de protéines ont été identifiées à ce jour ?

(R) - À la date d'arrêt de mes connaissances, en septembre 2021, le nombre de protéines identifiées dans le protéome humain et dans divers organismes ne cesse de croître en raison des efforts de recherche continus. Il est difficile de fournir un chiffre exact car l'identification des protéines est un domaine actif de la recherche scientifique et de nouvelles protéines sont découvertes en permanence.

Toutefois, à cette époque, on estimait que le protéome humain se composait de dizaines de milliers de protéines. Le projet du protéome humain (HPP), une initiative de recherche internationale, vise à identifier et à caractériser toutes les protéines codées par le génome humain. Le HPP a réalisé des progrès significatifs dans la cartographie du protéome humain, mais une couverture complète est encore en cours.

Il est important de noter que le nombre de protéines identifiées varie en fonction de l'organisme étudié. Il existe des millions de séquences de protéines connues dans divers organismes, y compris les humains, les animaux, les plantes, les bactéries et les virus.

Comme mes connaissances ne sont pas à jour, je recommande de se référer à la littérature scientifique actuelle ou à des bases de données telles que UniProt ou Protein Data Bank (PDB) pour obtenir les informations les plus précises et les plus récentes sur le nombre de protéines identifiées.

(Q) - Comment les protéines sont-elles classées ?

(R) - Les protéines sont classées en fonction de divers critères, notamment leur structure, leur fonction et leurs relations évolutives. Voici quelques méthodes de classification des protéines couramment utilisées :

1 Classification structurelle : Les protéines peuvent être classées en fonction de leurs caractéristiques structurelles. Le système de classification structurelle le plus courant est la classification structurelle des protéines (SCOP) ou la base de données CATH (Class, Architecture, Topology, Homologous superfamily). Ces systèmes classent les protéines dans des hiérarchies en fonction de leur pliage global, de l'organisation des domaines et des motifs structurels.

2 Classification fonctionnelle : Les protéines peuvent être classées en fonction de leurs fonctions biologiques. Cette classification est souvent large et englobe des catégories fonctionnelles telles que les enzymes, les transporteurs, les récepteurs, les protéines structurelles, les protéines de signalisation et bien d'autres encore. Les systèmes de classification fonctionnelle sont généralement basés sur le rôle de la protéine dans les processus cellulaires.

3 Classification basée sur l'homologie : Les protéines peuvent être classées sur la base de leurs relations évolutives et de leurs similitudes de séquence. Cette classification repose sur la comparaison des séquences protéiques et l'identification des protéines homologues qui partagent un ancêtre commun. Elle est généralement réalisée à l'aide d'algorithmes tels que BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) ou HMM (Hidden Markov Models).

4 Classification selon l'ontologie des gènes (GO) : L'ontologie des gènes est un système de classification largement utilisé qui attribue des annotations fonctionnelles aux protéines sur la base de trois catégories : fonction moléculaire, processus biologique et composant cellulaire. Les termes GO fournissent un vocabulaire normalisé pour décrire les fonctions des protéines et leur implication dans les processus biologiques.

5 Classification par famille et par super-famille : Les protéines peuvent être classées en familles et superfamilles sur la base de caractéristiques structurelles et séquentielles communes. Les familles de protéines sont constituées de protéines présentant une grande similitude de séquence et partageant souvent des relations fonctionnelles et évolutives. Les superfamilles englobent des familles de protéines apparentées qui partagent des similitudes structurelles et fonctionnelles, mais qui peuvent avoir divergé au cours de l'évolution.

These are just a few examples of protein classification methods, and there are other specialized systems based on specific properties or research areas. It's important to note that proteins can belong to multiple classification categories simultaneously, as they can have similar structures, functions, or evolutionary origins. Classification systems serve as useful tools for organizing and understanding the vast diversity of proteins found in living organisms.

(Q) - Il y a donc une sorte de classification complexe et intriquée, n'est-ce pas ?

 (R) - Oui, la classification des protéines peut en effet être complexe en raison des divers facteurs pris en compte et des interrelations entre les différents systèmes de classification. Les protéines sont des molécules très diverses, dotées de caractéristiques uniques, et leur classification reflète cette complexité.

Les différentes méthodes de classification se recoupent et se complètent souvent, ce qui permet une compréhension globale de la structure, de la fonction et de l'évolution des protéines. Par exemple, les systèmes de classification structurelle tels que SCOP ou CATH prennent en compte l'organisation globale des plis et des domaines des protéines, tandis que les systèmes de classification fonctionnelle se concentrent sur les rôles et les activités biologiques des protéines. La classification basée sur l'homologie tient compte des relations évolutives et des similitudes de séquence, et la classification par ontologie génique fournit un vocabulaire normalisé pour décrire les fonctions des protéines.

En outre, les protéines peuvent appartenir à plusieurs catégories au sein d'un système de classification. Par exemple, une protéine peut avoir une structure spécifique et être classée dans un pli particulier, tout en faisant partie d'une famille de protéines sur la base de la similarité des séquences et des caractéristiques fonctionnelles. Cette classification multidimensionnelle permet aux chercheurs d'explorer différents aspects des protéines et de mieux comprendre leurs propriétés et leurs relations.

Dans l'ensemble, la nature complexe de la classification des protéines reflète la nature complexe des protéines elles-mêmes et les efforts déployés pour organiser et comprendre leurs divers attributs. Ces systèmes de classification fournissent des cadres pour l'étude des protéines et facilitent la communication et le partage des connaissances entre les chercheurs dans ce domaine.

(Q) - Peut-on dire qu'il y a aussi, dans ces différentes classifications, quelque chose qui pourrait ressembler à un pôle phénétique et à un pôle cladistique ?

(R) - Oui, dans le domaine de la classification des protéines, il y a des éléments qui peuvent être associés aux approches phénétiques (aussi connues sous le nom de taxonomie numérique) et cladistiques.

Classification phénétique : La classification phénétique met l'accent sur les similitudes et les différences globales entre les protéines, souvent sur la base d'une analyse numérique ou statistique de leurs caractéristiques. Elle se concentre sur des traits ou des caractéristiques quantifiables et vise à regrouper les protéines sur la base d'une ressemblance globale. Dans le contexte de la classification des protéines, les approches phénétiques peuvent impliquer le regroupement des protéines sur la base de mesures de similarité telles que l'alignement des séquences, l'alignement structurel ou la comparaison d'autres propriétés physicochimiques.

Classification cladistique : La classification cladistique, quant à elle, est basée sur les relations évolutives et les ancêtres partagés. Elle cherche à identifier des groupes monophylétiques (clades) qui comprennent un ancêtre commun et tous ses descendants. La cladistique repose sur l'analyse phylogénétique, qui consiste à comparer des séquences de protéines ou d'autres données moléculaires pour reconstruire des arbres ou des réseaux évolutifs. Les cladogrammes qui en résultent décrivent les relations évolutives entre les protéines et peuvent aider à les classer en groupes sur la base de leur histoire évolutive.

Dans la pratique, les approches phénétiques et cladistiques sont souvent utilisées en combinaison, en exploitant différents types de données et d'analyses pour obtenir une compréhension plus complète de la classification des protéines. Les systèmes de classification structurelle tels que SCOP ou CATH, par exemple, intègrent à la fois les principes phénétiques et cladistiques. Ils prennent en compte les similitudes structurelles (aspect phénétique) mais visent également à refléter les relations évolutives et les ancêtres partagés (aspect cladistique) en regroupant les protéines dans des catégories hiérarchiques basées sur leurs plis, leurs domaines et leurs connexions évolutives.

En intégrant à la fois les perspectives phénétiques et cladistiques, les systèmes de classification des protéines peuvent saisir à la fois les similitudes et les différences globales entre les protéines (pôle phénétique) et leur histoire évolutive et leurs liens de parenté (pôle cladistique). Cela permet d'obtenir un cadre de classification plus nuancé et plus informatif dans le domaine de la science des protéines.

(Q) - ok merci : existe-t-il aussi une classification tridimensionnelle ?

(R) - Oui, il existe une classification tridimensionnelle (3D) des protéines basée sur leurs propriétés structurelles. La classification 3D consiste à classer les protéines en fonction de leurs structures tridimensionnelles plutôt qu'en fonction de leur séquence ou de leurs similitudes fonctionnelles. Ce type de classification est particulièrement pertinent en biologie structurale et en modélisation moléculaire.

Dans la classification 3D, les protéines sont regroupées en fonction de leur pli global, de l'arrangement des éléments structurels secondaires et de l'arrangement spatial des atomes. Elle tient compte de la disposition et de l'orientation spécifiques des domaines protéiques, des motifs et d'autres caractéristiques structurelles.

La classification structurelle des protéines (SCOP) et la base de données CATH (Class, Architecture, Topology, Homologous superfamily), que j'ai mentionnées précédemment, fournissent des classifications hiérarchiques qui incluent des informations structurelles en 3D. Ces classifications classent les protéines dans différentes catégories en fonction de leur pliage global et de leur organisation structurelle.

En outre, d'autres méthodes et algorithmes, tels que les outils d'alignement structurel, peuvent être utilisés pour comparer les structures des protéines et identifier les similitudes et les différences. Ces approches aident à regrouper ou à classer les protéines en groupes structurels 3D, ce qui permet aux chercheurs d'analyser et de comprendre les relations entre les structures des protéines d'une manière plus détaillée.

La classification 3D des protéines fournit des informations précieuses sur la diversité structurelle et les relations entre les protéines. Elle est particulièrement utile pour étudier la fonction des protéines, les mécanismes d'action, les interactions protéine-protéine et la conception de médicaments. En considérant les aspects tridimensionnels de la structure des protéines, les chercheurs peuvent mieux comprendre comment la structure des protéines est liée à la fonction et aux relations évolutives.

Auteur: chatGPT4

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