femmes-hommes

L'homme est le pin, la femme est la glycine; la glycine s'enroule autour du pin.

Auteur: Proverbe japonais

Info:

[ interactifs ]

génétique

Un résidu d'acide aminé (autre que la glycine*) n'a pas d'éléments de symétrie. L'opération générale de conversion d'un résidu d'une chaîne simple en un second résidu équivalent au premier se fait donc par une rotation autour d'un axe, accompagnée d'une translation le long de l'axe. Ainsi, les seules configurations d'une chaîne compatibles avec notre postulat d'équivalence des résidus sont les configurations hélicoïdales.

Auteur: Pauling Linus Carl

Info: La structure des protéines : Two Hydrogen-bonded Helical Configurations of the Polypeptide Chain', Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America (1951), 37, 206. Co-auteur avec les chimiste B. Corey et H. R. Branson. *qui ne possède aucun atome de carbone asymétrique

[ équivalence ] [ transfert ] [ atomes ] [ duplication ]

odeur

J'aime réchauffer mes amis avec du bois de glycine, de rose ou de vieux lierre, et j'aime leur dire : "Regarde ce que fait la glycine, outre parfumer l'air, et la rose, outre fleurir !" C'est comme offrir à mes amis une eau de vie spéciale, un vin vieilli, un goût qu'ils ne connaissent et ne retrouveront pas. Et la chaleur qui sent la rose ou la glycine monte par les escaliers anciens, entre dans les pièces froides, parcourt le corridor sombre, effleure les murs, déplace les rideaux et passe bienveillante comme le dernier frétillement du génie de la lampe.

Auteur: Pendibene Mavi

Info: Un po' di sale nell'acqua tiepida

[ feu de bois ]

écrivain-sur-écrivaine

Flannery O’Connor. La voilà, regardons-la sur la photo où elle apparaît en pied dans la torpeur du Sud américain. Elle a l’air d’osciller sur le perron, appuyée à ses béquilles comme sur deux élytres fragiles retournées. Elle vit encore, pas pour longtemps, un peu en oblique sur l’image, dans la poussière étouffante du coton. Milledgeville, Géorgie. Glycines. Lianes emmêlées. Marais. Champs de maïs. La plaie encore ouverte de la guerre de Sécession. Les Noirs, la brousse sombres, les Blancs racistes… Approchons-nous des dernières marches. La bouche stylisée en cœur. Les yeux brillés sur l’objectif. C’est un coléoptère extraordinaire, avec ses cannes mandibules branchues. Un lucane qui vient de tomber dans la chaleur d’une nuit d’été. Tout au bord de sa propre mort, on dirait la Parque inflexible du Sud qu’un Goya aurait fait le voyage pour lui tirer le portrait.

Auteur: Muray Philippe

Info: Dans "Exorcismes spirituels, tome 2 : Mutins de Panurge", éd. Les Belles lettres, Paris, 1998, page 199

[ évocations ] [ ambiance ]

reconnaissance

Mes parents nous rappellent souvent, à mes frères et à moi, qu'ils n'auront pas d'argent à nous laisser en héritage, mais je crois qu'ils nous ont déjà légué la richesse de leur mémoire, qui nous permet de saisir la beauté d'une grappe de glycine, la fragilité d'un mot, la force de l'émerveillement. Plus encore, ils nous ont offert des pieds pour marcher jusqu'à nos rêves, jusqu'à l'infini.

Plus encore, ils nous ont offerts des pieds pour marcher jusqu’à nos rêves, jusqu’à l’infini.

C’est peut-être suffisant comme bagage pour continuer notre voyage par nous-mêmes. Sinon, nous encombrerions inutilement notre trajet avec des biens à transporter, à assurer, à entretenir.

Un dicton vietnamien dit : "Seuls ceux qui ont des cheveux longs ont peur, car personne ne peut tirer les cheveux de celui qui n’en a pas".

Alors j’essaie le plus possible de n’acquérir que des choses qui ne dépassent pas les limites de mon corps.

Auteur: Kim Thuy

Info: Ru

[ gratitude ] [ papa ] [ maman ] [ proverbe ]

origine de la vie

Pouvons-nous créer les molécules de la vie ? 

Des chercheurs de l’Université de Floride exploitent toute la puissance du supercalculateur HiPerGator pour montrer que des molécules peuvent se former naturellement dans le bon environnement.

Les manuels de biologie de base vous diront que toute vie sur Terre est constituée de quatre types de molécules : les protéines, les glucides, les lipides et les acides nucléiques. Et chaque groupe est vital pour tout organisme vivant.  

Mais quoi si les humains pouvaient réellement montrer que ces " molécules de la vie ", telles que les acides aminés et les bases de l’ADN, peuvent se former naturellement dans le bon environnement ?  Des chercheurs de l’Université de Floride utilisent HiPerGator – le superordinateur le plus rapide de l’enseignement supérieur américain – pour tester cette expérience.

HiPerGator – avec ses modèles d’IA et sa vaste capacité d’unités de traitement graphique, ou GPU (processeurs spécialisés conçus pour accélérer les rendus graphiques) – transforme le jeu de la recherche moléculaire. Jusqu'à il y a dix ans, mener des recherches sur l'évolution et les interactions de vastes collections d'atomes et de molécules ne pouvait se faire qu'à l'aide de simples expériences de simulation informatique ; la puissance de calcul nécessaire pour gérer les ensembles de données n’était tout simplement pas disponible.

C'est maintenant le cas, grâce à HiPerGator. À l'aide de ce supercalculateur, UF Ph.D. L'étudiant Jinze Xue (du Roitberg Computational Chemistry Group) a pu mener une expérience à grande échelle sur la chimie de la Terre pendant les vacances d'hiver 2023. Xue a utilisé plus de 1 000 GPU A100 sur HiPerGator et a réalisé une expérience de dynamique moléculaire sur 22 millions d'atomes qui a identifié 12 acides aminés, trois bases nucléiques, un acide gras et deux dipeptides. La découverte de molécules plus grosses,  qui n’aurait pas été possible dans des systèmes informatiques plus petits, a constitué une réussite importante.

" Nos précédents succès nous ont permis d'utiliser l'apprentissage automatique et l'IA pour calculer les énergies et les forces sur les systèmes moléculaires, avec des résultats identiques à ceux de la chimie quantique de haut niveau mais environ 1 million de fois plus rapides ", a déclaré Adrian Roitberg, Ph.D. , professeur au département de chimie de l'UF qui utilise l'apprentissage automatique pour étudier les réactions chimiques depuis six ans. " Ces questions ont déjà été posées mais, en raison de limitations informatiques, les calculs précédents utilisaient un petit nombre d’atomes et ne pouvaient pas explorer la plage de temps nécessaire pour obtenir des résultats. Mais avec HiPerGator, nous pouvons le faire. "

Erik Deumens, Ph.D., directeur principal d'UFIT Research Computing, a expliqué comment l'utilisation complète d'HiPerGator a été possible.

" HiPerGator a la capacité unique d'exécuter de très grands calculs (‘hero) qui utilisent la machine entière, avec le potentiel de conduire à des percées scientifiques et scientifiques ", a déclaré Deumens. " Lorsque nous avons découvert le travail effectué par le groupe du Dr Roitberg, , nous l'avons approché pour essayer un run 'héros' avec le code qu'il a développé. "

L’émergence de l’IA et des GPU puissants pourra permettre de réaliser de telles simulations scientifiques gourmandes en données – des calculs que les scientifiques ne pouvaient imaginer il y a seulement quelques années. 

"En utilisant des méthodes d'apprentissage automatique, nous avons créé une simulation en utilisant l'ensemble complet de GPU HiPerGator", a déclaré Roitberg. " Nous avons pu observer en temps réel la formation de presque tous les acides aminés (alanine, glycine, etc.) et de nombreuses molécules très complexes. C’était très excitant à vivre.

Ce projet fait partie d'un effort continu visant à découvrir comment des molécules complexes peuvent se former à partir d'éléments de base et à rendre le processus automatique grâce à de grandes simulations informatiques. Roitberg et son groupe de recherche ont passé de nombreuses heures à travailler avec les membres de l'UFIT. Ying Zhang, responsable du support IA d'UFIT, a dirigé l'expérience. 

" Ying a constitué une équipe composée du personnel de Research Computing et du personnel de NVIDIA pour aider à faire évoluer les calculs, fournir des conseils et une aide inestimables et accélérer l'analyse des données au point où les analyses ont été effectuées en seulement sept heures (au lieu des  heures  jours que nous pensions initialement que cela prendrait) ", a déclaré Roitberg. " Nous nous sommes rencontrés chaque semaine, de la conception initiale aux résultats finaux, dans le cadre d’une collaboration très fructueuse. "

Les résultats, et le peu de temps avec lequel HiPerGator a pu les fournir, ont été révolutionnaires, rapprochant les chercheurs de la réponse aux questions sur la formation des molécules complexes. Et le fait que Roitberg ait pu exécuter ce calcul montre que l'UF a la capacité de prendre en charge des " exécutions de héro " ou des " moonshot calculations " qui font avancer les projets scientifiques, d'ingénierie et universitaires.

"C'est une excellente opportunité pour les professeurs de l'UF", a déclaré Roitberg. " Avoir HiPerGator en interne – avec un personnel incroyable prêt à aller au-delà des attentes pour aider les chercheurs à produire une science révolutionnaire comme celle-ci – est quelque chose qui rend mes collègues non-UF très jaloux. "

Auteur: Internet

Info: https://news.ufl.edu/2024/02/molecules-of-life/ *Les travaux de calcul informatique qui nécessitent plus de 256 nœuds sont définis comme travaux de "héro". ** Moonshot projects : projet ambitieux, exploratoire et novateur, entrepris sans garantie de rentabilité ou d'avantages à court terme et, peut-être, sans une étude complète des risques et des avantages potentiels.