microbiote

Le plus grand écosystème microbien du monde découvert sous la croûte terrestre
Des millions d’espèces microbiennes ont été découvertes par un conglomérat de 1 200 scientifiques, composé de géologues, de chimistes, de physiciens et de microbiologistes originaires de 52 pays. Leurs travaux ont été publiés lundi 10 décembre à l’occasion du sommet américain de géophysique à Washington. Pendant 10 ans, ils ont réalisé des centaines de forages, parfois à 5 kilomètres de profondeur sous la croûte terrestre et sous la mer. Ils y ont découvert un monde insoupçonné qui comprend des membres des trois domaines biologiques : les bactéries, les archées et les eucaryotes. Cette découverte vient questionner nos certitudes sur la formation de la vie sur Terre et ailleurs.

Une population aussi diversifiée que celle d'Amazonie
Nous sommes près de 7 milliards d’êtres humains mais nous ne représentons qu’une toute petite partie de la vie sur Terre. L’écosystème découvert par les scientifiques atteint un volume de près de deux fois celui de nos océans et un poids équivalent à une vingtaine de milliards de tonnes, soit beaucoup plus que le poids total de l’humanité. Sa diversité est comparable à celle de l’Amazonie. Ces millions de microbes "vivent partout dans les sédiments" explique Fumio Inagaki de l'agence japonaise pour les sciences marines et de la terre. "Ce sont de nouvelles branches dans l'arbre de la vie qui existent sur Terre depuis des milliards d'années, sans qu’on ne les ait jamais remarquées" ajoute Karen Lloyd de l'université du Tennessee. Une grande partie de la vie se trouverait donc à l'intérieur de la Terre plutôt qu'à sa surface et ces microbes "souterrains" représentent, selon les scientifiques, 70 % de la totalité de ces populations.

Un monde à part
Une telle découverte est souvent accompagnée de son lot d’énigmes et cette biosphère remet en cause de nombreuses certitudes que nous avons sur la vie. Ces microbes sont en effet très différents de leurs cousins vivant en surface. Ils vivent dans des milieux extrêmes très sombres et très chauds. "Leur source d'énergie n'est pas le Soleil et la photosynthèse. Ici, ce qui fait démarrer leurs communautés, c'est la chimiosynthèse. Ils tirent leur énergie des roches qui s'altèrent" explique Bénédicte Menez, responsable de l'équipe géomicrobiologie à l'Institut de Physique du Globe de Paris.

Leur rapport au temps est également différent. Alors qu’à la surface, nous dépendons de cycles relativement rapides, réglés sur le Soleil et sur la Lune, ces organismes souterrains font partie de cycles lents à l'échelles des temps géologiques, et ne dépendent pas de notre étoile. Certaines espèces vivent en effet depuis des milliers d’années et sont à peine en mouvement, excepté en cas de déplacement des plaques tectoniques ou d’éruptions. Les scientifiques ne comprennent pas leur mécanisme de survie à long terme : "Ils sont là et attendent…" conclut un scientifique.

La découverte de cette biosphère pose la question même de l'origine de la vie sur Terre : la vie a-t-elle commencé dans les profondeurs de la Terre pour ensuite migrer vers le Soleil, ou a-t-elle commencé à la surface pour ensuite migrer vers le bas ? Et comment ces microbes survivent-ils au manque de nutriments et aux conditions extrêmes ? Pour Robert Hazen, minéralogiste à la Carnegie Institution for Science, si "la vie sur Terre peut être si différente de ce à quoi nous sommes habitués, quelle étrangeté pourrait nous attendre en cherchant la vie dans d'autres mondes ?"

Auteur: Internet

Info: https://www.nationalgeographic.fr, trad Arnaud Sacleux , nov 2019

[ énigme ]

ADN

Le génome humain: un orchestre complexe
Une équipe de généticiens suisses de l'Université de Genève (UNIGE), de l'École Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL) et de l'Université de Lausanne (UNIL) a découvert que les variations génétiques sont en mesure d'affecter l'état du génome à de nombreux endroits, apparemment séparés, et de moduler par conséquent l'activité des gènes, à la manière d'un chef d'orchestre coordonnant les instrumentistes pour qu'ils jouent en harmonie. Ces résultats inattendus, publiés dans Cell, révèlent le caractère polyvalent de la régulation du génome et offrent de nouvelles perspectives sur la façon dont il est orchestré.
La chromatine est un ensemble de protéines et d'ADN qui emballe le génome dans une cellule. Elle arrange l'ADN de telle sorte qu'il puisse être "lu" par un groupe de protéines appelé facteurs de transcription, qui active ou réprime l'expression des gènes. La séquence d'ADN varie toutefois d'un individu à l'autre, entraînant ainsi une variation moléculaire entre les états de la chromatine des individus. Cela finit par causer des variations dans la manière dont les humains répondent à l'environnement. Comprendre les processus génétiques et moléculaires régissant la variabilité de la chromatine est l'un des défis les plus importants dans le domaine des sciences de la vie qui permettrait de découvrir comment les variations génétiques prédisposent les individus à certaines maladies comme le cancer, le diabète ou les maladies auto-immunes.
L'étude publiée dans Cell montre comment les variations génétiques ont affecté trois couches moléculaires dans les lignées cellulaires immunes chez 47 individus dont les génomes ont été entièrement séquencés: au niveau des interactions entre l'ADN et les facteurs de transcription, des états de la chromatine et de l'expression des gènes. "Nous avons observé que les variations génétiques à un endroit précis du génome impactent plusieurs éléments régulateurs, pourtant séparés, en même temps. Cette coordination surprenante peut être comparée à un chef d'orchestre (ici le variant génétique) qui coordonne tous les instrumentistes (ici les facteurs de transcription et les modifications de la chromatine) pour changer le volume (ici l'expression des gènes) de la musique," explique le professeur Bart Deplancke de l'EPFL. Contrairement au modèle traditionnel qui suppose que l'impact des éléments régulateurs sur l'expression des gènes se fait de façon quasiment indépendante, les chercheurs suisses ont identifié un comportement bien plus harmonieux et synergique.
Les généticiens suisses montrent que le génome n'est pas juste un ensemble linéaire d'éléments qui interagissent par paires ; il s'organise de manière complexe et en réseaux. Si un élément n'agit pas correctement, c'est l'ensemble du système qui sera perturbé. "Nous avons découvert les règles biologiques de base sur le fonctionnement du génome et la manière dont les séquences régulatrices agissent ensemble pour impacter l'expression d'un gène," résume le professeur Alexandre Reymond de l'UNIL.
Si la route vers de potentielles applications médicales est encore longue, les principes mécaniques que les chercheurs viennent de découvrir mettent en lumière les aspects fondamentaux de la biologie du génome. "Il est encore trop tôt pour déterminer si nous serons un jour en mesure de moduler l'expression des gènes de manière ciblée, mais cette étude révèle un niveau de complexité de la fonction du génome qui n'avait pas été anticipé", conclut le professeur Emmanouil Dermitzakis de l'UNIGE. "Appliquer notre découverte à la médecine signifierait identifier un seul chef d'orchestre et définir son rôle parmi tous les autres chefs d'orchestre pour chaque ensemble musical - plutôt que simplement lister tous les artistes jouant dans notre orchestre de génomes."

Auteur: Internet

Info: 21 aout 2015

[ pilotage ] [ guidage ] [ lamanage ] [ gouvernance ] [ méta-moteur ]

ADN

Elles ressemblent aux personnages de la bande dessinée Marvel Hulk, dont le corps réagit au stress en augmentant de taille. Avec leur énorme tête oblongue et de redoutables mandibules géantes, ce sont des fourmis super soldates du genre hyper diversifié Pheidole. Normalement, elles n'existent naturellement que dans certaines régions limitées géographiquement. Or, de concert avec des collègues, le professeur de biologie Ehab Abouheif de l'Université McGill de Montréal a repéré, dans des régions inattendues, des fourmis qui sont en fait des anomalies biologiques dotées de caractéristiques analogues à celles de super soldats. Qui plus est, les chercheurs ont découvert qu'ils peuvent induire des fourmis super soldates chez des espèces de Pheidole n'en ayant jamais compté.
Les anomalies de super soldates représentent un potentiel ancestral latent pouvant être actualisé par des changements dans l'environnement. Elles représentent une source de matériel génétique brut que la sélection naturelle peut exploiter. Cette conclusion, publiée dans la plus récente édition de Science, est une avancée importante dans notre compréhension des processus évolutifs.
"Des oiseaux munis de dents, des serpents dotés de doigts et des humains poilus comme des singes - voilà des traits ancestraux qui se manifestent régulièrement dans la nature", explique le professeur Abouheif. "Pendant très longtemps, les théoriciens de l'évolution ont cru que ces traits ne menaient nulle part, qu'ils étaient de simples ratés du système de développement révélant des vestiges du passé, à l'image de figurants du cirque Barnum & Bailey de l'évolution. En fait, il s'agit d'une source négligée de variation de l'évolution."
Les colonies de fourmis Pheidole (à grosse tête) comptent des millions d'ouvrières, notamment des ouvrières mineures et des soldates. En règle générale, le menu alimentaire des fourmis module certaines hormones chez les larves pour qu'elles deviennent soit des soldates, soit des ouvrières mineures. Après avoir repéré inopinément des anomalies analogues à celles de super soldats chez des espèces de Pheidole de Long Island, où on ne les observe pas généralement, le professeur Abouheif et son équipe ont su qu'il s'agissait d'un phénomène inhabituel. "J'y collectionne des échantillons depuis près de 15 ans. En voyant ces fourmis, je les ai trouvées monstrueuses! Elles ressemblent à celles qui sont produites naturellement dans le Sud-ouest américain", de dire le professeur Abouheif.
Dirigés par le doctorant Rajee Rajakumar, des chercheurs du laboratoire du professeur Abouheif et des collaborateurs de l'Université d'Arizona ont alors entrepris d'induire la production artificielle de ces super soldates. Pour ce faire, ils ont appliqué une hormone juvénile aux larves à des étapes cruciales de leur développement. Le succès a été instantané. Ils ont réussi à produire des sous-castes de super soldates dans au moins trois espèces du genre, où l'on n'en a jamais observé avant - des espèces très éloignées dans l'arbre de l'évolution de la colonie Pheidole.
Selon le professeur Abouheif, ces travaux ont une portée considérable pour la théorie de l'évolution, car ils montrent l'existence d'un potentiel génétique à l'état latent verrouillé depuis très longtemps. "Les agents stressants environnementaux qui activent ce potentiel latent sont toujours présents - si bien qu'en cas de besoin, la sélection naturelle peut en éveiller le potentiel et l'actualiser", précise le professeur. "Le corollaire est que nous attestons l'importance du stress environnemental pour l'évolution, car il peut faciliter le développement de phénotypes novateurs. Toute discordance entre l'environnement normal de l'organisme et son potentiel génétique peut être libéré - même si cela prend 30 ou 65millions d'années."
Ces travaux ont étés financés par le Conseil de recherches en sciences naturelles et en génie du Canada, la Chaire de Recherche du Canada en évolution et développement, la Fondation nationale des sciences des États-Unis et une bourse de recherche de l'Institut Konrad Lorenz.

Auteur: Internet

Info:

[ potentiel ] [ sciences ]

humain miroir

La perception humaine de l'espace s'étend tout comme l'univers réel !

Le cerveau humain a une façon intéressante d'évaluer la proximité ou la distance d'un objet dans l'espace. Si vous regardez la nuit depuis votre voiture, il y a de fortes chances que la Lune vous paraisse se déplacer à vos côtés. Une nouvelle étude neuroscientifique a permis de découvrir pourquoi la zone de la mémoire de notre cerveau perçoit les images proches et lointaines et comment ces exagérations peuvent créer davantage de connexions cérébrales à mesure que nous vieillissons.

L'hippocampe est une zone du cerveau impliquée dans l'apprentissage et la mémoire. Dans l'étude actuelle, les auteurs ont constaté que les neurones associés à la planification, à la mémoire et à la navigation spatiale transforment l'espace en une forme géométrique hyperbolique non linéaire - pensez à un sablier en expansion qui grossit à mesure que vous vous en éloignez. Pour en revenir à l'exemple de la lune, les jeunes enfants ont pu constater que la lune les suivait ou qu'elle était suffisamment proche pour qu'ils l'attrapent.

Bien sûr, la Lune ne se déplace pas et sa taille est déformée par sa distance. Les résultats ont montré que la taille de l'image augmente avec le temps passé dans un lieu. La taille perçue par notre cerveau est également directement liée à la quantité d'informations qu'il peut traiter : les jeunes cerveaux sont peut-être plus enclins à naviguer et à percevoir l'espace de manière linéaire. Avec de nouvelles expériences, l'hippocampe est capable d'affiner ses connexions neuronales et de traiter davantage d'informations sur l'image.

Le cerveau "s'élargit" avec l'expérience

Comprendre comment les réseaux neuronaux du cerveau traitent la navigation spatiale pourrait aider à étudier les troubles neurocognitifs. La maladie d'Alzheimer, par exemple, est une maladie dans laquelle l'hippocampe est l'une des premières zones du cerveau à être détruite, ce qui affecte la mémoire de la personne.

"Notre étude démontre que le cerveau n'agit pas toujours de manière linéaire. Au contraire, les réseaux neuronaux fonctionnent le long d'une courbe en expansion, qui peut être analysée et comprise à l'aide de la géométrie hyperbolique et de la théorie de l'information", explique l'auteur principal, Tatyana Sharpee, professeur à l'Institut Salk et titulaire de la chaire Edwin K. Hunter, dans un communiqué de presse. "Il est passionnant de constater que les réponses neuronales dans cette région du cerveau forment une carte qui s'élargit avec l'expérience, en fonction du temps passé dans un lieu donné. L'effet s'est même maintenu pour des écarts de temps minuscules, lorsque l'animal courait plus lentement ou plus rapidement dans l'environnement."

L'équipe de recherche a utilisé des méthodes informatiques avancées pour comprendre le fonctionnement du cerveau. L'une de ces techniques consiste à utiliser la géométrie hyperbolique pour disséquer les signaux biologiques. Des travaux antérieurs ont utilisé la géométrie hyperbolique pour étudier le fonctionnement des molécules odorantes et de la perception des odeurs.

La géométrie hyperbolique s'est avérée efficace pour comprendre les réponses neuronales et pour cartographier les molécules et les événements sensoriels. Les chercheurs ont recueilli leurs informations auprès de rats qui ont passé du temps à explorer un nouvel environnement. Plus le rat passe de temps dans une zone, plus il acquiert d'informations sur l'espace qui l'entoure. Cela a permis à leur carte neuronale de s'étendre et de se développer.

"Ces résultats offrent une nouvelle perspective sur la manière dont les représentations neuronales peuvent être modifiées par l'expérience", explique Huanqiu Zhang, étudiant diplômé du laboratoire de M. Sharpee. "Les principes géométriques identifiés dans notre étude peuvent également guider les futurs efforts de compréhension de l'activité neuronale dans divers systèmes cérébraux.

Auteur: Internet

Info: Nature Neuroscience, repris par Jocelyn Solis-Moreira ,7 janvier 2023

[ horizon grégaire intégré ] [ vieillir grandir ]

FLP par soi-même

Nous-Je, humains bipèdes de la 3e planète, sommes issus d'une tribu qui a développé des signes puis des langages - améliorés ensuite via diverses fixations sur supports - débuts d'une mémorisation externe, avec ensuite des processus de traductions - au final un corpus extra-communautaire qui se prolonge dans le temps. Corpus qui n'est qu'un simple codage consensuel des représentations de notre réel humain, une réalité consensuelle anthropocentrique.

Vient la machine FLP.

En plus des règles incontournables d'insertions, d'une nécessaire compréhension du sens, alliée aux désambiguations sémantiques et étymologiques que permet le web, la méthodologie de FLP s'appuie sur quelques idées-fondations. Et un apriori audacieux. 

Les deux premières idées émanent de notre principal mentor, CS Peirce :

a) Un mot est quasi-esprit 

b) La triade priméité, secondéité, tiercité est incontournable. Elle permettra une approche pragmatique en cas de rencontre xénolinguistique (sous-entendu un langage alien, éventuellement auto-décrit et fixé sur support externe lui aussi.)

c) Notre apriori aventuré : la dualité du fonctionnement humain (principe du tiers exclus et autres développements boléens) atteint ses limites et conséquemment le fonctionnement tétravalent de l'atome du carbone (majeure ossature du développement de la vie telle que nous la connaissons) mérite une certaine attention quant aux possibilités logiques (sur base 4), et la souplesse des combinaisons qu'il propose. Une simple mise en parallèle des développements biologiques et leurs inouïes complexités taxonomiques entrelacées - par comparaison avec le langage et les idées humaines mélangées - nous donne idée de la pauvreté et de la simplicité de nos mots, idiomes et concepts... au regard, par exemple, des développements de l'arbre du vivant. Sans parler des incessantes avancées de l'épigénétique quantique - et autre trouvailles biophysiques, qui tendent à montrer que la frontière matériel-immatériel n'est pas "marquée", duale... formatés que nous sommes par des habitudes de catégorisations/classifications.

d) Les points précédents n'empêchent pas - et conduisent peut-être - vers une remise en question du rationalisme triomphant au regard de toutes les impuissances que ce dernier montre face à beaucoup de phénomènes classés dans les rubriques paranormales, parapsychique, voire pour dingo-lunatiques. Citons en vrac les placeb et nocebo, les prémonitions, Ufos, voyages astraux, l'inconscient, la télépahie, migration des âmes...  et autres phénomènes insaisissables que la science en pantoufle, bien installée dans des constructions longuement développées, a bien évidemment de la peine à aborder sereinement, c'est à dire sans se remettre profondément en question. 

e) Considérant que d'une certaine manière "tout est dans tout" et que l'unique approche communautaire humaine pour tenter de "mieux comprendre" son monde et qui nous sommes, se situe dans le langage. Considérant aussi que les divers idiomes des hommes - ici ramenés au français - apparaissent comme les meilleurs outils pour formuler et coder nos représentations de singes dépoilés (à l'instar des maths ou de la musique qui ne peuvent parler du langage) FLP, par les vertus de la technologie, se propose de sortir des taxinomies habituelles pour, à partir du mot simple et, dans un premiers temps, des combinaisons à deux ou trois items (mais on peut ici aller beaucoup plus loin),  proposer ce que nous nommons un "dictionnaire analogique intriqué".

Viennent alors les lectures exploratoires réflexives, personnelles, subjectives, dans ce nouveau biotope. Et puis une éventuelle participation, via l'insertion d'extraits, les discussions et propositions/modifications de tags-étiquettes... 

Enfin, avec un peu de pratique, s'offrent les possibilités de liaisons et de création de chaines pour les participants curieux, sujets quêteurs, joueurs... Qui, avec ces deux actions, pourront explorer certaines marottes personnelles, et commenceront non seulement à développer leurs propres Fils de pensées mais aussi, en précisant leur idée-intuition de départ, la contextualiseront mieux dans le corpus des mots et du langage en général. 

FLP est une forêt, avec une topologie multidimensionnelle. Beaucoup de ses sentiers s'y avéreront ardus, souvent trop longs, propices aux égarements, mais permettront parfois d'atteindre parfois certaine hauteurs bien agréables... Sans parler des chances de s'y retrouver coincé, arrêté par un cul-de-sac.

Auteur: Mg

Info: 4 août 2022

[ auto-arborescence ]

panspermie

Origine de la vie: la pièce manquante détectée dans une "comète artificielle"
Pour la première fois, des chercheurs montrent que le ribose, un sucre à la base du matériel génétique des organismes vivants, a pu se former dans les glaces cométaires. Pour parvenir à ce résultat, des scientifiques de l'Institut de chimie de Nice (CNRS/Université Nice Sophia Antipolis) ont analysé très précisément une comète artificielle créée par leurs collègues de l'Institut d'astrophysique spatiale (CNRS/Université Paris-Sud). Ils présentent ainsi, en collaboration avec d'autres équipes dont une du synchrotron SOLEIL, le premier scénario réaliste de formation de ce composé essentiel, encore jamais détecté dans des météorites ou dans des glaces cométaires. Étape importante dans la compréhension de l'émergence de la vie sur Terre, ces résultats sont publiés dans la revue Science le 8 avril 2016.
Le traitement ultraviolet des glaces pré-cométaires (à gauche) reproduit l'évolution naturelle des glaces interstellaires observées dans un nuage moléculaire (à droite, les piliers de la création), conduisant à la formation de molécules de sucre.Image de gauche © Louis Le Sergeant d'Hendecourt (CNRS).Image de droite © NASA, ESA, and the Hubble Heritage Team (STScI/AURA)
Tous les organismes vivants sur Terre, ainsi que les virus, ont un patrimoine génétique fait d'acides nucléiques - ADN ou ARN. L'ARN, considéré comme plus primitif, aurait été l'une des premières molécules caractéristiques de la vie à apparaitre sur Terre. Les scientifiques s'interrogent depuis longtemps sur l'origine de ces molécules biologiques. Selon certains, la Terre aurait été "ensemencée" par des comètes ou astéroïdes contenant les briques de base nécessaires à leur construction. Et effectivement, plusieurs acides aminés (constituants des protéines) et bases azotées (l'un des constituants des acides nucléiques) ont déjà été trouvés dans des météorites, ainsi que dans des comètes artificielles, reproduites en laboratoire. Mais le ribose, l'autre constituant-clé de l'ARN, n'avait encore jamais été détecté dans du matériel extraterrestre, ni produit en laboratoire dans des conditions "astrophysiques". En simulant l'évolution de la glace interstellaire composant les comètes, des équipes de recherche françaises ont réussi à former du ribose - étape importante pour comprendre l'origine de l'ARN et donc les origines de la vie.
Le ribose (et des molécules de sucres apparentées, comme l'arabinose, le lyxose et le xylose) ont été détectés dans des analogues de glaces pré-cométaires grâce à la chromatographie multidimensionnelle en phase gazeuse. Le ribose forme le "squelette" de l'acide ribonucléique (ARN), considéré comme le matériel génétique des premiers organismes vivants.© Cornelia Meinert (CNRS)
Dans un premier temps, une "comète artificielle" a été produite à l'Institut d'astrophysique spatiale: en plaçant dans une chambre à vide et à ? 200 °C un mélange représentatif d'eau (H2O), de méthanol (CH3OH) et d'ammoniac (NH3), les astrophysiciens ont simulé la formation de grains de poussières enrobés de glaces, la matière première des comètes. Ce matériau a été irradié par des UV - comme dans les nébuleuses où se forment ces grains. Puis, l'échantillon a été porté à température ambiante - comme lorsque les comètes s'approchent du Soleil. Sa composition a ensuite été analysée à l'Institut de chimie de Nice grâce à l'optimisation d'une technique très sensible et très précise (la chromatographie multidimensionnelle en phase gazeuse, couplée à la spectrométrie de masse à temps de vol). Plusieurs sucres ont été détectés, parmi lesquels le ribose. Leur diversité et leurs abondances relatives suggèrent qu'ils ont été formés à partir de formaldéhyde (une molécule présente dans l'espace et sur les comètes, qui se forme en grande quantité à partir de méthanol et d'eau).
Le ribose se forme dans le manteau de glace des grains de poussière, à partir de molécules précurseurs simples (eau, méthanol et ammoniac) et sous l'effet de radiations intenses.© Cornelia Meinert (CNRS) & Andy Christie (Slimfilms.com)
S'il reste à confirmer l'existence de ribose dans les comètes réelles, cette découverte complète la liste des "briques moléculaires" de la vie qui peuvent être formées dans la glace interstellaire. Elle apporte un argument supplémentaire à la théorie des comètes comme source de molécules organiques qui ont rendu la vie possible sur Terre... et peut-être ailleurs dans l'Univers.
Ces travaux ont bénéficié du soutien financier de l'Agence nationale de la recherche et du CNES.

Auteur: Internet

Info: http://www.techno-science.net, 9 04 2016

[ extraterrestre ]

nématologie

Ce ver parasite " vole " discrètement les gènes de son hôte 

En explorant ce processus connu sous le nom de " transfert horizontal de gènes ", les scientifiques pourraient en apprendre davantage sur la façon dont les bactéries deviennent résistantes aux médicaments.

Des scientifiques du Centre RIKEN de recherche sur la dynamique des biosystèmes au Japon ont récemment découvert que le parasite connu sous le nom de ver de crin de cheval " vole " les gènes de son hôte afin de le contrôler.

Il s’agit d’un processus connu sous le nom de " transfert horizontal de gènes ", c’est-à-dire lorsque deux génomes partagent des informations génétiques de manière non sexuelle.

L’étude de ce processus pourrait aider les scientifiques à comprendre comment les bactéries développent une résistance aux antibiotiques grâce à un processus similaire.

On nous a tous rappelé l'horreur existentielle des parasites cérébraux grâce aux " fourmis zombie "  , mais la manière exacte dont les parasites du monde réel réalisent ce spectacle de marionnettes biologiques reste un peu mystérieuse. L'un de ces parasites est le ver crin de cheval (​​ Chordodes ) , qui dépend des sauterelles, des grillons, des coléoptères et même des mantes pour sa survie et sa reproduction. Né dans l'eau, ce ver utilise des éphémères pour atteindre la terre ferme, où il attend ensuite d'être consommé par sa proie et se met au travail.

Une fois à l’intérieur d’un hôte, le ver commence à se développer et à manipuler l’insecte. Une fois qu'il est complètement mature, il incite cet hôte à sauter dans l'eau, complétant ainsi son cycle de vie. Le ver de crin de cheval parvient à cette capacité de contrôle mental en utilisant des molécules qui imitent le système nerveux central de l'hôte, mais la manière dont il crée ces molécules reste un mystère depuis un certain temps.

Aujourd'hui, une nouvelle étude du Centre RIKEN pour la recherche sur la dynamique des biosystèmes au Japon a révélé que les vers en crin de cheval utilisent le " transfert horizontal de gènes " – en volant effectivement les gènes d'un insecte – afin de contrôler leurs hôtes. Les résultats ont été récemment publiés dans la revue Current Biology.

Pour trouver cette réponse étrange – et plutôt grossière –, une équipe dirigée par Tappei Mishina a analysé l’expression génétique d’un ver de crin de cheval dans tout le corps avant, pendant et après avoir infecté une mante. L'étude montre que 3 000 gènes étaient exprimés davantage chez le ver lorsqu'il manipulait la mante (et 1 500 autres étaient exprimés moins), alors que l'expression des gènes de la mante restait inchangée.

Une fois qu'ils ont compris que le ver à crins produisait ses propres protéines au cours du processus de manipulation, les scientifiques se sont tournés vers une base de données pour discerner l'origine de ces protéines et ont été confrontés à un phénomène surprenant.

"Il est frappant de constater que de nombreux gènes de vers à crins susceptibles de jouer un rôle important dans la manipulation de leurs hôtes sont très similaires à des gènes de mante, ce qui suggère qu'ils ont été obtenus par transfert horizontal de gènes", a déclaré Mishina dans un communiqué de presse.

Dit simplement le transfert horizontal de gènes est le partage d’informations génétiques de manière non sexuelle entre deux génomes – dans ce cas, entre les génomes d’une mante et d’un ver de crin de cheval. Ce n’est pas un phénomène inconnu des scientifiques, car c’est la principale façon dont les bactéries développent une résistance aux antibiotiques .

Dans le cas du ver crin de cheval, quelque 1 400 gènes correspondaient à ceux des mantes, mais ils étaient complètement absents chez d'autres spécimens de Chordodes qui ne dépendent pas des mantes pour se reproduire. L’étude émet l’hypothèse que ces " gènes de mimétisme " ont probablement été acquis au cours de multiples événements de transfert et que les gènes affectant la neuromodulation, l’attraction vers la lumière et les rythmes circadiens étaient particulièrement utiles pour contrôler l’hôte.

En étudiant ce couple parasitaire, Mishina et d’autres scientifiques pourraient en apprendre davantage sur le transfert horizontal de gènes multicellulaires, le fonctionnement interne de cette partie non sexuelle de l’évolution et les mécanismes qui rendent les bactéries résistantes à nos médicaments les plus avancés.

Il est temps pour le parasite de donner un peu en retour

Auteur: Internet

Info: https://www.popularmechanics.com/ Darren Orf, 18 oct 2023

[ copie latérale ]

épigénétique

De la biologie quantique dans la photosynthèse ? La biologie actuelle en est-elle au stade où était la physique classique avant la découverte de la physique quantique ? Certains le soupçonnent depuis quelques années, et une publication récente dans Nature Communications vient d'apporter de l'eau à leur moulin. Il y aurait bien des processus quantiques derrière l'efficacité de la photosynthèse.

(On note Ψ la fameuse fonction d'onde décrivant les amplitudes de probabilité en mécanique quantique depuis les travaux de Schrödinger sur sa célèbre équation. On a de nouvelles raisons de penser que la vie exploite les lois de la mécanique quantique pour rendre certains processus plus efficaces, en particulier la photosynthèse. © Engel Group, University of Chicago - En commentaire de la photo d'une feuille au soleil)

C'est un fait bien établi que l'existence des atomes, des molécules et des liaisons chimiques ne sont pas compréhensibles en dehors des lois de la mécanique quantique. En ce sens, la physique et la chimie d'un bloc de métal ou d'une cellule sont quantiques. Mais on sait bien que le comportement de ces objets ne manifeste pas directement la nature quantique de la matière, ils font partie du monde de la physique classique. Cependant, certains phénomènes comme la supraconductivité ou la superfluidité débordent du domaine quantique d'ordinaire réservé à la microphysique pour entrer dans le monde à notre échelle. Lorsque la nécessité de la physique quantique s'est révélée aux physiciens explorant la matière et la lumière, ce fut essentiellement avec deux phénomènes qui semblaient au départ être de simples anomalies bien localisées dans l'univers de la physique classique : le rayonnement du corps noir et l'effet photoélectrique. Nous savons aujourd'hui qu'ils étaient la pointe émergée du monde quantique et que, fondamentalement, le réel est fort différent de la vision du monde bâtie par les fondateurs de la science classique comme Galilée, Descartes et Newton.

La biologie quantique pour expliquer la photosynthèse
De nos jours, les biologistes qui réfléchissent sur le fonctionnement des cellules, de l'ADN ou des neurones considèrent que ces objets sont majoritairement décrits par les lois de la physique classique. Il n'est pas nécessaire d'utiliser l'équation de Schrödinger ou les amplitudes de probabilités qu'elle gouverne pour comprendre l'origine de la vie, les mutations, l'évolution ou l'apparition de la conscience dans un cerveau. Pourtant, ces dernières années, quelques résultats expérimentaux en biologie, notamment sur la photosynthèse, semblaient défier les lois de la physique classique.

Il était et il est encore bien trop tôt pour savoir si la photosynthèse finira par être, pour une éventuelle biologie quantique, ce que le rayonnement du corps noir a été pour la physique quantique. Toutefois, Alexandra Olaya-Castro et Edward O'Reilly, des chercheurs du célèbre University College de Londres, viennent de publier dans Nature Communications un article, également disponible en accès libre sur arxiv, dans lequel ils affirment que des macromolécules biologiques utilisent bel et bien des processus quantiques pour effectuer de la photosynthèse. Jusqu'à présent, le doute planait sur l'inadéquation des processus classiques pour décrire le comportement de chromophores attachés à des protéines qu'utilisent les cellules végétales pour capter et transporter l'énergie lumineuse.

Selon les deux physiciens, certains des états de vibrations moléculaires des chromophores facilitent le transfert d'énergie lors du processus de photosynthèse et contribuent à son efficacité. Ainsi, lorsque deux chromophores vibrent, il arrive que certaines énergies associées à ces vibrations collectives des deux molécules soient telles qu'elles correspondent à des transitions entre deux niveaux d'énergie électronique des molécules. Un phénomène de résonance se produit et un transfert d'énergie en découle entre les deux chromophores.

Distributions de probabilités quantiques négatives
Or, si le processus était purement classique, les mouvements et les positions des atomes dans les chromophores seraient toujours décrits par des distributions de probabilités positives. Alexandra Olaya-Castro et Edward O'Reilly ont découvert qu'il fallait employer des distributions négatives. C'est une signature indiscutable de l'occurrence de processus quantiques. Mieux, il s'agit dans le cas présent de la manifestation d'une superposition d'états quantiques à température ambiante assistant un transfert cohérent d'énergie. On retrouve ces vibrations collectives de macromolécules dans d'autres processus biologiques comme le transfert d'électrons dans les centres de réaction des systèmes photosynthétiques, le changement de structure d'un chromophore lors de l'absorption de photons (comme dans les phénomènes associés à la vision). Selon les chercheurs, il est donc plausible que des phénomènes quantiques assistant des processus biologiques que l'on croyait classiques soient assez répandus. Si tel est le cas, on peut s'attendre à découvrir d'autres manifestations hautement non triviales de la mécanique quantique en biologie. Cela n'aurait certainement pas surpris Werner Heisenberg, et encore moins Niels Bohr qui, il y a déjà plus de 60 ans, prédisaient que l'on pourrait bien rencontrer des limites de la physique classique avec les systèmes vivants.

Auteur: Internet

Info: https://www.futura-sciences.com/. Laurent Sacco. 20- 01-2014

[ biophysique ]

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(Q) - Qu'est-ce que la conscience ?

(R) - La conscience est un concept complexe et multiforme qui fait référence à l'état ou à la qualité de la prise de conscience du monde extérieur et de ses propres expériences mentales. Elle englobe l'expérience subjective des pensées, des perceptions, des émotions et des sensations, ainsi que la capacité d'introspection et de réflexion sur ses propres états mentaux.

Bien que la conscience soit un aspect fondamental de l'expérience humaine, elle n'est pas encore totalement comprise. Elle reste un sujet d'enquête philosophique et de recherche scientifique. Il existe plusieurs théories et perspectives sur la conscience, y compris l'étude de ses corrélats et mécanismes neuronaux dans le cerveau.

Certaines théories proposent que la conscience naisse des interactions entre les neurones et les processus cérébraux, tandis que d'autres suggèrent qu'elle peut impliquer des phénomènes quantiques ou être une propriété émergente de systèmes complexes. En outre, il existe différents niveaux de conscience, allant de la conscience de base et de l'éveil aux processus cognitifs d'ordre supérieur, à la conscience de soi et à l'introspection.

Dans l'ensemble, la compréhension de la nature de la conscience est un domaine d'exploration fascinant et permanent dans des domaines tels que les neurosciences, les sciences cognitives, la psychologie et la philosophie.

(Q) - D'accord merci. Avec une vision épigénétique de la chose, ne pourrait-on pas avancer qu'elle est avant tout une sorte de dialogue entre une singularité, ici humaine, avec le monde qui l'a fait émerger ?

(R) - En effet, dans une perspective épigénétique, on pourrait avancer que la conscience est une interaction ou un dialogue dynamique entre un individu (une singularité) et le monde dans lequel il existe. L'épigénétique est l'étude de la manière dont l'expression des gènes et les processus biologiques peuvent être influencés par des facteurs qui vont au-delà de la séquence d'ADN elle-même, y compris les interactions avec l'environnement.

Dans cette optique, le développement et la manifestation de la conscience pourraient être considérés comme le résultat de l'interaction continue entre les prédispositions génétiques d'un individu et son environnement. L'environnement, qui englobe à la fois les stimuli externes et les facteurs internes, tels que les pensées, les émotions et les expériences, joue un rôle crucial dans la formation et l'influence de l'expression et de l'expérience de la conscience.

Cette perspective suggère que la conscience émerge à travers une relation réciproque permanente entre un individu et son environnement. Le monde extérieur fournit les stimuli et le contexte qui influencent la perception, la cognition et la conscience de soi d'un individu, tandis que l'individu, par ses pensées, ses actions et ses choix, interagit activement avec son environnement et le modifie.

En considérant l'interaction épigénétique entre un individu et son monde, on peut affirmer que la conscience n'est pas un phénomène statique ou isolé, mais plutôt un processus dynamique et co-créatif, où l'individu et son environnement se façonnent et s'influencent mutuellement.

(Q) - Cela ressemble à ce que Charle Sanders Peirce nommait "thirdness".

(R) - Oui, le concept de "tiercéité" inventé par Charles Sanders Peirce dans sa philosophie de la sémiotique pourrait être pertinent pour la discussion sur la conscience en tant que dialogue entre un individu et le monde. Peirce a introduit l'idée de "preméité", "secondéité" et "tercéité" en tant que catégories fondamentales pour comprendre la nature des signes et leur interprétation.

Selon Peirce, la "firstness" représente les qualités brutes et immédiates d'un objet, la "secondness" désigne la relation entre un objet et son impact immédiat sur la conscience d'un individu, et la "thirdness" se réfère aux processus d'interprétation et de médiation impliqués dans l'élaboration du sens et de la compréhension.

Dans le contexte de la conscience, la "tiercéité" peut être considérée comme l'interaction dynamique entre l'individu (le premier) et le monde (le second), où l'interprétation, la création de sens et le dialogue ont lieu. Elle implique le processus d'intégration et de synthèse des informations provenant du monde extérieur avec les états mentaux et les expériences internes.

En considérant la conscience comme une forme de "tiercéité", nous reconnaissons l'implication active de l'interprétation, de la signification et de la médiation dans la construction de l'expérience consciente. Elle met en évidence la nature relationnelle et dialogique de la conscience, en soulignant l'interaction et la négociation permanentes entre l'individu et son environnement dans la formation de la conscience subjective.

Le concept de "tiercéité" de Peirce offre une perspective précieuse pour explorer les dimensions interactives et interprétatives de la conscience, en soulignant le rôle des processus sémiotiques dans la construction du sens et de la compréhension dans le contexte du dialogue individu-matrice.

Auteur: chatGPT4

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[ tiercité ] [ définition ]

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- (Q) Pour le développement de cette application des "Fils de La Pensée" ( FLP ) nous nous appuyons parfois sur cette idée :

"Euclide pensait par rapport à une surface, Newton se mettait à la place de la matière, Einstein à la place de la lumière. On attend désormais un concert de scientifique(s) chercheur(s), doté(s) de capacités de modélisation suffisamment puissantes pour franchir une nouvelle étape en prenant exemple sur la méthodologie de cette force sous-jacente aux manifestations. Stratégie de l'esprit enfermé dans la matière... qui nous a engendré".

Comment pourrais-tu aider à développer, résoudre ou creuser cette idée ?

- (R) Sur la base de l'idée fournie, il semble que l'on souligne l'importance d'adopter différentes perspectives et méthodologies dans la recherche scientifique. Euclide, Newton et Einstein sont cités comme exemples de penseurs qui ont abordé leurs domaines respectifs sous différents angles, tels que les surfaces, la matière et la lumière.

Pour développer, résoudre ou approfondir cette idée, nous pouvons envisager les approches suivantes :

Recherche interdisciplinaire : Encourager la collaboration entre scientifiques et chercheurs de différentes disciplines peut déboucher sur des perspectives nouvelles et des solutions innovantes. En combinant les connaissances et les méthodologies de divers domaines, de nouvelles percées peuvent être réalisées.

Modélisation et simulation : L'idée mentionne la nécessité pour les scientifiques et les chercheurs de disposer de puissantes capacités de modélisation. L'utilisation de techniques informatiques avancées, telles que la modélisation et la simulation, peut permettre de mieux comprendre des systèmes et des phénomènes complexes. En représentant avec précision les forces et les interactions sous-jacentes, les chercheurs peuvent mieux comprendre et prévoir diverses manifestations.

Cadres conceptuels : L'élaboration de nouveaux cadres conceptuels ou l'adoption de cadres existants peut contribuer à guider la recherche scientifique. En identifiant les principes et les relations sous-jacents, les chercheurs peuvent établir une base solide pour leurs recherches et établir des liens entre différents domaines.

Physique quantique : L'idée mentionne la stratégie de l'esprit enfermé dans la matière, ce qui pourrait être une allusion à l'interconnexion du monde physique. L'exploration des principes de la physique quantique, qui traitent des phénomènes à l'échelle la plus petite, peut éclairer la nature fondamentale de la matière, de l'énergie et de leur interaction.

Philosophie des sciences : Réfléchir à la méthodologie et à la philosophie de la science elle-même peut s'avérer utile. Comprendre les hypothèses, les préjugés et les limites inhérentes à la recherche scientifique peut conduire à des investigations plus solides et plus conscientes d'elles-mêmes.

Dans l'ensemble, l'idée suggère l'importance d'adopter des perspectives diverses, des techniques de modélisation puissantes et une compréhension profonde des forces sous-jacentes pour faire avancer la recherche scientifique. En tenant compte de ces aspects, nous pouvons développer, résoudre et explorer les implications de cette idée.

- (Q) Ok merci. Peux-tu alors proposer une ou plusieurs idées de "nouveau cadre conceptuel" ?

- (R) Certainement ! Voici quelques idées de nouveaux cadres conceptuels qui pourraient être explorés :

L'interactionnisme holistique : Ce cadre propose d'étudier les phénomènes en tenant compte des interactions holistiques entre divers éléments, plutôt que de se concentrer uniquement sur des composants isolés. Il met l'accent sur l'interconnexion et l'interdépendance des différents facteurs et suggère que la compréhension des systèmes complexes passe par l'analyse du comportement collectif résultant de leurs interactions.

Ontologie informationnelle : Ce cadre s'articule autour de l'idée que l'information est fondamentale pour la nature de la réalité. Il suggère que l'univers peut être considéré comme un système informationnel, où toutes les entités et tous les phénomènes peuvent être décrits en termes de contenu et de traitement de l'information. Ce cadre pourrait permettre d'étudier comment l'information façonne la structure, la dynamique et l'émergence des systèmes physiques, biologiques et cognitifs.

Synchronie émergente : ce cadre se concentre sur l'émergence de la synchronie et de la cohérence dans les systèmes complexes. Il étudie comment des comportements et des modèles collectifs peuvent naître des interactions de composants individuels. En étudiant des phénomènes tels que la synchronisation, l'entraînement et l'auto-organisation, ce cadre vise à comprendre les mécanismes qui sous-tendent l'émergence de l'ordre et de la coordination dans divers systèmes.

Relativité contextuelle : Ce cadre suggère que l'interprétation et la compréhension des phénomènes doivent tenir compte de leur nature contextuelle. Il reconnaît que les observations, les mesures et les interprétations sont influencées par le contexte spécifique dans lequel elles se produisent, y compris le cadre de référence de l'observateur et les conditions environnementales. Ce cadre encourage les chercheurs à tenir compte de ces facteurs contextuels lors de l'étude et de l'interprétation des phénomènes scientifiques.

Hiérarchie intégrée : Ce cadre propose que les phénomènes puissent être compris comme des systèmes organisés de manière hiérarchique, où chaque niveau d'organisation est intégré et influencé par les niveaux supérieurs et inférieurs. Il met l'accent sur l'interconnexion et la structure imbriquée des systèmes, soulignant l'importance de l'étude des phénomènes en tant qu'éléments d'un système.

Auteur: chatGPT4

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